AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180001900.01


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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score

Find 58 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 91 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
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!! CTATATTAAATGGTTATTCT+CGG + Chr1:28997614-28997633 MsG0180001900.01.T01:CDS 20.0%
!! TATATTAAATGGTTATTCTC+GGG + Chr1:28997615-28997634 MsG0180001900.01.T01:CDS 20.0%
!!! ACTTTTCTTCTTAATGTTTT+AGG + Chr1:28997383-28997402 MsG0180001900.01.T01:intron 20.0%
! CGAGAATAACCATTTAATAT+AGG - Chr1:28997616-28997635 None:intergenic 25.0%
! CTAAATTGCTATGATCTAAA+TGG - Chr1:28997442-28997461 None:intergenic 25.0%
! GAAATCGAATAAAACAAACA+TGG - Chr1:28997308-28997327 None:intergenic 25.0%
!! AGTTTTCGTCCTATATTAAA+TGG + Chr1:28997604-28997623 MsG0180001900.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATATCAATTTTGGGTGAAAT+TGG + Chr1:28997946-28997965 MsG0180001900.01.T01:CDS 25.0%
!!! GGAAGTTTTGAATGAAATTA+GGG - Chr1:28997182-28997201 None:intergenic 25.0%
!!! TAGATCTATTTCTAGTTTGA+TGG + Chr1:28997867-28997886 MsG0180001900.01.T01:CDS 25.0%
!!! TGTTTGTTTTATTCGATTTC+AGG + Chr1:28997308-28997327 MsG0180001900.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTGTTTTGATTTAACTACTC+AGG + Chr1:28998086-28998105 MsG0180001900.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTGAGGAGATTGATTTTAA+AGG + Chr1:28998111-28998130 MsG0180001900.01.T01:CDS 25.0%
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ACATTAGTGGTATTAGAGAT+AGG - Chr1:28997733-28997752 None:intergenic 30.0%
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ATCGCTTGAAAGACTTAATA+GGG - Chr1:28997119-28997138 None:intergenic 30.0%
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TCATCATCATCATCATCATA+CGG - Chr1:28997234-28997253 None:intergenic 30.0%
TGAAAGTCATCGACAAAATT+AGG - Chr1:28997527-28997546 None:intergenic 30.0%
! ATTTGGTAACAAGATTGTTG+CGG - Chr1:28997203-28997222 None:intergenic 30.0%
! TTTATTCGATTTCAGGTCAA+AGG + Chr1:28997315-28997334 MsG0180001900.01.T01:CDS 30.0%
!! AAAAGTATCGTCAAATTGAG+GGG - Chr1:28997369-28997388 None:intergenic 30.0%
!! AGAAAAGTATCGTCAAATTG+AGG - Chr1:28997371-28997390 None:intergenic 30.0%
!! CTAGTTTGATGGTGTTAAAT+GGG + Chr1:28997878-28997897 MsG0180001900.01.T01:CDS 30.0%
!! GAAAAGTATCGTCAAATTGA+GGG - Chr1:28997370-28997389 None:intergenic 30.0%
!! TCTAGTTTGATGGTGTTAAA+TGG + Chr1:28997877-28997896 MsG0180001900.01.T01:CDS 30.0%
!!! CGGAAGTTTTGAATGAAATT+AGG - Chr1:28997183-28997202 None:intergenic 30.0%
!!! GTTTTAGGTTCATCTATCAA+TGG + Chr1:28997398-28997417 MsG0180001900.01.T01:intron 30.0%
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ACATGTTACAGATGACTACA+AGG + Chr1:28997567-28997586 MsG0180001900.01.T01:intron 35.0%
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ACGCTATATATCTCCCAAAA+CGG - Chr1:28997667-28997686 None:intergenic 35.0%
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GACAAAATTAGGTAGACACT+CGG - Chr1:28997516-28997535 None:intergenic 35.0%
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! TCCGTCAGCATATCAATTTT+GGG + Chr1:28997937-28997956 MsG0180001900.01.T01:CDS 35.0%
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!! AAAGTATCGTCAAATTGAGG+GGG - Chr1:28997368-28997387 None:intergenic 35.0%
!! AAATTGGTGTCAAGGAATCA+TGG + Chr1:28997962-28997981 MsG0180001900.01.T01:CDS 35.0%
!!! AGGAATGACCTTATTTTCTC+CGG - Chr1:28997483-28997502 None:intergenic 35.0%
AGATCTAGCATGCCAATCTA+CGG - Chr1:28997854-28997873 None:intergenic 40.0%
AGGAACTGGCATATCAACAA+TGG - Chr1:28997713-28997732 None:intergenic 40.0%
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CGCTATATATCTCCCAAAAC+GGG - Chr1:28997666-28997685 None:intergenic 40.0%
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! AATTGATATGCTGACGGACA+TGG - Chr1:28997935-28997954 None:intergenic 40.0%
! GCACCAAAGTTTTCCTTGTA+AGG - Chr1:28998162-28998181 None:intergenic 40.0%
! GTCCGTCAGCATATCAATTT+TGG + Chr1:28997936-28997955 MsG0180001900.01.T01:CDS 40.0%
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TATATCTCCCAAAACGGGTC+AGG - Chr1:28997661-28997680 None:intergenic 45.0%
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! AATGGGATGTGCCATTGGTT+TGG + Chr1:28997760-28997779 MsG0180001900.01.T01:CDS 45.0%
! TATGACACCTGACCCGTTTT+GGG + Chr1:28997651-28997670 MsG0180001900.01.T01:CDS 45.0%
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!!! ACCTTATTTTCTCCGGTAGC+AGG - Chr1:28997476-28997495 None:intergenic 45.0%
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GTATCGTCAAATTGAGGGGG+AGG - Chr1:28997365-28997384 None:intergenic 50.0%
! CAAAACGGGTCAGGTGTCAT+AGG - Chr1:28997652-28997671 None:intergenic 50.0%
! CTATGACACCTGACCCGTTT+TGG + Chr1:28997650-28997669 MsG0180001900.01.T01:CDS 50.0%
!! CATTGGTTTGGGGATTGGGA+TGG + Chr1:28997772-28997791 MsG0180001900.01.T01:CDS 50.0%
!! GCACTTTGGAATCCTGCTAC+CGG + Chr1:28997461-28997480 MsG0180001900.01.T01:intron 50.0%
!! GTGCCATTGGTTTGGGGATT+GGG + Chr1:28997768-28997787 MsG0180001900.01.T01:CDS 50.0%
!! TGGGATGTGCCATTGGTTTG+GGG + Chr1:28997762-28997781 MsG0180001900.01.T01:CDS 50.0%
!! TGTGCCATTGGTTTGGGGAT+TGG + Chr1:28997767-28997786 MsG0180001900.01.T01:CDS 50.0%
AGACACTCGGAAAGCCTAGG+AGG - Chr1:28997503-28997522 None:intergenic 55.0%
GGTAGACACTCGGAAAGCCT+AGG - Chr1:28997506-28997525 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 28997030 28998203 28997030 ID=MsG0180001900.01;Name=MsG0180001900.01
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Chr1 exon 28997030 28997336 28997030 ID=MsG0180001900.01.T01:exon:18890;Parent=MsG0180001900.01.T01
Chr1 exon 28997578 28998203 28997578 ID=MsG0180001900.01.T01:exon:18891;Parent=MsG0180001900.01.T01
Chr1 CDS 28997030 28997336 28997030 ID=MsG0180001900.01.T01:cds;Parent=MsG0180001900.01.T01
Chr1 CDS 28997578 28998203 28997578 ID=MsG0180001900.01.T01:cds;Parent=MsG0180001900.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180001900.01.T01

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Protein sequence

>MsG0180001900.01.T01

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