AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380012798.01

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ATAATGGAAGAATTGTATTT+TGG 0.191529 3:-24729979 MsG0380012798.01.T04:CDS
TCCCGATATTGTGAACATTT+TGG 0.218759 3:-24729800 MsG0380012798.01.T04:intron
ACTTAACGCAACCAAGTATA+AGG 0.268551 3:+24729454 None:intergenic
CACATCTAAAGGCGGGTCTA+AGG 0.273429 3:+24729505 None:intergenic
TGCCTTTGCAACACAAATAA+TGG 0.273996 3:-24729995 MsG0380012798.01.T04:CDS
ATATATCACTTGATTCCTTT+TGG 0.275264 3:-24729748 MsG0380012798.01.T04:CDS
AAGAAGATGGTGAAATAGTT+TGG 0.283522 3:-24729265 MsG0380012798.01.T04:CDS
TGCCAAAATGTTCACAATAT+CGG 0.285513 3:+24729798 None:intergenic
ATAGTCTTAGAAGTAATTCT+TGG 0.294543 3:-24729718 MsG0380012798.01.T04:CDS
TCCTCCTCTTGAAATGGATT+TGG 0.309427 3:+24730064 None:intergenic
TCCCAAGGTCTTCAATCATT+TGG 0.326242 3:+24729228 None:intergenic
GCATTGATCTTATGGGATTT+CGG 0.327381 3:-24729422 MsG0380012798.01.T04:CDS
TTCCATTGCATTGATCTTAT+GGG 0.332146 3:-24729429 MsG0380012798.01.T04:CDS
GGTACTGTTCTTCATGGGTT+TGG 0.333670 3:-24729884 MsG0380012798.01.T04:CDS
CAAGGATCCTCCTCTTGAAA+TGG 0.367049 3:+24730058 None:intergenic
GTTGCAAAGGCAAAGAATTC+CGG 0.373638 3:+24730006 None:intergenic
TTAGATTCTGGTAGTATAAC+CGG 0.375285 3:-24730025 MsG0380012798.01.T04:CDS
TGTAATCACCATTATTACTA+TGG 0.379216 3:-24730175 MsG0380012798.01.T06:CDS
AGGTTTGGTACTGTTCTTCA+TGG 0.382953 3:-24729890 MsG0380012798.01.T04:CDS
GCCAAAATGTTCACAATATC+GGG 0.384936 3:+24729799 None:intergenic
ATACATCACCATAGTAATAA+TGG 0.400608 3:+24730167 None:intergenic
ACTTTGAATTCTTTAGTAGC+TGG 0.402800 3:+24729953 None:intergenic
GTTCCAACTTATCAAAGGTT+TGG 0.404002 3:-24729905 MsG0380012798.01.T04:CDS
ACTTGATATCAATATGTACT+TGG 0.413318 3:-24729690 MsG0380012798.01.T04:CDS
GTACCAAACCTTTGATAAGT+TGG 0.417149 3:+24729902 None:intergenic
GCCAAATGATTGAAGACCTT+GGG 0.419552 3:-24729229 MsG0380012798.01.T04:CDS
TAAAAGTCAGCGGTTGTACT+TGG 0.426312 3:-24729630 MsG0380012798.01.T04:CDS
GGAACAGCCTCGAGAGGGCT+TGG 0.434591 3:+24729923 None:intergenic
TTATACTTGGTTGCGTTAAG+TGG 0.446972 3:-24729452 MsG0380012798.01.T04:CDS
CTTTGAATTCTTTAGTAGCT+GGG 0.455066 3:+24729954 None:intergenic
AAGTGATAGATATAAGAATA+TGG 0.462236 3:-24730101 MsG0380012798.01.T06:CDS
CAGCGACAGGTGAAAAGGTT+AGG 0.462894 3:-24730342 MsG0380012798.01.T06:CDS
AGAATATGGTCAAATTAGAT+TGG 0.465237 3:-24730087 MsG0380012798.01.T06:CDS
AATATATCATCCACATCTAA+AGG 0.474669 3:+24729494 None:intergenic
TTCCATTATTTGTGTTGCAA+AGG 0.478672 3:+24729993 None:intergenic
TTAGATGTGTCTGTAAATCA+TGG 0.482590 3:-24730252 MsG0380012798.01.T06:CDS
AGCATTGGCGTCATTTGACT+TGG 0.489109 3:-24729558 MsG0380012798.01.T04:CDS
ACTTATAATCATCTCTATCA+TGG 0.491125 3:+24729855 None:intergenic
GGTTTGGTACTGTTCTTCAT+GGG 0.491224 3:-24729889 MsG0380012798.01.T04:CDS
TGTTCACAATATCGGGAAGT+TGG 0.492079 3:+24729806 None:intergenic
AGCCAAATGATTGAAGACCT+TGG 0.497088 3:-24729230 MsG0380012798.01.T04:CDS
GGAAGATACTCATAAAATGA+TGG 0.499040 3:+24730212 None:intergenic
TTTGACAGCGACAGGTGAAA+AGG 0.499163 3:-24730347 MsG0380012798.01.T06:CDS
AAGACTATATATCTCCCAAA+AGG 0.511238 3:+24729733 None:intergenic
GCTTGCATTCAGCGTCCTAT+CGG 0.511404 3:-24729317 MsG0380012798.01.T04:CDS
GACGCTGAATGCAAGCCAAT+GGG 0.519913 3:+24729324 None:intergenic
CTTAGACCCGCCTTTAGATG+TGG 0.542759 3:-24729504 MsG0380012798.01.T04:CDS
CTTAACGCAACCAAGTATAA+GGG 0.543183 3:+24729455 None:intergenic
AGGCTGTTCCAACTTATCAA+AGG 0.547346 3:-24729910 MsG0380012798.01.T04:CDS
TCCTGATGCTAAAAGAGCAT+TGG 0.547809 3:-24729573 MsG0380012798.01.T04:CDS
ACAGCCTCGAGAGGGCTTGG+AGG 0.550715 3:+24729926 None:intergenic
ACATCTAAAGGCGGGTCTAA+GGG 0.550959 3:+24729506 None:intergenic
ATCCCATAAGATCAATGCAA+TGG 0.556021 3:+24729427 None:intergenic
ATCATTAGAAGATGTGCCGT+GGG 0.556505 3:-24729774 MsG0380012798.01.T04:intron
AAAACATATATATCAAAAGT+AGG 0.557532 3:+24729395 None:intergenic
GCCAAATCCATTTCAAGAGG+AGG 0.557895 3:-24730065 MsG0380012798.01.T04:CDS
GGACGCTGAATGCAAGCCAA+TGG 0.563255 3:+24729323 None:intergenic
TATCATCCACATCTAAAGGC+GGG 0.563497 3:+24729498 None:intergenic
AAGTTGGTGTGAAAGAATCA+TGG 0.565484 3:-24729367 MsG0380012798.01.T04:CDS
ACTTGGATGAAAGATGTCAT+TGG 0.570393 3:-24729613 MsG0380012798.01.T04:CDS
CTTGATATCAATATGTACTT+GGG 0.572400 3:-24729689 MsG0380012798.01.T04:CDS
GTCATTTGACTTGGTCAATG+AGG 0.578389 3:-24729549 MsG0380012798.01.T04:CDS
AATGCAAGCCAATGGGCCAA+TGG 0.586237 3:+24729331 None:intergenic
TCCTATCGGAGTAGGAAACA+AGG 0.596764 3:-24729303 MsG0380012798.01.T04:CDS
ATTCAGCGTCCTATCGGAGT+AGG 0.612500 3:-24729311 MsG0380012798.01.T04:CDS
TTGATTGTGTTAAAAGTCAG+CGG 0.612801 3:-24729640 MsG0380012798.01.T04:CDS
TTGGCCAAATCCATTTCAAG+AGG 0.613810 3:-24730068 MsG0380012798.01.T04:CDS
CCCTTGTTTCCTACTCCGAT+AGG 0.622667 3:+24729302 None:intergenic
TATCATTAGAAGATGTGCCG+TGG 0.627452 3:-24729775 MsG0380012798.01.T04:intron
TATTCCTCCAAGCCCTCTCG+AGG 0.638427 3:-24729930 MsG0380012798.01.T04:CDS
ATATCATCCACATCTAAAGG+CGG 0.641641 3:+24729497 None:intergenic
TAAGTTGGAACAGCCTCGAG+AGG 0.654549 3:+24729917 None:intergenic
AAGTTGGAACAGCCTCGAGA+GGG 0.656842 3:+24729918 None:intergenic
TGGATGAAAGATGTCATTGG+TGG 0.671032 3:-24729610 MsG0380012798.01.T04:CDS
GAATCTAAAATACAGAAACA+AGG 0.675365 3:+24730040 None:intergenic
CCTATCGGAGTAGGAAACAA+GGG 0.685592 3:-24729302 MsG0380012798.01.T04:CDS
TCAAGTGATATATCTCCCCA+CGG 0.689082 3:+24729758 None:intergenic
TCATTAGAAGATGTGCCGTG+GGG 0.746805 3:-24729773 MsG0380012798.01.T04:intron

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAACATATATATCAAAAGT+AGG + Chr3:24730123-24730142 None:intergenic 15.0%
!!! AAAGAAAATTTTCTTCTTAT+GGG - Chr3:24730351-24730370 MsG0380012798.01.T06:CDS 15.0%
!!! ACTTTTGATATATATGTTTT+AGG - Chr3:24730123-24730142 MsG0380012798.01.T06:CDS 15.0%
!!! GATTACATATTAAATTTTTG+CGG + Chr3:24729327-24729346 None:intergenic 15.0%
!!! GTATTTTTTATAAAAGAAGA+TGG - Chr3:24730237-24730256 MsG0380012798.01.T06:CDS 15.0%
!!! TAAAGAAAATTTTCTTCTTA+TGG - Chr3:24730350-24730369 MsG0380012798.01.T06:CDS 15.0%
!! AAGTGATAGATATAAGAATA+TGG - Chr3:24729414-24729433 MsG0380012798.01.T04:CDS 20.0%
!!! ATAATGGAAGAATTGTATTT+TGG - Chr3:24729536-24729555 MsG0380012798.01.T04:CDS 20.0%
!!! ATATATTTAGCGTTTTTTCA+AGG - Chr3:24730037-24730056 MsG0380012798.01.T04:CDS 20.0%
!!! ATATATTTTCTTTAATCCCA+AGG + Chr3:24730305-24730324 None:intergenic 20.0%
! AATATATCATCCACATCTAA+AGG + Chr3:24730024-24730043 None:intergenic 25.0%
! ACTTATAATCATCTCTATCA+TGG + Chr3:24729663-24729682 None:intergenic 25.0%
! ACTTGATATCAATATGTACT+TGG - Chr3:24729825-24729844 MsG0380012798.01.T04:CDS 25.0%
! AGAATATGGTCAAATTAGAT+TGG - Chr3:24729428-24729447 MsG0380012798.01.T04:CDS 25.0%
! ATACATCACCATAGTAATAA+TGG + Chr3:24729351-24729370 None:intergenic 25.0%
! CTTGATATCAATATGTACTT+GGG - Chr3:24729826-24729845 MsG0380012798.01.T04:CDS 25.0%
! TGTAATCACCATTATTACTA+TGG - Chr3:24729340-24729359 MsG0380012798.01.T04:CDS 25.0%
!! ATAGTCTTAGAAGTAATTCT+TGG - Chr3:24729797-24729816 MsG0380012798.01.T04:intron 25.0%
!! ATATACGTTGTTCTTTTTCT+GGG - Chr3:24729851-24729870 MsG0380012798.01.T04:CDS 25.0%
!! ATATATCACTTGATTCCTTT+TGG - Chr3:24729767-24729786 MsG0380012798.01.T04:CDS 25.0%
!! GAATCTAAAATACAGAAACA+AGG + Chr3:24729478-24729497 None:intergenic 25.0%
!! GTGAAATAGTTTGGTTTAAT+TGG - Chr3:24730259-24730278 MsG0380012798.01.T06:CDS 25.0%
!! TATATCACTTGATTCCTTTT+GGG - Chr3:24729768-24729787 MsG0380012798.01.T04:CDS 25.0%
!!! AATCGTTTTAAAGATTTCAG+AGG + Chr3:24729244-24729263 None:intergenic 25.0%
!!! ATATATGTTTTAGGTGAAGT+TGG - Chr3:24730132-24730151 MsG0380012798.01.T06:CDS 25.0%
!!! GTATCTCTACTTTTACAAAT+TGG - Chr3:24729367-24729386 MsG0380012798.01.T04:CDS 25.0%
!!! TGTTTCTGTATTTTAGATTC+TGG - Chr3:24729478-24729497 MsG0380012798.01.T04:CDS 25.0%
AAGAAGATGGTGAAATAGTT+TGG - Chr3:24730250-24730269 MsG0380012798.01.T06:CDS 30.0%
AAGACTATATATCTCCCAAA+AGG + Chr3:24729785-24729804 None:intergenic 30.0%
ACTTTGAATTCTTTAGTAGC+TGG + Chr3:24729565-24729584 None:intergenic 30.0%
CTTTGAATTCTTTAGTAGCT+GGG + Chr3:24729564-24729583 None:intergenic 30.0%
GGAAGATACTCATAAAATGA+TGG + Chr3:24729306-24729325 None:intergenic 30.0%
TGCCAAAATGTTCACAATAT+CGG + Chr3:24729720-24729739 None:intergenic 30.0%
TTAGATGTGTCTGTAAATCA+TGG - Chr3:24729263-24729282 MsG0380012798.01.T04:CDS 30.0%
TTAGATTCTGGTAGTATAAC+CGG - Chr3:24729490-24729509 MsG0380012798.01.T04:CDS 30.0%
TTCCATTATTTGTGTTGCAA+AGG + Chr3:24729525-24729544 None:intergenic 30.0%
TTGATTGTGTTAAAAGTCAG+CGG - Chr3:24729875-24729894 MsG0380012798.01.T04:CDS 30.0%
! GAAAATTTTCTTCTTATGGG+AGG - Chr3:24730354-24730373 MsG0380012798.01.T06:CDS 30.0%
! GATATACGTTGTTCTTTTTC+TGG - Chr3:24729850-24729869 MsG0380012798.01.T04:CDS 30.0%
! TTCCATTGCATTGATCTTAT+GGG - Chr3:24730086-24730105 MsG0380012798.01.T06:CDS 30.0%
!! CAGAGGTAATTTTGATAGAA+TGG + Chr3:24729227-24729246 None:intergenic 30.0%
ACTTAACGCAACCAAGTATA+AGG + Chr3:24730064-24730083 None:intergenic 35.0%
ACTTGGATGAAAGATGTCAT+TGG - Chr3:24729902-24729921 MsG0380012798.01.T04:CDS 35.0%
ATATCATCCACATCTAAAGG+CGG + Chr3:24730021-24730040 None:intergenic 35.0%
ATCCCATAAGATCAATGCAA+TGG + Chr3:24730091-24730110 None:intergenic 35.0%
CTTAACGCAACCAAGTATAA+GGG + Chr3:24730063-24730082 None:intergenic 35.0%
GAAAAATATTTGACAGCGAC+AGG - Chr3:24729160-24729179 MsG0380012798.01.T04:CDS 35.0%
GCCAAAATGTTCACAATATC+GGG + Chr3:24729719-24729738 None:intergenic 35.0%
GTACCAAACCTTTGATAAGT+TGG + Chr3:24729616-24729635 None:intergenic 35.0%
GTTCCAACTTATCAAAGGTT+TGG - Chr3:24729610-24729629 MsG0380012798.01.T04:CDS 35.0%
TGCCTTTGCAACACAAATAA+TGG - Chr3:24729520-24729539 MsG0380012798.01.T04:CDS 35.0%
TTATACTTGGTTGCGTTAAG+TGG - Chr3:24730063-24730082 MsG0380012798.01.T04:CDS 35.0%
! GCATTGATCTTATGGGATTT+CGG - Chr3:24730093-24730112 MsG0380012798.01.T06:CDS 35.0%
! GTTCCATTGCATTGATCTTA+TGG - Chr3:24730085-24730104 MsG0380012798.01.T04:CDS 35.0%
! TCCCGATATTGTGAACATTT+TGG - Chr3:24729715-24729734 MsG0380012798.01.T04:CDS 35.0%
! TGGACTAAGCTTTTTACCAT+TGG - Chr3:24730168-24730187 MsG0380012798.01.T06:CDS 35.0%
!! AAGTTGGTGTGAAAGAATCA+TGG - Chr3:24730148-24730167 MsG0380012798.01.T06:CDS 35.0%
!!! TTTTTCAAGGCCCTTATACT+TGG - Chr3:24730050-24730069 MsG0380012798.01.T04:CDS 35.0%
AGCCAAATGATTGAAGACCT+TGG - Chr3:24730285-24730304 MsG0380012798.01.T06:CDS 40.0%
AGGCTGTTCCAACTTATCAA+AGG - Chr3:24729605-24729624 MsG0380012798.01.T04:CDS 40.0%
ATCATTAGAAGATGTGCCGT+GGG - Chr3:24729741-24729760 MsG0380012798.01.T04:CDS 40.0%
GCCAAATGATTGAAGACCTT+GGG - Chr3:24730286-24730305 MsG0380012798.01.T06:CDS 40.0%
GTTGCAAAGGCAAAGAATTC+CGG + Chr3:24729512-24729531 None:intergenic 40.0%
TAAAAGTCAGCGGTTGTACT+TGG - Chr3:24729885-24729904 MsG0380012798.01.T04:CDS 40.0%
TATCATCCACATCTAAAGGC+GGG + Chr3:24730020-24730039 None:intergenic 40.0%
TATCATTAGAAGATGTGCCG+TGG - Chr3:24729740-24729759 MsG0380012798.01.T04:CDS 40.0%
TCAAGTGATATATCTCCCCA+CGG + Chr3:24729760-24729779 None:intergenic 40.0%
TCCCAAGGTCTTCAATCATT+TGG + Chr3:24730290-24730309 None:intergenic 40.0%
TGGATGAAAGATGTCATTGG+TGG - Chr3:24729905-24729924 MsG0380012798.01.T04:CDS 40.0%
TGTTCACAATATCGGGAAGT+TGG + Chr3:24729712-24729731 None:intergenic 40.0%
TTGGCCAAATCCATTTCAAG+AGG - Chr3:24729447-24729466 MsG0380012798.01.T04:CDS 40.0%
! AGGTTTGGTACTGTTCTTCA+TGG - Chr3:24729625-24729644 MsG0380012798.01.T04:CDS 40.0%
! ATGCTCTTTTAGCATCAGGA+TGG + Chr3:24729942-24729961 None:intergenic 40.0%
! GGTTTGGTACTGTTCTTCAT+GGG - Chr3:24729626-24729645 MsG0380012798.01.T04:CDS 40.0%
! TCCTCCTCTTGAAATGGATT+TGG + Chr3:24729454-24729473 None:intergenic 40.0%
! TCCTGATGCTAAAAGAGCAT+TGG - Chr3:24729942-24729961 MsG0380012798.01.T04:CDS 40.0%
!! GTCATTTGACTTGGTCAATG+AGG - Chr3:24729966-24729985 MsG0380012798.01.T04:CDS 40.0%
ACATCTAAAGGCGGGTCTAA+GGG + Chr3:24730012-24730031 None:intergenic 45.0%
CAAGGATCCTCCTCTTGAAA+TGG + Chr3:24729460-24729479 None:intergenic 45.0%
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! GCTTTTTACCATTGGCCCAT+TGG - Chr3:24730176-24730195 MsG0380012798.01.T06:CDS 45.0%
!! AGCATTGGCGTCATTTGACT+TGG - Chr3:24729957-24729976 MsG0380012798.01.T04:CDS 45.0%
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