AlfalfaGEDB | MsG0180003246.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180003246.01

KEGG: -
GO: GO:0046983
PFAM: -

Nr:

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MsG0180003246.01.T01	XP_013467841.1	96.418	2094	47	6	330	2397	25	2116	0	4116

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Swissprot:

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MsG0180003246.01.T01	F4J8G7	50.419	2148	867	44	330	2391	25	2060	0	1902

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Trembl:

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MsG0180003246.01.T01	A0A072VKE9	96.418	2094	47	6	330	2397	25	2116	0.0	4116

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

Showing 0 to 0 of 0 entries

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

Showing 0 to 0 of 0 entries

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Network:

Co-expression Network

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
MsG0080048849.01	MsG0180003246.01	-0.811092	8.323375e-51	5.105452e-48
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Showing 1 to 10 of 117 entries

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PPI

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MsG0180003246.01.T01	MTR_1g056800	96.418	2094	47	6	330	2397	25	2116	0.0	4116
MsG0180003246.01.T01	MTR_4g085760	57.787	244	83	3	35	259	289	531	4.23e-78	270
MsG0180003246.01.T01	MTR_3g055660	44.538	238	121	5	30	259	304	538	1.08e-55	205
MsG0180003246.01.T01	MTR_4g014890	43.777	233	101	4	30	259	304	509	1.12e-52	195
MsG0180003246.01.T01	MTR_6g059860	43.697	238	120	6	30	259	298	529	6.77e-52	193
MsG0180003246.01.T01	MTR_1g062890	55.556	162	68	2	30	187	224	385	5.49e-44	166
MsG0180003246.01.T01	MTR_1g056700	71.642	67	19	0	272	338	1	67	8.65e-26	103
MsG0180003246.01.T01	MTR_8g076570	32.418	182	119	2	38	216	282	462	6.04e-21	101
MsG0180003246.01.T01	MTR_4g094762	65.385	78	26	1	282	359	272	348	2.15e-20	97.8
MsG0180003246.01.T01	MTR_5g041170	31.132	212	130	6	35	234	188	395	7.33e-19	92.8

Showing 1 to 10 of 15 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MsG0180003246.01.T01	AT3G05680	50.419	2148	867	44	330	2391	25	2060	0.0	1902
MsG0180003246.01.T01	AT3G05680	50.419	2148	867	44	330	2391	25	2060	0.0	1902

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Find 580 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 1624 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAACGGAAGCATATCGAAG+AGG	0.668612	1:-59044059	None:intergenic
AAAAGGAGAAGCACGTCAAC+TGG	0.463524	1:+59049880	MsG0180003246.01.T01:CDS
AAAATTAATGCAGATGCTTC+AGG	0.392712	1:+59055631	MsG0180003246.01.T01:three_prime_UTR
AAACATATCCACCAGTGTTT+TGG	0.316528	1:-59042394	None:intergenic
AAAGCTTCATACCTTGGCAA+TGG	0.567696	1:-59033522	None:intergenic
AAAGTTCGGGATCTTGTAAT+AGG	0.385613	1:-59043977	None:intergenic
AAATCCCTCGATGATGCCCC+CGG	0.469639	1:+59054996	MsG0180003246.01.T01:CDS
AAATCTGCAGTTGACCAAAA+TGG	0.353157	1:-59045694	None:intergenic
AAATTACTATGTGCAAAGTC+AGG	0.513333	1:-59056537	None:intergenic
AACAAACACCTCTATGGCAA+AGG	0.582146	1:-59041095	None:intergenic

Showing 1 to 10 of 580 entries

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CRISPR-GE

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sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
AAAAAAGGAGGAAGAACAAA+AGG	+	Chr1:59035444-59035463	MsG0180003246.01.T01:intron	30.0%
AAAAAAGTTGGGTCTATTGT+AGG	+	Chr1:59035640-59035659	MsG0180003246.01.T01:intron	30.0%
AAAAAGACGAGTATAAGAAG+GGG	-	Chr1:59042561-59042580	None:intergenic	30.0%
AAAAATACAGCAACAGAAAG+AGG	-	Chr1:59044206-59044225	None:intergenic	30.0%
AAAATTAATGCAGATGCTTC+AGG	+	Chr1:59055631-59055650	MsG0180003246.01.T01:three_prime_UTR	30.0%
AAACCTTCTTTCATAGTCAT+AGG	-	Chr1:59036417-59036436	None:intergenic	30.0%
AAAGGAAGCAGGAAAAAATA+AGG	-	Chr1:59051616-59051635	None:intergenic	30.0%
AAAGGATAAAAATGTGGTAC+CGG	+	Chr1:59038785-59038804	MsG0180003246.01.T01:intron	30.0%
AAATGATTTCAAAGACTGAG+CGG	-	Chr1:59054609-59054628	None:intergenic	30.0%
AAATTACTATGTGCAAAGTC+AGG	-	Chr1:59056540-59056559	None:intergenic	30.0%

Showing 1 to 10 of 1,624 entries

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr1	gene	59032589	59056606	59032589	ID=MsG0180003246.01;Name=MsG0180003246.01
Chr1	mRNA	59032589	59056606	59032589	ID=MsG0180003246.01.T01;Parent=MsG0180003246.01;Name=MsG0180003246.01.T01;_AED=0.30;_eAED=0.30;_QI=0\|0.69\|0.73\|1\|0.93\|0.91\|34\|569\|2426
Chr1	exon	59032589	59032685	59032589	ID=MsG0180003246.01.T01:exon:3825;Parent=MsG0180003246.01.T01
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Chr1	exon	59033375	59033532	59033375	ID=MsG0180003246.01.T01:exon:3827;Parent=MsG0180003246.01.T01
Chr1	exon	59033627	59033738	59033627	ID=MsG0180003246.01.T01:exon:3828;Parent=MsG0180003246.01.T01
Chr1	exon	59033834	59034004	59033834	ID=MsG0180003246.01.T01:exon:3829;Parent=MsG0180003246.01.T01
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Chr1	exon	59034249	59034392	59034249	ID=MsG0180003246.01.T01:exon:3831;Parent=MsG0180003246.01.T01
Chr1	exon	59036167	59036379	59036167	ID=MsG0180003246.01.T01:exon:3832;Parent=MsG0180003246.01.T01
Chr1	exon	59039489	59039577	59039489	ID=MsG0180003246.01.T01:exon:3833;Parent=MsG0180003246.01.T01
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Chr1	exon	59041811	59042476	59041811	ID=MsG0180003246.01.T01:exon:3835;Parent=MsG0180003246.01.T01
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Chr1	exon	59043081	59043185	59043081	ID=MsG0180003246.01.T01:exon:3837;Parent=MsG0180003246.01.T01
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Chr1	exon	59043728	59043869	59043728	ID=MsG0180003246.01.T01:exon:3839;Parent=MsG0180003246.01.T01
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Chr1	exon	59055581	59055652	59055581	ID=MsG0180003246.01.T01:exon:3857;Parent=MsG0180003246.01.T01
Chr1	exon	59056142	59056606	59056142	ID=MsG0180003246.01.T01:exon:3858;Parent=MsG0180003246.01.T01
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Chr1	CDS	59039489	59039577	59039489	ID=MsG0180003246.01.T01:cds;Parent=MsG0180003246.01.T01
Chr1	CDS	59041078	59041201	59041078	ID=MsG0180003246.01.T01:cds;Parent=MsG0180003246.01.T01
Chr1	CDS	59041811	59042476	59041811	ID=MsG0180003246.01.T01:cds;Parent=MsG0180003246.01.T01
Chr1	CDS	59042624	59042992	59042624	ID=MsG0180003246.01.T01:cds;Parent=MsG0180003246.01.T01
Chr1	CDS	59043081	59043185	59043081	ID=MsG0180003246.01.T01:cds;Parent=MsG0180003246.01.T01
Chr1	CDS	59043295	59043477	59043295	ID=MsG0180003246.01.T01:cds;Parent=MsG0180003246.01.T01
Chr1	CDS	59043728	59043869	59043728	ID=MsG0180003246.01.T01:cds;Parent=MsG0180003246.01.T01
Chr1	CDS	59043967	59044148	59043967	ID=MsG0180003246.01.T01:cds;Parent=MsG0180003246.01.T01
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