AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene49818


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MS.gene49818.t1 MTR_6g027790 99.338 302 2 0 1 302 1 302 0.0 613
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MS.gene49818.t1 AT5G55000 80.667 300 55 1 3 302 2 298 7.63e-179 495
MS.gene49818.t1 AT5G55000 81.915 282 48 1 3 284 2 280 8.03e-171 475

Find 65 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TTTCGAGGGGTTAATCTTTC+TGG 0.140143 6.3:-19729060 MS.gene49818:CDS
AAATCTTCGTGGTGCTTTAT+TGG 0.215956 6.3:-19727912 MS.gene49818:CDS
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TCTTCAATGTGCAAAGTTTC+GGG 0.233983 6.3:-19728476 MS.gene49818:intron
TTAGGGATTGTGTACGTTAT+TGG 0.245403 6.3:+19731837 None:intergenic
ATCTTCAATGTGCAAAGTTT+CGG 0.272003 6.3:-19728477 MS.gene49818:CDS
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TCGCAGGAGGAAAGAAATTC+TGG 0.315051 6.3:-19731945 MS.gene49818:intron
CTTCGTGGTGCTTTATTGGC+TGG 0.321965 6.3:-19727908 MS.gene49818:CDS
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TAGGGAAGATGTGAATTTAC+TGG 0.329065 6.3:-19727938 MS.gene49818:intron
CTGAATATTCAGAGCTGTTA+AGG 0.330521 6.3:-19729851 MS.gene49818:CDS
GTTTCAGATGCTTGTTTAGT+AGG 0.336228 6.3:-19727391 MS.gene49818:intron
TCCTCTTATTAAGGACATCT+TGG 0.341120 6.3:+19729157 None:intergenic
TCTGATTGCTCCGAGCAAAT+TGG 0.346394 6.3:+19724008 None:intergenic
TGGGATCTTGAGAGAGAGTA+TGG 0.355414 6.3:+19731857 None:intergenic
CAATCTGGAGGGAGCTAATC+TGG 0.361067 6.3:-19725804 MS.gene49818:CDS
AAATGTTAGGGGCTTATAGA+TGG 0.404279 6.3:-19729183 MS.gene49818:intron
ACACATTCTCAATTGGTTAA+GGG 0.428609 6.3:-19729901 MS.gene49818:CDS
TGGCATCGACCTCTCTAAAC+TGG 0.430625 6.3:-19729040 MS.gene49818:intron
ACTTCAGACACATTCTCAAT+TGG 0.430939 6.3:-19729908 MS.gene49818:CDS
ACGAAGCGCGGAAGATAAAT+CGG 0.452142 6.3:+19732077 None:intergenic
CAGATTAGCTCCCTCCAGAT+TGG 0.453075 6.3:+19725805 None:intergenic
TTCGTGGTGCTTTATTGGCT+GGG 0.455181 6.3:-19727907 MS.gene49818:CDS
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ATAGCAGCTAGCATTGAATC+TGG 0.472099 6.3:+19731892 None:intergenic
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TCCAAGATGTCCTTAATAAG+AGG 0.492750 6.3:-19729158 MS.gene49818:CDS
CAAAGTTGCATTATGAAAGA+TGG 0.497185 6.3:+19728038 None:intergenic
TTAGTAGGATGTAGCTTCTG+TGG 0.501874 6.3:-19727376 MS.gene49818:CDS
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CTGAGAGAGTCAGGTTTCGA+GGG 0.520649 6.3:-19729074 MS.gene49818:CDS
CACAAGTAGCTGATAGTACT+CGG 0.521027 6.3:+19729824 None:intergenic
TTTATCAATCAGGACTTGGA+AGG 0.525684 6.3:-19724048 MS.gene49818:intron
TTATAGGATGTTGATGCTGA+GGG 0.533321 6.3:-19728063 MS.gene49818:intron
TCTGGAAGGAGCAAATTTGA+AGG 0.533384 6.3:-19725786 MS.gene49818:intron
TGGCGTGGTGCCCACTCTCG+AGG 0.534975 6.3:-19729877 MS.gene49818:CDS
AAGGTTAGCATTCTTCAACT+TGG 0.536677 6.3:+19724912 None:intergenic
TTTACTGGGGCAAATCTTCG+TGG 0.542197 6.3:-19727923 MS.gene49818:CDS
CCTGTAGATGTGCAGATCGC+AGG 0.553123 6.3:+19727347 None:intergenic
GCGCGGAAGATAAATCGGAT+TGG 0.564731 6.3:+19732082 None:intergenic
TAATAAGAGGAAGGAAGAAG+AGG 0.574612 6.3:-19729145 MS.gene49818:CDS
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TTTATAGGATGTTGATGCTG+AGG 0.585562 6.3:-19728064 MS.gene49818:intron
ATTCTCAATTGGTTAAGGGA+TGG 0.600914 6.3:-19729897 MS.gene49818:CDS
ATATTCAGCTTCCTCGAGAG+TGG 0.601502 6.3:+19729866 None:intergenic
AGATGTCCTTAATAAGAGGA+AGG 0.603876 6.3:-19729154 MS.gene49818:CDS
AAGAATTTACCAGTTTAGAG+AGG 0.607566 6.3:+19729031 None:intergenic
ATGCTAGCTGCTATGTTCAG+TGG 0.611283 6.3:-19731883 MS.gene49818:CDS
ACCGATGTTGAGACGAAGCG+CGG 0.616509 6.3:+19732065 None:intergenic
CTTACTAATGCCAATCTGGA+GGG 0.617585 6.3:-19725815 MS.gene49818:CDS
TATTCAGCTTCCTCGAGAGT+GGG 0.618214 6.3:+19729867 None:intergenic
CTGGAGGGAGCTAATCTGGA+AGG 0.618931 6.3:-19725800 MS.gene49818:CDS
CAATTGGTTAAGGGATGGCG+TGG 0.626299 6.3:-19729892 MS.gene49818:CDS
TCTTACTAATGCCAATCTGG+AGG 0.628999 6.3:-19725816 MS.gene49818:CDS
CAGTACGTGTCAATTCTGTA+CGG 0.635724 6.3:+19729118 None:intergenic
TGAGAGAGTCAGGTTTCGAG+GGG 0.661863 6.3:-19729073 MS.gene49818:CDS
GGGAAGATGTGAATTTACTG+GGG 0.736367 6.3:-19727936 MS.gene49818:intron

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr6.3 gene 19724005 19732115 19724005 ID=MS.gene49818
chr6.3 mRNA 19724005 19732115 19724005 ID=MS.gene49818.t1;Parent=MS.gene49818
chr6.3 exon 19732067 19732115 19732067 ID=MS.gene49818.t1.exon1;Parent=MS.gene49818.t1
chr6.3 CDS 19732067 19732115 19732067 ID=cds.MS.gene49818.t1;Parent=MS.gene49818.t1
chr6.3 exon 19731852 19731961 19731852 ID=MS.gene49818.t1.exon2;Parent=MS.gene49818.t1
chr6.3 CDS 19731852 19731961 19731852 ID=cds.MS.gene49818.t1;Parent=MS.gene49818.t1
chr6.3 exon 19729827 19729961 19729827 ID=MS.gene49818.t1.exon3;Parent=MS.gene49818.t1
chr6.3 CDS 19729827 19729961 19729827 ID=cds.MS.gene49818.t1;Parent=MS.gene49818.t1
chr6.3 exon 19729041 19729196 19729041 ID=MS.gene49818.t1.exon4;Parent=MS.gene49818.t1
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chr6.3 exon 19728477 19728560 19728477 ID=MS.gene49818.t1.exon5;Parent=MS.gene49818.t1
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chr6.3 exon 19724873 19724953 19724873 ID=MS.gene49818.t1.exon10;Parent=MS.gene49818.t1
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chr6.3 exon 19724005 19724058 19724005 ID=MS.gene49818.t1.exon11;Parent=MS.gene49818.t1
chr6.3 CDS 19724005 19724058 19724005 ID=cds.MS.gene49818.t1;Parent=MS.gene49818.t1
Gene Sequence

>MS.gene49818

ATGAAGGAATTCCAATCCGATTTATCTTCCGCGCTTCGTCTCAACATCGGTAACTAACTAATTCTCTCTTATACGACGTCGTTTTAATTCTTCTTCTTCAATTTCTCCTTCTTTATAATCATCAATTTTCACATTTTATTTCTGAATTTCGCAGGAGGAAAGAAATTCTGGACAACGATCGATACAGTTACACAACGTGAACCAGATTCAATGCTAGCTGCTATGTTCAGTGGTCGCCATACTCTCTCTCAAGATCCCAATAACGTACACAATCCCTAAATTTCTTACATTTTCTTTTGTTTTCGTGTTTTTTTATGACTATGTTCGGTAAAAATAGCGGTCAGATGATGAGTTAGTTTATAGCAAGCCTGGATACGGATACAGACATGAATTTGAGAAAATTACATAATTGAGTGTAATTATATGTGTCGGTGTCGAACATGACACGTGTCTGACACTAGGACATACATAATCCCAAGAGTGTCTGTGCTTTATAGGTTTGTAGTATTTGTTAAGAATTAGCGGTTGAACTAACTTATAAATATGAAATCACATAAAAAAGATATGTTTATTCAATTAATCTTTTTTTTTTCCTTTCAATTAAGATATCAAAGGTAAAATTGAGATAAAATATGATAAGCTATAAGGTTTATACTAGAATCTACTTGAATTAACTTATTAGAAAATACTATGATTAGTAAAAATAAGCTATAGGCTCGTGAGGAAATGACGGTTACCAAACAAGTATTTTTTAGTCATTTGAGCTTATAAGATGTAGGGTCAATTTGGCAAGTCCTATTTTTGAGCTTATGTCTTATAAGCTCATTTGATTAAAAAGACCCATTTGGTAACCTTTACTTTCTCACGAGCTTATGACTTATTTTACCAGCTCATAGCATTTTTTGATAAGCTAATTCAAGTGGCTTATAGCTTATCATTATTTATCTCAATTTTGCCCTTGCAATCTTAATTGAAAAAATTAAATATTATTTAAATATATTATTTTTATGTAATTTCATATTTATAAGCTATTTCAACCGCTAATTTTACCAAACACTAGAAATTCATTAAGCTAGCTTATCAGCTATTCACCGTTTTTTACCAAATAGAGCCATAAGCTGTCAGATATAAGCTATCTTATTGTGCGTGGCAAATAGACCCTAAATGAAGGGAAAATTTTACAATAATTATTGTTACCAAAAAAGTTAGTTTCCCTTTTATGTATAAGTATAAAAGTAGAAAATTCAAATTTTTTTTTTTGTGAGTGCCCAAAAGTACAATTGTAAGTGGTGAATAACCAACACAGGAATAAGATAAACACGGCGTTGAGGAGGATGTAGCTTTGAATATGTGGTAAGGCTAAACAAGATATGACAACATTAGAGGGTGAGTGTTGGGGTACCACCTATCATAGAAAGGATGGTGGAAACTTGGTTTAGGTGGTTTAGGCATGTAGAGAGAAGACATTTAGATTTTATAGTTAGAAGTGTAGATCAGACAGAGTGCAGTCAAATCATTAGAGGCAGAGGAAGACGTAGAAAAACTATAAGAGAAACTATTAAGAAAAATCTAGAGATTAATGTGCCGGATATGGATATTTTTATGACAGACTTTGGGCTCAAGTGGTTAATGTCTAACTCATCTGAAAGGCCATACTGTGGGCTAATACTCGAGTTCAATCCCAAATTATGAAACAATTTGTGATCAGACTTTACTTACCTTGACCAATACAAAATAGTCCATGTGTAGTTTGCTTCCGACAGAAAATACGAAAACACATTTAATATGGGGGAAAATAAAAAATATCAATAGTTCTTAAAAATCTCACACATGGGTAAAAATTAGTTATTTTTAGGATGATTTTAGGGACATTTTAGTTTCTGTTAGAAACTAATTAGACCTACATTTGAGAATGTTAGTTCTCGGAGACCAAATAGGTCTTACCGTCTTAGTGTTTCTTGTCATGACCAGTTGGGATATTTACTTATTATTGTTGTAATTTAATTAAAAGTATCTGATGAGATTGTGATATGAGACCTCAAGGTGATGTAATTATTATTAATATTATCTATAAAATTCTGTATAATTGTTCAATTGTAAATTTTGTTATATTTGTTGATTTGGGGACAGTGGTAATGTGTGTTTGCATCGCAGGGGTATGTTTTTGTTGATAGGGATGGTAAGCACTTCAGACACATTCTCAATTGGTTAAGGGATGGCGTGGTGCCCACTCTCGAGGAAGCTGAATATTCAGAGCTGTTAAGGGAAGCCGAGTACTATCAGCTACTTGTGAGCACAGCTTCATTCTTTCTTTTATTTTTTGCTTTGTTTCTAGCGTGTAGCAATTCTTGCATGAGTATAGTGTAGCTTGAAATGATGTGTATATAACTTCGGCAAGGGTTTTAATGTAGCTTGTGCTTTAGGTTAGTTGTACTAGAATAGTAGAAAATGAAATCTGAAAACGTTTTTTTTTAAGCAACAACCTGAAGTTTCTTCTTTTTTCCAAATTCTTTTTTAATTGTGGATTAGATAACAAATGCATTTGATAACAAATGTAGCTTGACCTTTTTTTCAAAATATAAAATTTGGGACTACATTCTGTAATTCTTTTAAGTTTTTTCCTCCTAGTTTAGGACATAGCAACTTTTTTCATTAATAGTCCAGAATACAACTTGCACAAGGATCACGGTTCTTGTGAAGGTTTTATCATTAAGAATGGAAATGTTCCCCATCTAAACTCAAAGCGATCATTTGCTATATTATGAACAAATATTTGGATACTTACACTTGCTTGATATTATATCTTACTTAGCTCTTAAGTCCATGATGTTATACTTTTAAGTTTCTTATATGGAAAAGAAACTGAAACTTTTGGCCGCATTGAATTCCTATAACCTATGATCACTTGCAAAATGTTAGGGGCTTATAGATGGAATCCAAGATGTCCTTAATAAGAGGAAGGAAGAAGAGGAGCTCCGTACAGAATTGACACGTACTGATATCATCAAATGTATACAATCTGAGAGAGTCAGGTTTCGAGGGGTTAATCTTTCTGGCATCGACCTCTCTAAACTGGTAAATTCTTGGACCATTTATTATATAAAATGTATGTATCTGTGTACTTGTAAAACAAAGGTCGTTATTACTTGGATATGAGTTTTGGAGAAAGCTGTGCATTTTCTTTTAGCCATTATATATAGCCCCTCCAAACTTTACTTTATCTAGTGTTCTGTAACTTCAGTTTTGTCAATACTTGGAAGATGAAAGGTTATATACGTGAACAAAGTTATTTAAATTAACTTGTGTTCATATTTATCTTAAATCTTAAATATTATACAATTGTGGCATTTGAAGAATGCACCAAAGGATGACATTAATGTGTTACCTTAGGTGGAGAAACTTATTTCCTTAACCATTTTTGTAGAAATTAACATAATGTTAGACAGAGATCTAAGTCATCATGTTCAATAGAGTTTTGAAATGGTAAATTTATGCAGGGTAATAAGGCCACCAACTTCAACCCTTACATTGATCTCTTGAATTTTGGATTTTCAGGATTTATCATTTGTGGATTTCAGCTATGCTTGTCTTAAAAATGTGTTCTTTTCACGAGCAAATCTTCAATGTGCAAAGTTTCGGGTAAGTGTGAATATAACCTGTCTTCATACGTAGGGATGTCAATTTAGCCAGTTCATTCAAGCGTGTATTTATAATAATATGAGGCTAGTTAGGTTTAAAATTAAGCTTGAGCTAAATTTAGTTCAGACCATTTGTGAATTTAGACTTTCAATAGTTTTAACACAGCTTATAATCCAACTTTATTGTCCAGCCAAAGGATACCTGTCTTTAACATAAATATATTGTGTAAACGATTGGTTTTTCTTTTTGTTAACAAATGTAGATGATTGGCAGTGATGTAGTATTTAGCGATCACCACATATTTTCTTGATTACAATATTTTGGTGCTATTGATCGCATCATCATCTAGATTTTATTTTAATTTACAAGTTGACCTAAAACCTATATGATTTTATAGGATGTTGATGCTGAGGGCTCCATCTTTCATAATGCAACTTTGCGTGAGTAAGTCCATCAGAAAACTATGCTATTTAATTGCATACATGCTTGCAGGCCTCTTAATTATTTCATCTTTCCTAGGGAAGATGTGAATTTACTGGGGCAAATCTTCGTGGTGCTTTATTGGCTGGGACAAATCTTCAAAGCGCAAATCTACAAGGTCTGTTTTATATTATATGCTTTTTACCAATTCTGATTTTTGGAATCTATACAGTATTACCTCCACATATTTCCTTGTCATTTATGCTATTTAGCATTTAACCAAATAACAACCAAACCTTATCTCACTATGGCATGGATCAATCTATTGGAGTATATCAAAATAGCAATTTTTTAGTAAACGATAAGGAAAATATCAACAATAGCCAGTACTGTGGCATTGTAGTGTGCATTCATATTACTTGCTATTTACGTGAACAAATAGGAAACTATCCAGTTTGAAAACCAAGTCCAACTTTCAGGTTACCTTCCTATGGCATCCGGCATAATATTTTTAATTTGGTTTGCAATATCCTAGTAATTTTCTTGGTTTGACATGAACATAATGTGGACAGTAAGCATTTGTTTGTAGTAGTATATTGAACAGTATTCCCGTAAATGTATTTCATTTGTTTAAAACTGCTATGTTTCAGATGCTTGTTTAGTAGGATGTAGCTTCTGTGGAGCAGACCTGCGATCTGCACATCTACAGGTTTTCCAAACACGAATCTTTATATGATTTATAATTTGAACTTATATCTTTCATGCTGTTCTTTTTGTTTTCTAAAAGCTTTTTATTTTTGTGCCATTTTTTTCTCTTATGTGCGAGGTTCATCAGAATATATTATTAACTTCTGTTAATTTAGTAATAAAGTATATTCTCCTGTCTGTCGTTTTCTTTAGAAGCGGAACGTCTAAACTAACATCAATATTGTGTTTTCCTC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Protein sequence

>MS.gene49818.t1

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