AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780036426.01


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MsG0780036426.01.T01 AT1G50560 29.478 441 282 10 45 467 54 483 2.61e-59 204
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MsG0780036426.01.T01 AT3G20130 30.155 388 249 7 93 467 73 451 1.92e-58 201
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MsG0780036426.01.T01 AT3G20120 30.659 349 224 6 130 467 1 342 3.15e-50 176
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MsG0780036426.01.T01 AT3G20080 26.648 349 243 5 130 469 1 345 1.33e-43 159
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MsG0780036426.01.T01 AT3G14640 24.641 418 287 12 61 467 109 509 8.31e-21 95.9
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MsG0780036426.01.T01 AT3G19270 24.788 472 302 17 8 465 6 438 2.05e-20 94.4
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MsG0780036426.01.T01 AT3G14610 23.373 415 285 10 66 467 91 485 2.64e-19 91.3
MsG0780036426.01.T01 AT2G26170 28.235 255 167 8 226 468 166 416 2.73e-19 90.9
MsG0780036426.01.T01 AT4G19230 22.340 470 314 11 7 467 9 436 2.76e-19 90.9
MsG0780036426.01.T01 AT3G14630 24.146 410 287 9 66 467 143 536 2.89e-19 91.3
MsG0780036426.01.T01 AT1G69500 22.222 486 307 14 37 467 27 496 4.21e-19 90.5
MsG0780036426.01.T01 AT5G52400 21.934 424 283 13 66 470 101 495 7.42e-19 89.7
MsG0780036426.01.T01 AT3G14650 23.261 417 286 12 64 467 90 485 1.47e-18 89.0
MsG0780036426.01.T01 AT3G14660 23.977 342 240 9 133 467 11 339 1.53e-18 87.8
MsG0780036426.01.T01 AT4G39510 23.308 399 270 15 117 492 113 498 3.46e-18 87.8
MsG0780036426.01.T01 AT1G34540 23.387 496 320 17 7 468 2 471 4.14e-18 87.4
MsG0780036426.01.T01 AT5G38450 23.789 475 311 15 25 467 34 489 6.52e-18 87.0
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MsG0780036426.01.T01 AT1G05160 21.962 469 308 12 2 444 5 441 1.83e-17 85.5
MsG0780036426.01.T01 AT1G05160 21.962 469 308 12 2 444 5 441 1.83e-17 85.5
MsG0780036426.01.T01 AT4G39490 21.615 421 273 17 117 495 114 519 2.00e-17 85.5
MsG0780036426.01.T01 AT2G21910 21.716 373 266 14 119 470 115 482 2.36e-17 85.1
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MsG0780036426.01.T01 AT2G23180 24.272 206 142 5 296 492 305 505 2.56e-17 85.1
MsG0780036426.01.T01 AT3G14660 22.857 420 290 12 61 467 87 485 2.87e-17 85.1
MsG0780036426.01.T01 AT3G14690 22.010 418 296 12 61 467 87 485 2.95e-17 85.1
MsG0780036426.01.T01 AT2G32440 22.406 424 287 10 34 444 44 438 4.87e-17 84.0
MsG0780036426.01.T01 AT2G32440 22.406 424 287 10 34 444 44 438 4.87e-17 84.0
MsG0780036426.01.T01 AT4G20235 38.614 101 61 1 161 261 3 102 6.11e-17 78.2
MsG0780036426.01.T01 AT5G02900 23.636 220 159 5 263 473 238 457 1.01e-16 83.2
MsG0780036426.01.T01 AT4G32170 24.859 177 127 4 300 470 303 479 1.35e-16 82.8
MsG0780036426.01.T01 AT1G73340 21.814 463 324 11 11 465 21 453 1.74e-16 82.4
MsG0780036426.01.T01 AT3G26125 20.361 388 254 11 117 463 128 501 1.85e-16 82.4
MsG0780036426.01.T01 AT1G47620 26.961 204 137 6 296 492 310 508 2.00e-16 82.4
MsG0780036426.01.T01 AT3G44970 23.725 451 301 14 30 467 31 451 2.37e-16 82.0
MsG0780036426.01.T01 AT3G30180 26.339 224 149 5 248 466 227 439 3.42e-16 81.3
MsG0780036426.01.T01 AT3G56630 21.429 476 340 15 14 468 9 471 4.57e-16 81.3
MsG0780036426.01.T01 AT2G29090 29.060 234 145 5 243 467 140 361 4.73e-16 80.5
MsG0780036426.01.T01 AT5G35920 34.426 122 77 2 358 476 6 127 6.30e-16 75.5
MsG0780036426.01.T01 AT5G38970 24.554 224 153 5 248 466 227 439 7.38e-16 80.5
MsG0780036426.01.T01 AT5G38970 24.554 224 153 5 248 466 146 358 8.74e-16 79.7
MsG0780036426.01.T01 AT5G38970 24.554 224 153 5 248 466 146 358 8.74e-16 79.7
MsG0780036426.01.T01 AT4G39500 22.705 207 154 5 270 470 236 442 1.41e-15 79.3
MsG0780036426.01.T01 AT4G39500 22.705 207 154 5 270 470 286 492 1.43e-15 79.7
MsG0780036426.01.T01 AT4G39480 21.120 393 254 13 117 470 114 489 2.58e-15 79.0
MsG0780036426.01.T01 AT5G05690 27.778 180 124 3 291 465 144 322 4.89e-15 77.0
MsG0780036426.01.T01 AT5G05690 27.778 180 124 3 291 465 263 441 5.95e-15 77.4
MsG0780036426.01.T01 AT1G57750 30.597 134 87 3 296 427 299 428 2.20e-14 75.5
MsG0780036426.01.T01 AT3G01900 22.566 452 306 17 38 466 32 462 1.20e-13 73.6
MsG0780036426.01.T01 AT4G27710 20.755 477 337 13 15 464 25 487 1.27e-13 73.6
MsG0780036426.01.T01 AT2G46960 23.235 439 297 14 46 463 66 485 3.36e-13 72.4
MsG0780036426.01.T01 AT2G42850 24.725 182 127 2 291 467 281 457 4.74e-13 71.6
MsG0780036426.01.T01 AT1G67110 21.573 496 312 18 15 469 26 485 2.65e-12 69.3
MsG0780036426.01.T01 AT2G34490 25.397 189 134 3 293 476 287 473 2.74e-12 69.3
MsG0780036426.01.T01 AT5G36110 26.214 206 135 4 267 466 254 448 3.34e-12 68.9
MsG0780036426.01.T01 AT2G46960 23.986 296 206 6 174 463 87 369 4.70e-12 68.2

Find 99 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 165 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CAAATCTTCATTTGCAATTT+TGG 0.012347 7:-7977906 MsG0780036426.01.T01:CDS
CTCACTAAGGTTTGAAATTT+TGG 0.060350 7:+7977558 None:intergenic
TCATCTTTCTTCCGATAATT+AGG 0.175779 7:+7977280 None:intergenic
CATCAGTGTTTGTGAGTATT+TGG 0.207940 7:-7976202 MsG0780036426.01.T01:CDS
CCAAAAGGCCTTCCTATAAT+TGG 0.224833 7:-7977952 MsG0780036426.01.T01:CDS
TGAGCTTTCTTCATTGATCT+TGG 0.255565 7:+7976398 None:intergenic
CGACAAAACTTTCAAGGCTT+TGG 0.270242 7:-7977341 MsG0780036426.01.T01:CDS
CCTTAAAATATACAAGCTTT+TGG 0.278183 7:+7976327 None:intergenic
GTTCTATACATTGATGTTGT+AGG 0.295279 7:-7975816 MsG0780036426.01.T01:three_prime_UTR
TGAGTATTTGGTCTATTCAT+AGG 0.298296 7:-7976190 MsG0780036426.01.T01:CDS
TTATCAATCCACCCCATAAA+AGG 0.301016 7:+7977388 None:intergenic
TCTTCCTTTGTCATCCCTTC+AGG 0.305100 7:+7975972 None:intergenic
CCAATTATAGGAAGGCCTTT+TGG 0.309865 7:+7977952 None:intergenic
AGAATTTCTTGAGCTAGTTT+AGG 0.324992 7:+7977811 None:intergenic
AGAAATTAGAAGCCTCAAAA+AGG 0.325584 7:-7976372 MsG0780036426.01.T01:CDS
ATTGTATGTAGAATTGCTTT+TGG 0.331815 7:-7977511 MsG0780036426.01.T01:CDS
TCTCTCCAACAATCATTATA+TGG 0.333717 7:+7977700 None:intergenic
ACCTTCTTAACTCATTTGAT+TGG 0.333819 7:-7976001 MsG0780036426.01.T01:CDS
TGATGAGTTCTTCTTGATAT+TGG 0.341310 7:+7977993 None:intergenic
TCTCTTGGGGCTAGTGGTGC+TGG 0.346440 7:+7976272 None:intergenic
GTCAGGGTCTTTCCATGTCT+CGG 0.349270 7:+7976163 None:intergenic
AACATCTCAATCCTAATTAT+CGG 0.350951 7:-7977291 MsG0780036426.01.T01:CDS
TGACATTTACATGTGATTCT+TGG 0.352494 7:+7975887 None:intergenic
AGTAAAAGTTTCATTCTAGA+TGG 0.352679 7:-7976245 MsG0780036426.01.T01:CDS
CTCTCTGGATAAAACTCGTC+AGG 0.357072 7:+7976146 None:intergenic
TGATGGAGATTTCCAATTAT+AGG 0.357104 7:+7977940 None:intergenic
AAAAGGAAACAAACTAATAA+AGG 0.375143 7:+7978030 None:intergenic
TTTCACCATATAATGATTGT+TGG 0.380626 7:-7977705 MsG0780036426.01.T01:CDS
TCACATCAAAGCTGTCCTTA+TGG 0.382600 7:-7977182 MsG0780036426.01.T01:intron
TCGTGTCGACAAAACTTTCA+AGG 0.386396 7:-7977347 MsG0780036426.01.T01:CDS
GTTACTCGAGTTGAAGAATC+AGG 0.394462 7:-7977233 MsG0780036426.01.T01:CDS
CCTTCTTAACTCATTTGATT+GGG 0.394849 7:-7976000 MsG0780036426.01.T01:CDS
TCTTGGATTCTTTATTAATC+CGG 0.396836 7:+7976415 None:intergenic
CCCAATCAAATGAGTTAAGA+AGG 0.399521 7:+7976000 None:intergenic
TCAGGGTCTTTCCATGTCTC+GGG 0.400115 7:+7976164 None:intergenic
GAGCTGATTCCATTCGGTGC+AGG 0.411228 7:-7976083 MsG0780036426.01.T01:CDS
AATTGCAAATGAAGATTTGA+AGG 0.412278 7:+7977910 None:intergenic
GATTTGAAGGATCAAGTTGA+TGG 0.425793 7:+7977923 None:intergenic
GTACGCAAGTTACTTAATCT+AGG 0.426295 7:-7975838 MsG0780036426.01.T01:three_prime_UTR
TAGGATTGAGATGTTCTTGA+AGG 0.429261 7:+7977299 None:intergenic
TCATTGTTTAAGAATCTCTC+TGG 0.438916 7:+7976131 None:intergenic
CTGGTCTCTCTTGGGGCTAG+TGG 0.442349 7:+7976266 None:intergenic
TGTTGTAGGTAATTAGAGTC+TGG 0.445130 7:-7975802 MsG0780036426.01.T01:three_prime_UTR
ATAGACACTGAAGGGTTGCC+AGG 0.447202 7:-7975948 MsG0780036426.01.T01:CDS
GAGGTCTACTAGATACTTCA+TGG 0.452249 7:+7977776 None:intergenic
CAAGCGCATCCACATCCGTC+TGG 0.458814 7:-7976445 MsG0780036426.01.T01:CDS
GCGATTCCCAATGGTATGCC+AGG 0.467714 7:+7976047 None:intergenic
AGCTGATTCCATTCGGTGCA+GGG 0.472009 7:-7976082 MsG0780036426.01.T01:CDS
AAATGAGTTAAGAAGGTTTG+CGG 0.472909 7:+7976007 None:intergenic
ACCTTTCCAAAAGGTCCAAA+AGG 0.476076 7:-7977967 MsG0780036426.01.T01:CDS
GAGTATTTGGTCTATTCATA+GGG 0.489739 7:-7976189 MsG0780036426.01.T01:CDS
TCTAGTAGACCTCCATCATA+TGG 0.489744 7:-7977766 MsG0780036426.01.T01:CDS
TTCTTGTGTCTAGCAAGTCC+TGG 0.492709 7:+7975930 None:intergenic
ATATGCCCTGGCATACCATT+GGG 0.496304 7:-7976053 MsG0780036426.01.T01:CDS
GACAGCTTTGATGTGATCAT+TGG 0.498477 7:+7977189 None:intergenic
GAAGAAAGATGAAGAAGAGA+AGG 0.498932 7:-7977269 MsG0780036426.01.T01:CDS
AGTATTTGTGTACCATATGA+TGG 0.510517 7:+7977754 None:intergenic
TCATCATCAACCTTTCCAAA+AGG 0.511972 7:-7977976 MsG0780036426.01.T01:CDS
GGTCATCACCCAGACGGATG+TGG 0.514573 7:+7976436 None:intergenic
AATATGCCCTGGCATACCAT+TGG 0.528651 7:-7976054 MsG0780036426.01.T01:CDS
CCAATTTGAAGAGAGAAAAG+AGG 0.535364 7:+7977862 None:intergenic
CAAAATTTCAAACCTTAGTG+AGG 0.544698 7:-7977557 MsG0780036426.01.T01:CDS
GAAACAAACTAATAAAGGTA+AGG 0.546069 7:+7978035 None:intergenic
GGTGAGAAAAGCAGGTTCCA+TGG 0.548563 7:-7977466 MsG0780036426.01.T01:CDS
TTCATAGGGACCCCGAGACA+TGG 0.551001 7:-7976175 MsG0780036426.01.T01:CDS
ATTCTACGCCCTGCACCGAA+TGG 0.557271 7:+7976074 None:intergenic
ACATGTGATTCTTGGCAACA+AGG 0.560499 7:+7975895 None:intergenic
ACATCCGTCTGGGTGATGAC+CGG 0.564177 7:-7976434 MsG0780036426.01.T01:CDS
TGCGGTTATCATTTCTACTG+TGG 0.571366 7:+7976025 None:intergenic
GGAGATTTCCAATTATAGGA+AGG 0.571399 7:+7977944 None:intergenic
TTTGATTGGGAAATTCCTGA+AGG 0.583076 7:-7975987 MsG0780036426.01.T01:CDS
TCTACTGTGGCGATTCCCAA+TGG 0.585785 7:+7976038 None:intergenic
GGGTGGATTGATAAACTCAC+CGG 0.587504 7:-7977379 MsG0780036426.01.T01:CDS
AGGAAGATATAGACACTGAA+GGG 0.587732 7:-7975956 MsG0780036426.01.T01:CDS
TTGATTGGGAAATTCCTGAA+GGG 0.589055 7:-7975986 MsG0780036426.01.T01:CDS
GCAGGGCGTAGAATATGCCC+TGG 0.592611 7:-7976065 MsG0780036426.01.T01:CDS
AAGCGCATCCACATCCGTCT+GGG 0.594137 7:-7976444 MsG0780036426.01.T01:CDS
CAATTTGAAGAGAGAAAAGA+GGG 0.594741 7:+7977863 None:intergenic
TGTCAGTAGCTGCTACAAGT+AGG 0.601406 7:+7976468 None:intergenic
GATTCTTGGCAACAAGGCAA+AGG 0.607267 7:+7975901 None:intergenic
AAGGAAGATATAGACACTGA+AGG 0.610054 7:-7975957 MsG0780036426.01.T01:CDS
TTCCCATGTGAGAAAATCTG+AGG 0.614029 7:-7977623 MsG0780036426.01.T01:CDS
CAGACATTAAGACCTCACTA+AGG 0.617042 7:+7977545 None:intergenic
GTGTCTCATTAAGTAAACCA+TGG 0.622090 7:+7977449 None:intergenic
CGATTCCCAATGGTATGCCA+GGG 0.622350 7:+7976048 None:intergenic
TCTCTGGATAAAACTCGTCA+GGG 0.626084 7:+7976147 None:intergenic
GTCGACACGAGCAATTGCCC+CGG 0.628422 7:+7977360 None:intergenic
GGTGGATTGATAAACTCACC+GGG 0.639529 7:-7977378 MsG0780036426.01.T01:CDS
AGCTCTGCTCTAATCAACAA+TGG 0.640856 7:-7978082 MsG0780036426.01.T01:exon
AAATCGTAAGCAAGCAGACA+CGG 0.641793 7:+7975712 None:intergenic
CAGGGTCTTTCCATGTCTCG+GGG 0.651124 7:+7976165 None:intergenic
ACACAAATACTGTCTTACAA+TGG 0.652563 7:-7977742 MsG0780036426.01.T01:CDS
TTACTCGAGTTGAAGAATCA+GGG 0.652823 7:-7977232 MsG0780036426.01.T01:CDS
AAAAGTTATGAACATGAAGG+GGG 0.663934 7:-7977487 MsG0780036426.01.T01:CDS
TAATCCGGTCATCACCCAGA+CGG 0.671185 7:+7976430 None:intergenic
TGTAGGTAATTAGAGTCTGG+AGG 0.677000 7:-7975799 MsG0780036426.01.T01:three_prime_UTR
AATTCCTGAAGGGATGACAA+AGG 0.683896 7:-7975976 MsG0780036426.01.T01:CDS
ATTTGTGTACCATATGATGG+AGG 0.692010 7:+7977757 None:intergenic
GTGGATTGATAAACTCACCG+GGG 0.827189 7:-7977377 MsG0780036426.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AATATAATAAAAATAGTGTG+TGG + Chr7:7976680-7976699 None:intergenic 15.0%
!!! AAACAATGATATAGATTTTA+AGG - Chr7:7977713-7977732 MsG0780036426.01.T01:CDS 15.0%
!!! AACAATGATATAGATTTTAA+GGG - Chr7:7977714-7977733 MsG0780036426.01.T01:CDS 15.0%
!!! AATATAATCTGAAACAAAAA+AGG + Chr7:7976422-7976441 None:intergenic 15.0%
!! AAAAGGAAACAAACTAATAA+AGG + Chr7:7975803-7975822 None:intergenic 20.0%
!!! ACTAAGTCTTATATACAATT+GGG + Chr7:7976848-7976867 None:intergenic 20.0%
!!! TCAGATTATATTCCTTTTAT+GGG - Chr7:7976430-7976449 MsG0780036426.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTCAGATTATATTCCTTTTA+TGG - Chr7:7976429-7976448 MsG0780036426.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTGTTTTTCGTTATGTATAA+GGG - Chr7:7978059-7978078 MsG0780036426.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTATTATATTGTTCGCTTT+TGG - Chr7:7976689-7976708 MsG0780036426.01.T01:intron 20.0%
!!! TTTTTTTGGAACTAAAGAAA+TGG + Chr7:7976177-7976196 None:intergenic 20.0%
! AAAAAGTTATGAACATGAAG+GGG - Chr7:7976342-7976361 MsG0780036426.01.T01:CDS 25.0%
! AACATCTCAATCCTAATTAT+CGG - Chr7:7976539-7976558 MsG0780036426.01.T01:intron 25.0%
! AATTGCAAATGAAGATTTGA+AGG + Chr7:7975923-7975942 None:intergenic 25.0%
! AGTAAAAGTTTCATTCTAGA+TGG - Chr7:7977585-7977604 MsG0780036426.01.T01:CDS 25.0%
! ATAACTATGCAATTATGTAG+TGG - Chr7:7977225-7977244 MsG0780036426.01.T01:CDS 25.0%
! ATATATATTAAGCAAGCTCT+TGG - Chr7:7977088-7977107 MsG0780036426.01.T01:intron 25.0%
! ATATCGATAAAAATGCAAGA+CGG + Chr7:7976907-7976926 None:intergenic 25.0%
! CATCATTACAATATGTAGAA+TGG - Chr7:7977201-7977220 MsG0780036426.01.T01:CDS 25.0%
! GAAAAAGTTATGAACATGAA+GGG - Chr7:7976341-7976360 MsG0780036426.01.T01:CDS 25.0%
! GAAACAAACTAATAAAGGTA+AGG + Chr7:7975798-7975817 None:intergenic 25.0%
! GTCTTATGTAAGTTTCAAAA+GGG - Chr7:7976929-7976948 MsG0780036426.01.T01:intron 25.0%
! TATATATTAAGCAAGCTCTT+GGG - Chr7:7977089-7977108 MsG0780036426.01.T01:intron 25.0%
! TCTTATGTAAGTTTCAAAAG+GGG - Chr7:7976930-7976949 MsG0780036426.01.T01:intron 25.0%
! TCTTGGATTCTTTATTAATC+CGG + Chr7:7977418-7977437 None:intergenic 25.0%
! TTTCACCATATAATGATTGT+TGG - Chr7:7976125-7976144 MsG0780036426.01.T01:CDS 25.0%
!! AATCTGAAACAAAAAAGGAA+AGG + Chr7:7976417-7976436 None:intergenic 25.0%
!! AGTCTTATGTAAGTTTCAAA+AGG - Chr7:7976928-7976947 MsG0780036426.01.T01:intron 25.0%
!! ATTGTATGTAGAATTGCTTT+TGG - Chr7:7976319-7976338 MsG0780036426.01.T01:CDS 25.0%
!! CAAATCTTCATTTGCAATTT+TGG - Chr7:7975924-7975943 MsG0780036426.01.T01:CDS 25.0%
!! CAGATTATATTCCTTTTATG+GGG - Chr7:7976431-7976450 MsG0780036426.01.T01:CDS 25.0%
!! CCAAAAGCTTGTATATTTTA+AGG - Chr7:7977503-7977522 MsG0780036426.01.T01:CDS 25.0%
!! CCTTAAAATATACAAGCTTT+TGG + Chr7:7977506-7977525 None:intergenic 25.0%
!! CTAAGTCTTATATACAATTG+GGG + Chr7:7976847-7976866 None:intergenic 25.0%
!! GACTAAGTCTTATATACAAT+TGG + Chr7:7976849-7976868 None:intergenic 25.0%
!! TAAGTCTTATATACAATTGG+GGG + Chr7:7976846-7976865 None:intergenic 25.0%
!! TTTGTTCTTTTCTGTTTACT+TGG + Chr7:7977297-7977316 None:intergenic 25.0%
!!! AAATTTTGGAAGAAGAAACA+TGG + Chr7:7976261-7976280 None:intergenic 25.0%
!!! ATCTAGAATGAAACTTTTAC+TGG + Chr7:7977586-7977605 None:intergenic 25.0%
!!! ATGTTATGTGGAACTTTTTT+TGG - Chr7:7976804-7976823 MsG0780036426.01.T01:intron 25.0%
!!! CTTGTTTTTCGTTATGTATA+AGG - Chr7:7978058-7978077 MsG0780036426.01.T01:CDS 25.0%
!!! GGAAAAGCTAGAAATTTTTT+TGG + Chr7:7976191-7976210 None:intergenic 25.0%
!!! TGGTTTTGTATTTCATGAAA+AGG + Chr7:7975820-7975839 None:intergenic 25.0%
AAAAGTTATGAACATGAAGG+GGG - Chr7:7976343-7976362 MsG0780036426.01.T01:CDS 30.0%
AAATGAGTTAAGAAGGTTTG+CGG + Chr7:7977826-7977845 None:intergenic 30.0%
ACACAAATACTGTCTTACAA+TGG - Chr7:7976088-7976107 MsG0780036426.01.T01:CDS 30.0%
ACCTAGATTTCTATGTTATG+TGG - Chr7:7976792-7976811 MsG0780036426.01.T01:intron 30.0%
ACCTTCTTAACTCATTTGAT+TGG - Chr7:7977829-7977848 MsG0780036426.01.T01:CDS 30.0%
AGAAATTAGAAGCCTCAAAA+AGG - Chr7:7977458-7977477 MsG0780036426.01.T01:CDS 30.0%
AGTATTTGTGTACCATATGA+TGG + Chr7:7976079-7976098 None:intergenic 30.0%
CAAAATTTCAAACCTTAGTG+AGG - Chr7:7976273-7976292 MsG0780036426.01.T01:CDS 30.0%
CAATTTGAAGAGAGAAAAGA+GGG + Chr7:7975970-7975989 None:intergenic 30.0%
CCTTCTTAACTCATTTGATT+GGG - Chr7:7977830-7977849 MsG0780036426.01.T01:CDS 30.0%
GAGTATTTGGTCTATTCATA+GGG - Chr7:7977641-7977660 MsG0780036426.01.T01:CDS 30.0%
GGAAAAAGTTATGAACATGA+AGG - Chr7:7976340-7976359 MsG0780036426.01.T01:CDS 30.0%
GTTCTATACATTGATGTTGT+AGG - Chr7:7978014-7978033 MsG0780036426.01.T01:CDS 30.0%
TAAAAGCCAAGCAACTAATT+AGG + Chr7:7977330-7977349 None:intergenic 30.0%
TAATGTCCTAATTAGTTGCT+TGG - Chr7:7977321-7977340 MsG0780036426.01.T01:CDS 30.0%
TCATCTTTCTTCCGATAATT+AGG + Chr7:7976553-7976572 None:intergenic 30.0%
TCATTGTTTAAGAATCTCTC+TGG + Chr7:7977702-7977721 None:intergenic 30.0%
TCCACATAACATAGAAATCT+AGG + Chr7:7976796-7976815 None:intergenic 30.0%
TCTCTCCAACAATCATTATA+TGG + Chr7:7976133-7976152 None:intergenic 30.0%
TGACATTTACATGTGATTCT+TGG + Chr7:7977946-7977965 None:intergenic 30.0%
TGAGTATTTGGTCTATTCAT+AGG - Chr7:7977640-7977659 MsG0780036426.01.T01:CDS 30.0%
TGATGAGTTCTTCTTGATAT+TGG + Chr7:7975840-7975859 None:intergenic 30.0%
TGATGGAGATTTCCAATTAT+AGG + Chr7:7975893-7975912 None:intergenic 30.0%
TGGAATCTCTCAAAAATCTA+TGG - Chr7:7975944-7975963 MsG0780036426.01.T01:CDS 30.0%
! AAGTCTTATATACAATTGGG+GGG + Chr7:7976845-7976864 None:intergenic 30.0%
! AGAATTTCTTGAGCTAGTTT+AGG + Chr7:7976022-7976041 None:intergenic 30.0%
! ATTATATTCCTTTTATGGGG+TGG - Chr7:7976434-7976453 MsG0780036426.01.T01:CDS 30.0%
!! CTCACTAAGGTTTGAAATTT+TGG + Chr7:7976275-7976294 None:intergenic 30.0%
AAGGAAGATATAGACACTGA+AGG - Chr7:7977873-7977892 MsG0780036426.01.T01:CDS 35.0%
AGGAAGATATAGACACTGAA+GGG - Chr7:7977874-7977893 MsG0780036426.01.T01:CDS 35.0%
ATTTGTGTACCATATGATGG+AGG + Chr7:7976076-7976095 None:intergenic 35.0%
CATCAGTGTTTGTGAGTATT+TGG - Chr7:7977628-7977647 MsG0780036426.01.T01:CDS 35.0%
CCAATTTGAAGAGAGAAAAG+AGG + Chr7:7975971-7975990 None:intergenic 35.0%
CCCAATCAAATGAGTTAAGA+AGG + Chr7:7977833-7977852 None:intergenic 35.0%
CTTTACACATAACAGAAAGC+AGG + Chr7:7976727-7976746 None:intergenic 35.0%
GAAGAAAGATGAAGAAGAGA+AGG - Chr7:7976561-7976580 MsG0780036426.01.T01:intron 35.0%
GGAGATTTCCAATTATAGGA+AGG + Chr7:7975889-7975908 None:intergenic 35.0%
GTACGCAAGTTACTTAATCT+AGG - Chr7:7977992-7978011 MsG0780036426.01.T01:CDS 35.0%
GTGTCTCATTAAGTAAACCA+TGG + Chr7:7976384-7976403 None:intergenic 35.0%
TAGGATTGAGATGTTCTTGA+AGG + Chr7:7976534-7976553 None:intergenic 35.0%
TCATCATCAACCTTTCCAAA+AGG - Chr7:7975854-7975873 MsG0780036426.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
TGAGCTTTCTTCATTGATCT+TGG + Chr7:7977435-7977454 None:intergenic 35.0%
TGTTATGTGTAAAGACTCTC+AGG - Chr7:7976733-7976752 MsG0780036426.01.T01:intron 35.0%
TGTTGTAGGTAATTAGAGTC+TGG - Chr7:7978028-7978047 MsG0780036426.01.T01:CDS 35.0%
TTATCAATCCACCCCATAAA+AGG + Chr7:7976445-7976464 None:intergenic 35.0%
TTGATTGGGAAATTCCTGAA+GGG - Chr7:7977844-7977863 MsG0780036426.01.T01:CDS 35.0%
TTTGATTGGGAAATTCCTGA+AGG - Chr7:7977843-7977862 MsG0780036426.01.T01:CDS 35.0%
! CATCTATGAACTCCTTTTTG+AGG + Chr7:7977473-7977492 None:intergenic 35.0%
! CCTCTTTTCTCTCTTCAAAT+TGG - Chr7:7975968-7975987 MsG0780036426.01.T01:CDS 35.0%
! CTCACAAACACTGATGTTTT+TGG + Chr7:7977624-7977643 None:intergenic 35.0%
!! AAACTTTTACTGGTCTCTCT+TGG + Chr7:7977576-7977595 None:intergenic 35.0%
!! AACTTTTACTGGTCTCTCTT+GGG + Chr7:7977575-7977594 None:intergenic 35.0%
!! GATTTGAAGGATCAAGTTGA+TGG + Chr7:7975910-7975929 None:intergenic 35.0%
!! GATTTTGAGCTGATTCCATT+CGG - Chr7:7977741-7977760 MsG0780036426.01.T01:CDS 35.0%
!! TTACTCGAGTTGAAGAATCA+GGG - Chr7:7976598-7976617 MsG0780036426.01.T01:intron 35.0%
AAATCGTAAGCAAGCAGACA+CGG + Chr7:7978121-7978140 None:intergenic 40.0%
AATTCCTGAAGGGATGACAA+AGG - Chr7:7977854-7977873 MsG0780036426.01.T01:CDS 40.0%
ACATGTGATTCTTGGCAACA+AGG + Chr7:7977938-7977957 None:intergenic 40.0%
ACCTTTCCAAAAGGTCCAAA+AGG - Chr7:7975863-7975882 MsG0780036426.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
AGCTCTGCTCTAATCAACAA+TGG - Chr7:7975748-7975767 MsG0780036426.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
AGTGTGTGGAACATACCATA+AGG + Chr7:7976666-7976685 None:intergenic 40.0%
ATGTGTAAAGACTCTCAGGT+GGG - Chr7:7976737-7976756 MsG0780036426.01.T01:intron 40.0%
CAGACATTAAGACCTCACTA+AGG + Chr7:7976288-7976307 None:intergenic 40.0%
CCAAAAGGCCTTCCTATAAT+TGG - Chr7:7975878-7975897 MsG0780036426.01.T01:exon 40.0%
CGACAAAACTTTCAAGGCTT+TGG - Chr7:7976489-7976508 MsG0780036426.01.T01:intron 40.0%
GAGGTCTACTAGATACTTCA+TGG + Chr7:7976057-7976076 None:intergenic 40.0%
TATGTGTAAAGACTCTCAGG+TGG - Chr7:7976736-7976755 MsG0780036426.01.T01:intron 40.0%
TCACATCAAAGCTGTCCTTA+TGG - Chr7:7976648-7976667 MsG0780036426.01.T01:intron 40.0%
TCTAGTAGACCTCCATCATA+TGG - Chr7:7976064-7976083 MsG0780036426.01.T01:CDS 40.0%
TCTCTGGATAAAACTCGTCA+GGG + Chr7:7977686-7977705 None:intergenic 40.0%
TGCGGTTATCATTTCTACTG+TGG + Chr7:7977808-7977827 None:intergenic 40.0%
TGTAGGTAATTAGAGTCTGG+AGG - Chr7:7978031-7978050 MsG0780036426.01.T01:CDS 40.0%
TTCCCATGTGAGAAAATCTG+AGG - Chr7:7976207-7976226 MsG0780036426.01.T01:CDS 40.0%
! CCAATTATAGGAAGGCCTTT+TGG + Chr7:7975881-7975900 None:intergenic 40.0%
! GACAGCTTTGATGTGATCAT+TGG + Chr7:7976644-7976663 None:intergenic 40.0%
! GACCTCAGATTTTCTCACAT+GGG + Chr7:7976212-7976231 None:intergenic 40.0%
! TCGTGTCGACAAAACTTTCA+AGG - Chr7:7976483-7976502 MsG0780036426.01.T01:intron 40.0%
! TGACCTCAGATTTTCTCACA+TGG + Chr7:7976213-7976232 None:intergenic 40.0%
!! ACTTTTACTGGTCTCTCTTG+GGG + Chr7:7977574-7977593 None:intergenic 40.0%
!! GTTACTCGAGTTGAAGAATC+AGG - Chr7:7976597-7976616 MsG0780036426.01.T01:intron 40.0%
!!! ACTGAGAGGTGTTTTAGCTA+AGG + Chr7:7976960-7976979 None:intergenic 40.0%
!!! CGACAGTTTTTAGTATACGC+TGG - Chr7:7977970-7977989 MsG0780036426.01.T01:CDS 40.0%
!!! CTGAGAGGTGTTTTAGCTAA+GGG + Chr7:7976959-7976978 None:intergenic 40.0%
AAACACCTCTCAGTGAGTTG+AGG - Chr7:7976966-7976985 MsG0780036426.01.T01:intron 45.0%
AATATGCCCTGGCATACCAT+TGG - Chr7:7977776-7977795 MsG0780036426.01.T01:CDS 45.0%
ATATGCCCTGGCATACCATT+GGG - Chr7:7977777-7977796 MsG0780036426.01.T01:CDS 45.0%
CTCTCTGGATAAAACTCGTC+AGG + Chr7:7977687-7977706 None:intergenic 45.0%
GATTCTTGGCAACAAGGCAA+AGG + Chr7:7977932-7977951 None:intergenic 45.0%
TCTTCCTTTGTCATCCCTTC+AGG + Chr7:7977861-7977880 None:intergenic 45.0%
TGTCAGTAGCTGCTACAAGT+AGG + Chr7:7977365-7977384 None:intergenic 45.0%
TTCTTGTGTCTAGCAAGTCC+TGG + Chr7:7977903-7977922 None:intergenic 45.0%
! GTGGATTGATAAACTCACCG+GGG - Chr7:7976453-7976472 MsG0780036426.01.T01:CDS 45.0%
!! GCCTTTTGGACCTTTTGGAA+AGG + Chr7:7975867-7975886 None:intergenic 45.0%
!! GGGTGGATTGATAAACTCAC+CGG - Chr7:7976451-7976470 MsG0780036426.01.T01:CDS 45.0%
!! GGTGGATTGATAAACTCACC+GGG - Chr7:7976452-7976471 MsG0780036426.01.T01:CDS 45.0%
ATAGACACTGAAGGGTTGCC+AGG - Chr7:7977882-7977901 MsG0780036426.01.T01:CDS 50.0%
ATGAAGGGGGTGAGAAAAGC+AGG - Chr7:7976356-7976375 MsG0780036426.01.T01:CDS 50.0%
CGATTCCCAATGGTATGCCA+GGG + Chr7:7977785-7977804 None:intergenic 50.0%
GGTGAGAAAAGCAGGTTCCA+TGG - Chr7:7976364-7976383 MsG0780036426.01.T01:CDS 50.0%
GTCAGGGTCTTTCCATGTCT+CGG + Chr7:7977670-7977689 None:intergenic 50.0%
TAAAGACTCTCAGGTGGGTG+AGG - Chr7:7976742-7976761 MsG0780036426.01.T01:intron 50.0%
TAATCCGGTCATCACCCAGA+CGG + Chr7:7977403-7977422 None:intergenic 50.0%
TCAGGGTCTTTCCATGTCTC+GGG + Chr7:7977669-7977688 None:intergenic 50.0%
TCTACTGTGGCGATTCCCAA+TGG + Chr7:7977795-7977814 None:intergenic 50.0%
! ACCTCTCAGTGAGTTGAGGT+GGG - Chr7:7976970-7976989 MsG0780036426.01.T01:intron 50.0%
! GGAAGGCCTTTTGGACCTTT+TGG + Chr7:7975872-7975891 None:intergenic 50.0%
!! AGCTGATTCCATTCGGTGCA+GGG - Chr7:7977748-7977767 MsG0780036426.01.T01:CDS 50.0%
AAGCGCATCCACATCCGTCT+GGG - Chr7:7977386-7977405 MsG0780036426.01.T01:CDS 55.0%
ACATCCGTCTGGGTGATGAC+CGG - Chr7:7977396-7977415 MsG0780036426.01.T01:CDS 55.0%
ATTCTACGCCCTGCACCGAA+TGG + Chr7:7977759-7977778 None:intergenic 55.0%
CAGGGTCTTTCCATGTCTCG+GGG + Chr7:7977668-7977687 None:intergenic 55.0%
GCGATTCCCAATGGTATGCC+AGG + Chr7:7977786-7977805 None:intergenic 55.0%
TCCCACCTCAACTCACTGAG+AGG + Chr7:7976974-7976993 None:intergenic 55.0%
TTCATAGGGACCCCGAGACA+TGG - Chr7:7977655-7977674 MsG0780036426.01.T01:CDS 55.0%
! CACCTCTCAGTGAGTTGAGG+TGG - Chr7:7976969-7976988 MsG0780036426.01.T01:intron 55.0%
!! GAGCTGATTCCATTCGGTGC+AGG - Chr7:7977747-7977766 MsG0780036426.01.T01:CDS 55.0%
CAAGCGCATCCACATCCGTC+TGG - Chr7:7977385-7977404 MsG0780036426.01.T01:CDS 60.0%
CTGGTCTCTCTTGGGGCTAG+TGG + Chr7:7977567-7977586 None:intergenic 60.0%
GCAGGGCGTAGAATATGCCC+TGG - Chr7:7977765-7977784 MsG0780036426.01.T01:CDS 60.0%
GGTCATCACCCAGACGGATG+TGG + Chr7:7977397-7977416 None:intergenic 60.0%
GTCGACACGAGCAATTGCCC+CGG + Chr7:7976473-7976492 None:intergenic 60.0%
! TCTCTTGGGGCTAGTGGTGC+TGG + Chr7:7977561-7977580 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 7975696 7978156 7975696 ID=MsG0780036426.01;Name=MsG0780036426.01
Chr7 mRNA 7975696 7978156 7975696 ID=MsG0780036426.01.T01;Parent=MsG0780036426.01;Name=MsG0780036426.01.T01;_AED=0.49;_eAED=0.49;_QI=71|1|1|1|1|1|2|197|500
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Protein sequence

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