AlfalfaGEDB | MS.gene21536

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene21536

KEGG: -
GO: -
PFAM: PF09733.12

Nr:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene21536.t1	ALM55021.1	98.2	329	6	0	175	503	100	428	2.70E-183	651.7

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Swissprot:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene21536.t1	Q8W5B1	51.1	333	127	7	175	503	101	401	4.3e-81	303.5

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Trembl:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene21536.t1	A0A141GTN5	98.2	329	6	0	175	503	100	428	1.9e-183	651.7

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
MS.gene049142	MS.gene21536	0.852053	5.94E-61	-1.69E-46
MS.gene04918	MS.gene21536	0.838626	2.57E-57	-1.69E-46
MS.gene049254	MS.gene21536	0.837097	6.36E-57	-1.69E-46
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MS.gene049499	MS.gene21536	0.821834	3.27E-53	-1.69E-46
MS.gene049672	MS.gene21536	0.814169	1.77E-51	-1.69E-46
MS.gene049711	MS.gene21536	0.8633	2.75E-64	-1.69E-46
MS.gene049807	MS.gene21536	0.818263	2.15E-52	-1.69E-46

Showing 1 to 10 of 75 entries

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene21536.t1	MTR_5g013150	97.872	329	7	0	175	503	150	478	0.0	673
MS.gene21536.t1	MTR_1g090240	41.520	171	95	1	329	494	496	666	1.90e-36	143
MS.gene21536.t1	MTR_1g090240	41.584	101	49	3	175	271	255	349	2.62e-11	66.6

Showing 1 to 3 of 3 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene21536.t1	AT4G16845	52.778	324	115	8	174	492	40	330	3.66e-93	288
MS.gene21536.t1	AT4G16845	52.632	323	115	8	175	492	101	390	1.02e-91	286
MS.gene21536.t1	AT5G51230	53.125	320	119	4	175	494	337	625	5.03e-90	288
MS.gene21536.t1	AT5G51230	53.125	320	119	4	175	494	337	625	5.03e-90	288
MS.gene21536.t1	AT5G51230	52.484	322	123	5	175	494	337	630	6.59e-90	288
MS.gene21536.t1	AT2G35670	35.849	265	151	6	237	490	471	727	1.85e-43	164
MS.gene21536.t1	AT4G16810	49.045	157	74	4	343	495	2	156	1.68e-42	153

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Find 140 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAAGCAGCTCATGCATCTC+TGG	0.388906	5.3:-6168812	MS.gene21536:CDS
AACACTTGTTCCAGTGCCAT+GGG	0.492904	5.3:+6169483	None:intergenic
AACATGTTCCGCGTAATCCA+TGG	0.551776	5.3:+6172199	None:intergenic
AACTGACGTATTGAGATCAG+AGG	0.660479	5.3:-6173775	MS.gene21536:intron
AAGAAGAAGGTTTGTGATTG+TGG	0.419388	5.3:+6173146	None:intergenic
AAGGTTGCGAGCAGGAATTG+TGG	0.646352	5.3:-6177255	MS.gene21536:CDS
AATCACAAACCTTCTTCTTC+TGG	0.397340	5.3:-6173142	MS.gene21536:intron
AATGTGCTTCGAAAGACTGA+AGG	0.611487	5.3:-6177209	MS.gene21536:intron
AATTCACCGGTGCATAATTC+CGG	0.383881	5.3:-6179375	MS.gene21536:CDS
AATTTGAAACGGTTGTTATT+CGG	0.326035	5.3:+6176453	None:intergenic

Showing 1 to 10 of 140 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr5.3	gene	6168097	6179409	6168097	ID=MS.gene21536
chr5.3	mRNA	6168097	6179409	6168097	ID=MS.gene21536.t1;Parent=MS.gene21536
chr5.3	exon	6179349	6179409	6179349	ID=MS.gene21536.t1.exon1;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	CDS	6179349	6179409	6179349	ID=cds.MS.gene21536.t1;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	exon	6177210	6177274	6177210	ID=MS.gene21536.t1.exon2;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	CDS	6177210	6177274	6177210	ID=cds.MS.gene21536.t1;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	exon	6176449	6176700	6176449	ID=MS.gene21536.t1.exon3;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	CDS	6176449	6176700	6176449	ID=cds.MS.gene21536.t1;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	exon	6176216	6176362	6176216	ID=MS.gene21536.t1.exon4;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	CDS	6176216	6176362	6176216	ID=cds.MS.gene21536.t1;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	exon	6173919	6173972	6173919	ID=MS.gene21536.t1.exon5;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	CDS	6173919	6173972	6173919	ID=cds.MS.gene21536.t1;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	exon	6173776	6173835	6173776	ID=MS.gene21536.t1.exon6;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	CDS	6173776	6173835	6173776	ID=cds.MS.gene21536.t1;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	exon	6173143	6173189	6173143	ID=MS.gene21536.t1.exon7;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	CDS	6173143	6173189	6173143	ID=cds.MS.gene21536.t1;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	exon	6172931	6173052	6172931	ID=MS.gene21536.t1.exon8;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	CDS	6172931	6173052	6172931	ID=cds.MS.gene21536.t1;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	exon	6172053	6172329	6172053	ID=MS.gene21536.t1.exon9;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	CDS	6172053	6172329	6172053	ID=cds.MS.gene21536.t1;Parent=MS.gene21536.t1
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chr5.3	exon	6169422	6169505	6169422	ID=MS.gene21536.t1.exon11;Parent=MS.gene21536.t1
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chr5.3	exon	6168789	6168868	6168789	ID=MS.gene21536.t1.exon12;Parent=MS.gene21536.t1
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chr5.3	exon	6168562	6168651	6168562	ID=MS.gene21536.t1.exon13;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	CDS	6168562	6168651	6168562	ID=cds.MS.gene21536.t1;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	exon	6168097	6168220	6168097	ID=MS.gene21536.t1.exon14;Parent=MS.gene21536.t1
chr5.3	CDS	6168097	6168220	6168097	ID=cds.MS.gene21536.t1;Parent=MS.gene21536.t1

Gene Sequence

>MS.gene21536

ATGTGCCGGCAAAATTCACCGGTGCATAATTCCGGTGAAGAAGAAATCACAGCTGATGAAAGTCTTTTGATTTATTGCAAACCTGTTGAATTCTACAATATTCTCTATCGTCGTTCTCTTCACAATGTATAGTATTATTATAGCTTGATTATTACTTCCTAATCAGTATATGATTGTTTTAACTTTTAAATTATGCTCCATAATATTCATTTATTGTTTTTGTGTTATTTTTTTCTTTGTGTTTTGGTAGTTTAAATATTGATGATTGATAATTTTATGATTAAGGTATTAGAAATTGTTGTGAGCTGAGCTTGCTATGATTTGAACTTAATGCCGAGATGAGATATGGTTCACTGATTTTTTTTCTTATATTTAAACTTATTTTTTTGATTCGGGATCATCGTTGGGGTGTGTCCCCTTGTAGACAACGTAAGACTAGCTTGCCCGGGGGCCAAGTAAAGTCTGGCCAACACATTTTTGAACTCTACGGGAATCGAACCTGGGAGTACTAGGTCTTTTCCCCGAGTCCTAGGGCAGGTTACTCCACTGAGCTGAGCAGTGTTGGTTGATATTAAACATGTGAAGCGGTTTTTATGCGATTCTACATTTGAAAGTTGCTCTTAAAAATTGAAATTAGCATACATGTCAAAATTTTATGCTTTTTTTAATATAAAAGATATGTTGATTGATACTATTTGGAATTCATTTCTCTTGCAGCCTACTTTTCTTAAGAGATGTTTGCGCTATAAAATAAAAGCAAAGCAAAAAAGGAGGTAAATATTCCTTCGAATTGTTATATACATGAATTATAGTTATTTCATTTATTTTTTAGTTTCATCATTCAATTTGTTGAAGTACACTACTCTTTATACCATTTCCTTGCTCTTAAATTGTTGATTCAACATGATTTTTAAGAGTTATACTGATAGAAATTAATTATTGGGGATACATGAATAGTAACCATCTATCTACTTTTTTTGGTAATAGGAGAATCGATACAGAAAAAAAGGAATTTGATAAGCGAGGATTGAGAATCCGACAATAAGAGAAATAAATGCTACAAACGAAAACTATTTAAATACCGACAAAACTTAATTACAGTTCCTTATGTTTTGATATTACTGTTCGCCAATAAACTAAGGACACTTGTCATGTATTATCTTTTAAAAAAAAGAAAACCCCCGCAAGTTGTATTTGCAGAATCATCACTGCTTCGTTTCCTTGTACCATTGTATGAAAATTTTAATTTAGACTTGCCTGACCTGCAATGAATACCAACCCTTGATGGAAAAGAAAAAGTAAACGTGATGCTGAAGAACTAGGAAGTGTGTGAAAACTCACTCTGTTCCCCACCATTTCTTTGACTATTAAACCAGCAAACATATGATAGAGGATGACTTGCAGAAGTGAAGACTTCGATCTGGGTGGCAGTCTGGGAGGTTGATTTGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTGGTAATTTGGGACCCTGCAAGAAAATGACACCGTTTTTGTTTTTCGATTCCGGCACGAAATGTGAAATTTCGATTCACCATTCACGGGCGGCGTAGGTTTCCCTTGTTAGAGGGAAATCACAGCGCACGTGTCCGTAATTTATTGGCGAACAACAATAATAGGACCTAAGGCGCCGTACTTAAGATTTGTTCATTAAATAATTCACAATTTATTAGTTGAAAAGAGAAACTAGACTCTTTGCATATCGAATAAAGATTCACCATTTTCAGATATCTATCTTATGTAATATGCAATGCTTCATTAGGGGTGGTAACTGGTAAGGTGAAGTTTTGAGTCTAGATGCCGAAAAGAAGTAAATGTCTCACTGAAGAAAGATGTTAACAGTAGGACAAGAAGTAAACAGTAAATTATTTGGCTATTTTATTTTAATTACAAAACTCTAGACTGAAAGTTGCATTTTGTCCCTAGTCTCAAATACTGTCCAAGTAATTCTTTAGCATACCATGATGTCTATTCTTCATCAGCTGATGATTTTTGCATGCTTGCCTGAATAACAATTAAGAAAGAAATTGTTCTGCTATGCTTTATCCTTGCGTTTCTTGTTGATTGTATTTATTGTTTGCCTTATTGGGTGGCAATTGTTTGATGGCTTTCTGTTTTGAAGGTTGCGAGCAGGAATTGTGGTTTTCAACTATAGGGACTGTTACAATGTGCTTCGAAAGACTGAAGGTACAGCATATTATCAAATTGTCACCAACTATGTTCAGCATTACATCTTACCACTACCTTCCTATAATAAGTACAATTTTTAAGAGCAATCAAACTAATAAACAATTTGGTAATATTTTTATTTTCGATTCCGACTTCCTTCCATAGATGCTTATGGCTGATAGTTTTCAAGTGCTGAACTTCATCTGCCTTTAATTTGGACAGATAAGATTTTGTAAACATTACTCTTTTGAGCTGGCATTTTTTAATGCTTTTTTTTTGGGTGGTCTGTCATGTTTAGGGGTGTGCAAAGTTAAAACCAAACCAAAACCAAAACCAATATTTGGGTTTGGTTTGGTTCCTGAAACCACTTCTCTAAAAACCGGTTTTTAAGTACAACTAGTTCGGATATGGTTCAGAACCGGTTCGGAACCGGTTTGAAACTGGTTTGTCGTAACATACAATTCTTGCTGTTCCGTCCACTGCGTCGTAACTGGTTTGAAACTGGTTTGAAAATTGATTTTGAGAAGATTGAGGCGGTTCCGTCGGTTGTTACTTTCCAGATGAAGTTTCCGGCGGAATTTGTTTACATATGCGTTGCCAGTGTGATCGACGGCGACATCGGTGGCAGTGGAGAGGGTGGAGATAGTGAATTCGTCGTCGGAGTCAGGGAGGAGAGAGATAAAGATTCGGCGTCGGGAGCGGAGGTCGTATGCGGCGAGTGCGTTGAAAGGAACAGTGTTAATGATGCTTCTCCGAATAACAACCGTTTCAAATTTTGGGTATTCTTCTTCTTTCTTGTTTCTGAATATCCCAAATTTGTTCAATTTCTTTCATGATTTTGCTGTTGCGGAGGGGAGTGGCCAAGGATGGAGGTGTTGGAAGGGAGAGTGATGTCGGAGATGAAGGTTTCGACTACGCCGGCGTCGGAGACGGCGGTGATGATGCGACGGCGGAGGGATCCGATGAGGAAATGATGGGCGCGTGGGTCCCACGCGAGGGATTCAGGGTAGAGGTTGGTTGAACGGAAGTTGATCCGGATCCGAATTTTAACTGGTTTGGATATCCAACCCGTTTAATATGGGTTGGTTGGTAACCCATTTAAAAAAATCCAGATATTTTAAAGTGGACTGGATATGGTTATGGATTTGGGCCTAAAACTGGTTGTTATGCACACCCCTAGTCATGTTAGAAAATTGCTTTTCTGACATTGATAAGTTCACATTGACACATGTAAAATACTAAAATGTCCCCAGCGGTAGTTAACTACCGTTGAGAACCCGGCGGTAGTTAACTACCGTTGAGGACCCAGCGGTAGTTAACTACCGCTCAATTCATTTCTTCAATTCACTTTCTCTGTCTTCTTTTCTTCTTCTCCATCTTTGTTGCTGCCATTGATTTCATTTTTAACAATTTACATTGGTTCTCTATGAATTCTTCCCCATCTTCTCTAAGAATTTCCAACGAAATTCATTGGTTCTCTGCCATTGATTTCGTTGCAAAATTTCTAACAATTTACATCTTTAAACAAATTAAAACATTATTATTGTACACAATCAGATTATTTAATTAAATGAGTAAATTATTTATTAAAACATAAACTGGAAAACATCCAAAAACATCATTGCAAAATTTCGAAGAACCACCATAGCTGAATATTCTCAGGATTGACTTGGATATATTTTTTTTCACCATTTTTGAGCTATTTGTAAATGAGGCAGTTGAGTTTATTTTTTCAATTTGTTTAGCATATAGTTTTATTTTTGTTAATTTATTGATAATAAACCAGATCTGGGTTTGAGAAGAAAAAAACTAGATCTGATTTTTTTTCTTTTCTTTCATCGTTCAAATAAATCCACCTCAACAACAACAAGAAAATACTAGGATCAACCTCAAAGAATAATAGTAAGAAGCAGAACAATGGAAAGAGACAATGACATTGATCTTGAAGTTGATAGATGGAGGATGATTTGTTATCTGAGGATGGGGGTAAACTAAGTGACAATGGATATGATGATTTGTACCAGATTATGATTATGTACTAGTACCATAGCGGGAGAAGAAGAAAAAGTGATTGTGCAACAATACTGGGATGGAGAAGAAGAAGTGATGTGTAGTGTGAAATTTCAGCGGTAGTTAACAACCGCTGGGTCCTAGCGGCAGTTAACTGCCGGCGGATCTTCCAGTGGTAGTTAACTACCGTTGGGGGCATTTAGGTCATTTACTTGTGTCAATTAGAAGTATTCTTTGTCAAAAAAGCAATTTTCGTCATGTTATTCTCTTTTTTTGTTATGGTTTCTTATTAAAAAAAAAAAACAATTTTGACCGTACTGATACATTTCTGCCTCTTTCCAAATGTAGTGACTGAAGACTTTTCTTGTCCATTTTGCTTGATGCAATGTGCGAGCTTTAAGGTATATGCTGTGATTTGTACTACAGTAATTGCTTTTTTCATTCATAATTTGATAATTTGGGAGGTTGTTGCCTTTTCTCTTTTTTCTTTGTTAGAAGTTAGGAGAAAACTTCAAAAACTGTTTTTCATGGAAATCTATTGGATTTCAGTATTTTATGTACTCATTATCTTGTTTGAATGGCAGAGTCTTTGTAGTTTTTTTTTTTTTTTATCAAAAAAAGAAAAAAAGAGTCTATGTAGTTTGTGTTGGGTTCTACTGCAAAGATAATTAATTTTGAATAAACTGGTTTTGTAATATTCTCGTTCGTTGAACTAAAAGTGTTTTATGTTTGGATTTATTAACGTAAGAGTGAGTAGAACAACACATTTGTGGCTAAAATTGATTGCTCTTCATGGAAGCTCTGAATT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Protein sequence

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