AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180002513.01

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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ATAATAAAGTGCCACTGAAC+TGG 0.413718 1:-39569430 MsG0180002513.01.T04:CDS
TCGATTTGCATAATTTAAGA+TGG 0.422199 1:-39568926 MsG0180002513.01.T04:CDS
CCCTTCTTACATACTCCAAT+AGG 0.422460 1:+39568738 None:intergenic
TGAATGGGGTGTGCCATTGG+TGG 0.428066 1:-39569025 MsG0180002513.01.T04:CDS
GAATGGGGTGTGCCATTGGT+GGG 0.433324 1:-39569024 MsG0180002513.01.T04:CDS
ATAGTCTAAGGCGTAACTCT+TGG 0.443452 1:-39569109 MsG0180002513.01.T04:CDS
TTGATATGCGAAGGTGTTAT+CGG 0.446878 1:-39569073 MsG0180002513.01.T04:CDS
GACTATATATGTCCCAATAA+GGG 0.454193 1:+39569126 None:intergenic
ACTTGAATGGGGTGTGCCAT+TGG 0.455990 1:-39569028 MsG0180002513.01.T04:CDS
ATATTTATGTCCTTGGTGGC+AGG 0.470531 1:+39569293 None:intergenic
GATTATTTCAATGCAGCACC+CGG 0.472394 1:-39569149 MsG0180002513.01.T04:CDS
GGATACTCAACGTCGGATAA+GGG 0.473899 1:+39568759 None:intergenic
AACAATATTTATGTCCTTGG+TGG 0.477327 1:+39569289 None:intergenic
TGGACTAAGCTCTTTGATGT+TGG 0.505006 1:-39568783 MsG0180002513.01.T04:CDS
TTTATCATAAATTACTGCCT+GGG 0.511431 1:+39568626 None:intergenic
TCCTATTGGAGTATGTAAGA+AGG 0.516286 1:-39568739 MsG0180002513.01.T04:CDS
TATAGCTCCAAAGAATGAAA+AGG 0.518009 1:-39569705 MsG0180002513.01.T02:CDS
AGTTCGGTGTGAAGGAATCA+TGG 0.529208 1:-39568803 MsG0180002513.01.T04:CDS
ATTCACTATGTTGAGTACAT+TGG 0.530548 1:-39569173 MsG0180002513.01.T04:CDS
CTTGTCTTGATTTAACTACT+GGG 0.531226 1:-39568680 MsG0180002513.01.T04:CDS
TGATATATGGTAAGAAGTAC+CGG 0.531841 1:+39568842 None:intergenic
TTTGGGTGAGTTCGGTGTGA+AGG 0.538541 1:-39568811 MsG0180002513.01.T04:CDS
ATCATTCAACTATTGTATTG+TGG 0.538822 1:-39569319 MsG0180002513.01.T04:CDS
ACAATACAATAGTTGAATGA+TGG 0.539296 1:+39569321 None:intergenic
TCTTAAATTATGCAAATCGA+AGG 0.540053 1:+39568929 None:intergenic
ATATATGTCCCAATAAGGGC+CGG 0.542312 1:+39569130 None:intergenic
AAGATGGATAGATAGACGCT+TGG 0.547762 1:-39568910 MsG0180002513.01.T04:CDS
ATCTCTCAAAATGGTTTAGG+AGG 0.547962 1:+39569498 None:intergenic
AACAAATAGTGAATCATATG+TGG 0.551986 1:-39568997 MsG0180002513.01.T04:CDS
CCTATTGGAGTATGTAAGAA+GGG 0.561016 1:-39568738 MsG0180002513.01.T04:CDS
AACTTCATGTTGATATGCGA+AGG 0.566287 1:-39569082 MsG0180002513.01.T04:CDS
CAAATCGAAGGGTAAGAAAG+TGG 0.569536 1:+39568941 None:intergenic
AAAATACTTGGCCAGTTCAG+TGG 0.574214 1:+39569419 None:intergenic
AACCGATTTACAGATTTCAA+AGG 0.575833 1:+39569632 None:intergenic
TTGAGAGATCCGATGGTGAG+TGG 0.580154 1:-39569484 MsG0180002513.01.T04:CDS
TAGCATAACCTAAAATATCA+CGG 0.602554 1:+39569366 None:intergenic
TATATGTCCCAATAAGGGCC+GGG 0.604317 1:+39569131 None:intergenic
TTACTTGTGTATGCAAATCG+TGG 0.610316 1:-39569610 MsG0180002513.01.T02:CDS
TGGTGTTAACGAAGGTACCC+AGG 0.616436 1:-39568643 MsG0180002513.01.T04:CDS
ATTGTGGAATCCTGCCACCA+AGG 0.619151 1:-39569303 MsG0180002513.01.T04:CDS
ATATCAAGCTATGCAACGAC+CGG 0.621924 1:-39568861 MsG0180002513.01.T04:CDS
CTTAAATTATGCAAATCGAA+GGG 0.623750 1:+39568930 None:intergenic
ATACAACTTCCACTCACCAT+CGG 0.635587 1:+39569475 None:intergenic
AGGTGTTATCGGAGGTCGAG+AGG 0.636248 1:-39569062 MsG0180002513.01.T04:CDS
ATATGCGAAGGTGTTATCGG+AGG 0.699910 1:-39569070 MsG0180002513.01.T04:CDS
TCCAATAGGATACTCAACGT+CGG 0.709696 1:+39568752 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AAAACTGATTTTATTATTCA+TGG - Chr1:39569130-39569149 MsG0180002513.01.T04:CDS 15.0%
!!! CATATATCAATATCAATTTT+GGG - Chr1:39569535-39569554 MsG0180002513.01.T04:CDS 15.0%
!! CCAAAATTGATATTGATATA+TGG + Chr1:39569537-39569556 None:intergenic 20.0%
!!! AAAAGTAATAGTTGTAGTTT+TGG + Chr1:39568973-39568992 None:intergenic 20.0%
!!! CCATATATCAATATCAATTT+TGG - Chr1:39569534-39569553 MsG0180002513.01.T04:CDS 20.0%
!!! GAACATGTTTTACAAAAATA+TGG - Chr1:39568805-39568824 MsG0180002513.01.T04:CDS 20.0%
!!! GATTTTATTATTCATGGATT+TGG - Chr1:39569136-39569155 MsG0180002513.01.T04:CDS 20.0%
!!! TAGTTTTGGTTAAAAATACT+TGG + Chr1:39568959-39568978 None:intergenic 20.0%
! AACAAATAGTGAATCATATG+TGG - Chr1:39569366-39569385 MsG0180002513.01.T04:CDS 25.0%
! ACAATACAATAGTTGAATGA+TGG + Chr1:39569045-39569064 None:intergenic 25.0%
! ACTGGGATAATTGAAAAAAT+TGG - Chr1:39569700-39569719 MsG0180002513.01.T02:CDS 25.0%
! ATCATTCAACTATTGTATTG+TGG - Chr1:39569044-39569063 MsG0180002513.01.T04:CDS 25.0%
! CTTAAATTATGCAAATCGAA+GGG + Chr1:39569436-39569455 None:intergenic 25.0%
! TAGCATAACCTAAAATATCA+CGG + Chr1:39569000-39569019 None:intergenic 25.0%
! TCTTAAATTATGCAAATCGA+AGG + Chr1:39569437-39569456 None:intergenic 25.0%
! TTTATCATAAATTACTGCCT+GGG + Chr1:39569740-39569759 None:intergenic 25.0%
!! ATACTAACCTTTTCATTCTT+TGG + Chr1:39568668-39568687 None:intergenic 25.0%
!! TCGATTTGCATAATTTAAGA+TGG - Chr1:39569437-39569456 MsG0180002513.01.T04:CDS 25.0%
!! TTTTATCATAAATTACTGCC+TGG + Chr1:39569741-39569760 None:intergenic 25.0%
!!! ATTTTAGGTTATGCTATTGA+TGG - Chr1:39569004-39569023 MsG0180002513.01.T04:CDS 25.0%
!!! GATAAAAGCTTTTTTCTGAT+AGG - Chr1:39569754-39569773 MsG0180002513.01.T02:CDS 25.0%
!!! TACCTTTGAAATCTGTAAAT+CGG - Chr1:39568729-39568748 MsG0180002513.01.T04:CDS 25.0%
!!! TTAAATCTTGACTTGTTCTT+AGG + Chr1:39569100-39569119 None:intergenic 25.0%
AACAATATTTATGTCCTTGG+TGG + Chr1:39569077-39569096 None:intergenic 30.0%
AGACTATATATGTCCCAATA+AGG + Chr1:39569241-39569260 None:intergenic 30.0%
AGGAACAATATTTATGTCCT+TGG + Chr1:39569080-39569099 None:intergenic 30.0%
ATTCACTATGTTGAGTACAT+TGG - Chr1:39569190-39569209 MsG0180002513.01.T04:CDS 30.0%
ATTGGGACATATATAGTCTA+AGG - Chr1:39569242-39569261 MsG0180002513.01.T04:CDS 30.0%
CGAAAAAACTTCAGAATAGT+TGG + Chr1:39568602-39568621 None:intergenic 30.0%
CTTGTCTTGATTTAACTACT+GGG - Chr1:39569683-39569702 MsG0180002513.01.T02:CDS 30.0%
GACTATATATGTCCCAATAA+GGG + Chr1:39569240-39569259 None:intergenic 30.0%
TATAGCTCCAAAGAATGAAA+AGG - Chr1:39568658-39568677 MsG0180002513.01.T04:CDS 30.0%
TCTTGTCTTGATTTAACTAC+TGG - Chr1:39569682-39569701 MsG0180002513.01.T02:CDS 30.0%
! AACCGATTTACAGATTTCAA+AGG + Chr1:39568734-39568753 None:intergenic 30.0%
! TGATATATGGTAAGAAGTAC+CGG + Chr1:39569524-39569543 None:intergenic 30.0%
! TTTTGTCTCCGTGATATTTT+AGG - Chr1:39568989-39569008 MsG0180002513.01.T04:CDS 30.0%
!! ATATCAATTTTGGGTGAGTT+CGG - Chr1:39569544-39569563 MsG0180002513.01.T02:CDS 30.0%
!! GAAAAAATTGGTGTTAACGA+AGG - Chr1:39569712-39569731 MsG0180002513.01.T02:CDS 30.0%
!!! AAAAGCTTTTTTCTGATAGG+TGG - Chr1:39569757-39569776 MsG0180002513.01.T02:CDS 30.0%
!!! CAAAGGTAGTTTTGACAAAA+TGG + Chr1:39568717-39568736 None:intergenic 30.0%
!!! GTGTTTTGGTTTACTTGAAT+GGG - Chr1:39569323-39569342 MsG0180002513.01.T04:CDS 30.0%
!!! TGTTTTGGTTTACTTGAATG+GGG - Chr1:39569324-39569343 MsG0180002513.01.T04:CDS 30.0%
AACTTCATGTTGATATGCGA+AGG - Chr1:39569281-39569300 MsG0180002513.01.T04:CDS 35.0%
AAGGGTAAGAAAGTGGTAAT+AGG + Chr1:39569418-39569437 None:intergenic 35.0%
AGACGCTTGGATCTATTAAA+TGG - Chr1:39569466-39569485 MsG0180002513.01.T04:CDS 35.0%
ATCTCTCAAAATGGTTTAGG+AGG + Chr1:39568868-39568887 None:intergenic 35.0%
CCTATTGGAGTATGTAAGAA+GGG - Chr1:39569625-39569644 MsG0180002513.01.T02:CDS 35.0%
TCCTATTGGAGTATGTAAGA+AGG - Chr1:39569624-39569643 MsG0180002513.01.T02:CDS 35.0%
TGGAAGTTGTATTCACTTTC+TGG - Chr1:39568899-39568918 MsG0180002513.01.T04:CDS 35.0%
TTACTTGTGTATGCAAATCG+TGG - Chr1:39568753-39568772 MsG0180002513.01.T04:CDS 35.0%
! ATAATAAAGTGCCACTGAAC+TGG - Chr1:39568933-39568952 MsG0180002513.01.T04:CDS 35.0%
!! TTGATATGCGAAGGTGTTAT+CGG - Chr1:39569290-39569309 MsG0180002513.01.T04:CDS 35.0%
!!! GGTGTTTTGGTTTACTTGAA+TGG - Chr1:39569322-39569341 MsG0180002513.01.T04:CDS 35.0%
AAAATACTTGGCCAGTTCAG+TGG + Chr1:39568947-39568966 None:intergenic 40.0%
AAGATGGATAGATAGACGCT+TGG - Chr1:39569453-39569472 MsG0180002513.01.T04:CDS 40.0%
ATACAACTTCCACTCACCAT+CGG + Chr1:39568891-39568910 None:intergenic 40.0%
ATATATGTCCCAATAAGGGC+CGG + Chr1:39569236-39569255 None:intergenic 40.0%
ATATCAAGCTATGCAACGAC+CGG - Chr1:39569502-39569521 MsG0180002513.01.T04:CDS 40.0%
CAAATCGAAGGGTAAGAAAG+TGG + Chr1:39569425-39569444 None:intergenic 40.0%
CCCTTCTTACATACTCCAAT+AGG + Chr1:39569628-39569647 None:intergenic 40.0%
CGGATCTCTCAAAATGGTTT+AGG + Chr1:39568871-39568890 None:intergenic 40.0%
GATTATTTCAATGCAGCACC+CGG - Chr1:39569214-39569233 MsG0180002513.01.T04:CDS 40.0%
TCCAATAGGATACTCAACGT+CGG + Chr1:39569614-39569633 None:intergenic 40.0%
TGGACTAAGCTCTTTGATGT+TGG - Chr1:39569580-39569599 MsG0180002513.01.T02:CDS 40.0%
! ATAGTCTAAGGCGTAACTCT+TGG - Chr1:39569254-39569273 MsG0180002513.01.T04:CDS 40.0%
! ATATTTATGTCCTTGGTGGC+AGG + Chr1:39569073-39569092 None:intergenic 40.0%
!! AACCATTTTGAGAGATCCGA+TGG - Chr1:39568872-39568891 MsG0180002513.01.T04:CDS 40.0%
AGGATACTCAACGTCGGATA+AGG + Chr1:39569608-39569627 None:intergenic 45.0%
ATGGAGAACGTGATGTCATC+TGG + Chr1:39568698-39568717 None:intergenic 45.0%
CACCATCGGATCTCTCAAAA+TGG + Chr1:39568877-39568896 None:intergenic 45.0%
GGATACTCAACGTCGGATAA+GGG + Chr1:39569607-39569626 None:intergenic 45.0%
TATATGTCCCAATAAGGGCC+GGG + Chr1:39569235-39569254 None:intergenic 45.0%
TCCGACGTTGAGTATCCTAT+TGG - Chr1:39569610-39569629 MsG0180002513.01.T02:CDS 45.0%
!! AGTTCGGTGTGAAGGAATCA+TGG - Chr1:39569560-39569579 MsG0180002513.01.T02:CDS 45.0%
!! ATATGCGAAGGTGTTATCGG+AGG - Chr1:39569293-39569312 MsG0180002513.01.T04:CDS 45.0%
ACTTGAATGGGGTGTGCCAT+TGG - Chr1:39569335-39569354 MsG0180002513.01.T04:CDS 50.0%
ATTGTGGAATCCTGCCACCA+AGG - Chr1:39569060-39569079 MsG0180002513.01.T04:CDS 50.0%
TTGAGAGATCCGATGGTGAG+TGG - Chr1:39568879-39568898 MsG0180002513.01.T04:CDS 50.0%
! TATTTGTTGCCCCCCACCAA+TGG + Chr1:39569354-39569373 None:intergenic 50.0%
!! TGGTGTTAACGAAGGTACCC+AGG - Chr1:39569720-39569739 MsG0180002513.01.T02:CDS 50.0%
!! TTTGGGTGAGTTCGGTGTGA+AGG - Chr1:39569552-39569571 MsG0180002513.01.T02:CDS 50.0%
! AATGGGGTGTGCCATTGGTG+GGG - Chr1:39569340-39569359 MsG0180002513.01.T04:CDS 55.0%
! AGGTGTTATCGGAGGTCGAG+AGG - Chr1:39569301-39569320 MsG0180002513.01.T04:CDS 55.0%
! GAATGGGGTGTGCCATTGGT+GGG - Chr1:39569339-39569358 MsG0180002513.01.T04:CDS 55.0%
! TGAATGGGGTGTGCCATTGG+TGG - Chr1:39569338-39569357 MsG0180002513.01.T04:CDS 55.0%
!!! TCGGAGGTCGAGAGGTGTTT+TGG - Chr1:39569309-39569328 MsG0180002513.01.T04:CDS 55.0%
ATGCAGCACCCGGCCCTTAT+TGG - Chr1:39569224-39569243 MsG0180002513.01.T04:CDS 60.0%
TGCAGCACCCGGCCCTTATT+GGG - Chr1:39569225-39569244 MsG0180002513.01.T04:CDS 60.0%
! ATGGGGTGTGCCATTGGTGG+GGG - Chr1:39569341-39569360 MsG0180002513.01.T04:CDS 60.0%
! TGGGGTGTGCCATTGGTGGG+GGG - Chr1:39569342-39569361 MsG0180002513.01.T04:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 39568593 39569792 39568593 ID=MsG0180002513.01;Name=MsG0180002513.01
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Chr1 exon 39568593 39568929 39568593 ID=MsG0180002513.01.T01:exon:7388;Parent=MsG0180002513.01.T01
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Chr1 mRNA 39568593 39569792 39568593 ID=MsG0180002513.01.T02;Parent=MsG0180002513.01;Name=MsG0180002513.01.T02;_AED=0.01;_eAED=0.01;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|399
Chr1 exon 39568593 39569792 39568593 ID=MsG0180002513.01.T02:exon:7389;Parent=MsG0180002513.01.T02
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