AlfalfaGEDB | MS.gene065055

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene065055

KEGG: K21767
GO: -
PFAM: PF02985.25 PF12612.11 PF13513.9

Nr:

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MS.gene065055.t1	XP_024627854.1	90.1	1272	125	1	1	1271	1	1272	0.00E+00	2254.2

Showing 1 to 1 of 1 entries

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Swissprot:

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MS.gene065055.t1	Q8L5R3	62.5	1270	451	6	3	1271	9	1254	0.0e+00	1526.5

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Trembl:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene065055.t1	A0A072VQN2	90.1	1272	125	1	1	1271	1	1272	0.0e+00	2254.2

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
MS.gene049142	MS.gene065055	0.816662	4.93E-52	-1.69E-46
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MS.gene050414	MS.gene065055	0.847032	1.49E-59	-1.69E-46

Showing 1 to 10 of 100 entries

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	bit score
MS.gene065055.t1	MTR_1g112130	93.553	1272	81	1	1	1271	1	1272	2396
MS.gene065055.t1	MTR_1g112130	93.165	1185	79	2	1	1183	1	1185	2214
MS.gene065055.t1	MTR_1g112130	92.973	1110	78	0	1	1110	1	1110	2070

Showing 1 to 3 of 3 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	bit score
MS.gene065055.t1	AT3G60740	64.617	1252	414	7	23	1271	29	1254	1625
MS.gene065055.t1	AT3G60740	64.321	1208	402	7	67	1271	1	1182	1556
MS.gene065055.t1	AT3G60740	65.431	1079	344	7	23	1098	29	1081	1440

Showing 1 to 3 of 3 entries

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Find 240 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAAGTAAGAAGTTGAGAGA+AGG	0.580104	1.2:-82956061	None:intergenic
AAAAGTGCTTCCTTCAAGAA+TGG	0.399315	1.2:+82943581	MS.gene065055:CDS
AAAATCATTCTCGGTGAAAG+AGG	0.541155	1.2:-82952938	None:intergenic
AAAGAGAATCAGTCCAATTT+GGG	0.404028	1.2:+82947127	MS.gene065055:CDS
AAAGATATTCCTTAATATGG+AGG	0.568951	1.2:+82954275	MS.gene065055:CDS
AAAGGCAATACCTTTAAAGT+GGG	0.617607	1.2:-82953751	None:intergenic
AAATTATTTCTATGACTCGC+TGG	0.429915	1.2:+82956363	MS.gene065055:CDS
AAGCACATTTCTCCATTGAC+TGG	0.501608	1.2:-82952704	None:intergenic
AAGGATTATCTTTCAGTTTC+TGG	0.106508	1.2:+82944230	MS.gene065055:CDS
AAGGTAGACATGTTCAGCTG+AGG	0.671097	1.2:-82956285	None:intergenic

Showing 1 to 10 of 240 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr1.2	gene	82943490	82956565	82943490	ID=MS.gene065055
chr1.2	mRNA	82943490	82956565	82943490	ID=MS.gene065055.t1;Parent=MS.gene065055
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chr1.2	CDS	82943490	82943687	82943490	ID=cds.MS.gene065055.t1;Parent=MS.gene065055.t1
chr1.2	exon	82943780	82944327	82943780	ID=MS.gene065055.t1.exon2;Parent=MS.gene065055.t1
chr1.2	CDS	82943780	82944327	82943780	ID=cds.MS.gene065055.t1;Parent=MS.gene065055.t1
chr1.2	exon	82945050	82945149	82945050	ID=MS.gene065055.t1.exon3;Parent=MS.gene065055.t1
chr1.2	CDS	82945050	82945149	82945050	ID=cds.MS.gene065055.t1;Parent=MS.gene065055.t1
chr1.2	exon	82946003	82946179	82946003	ID=MS.gene065055.t1.exon4;Parent=MS.gene065055.t1
chr1.2	CDS	82946003	82946179	82946003	ID=cds.MS.gene065055.t1;Parent=MS.gene065055.t1
chr1.2	exon	82947085	82947270	82947085	ID=MS.gene065055.t1.exon5;Parent=MS.gene065055.t1
chr1.2	CDS	82947085	82947270	82947085	ID=cds.MS.gene065055.t1;Parent=MS.gene065055.t1
chr1.2	exon	82948781	82948897	82948781	ID=MS.gene065055.t1.exon6;Parent=MS.gene065055.t1
chr1.2	CDS	82948781	82948897	82948781	ID=cds.MS.gene065055.t1;Parent=MS.gene065055.t1
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chr1.2	CDS	82949936	82950151	82949936	ID=cds.MS.gene065055.t1;Parent=MS.gene065055.t1
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chr1.2	exon	82954252	82954296	82954252	ID=MS.gene065055.t1.exon15;Parent=MS.gene065055.t1
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chr1.2	exon	82955919	82956104	82955919	ID=MS.gene065055.t1.exon16;Parent=MS.gene065055.t1
chr1.2	CDS	82955919	82956104	82955919	ID=cds.MS.gene065055.t1;Parent=MS.gene065055.t1
chr1.2	exon	82956275	82956565	82956275	ID=MS.gene065055.t1.exon17;Parent=MS.gene065055.t1
chr1.2	CDS	82956275	82956565	82956275	ID=cds.MS.gene065055.t1;Parent=MS.gene065055.t1

Gene Sequence

>MS.gene065055

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