AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480020591.01


Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0480020591.01.T01 MTR_4g055230 98.844 173 2 0 1 173 103 275 1.84e-126 358
MsG0480020591.01.T01 MTR_2g084965 72.093 172 42 3 4 173 111 278 1.71e-81 244
MsG0480020591.01.T01 MTR_7g103900 56.667 180 64 5 2 173 104 277 2.69e-60 190
MsG0480020591.01.T01 MTR_7g114790 46.707 167 79 4 8 170 95 255 5.35e-44 148
MsG0480020591.01.T01 MTR_7g095100 43.429 175 87 4 2 170 92 260 6.22e-42 142
MsG0480020591.01.T01 MTR_1g081260 44.512 164 83 4 8 170 98 254 3.05e-41 140
MsG0480020591.01.T01 MTR_7g103900 48.485 132 56 4 2 127 104 229 6.68e-30 109
MsG0480020591.01.T01 MTR_4g104760 34.132 167 102 4 9 169 102 266 2.01e-29 110
MsG0480020591.01.T01 MTR_5g069570 36.095 169 102 3 2 169 98 261 4.50e-29 109
MsG0480020591.01.T01 MTR_3g076610 34.637 179 95 5 9 169 100 274 1.03e-28 108
MsG0480020591.01.T01 MTR_3g106250 35.542 166 86 6 11 169 109 260 1.58e-28 108
MsG0480020591.01.T01 MTR_3g082430 35.882 170 101 5 2 169 81 244 4.64e-27 103
MsG0480020591.01.T01 MTR_5g096570 33.929 168 104 3 3 169 1255 1416 5.98e-27 107
MsG0480020591.01.T01 MTR_1g013100 31.551 187 102 8 11 178 90 269 2.79e-21 89.0
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0480020591.01.T01 AT2G27770 58.382 173 65 4 8 173 116 288 1.39e-64 201
MsG0480020591.01.T01 AT5G28150 44.785 163 82 3 9 170 98 253 3.40e-41 140
MsG0480020591.01.T01 AT3G04860 43.636 165 83 4 9 170 98 255 6.43e-40 137
MsG0480020591.01.T01 AT5G11000 39.655 174 86 5 8 172 112 275 8.59e-34 123
MsG0480020591.01.T01 AT4G12690 33.526 173 107 3 2 173 88 253 1.11e-31 115
MsG0480020591.01.T01 AT4G12690 33.526 173 107 3 2 173 88 253 1.11e-31 115
MsG0480020591.01.T01 AT2G36470 40.000 195 79 5 11 173 101 289 2.04e-31 115
MsG0480020591.01.T01 AT2G04220 33.728 169 105 3 2 169 92 254 2.88e-30 112
MsG0480020591.01.T01 AT3G13229 32.597 181 112 5 2 178 72 246 2.29e-28 107
MsG0480020591.01.T01 AT5G48270 34.104 173 102 5 2 169 104 269 6.72e-24 95.9
MsG0480020591.01.T01 AT2G25200 35.135 148 80 5 9 156 126 257 4.78e-18 80.5

Find 22 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 35 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TTCTTCAATCCTCAAGCTTC+TGG 0.116110 4:-44249411 MsG0480020591.01.T01:CDS
GTTTATTGGTTGATTTGCTT+TGG 0.298116 4:-44249449 MsG0480020591.01.T01:CDS
TGCTTTGGGATGTTCATGAT+TGG 0.357421 4:-44249434 MsG0480020591.01.T01:CDS
TCTTCAATCCTCAAGCTTCT+GGG 0.364256 4:-44249410 MsG0480020591.01.T01:CDS
GTTGTTGTTGATTCAGAAAT+CGG 0.364452 4:-44249774 MsG0480020591.01.T01:CDS
TTTATTGGTTGATTTGCTTT+GGG 0.368472 4:-44249448 MsG0480020591.01.T01:CDS
ATCTCGAAGAGAACATTGTT+CGG 0.407078 4:-44249676 MsG0480020591.01.T01:CDS
TCAAATGCTAAATATGAAAC+AGG 0.418090 4:-44249828 MsG0480020591.01.T01:CDS
TCAATATTTACGCTTAAAAC+CGG 0.421635 4:+44249543 None:intergenic
TCTCGAAGAGAACATTGTTC+GGG 0.437578 4:-44249675 MsG0480020591.01.T01:CDS
AATGAAAGATAGTGTTCCTA+TGG 0.472093 4:-44249715 MsG0480020591.01.T01:CDS
TGTTTAGAACAAGAAGTGGT+TGG 0.482739 4:-44249374 MsG0480020591.01.T01:CDS
GTTTAATAATAAATCTTCAC+CGG 0.501382 4:-44249562 MsG0480020591.01.T01:CDS
TCAGAAATCGGTTTAATCCT+CGG 0.502608 4:-44249762 MsG0480020591.01.T01:CDS
AAATGCAGCGTCGAAAATGA+AGG 0.507502 4:-44249585 MsG0480020591.01.T01:CDS
TTCATGTTTAGAACAAGAAG+TGG 0.540769 4:-44249378 MsG0480020591.01.T01:CDS
AGTGGTTGGATAGTAGATTG+TGG 0.595823 4:-44249360 MsG0480020591.01.T01:CDS
AGAATGTGATTCGTGTGAAG+AGG 0.623101 4:-44249515 MsG0480020591.01.T01:CDS
ACAGCAAACCCAGAAGCTTG+AGG 0.626157 4:+44249402 None:intergenic
TTCGTGTGAAGAGGTTGCAA+TGG 0.634580 4:-44249506 MsG0480020591.01.T01:CDS
AATGCAGCGTCGAAAATGAA+GGG 0.637286 4:-44249584 MsG0480020591.01.T01:CDS
TAACAGTTTCGGAATCTCCG+AGG 0.682405 4:+44249745 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! GTTTAATAATAAATCTTCAC+CGG - Chr4:44249667-44249686 MsG0480020591.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATTTTAAGGTAACTGTTTTA+TGG - Chr4:44249372-44249391 MsG0480020591.01.T01:CDS 20.0%
!!! CATTTTTTTTGTAACAGTTT+CGG + Chr4:44249498-44249517 None:intergenic 20.0%
!!! TTTTAAGGTAACTGTTTTAT+GGG - Chr4:44249373-44249392 MsG0480020591.01.T01:CDS 20.0%
! CAATAAACCATCAACAAAAA+TGG + Chr4:44249768-44249787 None:intergenic 25.0%
! TCAAATGCTAAATATGAAAC+AGG - Chr4:44249401-44249420 MsG0480020591.01.T01:CDS 25.0%
! TCAATATTTACGCTTAAAAC+CGG + Chr4:44249689-44249708 None:intergenic 25.0%
!!! AATCAAACCATTTTTGTTGA+TGG - Chr4:44249758-44249777 MsG0480020591.01.T01:CDS 25.0%
!!! CATTTTTGTTGATGGTTTAT+TGG - Chr4:44249766-44249785 MsG0480020591.01.T01:CDS 25.0%
!!! GCTAGATTTTGAAGATTTTA+AGG - Chr4:44249358-44249377 MsG0480020591.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTATTGGTTGATTTGCTTT+GGG - Chr4:44249781-44249800 MsG0480020591.01.T01:CDS 25.0%
AATGAAAGATAGTGTTCCTA+TGG - Chr4:44249514-44249533 MsG0480020591.01.T01:CDS 30.0%
! AAAGCTCAATTTTGTGATAG+TGG - Chr4:44249599-44249618 MsG0480020591.01.T01:CDS 30.0%
! TTCATGTTTAGAACAAGAAG+TGG - Chr4:44249851-44249870 MsG0480020591.01.T01:CDS 30.0%
!! ACTACATAAAAAGCATCAAC+AGG + Chr4:44249434-44249453 None:intergenic 30.0%
!! GTTGTTGTTGATTCAGAAAT+CGG - Chr4:44249455-44249474 MsG0480020591.01.T01:CDS 30.0%
!! GTTTATTGGTTGATTTGCTT+TGG - Chr4:44249780-44249799 MsG0480020591.01.T01:CDS 30.0%
ATCTCGAAGAGAACATTGTT+CGG - Chr4:44249553-44249572 MsG0480020591.01.T01:CDS 35.0%
! AATAGCGAAATTTTCGCCAT+AGG + Chr4:44249533-44249552 None:intergenic 35.0%
! AGGTTGCAATGGAATTTTAG+AGG - Chr4:44249734-44249753 MsG0480020591.01.T01:CDS 35.0%
! GGTTGCAATGGAATTTTAGA+GGG - Chr4:44249735-44249754 MsG0480020591.01.T01:CDS 35.0%
! TCAGAAATCGGTTTAATCCT+CGG - Chr4:44249467-44249486 MsG0480020591.01.T01:CDS 35.0%
! TGTTTAGAACAAGAAGTGGT+TGG - Chr4:44249855-44249874 MsG0480020591.01.T01:CDS 35.0%
!! TAAAAAGCATCAACAGGTTC+TGG + Chr4:44249428-44249447 None:intergenic 35.0%
AGAATGTGATTCGTGTGAAG+AGG - Chr4:44249714-44249733 MsG0480020591.01.T01:CDS 40.0%
AGTGGTTGGATAGTAGATTG+TGG - Chr4:44249869-44249888 MsG0480020591.01.T01:CDS 40.0%
TCTCGAAGAGAACATTGTTC+GGG - Chr4:44249554-44249573 MsG0480020591.01.T01:CDS 40.0%
TCTTCAATCCTCAAGCTTCT+GGG - Chr4:44249819-44249838 MsG0480020591.01.T01:CDS 40.0%
TTCTTCAATCCTCAAGCTTC+TGG - Chr4:44249818-44249837 MsG0480020591.01.T01:CDS 40.0%
! AAATGCAGCGTCGAAAATGA+AGG - Chr4:44249644-44249663 MsG0480020591.01.T01:CDS 40.0%
! AATGCAGCGTCGAAAATGAA+GGG - Chr4:44249645-44249664 MsG0480020591.01.T01:CDS 40.0%
!! TGCTTTGGGATGTTCATGAT+TGG - Chr4:44249795-44249814 MsG0480020591.01.T01:CDS 40.0%
TAACAGTTTCGGAATCTCCG+AGG + Chr4:44249487-44249506 None:intergenic 45.0%
TTCGTGTGAAGAGGTTGCAA+TGG - Chr4:44249723-44249742 MsG0480020591.01.T01:CDS 45.0%
ACAGCAAACCCAGAAGCTTG+AGG + Chr4:44249830-44249849 None:intergenic 50.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr4 gene 44249356 44249895 44249356 ID=MsG0480020591.01;Name=MsG0480020591.01
Chr4 mRNA 44249356 44249895 44249356 ID=MsG0480020591.01.T01;Parent=MsG0480020591.01;Name=MsG0480020591.01.T01;_AED=0.48;_eAED=0.50;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|179
Chr4 exon 44249356 44249895 44249356 ID=MsG0480020591.01.T01:exon:6717;Parent=MsG0480020591.01.T01
Chr4 CDS 44249356 44249895 44249356 ID=MsG0480020591.01.T01:cds;Parent=MsG0480020591.01.T01
Gene Sequence

>MsG0480020591.01.T01

ATGCTAGATTTTGAAGATTTTAAGGTAACTGTTTTATGGGATCTTTCAAATGCTAAATATGAAACAGGACCAGAACCTGTTGATGCTTTTTATGTAGTTGTTGTTGTTGATTCAGAAATCGGTTTAATCCTCGGAGATTCCGAAACTGTTACAAAAAAAATGAAAGATAGTGTTCCTATGGCGAAAATTTCGCTATTATCTCGAAGAGAACATTGTTCGGGTAACACAGTTTATTATAACACAAAAGCTCAATTTTGTGATAGTGGAAATTTTCACGATGTTTTGATCAAATGCAGCGTCGAAAATGAAGGGTTTAATAATAAATCTTCACCGGTTTTAAGCGTAAATATTGACAAGAAGAATGTGATTCGTGTGAAGAGGTTGCAATGGAATTTTAGAGGGAATCAAACCATTTTTGTTGATGGTTTATTGGTTGATTTGCTTTGGGATGTTCATGATTGGTTCTTCAATCCTCAAGCTTCTGGGTTTGCTGTTTTCATGTTTAGAACAAGAAGTGGTTGGATAGTAGATTGTGGTTAG

Protein sequence

>MsG0480020591.01.T01

MLDFEDFKVTVLWDLSNAKYETGPEPVDAFYVVVVVDSEIGLILGDSETVTKKMKDSVPMAKISLLSRREHCSGNTVYYNTKAQFCDSGNFHDVLIKCSVENEGFNNKSSPVLSVNIDKKNVIRVKRLQWNFRGNQTIFVDGLLVDLLWDVHDWFFNPQASGFAVFMFRTRSGWIVDCG*