Alfalfa Gene Editing Database
Alfalfa Gene Editing Database
Nr:
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS.gene47930.t1 | XP_024628323.1 | 96.8 | 462 | 15 | 0 | 1 | 462 | 1 | 462 | 1.20E-249 | 872.1 |
Swissprot:
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS.gene47930.t1 | Q84MA5 | 72.5 | 451 | 122 | 1 | 6 | 454 | 1 | 451 | 1.6e-189 | 663.7 |
Trembl:
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS.gene47930.t1 | A0A396GQL0 | 96.8 | 462 | 15 | 0 | 1 | 462 | 1 | 462 | 8.8e-250 | 872.1 |
TFs/TRs:
Protein Kinases:
Network:
Co-expression Network:
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|---|---|---|---|---|
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PPI:
| Gene1 | Gene2 | Type |
|---|---|---|
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| MS.gene47930.t1 | MTR_1g030660 | 69.087 | 427 | 132 | 0 | 29 | 455 | 23 | 449 | 0.0 | 624 |
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| MS.gene47930.t1 | MTR_4g099270 | 45.333 | 375 | 201 | 2 | 35 | 405 | 5 | 379 | 1.86e-108 | 328 |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MS.gene47930.t1 | AT4G21120 | 72.185 | 453 | 124 | 1 | 8 | 458 | 3 | 455 | 0.0 | 696 |
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| MS.gene47930.t1 | AT1G17120 | 54.628 | 443 | 201 | 0 | 14 | 456 | 22 | 464 | 1.29e-169 | 491 |
| MS.gene47930.t1 | AT4G21120 | 71.475 | 305 | 87 | 0 | 154 | 458 | 1 | 305 | 1.08e-160 | 462 |
| MS.gene47930.t1 | AT5G04770 | 42.601 | 446 | 246 | 2 | 31 | 466 | 15 | 460 | 3.62e-123 | 372 |
| MS.gene47930.t1 | AT3G10600 | 41.871 | 449 | 251 | 2 | 28 | 466 | 11 | 459 | 1.04e-120 | 365 |
| MS.gene47930.t1 | AT5G04770 | 42.188 | 384 | 212 | 2 | 31 | 404 | 15 | 398 | 7.30e-109 | 329 |
| MS.gene47930.t1 | AT5G36940 | 37.240 | 384 | 234 | 3 | 71 | 447 | 27 | 410 | 1.53e-80 | 262 |
| MS.gene47930.t1 | AT3G03720 | 32.877 | 438 | 284 | 4 | 54 | 483 | 7 | 442 | 1.20e-77 | 254 |
| MS.gene47930.t1 | AT3G10600 | 40.256 | 313 | 177 | 2 | 164 | 466 | 1 | 313 | 3.96e-76 | 246 |
Find 116 sgRNAs with CRISPR-Local
Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE
CRISPR-Local
| sgRNA_sequence | on_target_score | Position | Region |
|---|---|---|---|
| AAACGATCCTTCAACCGGAG+AGG | 0.694839 | 4.1:-11430404 | None:intergenic |
| AAACTACGGAAAATCTATCA+TGG | 0.496080 | 4.1:+11430376 | MS.gene47930:CDS |
| AACTCTTAAACGACTCCTCC+GGG | 0.489247 | 4.1:-11430349 | None:intergenic |
| AAGGAGATATTATTCAAGTG+GGG | 0.676082 | 4.1:+11437209 | MS.gene47930:CDS |
| AATATAAGCAAAGAAAAGAA+CGG | 0.627891 | 4.1:-11436701 | None:intergenic |
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| ACGCCGCGGTAGCTCGATCA+TGG | 0.494424 | 4.1:+11436386 | MS.gene47930:CDS |
| ACTAGAGCTCCAATAGCAAT+AGG | 0.367625 | 4.1:-11436499 | None:intergenic |
| ACTATTATACGAAAATCATC+AGG | 0.434415 | 4.1:-11436442 | None:intergenic |
CRISPR-GE
| Chromosome | Type | Strat | End | Strand | Name |
|---|---|---|---|---|---|
| chr4.1 | gene | 11430272 | 11443922 | 11430272 | ID=MS.gene47930 |
| chr4.1 | mRNA | 11430272 | 11443922 | 11430272 | ID=MS.gene47930.t1;Parent=MS.gene47930 |
| chr4.1 | exon | 11430272 | 11430689 | 11430272 | ID=MS.gene47930.t1.exon1;Parent=MS.gene47930.t1 |
| chr4.1 | CDS | 11430272 | 11430689 | 11430272 | ID=cds.MS.gene47930.t1;Parent=MS.gene47930.t1 |
| chr4.1 | exon | 11436296 | 11437251 | 11436296 | ID=MS.gene47930.t1.exon2;Parent=MS.gene47930.t1 |
| chr4.1 | CDS | 11436296 | 11437251 | 11436296 | ID=cds.MS.gene47930.t1;Parent=MS.gene47930.t1 |
| chr4.1 | exon | 11443839 | 11443922 | 11443839 | ID=MS.gene47930.t1.exon3;Parent=MS.gene47930.t1 |
| chr4.1 | CDS | 11443839 | 11443922 | 11443839 | ID=cds.MS.gene47930.t1;Parent=MS.gene47930.t1 |
| Gene Sequence |
>MS.gene47930 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| Protein sequence |
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