AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580030220.01

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MsG0580030220.01.T09 MTR_5g097350 40.404 99 47 2 30 119 25 120 1.48e-12 63.9
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MsG0580030220.01.T09 MTR_5g094350 73.684 38 10 0 24 61 16 53 3.94e-11 59.3
MsG0580030220.01.T09 MTR_5g096910 40.594 101 49 3 20 116 16 109 6.79e-11 58.9
MsG0580030220.01.T09 MTR_5g086780 55.385 65 19 2 14 78 11 65 9.10e-11 57.8
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score

Find 66 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 79 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CTTAAATCTTTGAAACGTTT+TGG 0.229857 5:+108453056 MsG0580030220.01.T09:CDS
ATCCAGTGAAAGTAAGTTAA+AGG 0.238275 5:+108452974 MsG0580030220.01.T09:CDS
ATTGATGAGAATGGTGTTAA+AGG 0.258157 5:+108453928 MsG0580030220.01.T01:CDS
ATAAAGATGATGAACTAGTT+TGG 0.282097 5:+108453884 MsG0580030220.01.T01:CDS
GGTTGATCATAAAATATAAA+AGG 0.331344 5:-108453511 None:intergenic
AAATCTGTTCACGCTCTTCT+AGG 0.345500 5:-108453202 None:intergenic
TAAAGATGATGAACTAGTTT+GGG 0.351726 5:+108453885 MsG0580030220.01.T01:CDS
AGCCTTTAACTTACTTTCAC+TGG 0.367163 5:-108452976 None:intergenic
AACGATTGTTAGATGAGAAA+TGG 0.370574 5:-108453142 None:intergenic
GGATCAAACTCTTTATTGTT+GGG 0.375824 5:+108453800 MsG0580030220.01.T01:CDS
TGGATCAAACTCTTTATTGT+TGG 0.395364 5:+108453799 MsG0580030220.01.T01:CDS
TCGATCTATTTGCTTGAGAA+TGG 0.406347 5:+108453251 MsG0580030220.01.T09:CDS
TAATTATTAATTCCTCCAAT+TGG 0.409364 5:-108453991 None:intergenic
TAGATCTTATGACCCCTTGT+TGG 0.431832 5:+108453438 MsG0580030220.01.T01:intron
AAGGAAAGCGTACTTCCAAT+TGG 0.436670 5:+108453976 MsG0580030220.01.T01:CDS
AACACCACCATCGTTGGAAC+GGG 0.437054 5:-108453165 None:intergenic
CCAGTGTCATCCTCTTGAAA+TGG 0.441978 5:-108453296 None:intergenic
AAACGTTTCAAAGATTTAAG+TGG 0.444882 5:-108453053 None:intergenic
TTCAATGTCCTGTTGGAGTT+GGG 0.449488 5:+108453836 MsG0580030220.01.T01:CDS
CCAACAGGACATTGAACAAA+AGG 0.453657 5:-108453829 None:intergenic
CAGTTCTTCCCAACTCCAAC+AGG 0.456849 5:-108453844 None:intergenic
ATAAAACGGGCAAGATCATA+AGG 0.457622 5:-108453017 None:intergenic
GTTCAATGTCCTGTTGGAGT+TGG 0.464678 5:+108453835 MsG0580030220.01.T01:CDS
TTGGATGTGTACACAAATCA+TGG 0.464824 5:+108453075 MsG0580030220.01.T09:CDS
CGATCTATTTGCTTGAGAAT+GGG 0.466098 5:+108453252 MsG0580030220.01.T09:CDS
ATAGTCTTAGATGCGACTCT+TGG 0.480950 5:+108453467 MsG0580030220.01.T01:intron
CAAAGCATGTTCATGAAATG+AGG 0.481232 5:-108453116 None:intergenic
ATATGAAAAGTAGTAGTCTC+TGG 0.482237 5:-108453742 None:intergenic
GTCTGTGATGGCACTGGCAG+TGG 0.483419 5:+108452947 None:intergenic
ACACGGATGGAGCTTGTCAA+TGG 0.488000 5:+108453545 MsG0580030220.01.T01:CDS
AACTCGGTGTAAAGAAATCA+TGG 0.496546 5:+108453779 MsG0580030220.01.T01:CDS
GTCTTAGATGCGACTCTTGG+AGG 0.505710 5:+108453470 MsG0580030220.01.T01:intron
TTGTCAGATGGGAATTTACA+AGG 0.514094 5:+108453957 MsG0580030220.01.T01:CDS
AGGACATTGAACAAAAGGTA+TGG 0.515685 5:-108453824 None:intergenic
GAGATGACTATAAAGTGATT+CGG 0.518202 5:+108453362 MsG0580030220.01.T01:CDS
AAAGGAGAGTATTGTCAGAT+GGG 0.519297 5:+108453946 MsG0580030220.01.T01:CDS
ACGATTGTTAGATGAGAAAT+GGG 0.521295 5:-108453141 None:intergenic
ATCAATAAAGAGACACTTGG+TGG 0.526780 5:+108453684 MsG0580030220.01.T01:CDS
CGTATTAACACCACCATCGT+TGG 0.531397 5:-108453171 None:intergenic
TAACACCACCATCGTTGGAA+CGG 0.541011 5:-108453166 None:intergenic
TAAAGGAGAGTATTGTCAGA+TGG 0.555008 5:+108453945 MsG0580030220.01.T01:CDS
CCTCTTGGAGTTTACACGGA+TGG 0.559193 5:+108453532 MsG0580030220.01.T01:CDS
TTTACCACCTCCATTTCAAG+AGG 0.564529 5:+108453286 MsG0580030220.01.T09:CDS
TCATAAGATCTATCTTCGTA+TGG 0.568849 5:-108453427 None:intergenic
AATCGTTCCCGTTCCAACGA+TGG 0.571871 5:+108453158 MsG0580030220.01.T09:CDS
AACACCTATGTTGTTAGACG+TGG 0.577778 5:+108453642 MsG0580030220.01.T01:CDS
CGGATGGAGCTTGTCAATGG+TGG 0.577842 5:+108453548 MsG0580030220.01.T01:CDS
TGGCACATCTTCATCTTCGT+CGG 0.580062 5:-108453407 None:intergenic
AAAGCATGTTCATGAAATGA+GGG 0.591191 5:-108453115 None:intergenic
TCATCCACGTCTAACAACAT+AGG 0.597499 5:-108453646 None:intergenic
AGACTATATATCTCCAACAA+GGG 0.600480 5:-108453451 None:intergenic
TTTATCAATAAAGAGACACT+TGG 0.601049 5:+108453681 MsG0580030220.01.T01:CDS
CGTTCCCGTTCCAACGATGG+TGG 0.601773 5:+108453161 MsG0580030220.01.T09:CDS
GGACATTGAACAAAAGGTAT+GGG 0.603110 5:-108453823 None:intergenic
TCATCCTCTTGAAATGGAGG+TGG 0.609524 5:-108453290 None:intergenic
GTGTCATCCTCTTGAAATGG+AGG 0.610716 5:-108453293 None:intergenic
GGAGAAGTCTGTGATGGCAC+TGG 0.618110 5:+108452941 None:intergenic
GAAAGCGTACTTCCAATTGG+AGG 0.626800 5:+108453979 MsG0580030220.01.T01:CDS
TCTGTTCACGCTCTTCTAGG+AGG 0.631541 5:-108453199 None:intergenic
AAGACTATATATCTCCAACA+AGG 0.632936 5:-108453452 None:intergenic
CAAGCAAATAGATCGAGCAA+TGG 0.643061 5:-108453244 None:intergenic
GACTATATATCTCCAACAAG+GGG 0.643677 5:-108453450 None:intergenic
TCAACCTCTTGGAGTTTACA+CGG 0.646085 5:+108453528 MsG0580030220.01.T01:CDS
CCATTTCAAGAGGATGACAC+TGG 0.665026 5:+108453296 MsG0580030220.01.T09:CDS
CCATCCGTGTAAACTCCAAG+AGG 0.679228 5:-108453532 None:intergenic
GTCATTTGACTTCATCAACG+AGG 0.721750 5:+108453609 MsG0580030220.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AAGTTTTGATAAAATAAAAC+GGG - Chr5:108453033-108453052 None:intergenic 15.0%
!!! GAAGTTTTGATAAAATAAAA+CGG - Chr5:108453034-108453053 None:intergenic 15.0%
!!! TCTTTATGTTTTAAATTTCA+TGG + Chr5:108453319-108453338 MsG0580030220.01.T01:CDS 15.0%
!! GGTTGATCATAAAATATAAA+AGG - Chr5:108453514-108453533 None:intergenic 20.0%
!! TAATTATTAATTCCTCCAAT+TGG - Chr5:108453994-108454013 None:intergenic 20.0%
!!! ACTTTTCATATTTCGATTTT+GGG + Chr5:108453754-108453773 MsG0580030220.01.T01:CDS 20.0%
!!! TACTTTTCATATTTCGATTT+TGG + Chr5:108453753-108453772 MsG0580030220.01.T01:CDS 20.0%
!!! TGTTTTAAATTTCATGGATT+TGG + Chr5:108453325-108453344 MsG0580030220.01.T01:CDS 20.0%
! AAACGTTTCAAAGATTTAAG+TGG - Chr5:108453056-108453075 None:intergenic 25.0%
! ACTCAAAAAATTGATGAGAA+TGG + Chr5:108453919-108453938 MsG0580030220.01.T01:CDS 25.0%
! ATAAAGATGATGAACTAGTT+TGG + Chr5:108453884-108453903 MsG0580030220.01.T01:CDS 25.0%
! TTTATCAATAAAGAGACACT+TGG + Chr5:108453681-108453700 MsG0580030220.01.T01:CDS 25.0%
!! ATATTTTATGATCAACCTCT+TGG + Chr5:108453517-108453536 MsG0580030220.01.T01:intron 25.0%
!! ATTCGGTATATAACATTTTC+TGG + Chr5:108453379-108453398 MsG0580030220.01.T01:CDS 25.0%
!! CTTTTCATATTTCGATTTTG+GGG + Chr5:108453755-108453774 MsG0580030220.01.T01:CDS 25.0%
!! TAAAGATGATGAACTAGTTT+GGG + Chr5:108453885-108453904 MsG0580030220.01.T01:CDS 25.0%
!! TTTTCATATTTCGATTTTGG+GGG + Chr5:108453756-108453775 MsG0580030220.01.T01:CDS 25.0%
!!! CTTAAATCTTTGAAACGTTT+TGG + Chr5:108453056-108453075 MsG0580030220.01.T09:CDS 25.0%
AAAGCATGTTCATGAAATGA+GGG - Chr5:108453118-108453137 None:intergenic 30.0%
AACGATTGTTAGATGAGAAA+TGG - Chr5:108453145-108453164 None:intergenic 30.0%
AAGACTATATATCTCCAACA+AGG - Chr5:108453455-108453474 None:intergenic 30.0%
ACGATTGTTAGATGAGAAAT+GGG - Chr5:108453144-108453163 None:intergenic 30.0%
AGACTATATATCTCCAACAA+GGG - Chr5:108453454-108453473 None:intergenic 30.0%
ATATGAAAAGTAGTAGTCTC+TGG - Chr5:108453745-108453764 None:intergenic 30.0%
ATCCAGTGAAAGTAAGTTAA+AGG + Chr5:108452974-108452993 MsG0580030220.01.T09:CDS 30.0%
GAGATGACTATAAAGTGATT+CGG + Chr5:108453362-108453381 MsG0580030220.01.T01:CDS 30.0%
GGATCAAACTCTTTATTGTT+GGG + Chr5:108453800-108453819 MsG0580030220.01.T01:CDS 30.0%
TCATAAGATCTATCTTCGTA+TGG - Chr5:108453430-108453449 None:intergenic 30.0%
TGGATCAAACTCTTTATTGT+TGG + Chr5:108453799-108453818 MsG0580030220.01.T01:CDS 30.0%
! AATGAGGGTTTTCAAATAAG+AGG - Chr5:108453103-108453122 None:intergenic 30.0%
! ATGAGGGTTTTCAAATAAGA+GGG - Chr5:108453102-108453121 None:intergenic 30.0%
! ATTGATGAGAATGGTGTTAA+AGG + Chr5:108453928-108453947 MsG0580030220.01.T01:CDS 30.0%
AGGACATTGAACAAAAGGTA+TGG - Chr5:108453827-108453846 None:intergenic 35.0%
ATAAAACGGGCAAGATCATA+AGG - Chr5:108453020-108453039 None:intergenic 35.0%
ATCAATAAAGAGACACTTGG+TGG + Chr5:108453684-108453703 MsG0580030220.01.T01:CDS 35.0%
CAAAGCATGTTCATGAAATG+AGG - Chr5:108453119-108453138 None:intergenic 35.0%
CGATCTATTTGCTTGAGAAT+GGG + Chr5:108453252-108453271 MsG0580030220.01.T09:CDS 35.0%
GACTATATATCTCCAACAAG+GGG - Chr5:108453453-108453472 None:intergenic 35.0%
TCGATCTATTTGCTTGAGAA+TGG + Chr5:108453251-108453270 MsG0580030220.01.T09:CDS 35.0%
TTGGATGTGTACACAAATCA+TGG + Chr5:108453075-108453094 MsG0580030220.01.T09:CDS 35.0%
TTGTCAGATGGGAATTTACA+AGG + Chr5:108453957-108453976 MsG0580030220.01.T01:CDS 35.0%
! AGCCTTTAACTTACTTTCAC+TGG - Chr5:108452979-108452998 None:intergenic 35.0%
! GGACATTGAACAAAAGGTAT+GGG - Chr5:108453826-108453845 None:intergenic 35.0%
!! AAAGGAGAGTATTGTCAGAT+GGG + Chr5:108453946-108453965 MsG0580030220.01.T01:CDS 35.0%
!! AACTCGGTGTAAAGAAATCA+TGG + Chr5:108453779-108453798 MsG0580030220.01.T01:CDS 35.0%
!! TAAAGGAGAGTATTGTCAGA+TGG + Chr5:108453945-108453964 MsG0580030220.01.T01:CDS 35.0%
AAATCTGTTCACGCTCTTCT+AGG - Chr5:108453205-108453224 None:intergenic 40.0%
AACACCTATGTTGTTAGACG+TGG + Chr5:108453642-108453661 MsG0580030220.01.T01:CDS 40.0%
CAAGCAAATAGATCGAGCAA+TGG - Chr5:108453247-108453266 None:intergenic 40.0%
CCAACAGGACATTGAACAAA+AGG - Chr5:108453832-108453851 None:intergenic 40.0%
TAGATCTTATGACCCCTTGT+TGG + Chr5:108453438-108453457 MsG0580030220.01.T01:intron 40.0%
TCAACCTCTTGGAGTTTACA+CGG + Chr5:108453528-108453547 MsG0580030220.01.T01:CDS 40.0%
TCATCCACGTCTAACAACAT+AGG - Chr5:108453649-108453668 None:intergenic 40.0%
TTCAATGTCCTGTTGGAGTT+GGG + Chr5:108453836-108453855 MsG0580030220.01.T01:CDS 40.0%
TTTACCACCTCCATTTCAAG+AGG + Chr5:108453286-108453305 MsG0580030220.01.T09:CDS 40.0%
! AAGGAAAGCGTACTTCCAAT+TGG + Chr5:108453976-108453995 MsG0580030220.01.T01:CDS 40.0%
! ATAGTCTTAGATGCGACTCT+TGG + Chr5:108453467-108453486 MsG0580030220.01.T01:intron 40.0%
! CCTTTTGTTCAATGTCCTGT+TGG + Chr5:108453829-108453848 MsG0580030220.01.T01:CDS 40.0%
! GTCATTTGACTTCATCAACG+AGG + Chr5:108453609-108453628 MsG0580030220.01.T01:CDS 40.0%
!! ATTTCGATTTTGGGGGAACT+CGG + Chr5:108453763-108453782 MsG0580030220.01.T01:CDS 40.0%
CCAGTGTCATCCTCTTGAAA+TGG - Chr5:108453299-108453318 None:intergenic 45.0%
CCATTTCAAGAGGATGACAC+TGG + Chr5:108453296-108453315 MsG0580030220.01.T09:CDS 45.0%
CGTATTAACACCACCATCGT+TGG - Chr5:108453174-108453193 None:intergenic 45.0%
GTGTCATCCTCTTGAAATGG+AGG - Chr5:108453296-108453315 None:intergenic 45.0%
GTTCAATGTCCTGTTGGAGT+TGG + Chr5:108453835-108453854 MsG0580030220.01.T01:CDS 45.0%
TAACACCACCATCGTTGGAA+CGG - Chr5:108453169-108453188 None:intergenic 45.0%
TCATCCTCTTGAAATGGAGG+TGG - Chr5:108453293-108453312 None:intergenic 45.0%
TGGCACATCTTCATCTTCGT+CGG - Chr5:108453410-108453429 None:intergenic 45.0%
! GAAAGCGTACTTCCAATTGG+AGG + Chr5:108453979-108453998 MsG0580030220.01.T01:CDS 45.0%
AACACCACCATCGTTGGAAC+GGG - Chr5:108453168-108453187 None:intergenic 50.0%
AATCGTTCCCGTTCCAACGA+TGG + Chr5:108453158-108453177 MsG0580030220.01.T09:CDS 50.0%
ACACGGATGGAGCTTGTCAA+TGG + Chr5:108453545-108453564 MsG0580030220.01.T01:CDS 50.0%
CAGTTCTTCCCAACTCCAAC+AGG - Chr5:108453847-108453866 None:intergenic 50.0%
CCATCCGTGTAAACTCCAAG+AGG - Chr5:108453535-108453554 None:intergenic 50.0%
CCTCTTGGAGTTTACACGGA+TGG + Chr5:108453532-108453551 MsG0580030220.01.T01:CDS 50.0%
GTCTTAGATGCGACTCTTGG+AGG + Chr5:108453470-108453489 MsG0580030220.01.T01:intron 50.0%
TCTGTTCACGCTCTTCTAGG+AGG - Chr5:108453202-108453221 None:intergenic 50.0%
CGGATGGAGCTTGTCAATGG+TGG + Chr5:108453548-108453567 MsG0580030220.01.T01:CDS 55.0%
CGTTCCCGTTCCAACGATGG+TGG + Chr5:108453161-108453180 MsG0580030220.01.T09:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 108452954 108454014 108452954 ID=MsG0580030220.01;Name=MsG0580030220.01
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Chr5 CDS 108453316 108453445 108453316 ID=MsG0580030220.01.T01:cds;Parent=MsG0580030220.01.T01
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Chr5 CDS 108453416 108453571 108453416 ID=MsG0580030220.01.T02:cds;Parent=MsG0580030220.01.T02
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Chr5 mRNA 108453313 108454014 108453313 ID=MsG0580030220.01.T03;Parent=MsG0580030220.01;Name=MsG0580030220.01.T03;_AED=0.19;_eAED=0.19;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|233
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Chr5 mRNA 108453349 108454014 108453349 ID=MsG0580030220.01.T05;Parent=MsG0580030220.01;Name=MsG0580030220.01.T05;_AED=0.20;_eAED=0.20;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|221
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Chr5 mRNA 108453424 108454014 108453424 ID=MsG0580030220.01.T07;Parent=MsG0580030220.01;Name=MsG0580030220.01.T07;_AED=0.24;_eAED=0.24;_QI=0|-1|0|1|-1|0|1|0|196
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Chr5 mRNA 108453442 108454014 108453442 ID=MsG0580030220.01.T08;Parent=MsG0580030220.01;Name=MsG0580030220.01.T08;_AED=0.25;_eAED=0.25;_QI=0|-1|0|1|-1|0|1|0|190
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Chr5 exon 108453649 108454014 108453649 ID=MsG0580030220.01.T10:exon:17780;Parent=MsG0580030220.01.T10
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Gene Sequence

>MsG0580030220.01.T08

TCTTATGACCCCTTGTTGGAGATATATAGTCTTAGATGCGACTCTTGGAGGATACTTGACGAAGATGTGCCTTTTATATTTTATGATCAACCTCTTGGAGTTTACACGGATGGAGCTTGTCAATGGTGGAGCAGAAGTATATCACTTGATGATGAAGATTTTTTGCTGTCATTTGACTTCATCAACGAGGTGTTTTTTACAACACCTATGTTGTTAGACGTGGATGAAAGTTGTGATTTTTTATCAATAAAGAGACACTTGGTGGTGTTAAATGAGTCAATTGCTTTGATCTCAAATTCTCCAGAGACTACTACTTTTCATATTTCGATTTTGGGGGAACTCGGTGTAAAGAAATCATGGATCAAACTCTTTATTGTTGGGCCCATACCTTTTGTTCAATGTCCTGTTGGAGTTGGGAAGAACTGTGACATTTGCTTCAAAAATAAAGATGATGAACTAGTTTGGGTTGATTTAAGCACTCAAAAAATTGATGAGAATGGTGTTAAAGGAGAGTATTGTCAGATGGGAATTTACAAGGAAAGCGTACTTCCAATTGGAGGAATTAATAATTAG

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>MsG0580030220.01.T04

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>MsG0580030220.01.T02

ATGAAGATGTGCCATACGAAGATAGATCTTATGACCCCTTGTTGGAGATATATAGTCTTAGATGCGACTCTTGGAGGATACTTGACGAAGATGTGCCTTTTATATTTTATGATCAACCTCTTGGAGTTTACACGGATGGAGCTTGTCAATGGTGGAACGTGGATGAAAGTTGTGATTTTTTATCAATAA

>MsG0580030220.01.T01

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>MsG0580030220.01.T05

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