AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580030089.01

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Find 72 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 98 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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ATTCTTTGTATTAAAGATGT+TGG 0.386544 5:+106500629 MsG0580030089.01.T01:CDS
ACCAAGGTCCTCAATTCTTT+GGG 0.389590 5:-106501407 None:intergenic
TTCTTTGTATTAAAGATGTT+GGG 0.398895 5:+106500630 MsG0580030089.01.T01:CDS
TCCTAAATCATATTCCACTA+TGG 0.407656 5:+106500465 MsG0580030089.01.T01:intron
GAAGGATCATTCTTATTATG+AGG 0.426702 5:+106500430 MsG0580030089.01.T01:intron
CCGAGTTGAAGATGACTATA+AGG 0.432918 5:+106500808 MsG0580030089.01.T01:CDS
ATTCCACTATGGTGGCATTA+CGG 0.436791 5:+106500476 MsG0580030089.01.T01:intron
TTTAAGTACCCAAAGAATTG+AGG 0.453031 5:+106501399 MsG0580030089.01.T01:CDS
CCCTTCTTACCAACTCCAAT+AGG 0.453367 5:-106501331 None:intergenic
AACTAGGGAGAGTAGTGTTG+TGG 0.467969 5:+106500684 MsG0580030089.01.T01:CDS
AACATAGACCTCCATGTTTG+AGG 0.468949 5:-106501107 None:intergenic
TGTTAAATGGATCAATTGCT+TGG 0.476852 5:+106501194 MsG0580030089.01.T01:CDS
ATGGATCAAACTCTTTATTG+TGG 0.486829 5:+106501285 MsG0580030089.01.T01:CDS
TGGATCAAACTCTTTATTGT+GGG 0.487110 5:+106501286 MsG0580030089.01.T01:CDS
TAAGGAGATTCAAAAGCAAA+AGG 0.489020 5:-106500746 None:intergenic
CCAATAGGACGATGAATGTC+GGG 0.502460 5:-106501316 None:intergenic
ATTAGTCGTACCAACTGAAA+AGG 0.503098 5:+106500256 MsG0580030089.01.T01:CDS
GTTAAATGGATCAATTGCTT+GGG 0.503588 5:+106501195 MsG0580030089.01.T01:CDS
GCTGTTCAAGTGTACATAGA+TGG 0.504302 5:+106500989 MsG0580030089.01.T01:CDS
TCCTATTGGAGTTGGTAAGA+AGG 0.512091 5:+106501330 MsG0580030089.01.T01:CDS
ACATAGATGGAGTGTGTCAC+TGG 0.512494 5:+106501002 MsG0580030089.01.T01:CDS
TAAATGTCTAAATATGTCTC+CGG 0.513034 5:-106501167 None:intergenic
ATTCATTGTATTGAAGAACT+AGG 0.518184 5:+106500668 MsG0580030089.01.T01:CDS
ACATAGACCTCCATGTTTGA+GGG 0.520704 5:-106501106 None:intergenic
CAACCGTAATGCCACCATAG+TGG 0.524388 5:-106500479 None:intergenic
TTCATTGTATTGAAGAACTA+GGG 0.528843 5:+106500669 MsG0580030089.01.T01:CDS
ATTCATCGTCCTATTGGAGT+TGG 0.536889 5:+106501322 MsG0580030089.01.T01:CDS
CTTGGTATTAAAGGTGGACA+TGG 0.540472 5:+106501424 MsG0580030089.01.T01:CDS
TCAAAAGCAAAAGGACTGGT+AGG 0.549223 5:-106500737 None:intergenic
CCTATTGGAGTTGGTAAGAA+GGG 0.557589 5:+106501331 MsG0580030089.01.T01:CDS
GGACGATGAATGTCGGGCAA+CGG 0.561506 5:-106501310 None:intergenic
TCCAATAGGACGATGAATGT+CGG 0.562108 5:-106501317 None:intergenic
AAGTTGGGATTAAAGAGTCA+TGG 0.562629 5:+106501266 MsG0580030089.01.T01:CDS
TACTTAAATTAAACAAAACT+AGG 0.566132 5:-106501384 None:intergenic
AACATTCATACCCTCAAACA+TGG 0.592028 5:+106501096 MsG0580030089.01.T01:CDS
CCTTATAGTCATCTTCAACT+CGG 0.597843 5:-106500808 None:intergenic
GAGGACCTTGGTATTAAAGG+TGG 0.598515 5:+106501418 MsG0580030089.01.T01:CDS
ACCCAAAGAATTGAGGACCT+TGG 0.598758 5:+106501406 MsG0580030089.01.T01:CDS
AATCGAAACAAAGATTTGAG+AGG 0.607260 5:-106500329 None:intergenic
AGATTCAAAAGCAAAAGGAC+TGG 0.609253 5:-106500741 None:intergenic
TAAATCATATTCCACTATGG+TGG 0.614138 5:+106500468 MsG0580030089.01.T01:intron
TCCAAAATATGATAGTTTGG+TGG 0.638742 5:+106500967 MsG0580030089.01.T01:CDS
GTTGTGGAATCCATCTACAA+AGG 0.649077 5:+106500700 MsG0580030089.01.T01:CDS
ATAGTGGAATATGATTTAGG+AGG 0.653403 5:-106500463 None:intergenic
TTTGTTGTGTGGGTAAATCG+TGG 0.668738 5:+106500351 MsG0580030089.01.T01:CDS
CATGTCCACCTTTAATACCA+AGG 0.678591 5:-106501423 None:intergenic
GATGGAGTGTGTCACTGGCG+AGG 0.707246 5:+106501007 MsG0580030089.01.T01:CDS
CCGAGAAGAGAATACAACAC+AGG 0.708880 5:-106500512 None:intergenic
AATCCATGAATACGAATACG+TGG 0.719472 5:-106500776 None:intergenic
ATTCATACCCTCAAACATGG+AGG 0.736459 5:+106501099 MsG0580030089.01.T01:intron
GATGTTGGGAGAGAAGCTAG+CGG 0.768923 5:+106500644 MsG0580030089.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TACTTAAATTAAACAAAACT+AGG - Chr5:106501387-106501406 None:intergenic 15.0%
!! AGAATAAGGTAAAATTAGAT+TGG + Chr5:106500546-106500565 MsG0580030089.01.T01:CDS 20.0%
!! AGACATTTATTTGTGTTAAA+TGG + Chr5:106501181-106501200 MsG0580030089.01.T01:CDS 20.0%
!! ATTCTTTGTATTAAAGATGT+TGG + Chr5:106500629-106500648 MsG0580030089.01.T01:CDS 20.0%
!! GTAACAAATTCATGAAATAA+GGG - Chr5:106500394-106500413 None:intergenic 20.0%
!! TTCTTTGTATTAAAGATGTT+GGG + Chr5:106500630-106500649 MsG0580030089.01.T01:CDS 20.0%
! AAATCACATTGCTTATCATA+TGG - Chr5:106500578-106500597 None:intergenic 25.0%
! AACAATATTATCCATGTTTG+AGG - Chr5:106501146-106501165 None:intergenic 25.0%
! AACATGGATAATATTGTTTC+CGG + Chr5:106501148-106501167 MsG0580030089.01.T01:intron 25.0%
! ACAATATTATCCATGTTTGA+GGG - Chr5:106501145-106501164 None:intergenic 25.0%
! ATTCATTGTATTGAAGAACT+AGG + Chr5:106500668-106500687 MsG0580030089.01.T01:CDS 25.0%
! CGTAACAAATTCATGAAATA+AGG - Chr5:106500395-106500414 None:intergenic 25.0%
! TAAATGTCTAAATATGTCTC+CGG - Chr5:106501170-106501189 None:intergenic 25.0%
! TTCATTGTATTGAAGAACTA+GGG + Chr5:106500669-106500688 MsG0580030089.01.T01:CDS 25.0%
!! AACACGTGATAATGTTTATT+TGG + Chr5:106501039-106501058 MsG0580030089.01.T01:CDS 25.0%
!! ACGAAATAATTTTCTATCGA+AGG + Chr5:106500412-106500431 MsG0580030089.01.T01:intron 25.0%
!!! AAGTTTTGATAGAATGACTA+AGG - Chr5:106500309-106500328 None:intergenic 25.0%
!!! ACTTTTCATATATCGGTTTT+GGG + Chr5:106501241-106501260 MsG0580030089.01.T01:CDS 25.0%
!!! GATGACTACTTTTCATATAT+CGG + Chr5:106501234-106501253 MsG0580030089.01.T01:CDS 25.0%
!!! TACTTTTCATATATCGGTTT+TGG + Chr5:106501240-106501259 MsG0580030089.01.T01:CDS 25.0%
AATCGAAACAAAGATTTGAG+AGG - Chr5:106500332-106500351 None:intergenic 30.0%
ACTTTGAATTCCTTTGTAGA+TGG - Chr5:106500713-106500732 None:intergenic 30.0%
AGAAAAAAGATGTCGAAAGA+TGG + Chr5:106500872-106500891 MsG0580030089.01.T01:intron 30.0%
ATCGTCTAAAAAGTAACTCT+TGG + Chr5:106500921-106500940 MsG0580030089.01.T01:intron 30.0%
ATGGATCAAACTCTTTATTG+TGG + Chr5:106501285-106501304 MsG0580030089.01.T01:CDS 30.0%
GAAGGATCATTCTTATTATG+AGG + Chr5:106500430-106500449 MsG0580030089.01.T01:intron 30.0%
GTTAAATGGATCAATTGCTT+GGG + Chr5:106501195-106501214 MsG0580030089.01.T01:CDS 30.0%
TAAATCATATTCCACTATGG+TGG + Chr5:106500468-106500487 MsG0580030089.01.T01:intron 30.0%
TAAGGAGATTCAAAAGCAAA+AGG - Chr5:106500749-106500768 None:intergenic 30.0%
TCCAAAATATGATAGTTTGG+TGG + Chr5:106500967-106500986 MsG0580030089.01.T01:CDS 30.0%
TCCTAAATCATATTCCACTA+TGG + Chr5:106500465-106500484 MsG0580030089.01.T01:intron 30.0%
TGGATCAAACTCTTTATTGT+GGG + Chr5:106501286-106501305 MsG0580030089.01.T01:CDS 30.0%
TGTTAAATGGATCAATTGCT+TGG + Chr5:106501194-106501213 MsG0580030089.01.T01:CDS 30.0%
TTTAAGTACCCAAAGAATTG+AGG + Chr5:106501399-106501418 MsG0580030089.01.T01:CDS 30.0%
! ACCATAGTGGAATATGATTT+AGG - Chr5:106500469-106500488 None:intergenic 30.0%
! ATAGTGGAATATGATTTAGG+AGG - Chr5:106500466-106500485 None:intergenic 30.0%
! TGCTTTTGAATCTCCTTATT+GGG + Chr5:106500751-106500770 MsG0580030089.01.T01:CDS 30.0%
!! ACCAAACTATCATATTTTGG+AGG - Chr5:106500968-106500987 None:intergenic 30.0%
!! TTGCTTTTGAATCTCCTTAT+TGG + Chr5:106500750-106500769 MsG0580030089.01.T01:CDS 30.0%
!! TTGTTTCGATTTTGTTGTGT+GGG + Chr5:106500341-106500360 MsG0580030089.01.T01:CDS 30.0%
!! TTTGTTTCGATTTTGTTGTG+TGG + Chr5:106500340-106500359 MsG0580030089.01.T01:CDS 30.0%
!!! CGACATCTTTTTTCTATCTT+CGG - Chr5:106500867-106500886 None:intergenic 30.0%
!!! GACATCTTTTTTCTATCTTC+GGG - Chr5:106500866-106500885 None:intergenic 30.0%
AACATCTATACCCTCAAACA+TGG + Chr5:106501132-106501151 MsG0580030089.01.T01:intron 35.0%
AACATTCATACCCTCAAACA+TGG + Chr5:106501096-106501115 MsG0580030089.01.T01:CDS 35.0%
AAGTTGGGATTAAAGAGTCA+TGG + Chr5:106501266-106501285 MsG0580030089.01.T01:CDS 35.0%
AATCCATGAATACGAATACG+TGG - Chr5:106500779-106500798 None:intergenic 35.0%
AGATTCAAAAGCAAAAGGAC+TGG - Chr5:106500744-106500763 None:intergenic 35.0%
ATTAGTCGTACCAACTGAAA+AGG + Chr5:106500256-106500275 MsG0580030089.01.T01:CDS 35.0%
ATTGAGGACCTTGGTATTAA+AGG + Chr5:106501415-106501434 MsG0580030089.01.T01:CDS 35.0%
CATTGTACTGCTAGTGTTAA+TGG + Chr5:106500605-106500624 MsG0580030089.01.T01:CDS 35.0%
CCTTATAGTCATCTTCAACT+CGG - Chr5:106500811-106500830 None:intergenic 35.0%
CGTATTCGTATTCATGGATT+TGG + Chr5:106500779-106500798 MsG0580030089.01.T01:CDS 35.0%
GCCTCCAAAATATGATAGTT+TGG + Chr5:106500964-106500983 MsG0580030089.01.T01:intron 35.0%
! AGAAGGGAGATATGTTTTTC+AGG + Chr5:106501347-106501366 MsG0580030089.01.T01:CDS 35.0%
! GCCACCAAACTATCATATTT+TGG - Chr5:106500971-106500990 None:intergenic 35.0%
! TGATCGTTAACCTTTTCAGT+TGG - Chr5:106500269-106500288 None:intergenic 35.0%
AACATAGACCTCCATGTTTG+AGG - Chr5:106501110-106501129 None:intergenic 40.0%
ACATAGACCTCCATGTTTGA+GGG - Chr5:106501109-106501128 None:intergenic 40.0%
ACCAAGGTCCTCAATTCTTT+GGG - Chr5:106501410-106501429 None:intergenic 40.0%
AGACGATATATCTCCCACAA+GGG - Chr5:106500908-106500927 None:intergenic 40.0%
ATTCATACCCTCAAACATGG+AGG + Chr5:106501099-106501118 MsG0580030089.01.T01:intron 40.0%
ATTCATCGTCCTATTGGAGT+TGG + Chr5:106501322-106501341 MsG0580030089.01.T01:CDS 40.0%
ATTCCACTATGGTGGCATTA+CGG + Chr5:106500476-106500495 MsG0580030089.01.T01:intron 40.0%
CATGTCCACCTTTAATACCA+AGG - Chr5:106501426-106501445 None:intergenic 40.0%
CCTGTGTTGTATTCTCTTCT+CGG + Chr5:106500512-106500531 MsG0580030089.01.T01:CDS 40.0%
CTTGGTATTAAAGGTGGACA+TGG + Chr5:106501424-106501443 MsG0580030089.01.T01:CDS 40.0%
GAACCACGTATTCGTATTCA+TGG + Chr5:106500773-106500792 MsG0580030089.01.T01:CDS 40.0%
GCTGTTCAAGTGTACATAGA+TGG + Chr5:106500989-106501008 MsG0580030089.01.T01:CDS 40.0%
GTTGTGGAATCCATCTACAA+AGG + Chr5:106500700-106500719 MsG0580030089.01.T01:CDS 40.0%
TACCAAGGTCCTCAATTCTT+TGG - Chr5:106501411-106501430 None:intergenic 40.0%
TAGACGATATATCTCCCACA+AGG - Chr5:106500909-106500928 None:intergenic 40.0%
TCCAATAGGACGATGAATGT+CGG - Chr5:106501320-106501339 None:intergenic 40.0%
TTTCTATCTTCGGGAGTTCT+AGG - Chr5:106500857-106500876 None:intergenic 40.0%
! CCGAGTTGAAGATGACTATA+AGG + Chr5:106500808-106500827 MsG0580030089.01.T01:CDS 40.0%
! TCAAAAGCAAAAGGACTGGT+AGG - Chr5:106500740-106500759 None:intergenic 40.0%
! TTTGTTGTGTGGGTAAATCG+TGG + Chr5:106500351-106500370 MsG0580030089.01.T01:CDS 40.0%
!! CCTATTGGAGTTGGTAAGAA+GGG + Chr5:106501331-106501350 MsG0580030089.01.T01:CDS 40.0%
!! TCCTATTGGAGTTGGTAAGA+AGG + Chr5:106501330-106501349 MsG0580030089.01.T01:CDS 40.0%
!!! ATATCGGTTTTGGGTGAAGT+TGG + Chr5:106501250-106501269 MsG0580030089.01.T01:CDS 40.0%
!!! TATCGGTTTTGGGTGAAGTT+GGG + Chr5:106501251-106501270 MsG0580030089.01.T01:CDS 40.0%
AACTAGGGAGAGTAGTGTTG+TGG + Chr5:106500684-106500703 MsG0580030089.01.T01:CDS 45.0%
ACATAGATGGAGTGTGTCAC+TGG + Chr5:106501002-106501021 MsG0580030089.01.T01:CDS 45.0%
ACCCAAAGAATTGAGGACCT+TGG + Chr5:106501406-106501425 MsG0580030089.01.T01:CDS 45.0%
ATATCTCCCACAAGGGTCAA+CGG - Chr5:106500901-106500920 None:intergenic 45.0%
CCAATAGGACGATGAATGTC+GGG - Chr5:106501319-106501338 None:intergenic 45.0%
CCCTTCTTACCAACTCCAAT+AGG - Chr5:106501334-106501353 None:intergenic 45.0%
CCGAGAAGAGAATACAACAC+AGG - Chr5:106500515-106500534 None:intergenic 45.0%
CGAATACGTGGTTCCCAATA+AGG - Chr5:106500767-106500786 None:intergenic 45.0%
GAGGACCTTGGTATTAAAGG+TGG + Chr5:106501418-106501437 MsG0580030089.01.T01:CDS 45.0%
CAACCGTAATGCCACCATAG+TGG - Chr5:106500482-106500501 None:intergenic 50.0%
CCCGACATTCATCGTCCTAT+TGG + Chr5:106501316-106501335 MsG0580030089.01.T01:CDS 50.0%
CGGCGAGAGATTCGAGAATA+AGG + Chr5:106500532-106500551 MsG0580030089.01.T01:CDS 50.0%
GATGTTGGGAGAGAAGCTAG+CGG + Chr5:106500644-106500663 MsG0580030089.01.T01:CDS 50.0%
ATGGACACCGTTGACCCTTG+TGG + Chr5:106500891-106500910 MsG0580030089.01.T01:intron 55.0%
GGACGATGAATGTCGGGCAA+CGG - Chr5:106501313-106501332 None:intergenic 55.0%
TGGACACCGTTGACCCTTGT+GGG + Chr5:106500892-106500911 MsG0580030089.01.T01:intron 55.0%
! GATGGAGTGTGTCACTGGCG+AGG + Chr5:106501007-106501026 MsG0580030089.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
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