AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180002194.01

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Find 74 sgRNAs with CRISPR-Local

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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TGCAGCACCCGGCCCTTATT+GGG 0.383052 1:-34545547 MsG0180002194.01.T04:CDS
AAGGGTAAGAAAGTGGTAAT+AGG 0.384979 1:+34545357 None:intergenic
ATGGAGAACGTGATGTCATC+TGG 0.390308 1:+34546077 None:intergenic
AGGATACTCAACGTCGGATA+AGG 0.398666 1:+34545167 None:intergenic
TCCGACGTTGAGTATCCTAT+TGG 0.400282 1:-34545162 MsG0180002194.01.T04:CDS
TGGGGTGTGCCATTGGTGGG+GGG 0.410421 1:-34545430 MsG0180002194.01.T04:CDS
ATAATAAAGTGCCACTGAAC+TGG 0.413718 1:-34545839 MsG0180002194.01.T04:CDS
CCCTTCTTACATACTCCAAT+AGG 0.422460 1:+34545147 None:intergenic
TAGATTTGCATAATTTAAGA+TGG 0.425851 1:-34545335 MsG0180002194.01.T04:CDS
TGAATGGGGTGTGCCATTGG+TGG 0.428066 1:-34545434 MsG0180002194.01.T04:CDS
GAATGGGGTGTGCCATTGGT+GGG 0.433324 1:-34545433 MsG0180002194.01.T04:CDS
ATAGTCTAAGGCGTAACTCT+TGG 0.443452 1:-34545518 MsG0180002194.01.T04:CDS
TTGATATGCGAAGGTGTTAT+CGG 0.446878 1:-34545482 MsG0180002194.01.T04:CDS
GACTATATATGTCCCAATAA+GGG 0.454193 1:+34545535 None:intergenic
ACTTGAATGGGGTGTGCCAT+TGG 0.455990 1:-34545437 MsG0180002194.01.T04:CDS
AAAAGCTTTCTTCCGATTGG+TGG 0.464182 1:-34545015 MsG0180002194.01.T04:CDS
GATTATTTCAATGCAGCACC+CGG 0.472394 1:-34545558 MsG0180002194.01.T04:CDS
GGATACTCAACGTCGGATAA+GGG 0.473899 1:+34545168 None:intergenic
ATATTTATGTCCTCGGTGGC+AGG 0.479794 1:+34545702 None:intergenic
GATAAAAGCTTTCTTCCGAT+TGG 0.481960 1:-34545018 MsG0180002194.01.T04:CDS
AGGAACAATATTTATGTCCT+CGG 0.494643 1:+34545695 None:intergenic
TGGACTAAGCTCTTTGATGT+TGG 0.505006 1:-34545192 MsG0180002194.01.T04:CDS
TAATTATTTATTCCACCAAT+CGG 0.512436 1:+34545003 None:intergenic
TCCTATTGGAGTATGTAAGA+AGG 0.516286 1:-34545148 MsG0180002194.01.T04:CDS
TAGCATAACCTAAAATATCA+AGG 0.518111 1:+34545775 None:intergenic
ATCTCTCAAAATGGTTTAGG+AGG 0.525675 1:+34545907 None:intergenic
AGTTCGGTGTGAAGGAATCA+TGG 0.529208 1:-34545212 MsG0180002194.01.T04:CDS
ATTCACTATGTTGAGTACAT+TGG 0.530548 1:-34545582 MsG0180002194.01.T04:CDS
CTTGTCTTGATTTAACTACT+GGG 0.531226 1:-34545089 MsG0180002194.01.T04:CDS
TGATATATGGTAAGAAGTAC+CGG 0.531841 1:+34545251 None:intergenic
TTTGGGTGAGTTCGGTGTGA+AGG 0.538541 1:-34545220 MsG0180002194.01.T04:CDS
ATCATTCAACTATTGTATTG+TGG 0.538822 1:-34545728 MsG0180002194.01.T04:CDS
ACAATACAATAGTTGAATGA+TGG 0.539296 1:+34545730 None:intergenic
CAAATCTAAGGGTAAGAAAG+TGG 0.542115 1:+34545350 None:intergenic
ATATATGTCCCAATAAGGGC+CGG 0.542312 1:+34545539 None:intergenic
AAGATGGATAGATAGACGCT+TGG 0.547762 1:-34545319 MsG0180002194.01.T04:CDS
GATGGCTCCAACGAATGAAA+AGG 0.550670 1:-34546114 MsG0180002194.01.T02:CDS
AACAAATAGTGAATCATATG+TGG 0.551986 1:-34545406 MsG0180002194.01.T04:CDS
CCTATTGGAGTATGTAAGAA+GGG 0.561016 1:-34545147 MsG0180002194.01.T04:CDS
TGGTGTTAACGAAGGTACTC+AGG 0.565997 1:-34545052 MsG0180002194.01.T04:CDS
AACTTCATGTTGATATGCGA+AGG 0.566287 1:-34545491 MsG0180002194.01.T04:CDS
AAAATACTTGGCCAGTTCAG+TGG 0.574214 1:+34545828 None:intergenic
AACCGATTTACAGATTTCAA+AGG 0.575833 1:+34546041 None:intergenic
CTTAAATTATGCAAATCTAA+GGG 0.577346 1:+34545339 None:intergenic
TTGAGAGATCAGATGGTGAG+TGG 0.591320 1:-34545893 MsG0180002194.01.T04:CDS
TATATGTCCCAATAAGGGCC+GGG 0.604317 1:+34545540 None:intergenic
GAAGAAATTGGTGTTAACGA+AGG 0.609594 1:-34545060 MsG0180002194.01.T04:CDS
TTACTTGTGTATGCAAATCG+TGG 0.610316 1:-34546019 MsG0180002194.01.T02:CDS
ATATCAAGCTATGCAACGAC+CGG 0.621924 1:-34545270 MsG0180002194.01.T04:CDS
AGGTGTTATCGGAGGTCGAG+AGG 0.636248 1:-34545471 MsG0180002194.01.T04:CDS
AACAATATTTATGTCCTCGG+TGG 0.657349 1:+34545698 None:intergenic
ATTGTGGAATCCTGCCACCG+AGG 0.694840 1:-34545712 MsG0180002194.01.T04:CDS
ATATGCGAAGGTGTTATCGG+AGG 0.699910 1:-34545479 MsG0180002194.01.T04:CDS
TCCAATAGGATACTCAACGT+CGG 0.709696 1:+34545161 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AAAACTGATTTAATTATTCA+TGG - Chr1:34545473-34545492 MsG0180002194.01.T04:CDS 15.0%
!!! CATATATCAATATCAATTTT+GGG - Chr1:34545878-34545897 MsG0180002194.01.T04:CDS 15.0%
!! CCAAAATTGATATTGATATA+TGG + Chr1:34545880-34545899 None:intergenic 20.0%
!! CTTAAATTATGCAAATCTAA+GGG + Chr1:34545779-34545798 None:intergenic 20.0%
!! GATTTAATTATTCATGGATT+TGG - Chr1:34545479-34545498 MsG0180002194.01.T04:CDS 20.0%
!! TAATTATTTATTCCACCAAT+CGG + Chr1:34546115-34546134 None:intergenic 20.0%
!! TAGATTTGCATAATTTAAGA+TGG - Chr1:34545780-34545799 MsG0180002194.01.T04:CDS 20.0%
!! TCTTAAATTATGCAAATCTA+AGG + Chr1:34545780-34545799 None:intergenic 20.0%
!!! AAAAGTAATAGTTGTAGTTT+TGG + Chr1:34545316-34545335 None:intergenic 20.0%
!!! CCATATATCAATATCAATTT+TGG - Chr1:34545877-34545896 MsG0180002194.01.T04:CDS 20.0%
!!! GAACATGTTTTACAAAAATA+TGG - Chr1:34545148-34545167 MsG0180002194.01.T04:CDS 20.0%
!!! TAGTTTTGGTTAAAAATACT+TGG + Chr1:34545302-34545321 None:intergenic 20.0%
! AACAAATAGTGAATCATATG+TGG - Chr1:34545709-34545728 MsG0180002194.01.T04:CDS 25.0%
! ACAATACAATAGTTGAATGA+TGG + Chr1:34545388-34545407 None:intergenic 25.0%
! ATCATTCAACTATTGTATTG+TGG - Chr1:34545387-34545406 MsG0180002194.01.T04:CDS 25.0%
! TAGCATAACCTAAAATATCA+AGG + Chr1:34545343-34545362 None:intergenic 25.0%
!! TTTTGTCTCCTTGATATTTT+AGG - Chr1:34545332-34545351 MsG0180002194.01.T04:CDS 25.0%
!!! ATTTTAGGTTATGCTATTGA+TGG - Chr1:34545347-34545366 MsG0180002194.01.T04:CDS 25.0%
!!! TACCTTTGAAATCTGTAAAT+CGG - Chr1:34545072-34545091 MsG0180002194.01.T04:CDS 25.0%
!!! TTAAATCTTGACTTGTTCTT+AGG + Chr1:34545443-34545462 None:intergenic 25.0%
ACTGGGATAATTGAAGAAAT+TGG - Chr1:34546043-34546062 MsG0180002194.01.T02:CDS 30.0%
AGACTATATATGTCCCAATA+AGG + Chr1:34545584-34545603 None:intergenic 30.0%
AGGAACAATATTTATGTCCT+CGG + Chr1:34545423-34545442 None:intergenic 30.0%
ATTCACTATGTTGAGTACAT+TGG - Chr1:34545533-34545552 MsG0180002194.01.T04:CDS 30.0%
ATTGGGACATATATAGTCTA+AGG - Chr1:34545585-34545604 MsG0180002194.01.T04:CDS 30.0%
CTTGTCTTGATTTAACTACT+GGG - Chr1:34546026-34546045 MsG0180002194.01.T02:CDS 30.0%
GACTATATATGTCCCAATAA+GGG + Chr1:34545583-34545602 None:intergenic 30.0%
TCTTGTCTTGATTTAACTAC+TGG - Chr1:34546025-34546044 MsG0180002194.01.T02:CDS 30.0%
! AACCGATTTACAGATTTCAA+AGG + Chr1:34545077-34545096 None:intergenic 30.0%
! ATACTAACCTTTTCATTCGT+TGG + Chr1:34545011-34545030 None:intergenic 30.0%
! TGATATATGGTAAGAAGTAC+CGG + Chr1:34545867-34545886 None:intergenic 30.0%
!! ATATCAATTTTGGGTGAGTT+CGG - Chr1:34545887-34545906 MsG0180002194.01.T04:CDS 30.0%
!!! CAAAGGTAGTTTTGACAAAA+TGG + Chr1:34545060-34545079 None:intergenic 30.0%
!!! GTGTTTTGGTTTACTTGAAT+GGG - Chr1:34545666-34545685 MsG0180002194.01.T04:CDS 30.0%
!!! TGTTTTGGTTTACTTGAATG+GGG - Chr1:34545667-34545686 MsG0180002194.01.T04:CDS 30.0%
AACAATATTTATGTCCTCGG+TGG + Chr1:34545420-34545439 None:intergenic 35.0%
AACTTCATGTTGATATGCGA+AGG - Chr1:34545624-34545643 MsG0180002194.01.T04:CDS 35.0%
AAGGGTAAGAAAGTGGTAAT+AGG + Chr1:34545761-34545780 None:intergenic 35.0%
AGACGCTTGGATCTATTAAA+TGG - Chr1:34545809-34545828 MsG0180002194.01.T04:CDS 35.0%
ATCTCTCAAAATGGTTTAGG+AGG + Chr1:34545211-34545230 None:intergenic 35.0%
CAAATCTAAGGGTAAGAAAG+TGG + Chr1:34545768-34545787 None:intergenic 35.0%
CCTATTGGAGTATGTAAGAA+GGG - Chr1:34545968-34545987 MsG0180002194.01.T02:CDS 35.0%
CTGATCTCTCAAAATGGTTT+AGG + Chr1:34545214-34545233 None:intergenic 35.0%
GATAAAAGCTTTCTTCCGAT+TGG - Chr1:34546097-34546116 MsG0180002194.01.T02:CDS 35.0%
TCCTATTGGAGTATGTAAGA+AGG - Chr1:34545967-34545986 MsG0180002194.01.T02:CDS 35.0%
TGGAAGTTGTATTCACTTTC+TGG - Chr1:34545242-34545261 MsG0180002194.01.T04:CDS 35.0%
TTACTTGTGTATGCAAATCG+TGG - Chr1:34545096-34545115 MsG0180002194.01.T04:CDS 35.0%
! ATAATAAAGTGCCACTGAAC+TGG - Chr1:34545276-34545295 MsG0180002194.01.T04:CDS 35.0%
!! AACCATTTTGAGAGATCAGA+TGG - Chr1:34545215-34545234 MsG0180002194.01.T04:CDS 35.0%
!! GAAGAAATTGGTGTTAACGA+AGG - Chr1:34546055-34546074 MsG0180002194.01.T02:CDS 35.0%
!! TTGATATGCGAAGGTGTTAT+CGG - Chr1:34545633-34545652 MsG0180002194.01.T04:CDS 35.0%
!!! GGTGTTTTGGTTTACTTGAA+TGG - Chr1:34545665-34545684 MsG0180002194.01.T04:CDS 35.0%
AAAAGCTTTCTTCCGATTGG+TGG - Chr1:34546100-34546119 MsG0180002194.01.T02:CDS 40.0%
AAAATACTTGGCCAGTTCAG+TGG + Chr1:34545290-34545309 None:intergenic 40.0%
AAGATGGATAGATAGACGCT+TGG - Chr1:34545796-34545815 MsG0180002194.01.T04:CDS 40.0%
ATATATGTCCCAATAAGGGC+CGG + Chr1:34545579-34545598 None:intergenic 40.0%
ATATCAAGCTATGCAACGAC+CGG - Chr1:34545845-34545864 MsG0180002194.01.T04:CDS 40.0%
CACCATCTGATCTCTCAAAA+TGG + Chr1:34545220-34545239 None:intergenic 40.0%
CCCTTCTTACATACTCCAAT+AGG + Chr1:34545971-34545990 None:intergenic 40.0%
GATTATTTCAATGCAGCACC+CGG - Chr1:34545557-34545576 MsG0180002194.01.T04:CDS 40.0%
TCCAATAGGATACTCAACGT+CGG + Chr1:34545957-34545976 None:intergenic 40.0%
TGGACTAAGCTCTTTGATGT+TGG - Chr1:34545923-34545942 MsG0180002194.01.T04:CDS 40.0%
! ATAGTCTAAGGCGTAACTCT+TGG - Chr1:34545597-34545616 MsG0180002194.01.T04:CDS 40.0%
AGGATACTCAACGTCGGATA+AGG + Chr1:34545951-34545970 None:intergenic 45.0%
ATATTTATGTCCTCGGTGGC+AGG + Chr1:34545416-34545435 None:intergenic 45.0%
ATGGAGAACGTGATGTCATC+TGG + Chr1:34545041-34545060 None:intergenic 45.0%
GGATACTCAACGTCGGATAA+GGG + Chr1:34545950-34545969 None:intergenic 45.0%
TATATGTCCCAATAAGGGCC+GGG + Chr1:34545578-34545597 None:intergenic 45.0%
TCCGACGTTGAGTATCCTAT+TGG - Chr1:34545953-34545972 MsG0180002194.01.T02:CDS 45.0%
TTGAGAGATCAGATGGTGAG+TGG - Chr1:34545222-34545241 MsG0180002194.01.T04:CDS 45.0%
!! AGTTCGGTGTGAAGGAATCA+TGG - Chr1:34545903-34545922 MsG0180002194.01.T04:CDS 45.0%
!! ATATGCGAAGGTGTTATCGG+AGG - Chr1:34545636-34545655 MsG0180002194.01.T04:CDS 45.0%
!! TGGTGTTAACGAAGGTACTC+AGG - Chr1:34546063-34546082 MsG0180002194.01.T02:CDS 45.0%
ACTTGAATGGGGTGTGCCAT+TGG - Chr1:34545678-34545697 MsG0180002194.01.T04:CDS 50.0%
! TATTTGTTGCCCCCCACCAA+TGG + Chr1:34545697-34545716 None:intergenic 50.0%
!! TTTGGGTGAGTTCGGTGTGA+AGG - Chr1:34545895-34545914 MsG0180002194.01.T04:CDS 50.0%
ATTGTGGAATCCTGCCACCG+AGG - Chr1:34545403-34545422 MsG0180002194.01.T04:CDS 55.0%
! AATGGGGTGTGCCATTGGTG+GGG - Chr1:34545683-34545702 MsG0180002194.01.T04:CDS 55.0%
! AGGTGTTATCGGAGGTCGAG+AGG - Chr1:34545644-34545663 MsG0180002194.01.T04:CDS 55.0%
! GAATGGGGTGTGCCATTGGT+GGG - Chr1:34545682-34545701 MsG0180002194.01.T04:CDS 55.0%
! TGAATGGGGTGTGCCATTGG+TGG - Chr1:34545681-34545700 MsG0180002194.01.T04:CDS 55.0%
!!! TCGGAGGTCGAGAGGTGTTT+TGG - Chr1:34545652-34545671 MsG0180002194.01.T04:CDS 55.0%
ATGCAGCACCCGGCCCTTAT+TGG - Chr1:34545567-34545586 MsG0180002194.01.T04:CDS 60.0%
TGCAGCACCCGGCCCTTATT+GGG - Chr1:34545568-34545587 MsG0180002194.01.T04:CDS 60.0%
! ATGGGGTGTGCCATTGGTGG+GGG - Chr1:34545684-34545703 MsG0180002194.01.T04:CDS 60.0%
! TGGGGTGTGCCATTGGTGGG+GGG - Chr1:34545685-34545704 MsG0180002194.01.T04:CDS 65.0%
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Chr1 gene 34545002 34546135 34545002 ID=MsG0180002194.01;Name=MsG0180002194.01
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