AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780036421.01


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MsG0780036421.01.T01 AT1G13710 31.106 434 276 11 46 466 59 482 2.67e-58 201
MsG0780036421.01.T01 AT3G20130 30.412 388 248 7 94 468 73 451 3.24e-58 200
MsG0780036421.01.T01 AT3G25180 30.239 377 255 5 7 377 11 385 4.11e-58 198
MsG0780036421.01.T01 AT1G74110 29.399 466 299 12 22 466 51 507 1.62e-57 200
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MsG0780036421.01.T01 AT3G20080 28.731 449 299 8 35 470 42 482 5.77e-57 198
MsG0780036421.01.T01 AT5G42580 28.162 419 279 5 57 468 61 464 1.47e-56 196
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MsG0780036421.01.T01 AT3G20090 31.792 346 224 5 131 468 1 342 1.18e-54 188
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MsG0780036421.01.T01 AT3G61880 29.712 451 289 14 33 469 64 500 6.00e-54 191
MsG0780036421.01.T01 AT4G39950 26.434 488 341 9 5 477 67 551 1.19e-53 190
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MsG0780036421.01.T01 AT2G27010 29.476 458 268 12 46 484 46 467 7.39e-53 186
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MsG0780036421.01.T01 AT5G52320 26.104 249 173 7 231 471 233 478 2.77e-21 97.4
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MsG0780036421.01.T01 AT2G29090 24.379 443 291 11 35 468 49 456 3.00e-21 97.1
MsG0780036421.01.T01 AT1G57750 27.717 184 126 4 297 477 299 478 4.89e-21 96.7
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MsG0780036421.01.T01 AT2G26710 23.855 415 286 13 65 468 93 488 3.89e-19 90.9
MsG0780036421.01.T01 AT5G08250 23.430 414 260 14 65 445 37 426 4.25e-19 90.5
MsG0780036421.01.T01 AT5G08250 23.430 414 260 14 65 445 99 488 5.12e-19 90.5
MsG0780036421.01.T01 AT4G39510 23.810 399 268 15 118 493 113 498 5.73e-19 90.1
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MsG0780036421.01.T01 AT4G19230 23.144 458 298 13 7 455 9 421 1.09e-18 89.4
MsG0780036421.01.T01 AT3G14630 23.902 410 288 9 67 468 143 536 1.30e-18 89.4
MsG0780036421.01.T01 AT3G14610 23.133 415 286 10 67 468 91 485 1.40e-18 89.0
MsG0780036421.01.T01 AT3G14660 23.977 342 240 9 134 468 11 339 1.54e-18 87.8
MsG0780036421.01.T01 AT5G52400 21.934 424 283 13 67 471 101 495 1.63e-18 89.0
MsG0780036421.01.T01 AT5G58860 24.729 461 292 18 38 461 32 474 2.50e-18 88.2
MsG0780036421.01.T01 AT4G39490 21.957 419 274 16 118 496 114 519 3.30e-18 87.8
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MsG0780036421.01.T01 AT2G23180 24.757 206 141 5 297 493 305 505 7.52e-18 86.7
MsG0780036421.01.T01 AT1G05160 22.658 459 302 11 11 445 12 441 8.57e-18 86.7
MsG0780036421.01.T01 AT1G05160 22.658 459 302 11 11 445 12 441 8.57e-18 86.7
MsG0780036421.01.T01 AT2G21910 21.322 469 315 19 39 471 32 482 9.55e-18 86.3
MsG0780036421.01.T01 AT5G38450 23.542 463 303 15 38 468 46 489 1.63e-17 85.9
MsG0780036421.01.T01 AT2G32440 22.078 462 305 12 8 445 8 438 2.81e-17 84.7
MsG0780036421.01.T01 AT2G32440 22.078 462 305 12 8 445 8 438 2.81e-17 84.7
MsG0780036421.01.T01 AT3G14660 22.857 420 290 12 62 468 87 485 2.99e-17 84.7
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MsG0780036421.01.T01 AT5G02900 24.091 220 158 5 264 474 238 457 3.68e-17 84.3
MsG0780036421.01.T01 AT4G32170 25.424 177 126 4 301 471 303 479 4.15e-17 84.3
MsG0780036421.01.T01 AT1G34540 22.626 495 325 16 9 469 1 471 5.78e-17 84.0
MsG0780036421.01.T01 AT1G47620 27.451 204 136 6 297 493 310 508 6.20e-17 84.0
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MsG0780036421.01.T01 AT3G14690 21.770 418 297 12 62 468 87 485 1.01e-16 83.2
MsG0780036421.01.T01 AT1G73340 22.199 473 327 12 2 466 14 453 2.88e-16 81.6
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MsG0780036421.01.T01 AT4G39500 23.188 207 153 5 271 471 236 442 4.03e-16 81.3
MsG0780036421.01.T01 AT3G30180 26.339 224 149 5 249 467 227 439 6.66e-16 80.5
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MsG0780036421.01.T01 AT4G39480 21.827 394 250 15 118 471 114 489 6.96e-16 80.5
MsG0780036421.01.T01 AT2G29090 29.060 234 145 5 244 468 140 361 7.75e-16 79.7
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MsG0780036421.01.T01 AT5G38970 24.554 224 153 5 249 467 146 358 1.46e-15 79.0
MsG0780036421.01.T01 AT5G35920 33.607 122 78 2 359 477 6 127 2.66e-15 73.9
MsG0780036421.01.T01 AT5G05690 27.778 180 124 3 292 466 263 441 7.21e-15 77.4
MsG0780036421.01.T01 AT5G05690 27.778 180 124 3 292 466 144 322 7.89e-15 76.3
MsG0780036421.01.T01 AT1G57750 30.597 134 87 3 297 428 299 428 2.13e-14 75.9
MsG0780036421.01.T01 AT3G56630 22.105 475 311 16 28 469 23 471 5.27e-14 74.7
MsG0780036421.01.T01 AT3G01900 22.566 452 306 17 39 467 32 462 7.51e-14 74.3
MsG0780036421.01.T01 AT1G13140 20.619 388 245 12 118 464 128 493 1.95e-13 73.2
MsG0780036421.01.T01 AT2G27690 22.388 469 307 16 49 486 38 480 2.00e-13 72.8
MsG0780036421.01.T01 AT4G27710 22.693 401 285 12 67 458 94 478 3.06e-13 72.4
MsG0780036421.01.T01 AT2G46960 23.040 421 292 13 57 464 84 485 3.79e-13 72.0
MsG0780036421.01.T01 AT2G42850 24.725 182 127 2 292 468 281 457 9.33e-13 70.9
MsG0780036421.01.T01 AT2G46960 23.986 296 206 6 175 464 87 369 4.71e-12 68.2
MsG0780036421.01.T01 AT5G36110 26.108 203 133 4 271 467 257 448 5.64e-12 68.2
MsG0780036421.01.T01 AT1G13140 18.801 367 251 9 118 464 128 467 7.34e-12 68.2
MsG0780036421.01.T01 AT2G34490 27.389 157 107 3 294 445 287 441 9.13e-12 67.8
MsG0780036421.01.T01 AT1G67110 21.262 428 283 14 64 470 91 485 1.65e-11 67.0

Find 101 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 164 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CTCACTAAGGTTTGAAATTT+TGG 0.060350 7:+7912015 None:intergenic
CAAATCTCCATTTACAATTT+TGG 0.089505 7:-7912363 MsG0780036421.01.T01:CDS
TTCAGATTATATTCCTTTCT+TGG 0.174995 7:-7911858 MsG0780036421.01.T01:CDS
TCATCTTTCTTCCGATAATT+AGG 0.175779 7:+7911737 None:intergenic
CCAAAAGGTCTTCCTATAAT+TGG 0.196558 7:-7912409 MsG0780036421.01.T01:CDS
CATCAGTGTTTGTGAGTATT+TGG 0.207940 7:-7910595 MsG0780036421.01.T01:CDS
AGAGATTCCAAAATTGTAAA+TGG 0.215696 7:+7912356 None:intergenic
TGAGCTTTCTTCATTGATCT+TGG 0.217131 7:+7910791 None:intergenic
TCAGATTATATTCCTTTCTT+GGG 0.255087 7:-7911857 MsG0780036421.01.T01:CDS
CGACAAAACTTTCAAGGCTT+TGG 0.270242 7:-7911798 MsG0780036421.01.T01:CDS
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GTTCTATACATTGATGTTGT+AGG 0.295279 7:-7910209 MsG0780036421.01.T01:three_prime_UTR
TGAGTATTTGGTCTATTCAT+AGG 0.298296 7:-7910583 MsG0780036421.01.T01:CDS
CCAATTATAGGAAGACCTTT+TGG 0.298957 7:+7912409 None:intergenic
TCTTCCTTTGTCATCCCTTC+AGG 0.305100 7:+7910365 None:intergenic
AAATGAGTTAAGAAGGTTTA+CGG 0.320755 7:+7910400 None:intergenic
AGAATTTCTTGAGCTAGTTT+AGG 0.324992 7:+7912268 None:intergenic
AGAAATTAGAAGCCTCAAAA+AGG 0.325584 7:-7910765 MsG0780036421.01.T01:CDS
TGATGATGAGTTCTTGATAT+TGG 0.331948 7:+7912450 None:intergenic
ACCTTCTTAACTCATTTGAT+TGG 0.333508 7:-7910394 MsG0780036421.01.T01:CDS
TCTCTCCAACAATCATTATA+TGG 0.333717 7:+7912157 None:intergenic
ATTGTATGTAGAATTGCTTT+TGG 0.343180 7:-7911968 MsG0780036421.01.T01:CDS
GAGCTTTCTTCATTGATCTT+GGG 0.343351 7:+7910792 None:intergenic
TCTCTTGGGGCTAGTGGTGC+TGG 0.346440 7:+7910665 None:intergenic
GTCAGGGTCTTTCCATGTCT+CGG 0.349270 7:+7910556 None:intergenic
AACATCTCAATCCTAATTAT+CGG 0.350951 7:-7911748 MsG0780036421.01.T01:CDS
TGACATTTACATGTGATTCT+TGG 0.352494 7:+7910280 None:intergenic
AGTAAAAGTTTCATTCTAGA+TGG 0.352679 7:-7910638 MsG0780036421.01.T01:CDS
CTCTCTGGATAAAACTCGTC+AGG 0.357072 7:+7910539 None:intergenic
TGATGGAGATTTCCAATTAT+AGG 0.357104 7:+7912397 None:intergenic
TTTCACCATATAATGATTGT+TGG 0.380626 7:-7912162 MsG0780036421.01.T01:CDS
TCACATCAAAGCTGTCCTTA+TGG 0.382600 7:-7911639 MsG0780036421.01.T01:intron
TCGTGTCGACAAAACTTTCA+AGG 0.386396 7:-7911804 MsG0780036421.01.T01:CDS
GTTACTCGAGTTGAAGAATC+AGG 0.394462 7:-7911690 MsG0780036421.01.T01:CDS
CCTTCTTAACTCATTTGATT+GGG 0.394849 7:-7910393 MsG0780036421.01.T01:CDS
CCCAATCAAATGAGTTAAGA+AGG 0.399521 7:+7910393 None:intergenic
TCAGGGTCTTTCCATGTCTC+GGG 0.400115 7:+7910557 None:intergenic
GAGCTGATTCCATTCGGTGC+AGG 0.411228 7:-7910476 MsG0780036421.01.T01:CDS
TCTTGGGTTCTTTATTAATC+CGG 0.413238 7:+7910808 None:intergenic
TAGGATTGAGATGTTCTTGA+AGG 0.429261 7:+7911756 None:intergenic
TCATTGTTTAAGAATCTCTC+TGG 0.438916 7:+7910524 None:intergenic
CTGGTCTCTCTTGGGGCTAG+TGG 0.442349 7:+7910659 None:intergenic
ATAGACACTGAAGGGTTGCC+AGG 0.447202 7:-7910341 MsG0780036421.01.T01:CDS
GAGGTCTACTAGATACTTCA+TGG 0.452249 7:+7912233 None:intergenic
GATTTGAAGTGTCAAGTTGA+TGG 0.456835 7:+7912380 None:intergenic
CAAGCGCATCCACATCCGTC+TGG 0.458814 7:-7910838 MsG0780036421.01.T01:CDS
ATTATATTCCTTTCTTGGGG+TGG 0.459090 7:-7911853 MsG0780036421.01.T01:CDS
ACCTTTCCAAAGGGTCCAAA+AGG 0.466641 7:-7912424 MsG0780036421.01.T01:CDS
GCGATTCCCAATGGTATGCC+AGG 0.467714 7:+7910440 None:intergenic
AGCTGATTCCATTCGGTGCA+GGG 0.472009 7:-7910475 MsG0780036421.01.T01:CDS
GTACGCAAGTTGCTTAATCT+AGG 0.475193 7:-7910231 MsG0780036421.01.T01:three_prime_UTR
GAGTATTTGGTCTATTCATA+GGG 0.489739 7:-7910582 MsG0780036421.01.T01:CDS
TCTAGTAGACCTCCATCATA+TGG 0.489744 7:-7912223 MsG0780036421.01.T01:CDS
TTCTTGTGTCTAGCAAGTCC+TGG 0.492709 7:+7910323 None:intergenic
ATGAAGGTGGTGAGAAAAGT+AGG 0.495932 7:-7911931 MsG0780036421.01.T01:CDS
TTCTATCATTATCTTGACCT+CGG 0.496205 7:+7912063 None:intergenic
ATATGCCCTGGCATACCATT+GGG 0.496304 7:-7910446 MsG0780036421.01.T01:CDS
GACAGCTTTGATGTGATCAT+TGG 0.498477 7:+7911646 None:intergenic
GAAGAAAGATGAAGAAGAGA+AGG 0.498932 7:-7911726 MsG0780036421.01.T01:CDS
TTATCAATCCACCCCAAGAA+AGG 0.500563 7:+7911845 None:intergenic
AGTATTTGTGTACCATATGA+TGG 0.510517 7:+7912211 None:intergenic
GGTCATCACCCAGACGGATG+TGG 0.514573 7:+7910829 None:intergenic
CAGATTATATTCCTTTCTTG+GGG 0.515550 7:-7911856 MsG0780036421.01.T01:CDS
GGGTGGATTGATAAACTCAC+TGG 0.528544 7:-7911836 MsG0780036421.01.T01:CDS
AATATGCCCTGGCATACCAT+TGG 0.528651 7:-7910447 MsG0780036421.01.T01:CDS
CCAATTTGAAGAGAGAAAAG+AGG 0.537554 7:+7912319 None:intergenic
CAAAATTTCAAACCTTAGTG+AGG 0.544698 7:-7912014 MsG0780036421.01.T01:CDS
TTCATAGGGACCCCGAGACA+TGG 0.551001 7:-7910568 MsG0780036421.01.T01:CDS
ATTCTACGCCCTGCACCGAA+TGG 0.557271 7:+7910467 None:intergenic
ACATGTGATTCTTGGCAACA+AGG 0.560499 7:+7910288 None:intergenic
ACATCCGTCTGGGTGATGAC+CGG 0.564177 7:-7910827 MsG0780036421.01.T01:CDS
ATCATCATCAACCTTTCCAA+AGG 0.565276 7:-7912434 MsG0780036421.01.T01:CDS
TCATCATCAACCTTTCCAAA+GGG 0.569460 7:-7912433 MsG0780036421.01.T01:CDS
GGTGAGAAAAGTAGGTTCCA+TGG 0.571220 7:-7911923 MsG0780036421.01.T01:CDS
TACGGTTATCATTTCTACTG+TGG 0.582830 7:+7910418 None:intergenic
TTTGATTGGGAAATTCCTGA+AGG 0.583076 7:-7910380 MsG0780036421.01.T01:CDS
TCTACTGTGGCGATTCCCAA+TGG 0.585785 7:+7910431 None:intergenic
AGGAAGATATAGACACTGAA+GGG 0.587732 7:-7910349 MsG0780036421.01.T01:CDS
TTGATTGGGAAATTCCTGAA+GGG 0.589055 7:-7910379 MsG0780036421.01.T01:CDS
GCAGGGCGTAGAATATGCCC+TGG 0.592611 7:-7910458 MsG0780036421.01.T01:CDS
AAGCGCATCCACATCCGTCT+GGG 0.594137 7:-7910837 MsG0780036421.01.T01:CDS
TGTCAGTAGCTGCTACAAGT+AGG 0.601406 7:+7910861 None:intergenic
GATTCTTGGCAACAAGGCAA+AGG 0.607267 7:+7910294 None:intergenic
AAGGAAGATATAGACACTGA+AGG 0.610054 7:-7910350 MsG0780036421.01.T01:CDS
CAGACATTAAGACCTCACTA+AGG 0.617042 7:+7912002 None:intergenic
TTCTCATGTGAGAAAATCCG+AGG 0.621172 7:-7912080 MsG0780036421.01.T01:CDS
GTGTCTCATTAAGTAAACCA+TGG 0.622090 7:+7911906 None:intergenic
CGATTCCCAATGGTATGCCA+GGG 0.622350 7:+7910441 None:intergenic
TCTCTGGATAAAACTCGTCA+GGG 0.626084 7:+7910540 None:intergenic
AGCAAAGCTCTAATCAACAA+TGG 0.633917 7:-7912542 MsG0780036421.01.T01:exon
TGTTGTAGGTAATTAGAGTG+TGG 0.637468 7:-7910195 MsG0780036421.01.T01:three_prime_UTR
GGTGGATTGATAAACTCACT+GGG 0.639616 7:-7911835 MsG0780036421.01.T01:CDS
AAAAGTTATGAACATGAAGG+TGG 0.642932 7:-7911944 MsG0780036421.01.T01:CDS
CAGGGTCTTTCCATGTCTCG+GGG 0.651124 7:+7910558 None:intergenic
ACACAAATACTGTCTTACAA+TGG 0.652563 7:-7912199 MsG0780036421.01.T01:CDS
TTACTCGAGTTGAAGAATCA+GGG 0.652823 7:-7911689 MsG0780036421.01.T01:CDS
TGTAGGTAATTAGAGTGTGG+AGG 0.667561 7:-7910192 MsG0780036421.01.T01:three_prime_UTR
TAATCCGGTCATCACCCAGA+CGG 0.671185 7:+7910823 None:intergenic
AATTCCTGAAGGGATGACAA+AGG 0.683896 7:-7910369 MsG0780036421.01.T01:CDS
ATTTGTGTACCATATGATGG+AGG 0.692010 7:+7912214 None:intergenic
GTGGATTGATAAACTCACTG+GGG 0.826146 7:-7911834 MsG0780036421.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AAACAATGATATAGATTTTA+AGG - Chr7:7912162-7912181 MsG0780036421.01.T01:CDS 15.0%
!!! AACAATGATATAGATTTTAA+GGG - Chr7:7912163-7912182 MsG0780036421.01.T01:CDS 15.0%
!!! AATATAATCTGAAACAAAAA+AGG + Chr7:7910807-7910826 None:intergenic 15.0%
!! AGAAGGAAAAATACTAATAA+AGG + Chr7:7910185-7910204 None:intergenic 20.0%
!! ATATGATAAAAAATAGTGTG+TGG + Chr7:7911065-7911084 None:intergenic 20.0%
!! GAAAAATACTAATAAAGGTA+AGG + Chr7:7910180-7910199 None:intergenic 20.0%
!! TCTTATGTAAGTTTCAAAAA+GGG - Chr7:7911322-7911341 MsG0780036421.01.T01:intron 20.0%
!!! AGAAAAGCTAGAAATTTTTT+TGG + Chr7:7910576-7910595 None:intergenic 20.0%
!!! ATGTTATGTGAAACTTTTTT+TGG - Chr7:7911190-7911209 MsG0780036421.01.T01:intron 20.0%
!!! TTGTTTTTCGTTATGTATAA+GGG - Chr7:7912508-7912527 MsG0780036421.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTTGTATTTCATGAAAAGA+AGG + Chr7:7910202-7910221 None:intergenic 20.0%
!!! TTTTTTTGGAACTAAAGAAA+TGG + Chr7:7910562-7910581 None:intergenic 20.0%
! AAATGAGTTAAGAAGGTTTA+CGG + Chr7:7912275-7912294 None:intergenic 25.0%
! AACATCTCAATCCTAATTAT+CGG - Chr7:7910924-7910943 MsG0780036421.01.T01:intron 25.0%
! ACTAAGTCTCATATACAATT+GGG + Chr7:7911234-7911253 None:intergenic 25.0%
! AGAGATTCCAAAATTGTAAA+TGG + Chr7:7910319-7910338 None:intergenic 25.0%
! AGTAAAAGTTTCATTCTAGA+TGG - Chr7:7912034-7912053 MsG0780036421.01.T01:CDS 25.0%
! ATATCGATAAAAATGCAAGA+CGG + Chr7:7911293-7911312 None:intergenic 25.0%
! CTCTTATGTAAGTTTCAAAA+AGG - Chr7:7911321-7911340 MsG0780036421.01.T01:intron 25.0%
! TATATATTAAGCAAGCTCTT+AGG - Chr7:7911539-7911558 MsG0780036421.01.T01:intron 25.0%
! TCAGATTATATTCCTTTCTT+GGG - Chr7:7910815-7910834 MsG0780036421.01.T01:CDS 25.0%
! TCTTTACACAAAACATAAAG+CGG + Chr7:7911114-7911133 None:intergenic 25.0%
! TTCAGATTATATTCCTTTCT+TGG - Chr7:7910814-7910833 MsG0780036421.01.T01:CDS 25.0%
! TTTCACCATATAATGATTGT+TGG - Chr7:7910510-7910529 MsG0780036421.01.T01:CDS 25.0%
!! AATCTGAAACAAAAAAGGAA+AGG + Chr7:7910802-7910821 None:intergenic 25.0%
!! ATTGTATGTAGAATTGCTTT+TGG - Chr7:7910704-7910723 MsG0780036421.01.T01:CDS 25.0%
!! CAAATCTCCATTTACAATTT+TGG - Chr7:7910309-7910328 MsG0780036421.01.T01:CDS 25.0%
!! CCAAAAGCTTGTATATTTTA+AGG - Chr7:7911952-7911971 MsG0780036421.01.T01:CDS 25.0%
!! CCTTAAAATATACAAGCTTT+TGG + Chr7:7911955-7911974 None:intergenic 25.0%
!! TTTGTTCTTTTCTGTTTACT+TGG + Chr7:7911746-7911765 None:intergenic 25.0%
!!! AAATTTTGGAAGAAGAAACA+TGG + Chr7:7910646-7910665 None:intergenic 25.0%
!!! ATCTAGAATGAAACTTTTAC+TGG + Chr7:7912035-7912054 None:intergenic 25.0%
!!! CTTGTTTTTCGTTATGTATA+AGG - Chr7:7912507-7912526 MsG0780036421.01.T01:CDS 25.0%
AAAAGTTATGAACATGAAGG+TGG - Chr7:7910728-7910747 MsG0780036421.01.T01:CDS 30.0%
ACACAAATACTGTCTTACAA+TGG - Chr7:7910473-7910492 MsG0780036421.01.T01:CDS 30.0%
ACCTTCTTAACTCATTTGAT+TGG - Chr7:7912278-7912297 MsG0780036421.01.T01:CDS 30.0%
AGAAATTAGAAGCCTCAAAA+AGG - Chr7:7911907-7911926 MsG0780036421.01.T01:CDS 30.0%
AGTATTTGTGTACCATATGA+TGG + Chr7:7910464-7910483 None:intergenic 30.0%
ATAACTACGCAATTATGTAG+TGG - Chr7:7911675-7911694 MsG0780036421.01.T01:CDS 30.0%
CAAAATTTCAAACCTTAGTG+AGG - Chr7:7910658-7910677 MsG0780036421.01.T01:CDS 30.0%
CAGATTATATTCCTTTCTTG+GGG - Chr7:7910816-7910835 MsG0780036421.01.T01:CDS 30.0%
CCTTCTTAACTCATTTGATT+GGG - Chr7:7912279-7912298 MsG0780036421.01.T01:CDS 30.0%
CTAAGTCTCATATACAATTG+GGG + Chr7:7911233-7911252 None:intergenic 30.0%
CTTTACACAAAACATAAAGC+GGG + Chr7:7911113-7911132 None:intergenic 30.0%
GACTAAGTCTCATATACAAT+TGG + Chr7:7911235-7911254 None:intergenic 30.0%
GAGTATTTGGTCTATTCATA+GGG - Chr7:7912090-7912109 MsG0780036421.01.T01:CDS 30.0%
GGAAAAAGTTATGAACATGA+AGG - Chr7:7910725-7910744 MsG0780036421.01.T01:CDS 30.0%
GTTCTATACATTGATGTTGT+AGG - Chr7:7912463-7912482 MsG0780036421.01.T01:CDS 30.0%
TAAAAGCCAAGCAACTAATT+AGG + Chr7:7911779-7911798 None:intergenic 30.0%
TAAGTCTCATATACAATTGG+GGG + Chr7:7911232-7911251 None:intergenic 30.0%
TAATGTCCTAATTAGTTGCT+TGG - Chr7:7911770-7911789 MsG0780036421.01.T01:CDS 30.0%
TCATCTTTCTTCCGATAATT+AGG + Chr7:7910938-7910957 None:intergenic 30.0%
TCATTGTTTAAGAATCTCTC+TGG + Chr7:7912151-7912170 None:intergenic 30.0%
TCTCTCCAACAATCATTATA+TGG + Chr7:7910518-7910537 None:intergenic 30.0%
TCTTGGGTTCTTTATTAATC+CGG + Chr7:7911867-7911886 None:intergenic 30.0%
TGACATTTACATGTGATTCT+TGG + Chr7:7912395-7912414 None:intergenic 30.0%
TGAGTATTTGGTCTATTCAT+AGG - Chr7:7912089-7912108 MsG0780036421.01.T01:CDS 30.0%
TGATGGAGATTTCCAATTAT+AGG + Chr7:7910278-7910297 None:intergenic 30.0%
TGGAATCTCTCAAAAATCTA+TGG - Chr7:7910329-7910348 MsG0780036421.01.T01:CDS 30.0%
TTCACATAACATTGAAATCG+AGG + Chr7:7911182-7911201 None:intergenic 30.0%
TTCTATCATTATCTTGACCT+CGG + Chr7:7910612-7910631 None:intergenic 30.0%
TTTATCATATCGTTCGCTTA+TGG - Chr7:7911075-7911094 MsG0780036421.01.T01:intron 30.0%
! AGAATTTCTTGAGCTAGTTT+AGG + Chr7:7910407-7910426 None:intergenic 30.0%
! TGATGATGAGTTCTTGATAT+TGG + Chr7:7910225-7910244 None:intergenic 30.0%
!! CTCACTAAGGTTTGAAATTT+TGG + Chr7:7910660-7910679 None:intergenic 30.0%
AAGGAAGATATAGACACTGA+AGG - Chr7:7912322-7912341 MsG0780036421.01.T01:CDS 35.0%
AAGTCTCATATACAATTGGG+GGG + Chr7:7911231-7911250 None:intergenic 35.0%
AGGAAGATATAGACACTGAA+GGG - Chr7:7912323-7912342 MsG0780036421.01.T01:CDS 35.0%
ATCATCATCAACCTTTCCAA+AGG - Chr7:7910238-7910257 MsG0780036421.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
ATTATATTCCTTTCTTGGGG+TGG - Chr7:7910819-7910838 MsG0780036421.01.T01:CDS 35.0%
ATTTGTGTACCATATGATGG+AGG + Chr7:7910461-7910480 None:intergenic 35.0%
CATCAGTGTTTGTGAGTATT+TGG - Chr7:7912077-7912096 MsG0780036421.01.T01:CDS 35.0%
CATCATTACCATGTGTAGAA+TGG - Chr7:7911651-7911670 MsG0780036421.01.T01:CDS 35.0%
CCAAAAGGTCTTCCTATAAT+TGG - Chr7:7910263-7910282 MsG0780036421.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
CCAATTTGAAGAGAGAAAAG+AGG + Chr7:7910356-7910375 None:intergenic 35.0%
CCCAATCAAATGAGTTAAGA+AGG + Chr7:7912282-7912301 None:intergenic 35.0%
GAAGAAAGATGAAGAAGAGA+AGG - Chr7:7910946-7910965 MsG0780036421.01.T01:intron 35.0%
GAGCTTTCTTCATTGATCTT+GGG + Chr7:7911883-7911902 None:intergenic 35.0%
GTGTCTCATTAAGTAAACCA+TGG + Chr7:7910769-7910788 None:intergenic 35.0%
TACGGTTATCATTTCTACTG+TGG + Chr7:7912257-7912276 None:intergenic 35.0%
TAGGATTGAGATGTTCTTGA+AGG + Chr7:7910919-7910938 None:intergenic 35.0%
TAGTTATGCCATTCTACACA+TGG + Chr7:7911662-7911681 None:intergenic 35.0%
TCATCATCAACCTTTCCAAA+GGG - Chr7:7910239-7910258 MsG0780036421.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
TGAGCTTTCTTCATTGATCT+TGG + Chr7:7911884-7911903 None:intergenic 35.0%
TGTTGTAGGTAATTAGAGTG+TGG - Chr7:7912477-7912496 MsG0780036421.01.T01:CDS 35.0%
TTGATTGGGAAATTCCTGAA+GGG - Chr7:7912293-7912312 MsG0780036421.01.T01:CDS 35.0%
TTTGATTGGGAAATTCCTGA+AGG - Chr7:7912292-7912311 MsG0780036421.01.T01:CDS 35.0%
! AGCAAAGCTCTAATCAACAA+TGG - Chr7:7910130-7910149 MsG0780036421.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
! CATCTATGAACTCCTTTTTG+AGG + Chr7:7911922-7911941 None:intergenic 35.0%
! CCAATTATAGGAAGACCTTT+TGG + Chr7:7910266-7910285 None:intergenic 35.0%
! CCTCTTTTCTCTCTTCAAAT+TGG - Chr7:7910353-7910372 MsG0780036421.01.T01:CDS 35.0%
! CTCACAAACACTGATGTTTT+TGG + Chr7:7912073-7912092 None:intergenic 35.0%
! TGTTTTGTGTAAAGACTCTC+AGG - Chr7:7911119-7911138 MsG0780036421.01.T01:intron 35.0%
!! AAACTTTTACTGGTCTCTCT+TGG + Chr7:7912025-7912044 None:intergenic 35.0%
!! AACTTTTACTGGTCTCTCTT+GGG + Chr7:7912024-7912043 None:intergenic 35.0%
!! GATTTGAAGTGTCAAGTTGA+TGG + Chr7:7910295-7910314 None:intergenic 35.0%
!! GATTTTGAGCTGATTCCATT+CGG - Chr7:7912190-7912209 MsG0780036421.01.T01:CDS 35.0%
!! TTACTCGAGTTGAAGAATCA+GGG - Chr7:7910983-7911002 MsG0780036421.01.T01:intron 35.0%
AATTCCTGAAGGGATGACAA+AGG - Chr7:7912303-7912322 MsG0780036421.01.T01:CDS 40.0%
ACATGTGATTCTTGGCAACA+AGG + Chr7:7912387-7912406 None:intergenic 40.0%
AGTGTGTGGAACATACCATA+AGG + Chr7:7911051-7911070 None:intergenic 40.0%
ATGAAGGTGGTGAGAAAAGT+AGG - Chr7:7910741-7910760 MsG0780036421.01.T01:CDS 40.0%
CAGACATTAAGACCTCACTA+AGG + Chr7:7910673-7910692 None:intergenic 40.0%
CGACAAAACTTTCAAGGCTT+TGG - Chr7:7910874-7910893 MsG0780036421.01.T01:intron 40.0%
GAGGTCTACTAGATACTTCA+TGG + Chr7:7910442-7910461 None:intergenic 40.0%
GTACGCAAGTTGCTTAATCT+AGG - Chr7:7912441-7912460 MsG0780036421.01.T01:CDS 40.0%
TAAAACACCTCAGTGAGTTG+AGG - Chr7:7911356-7911375 MsG0780036421.01.T01:intron 40.0%
TATCACATGTGTGCTCTCAT+AGG + Chr7:7910089-7910108 None:intergenic 40.0%
TCACATCAAAGCTGTCCTTA+TGG - Chr7:7911033-7911052 MsG0780036421.01.T01:intron 40.0%
TCTAGTAGACCTCCATCATA+TGG - Chr7:7910449-7910468 MsG0780036421.01.T01:CDS 40.0%
TCTCTGGATAAAACTCGTCA+GGG + Chr7:7912135-7912154 None:intergenic 40.0%
TGAACTTGAGGTCGAAACAT+CGG + Chr7:7911270-7911289 None:intergenic 40.0%
TGTAGGTAATTAGAGTGTGG+AGG - Chr7:7912480-7912499 MsG0780036421.01.T01:CDS 40.0%
TTATCAATCCACCCCAAGAA+AGG + Chr7:7910830-7910849 None:intergenic 40.0%
TTCTCATGTGAGAAAATCCG+AGG - Chr7:7910592-7910611 MsG0780036421.01.T01:CDS 40.0%
TTGTGTAAAGACTCTCAGGT+GGG - Chr7:7911123-7911142 MsG0780036421.01.T01:intron 40.0%
TTTGTGTAAAGACTCTCAGG+TGG - Chr7:7911122-7911141 MsG0780036421.01.T01:intron 40.0%
! GACAGCTTTGATGTGATCAT+TGG + Chr7:7911029-7911048 None:intergenic 40.0%
! GTGGATTGATAAACTCACTG+GGG - Chr7:7910838-7910857 MsG0780036421.01.T01:CDS 40.0%
! TCGTGTCGACAAAACTTTCA+AGG - Chr7:7910868-7910887 MsG0780036421.01.T01:intron 40.0%
!! ACTTTTACTGGTCTCTCTTG+GGG + Chr7:7912023-7912042 None:intergenic 40.0%
!! GGTGGATTGATAAACTCACT+GGG - Chr7:7910837-7910856 MsG0780036421.01.T01:CDS 40.0%
!! GTTACTCGAGTTGAAGAATC+AGG - Chr7:7910982-7911001 MsG0780036421.01.T01:intron 40.0%
!!! CACTGAGGTGTTTTAGCTAA+GGG + Chr7:7911351-7911370 None:intergenic 40.0%
!!! CGACAGTTTTTAGTATACGC+TGG - Chr7:7912419-7912438 MsG0780036421.01.T01:CDS 40.0%
!!! TCACTGAGGTGTTTTAGCTA+AGG + Chr7:7911352-7911371 None:intergenic 40.0%
AATATGCCCTGGCATACCAT+TGG - Chr7:7912225-7912244 MsG0780036421.01.T01:CDS 45.0%
AATGCAAGACGGTGAACTTG+AGG + Chr7:7911282-7911301 None:intergenic 45.0%
ACCTTTCCAAAGGGTCCAAA+AGG - Chr7:7910248-7910267 MsG0780036421.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
ATATGCCCTGGCATACCATT+GGG - Chr7:7912226-7912245 MsG0780036421.01.T01:CDS 45.0%
CTCTCTGGATAAAACTCGTC+AGG + Chr7:7912136-7912155 None:intergenic 45.0%
GATTCTTGGCAACAAGGCAA+AGG + Chr7:7912381-7912400 None:intergenic 45.0%
GGTGAGAAAAGTAGGTTCCA+TGG - Chr7:7910749-7910768 MsG0780036421.01.T01:CDS 45.0%
TCTTCCTTTGTCATCCCTTC+AGG + Chr7:7912310-7912329 None:intergenic 45.0%
TGTCAGTAGCTGCTACAAGT+AGG + Chr7:7911814-7911833 None:intergenic 45.0%
TTCTTGTGTCTAGCAAGTCC+TGG + Chr7:7912352-7912371 None:intergenic 45.0%
!! ACCTTTTGGACCCTTTGGAA+AGG + Chr7:7910252-7910271 None:intergenic 45.0%
!! GGGTGGATTGATAAACTCAC+TGG - Chr7:7910836-7910855 MsG0780036421.01.T01:CDS 45.0%
ATAGACACTGAAGGGTTGCC+AGG - Chr7:7912331-7912350 MsG0780036421.01.T01:CDS 50.0%
CGATTCCCAATGGTATGCCA+GGG + Chr7:7912234-7912253 None:intergenic 50.0%
GTCAGGGTCTTTCCATGTCT+CGG + Chr7:7912119-7912138 None:intergenic 50.0%
TAATCCGGTCATCACCCAGA+CGG + Chr7:7911852-7911871 None:intergenic 50.0%
TCAGGGTCTTTCCATGTCTC+GGG + Chr7:7912118-7912137 None:intergenic 50.0%
TCTACTGTGGCGATTCCCAA+TGG + Chr7:7912244-7912263 None:intergenic 50.0%
! AACACCTCAGTGAGTTGAGG+TGG - Chr7:7911359-7911378 MsG0780036421.01.T01:intron 50.0%
! ACACCTCAGTGAGTTGAGGT+GGG - Chr7:7911360-7911379 MsG0780036421.01.T01:intron 50.0%
! GGAAGACCTTTTGGACCCTT+TGG + Chr7:7910257-7910276 None:intergenic 50.0%
!! AGCTGATTCCATTCGGTGCA+GGG - Chr7:7912197-7912216 MsG0780036421.01.T01:CDS 50.0%
!! GTCGAAACATCGGTGTCAGA+CGG + Chr7:7911260-7911279 None:intergenic 50.0%
AAGCGCATCCACATCCGTCT+GGG - Chr7:7911835-7911854 MsG0780036421.01.T01:CDS 55.0%
ACATCCGTCTGGGTGATGAC+CGG - Chr7:7911845-7911864 MsG0780036421.01.T01:CDS 55.0%
ACTCCCACCTCAACTCACTG+AGG + Chr7:7911366-7911385 None:intergenic 55.0%
ATTCTACGCCCTGCACCGAA+TGG + Chr7:7912208-7912227 None:intergenic 55.0%
CAGGGTCTTTCCATGTCTCG+GGG + Chr7:7912117-7912136 None:intergenic 55.0%
GCGATTCCCAATGGTATGCC+AGG + Chr7:7912235-7912254 None:intergenic 55.0%
TAAAGACTCTCAGGTGGGCG+AGG - Chr7:7911128-7911147 MsG0780036421.01.T01:intron 55.0%
TTCATAGGGACCCCGAGACA+TGG - Chr7:7912104-7912123 MsG0780036421.01.T01:CDS 55.0%
!! GAAACATCGGTGTCAGACGG+AGG + Chr7:7911257-7911276 None:intergenic 55.0%
!! GAGCTGATTCCATTCGGTGC+AGG - Chr7:7912196-7912215 MsG0780036421.01.T01:CDS 55.0%
CAAGCGCATCCACATCCGTC+TGG - Chr7:7911834-7911853 MsG0780036421.01.T01:CDS 60.0%
CTGGTCTCTCTTGGGGCTAG+TGG + Chr7:7912016-7912035 None:intergenic 60.0%
GCAGGGCGTAGAATATGCCC+TGG - Chr7:7912214-7912233 MsG0780036421.01.T01:CDS 60.0%
GGTCATCACCCAGACGGATG+TGG + Chr7:7911846-7911865 None:intergenic 60.0%
! TCTCTTGGGGCTAGTGGTGC+TGG + Chr7:7912010-7912029 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 7910089 7912605 7910089 ID=MsG0780036421.01;Name=MsG0780036421.01
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Gene Sequence

>MsG0780036421.01.T01

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Protein sequence

>MsG0780036421.01.T01

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