AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180000024.01


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MsG0180000024.01.T01 AT3G51850 55.072 138 62 0 66 203 72 209 2.49e-46 160
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MsG0180000024.01.T01 AT5G66210 47.143 140 72 2 66 203 80 219 4.36e-39 140
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MsG0180000024.01.T01 AT1G12680 39.706 136 72 2 68 203 127 252 1.69e-31 119
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MsG0180000024.01.T01 AT3G01090 44.030 134 71 2 70 203 64 193 2.20e-25 103
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MsG0180000024.01.T01 AT3G29160 42.222 135 74 2 69 203 41 171 1.29e-24 100
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MsG0180000024.01.T01 AT5G21222 35.294 136 84 2 61 196 26 157 7.47e-22 93.2
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MsG0180000024.01.T01 AT3G08720 33.333 144 92 2 61 204 153 292 2.99e-18 82.4
MsG0180000024.01.T01 AT3G08720 33.333 144 92 2 61 204 153 292 2.99e-18 82.4
MsG0180000024.01.T01 AT3G08720 33.333 144 92 2 61 204 153 292 2.99e-18 82.4
MsG0180000024.01.T01 AT3G08730 32.639 144 93 2 61 204 147 286 1.14e-17 80.9
MsG0180000024.01.T01 AT3G08730 32.639 144 93 2 61 204 147 286 1.14e-17 80.9
MsG0180000024.01.T01 AT1G78290 38.806 134 74 4 65 197 21 147 1.62e-17 79.7
MsG0180000024.01.T01 AT1G78290 38.806 134 74 4 65 197 21 147 1.62e-17 79.7
MsG0180000024.01.T01 AT2G20470 33.846 130 82 2 67 196 143 268 1.88e-17 80.5
MsG0180000024.01.T01 AT2G20470 33.846 130 82 2 67 196 143 268 2.13e-17 80.1
MsG0180000024.01.T01 AT2G20470 33.846 130 82 2 67 196 143 268 2.13e-17 80.1
MsG0180000024.01.T01 AT3G53930 35.115 131 83 2 71 201 43 171 4.39e-17 79.3
MsG0180000024.01.T01 AT3G53930 35.115 131 83 2 71 201 43 171 4.43e-17 79.3
MsG0180000024.01.T01 AT1G30640 31.111 135 89 2 67 201 139 269 4.82e-17 79.3
MsG0180000024.01.T01 AT1G30640 31.111 135 89 2 67 201 139 269 4.82e-17 79.3
MsG0180000024.01.T01 AT1G30640 31.111 135 89 2 67 201 46 176 5.05e-17 79.0
MsG0180000024.01.T01 AT5G07070 36.719 128 76 3 70 197 34 156 6.71e-17 78.6
MsG0180000024.01.T01 AT3G17510 46.835 79 39 1 119 197 10 85 8.26e-17 77.8
MsG0180000024.01.T01 AT4G33950 37.405 131 76 3 67 197 40 164 1.46e-16 77.0
MsG0180000024.01.T01 AT5G01820 35.075 134 82 3 69 202 43 171 2.13e-16 77.0
MsG0180000024.01.T01 AT4G33950 37.405 131 76 3 67 197 40 164 2.20e-16 76.6
MsG0180000024.01.T01 AT3G23310 32.308 130 84 2 67 196 139 264 2.67e-16 77.0
MsG0180000024.01.T01 AT1G48490 34.109 129 81 2 69 197 849 973 3.28e-16 77.0
MsG0180000024.01.T01 AT1G48490 34.109 129 81 2 69 197 849 973 3.28e-16 77.0
MsG0180000024.01.T01 AT1G48490 34.109 129 81 2 69 197 849 973 3.28e-16 77.0
MsG0180000024.01.T01 AT1G48490 34.109 129 81 2 69 197 850 974 3.41e-16 77.0
MsG0180000024.01.T01 AT3G17850 32.824 131 84 2 67 197 901 1027 4.79e-16 76.6
MsG0180000024.01.T01 AT3G50500 37.037 135 77 4 67 200 42 169 5.98e-16 75.5
MsG0180000024.01.T01 AT3G50500 35.878 131 78 3 67 197 42 166 6.17e-16 75.5
MsG0180000024.01.T01 AT1G45160 32.824 131 84 2 67 197 689 815 7.78e-16 75.9
MsG0180000024.01.T01 AT1G45160 32.824 131 84 2 67 197 689 815 7.88e-16 75.9
MsG0180000024.01.T01 AT5G08590 37.879 132 72 4 68 197 24 147 9.69e-16 74.7
MsG0180000024.01.T01 AT4G14350 31.538 130 85 2 67 196 138 263 9.78e-16 75.5
MsG0180000024.01.T01 AT4G14350 31.538 130 85 2 67 196 138 263 9.78e-16 75.5
MsG0180000024.01.T01 AT4G14350 31.538 130 85 2 67 196 138 263 9.78e-16 75.5
MsG0180000024.01.T01 AT4G14350 31.538 130 85 2 67 196 138 263 1.06e-15 75.1
MsG0180000024.01.T01 AT5G62310 31.298 131 86 2 67 197 773 899 1.20e-15 75.5
MsG0180000024.01.T01 AT5G18700 33.088 136 81 3 67 202 23 148 1.41e-15 75.1
MsG0180000024.01.T01 AT5G66880 35.878 131 78 3 67 197 41 165 1.70e-15 74.3
MsG0180000024.01.T01 AT5G66880 35.878 131 78 3 67 197 41 165 1.70e-15 74.3
MsG0180000024.01.T01 AT3G04530 31.724 145 92 4 61 200 21 163 1.82e-15 73.2
MsG0180000024.01.T01 AT1G48260 47.297 74 36 1 124 197 1 71 2.89e-15 73.6
MsG0180000024.01.T01 AT1G48260 47.297 74 36 1 124 197 1 71 2.89e-15 73.6
MsG0180000024.01.T01 AT1G48260 47.297 74 36 1 124 197 1 71 2.89e-15 73.6
MsG0180000024.01.T01 AT1G48260 47.297 74 36 1 124 197 1 71 2.89e-15 73.6
MsG0180000024.01.T01 AT2G37840 31.343 134 90 2 68 201 32 163 3.41e-15 73.9
MsG0180000024.01.T01 AT5G63650 37.121 132 73 4 68 197 24 147 5.46e-15 72.8
MsG0180000024.01.T01 AT1G60940 37.600 125 68 4 75 197 31 147 1.04e-14 72.0
MsG0180000024.01.T01 AT1G60940 37.600 125 68 4 75 197 31 147 1.04e-14 72.0
MsG0180000024.01.T01 AT2G19400 32.308 130 84 2 67 196 124 249 1.09e-14 72.4
MsG0180000024.01.T01 AT1G10940 37.600 125 68 4 75 197 31 147 1.98e-14 71.2
MsG0180000024.01.T01 AT2G23030 37.879 132 72 4 68 197 24 147 3.49e-14 70.5
MsG0180000024.01.T01 AT1G03920 27.941 136 94 2 61 196 37 168 4.15e-14 70.5
MsG0180000024.01.T01 AT1G03920 27.941 136 94 2 61 196 150 281 5.09e-14 70.5
MsG0180000024.01.T01 AT1G03920 27.941 136 94 2 61 196 150 281 5.09e-14 70.5
MsG0180000024.01.T01 AT5G57565 37.113 97 57 2 109 205 19 111 2.03e-13 65.1
MsG0180000024.01.T01 AT5G57565 37.113 97 57 2 109 205 19 111 2.03e-13 65.1
MsG0180000024.01.T01 AT5G57565 39.326 89 50 2 109 197 19 103 2.05e-13 65.1
MsG0180000024.01.T01 AT5G57565 39.326 89 50 2 109 197 19 103 2.05e-13 65.1
MsG0180000024.01.T01 AT5G57565 37.113 97 57 2 109 205 19 111 4.67e-13 65.1
MsG0180000024.01.T01 AT5G60550 33.333 144 82 5 64 197 121 260 6.02e-13 67.0
MsG0180000024.01.T01 AT5G09890 27.907 129 89 2 68 196 122 246 7.10e-13 67.0
MsG0180000024.01.T01 AT4G33080 28.462 130 89 2 67 196 113 238 7.12e-13 67.0
MsG0180000024.01.T01 AT4G33080 28.462 130 89 2 67 196 113 238 7.54e-13 67.0
MsG0180000024.01.T01 AT5G09890 27.907 129 89 2 68 196 122 246 7.81e-13 67.0
MsG0180000024.01.T01 AT1G18350 35.606 132 74 5 68 197 65 187 1.66e-12 65.5
MsG0180000024.01.T01 AT1G49180 30.769 156 104 3 48 203 9 160 2.96e-12 65.1
MsG0180000024.01.T01 AT1G49180 30.769 156 104 3 48 203 9 160 3.60e-12 64.7
MsG0180000024.01.T01 AT4G08500 30.935 139 87 5 63 197 345 478 3.82e-12 65.1
MsG0180000024.01.T01 AT1G14000 35.965 114 69 3 90 201 202 313 5.35e-12 64.3
MsG0180000024.01.T01 AT3G01085 31.206 141 74 6 67 197 134 261 1.56e-11 63.2
MsG0180000024.01.T01 AT3G01085 31.206 141 74 6 67 197 134 261 1.56e-11 63.2
MsG0180000024.01.T01 AT3G01085 31.206 141 74 6 67 197 134 261 1.66e-11 63.2
MsG0180000024.01.T01 AT5G57630 41.250 80 43 2 126 205 1 76 1.67e-11 62.8
MsG0180000024.01.T01 AT3G15220 35.106 94 58 1 107 200 71 161 1.74e-11 63.2
MsG0180000024.01.T01 AT1G50240 28.986 138 92 4 68 205 26 157 2.93e-11 62.4
MsG0180000024.01.T01 AT1G50240 28.986 138 92 4 68 205 26 157 2.93e-11 62.4
MsG0180000024.01.T01 AT5G57565 40.000 75 44 1 109 183 19 92 3.04e-11 58.9
MsG0180000024.01.T01 AT1G53165 36.842 95 55 3 107 200 71 161 3.21e-11 62.4
MsG0180000024.01.T01 AT1G53165 36.842 95 55 3 107 200 71 161 3.50e-11 62.0
MsG0180000024.01.T01 AT1G53165 36.842 95 55 3 107 200 71 161 3.50e-11 62.0
MsG0180000024.01.T01 AT5G08590 45.946 74 35 2 126 197 1 71 3.71e-11 61.2
MsG0180000024.01.T01 AT3G06640 35.878 131 74 6 71 197 467 591 4.35e-11 62.0
MsG0180000024.01.T01 AT3G06640 35.878 131 74 6 71 197 467 591 4.35e-11 62.0
MsG0180000024.01.T01 AT3G06640 35.878 131 74 6 71 197 467 591 4.89e-11 61.6
MsG0180000024.01.T01 AT1G54610 28.467 137 85 6 70 201 140 268 6.11e-11 61.2
MsG0180000024.01.T01 AT1G54610 28.467 137 85 6 70 201 140 268 6.11e-11 61.2
MsG0180000024.01.T01 AT1G54610 28.467 137 85 6 70 201 140 268 6.11e-11 61.2
MsG0180000024.01.T01 AT5G57565 40.000 75 44 1 109 183 19 92 6.23e-11 58.2
MsG0180000024.01.T01 AT3G12690 27.723 202 112 7 27 198 136 333 7.19e-11 61.2
MsG0180000024.01.T01 AT3G12690 27.723 202 112 7 27 198 136 333 7.19e-11 61.2
MsG0180000024.01.T01 AT3G12690 27.723 202 112 7 27 198 136 333 7.19e-11 61.2

Find 32 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 44 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATGATTCTGCAACATCTTTC+AGG 0.166492 1:-456760 MsG0180000024.01.T01:CDS
TGTACCTTCTTCAAGGAAAA+TGG 0.212934 1:+456462 None:intergenic
TTTGATAGGATTATTGAAAA+AGG 0.242560 1:-456649 MsG0180000024.01.T01:CDS
GCTGTTAAAGCTACTGATTT+TGG 0.253062 1:-456490 MsG0180000024.01.T01:CDS
CCTAAAATTGTTCCTATTTG+TGG 0.265326 1:+456960 None:intergenic
AATGGGATTAGGACTGTTTA+AGG 0.268167 1:-457138 MsG0180000024.01.T01:CDS
ATTAAATTGTACCTTCTTCA+AGG 0.337595 1:+456455 None:intergenic
TCTTCTAGTAATCCACAAAT+AGG 0.353786 1:-456972 MsG0180000024.01.T01:CDS
GGACAAACAGAATGTGTATT+TGG 0.380546 1:-456701 MsG0180000024.01.T01:CDS
CCTCTGAACTCAACAATATT+CGG 0.410864 1:+456733 None:intergenic
GAAGCAAGCAAGAAATTCTC+AGG 0.424127 1:+456529 None:intergenic
CTATGCACAGAGAAAACAAC+TGG 0.444796 1:-456862 MsG0180000024.01.T01:intron
TGATTCTGCAACATCTTTCA+GGG 0.457121 1:-456759 MsG0180000024.01.T01:CDS
AGTAACTAGAGAATGGGATT+AGG 0.460486 1:-457149 None:intergenic
TGAGTTCAGAGGAGCTTATG+AGG 0.491524 1:-456722 MsG0180000024.01.T01:CDS
CCTCTTCAGAGTCCTCTCCT+AGG 0.508451 1:-457073 MsG0180000024.01.T01:CDS
TTGGTGATGGAGGTTTGTAA+AGG 0.521956 1:-456682 MsG0180000024.01.T01:CDS
GTGATGGAGGTTTGTAAAGG+TGG 0.523804 1:-456679 MsG0180000024.01.T01:CDS
GATAGATGATGTAAGAAGAG+AGG 0.530768 1:-456785 MsG0180000024.01.T01:CDS
GACTCTGAAGAGGAGACAAT+GGG 0.532000 1:+457083 None:intergenic
CCTAGGCATAGCTCTGGCTA+TGG 0.533352 1:-457056 MsG0180000024.01.T01:CDS
TCCTCTCCTAGGCATAGCTC+TGG 0.536835 1:-457062 MsG0180000024.01.T01:CDS
CCGAATATTGTTGAGTTCAG+AGG 0.546262 1:-456733 MsG0180000024.01.T01:CDS
TTGGGAGATGGATCATAACT+TGG 0.557197 1:+457023 None:intergenic
CCATAGCCAGAGCTATGCCT+AGG 0.565237 1:+457056 None:intergenic
GGACTCTGAAGAGGAGACAA+TGG 0.568091 1:+457082 None:intergenic
GAATGTGTATTTGGTGATGG+AGG 0.571492 1:-456692 MsG0180000024.01.T01:CDS
CCTAGGAGAGGACTCTGAAG+AGG 0.598748 1:+457073 None:intergenic
ACAGAATGTGTATTTGGTGA+TGG 0.604260 1:-456695 MsG0180000024.01.T01:CDS
AGGAGACAATGGGAATGTCT+CGG 0.614139 1:+457093 None:intergenic
GCCAGAGCTATGCCTAGGAG+AGG 0.621495 1:+457061 None:intergenic
TATGAGACAGATTGTGAATG+TGG 0.643131 1:-456596 MsG0180000024.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TATTGAAAAAGGAAACTATA+CGG - Chr1:456955-456974 MsG0180000024.01.T01:intron 20.0%
!! TTTGATAGGATTATTGAAAA+AGG - Chr1:456944-456963 MsG0180000024.01.T01:intron 20.0%
ATACGATATGAAGAAAGACT+CGG - Chr1:456683-456702 MsG0180000024.01.T01:CDS 30.0%
ATATTGTTGATCACTACGTA+TGG + Chr1:456663-456682 None:intergenic 30.0%
CCTAAAATTGTTCCTATTTG+TGG + Chr1:456636-456655 None:intergenic 30.0%
TCTTCTAGTAATCCACAAAT+AGG - Chr1:456621-456640 MsG0180000024.01.T01:CDS 30.0%
! CCACAAATAGGAACAATTTT+AGG - Chr1:456633-456652 MsG0180000024.01.T01:CDS 30.0%
ATGATTCTGCAACATCTTTC+AGG - Chr1:456833-456852 MsG0180000024.01.T01:CDS 35.0%
CCTCTGAACTCAACAATATT+CGG + Chr1:456863-456882 None:intergenic 35.0%
CTAGAAGAAGAAGAAGAAGA+TGG + Chr1:456609-456628 None:intergenic 35.0%
GATAGATGATGTAAGAAGAG+AGG - Chr1:456808-456827 MsG0180000024.01.T01:CDS 35.0%
GGACAAACAGAATGTGTATT+TGG - Chr1:456892-456911 MsG0180000024.01.T01:intron 35.0%
TATGAGACAGATTGTGAATG+TGG - Chr1:456997-457016 MsG0180000024.01.T01:CDS 35.0%
TGATTCTGCAACATCTTTCA+GGG - Chr1:456834-456853 MsG0180000024.01.T01:CDS 35.0%
TGTACCTTCTTCAAGGAAAA+TGG + Chr1:457134-457153 None:intergenic 35.0%
! AAGGTGGTGAACTTTTTGAT+AGG - Chr1:456930-456949 MsG0180000024.01.T01:intron 35.0%
! ACAGAATGTGTATTTGGTGA+TGG - Chr1:456898-456917 MsG0180000024.01.T01:intron 35.0%
! GAAGAAGATGGAGATTTTGT+TGG + Chr1:456597-456616 None:intergenic 35.0%
!! AGATGGAGATTTTGTTGGTT+TGG + Chr1:456592-456611 None:intergenic 35.0%
!!! GATGGAGATTTTGTTGGTTT+GGG + Chr1:456591-456610 None:intergenic 35.0%
!!! GCTGTTAAAGCTACTGATTT+TGG - Chr1:457103-457122 MsG0180000024.01.T01:CDS 35.0%
!!! GTGCATGTGTGTCATTTTAT+GGG - Chr1:457019-457038 MsG0180000024.01.T01:CDS 35.0%
CCGAATATTGTTGAGTTCAG+AGG - Chr1:456860-456879 MsG0180000024.01.T01:intron 40.0%
CTATGCACAGAGAAAACAAC+TGG - Chr1:456731-456750 MsG0180000024.01.T01:CDS 40.0%
GAAGCAAGCAAGAAATTCTC+AGG + Chr1:457067-457086 None:intergenic 40.0%
TATGAAGAAAGACTCGGAAG+AGG - Chr1:456689-456708 MsG0180000024.01.T01:CDS 40.0%
TTGGGAGATGGATCATAACT+TGG + Chr1:456573-456592 None:intergenic 40.0%
! CTCTCCATTTTCCTTGAAGA+AGG - Chr1:457127-457146 MsG0180000024.01.T01:CDS 40.0%
!! GAATGTGTATTTGGTGATGG+AGG - Chr1:456901-456920 MsG0180000024.01.T01:intron 40.0%
!! TTGGTGATGGAGGTTTGTAA+AGG - Chr1:456911-456930 MsG0180000024.01.T01:intron 40.0%
!!! GATTTTGTTGGTTTGGGAGA+TGG + Chr1:456585-456604 None:intergenic 40.0%
!!! GGTGCATGTGTGTCATTTTA+TGG - Chr1:457018-457037 MsG0180000024.01.T01:CDS 40.0%
AGGAGACAATGGGAATGTCT+CGG + Chr1:456503-456522 None:intergenic 45.0%
TGAGTTCAGAGGAGCTTATG+AGG - Chr1:456871-456890 MsG0180000024.01.T01:intron 45.0%
! GACTCTGAAGAGGAGACAAT+GGG + Chr1:456513-456532 None:intergenic 45.0%
! GTGATGGAGGTTTGTAAAGG+TGG - Chr1:456914-456933 MsG0180000024.01.T01:intron 45.0%
AGACTCGGAAGAGGTCAATC+AGG - Chr1:456698-456717 MsG0180000024.01.T01:CDS 50.0%
! GGACTCTGAAGAGGAGACAA+TGG + Chr1:456514-456533 None:intergenic 50.0%
CCATAGCCAGAGCTATGCCT+AGG + Chr1:456540-456559 None:intergenic 55.0%
CCTCTTCAGAGTCCTCTCCT+AGG - Chr1:456520-456539 MsG0180000024.01.T01:CDS 55.0%
TCCTCTCCTAGGCATAGCTC+TGG - Chr1:456531-456550 MsG0180000024.01.T01:CDS 55.0%
! CCTAGGAGAGGACTCTGAAG+AGG + Chr1:456523-456542 None:intergenic 55.0%
!! CCTAGGCATAGCTCTGGCTA+TGG - Chr1:456537-456556 MsG0180000024.01.T01:CDS 55.0%
GCCAGAGCTATGCCTAGGAG+AGG + Chr1:456535-456554 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 456456 457159 456456 ID=MsG0180000024.01;Name=MsG0180000024.01
Chr1 mRNA 456456 457159 456456 ID=MsG0180000024.01.T01;Parent=MsG0180000024.01;Name=MsG0180000024.01.T01;_AED=0.50;_eAED=0.50;_QI=0|0|0|1|1|1|2|0|205
Chr1 exon 456961 457159 456961 ID=MsG0180000024.01.T01:exon:7879;Parent=MsG0180000024.01.T01
Chr1 exon 456456 456874 456456 ID=MsG0180000024.01.T01:exon:7880;Parent=MsG0180000024.01.T01
Chr1 CDS 456961 457159 456961 ID=MsG0180000024.01.T01:cds;Parent=MsG0180000024.01.T01
Chr1 CDS 456456 456874 456456 ID=MsG0180000024.01.T01:cds;Parent=MsG0180000024.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180000024.01.T01

ATGGGATTAGGACTGTTTAAGGCGTTTTTCTGTTGTACTACAAACCGAGACATTCCCATTGTCTCCTCTTCAGAGTCCTCTCCTAGGCATAGCTCTGGCTATGGCTACAATCAACCAAGTTATGATCCATCTCCCAAACCAACAAAATCTCCATCTTCTTCTTCTTCTTCTAGTAATCCACAAATAGGAACAATTTTAGAGAAAACAACTGGAAGAGAATATGCATGCAAATCGATATCAAGAGCGAAACTATTAAGCGAGCAAGAGATAGATGATGTAAGAAGAGAGGTTATGATTCTGCAACATCTTTCAGGGCAACCGAATATTGTTGAGTTCAGAGGAGCTTATGAGGACAAACAGAATGTGTATTTGGTGATGGAGGTTTGTAAAGGTGGTGAACTTTTTGATAGGATTATTGAAAAAGGAAACTATACGGAACGTGAAGCTGCTACTATTATGAGACAGATTGTGAATGTGGTGCATGTGTGTCATTTTATGGGAGTTATGCATCGTGATCTTAAGCCTGAGAATTTCTTGCTTGCTTCAAAAGATGAGAATGCTGCTGTTAAAGCTACTGATTTTGGACTCTCCATTTTCCTTGAAGAAGGTACAATTTAA

Protein sequence

>MsG0180000024.01.T01

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