AlfalfaGEDB | MS.gene049652

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene049652

KEGG: -
GO: -
PFAM: PF07466.14

Nr:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene049652.t1	XP_003600584.1	85.4	336	39	2	1	336	1	326	2.50E-133	486.1

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Swissprot:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
No data available in table

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Trembl:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene049652.t1	G7J778	85.4	336	39	2	1	336	1	326	1.8e-133	486.1

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
MS.gene049254	MS.gene049652	0.801944	7.09E-49	-1.69E-46
MS.gene049499	MS.gene049652	0.802477	5.51E-49	-1.69E-46
MS.gene049652	MS.gene051744	0.83452	2.86E-56	-1.69E-46
MS.gene049652	MS.gene053094	0.815303	9.90E-52	-1.69E-46
MS.gene049652	MS.gene054576	0.804727	1.88E-49	-1.69E-46
MS.gene049652	MS.gene056699	0.834278	3.29E-56	-1.69E-46
MS.gene049652	MS.gene057102	0.806888	6.61E-50	-1.69E-46
MS.gene049652	MS.gene05985	-0.821559	3.79E-53	-1.69E-46
MS.gene049652	MS.gene060365	0.807292	5.43E-50	-1.69E-46
MS.gene049652	MS.gene061188	0.801391	9.21E-49	-1.69E-46

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene049652.t1	MTR_3g063950	84.524	336	42	2	1	336	1	326	1.87e-174	499
MS.gene049652.t1	MTR_3g063950	71.203	316	78	3	335	650	24	326	1.27e-134	398
MS.gene049652.t1	MTR_3g063940	65.579	337	107	3	1	335	1	330	3.67e-129	384
MS.gene049652.t1	MTR_3g063940	59.748	318	108	4	338	648	25	329	7.90e-107	327
MS.gene049652.t1	MTR_3g063940	63.534	266	88	3	1	264	1	259	5.91e-89	278
MS.gene049652.t1	MTR_3g063940	55.645	248	90	4	338	578	25	259	2.08e-67	222
MS.gene049652.t1	MTR_7g114660	46.178	314	131	4	338	643	104	387	5.46e-59	203
MS.gene049652.t1	MTR_7g114660	43.114	334	131	7	15	329	94	387	2.27e-56	196
MS.gene049652.t1	MTR_8g465010	53.110	209	68	3	435	643	204	382	1.80e-55	194
MS.gene049652.t1	MTR_8g465010	52.153	209	70	4	121	329	204	382	6.52e-52	184

Showing 1 to 10 of 14 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene049652.t1	AT1G54520	47.664	214	82	4	430	643	205	388	2.27e-48	174
MS.gene049652.t1	AT1G54520	47.847	209	79	4	121	329	210	388	1.78e-47	172

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Find 141 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AACAGAGACAATACAAACTT+TGG	0.439999	3.2:-59538765	MS.gene049652:intron
AACTCAGTTTCAGCCTCCTC+AGG	0.433204	3.2:-59541253	MS.gene049652:CDS
AAGGTTACAAATGATGAAGG+AGG	0.565019	3.2:-59541076	MS.gene049652:CDS
ACAATATTGGTAGCTACTAA+AGG	0.530785	3.2:-59521031	MS.gene049652:CDS
ACAATATTGGTAGCTACTAG+AGG	0.643540	3.2:-59528939	MS.gene049652:CDS
ACATAAGCTACCTAACATGA+AGG	0.574557	3.2:-59528913	MS.gene049652:CDS
ACATAAGCTACCTAACATGA+AGG	0.574967	3.2:-59521005	MS.gene049652:CDS
ACCAACTATCAATTGAAGAA+AGG	0.462903	3.2:-59522774	MS.gene049652:CDS
ACCAACTATCAATTGAAGAA+AGG	0.462903	3.2:-59538564	MS.gene049652:CDS
ACTATGGACCCCACAGAGAG+AGG	0.608037	3.2:-59520801	MS.gene049652:CDS

Showing 1 to 10 of 141 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr3.2	gene	59520730	59541353	59520730	ID=MS.gene049652
chr3.2	mRNA	59520730	59541353	59520730	ID=MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652
chr3.2	exon	59540976	59541353	59540976	ID=MS.gene049652.t1.exon1;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	CDS	59540976	59541353	59540976	ID=cds.MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	exon	59540774	59540879	59540774	ID=MS.gene049652.t1.exon2;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	CDS	59540774	59540879	59540774	ID=cds.MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	exon	59538727	59538782	59538727	ID=MS.gene049652.t1.exon3;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	CDS	59538727	59538782	59538727	ID=cds.MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	exon	59538465	59538629	59538465	ID=MS.gene049652.t1.exon4;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	CDS	59538465	59538629	59538465	ID=cds.MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	exon	59537850	59537933	59537850	ID=MS.gene049652.t1.exon5;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	CDS	59537850	59537933	59537850	ID=cds.MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	exon	59528848	59528964	59528848	ID=MS.gene049652.t1.exon6;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	CDS	59528848	59528964	59528848	ID=cds.MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	exon	59528636	59528753	59528636	ID=MS.gene049652.t1.exon7;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	CDS	59528636	59528753	59528636	ID=cds.MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	exon	59525764	59526059	59525764	ID=MS.gene049652.t1.exon8;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	CDS	59525764	59526059	59525764	ID=cds.MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	exon	59525502	59525607	59525502	ID=MS.gene049652.t1.exon9;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	CDS	59525502	59525607	59525502	ID=cds.MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	exon	59522938	59522993	59522938	ID=MS.gene049652.t1.exon10;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	CDS	59522938	59522993	59522938	ID=cds.MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	exon	59522675	59522839	59522675	ID=MS.gene049652.t1.exon11;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	CDS	59522675	59522839	59522675	ID=cds.MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	exon	59522060	59522143	59522060	ID=MS.gene049652.t1.exon12;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	CDS	59522060	59522143	59522060	ID=cds.MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	exon	59520940	59521056	59520940	ID=MS.gene049652.t1.exon13;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	CDS	59520940	59521056	59520940	ID=cds.MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	exon	59520730	59520834	59520730	ID=MS.gene049652.t1.exon14;Parent=MS.gene049652.t1
chr3.2	CDS	59520730	59520834	59520730	ID=cds.MS.gene049652.t1;Parent=MS.gene049652.t1

Gene Sequence

>MS.gene049652

ATGGGTTTTTCAAGAAAACACGTTACGAGTATCATTGCTTTATCACTGCTTGTGTTGTTATCATTAACATGGAACCTTAACTCAGTTTCAGCCTCCTCAGGAGGTGTTGCGGGAGGGAGTTTCTTCAAATCAGATTCTTCCTCATCCTCTAAATCATCCTCTGAATCATTCACAACTTATTCAAATTCTCCAAGTGTATGGGTGCAACATCATACCTATGTTACCCCTTCTAGTGATGCTGATGATGCTGATGATAAGGTTACAAATGATGAAGGAGGGGTCGTGTTTTTGTTCATTGCTGGCATAATCGGTATCATTTATTTTGTACGTCGTTGTACAGAAAACAATGATGATCCAGTTACTGTTCTCAAGCTTCAGGTTTGGTAACATAAACATCTATAGTTGTTTGTGTAATGACAGTGTGTGTGTAATATCTCTAAGACATTGTAAATGTTTTTGTGTCTTTTGTTTAAGGTTGGAATGTTGGATGAGATGGGATGTACATTACAAAGGGATCTAGCTAGGATTGCAGAAGCTGCTAATACACGGTATAAGGAAGGCGTGTGCTGTTTATTGAGAGGTGAGTGAGTTGCTTCTAATATTTTTAGAGTTTAATTTATTTATATACAACTTTGGTGTACAAAAGTTTCACACATGCATCCAATAATGCGTTGACAAATGTGTTTTTAACTCATTAAATAATGTGACAACACGCCATTGAATGCATGTGTACAACTTTTGTACAGTGACGGTGTATATATTTTAAATTCATATTTTTATACTACCTCTGCTTCTGTCCATAAGTATATGTCTGTTAGGAGAAATTTCTTTGTCTATTTTATAAGACCATTCAAATTACTTGACTAACATACAACAATAAGACCATTCAAATTACTTGACTAACATACAACAACGCCAACCAAAACTTATTCCATAAAGTGGGGTTGACTATAGAGATTCGACAAAGTTATATGTTGACTGTCGAGGACTAACACAACCTCTCCTTTTACCCGGACTTGAGACTGGATAAAAAACAAACACATTGATATAGATTGTCGAGGTGGGGTTATGTAATAAAAACAAACATTTTGATATAGATTGTTGAGGTGGGGTAGGTAGAGGTAAGAAATAAAGGAAGGGGATCTGGCTAATTTGGAATGCTACACTTTGGATGATTTGGAAGACAAGAAATGGGATTGTATTTGTGAATGAAGTGGTGAATGAGATTAAACTTTTGTCATGCAGATGGTTTGAGTGGAGGGAAGATTTCTCACTGCTTTCTCTATGAGTGGAGGTGGGATCCTATTAACTGTTTATACAGGTAAGGAGTGGGTGAGGAGGGGTACATTTTGGTTGGAGTCCTTGGCGAAGAGTTTTCTGGTCGCTGCTGTCAGTCTGTGTGAGGCCTGTGTGCCGATGCTGTCCTGCCGATGCTGACACAAAGCTTCCGATTCAGTGTGTTTTGCTTCTAGTGCTGGTTTTGGTTTGAGTTTCTGTAGCTGTTTTTTCGGATGCAGGACGCTGTAGTTTTCTCTAGTTTTTAAGTGTAGCAGGTTGTTAGTTTGTAGGTGTGATTTATGGCTGATTAGTGTTCACACTGTAGTGCCGTTGGAGCCTTATTTTAGTGCAGGACAGTTTCAGTTTTGGTTCTGTGGTAGTATCATTTGACGGCAGTTTTTGAGGCCTGTCTTCTGCTGCCTTTTTATGGTGTAAAGGGGAAAATTTAGGATTATGGTGCCTCCTGCAGCTAGAGTTGATGTTCAGATGCAGAGTTGTGTGCTTCTGGTCTGCAGCTTTGGTGCATTATAGTGTCCCTAGGTTATTTTGAGCTGTTTCTGTTTTGTAGCTAGTTTGGTTAGTATTTTGGCTTCTATGCCTGTAGTGTAATATGACGTATTTTCTTTTTGTTGCATGGTAACTCCCTAGCATTTCTGATGGGTCAATAACTTTATACCGATTCCGGATTTGTCTCGTGTTCGATTTGGATTTAATGAAATTACCAATTGTAAGTAAATTTAATACCACTACAAACTTTCTTAATGCTGATGATTTAGTCAACGAGATTCTATATTGACTGGCGTAGGTAGTAATATTCTTGTGTTATAGTGAAAATGGTTGTTGTTACAGTGAAAAACACAAGTCTCACATTGAATGGAAATAAGATATGAAATGAGTTTATAAAGAGTGACACCCACCCTTCCGTCAATTTTGTAAGAATGAGCTTAACTCAATATAATTATCAAAATCTAATATGTTATCAAAGTCTATCTATCGATCCGCACAACACGCCAATAGTGTTGGTTTGAGTGGGTGCATTGGAAAAAACCCAATTCTCACGTTGAATAAAAATAATGTCTGAAACGAGTTTATAAGTGGTGGCATCTCTCACCTATAAGTTAGCTGTGTAAGGAGGAAGTAGAGATGATATAATTTTCTTACTATTTAATGTCAAATAGCCCCAAGTAATATTATTTTGGTCTATTTTTAGCCAAGAATGATTTTATTTTTTTTCAAATTGTACAAGGCTTTGTATAATTGATATACTTCTTGTTGTCTGGCCTTCTGTAACAGAGACAATACAAACTTTGGATAAACATCATGGTTACTGTATAGCAGGATATTCATCTGTAAGTTCATTCCTTCTCCTAATTAGTCCGAAGTACAATTTGAGTTATAGCCTATAATAGGTGTTAAAGGGGTTACCCTTGATGACAATCTTTGCAGGTGGATCTTAAAAGGAGCCAGGAGGGTGGAGAAAAATGCTATAACCAACTATCAATTGAAGAAAGGGAAAAATTTGATGGAGAGACATTAGTTAACTTGAGCAACAACAATAAGACACGTATAAGAAGCCAGAGTTATGATAGGTTTAGCAATGAATATTCCACGGTATGATATAATTTTTAAAGAGATTTTGTAAAAGCAATTAAAGGGTAGGTACTTACGGTGTAAAATAGTTTTAAACTTATATTCAATGAGAATCCACTACTTTGCCATGTCACCCCATTTCTGTATGGTTATTTTGAAACAAATAGTGTGGCATGGAAATTTGTTAGCCTTTCATTGAATGTGAGCGTAAAACTGTTTTACACTGACAAAGTATGACCATTAAACTCTAAAATATGCTTCAATTTCTAGTGATATGCGGGAACAGATCCTCTCTCGTGAGGTTTTTACTAGGTGGAAAATGGAAATCCTCACCCTTCAGTTCTCTTTTAATGGCTCTGAAATCATCAGACACTGCTGAAAATGAGTGACTGAGATTTCACTGCAGAAACTTTTCACGGGTTTCTAGAATATGCACATTGACAAAAAAAGTTATCAACTTCAATTTCAACTATTGGACAAGCTATTTCTTAATTTTGTTTCAAATAGTACTTATAGAGCTTTAATCATTAACTAACCACTAGTCTTCTGCAGTTTGATGTAAAAAAGAGTTCTGAAGAAACCGAGAAATTTGAAAAAGAGAAACCTCGCAGTGGGTTCGACAACAAGTACATAGTGGTATGATATAATTAACTTTGGGTTTCATAAATTGTTTTATTTTTTTGAGTTGGCATAAACTTTCACCTTCAATTCTATATCTGCTATCAGAGGGCGAGTCATCATAATTTTGCAAAAGCTACGCTATGTAGTTTTTGGAAAATCATGTTGGCTCACCATGGTTCCAGCTAGGTGTGGACAAAAAACCGGGTCCGCCCGAAAACCGATCCAACCGAACGGTTTTTCCTGACTCGGGCGGTTCAAACGGGTCAATCGGGGTACACGGATTAAAAAATGCGGTTAACAGAGGGTTAATTCGGGCGGTTCTGGGTGGAGAAAATCAGACCGGCGGTATCCAAACCTGCCCGAATATGCGTTCTACAGTTAGAATAATTAATAATAAATAATATAGACAATACATTTACTATTAATAAAGGCATGAGATACTAGAGCGTCAACGTCCATTCACATTAGTATTTTATTAGTATAAATGCTGCAGATTTGGCTTTCCAATACAAACCTTTATTATTTATTACTATCAATTAATACTTGGTTGACAAAAGTAATTTAAACCGTAAAACATAACAAAAATTTCCAACTTTTTTTCTCTCCTAGGGTCTACACCTTGATTTTATCATCAACATCATACATCAATACCCCCATTTTCATCTTTAACCCAGTGAGAGTCTGTTATCAATCGTATAGTCTTACACCTATGCTGATTGTTTATTGATTACTTTGTGTTCATTACTCTTTGTTCCAAATGGTTCCATTATCCTTCAGAAAATATACAGAACTTTATCCCACTCTTATTGTTAGTTTATCTTGTCCTGGATTATGATTTTGCGTACTGGTTTCTCCTTATCAAGGCCAACAAAGTGCAAGTATGAGATGGTTAAATACACAAGAAATGATGATCCTGACAGAAAGTTCTCAAGAAAGTTTTTTGTTTGTTCTGGAAAGTCAAGCATGTATGCAATGGCTTGTCATGATGGGGAGCAGTCTGAAATAAAGAGAGCTCAAATGGCACAGTATAGAATTCTTGAGTTTTGTGGTATATGTGCAAGGAAAAGCAAGCATGGAGGTGGGGTTGTAGGAGATGTTTGGTGGCTTGAGTTTCTTGGTACGTATAAACCACATACTCAATGTAACTTCATTAGCATGGTCATTGTGAGCTATGGTGAGATCAAAACAGTCAGGGAAGCTATGATTTTTTTGCATCTTGTCAGCTATATTTTCACTAAGGCATTATTGGACTTTCCTTGCTGTATGAGCCCTTCAAGCAACAGACTGGGTGGCAACCCATTTCTGCATTACCAGGAAATCAGCAGCGCAAACGAAGGTGACAGGCTAGCAGTATTCATGACATGTAATGACAATTTATTGGTGTTTGATGACTCATTGATCTTAGCGGGTCAACTTTTGAAATTTTGGCATATGTGTATTACATTAAGGAATTCAGAGCAAGGGAGAGGGGAGAGGAGGCGTGAAAGGTGGCTCTATTTTCCTATATGTGT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