AlfalfaGEDB | MsG0880044209.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880044209.01

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MsG0880044209.01.T01	AT4G13190	37.354	257	154	3	141	393	4	257	4.52e-56	188
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MsG0880044209.01.T01	AT3G09830	35.669	314	183	6	101	400	65	373	8.42e-56	191

Find 64 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 107 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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GAAAACAAGTTAGGACAGGG+AGG	0.741293	8:+37647785	MsG0880044209.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
!!	AAAGATAGATATAAAATAAA+AGG	-	Chr8:37647596-37647615	None:intergenic	10.0%
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!!!	ATTTTTTTACAAAATGAAGA+TGG	-	Chr8:37647951-37647970	None:intergenic	15.0%
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!	AGATAAGAAAGGTAAAAGAA+AGG	+	Chr8:37647637-37647656	MsG0880044209.01.T01:CDS	25.0%
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!!!	TACTTGGTTATTTTCAAGTT+AGG	-	Chr8:37648594-37648613	None:intergenic	25.0%
!!!	TATGGTTGGTAATTATTGTT+TGG	+	Chr8:37647996-37648015	MsG0880044209.01.T01:intron	25.0%
	AAAAATTGCAGATTTCGGTA+TGG	+	Chr8:37648887-37648906	MsG0880044209.01.T01:CDS	30.0%
	AAACAAAAATATGCGCTACA+AGG	+	Chr8:37647524-37647543	MsG0880044209.01.T01:CDS	30.0%
	AACCCAAAAATTGCAGATTT+CGG	+	Chr8:37648882-37648901	MsG0880044209.01.T01:CDS	30.0%
	AAGAAAGGTAAAAGAAAGGA+AGG	+	Chr8:37647641-37647660	MsG0880044209.01.T01:CDS	30.0%
	AAGACGTAAGGACAAAATTT+AGG	-	Chr8:37648179-37648198	None:intergenic	30.0%
	AAGCGATTCAACATAATAGA+AGG	+	Chr8:37648762-37648781	MsG0880044209.01.T01:CDS	30.0%
	ACAAATCTTGTACAACTACT+TGG	+	Chr8:37648320-37648339	MsG0880044209.01.T01:CDS	30.0%
	ACATAAAATGATGGTCTTCT+TGG	-	Chr8:37649478-37649497	None:intergenic	30.0%
	ACGTATCCTATTAGATTTAG+TGG	-	Chr8:37649189-37649208	None:intergenic	30.0%
	ATATATGCCAAACAAAAGCT+TGG	+	Chr8:37648382-37648401	MsG0880044209.01.T01:CDS	30.0%
	CAGGTAAAAAAAAGTGGATA+TGG	+	Chr8:37647435-37647454	MsG0880044209.01.T01:CDS	30.0%
	CTAATGCAGGTAAAAAAAAG+TGG	+	Chr8:37647429-37647448	MsG0880044209.01.T01:CDS	30.0%
	GATATAACTTCAGACATTGT+AGG	-	Chr8:37649421-37649440	None:intergenic	30.0%
	GTAAATACCAACAGAATTGT+TGG	+	Chr8:37648939-37648958	MsG0880044209.01.T01:CDS	30.0%
	TATTATGCCCACTCATTATA+TGG	+	Chr8:37647489-37647508	MsG0880044209.01.T01:CDS	30.0%
	TTGAAAATAGTCTAGTACGT+AGG	+	Chr8:37647558-37647577	MsG0880044209.01.T01:CDS	30.0%
	TTGTTCAAGATGAAGTGAAA+AGG	+	Chr8:37649347-37649366	MsG0880044209.01.T01:CDS	30.0%
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!!	TTGAACAAACGTGTCATTTA+AGG	-	Chr8:37649335-37649354	None:intergenic	30.0%
	AAGTCTGACGTTTATAGCTT+TGG	+	Chr8:37649102-37649121	MsG0880044209.01.T01:CDS	35.0%
	AATATGCGCTACAAGGTATA+CGG	+	Chr8:37647531-37647550	MsG0880044209.01.T01:CDS	35.0%
	ACAGGGAAACAACTTCTAAA+GGG	+	Chr8:37649515-37649534	MsG0880044209.01.T01:CDS	35.0%
	AGAAATTGCTGTCGTAGAAT+AGG	-	Chr8:37649554-37649573	None:intergenic	35.0%
	AGATCTTGAAGATGACTTCA+AGG	+	Chr8:37647700-37647719	MsG0880044209.01.T01:CDS	35.0%
	AGCTTGGATTTCTATCTGTT+TGG	+	Chr8:37648398-37648417	MsG0880044209.01.T01:CDS	35.0%
	ATAATAGAAGGAGTTGCTCA+AGG	+	Chr8:37648774-37648793	MsG0880044209.01.T01:CDS	35.0%
	ATTAATAGGCATGGGAGTTA+TGG	+	Chr8:37649275-37649294	MsG0880044209.01.T01:intron	35.0%
	GATCGTCCACTAAATCTAAT+AGG	+	Chr8:37649180-37649199	MsG0880044209.01.T01:CDS	35.0%
	GATCTTGAAGATGACTTCAA+GGG	+	Chr8:37647701-37647720	MsG0880044209.01.T01:CDS	35.0%
	GTTGCATTCATGAAGAAGAA+AGG	+	Chr8:37648345-37648364	MsG0880044209.01.T01:CDS	35.0%
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!	TTTTCCTTCTACTTCACATG+AGG	-	Chr8:37649578-37649597	None:intergenic	35.0%
!!	ACAAACGTGTCATTTAAGGT+TGG	-	Chr8:37649331-37649350	None:intergenic	35.0%
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	CCTGAAAACAAGTTAGGACA+GGG	+	Chr8:37647782-37647801	MsG0880044209.01.T01:CDS	40.0%
	CGAAAAAGAAGCTGCTAGAT+TGG	+	Chr8:37648736-37648755	MsG0880044209.01.T01:CDS	40.0%
	CTTTCAAAAACATCCGGACA+AGG	+	Chr8:37648248-37648267	MsG0880044209.01.T01:CDS	40.0%
	GAATTCCACAATTCCTTGTC+CGG	-	Chr8:37648264-37648283	None:intergenic	40.0%
	GACAGGGAAACAACTTCTAA+AGG	+	Chr8:37649514-37649533	MsG0880044209.01.T01:CDS	40.0%
	GGAAGGTAAGAGCAATGATT+TGG	+	Chr8:37647658-37647677	MsG0880044209.01.T01:CDS	40.0%
	TCGCTAGCCATATAATGAGT+GGG	-	Chr8:37647499-37647518	None:intergenic	40.0%
	TCTACCTCATGTGAAGTAGA+AGG	+	Chr8:37649571-37649590	MsG0880044209.01.T01:CDS	40.0%
	TGTAGAACAAACTCCTTCCA+TGG	-	Chr8:37649082-37649101	None:intergenic	40.0%
	TTACGACTTCAGGGAATCTT+GGG	+	Chr8:37648197-37648216	MsG0880044209.01.T01:intron	40.0%
	TTCGCTAGCCATATAATGAG+TGG	-	Chr8:37647500-37647519	None:intergenic	40.0%
!	GTGAAAAGGTGCATTCATGT+TGG	+	Chr8:37649361-37649380	MsG0880044209.01.T01:CDS	40.0%
!	TCATGTTGGTCTCTTATGTG+TGG	+	Chr8:37649375-37649394	MsG0880044209.01.T01:CDS	40.0%
	AACATCCGGACAAGGAATTG+TGG	+	Chr8:37648256-37648275	MsG0880044209.01.T01:CDS	45.0%
	ACTCCTTCCATGGCATATTC+TGG	-	Chr8:37649072-37649091	None:intergenic	45.0%
	CATGTCTCCAGAATATGCCA+TGG	+	Chr8:37649062-37649081	MsG0880044209.01.T01:CDS	45.0%
	CCTTACGTCTTACGACTTCA+GGG	+	Chr8:37648188-37648207	MsG0880044209.01.T01:intron	45.0%
	CTACGTCCCAACAATTCTGT+TGG	-	Chr8:37648949-37648968	None:intergenic	45.0%
	CTTACGACTTCAGGGAATCT+TGG	+	Chr8:37648196-37648215	MsG0880044209.01.T01:intron	45.0%
	GAAAACAAGTTAGGACAGGG+AGG	+	Chr8:37647785-37647804	MsG0880044209.01.T01:CDS	45.0%
	GCATGGGAGTTATGGAATGA+TGG	+	Chr8:37649283-37649302	MsG0880044209.01.T01:CDS	45.0%
	GGCAAGAATGTTTACACAGC+AGG	+	Chr8:37648908-37648927	MsG0880044209.01.T01:CDS	45.0%
	TCCTTACGTCTTACGACTTC+AGG	+	Chr8:37648187-37648206	MsG0880044209.01.T01:intron	45.0%
	TCTCCAGAATATGCCATGGA+AGG	+	Chr8:37649066-37649085	MsG0880044209.01.T01:CDS	45.0%
	TGCTGTCGTAGAATAGGTGT+CGG	-	Chr8:37649548-37649567	None:intergenic	45.0%
	TTCAGGGAATCTTGGGAACA+GGG	+	Chr8:37648204-37648223	MsG0880044209.01.T01:intron	45.0%
!!!	CCCTGTCCTAACTTGTTTTC+AGG	-	Chr8:37647785-37647804	None:intergenic	45.0%
!!	AATTTGATTAAATTATTAAT+AGG	+	Chr8:37649261-37649280	MsG0880044209.01.T01:intron	5.0%
	AAGTTAGGACAGGGAGGCTA+TGG	+	Chr8:37647791-37647810	MsG0880044209.01.T01:CDS	50.0%
	CCCTGAAGTCGTAAGACGTA+AGG	-	Chr8:37648191-37648210	None:intergenic	50.0%
	CTTCAGGGAATCTTGGGAAC+AGG	+	Chr8:37648203-37648222	MsG0880044209.01.T01:intron	50.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr8	gene	37647419	37649621	37647419	ID=MsG0880044209.01;Name=MsG0880044209.01
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Chr8	three_prime_UTR	37649604	37649621	37649604	ID=MsG0880044209.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0880044209.01.T01

Gene Sequence

>MsG0880044209.01.T01

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Protein sequence

>MsG0880044209.01.T01

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