AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580026254.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 56 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 65 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATTTCTGACTGCCAGATTTA+TGG 0.145155 5:+33471983 MsG0580026254.01.T01:CDS
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TTCTTCTTCTCATTTGTTGT+TGG 0.254156 5:-33471506 None:intergenic
AATGACACTGTTTGTATCTA+TGG 0.257665 5:+33471860 MsG0580026254.01.T01:CDS
AAACGCTTCATAGATTTAAT+AGG 0.290230 5:-33471599 None:intergenic
GTATACCTGGATGTGTTAAA+TGG 0.311736 5:+33472319 MsG0580026254.01.T01:CDS
GACTGCCAGATTTATGGATT+TGG 0.323492 5:+33471989 MsG0580026254.01.T01:CDS
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AACCAGTCTCCCTATTCTAA+TGG 0.354281 5:+33471707 MsG0580026254.01.T01:CDS
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TGGGTCAGACTCGTCGATAC+TGG 0.374086 5:+33472418 MsG0580026254.01.T01:CDS
AAATTTGAAACCATTAGAAT+AGG 0.381452 5:-33471717 None:intergenic
CATAACCAAATCCATAAATC+TGG 0.410336 5:-33471994 None:intergenic
ATGTGGATGTTGCGGATGGC+GGG 0.410946 5:+33472050 MsG0580026254.01.T01:CDS
AATTTGAAACCATTAGAATA+GGG 0.418900 5:-33471716 None:intergenic
ACCTTAACTTTGTTGGTAGC+AGG 0.419048 5:-33471920 None:intergenic
CGTAGTGATGTGTACTCAAA+TGG 0.421005 5:+33472160 MsG0580026254.01.T01:CDS
AGGAATGACCTTAACTTTGT+TGG 0.427177 5:-33471927 None:intergenic
TCTCTTGCGTTCGCAAGTCA+TGG 0.428477 5:+33471621 MsG0580026254.01.T01:CDS
CTTTGATGATAAATCATGAT+AGG 0.446090 5:+33472350 MsG0580026254.01.T01:CDS
AACTCGGTGTCAAAGAATCA+TGG 0.468755 5:+33472398 MsG0580026254.01.T01:CDS
TCCTGCTACCAACAAAGTTA+AGG 0.470879 5:+33471919 MsG0580026254.01.T01:CDS
ACTCAAATGGGGTCTGTCAT+TGG 0.483691 5:+33472173 MsG0580026254.01.T01:CDS
GTAGTGATGTGTACTCAAAT+GGG 0.503826 5:+33472161 MsG0580026254.01.T01:CDS
ATGTCTTCTAACGAGGGAAA+AGG 0.507045 5:-33472277 None:intergenic
GGGTCAGACTCGTCGATACT+GGG 0.508209 5:+33472419 MsG0580026254.01.T01:CDS
AACCATTAGAATAGGGAGAC+TGG 0.512069 5:-33471709 None:intergenic
CATGTGGATGTTGCGGATGG+CGG 0.512233 5:+33472049 MsG0580026254.01.T01:CDS
CGAACATATTGATGAAACTA+GGG 0.520368 5:-33471661 None:intergenic
TATACCTGGATGTGTTAAAT+GGG 0.533400 5:+33472320 MsG0580026254.01.T01:CDS
CTGACCCATTTAACACATCC+AGG 0.538631 5:-33472324 None:intergenic
AAATGGGGTCTGTCATTGGT+TGG 0.541916 5:+33472177 MsG0580026254.01.T01:CDS
GCATATATTTCAGGATGAGC+TGG 0.551330 5:-33472136 None:intergenic
GAAGAAGAAGAAGATGGAGG+AGG 0.554452 5:+33471520 MsG0580026254.01.T01:CDS
TGTTAAGAATCACGTTAGAA+AGG 0.557381 5:+33471883 MsG0580026254.01.T01:CDS
TGTGGATGTTGCGGATGGCG+GGG 0.558294 5:+33472051 MsG0580026254.01.T01:CDS
AGACTGGTTTAGAATGATGC+AGG 0.559948 5:-33471693 None:intergenic
GTTTAGAATGATGCAGGCAT+CGG 0.566453 5:-33471687 None:intergenic
GGTAGAAGCTCAACAAGACT+AGG 0.571397 5:-33471950 None:intergenic
AAGATGGAGGAGGTTAGTAA+TGG 0.582402 5:+33471530 MsG0580026254.01.T01:CDS
GGATATATAATTCAAGTCAA+AGG 0.582440 5:-33472442 None:intergenic
ACGAACATATTGATGAAACT+AGG 0.593778 5:-33471662 None:intergenic
TGTTGAGCTTCTACCACCTG+AGG 0.594256 5:+33471958 MsG0580026254.01.T01:CDS
TGGCAGTCAGAAATAGCCTC+AGG 0.600328 5:-33471974 None:intergenic
ACTCGGTGTCAAAGAATCAT+GGG 0.602844 5:+33472399 MsG0580026254.01.T01:CDS
AGCAGTGGATTGATTAATGG+AGG 0.602854 5:-33471794 None:intergenic
CTATAAACTCATTCAACATG+TGG 0.607853 5:+33472033 MsG0580026254.01.T01:CDS
AAAATTCATGTCTTCTAACG+AGG 0.639672 5:-33472284 None:intergenic
CAACATGTGGATGTTGCGGA+TGG 0.641448 5:+33472046 MsG0580026254.01.T01:CDS
ATAAAATCAAAATCAAGCAG+TGG 0.647237 5:-33471809 None:intergenic
CATTCAACATGTGGATGTTG+CGG 0.647943 5:+33472042 MsG0580026254.01.T01:CDS
AAATTCATGTCTTCTAACGA+GGG 0.657015 5:-33472283 None:intergenic
AGAAGCTCAACAAGACTAGG+AGG 0.661598 5:-33471947 None:intergenic
TAGTGATGTGTACTCAAATG+GGG 0.667432 5:+33472162 MsG0580026254.01.T01:CDS
CAGTCAGAAATAGCCTCAGG+TGG 0.675806 5:-33471971 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TTTGATTTTATTCAGATTTT+AGG + Chr5:33471821-33471840 MsG0580026254.01.T01:CDS 15.0%
!!! AAATTTGAAACCATTAGAAT+AGG - Chr5:33471720-33471739 None:intergenic 20.0%
!!! AATTTGAAACCATTAGAATA+GGG - Chr5:33471719-33471738 None:intergenic 20.0%
! AAACGCTTCATAGATTTAAT+AGG - Chr5:33471602-33471621 None:intergenic 25.0%
! ATAAAATCAAAATCAAGCAG+TGG - Chr5:33471812-33471831 None:intergenic 25.0%
! ATAGTCTAAAAACAGATTCA+TGG + Chr5:33472092-33472111 MsG0580026254.01.T01:CDS 25.0%
!! CTTTGATGATAAATCATGAT+AGG + Chr5:33472350-33472369 MsG0580026254.01.T01:CDS 25.0%
!! TACTTTTAACAATGTATACC+TGG + Chr5:33472306-33472325 MsG0580026254.01.T01:CDS 25.0%
!! TCTTTACACATATCAGTTTT+GGG + Chr5:33472373-33472392 MsG0580026254.01.T01:CDS 25.0%
AAAATTCATGTCTTCTAACG+AGG - Chr5:33472287-33472306 None:intergenic 30.0%
AAATGAGAAGAAGAAGAAGA+TGG + Chr5:33471514-33471533 MsG0580026254.01.T01:CDS 30.0%
AAATTCATGTCTTCTAACGA+GGG - Chr5:33472286-33472305 None:intergenic 30.0%
AATGACACTGTTTGTATCTA+TGG + Chr5:33471860-33471879 MsG0580026254.01.T01:CDS 30.0%
ACGAACATATTGATGAAACT+AGG - Chr5:33471665-33471684 None:intergenic 30.0%
ACGTTAGAAAGGCTATATTA+TGG + Chr5:33471894-33471913 MsG0580026254.01.T01:CDS 30.0%
CATAACCAAATCCATAAATC+TGG - Chr5:33471997-33472016 None:intergenic 30.0%
CGAACATATTGATGAAACTA+GGG - Chr5:33471664-33471683 None:intergenic 30.0%
CTATAAACTCATTCAACATG+TGG + Chr5:33472033-33472052 MsG0580026254.01.T01:CDS 30.0%
TATACCTGGATGTGTTAAAT+GGG + Chr5:33472320-33472339 MsG0580026254.01.T01:CDS 30.0%
TGTTAAGAATCACGTTAGAA+AGG + Chr5:33471883-33471902 MsG0580026254.01.T01:CDS 30.0%
! GTCTTTACACATATCAGTTT+TGG + Chr5:33472372-33472391 MsG0580026254.01.T01:CDS 30.0%
!! TTCTTCTTCTCATTTGTTGT+TGG - Chr5:33471509-33471528 None:intergenic 30.0%
AGGAATGACCTTAACTTTGT+TGG - Chr5:33471930-33471949 None:intergenic 35.0%
ATTTCTGACTGCCAGATTTA+TGG + Chr5:33471983-33472002 MsG0580026254.01.T01:CDS 35.0%
GTAGTGATGTGTACTCAAAT+GGG + Chr5:33472161-33472180 MsG0580026254.01.T01:CDS 35.0%
GTATACCTGGATGTGTTAAA+TGG + Chr5:33472319-33472338 MsG0580026254.01.T01:CDS 35.0%
GTCTAAAAACAGATTCATGG+AGG + Chr5:33472095-33472114 MsG0580026254.01.T01:CDS 35.0%
TAGTGATGTGTACTCAAATG+GGG + Chr5:33472162-33472181 MsG0580026254.01.T01:CDS 35.0%
TCACTACGAGCATATATTTC+AGG - Chr5:33472148-33472167 None:intergenic 35.0%
!! TCAAGCAGTGGATTGATTAA+TGG - Chr5:33471800-33471819 None:intergenic 35.0%
!!! ATATCAGTTTTGGGTGAACT+CGG + Chr5:33472382-33472401 MsG0580026254.01.T01:CDS 35.0%
AACCAGTCTCCCTATTCTAA+TGG + Chr5:33471707-33471726 MsG0580026254.01.T01:CDS 40.0%
AACCATTAGAATAGGGAGAC+TGG - Chr5:33471712-33471731 None:intergenic 40.0%
AAGATGGAGGAGGTTAGTAA+TGG + Chr5:33471530-33471549 MsG0580026254.01.T01:CDS 40.0%
ATGTCTTCTAACGAGGGAAA+AGG - Chr5:33472280-33472299 None:intergenic 40.0%
CATTCAACATGTGGATGTTG+CGG + Chr5:33472042-33472061 MsG0580026254.01.T01:CDS 40.0%
CGTAGTGATGTGTACTCAAA+TGG + Chr5:33472160-33472179 MsG0580026254.01.T01:CDS 40.0%
GACTGCCAGATTTATGGATT+TGG + Chr5:33471989-33472008 MsG0580026254.01.T01:CDS 40.0%
GCATATATTTCAGGATGAGC+TGG - Chr5:33472139-33472158 None:intergenic 40.0%
TCCTGCTACCAACAAAGTTA+AGG + Chr5:33471919-33471938 MsG0580026254.01.T01:CDS 40.0%
TGAGAAGAAGAAGAAGATGG+AGG + Chr5:33471517-33471536 MsG0580026254.01.T01:CDS 40.0%
! GTTTAGAATGATGCAGGCAT+CGG - Chr5:33471690-33471709 None:intergenic 40.0%
!! AACTCGGTGTCAAAGAATCA+TGG + Chr5:33472398-33472417 MsG0580026254.01.T01:CDS 40.0%
!! ACCTTAACTTTGTTGGTAGC+AGG - Chr5:33471923-33471942 None:intergenic 40.0%
!! ACTCGGTGTCAAAGAATCAT+GGG + Chr5:33472399-33472418 MsG0580026254.01.T01:CDS 40.0%
!! AGACTGGTTTAGAATGATGC+AGG - Chr5:33471696-33471715 None:intergenic 40.0%
!! AGCAGTGGATTGATTAATGG+AGG - Chr5:33471797-33471816 None:intergenic 40.0%
AAATGGGGTCTGTCATTGGT+TGG + Chr5:33472177-33472196 MsG0580026254.01.T01:CDS 45.0%
ACTCAAATGGGGTCTGTCAT+TGG + Chr5:33472173-33472192 MsG0580026254.01.T01:CDS 45.0%
AGAAGCTCAACAAGACTAGG+AGG - Chr5:33471950-33471969 None:intergenic 45.0%
CTGACCCATTTAACACATCC+AGG - Chr5:33472327-33472346 None:intergenic 45.0%
GAAGAAGAAGAAGATGGAGG+AGG + Chr5:33471520-33471539 MsG0580026254.01.T01:CDS 45.0%
GGTAGAAGCTCAACAAGACT+AGG - Chr5:33471953-33471972 None:intergenic 45.0%
CAACATGTGGATGTTGCGGA+TGG + Chr5:33472046-33472065 MsG0580026254.01.T01:CDS 50.0%
CAGTCAGAAATAGCCTCAGG+TGG - Chr5:33471974-33471993 None:intergenic 50.0%
TCTCTTGCGTTCGCAAGTCA+TGG + Chr5:33471621-33471640 MsG0580026254.01.T01:CDS 50.0%
TGGCAGTCAGAAATAGCCTC+AGG - Chr5:33471977-33471996 None:intergenic 50.0%
TGTTGAGCTTCTACCACCTG+AGG + Chr5:33471958-33471977 MsG0580026254.01.T01:CDS 50.0%
ATGTGGATGTTGCGGATGGC+GGG + Chr5:33472050-33472069 MsG0580026254.01.T01:CDS 55.0%
CATGTGGATGTTGCGGATGG+CGG + Chr5:33472049-33472068 MsG0580026254.01.T01:CDS 55.0%
GGGTCAGACTCGTCGATACT+GGG + Chr5:33472419-33472438 MsG0580026254.01.T01:CDS 55.0%
TGGGTCAGACTCGTCGATAC+TGG + Chr5:33472418-33472437 MsG0580026254.01.T01:CDS 55.0%
!!! GGATGGCGGGGAGTCTTTTT+GGG + Chr5:33472063-33472082 MsG0580026254.01.T01:CDS 55.0%
TGTGGATGTTGCGGATGGCG+GGG + Chr5:33472051-33472070 MsG0580026254.01.T01:CDS 60.0%
!!! CGGATGGCGGGGAGTCTTTT+TGG + Chr5:33472062-33472081 MsG0580026254.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 33471500 33472453 33471500 ID=MsG0580026254.01;Name=MsG0580026254.01
Chr5 mRNA 33471500 33472453 33471500 ID=MsG0580026254.01.T01;Parent=MsG0580026254.01;Name=MsG0580026254.01.T01;_AED=0.15;_eAED=0.15;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|317
Chr5 exon 33471500 33472453 33471500 ID=MsG0580026254.01.T01:exon:25246;Parent=MsG0580026254.01.T01
Chr5 CDS 33471500 33472453 33471500 ID=MsG0580026254.01.T01:cds;Parent=MsG0580026254.01.T01
Gene Sequence

>MsG0580026254.01.T01

ATGGCTCCAACAACAAATGAGAAGAAGAAGAAGATGGAGGAGGTTAGTAATGGTAACTATGTTCATGATGACATTGTTATCTCTATTCTTTCTAAACTTCCTATTAAATCTATGAAGCGTTTCTCTTGCGTTCGCAAGTCATGGTCTCTTTTGCTTGAAAACCCTAGTTTCATCAATATGTTCGTTTCCGATGCCTGCATCATTCTAAACCAGTCTCCCTATTCTAATGGTTTCAAATTTTACTTTCTTTCTGATTACAAGTTTCAGAAGAAACTCAAAAAATTCAGTTGTCAACCTCCATTAATCAATCCACTGCTTGATTTTGATTTTATTCAGATTTTAGGCTCTGATTGTGCTGTTAATGACACTGTTTGTATCTATGGTGTTAAGAATCACGTTAGAAAGGCTATATTATGGAATCCTGCTACCAACAAAGTTAAGGTCATTCCTCCTAGTCTTGTTGAGCTTCTACCACCTGAGGCTATTTCTGACTGCCAGATTTATGGATTTGGTTATGATCATGCAAGAGATGACTATAAACTCATTCAACATGTGGATGTTGCGGATGGCGGGGAGTCTTTTTGGGAGATATATAGTCTAAAAACAGATTCATGGAGGAAACTAGATTTTGATATGCCAGCTCATCCTGAAATATATGCTCGTAGTGATGTGTACTCAAATGGGGTCTGTCATTGGTTGGAGATAGCACATGACAATGATAACTTTGATATAGTTGTCGTGTCATTTCACTTGAGCAATGAGATGTGCATTGTTACACCTTTTCCCTCGTTAGAAGACATGAATTTTACTTTTAACAATGTATACCTGGATGTGTTAAATGGGTCAGTTGCTTTGATGATAAATCATGATAGGTCTTTACACATATCAGTTTTGGGTGAACTCGGTGTCAAAGAATCATGGGTCAGACTCGTCGATACTGGGCCTTTGACTTGA
Protein sequence

>MsG0580026254.01.T01

MAPTTNEKKKKMEEVSNGNYVHDDIVISILSKLPIKSMKRFSCVRKSWSLLLENPSFINMFVSDACIILNQSPYSNGFKFYFLSDYKFQKKLKKFSCQPPLINPLLDFDFIQILGSDCAVNDTVCIYGVKNHVRKAILWNPATNKVKVIPPSLVELLPPEAISDCQIYGFGYDHARDDYKLIQHVDVADGGESFWEIYSLKTDSWRKLDFDMPAHPEIYARSDVYSNGVCHWLEIAHDNDNFDIVVVSFHLSNEMCIVTPFPSLEDMNFTFNNVYLDVLNGSVALMINHDRSLHISVLGELGVKESWVRLVDTGPLT*