AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580027332.01

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MsG0580027332.01.T01 AT4G23240 45.875 303 120 5 24 284 323 623 4.31e-79 253
MsG0580027332.01.T01 AT1G61480 44.648 327 132 6 4 284 459 782 5.28e-79 256
MsG0580027332.01.T01 AT4G21410 43.188 345 149 8 13 311 209 552 1.92e-78 249
MsG0580027332.01.T01 AT4G11490 45.364 302 121 6 24 283 309 608 5.79e-78 250
MsG0580027332.01.T01 AT1G11340 54.357 241 75 4 12 219 559 797 2.58e-77 251
MsG0580027332.01.T01 AT4G04490 43.653 323 134 6 9 291 316 630 4.04e-77 248
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MsG0580027332.01.T01 AT4G11460 44.805 308 119 7 24 284 334 637 1.93e-76 247
MsG0580027332.01.T01 AT4G21400 42.899 345 149 9 11 308 323 666 6.51e-76 245
MsG0580027332.01.T01 AT1G61440 52.991 234 101 2 57 283 562 793 1.83e-75 247
MsG0580027332.01.T01 AT4G11900 45.333 300 126 4 24 285 456 755 2.62e-75 246
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MsG0580027332.01.T01 AT1G61360 40.793 353 153 6 3 299 384 736 3.64e-73 239
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MsG0580027332.01.T01 AT1G61430 48.739 238 86 3 21 222 474 711 2.79e-65 218
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MsG0580027332.01.T01 AT4G11890 36.137 321 155 9 24 303 28 339 2.88e-53 178
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MsG0580027332.01.T01 AT1G68690 37.589 282 136 5 23 267 364 642 6.62e-49 173
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MsG0580027332.01.T01 AT1G07650 35.739 291 151 5 18 273 447 736 5.95e-46 166
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MsG0580027332.01.T01 AT1G29730 36.842 285 138 7 24 271 661 940 6.13e-45 164
MsG0580027332.01.T01 AT1G29740 37.234 282 141 5 24 271 665 944 8.71e-45 163
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MsG0580027332.01.T01 AT2G20300 35.664 286 137 8 24 271 337 613 9.81e-45 162
MsG0580027332.01.T01 AT1G29740 36.972 284 143 5 24 273 665 946 1.29e-44 162
MsG0580027332.01.T01 AT3G28690 31.642 335 181 6 20 308 110 442 1.89e-44 158
MsG0580027332.01.T01 AT3G20530 36.885 244 118 4 15 222 61 304 2.40e-44 154
MsG0580027332.01.T01 AT1G70530 40.553 217 95 3 24 207 311 526 2.63e-44 159
MsG0580027332.01.T01 AT5G56890 33.968 315 167 7 24 298 711 1024 2.95e-44 162
MsG0580027332.01.T01 AT1G07870 34.386 285 151 5 24 272 91 375 4.21e-44 158
MsG0580027332.01.T01 AT5G38560 34.266 286 149 6 24 271 327 611 4.37e-44 160
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MsG0580027332.01.T01 AT5G18500 34.409 279 148 4 24 268 154 431 1.07e-43 156
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MsG0580027332.01.T01 AT5G18500 34.409 279 148 4 24 268 154 431 1.07e-43 156
MsG0580027332.01.T01 AT5G18500 34.409 279 148 4 24 268 154 431 1.07e-43 156
MsG0580027332.01.T01 AT3G09010 33.929 280 147 7 23 267 33 309 1.41e-43 154
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MsG0580027332.01.T01 AT5G06740 32.787 305 161 7 24 287 330 631 1.87e-43 158
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MsG0580027332.01.T01 AT1G07570 34.122 296 149 6 21 271 53 347 6.81e-43 152
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MsG0580027332.01.T01 AT2G17220 33.766 308 154 7 13 271 57 363 6.92e-43 152
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MsG0580027332.01.T01 AT2G17220 33.766 308 154 7 13 271 58 364 7.75e-43 152
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MsG0580027332.01.T01 AT5G24080 34.859 284 148 5 24 273 520 800 1.38e-42 157
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MsG0580027332.01.T01 AT4G11900 48.315 178 59 3 24 168 525 702 1.65e-42 155
MsG0580027332.01.T01 AT5G15080 34.021 291 146 5 32 278 138 426 1.74e-42 153
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MsG0580027332.01.T01 AT2G28930 34.653 303 138 9 21 271 57 351 2.34e-42 151
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MsG0580027332.01.T01 AT4G02630 33.333 279 150 5 24 267 150 427 2.79e-42 152
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MsG0580027332.01.T01 AT1G09440 33.688 282 152 4 24 271 145 425 3.85e-42 151
MsG0580027332.01.T01 AT3G26940 31.507 292 161 5 19 271 57 348 4.57e-42 150
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MsG0580027332.01.T01 AT1G29730 38.839 224 103 3 18 208 622 844 6.36e-42 155
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MsG0580027332.01.T01 AT1G56720 33.333 282 153 4 24 271 167 447 8.83e-42 151
MsG0580027332.01.T01 AT1G56720 33.333 282 153 4 24 271 167 447 8.83e-42 151
MsG0580027332.01.T01 AT1G01540 30.519 308 177 5 24 297 142 446 1.32e-41 150
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MsG0580027332.01.T01 AT5G18610 33.929 280 147 7 23 265 70 348 2.63e-41 150
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MsG0580027332.01.T01 AT4G13190 34.276 283 147 6 25 271 63 342 9.04e-41 146
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MsG0580027332.01.T01 AT1G52290 36.797 231 109 6 23 218 130 358 2.48e-40 145
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MsG0580027332.01.T01 AT2G42960 34.643 280 146 5 24 268 171 448 6.38e-40 146
MsG0580027332.01.T01 AT2G42960 34.643 280 146 5 24 268 171 448 6.38e-40 146
MsG0580027332.01.T01 AT5G65600 32.013 303 159 8 24 281 338 638 8.01e-40 148
MsG0580027332.01.T01 AT1G07570 36.866 217 134 3 57 271 16 231 8.26e-40 141
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MsG0580027332.01.T01 AT3G05140 33.221 298 155 7 16 275 167 458 1.37e-39 145
MsG0580027332.01.T01 AT5G35960 32.281 285 152 6 23 273 121 398 1.46e-39 144
MsG0580027332.01.T01 AT2G02800 38.053 226 95 5 21 203 68 291 1.53e-39 144
MsG0580027332.01.T01 AT2G02800 38.053 226 95 5 21 203 68 291 1.53e-39 144
MsG0580027332.01.T01 AT4G13190 36.111 216 136 2 58 271 38 253 1.57e-39 141
MsG0580027332.01.T01 AT2G28590 39.286 224 98 7 32 218 94 316 1.87e-39 141
MsG0580027332.01.T01 AT1G34300 32.042 284 157 6 24 273 474 755 2.31e-39 147
MsG0580027332.01.T01 AT1G55200 34.317 271 142 5 32 268 375 643 2.45e-39 147
MsG0580027332.01.T01 AT1G55200 34.317 271 142 5 32 268 375 643 2.45e-39 147
MsG0580027332.01.T01 AT1G55200 34.317 271 142 5 32 268 375 643 2.45e-39 147
MsG0580027332.01.T01 AT1G55200 34.317 271 142 5 32 268 375 643 2.45e-39 147
MsG0580027332.01.T01 AT1G55610 32.602 319 167 7 19 298 840 1149 2.52e-39 147
MsG0580027332.01.T01 AT1G55610 32.602 319 167 7 19 298 840 1149 2.52e-39 147
MsG0580027332.01.T01 AT2G26290 32.776 299 150 7 20 273 72 364 3.17e-39 143
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MsG0580027332.01.T01 AT1G10620 37.611 226 127 5 54 271 421 640 3.71e-39 146
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MsG0580027332.01.T01 AT5G59270 37.500 216 123 6 57 267 406 614 1.38e-38 144
MsG0580027332.01.T01 AT4G35600 31.000 300 154 6 21 273 71 364 1.62e-38 141
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MsG0580027332.01.T01 AT4G32710 35.628 247 123 4 23 234 376 621 2.54e-38 144
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MsG0580027332.01.T01 AT3G45430 34.021 291 153 6 24 278 332 619 4.29e-38 143
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MsG0580027332.01.T01 AT1G11050 32.881 295 142 10 24 267 283 572 7.82e-37 139
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MsG0580027332.01.T01 AT5G63710 32.468 308 156 10 12 273 261 562 1.36e-36 138
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MsG0580027332.01.T01 AT1G60800 34.532 278 135 9 32 268 230 501 8.20e-36 135
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MsG0580027332.01.T01 AT3G09830 36.323 223 98 4 24 203 72 293 1.06e-35 133
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MsG0580027332.01.T01 AT3G08870 38.785 214 122 4 57 267 443 650 1.33e-35 136
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MsG0580027332.01.T01 AT5G37450 32.394 284 136 8 31 271 650 920 2.33e-35 136
MsG0580027332.01.T01 AT4G28490 36.818 220 133 4 57 273 747 963 2.43e-35 135
MsG0580027332.01.T01 AT1G60800 34.058 276 139 8 32 268 297 568 2.96e-35 135
MsG0580027332.01.T01 AT1G52540 30.479 292 167 3 23 280 24 313 3.22e-35 130
MsG0580027332.01.T01 AT3G53810 31.803 305 162 8 5 267 312 612 3.57e-35 135
MsG0580027332.01.T01 AT5G39000 31.228 285 159 4 24 271 506 790 3.64e-35 135
MsG0580027332.01.T01 AT5G01540 41.395 215 115 7 57 267 421 628 3.85e-35 135
MsG0580027332.01.T01 AT3G23750 31.469 286 154 6 31 276 573 856 4.19e-35 135
MsG0580027332.01.T01 AT1G52540 30.479 292 167 3 23 280 27 316 4.57e-35 130
MsG0580027332.01.T01 AT1G21240 33.175 211 140 1 57 267 208 417 4.73e-35 132
MsG0580027332.01.T01 AT5G16500 33.448 290 148 10 25 275 66 349 5.28e-35 134
MsG0580027332.01.T01 AT1G70110 30.847 295 168 5 13 273 321 613 5.61e-35 134
MsG0580027332.01.T01 AT1G34210 32.414 290 156 7 20 271 289 576 6.41e-35 134
MsG0580027332.01.T01 AT1G34210 32.414 290 156 7 20 271 289 576 6.41e-35 134
MsG0580027332.01.T01 AT5G65530 32.753 287 149 6 24 273 132 411 6.46e-35 132
MsG0580027332.01.T01 AT5G45780 33.003 303 152 10 16 273 232 528 6.67e-35 133
MsG0580027332.01.T01 AT1G67720 32.281 285 152 6 21 272 598 874 7.08e-35 134
MsG0580027332.01.T01 AT3G59740 31.142 289 157 7 24 273 321 606 7.37e-35 134
MsG0580027332.01.T01 AT1G16160 31.010 287 163 5 14 267 411 695 8.41e-35 134
MsG0580027332.01.T01 AT2G35620 35.648 216 133 4 59 273 360 570 9.75e-35 133
MsG0580027332.01.T01 AT2G35620 35.648 216 133 4 59 273 360 570 9.75e-35 133
MsG0580027332.01.T01 AT2G35620 35.648 216 133 4 59 273 360 570 9.75e-35 133
MsG0580027332.01.T01 AT2G35620 35.648 216 133 4 59 273 360 570 9.75e-35 133
MsG0580027332.01.T01 AT2G32800 33.981 309 137 10 23 267 104 409 1.07e-34 134
MsG0580027332.01.T01 AT2G32800 31.416 226 145 4 57 273 587 811 1.21e-28 116
MsG0580027332.01.T01 AT5G45780 33.003 303 152 10 16 273 275 571 1.36e-34 133
MsG0580027332.01.T01 AT4G18250 31.596 307 163 8 9 271 326 629 1.42e-34 133
MsG0580027332.01.T01 AT1G79680 32.394 284 157 5 23 272 420 702 1.56e-34 133
MsG0580027332.01.T01 AT1G79620 32.881 295 136 10 24 271 626 905 1.71e-34 133
MsG0580027332.01.T01 AT3G25490 29.831 295 173 4 6 267 78 371 1.76e-34 130
MsG0580027332.01.T01 AT1G79620 32.881 295 136 10 24 271 652 931 1.84e-34 133
MsG0580027332.01.T01 AT4G33430 32.759 290 155 6 20 271 273 560 1.91e-34 132
MsG0580027332.01.T01 AT4G21400 39.234 209 64 5 23 168 348 556 3.05e-34 131
MsG0580027332.01.T01 AT4G21400 39.234 209 64 5 23 168 348 556 3.05e-34 131
MsG0580027332.01.T01 AT4G21400 39.234 209 64 5 23 168 348 556 3.05e-34 131
MsG0580027332.01.T01 AT3G46760 35.023 217 126 5 57 271 104 307 3.18e-34 128
MsG0580027332.01.T01 AT4G33430 32.759 290 155 6 20 271 320 607 3.47e-34 132
MsG0580027332.01.T01 AT1G24650 31.359 287 151 6 23 267 534 816 3.57e-34 132
MsG0580027332.01.T01 AT5G48740 35.681 213 135 2 57 268 660 871 3.66e-34 132
MsG0580027332.01.T01 AT1G70250 32.404 287 151 7 24 271 449 731 4.22e-34 132
MsG0580027332.01.T01 AT4G04960 35.060 251 143 7 57 301 402 638 4.36e-34 132
MsG0580027332.01.T01 AT4G30520 32.248 307 164 8 5 273 271 571 4.88e-34 131
MsG0580027332.01.T01 AT3G53840 32.517 286 151 5 23 267 341 625 5.02e-34 131
MsG0580027332.01.T01 AT1G31420 34.259 216 136 4 59 273 362 572 5.55e-34 131
MsG0580027332.01.T01 AT5G38990 30.526 285 161 4 24 271 513 797 6.01e-34 132
MsG0580027332.01.T01 AT5G11020 31.071 280 156 4 31 276 75 351 6.04e-34 128
MsG0580027332.01.T01 AT1G26970 32.566 304 134 12 21 268 68 356 6.62e-34 128
MsG0580027332.01.T01 AT4G28350 35.000 220 134 4 57 273 405 618 6.69e-34 131
MsG0580027332.01.T01 AT3G02130 30.820 305 169 7 3 271 842 1140 6.94e-34 132
MsG0580027332.01.T01 AT3G02130 30.921 304 168 7 4 271 826 1123 7.18e-34 131
MsG0580027332.01.T01 AT4G22130 28.322 286 165 6 24 271 242 525 8.04e-34 130
MsG0580027332.01.T01 AT2G43700 31.301 246 163 3 32 273 337 580 8.55e-34 130
MsG0580027332.01.T01 AT2G43700 31.301 246 163 3 32 273 337 580 8.55e-34 130
MsG0580027332.01.T01 AT2G43700 31.301 246 163 3 32 273 337 580 8.55e-34 130
MsG0580027332.01.T01 AT2G43700 31.301 246 163 3 32 273 337 580 8.55e-34 130
MsG0580027332.01.T01 AT3G17410 32.927 246 153 3 57 296 122 361 8.88e-34 127
MsG0580027332.01.T01 AT3G17410 32.927 246 153 3 57 296 122 361 8.88e-34 127
MsG0580027332.01.T01 AT1G21270 29.153 295 175 3 6 267 374 667 8.97e-34 131
MsG0580027332.01.T01 AT5G42440 31.095 283 154 9 26 271 71 349 9.57e-34 127
MsG0580027332.01.T01 AT5G11020 31.071 280 156 4 31 276 102 378 9.80e-34 127

Find 54 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 77 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATAACTGTTGTTGTCATATT+TGG 0.126671 5:+58553301 None:intergenic
AATCCAAAGATTTCAGATTT+TGG 0.180041 5:-58553823 MsG0580027332.01.T01:CDS
AATTGATTGATGATTGTTTA+AGG 0.196756 5:-58553402 MsG0580027332.01.T01:CDS
AACATGATCACAATCTTATT+TGG 0.217142 5:-58553534 MsG0580027332.01.T01:CDS
AGTCTCGATTTATTCATATT+TGG 0.229762 5:-58554102 MsG0580027332.01.T01:intron
AAACTTGGTGAAGGTGGTTT+TGG 0.242437 5:-58554462 MsG0580027332.01.T01:CDS
ATGCCAAAATCTGAAATCTT+TGG 0.252676 5:+58553820 None:intergenic
TCATAAGCGGAAGAAGAAAT+AGG 0.263927 5:-58553573 MsG0580027332.01.T01:CDS
CCAGTTCAAAGTAGGTTCTT+AGG 0.293868 5:-58553973 MsG0580027332.01.T01:CDS
TTTAAGAAACCAGGTTCTTT+TGG 0.307833 5:+58553262 None:intergenic
ATTATCATTTGAGAAGTTAT+TGG 0.312272 5:+58554485 None:intergenic
AATCGATGAATAACATATTC+AGG 0.330056 5:+58553646 None:intergenic
TAAGATTGTGATCATGTTCA+TGG 0.375225 5:+58553539 None:intergenic
AAATCAGATGTATTTAGCTT+TGG 0.395433 5:-58553613 MsG0580027332.01.T01:CDS
AAGAATCTTGTTAAGGTTGT+TGG 0.399864 5:-58554180 MsG0580027332.01.T01:CDS
ATTGATTGATGATTGTTTAA+GGG 0.416054 5:-58553401 MsG0580027332.01.T01:CDS
CATAAGCGGAAGAAGAAATA+GGG 0.426389 5:-58553572 MsG0580027332.01.T01:CDS
CCTAAGAACCTACTTTGAAC+TGG 0.433466 5:+58553973 None:intergenic
AATCATACATAGGGATCTAA+AGG 0.451598 5:-58553875 MsG0580027332.01.T01:CDS
GAGTAAATCTTTAAGGTTGT+TGG 0.456522 5:-58554214 MsG0580027332.01.T01:intron
GTTGTTGGTTGTTGCATTGA+AGG 0.457951 5:-58554165 MsG0580027332.01.T01:CDS
GGGAAGACTAGTAGAATAGT+TGG 0.459654 5:-58553766 MsG0580027332.01.T01:CDS
TGTTGTAGGCTAGGAGATTG+TGG 0.471603 5:-58553444 MsG0580027332.01.T01:intron
TGCATTGAAGAATCTTGTTA+AGG 0.473551 5:-58554187 MsG0580027332.01.T01:CDS
GATAATAAACTTGGTGAAGG+TGG 0.479039 5:-58554468 MsG0580027332.01.T01:CDS
TTCTCAAATGATAATAAACT+TGG 0.479686 5:-58554477 MsG0580027332.01.T01:CDS
ATGAATATACCATTGATTGA+AGG 0.480174 5:+58553196 None:intergenic
ACTGTAGCAAGTTCAAATAT+AGG 0.483889 5:+58554519 None:intergenic
GAAGAAATACCTTCAATCAA+TGG 0.484016 5:-58553205 MsG0580027332.01.T01:CDS
AATAAATCGAGACTTCTATT+CGG 0.490390 5:+58554111 None:intergenic
TGATAGATCCAGTTCAAAGT+AGG 0.509742 5:-58553981 MsG0580027332.01.T01:intron
CTAGATTAAGAATCATACAT+AGG 0.514673 5:-58553885 MsG0580027332.01.T01:CDS
ACACTACGTTATATTCAAGT+TGG 0.516247 5:-58553358 MsG0580027332.01.T01:CDS
TGCAGAGGGGATCAAATTGA+AGG 0.526567 5:-58553787 MsG0580027332.01.T01:CDS
TAGATTAAGAATCATACATA+GGG 0.533627 5:-58553884 MsG0580027332.01.T01:CDS
TTCAACATGTTGAAGCGCAC+AGG 0.534907 5:+58553946 None:intergenic
ATAAAAGAGAAAGATGAAGA+TGG 0.536017 5:-58554561 MsG0580027332.01.T01:CDS
TTCAAAGTAGGTTCTTAGGT+TGG 0.540596 5:-58553969 MsG0580027332.01.T01:CDS
GGAAGACTAGTAGAATAGTT+GGG 0.549681 5:-58553765 MsG0580027332.01.T01:CDS
TTACCTCAACCAAAAGAACC+TGG 0.573527 5:-58553271 MsG0580027332.01.T01:CDS
ATCGAGACTTCTATTCGGCA+TGG 0.576891 5:+58554116 None:intergenic
TGAACTTGCTACAGTACTCA+AGG 0.577768 5:-58554511 MsG0580027332.01.T01:CDS
AATGATAATAAACTTGGTGA+AGG 0.583305 5:-58554471 MsG0580027332.01.T01:CDS
ACTCTTTGATTTAAGAAACC+AGG 0.591205 5:+58553253 None:intergenic
TGGTTGTTGCATTGAAGGAG+AGG 0.592195 5:-58554160 MsG0580027332.01.T01:CDS
TGCAACATGTTCTAGATGAT+AGG 0.604297 5:-58553324 MsG0580027332.01.T01:CDS
GGCTAGGAGATTGTGGAGAG+AGG 0.614733 5:-58553437 MsG0580027332.01.T01:CDS
ATTGTGATCATGTTCATGGT+AGG 0.614868 5:+58553543 None:intergenic
GCATGGCTAGAATGTGCAGA+GGG 0.623474 5:-58553801 MsG0580027332.01.T01:CDS
GCAGAGGGGATCAAATTGAA+GGG 0.629578 5:-58553786 MsG0580027332.01.T01:CDS
GGCATGGCTAGAATGTGCAG+AGG 0.653018 5:-58553802 MsG0580027332.01.T01:CDS
ATGTTGAATGCAATTGCTCG+AGG 0.655184 5:-58553931 MsG0580027332.01.T01:CDS
CTATTGCTAGAAATCATAAG+CGG 0.691811 5:-58553586 MsG0580027332.01.T01:CDS
CATGGCTAGAATGTGCAGAG+GGG 0.738047 5:-58553800 MsG0580027332.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AATTTATTGAATTTTGTTGT+AGG - Chr5:58554301-58554320 MsG0580027332.01.T01:intron 15.0%
!! ACTTTCTTTAAATAAAGTAG+TGG - Chr5:58554273-58554292 MsG0580027332.01.T01:intron 20.0%
!! ATTATCATTTGAGAAGTTAT+TGG + Chr5:58553277-58553296 None:intergenic 20.0%
!! TAGATTAAGAATCATACATA+GGG - Chr5:58553875-58553894 MsG0580027332.01.T01:CDS 20.0%
!! TTCTCAAATGATAATAAACT+TGG - Chr5:58553282-58553301 MsG0580027332.01.T01:CDS 20.0%
!! TTTCTCAACTATGAAAATTA+GGG - Chr5:58553400-58553419 MsG0580027332.01.T01:CDS 20.0%
!!! AATGAAGTGATTTGTTTTTA+AGG - Chr5:58553713-58553732 MsG0580027332.01.T01:intron 20.0%
!!! AATTGATTGATGATTGTTTA+AGG - Chr5:58554357-58554376 MsG0580027332.01.T01:intron 20.0%
!!! ATAGTTTTTTTTTTTTCCAG+TGG - Chr5:58554080-58554099 MsG0580027332.01.T01:intron 20.0%
!!! ATTGATTGATGATTGTTTAA+GGG - Chr5:58554358-58554377 MsG0580027332.01.T01:intron 20.0%
!!! TTTTTAAGGAAATTTTCGAA+AGG - Chr5:58553727-58553746 MsG0580027332.01.T01:intron 20.0%
! AACATGATCACAATCTTATT+TGG - Chr5:58554225-58554244 MsG0580027332.01.T01:intron 25.0%
! AATAAATCGAGACTTCTATT+CGG + Chr5:58553651-58553670 None:intergenic 25.0%
! AATCGATGAATAACATATTC+AGG + Chr5:58554116-58554135 None:intergenic 25.0%
! AGTCTCGATTTATTCATATT+TGG - Chr5:58553657-58553676 MsG0580027332.01.T01:CDS 25.0%
! ATAAAAGAGAAAGATGAAGA+TGG - Chr5:58553198-58553217 MsG0580027332.01.T01:CDS 25.0%
! ATAACTGTTGTTGTCATATT+TGG + Chr5:58554461-58554480 None:intergenic 25.0%
! CTAGATTAAGAATCATACAT+AGG - Chr5:58553874-58553893 MsG0580027332.01.T01:CDS 25.0%
! CTTTCTCAACTATGAAAATT+AGG - Chr5:58553399-58553418 MsG0580027332.01.T01:CDS 25.0%
!! AAATCAGATGTATTTAGCTT+TGG - Chr5:58554146-58554165 MsG0580027332.01.T01:CDS 25.0%
!! AATCCAAAGATTTCAGATTT+TGG - Chr5:58553936-58553955 MsG0580027332.01.T01:CDS 25.0%
!! AATGATAATAAACTTGGTGA+AGG - Chr5:58553288-58553307 MsG0580027332.01.T01:CDS 25.0%
!! ATGAATATACCATTGATTGA+AGG + Chr5:58554566-58554585 None:intergenic 25.0%
AAATTCAGTACAACTGTACA+AGG - Chr5:58553468-58553487 MsG0580027332.01.T01:intron 30.0%
AAGAATCTTGTTAAGGTTGT+TGG - Chr5:58553579-58553598 MsG0580027332.01.T01:CDS 30.0%
AATCATACATAGGGATCTAA+AGG - Chr5:58553884-58553903 MsG0580027332.01.T01:CDS 30.0%
ACACTACGTTATATTCAAGT+TGG - Chr5:58554401-58554420 MsG0580027332.01.T01:intron 30.0%
ACTGTAGCAAGTTCAAATAT+AGG + Chr5:58553243-58553262 None:intergenic 30.0%
CAACATCGAGTAAATCTTTA+AGG - Chr5:58553538-58553557 MsG0580027332.01.T01:CDS 30.0%
CTATTGCTAGAAATCATAAG+CGG - Chr5:58554173-58554192 MsG0580027332.01.T01:CDS 30.0%
GAAGAAATACCTTCAATCAA+TGG - Chr5:58554554-58554573 MsG0580027332.01.T01:CDS 30.0%
TAAGATTGTGATCATGTTCA+TGG + Chr5:58554223-58554242 None:intergenic 30.0%
TGCATTGAAGAATCTTGTTA+AGG - Chr5:58553572-58553591 MsG0580027332.01.T01:CDS 30.0%
! AAGAAAGTCTTTGTTTCATG+CGG + Chr5:58554261-58554280 None:intergenic 30.0%
! ACTCTTTGATTTAAGAAACC+AGG + Chr5:58554509-58554528 None:intergenic 30.0%
! ATGCCAAAATCTGAAATCTT+TGG + Chr5:58553942-58553961 None:intergenic 30.0%
! TTTAAGAAACCAGGTTCTTT+TGG + Chr5:58554500-58554519 None:intergenic 30.0%
!! AAAGATTTCAGATTTTGGCA+TGG - Chr5:58553941-58553960 MsG0580027332.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTGAATTTTGTTGTAGGCT+AGG - Chr5:58554306-58554325 MsG0580027332.01.T01:intron 30.0%
!! GAGTAAATCTTTAAGGTTGT+TGG - Chr5:58553545-58553564 MsG0580027332.01.T01:CDS 30.0%
!!! TTTTTTTTCCAGTGGTTACA+TGG - Chr5:58554088-58554107 MsG0580027332.01.T01:intron 30.0%
AAAATGTACCTTGTATACCC+CGG + Chr5:58553324-58553343 None:intergenic 35.0%
AATTAGGGTACATTGCAAGA+TGG - Chr5:58553415-58553434 MsG0580027332.01.T01:CDS 35.0%
ATTGTGATCATGTTCATGGT+AGG + Chr5:58554219-58554238 None:intergenic 35.0%
CATAAGCGGAAGAAGAAATA+GGG - Chr5:58554187-58554206 MsG0580027332.01.T01:CDS 35.0%
GGAAGACTAGTAGAATAGTT+GGG - Chr5:58553994-58554013 MsG0580027332.01.T01:intron 35.0%
TCATAAGCGGAAGAAGAAAT+AGG - Chr5:58554186-58554205 MsG0580027332.01.T01:CDS 35.0%
TGATAGATCCAGTTCAAAGT+AGG - Chr5:58553778-58553797 MsG0580027332.01.T01:CDS 35.0%
TTCAAAGTAGGTTCTTAGGT+TGG - Chr5:58553790-58553809 MsG0580027332.01.T01:CDS 35.0%
TTGAACTGGATCTATCAAGA+TGG + Chr5:58553775-58553794 None:intergenic 35.0%
! GATAATAAACTTGGTGAAGG+TGG - Chr5:58553291-58553310 MsG0580027332.01.T01:CDS 35.0%
! TGCAACATGTTCTAGATGAT+AGG - Chr5:58554435-58554454 MsG0580027332.01.T01:intron 35.0%
ATGTTGAATGCAATTGCTCG+AGG - Chr5:58553828-58553847 MsG0580027332.01.T01:CDS 40.0%
CCAGTTCAAAGTAGGTTCTT+AGG - Chr5:58553786-58553805 MsG0580027332.01.T01:CDS 40.0%
CCTAAGAACCTACTTTGAAC+TGG + Chr5:58553789-58553808 None:intergenic 40.0%
GGGAAGACTAGTAGAATAGT+TGG - Chr5:58553993-58554012 MsG0580027332.01.T01:intron 40.0%
TCAGTACAACTGTACAAGGA+AGG - Chr5:58553472-58553491 MsG0580027332.01.T01:intron 40.0%
TTACCTCAACCAAAAGAACC+TGG - Chr5:58554488-58554507 MsG0580027332.01.T01:CDS 40.0%
! GTTGTTGGTTGTTGCATTGA+AGG - Chr5:58553560-58553579 MsG0580027332.01.T01:CDS 40.0%
!! AAACCAGGTTCTTTTGGTTG+AGG + Chr5:58554494-58554513 None:intergenic 40.0%
!! AAACTTGGTGAAGGTGGTTT+TGG - Chr5:58553297-58553316 MsG0580027332.01.T01:CDS 40.0%
!! TGAACTTGCTACAGTACTCA+AGG - Chr5:58553248-58553267 MsG0580027332.01.T01:CDS 40.0%
ATCGAGACTTCTATTCGGCA+TGG + Chr5:58553646-58553665 None:intergenic 45.0%
GCAGAGGGGATCAAATTGAA+GGG - Chr5:58553973-58553992 MsG0580027332.01.T01:CDS 45.0%
TGCAGAGGGGATCAAATTGA+AGG - Chr5:58553972-58553991 MsG0580027332.01.T01:CDS 45.0%
TGGTTGTTGCATTGAAGGAG+AGG - Chr5:58553599-58553618 MsG0580027332.01.T01:CDS 45.0%
TGTTGTAGGCTAGGAGATTG+TGG - Chr5:58554315-58554334 MsG0580027332.01.T01:intron 45.0%
TTCAACATGTTGAAGCGCAC+AGG + Chr5:58553816-58553835 None:intergenic 45.0%
CATGGCTAGAATGTGCAGAG+GGG - Chr5:58553959-58553978 MsG0580027332.01.T01:CDS 50.0%
GCATGGCTAGAATGTGCAGA+GGG - Chr5:58553958-58553977 MsG0580027332.01.T01:CDS 50.0%
! TTCAGGTGCCATGTAACCAC+TGG + Chr5:58554099-58554118 None:intergenic 50.0%
!! GTTTTGGACCGGGGTATACA+AGG - Chr5:58553313-58553332 MsG0580027332.01.T01:CDS 50.0%
!!! TGGTGAAGGTGGTTTTGGAC+CGG - Chr5:58553302-58553321 MsG0580027332.01.T01:CDS 50.0%
GGCATGGCTAGAATGTGCAG+AGG - Chr5:58553957-58553976 MsG0580027332.01.T01:CDS 55.0%
GGCTAGGAGATTGTGGAGAG+AGG - Chr5:58554322-58554341 MsG0580027332.01.T01:intron 55.0%
!!! GGTGAAGGTGGTTTTGGACC+GGG - Chr5:58553303-58553322 MsG0580027332.01.T01:CDS 55.0%
!!! GTGAAGGTGGTTTTGGACCG+GGG - Chr5:58553304-58553323 MsG0580027332.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 58553177 58554604 58553177 ID=MsG0580027332.01;Name=MsG0580027332.01
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Chr5 exon 58554456 58554604 58554456 ID=MsG0580027332.01.T01:exon:13153;Parent=MsG0580027332.01.T01
Chr5 exon 58554103 58554221 58554103 ID=MsG0580027332.01.T01:exon:13152;Parent=MsG0580027332.01.T01
Chr5 exon 58553760 58553997 58553760 ID=MsG0580027332.01.T01:exon:13151;Parent=MsG0580027332.01.T01
Chr5 exon 58553531 58553681 58553531 ID=MsG0580027332.01.T01:exon:13150;Parent=MsG0580027332.01.T01
Chr5 exon 58553177 58553458 58553177 ID=MsG0580027332.01.T01:exon:13149;Parent=MsG0580027332.01.T01
Chr5 CDS 58554456 58554604 58554456 ID=MsG0580027332.01.T01:cds;Parent=MsG0580027332.01.T01
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Chr5 CDS 58553177 58553458 58553177 ID=MsG0580027332.01.T01:cds;Parent=MsG0580027332.01.T01
Gene Sequence

>MsG0580027332.01.T01

ATGATAGACAAGATCATGATGATAAAAGAGAAAGATGAAGATGGACATGACGATTTTGAGCTTCCTATATTTGAACTTGCTACAGTACTCAAGGCGACCAATAACTTCTCAAATGATAATAAACTTGGTGAAGGTGGTTTTGGACCGGGGTTGTTGGTTGTTGCATTGAAGAATCTTGTTAAGGTTGTTGGTTGTTGCATTGAAGGAGAGGAGAAAATGTTACTCTATGAGTCCATGCCGAATAGAAGTCTCGATTTATTCATATTTGATCCAGTTCAAAGTAGGTTCTTAGGTTGGCCTGTGCGCTTCAACATGTTGAATGCAATTGCTCGAGGACTTCTTTATCTTCATCAAGATTCTAGATTAAGAATCATACATAGGGATCTAAAGGCAAGCAATATTTTCGTCGACAATGATATGAATCCAAAGATTTCAGATTTTGGCATGGCTAGAATGTGCAGAGGGGATCAAATTGAAGGGAAGACTAGTAGAATAGTTGGGACATATGGTTACATGGCACCTGAATATGTTATTCATCGATTATTCTCTATAAAATCAGATGTATTTAGCTTTGGCGTGCTATTGCTAGAAATCATAAGCGGAAGAAGAAATAGGGCACTTACCTACCATGAACATGATCACAATCTTATTTGGCATGCTAGGAGATTGTGGAGAGAGGACATTTCACATGAATTGATTGATGATTGTTTAAGGGATTCATGTATTTTATCTGAAACACTACGTTATATTCAAGTTGGTCTTTTATGTGTGCAACATGTTCTAGATGATAGGCCAAATATGACAACAACAGTTATGATTAGTTTACCTCAACCAAAAGAACCTGGTTTCTTAAATCAAAGAGTCTCAATTGAAGAAACATCTTCAAGAGAAGAAATACCTTCAATCAATGGTATATTCATAAGCTATTATAGTTTGTGA
Protein sequence

>MsG0580027332.01.T01

MIDKIMMIKEKDEDGHDDFELPIFELATVLKATNNFSNDNKLGEGGFGPGLLVVALKNLVKVVGCCIEGEEKMLLYESMPNRSLDLFIFDPVQSRFLGWPVRFNMLNAIARGLLYLHQDSRLRIIHRDLKASNIFVDNDMNPKISDFGMARMCRGDQIEGKTSRIVGTYGYMAPEYVIHRLFSIKSDVFSFGVLLLEIISGRRNRALTYHEHDHNLIWHARRLWREDISHELIDDCLRDSCILSETLRYIQVGLLCVQHVLDDRPNMTTTVMISLPQPKEPGFLNQRVSIEETSSREEIPSINGIFISYYSL*