AlfalfaGEDB | MsG0180003586.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180003586.01

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Trembl:

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MsG0180003586.01.T02	AT2G23950	46.535	101	53	1	2	102	344	443	2.27e-24	97.4
MsG0180003586.01.T02	AT4G28650	45.714	105	53	1	2	102	748	852	2.37e-24	97.4
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MsG0180003586.01.T02	AT1G51790	34.932	146	71	2	2	123	672	817	5.59e-24	96.3
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MsG0180003586.01.T02	AT1G16260	37.671	146	67	3	2	123	434	579	1.55e-23	95.1
MsG0180003586.01.T02	AT1G60800	45.714	105	52	2	2	102	279	382	1.58e-23	94.7
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MsG0180003586.01.T02	AT4G11900	46.078	102	53	1	2	101	581	682	1.81e-23	94.7
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MsG0180003586.01.T02	AT4G11900	46.078	102	53	1	2	101	581	682	1.85e-23	94.7
MsG0180003586.01.T02	AT4G11900	46.078	102	53	1	2	101	581	682	1.87e-23	94.7
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MsG0180003586.01.T02	AT4G03230	36.735	147	68	3	2	123	734	880	2.10e-23	94.7
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MsG0180003586.01.T01	AT1G24030	44.512	164	87	3	51	210	49	212	1.39e-44	150
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MsG0180003586.01.T01	AT4G11900	41.772	158	88	2	54	209	458	613	2.87e-32	124
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MsG0180003586.01.T01	AT4G11900	41.772	158	88	2	54	209	527	682	3.72e-32	124
MsG0180003586.01.T01	AT4G21410	41.026	156	88	2	57	210	350	503	3.77e-32	123
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Find 52 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 60 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CAAGAGTTCCAACATTCTTT+TGG	0.216280	1:+64779540	MsG0180003586.01.T01:CDS
CTCCTCTCAATTGGAGCTTA+AGG	0.321479	1:+64779437	MsG0180003586.01.T01:CDS
TAAAGATCTTATCAGCGATT+TGG	0.325764	1:+64779615	MsG0180003586.01.T01:CDS
AAAGCGATGTTTACAGCTTT+GGG	0.341419	1:+64779638	MsG0180003586.01.T01:CDS
GCGGTCTTTCTCCTCTCAAT+TGG	0.345415	1:+64779428	MsG0180003586.01.T01:CDS
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TTCAAGGAGTTTAATGAGCT+TGG	0.366182	1:+64779160	MsG0180003586.01.T01:CDS
GTTAATATCGTTAACTTGTT+GGG	0.371092	1:+64779328	MsG0180003586.01.T01:CDS
CCTTCTTCACTCGGCTTCTT+CGG	0.374497	1:+64779072	MsG0180003586.01.T01:CDS
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TGTTAATATCGTTAACTTGT+TGG	0.389398	1:+64779327	MsG0180003586.01.T01:CDS
GTTTGTTTACAAAGCTGCTT+TGG	0.390248	1:+64779198	MsG0180003586.01.T01:CDS
TCTTCGGCTGCGTCTTGTCC+TGG	0.393664	1:+64779088	MsG0180003586.01.T01:CDS
CATTTCAAAGTCGCGATTGT+TGG	0.393874	1:-64779275	None:intergenic
ATTGCCTCCAATTGTTCATA+AGG	0.395943	1:+64779513	MsG0180003586.01.T01:CDS
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AGCTTGGGAGAGGAAGTTAT+GGG	0.427505	1:+64779176	MsG0180003586.01.T01:CDS
GGGGCTAGAGTTTCAGACTT+TGG	0.429368	1:+64779574	MsG0180003586.01.T01:CDS
CAACAATCGCGACTTTGAAA+TGG	0.429403	1:+64779276	MsG0180003586.01.T01:CDS
TCAAGGAGTTTAATGAGCTT+GGG	0.431410	1:+64779161	MsG0180003586.01.T01:CDS
GTCTTGTCCTGGTTTGCCTC+AGG	0.440663	1:+64779099	MsG0180003586.01.T01:CDS
TGGTAATGGCCTTCTTCACT+CGG	0.453782	1:+64779063	MsG0180003586.01.T01:CDS
ACAGCTTTGGGATGTGTTGT+TGG	0.459262	1:+64779650	MsG0180003586.01.T01:CDS
GTTGGGTTATTGTGCTGAGA+TGG	0.460671	1:+64779345	MsG0180003586.01.T01:CDS
GAGTTGAAAGACGCTACTAA+TGG	0.463741	1:+64779136	MsG0180003586.01.T01:CDS
AAACAATCCAAGTCTTGTAT+TGG	0.464155	1:+64779001	MsG0180003586.01.T01:CDS
TACAAAGCTGCTTTGGCTGA+TGG	0.465178	1:+64779205	MsG0180003586.01.T01:CDS
ACAAAGCTGCTTTGGCTGAT+GGG	0.473300	1:+64779206	MsG0180003586.01.T01:CDS
AGACGCTACTAATGGTTTCA+AGG	0.481672	1:+64779144	MsG0180003586.01.T01:CDS
ATAGCTATGCAAACTGCAAA+GGG	0.490940	1:+64779466	MsG0180003586.01.T01:CDS
GAGTTTAATGAGCTTGGGAG+AGG	0.491157	1:+64779166	MsG0180003586.01.T01:CDS
CTCTGAATCCAAAAGAATGT+TGG	0.492884	1:-64779548	None:intergenic
CTGAAAACCTGAGGCAAACC+AGG	0.495936	1:-64779106	None:intergenic
GTTTATGAGTATATGTCTCA+TGG	0.496167	1:+64779382	MsG0180003586.01.T01:CDS
TCGCGACTTTGAAATGGAGT+TGG	0.498899	1:+64779282	MsG0180003586.01.T01:CDS
TTGGGTTATTGTGCTGAGAT+GGG	0.508581	1:+64779346	MsG0180003586.01.T01:CDS
ATGTTTACCAATACAAGACT+TGG	0.510401	1:-64779008	None:intergenic
AGATCCTTATGAACAATTGG+AGG	0.520362	1:-64779517	None:intergenic
GATAGCTATGCAAACTGCAA+AGG	0.524580	1:+64779465	MsG0180003586.01.T01:CDS
ACACTTTCTGATCACATTCA+CGG	0.538116	1:+64779406	MsG0180003586.01.T01:CDS
GATGATGAGGTCAATGGTAA+TGG	0.541074	1:+64779043	MsG0180003586.01.T01:CDS
GAGAATGATGATGAGGTCAA+TGG	0.569767	1:+64779037	MsG0180003586.01.T01:CDS
GAGGTCAATGGTAATGGTAA+TGG	0.583241	1:+64779049	MsG0180003586.01.T01:CDS
AGCCTTAAGCTCCAATTGAG+AGG	0.588300	1:-64779439	None:intergenic
GAGGCAATAGTTCTTTGTGA+AGG	0.610355	1:-64779498	None:intergenic
ATTGTGCTGAGATGGGTGAG+AGG	0.617723	1:+64779353	MsG0180003586.01.T01:CDS
TGAACAAGAGAATGATGATG+AGG	0.634877	1:+64779030	MsG0180003586.01.T01:CDS
AAGCTGCTTTGGCTGATGGG+AGG	0.652952	1:+64779209	MsG0180003586.01.T01:CDS
TCCGAAAGCCTGAAAACCTG+AGG	0.653862	1:-64779115	None:intergenic
CTTTCTGATCACATTCACGG+CGG	0.761817	1:+64779409	MsG0180003586.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
!!	TGGAAATTTTGTGCAAAATT+CGG	+	Chr1:64779302-64779321	MsG0180003586.01.T01:CDS	25.0%
!!!	GTTAATATCGTTAACTTGTT+GGG	+	Chr1:64779328-64779347	MsG0180003586.01.T01:CDS	25.0%
!!!	TGTTAATATCGTTAACTTGT+TGG	+	Chr1:64779327-64779346	MsG0180003586.01.T01:CDS	25.0%
	ATGTTTACCAATACAAGACT+TGG	-	Chr1:64779011-64779030	None:intergenic	30.0%
	GTTTATGAGTATATGTCTCA+TGG	+	Chr1:64779382-64779401	MsG0180003586.01.T01:CDS	30.0%
	TAAAGATCTTATCAGCGATT+TGG	+	Chr1:64779615-64779634	MsG0180003586.01.T01:CDS	30.0%
	TTGAGATCCTTATGAACAAT+TGG	-	Chr1:64779523-64779542	None:intergenic	30.0%
!	AAACAATCCAAGTCTTGTAT+TGG	+	Chr1:64779001-64779020	MsG0180003586.01.T01:CDS	30.0%
	AAAGCGATGTTTACAGCTTT+GGG	+	Chr1:64779638-64779657	MsG0180003586.01.T01:CDS	35.0%
	ACACTTTCTGATCACATTCA+CGG	+	Chr1:64779406-64779425	MsG0180003586.01.T01:CDS	35.0%
	AGATCCTTATGAACAATTGG+AGG	-	Chr1:64779520-64779539	None:intergenic	35.0%
	ATAGCTATGCAAACTGCAAA+GGG	+	Chr1:64779466-64779485	MsG0180003586.01.T01:CDS	35.0%
	ATGGGTTCAAGGAAAAAACA+TGG	+	Chr1:64778971-64778990	MsG0180003586.01.T01:CDS	35.0%
	ATTGCCTCCAATTGTTCATA+AGG	+	Chr1:64779513-64779532	MsG0180003586.01.T01:CDS	35.0%
	CTCTGAATCCAAAAGAATGT+TGG	-	Chr1:64779551-64779570	None:intergenic	35.0%
	GTTTGTTTACAAAGCTGCTT+TGG	+	Chr1:64779198-64779217	MsG0180003586.01.T01:CDS	35.0%
	TCAAGGAGTTTAATGAGCTT+GGG	+	Chr1:64779161-64779180	MsG0180003586.01.T01:CDS	35.0%
	TTCAAGGAGTTTAATGAGCT+TGG	+	Chr1:64779160-64779179	MsG0180003586.01.T01:CDS	35.0%
!	ACATTCTTTTGGATTCAGAG+TGG	+	Chr1:64779551-64779570	MsG0180003586.01.T01:CDS	35.0%
!	ATTCTTTTGGATTCAGAGTG+GGG	+	Chr1:64779553-64779572	MsG0180003586.01.T01:CDS	35.0%
!	CAAGAGTTCCAACATTCTTT+TGG	+	Chr1:64779540-64779559	MsG0180003586.01.T01:CDS	35.0%
!	CATTCTTTTGGATTCAGAGT+GGG	+	Chr1:64779552-64779571	MsG0180003586.01.T01:CDS	35.0%
!	TGAACAAGAGAATGATGATG+AGG	+	Chr1:64779030-64779049	MsG0180003586.01.T01:CDS	35.0%
	AGACGCTACTAATGGTTTCA+AGG	+	Chr1:64779144-64779163	MsG0180003586.01.T01:CDS	40.0%
	CATTTCAAAGTCGCGATTGT+TGG	-	Chr1:64779278-64779297	None:intergenic	40.0%
	GAAAGCGATGTTTACAGCTT+TGG	+	Chr1:64779637-64779656	MsG0180003586.01.T01:CDS	40.0%
	GAGGCAATAGTTCTTTGTGA+AGG	-	Chr1:64779501-64779520	None:intergenic	40.0%
	GAGTTGAAAGACGCTACTAA+TGG	+	Chr1:64779136-64779155	MsG0180003586.01.T01:CDS	40.0%
	GATAGCTATGCAAACTGCAA+AGG	+	Chr1:64779465-64779484	MsG0180003586.01.T01:CDS	40.0%
	GATGATGAGGTCAATGGTAA+TGG	+	Chr1:64779043-64779062	MsG0180003586.01.T01:CDS	40.0%
	TTGGGTTATTGTGCTGAGAT+GGG	+	Chr1:64779346-64779365	MsG0180003586.01.T01:CDS	40.0%
!	CAACAATCGCGACTTTGAAA+TGG	+	Chr1:64779276-64779295	MsG0180003586.01.T01:CDS	40.0%
!	GAGAATGATGATGAGGTCAA+TGG	+	Chr1:64779037-64779056	MsG0180003586.01.T01:CDS	40.0%
!	TTCTTTTGGATTCAGAGTGG+GGG	+	Chr1:64779554-64779573	MsG0180003586.01.T01:CDS	40.0%
!!	GAGGTCAATGGTAATGGTAA+TGG	+	Chr1:64779049-64779068	MsG0180003586.01.T01:CDS	40.0%
	AGCCTTAAGCTCCAATTGAG+AGG	-	Chr1:64779442-64779461	None:intergenic	45.0%
	AGCTTGGGAGAGGAAGTTAT+GGG	+	Chr1:64779176-64779195	MsG0180003586.01.T01:CDS	45.0%
	CTCCTCTCAATTGGAGCTTA+AGG	+	Chr1:64779437-64779456	MsG0180003586.01.T01:CDS	45.0%
	CTTTCTGATCACATTCACGG+CGG	+	Chr1:64779409-64779428	MsG0180003586.01.T01:CDS	45.0%
	GAGTTTAATGAGCTTGGGAG+AGG	+	Chr1:64779166-64779185	MsG0180003586.01.T01:CDS	45.0%
	GTTGGGTTATTGTGCTGAGA+TGG	+	Chr1:64779345-64779364	MsG0180003586.01.T01:CDS	45.0%
!	ACAAAGCTGCTTTGGCTGAT+GGG	+	Chr1:64779206-64779225	MsG0180003586.01.T01:CDS	45.0%
!	TACAAAGCTGCTTTGGCTGA+TGG	+	Chr1:64779205-64779224	MsG0180003586.01.T01:CDS	45.0%
!	TCTTTTGGATTCAGAGTGGG+GGG	+	Chr1:64779555-64779574	MsG0180003586.01.T01:CDS	45.0%
!!	ACAGCTTTGGGATGTGTTGT+TGG	+	Chr1:64779650-64779669	MsG0180003586.01.T01:CDS	45.0%
!!	TCGCGACTTTGAAATGGAGT+TGG	+	Chr1:64779282-64779301	MsG0180003586.01.T01:CDS	45.0%
!!	TGGTAATGGCCTTCTTCACT+CGG	+	Chr1:64779063-64779082	MsG0180003586.01.T01:CDS	45.0%
	ATTGTGCTGAGATGGGTGAG+AGG	+	Chr1:64779353-64779372	MsG0180003586.01.T01:CDS	50.0%
	CCTTCTTCACTCGGCTTCTT+CGG	+	Chr1:64779072-64779091	MsG0180003586.01.T01:CDS	50.0%
	CTGAAAACCTGAGGCAAACC+AGG	-	Chr1:64779109-64779128	None:intergenic	50.0%
	GAGCTTGGGAGAGGAAGTTA+TGG	+	Chr1:64779175-64779194	MsG0180003586.01.T01:CDS	50.0%
	GCGGTCTTTCTCCTCTCAAT+TGG	+	Chr1:64779428-64779447	MsG0180003586.01.T01:CDS	50.0%
	GGGGCTAGAGTTTCAGACTT+TGG	+	Chr1:64779574-64779593	MsG0180003586.01.T01:CDS	50.0%
	TCCGAAAGCCTGAAAACCTG+AGG	-	Chr1:64779118-64779137	None:intergenic	50.0%
!!	CTGGTTTGCCTCAGGTTTTC+AGG	+	Chr1:64779107-64779126	MsG0180003586.01.T01:CDS	50.0%
!!	GCCTCAGGTTTTCAGGCTTT+CGG	+	Chr1:64779114-64779133	MsG0180003586.01.T01:CDS	50.0%
	CCGAAGAAGCCGAGTGAAGA+AGG	-	Chr1:64779075-64779094	None:intergenic	55.0%
!	AAGCTGCTTTGGCTGATGGG+AGG	+	Chr1:64779209-64779228	MsG0180003586.01.T01:CDS	55.0%
!	GTCTTGTCCTGGTTTGCCTC+AGG	+	Chr1:64779099-64779118	MsG0180003586.01.T01:CDS	55.0%
	TCTTCGGCTGCGTCTTGTCC+TGG	+	Chr1:64779088-64779107	MsG0180003586.01.T01:CDS	60.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr1	gene	64778971	64779681	64778971	ID=MsG0180003586.01;Name=MsG0180003586.01
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Chr1	exon	64779394	64779681	64779394	ID=MsG0180003586.01.T03:exon:50409;Parent=MsG0180003586.01.T03
Chr1	CDS	64779394	64779681	64779394	ID=MsG0180003586.01.T03:cds;Parent=MsG0180003586.01.T03

Gene Sequence

>MsG0180003586.01.T03

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>MsG0180003586.01.T02

ATGGAGTTGGAAATTTTGTGCAAAATTCGGCATGTTAATATCGTTAACTTGTTGGGTTATTGTGCTGAGATGGGTGAGAGGTTACTTGTTTATGAGTATATGTCTCATGGAACACTTTCTGATCACATTCACGGCGGTCTTTCTCCTCTCAATTGGAGCTTAAGGCTTAAGATAGCTATGCAAACTGCAAAGGGTATTGAGTACCTTCACAAAGAACTATTGCCTCCAATTGTTCATAAGGATCTCAAGAGTTCCAACATTCTTTTGGATTCAGAGTGGGGGGCTAGAGTTTCAGACTTTGGACTTCTTACTTCGAGTGATAAAGATCTTATCAGCGATTTGGAAAGCGATGTTTACAGCTTTGGGATGTGTTGTTGGAGATTCTAA

>MsG0180003586.01.T01

ATGGGTTCAAGGAAAAAACATGGCACAAAGAAACAATCCAAGTCTTGTATTGGTAAACATGAACAAGAGAATGATGATGAGGTCAATGGTAATGGTAATGGCCTTCTTCACTCGGCTTCTTCGGCTGCGTCTTGTCCTGGTTTGCCTCAGGTTTTCAGGCTTTCGGAGTTGAAAGACGCTACTAATGGTTTCAAGGAGTTTAATGAGCTTGGGAGAGGAAGTTATGGGTTTGTTTACAAAGCTGCTTTGGCTGATGGGAGGACTGTTGCTGTCAAGAGAGCGAACGCTGCGACTATAATTCACACCAACAATCGCGACTTTGAAATGGAGTTGGAAATTTTGTGCAAAATTCGGCATGTTAATATCGTTAACTTGTTGGGTTATTGTGCTGAGATGGGTGAGAGGTTACTTGTTTATGAGTATATGTCTCATGGAACACTTTCTGATCACATTCACGGCGGTCTTTCTCCTCTCAATTGGAGCTTAAGGCTTAAGATAGCTATGCAAACTGCAAAGGGTATTGAGTACCTTCACAAAGAACTATTGCCTCCAATTGTTCATAAGGATCTCAAGAGTTCCAACATTCTTTTGGATTCAGAGTGGGGGGCTAGAGTTTCAGACTTTGGACTTCTTACTTCGAGTGATAAAGATCTTATCAGCGATTTGGAAAGCGATGTTTACAGCTTTGGGATGTGTTGTTGGAGATTCTAA

Protein sequence

>MsG0180003586.01.T03

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>MsG0180003586.01.T01

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