AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580030221.01

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Find 78 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 87 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CCCATCGACCACAGAATTCA+CGG 0.488237 5:+108465726 MsG0580030221.01.T04:CDS
TAAGGTGGTACAGACTCATT+AGG 0.493643 5:-108465763 None:intergenic
GCCCTTCTTCCCAACTCCAA+TGG 0.493916 5:-108466315 None:intergenic
ACATGATGTTGAAGACTGTT+TGG 0.494605 5:+108466056 MsG0580030221.01.T04:CDS
ATGAAACTAGGGCGTTGATA+AGG 0.497929 5:-108465781 None:intergenic
TCCCATTGGAGTTGGGAAGA+AGG 0.500917 5:+108466313 MsG0580030221.01.T04:CDS
GTAGTGATAGGTTTGAGAAT+GGG 0.501136 5:+108465572 MsG0580030221.01.T04:CDS
AGTAGTGATAGGTTTGAGAA+TGG 0.510715 5:+108465571 MsG0580030221.01.T04:CDS
AATCCATGAAACATGAAACT+AGG 0.511751 5:-108465793 None:intergenic
ACACAGATGGAGTGTGTCAT+TGG 0.513315 5:+108466016 MsG0580030221.01.T04:CDS
GGTAGTTCATAACGAACATT+AGG 0.524038 5:-108465982 None:intergenic
ACCTTCATTCAACATCCCAT+TGG 0.531497 5:+108466299 MsG0580030221.01.T04:CDS
CGTATGACTATCACTGTGAT+CGG 0.547391 5:-108465470 None:intergenic
TCCAATGGGATGTTGAATGA+AGG 0.558248 5:-108466300 None:intergenic
ATTGGGCAAGAGAAGATAAG+AGG 0.558816 5:+108465682 MsG0580030221.01.T04:CDS
TCATAAGATACTACTTCGTA+TGG 0.559157 5:-108465898 None:intergenic
CCGTGAATTCTGTGGTCGAT+GGG 0.561836 5:-108465726 None:intergenic
GTTCGTTATGAACTACCTCC+CGG 0.562142 5:+108465988 MsG0580030221.01.T04:CDS
TTTACCACCTCCATTTCAAG+AGG 0.564529 5:+108465606 MsG0580030221.01.T04:CDS
TGGGATGTTGAATGAAGGTA+TGG 0.565367 5:-108466295 None:intergenic
ACCGTGAATTCTGTGGTCGA+TGG 0.565890 5:-108465727 None:intergenic
ATCCATGAAACATGAAACTA+GGG 0.566285 5:-108465792 None:intergenic
TTGGATGCGTCCGTAAAGCA+TGG 0.566747 5:+108465380 MsG0580030221.01.T04:CDS
ATCCATAAAGAGATGTTTGG+TGG 0.572945 5:+108466155 MsG0580030221.01.T04:CDS
ACTCCATCTGTGTACACTCC+GGG 0.576935 5:-108466006 None:intergenic
CACTCCATCTGTGTACACTC+CGG 0.588941 5:-108466007 None:intergenic
TTTGTCGTATACATGCCAAA+AGG 0.589204 5:-108465863 None:intergenic
AGACTAAATACCTCAAACAA+GGG 0.597346 5:-108465922 None:intergenic
TCATCCACGTCTAACAACAT+AGG 0.597499 5:-108466117 None:intergenic
CAGATGGAGTGTGTCATTGG+TGG 0.606246 5:+108466019 MsG0580030221.01.T04:CDS
GTGTCATCCTCTTGAAATGG+AGG 0.607119 5:-108465613 None:intergenic
TATTAGACAAGAAATGGTTG+CGG 0.609141 5:-108465441 None:intergenic
TCATCCTCTTGAAATGGAGG+TGG 0.609524 5:-108465610 None:intergenic
AAACTAGGGCGTTGATAAGG+TGG 0.614011 5:-108465778 None:intergenic
CCTCCCGGAGTGTACACAGA+TGG 0.614157 5:+108466003 MsG0580030221.01.T04:CDS
TTGATAGAATGGAGAAGACA+AGG 0.614321 5:-108465330 None:intergenic
AGTGGCTGACAAGAAGTCAA+AGG 0.617988 5:+108465279 MsG0580030221.01.T04:CDS
TCTATGTCTGAGCGAAAACA+GGG 0.618615 5:-108465515 None:intergenic
AAGACTAAATACCTCAAACA+AGG 0.618847 5:-108465923 None:intergenic
AACACCTATGTTGTTAGACG+TGG 0.622243 5:+108466113 MsG0580030221.01.T04:CDS
GCAAGAGAAGATAAGAGGAA+TGG 0.623590 5:+108465687 MsG0580030221.01.T04:CDS
GATGGAGAAATCTGTATCAG+TGG 0.625802 5:+108465261 None:intergenic
GACTAAATACCTCAAACAAG+GGG 0.635366 5:-108465921 None:intergenic
TTAGACGTGGATGAAAGTTG+TGG 0.643047 5:+108466126 MsG0580030221.01.T04:CDS
GACTATCACTGTGATCGGAA+CGG 0.643490 5:-108465465 None:intergenic
TGGAATGACCGTGAATTCTG+TGG 0.654467 5:-108465734 None:intergenic
GAGAATGCCATTAATACCAG+CGG 0.674711 5:-108465656 None:intergenic
CCATCTGTGTACACTCCGGG+AGG 0.728982 5:-108466003 None:intergenic
CTATGTCTGAGCGAAAACAG+GGG 0.746825 5:-108465514 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! ACTTTTCATATTTTGATTTT+GGG + Chr5:108466225-108466244 MsG0580030221.01.T04:CDS 15.0%
!!! TACTTTTCATATTTTGATTT+TGG + Chr5:108466224-108466243 MsG0580030221.01.T04:CDS 15.0%
!! CAAAAAAAAAAATGATGATC+TGG + Chr5:108466340-108466359 MsG0580030221.01.T04:CDS 20.0%
!!! AATGAGAGTTTTCAAATAAA+AGG - Chr5:108465408-108465427 None:intergenic 20.0%
!!! ATGAGAGTTTTCAAATAAAA+GGG - Chr5:108465407-108465426 None:intergenic 20.0%
!!! AAGAGGTAATTTTGATAGAA+TGG - Chr5:108465344-108465363 None:intergenic 25.0%
AAAAAAATGATGATCTGGTC+TGG + Chr5:108466345-108466364 MsG0580030221.01.T04:CDS 30.0%
AAAAAATGATGATCTGGTCT+GGG + Chr5:108466346-108466365 MsG0580030221.01.T04:CDS 30.0%
AAACGCTTCAAAGATTTAAG+AGG - Chr5:108465361-108465380 None:intergenic 30.0%
AACGGTTATTAGACAAGAAA+TGG - Chr5:108465450-108465469 None:intergenic 30.0%
AAGACTAAATACCTCAAACA+AGG - Chr5:108465926-108465945 None:intergenic 30.0%
AATCCATGAAACATGAAACT+AGG - Chr5:108465796-108465815 None:intergenic 30.0%
AGACTAAATACCTCAAACAA+GGG - Chr5:108465925-108465944 None:intergenic 30.0%
AGAGCAAATAAATTGAGCTT+TGG - Chr5:108465549-108465568 None:intergenic 30.0%
AGTTTCATGTTTCATGGATT+TGG + Chr5:108465796-108465815 MsG0580030221.01.T04:CDS 30.0%
ATATGAAAAGTAGTAGCATC+TGG - Chr5:108466216-108466235 None:intergenic 30.0%
ATCCATGAAACATGAAACTA+GGG - Chr5:108465795-108465814 None:intergenic 30.0%
GGATCAAACTCTTTATTGTT+GGG + Chr5:108466271-108466290 MsG0580030221.01.T04:CDS 30.0%
TAGATCCATAAAGAGATGTT+TGG + Chr5:108466152-108466171 MsG0580030221.01.T04:CDS 30.0%
TATTAGACAAGAAATGGTTG+CGG - Chr5:108465444-108465463 None:intergenic 30.0%
TCATAAGATACTACTTCGTA+TGG - Chr5:108465901-108465920 None:intergenic 30.0%
TGGATCAAACTCTTTATTGT+TGG + Chr5:108466270-108466289 MsG0580030221.01.T04:CDS 30.0%
! TGATTCGTTATACATCCTTT+TGG + Chr5:108465848-108465867 MsG0580030221.01.T04:CDS 30.0%
!! TTAGTCTTAGAAGCAATTCT+TGG + Chr5:108465938-108465957 MsG0580030221.01.T04:CDS 30.0%
!!! ATTTTGATTTTGGGTGAACT+CGG + Chr5:108466234-108466253 MsG0580030221.01.T04:CDS 30.0%
!!! ATTTTTGTTTTAAGTTCCGC+TGG + Chr5:108465640-108465659 MsG0580030221.01.T04:CDS 30.0%
!!! CTTAAATCTTTGAAGCGTTT+TGG + Chr5:108465361-108465380 MsG0580030221.01.T04:CDS 30.0%
ACATGATGTTGAAGACTGTT+TGG + Chr5:108466056-108466075 MsG0580030221.01.T04:CDS 35.0%
AGTAGTGATAGGTTTGAGAA+TGG + Chr5:108465571-108465590 MsG0580030221.01.T04:CDS 35.0%
ATAAAAGGGACCATGCTTTA+CGG - Chr5:108465393-108465412 None:intergenic 35.0%
ATCCATAAAGAGATGTTTGG+TGG + Chr5:108466155-108466174 MsG0580030221.01.T04:CDS 35.0%
ATTAATGGCATTCTCTGCAT+TGG + Chr5:108465664-108465683 MsG0580030221.01.T04:CDS 35.0%
ATTTGCTCTCTAGTAGTGAT+AGG + Chr5:108465560-108465579 MsG0580030221.01.T04:CDS 35.0%
GACTAAATACCTCAAACAAG+GGG - Chr5:108465924-108465943 None:intergenic 35.0%
GAGGAATGGTACATGTATTA+TGG + Chr5:108465701-108465720 MsG0580030221.01.T04:CDS 35.0%
GGTAGTTCATAACGAACATT+AGG - Chr5:108465985-108466004 None:intergenic 35.0%
GTAGTGATAGGTTTGAGAAT+GGG + Chr5:108465572-108465591 MsG0580030221.01.T04:CDS 35.0%
TTAAGTTCCGCTGGTATTAA+TGG + Chr5:108465649-108465668 MsG0580030221.01.T04:CDS 35.0%
TTAATGGCATTCTCTGCATT+GGG + Chr5:108465665-108465684 MsG0580030221.01.T04:CDS 35.0%
TTAGTGTCATCCTCTTGAAA+TGG - Chr5:108465619-108465638 None:intergenic 35.0%
TTGATAGAATGGAGAAGACA+AGG - Chr5:108465333-108465352 None:intergenic 35.0%
TTTGTCGTATACATGCCAAA+AGG - Chr5:108465866-108465885 None:intergenic 35.0%
!! AACTCGGTGTAAAGAAATCA+TGG + Chr5:108466250-108466269 MsG0580030221.01.T04:CDS 35.0%
AACACCTATGTTGTTAGACG+TGG + Chr5:108466113-108466132 MsG0580030221.01.T04:CDS 40.0%
ACAGACTCATTAGGACTTGT+TGG - Chr5:108465757-108465776 None:intergenic 40.0%
ACCTTCATTCAACATCCCAT+TGG + Chr5:108466299-108466318 MsG0580030221.01.T04:CDS 40.0%
ATCTATGTCTGAGCGAAAAC+AGG - Chr5:108465519-108465538 None:intergenic 40.0%
ATTCAACATCCCATTGGAGT+TGG + Chr5:108466305-108466324 MsG0580030221.01.T04:CDS 40.0%
ATTGGGCAAGAGAAGATAAG+AGG + Chr5:108465682-108465701 MsG0580030221.01.T04:CDS 40.0%
CACCACCAAACATCTCTTTA+TGG - Chr5:108466160-108466179 None:intergenic 40.0%
CGTATGACTATCACTGTGAT+CGG - Chr5:108465473-108465492 None:intergenic 40.0%
GAGAATGCCATTAATACCAG+CGG - Chr5:108465659-108465678 None:intergenic 40.0%
GCAAGAGAAGATAAGAGGAA+TGG + Chr5:108465687-108465706 MsG0580030221.01.T04:CDS 40.0%
TAAGGTGGTACAGACTCATT+AGG - Chr5:108465766-108465785 None:intergenic 40.0%
TCATCCACGTCTAACAACAT+AGG - Chr5:108466120-108466139 None:intergenic 40.0%
TCCAATGGGATGTTGAATGA+AGG - Chr5:108466303-108466322 None:intergenic 40.0%
TCTATGTCTGAGCGAAAACA+GGG - Chr5:108465518-108465537 None:intergenic 40.0%
TGGGATGTTGAATGAAGGTA+TGG - Chr5:108466298-108466317 None:intergenic 40.0%
TTAGACGTGGATGAAAGTTG+TGG + Chr5:108466126-108466145 MsG0580030221.01.T04:CDS 40.0%
TTCAACATCCCATTGGAGTT+GGG + Chr5:108466306-108466325 MsG0580030221.01.T04:CDS 40.0%
TTTACCACCTCCATTTCAAG+AGG + Chr5:108465606-108465625 MsG0580030221.01.T04:CDS 40.0%
! ATCTTATGACCCCTTGTTTG+AGG + Chr5:108465912-108465931 MsG0580030221.01.T04:CDS 40.0%
!! ATGAAACTAGGGCGTTGATA+AGG - Chr5:108465784-108465803 None:intergenic 40.0%
AAAACAGGGGATGCTCTTCT+AGG - Chr5:108465504-108465523 None:intergenic 45.0%
ACACAGATGGAGTGTGTCAT+TGG + Chr5:108466016-108466035 MsG0580030221.01.T04:CDS 45.0%
AGTGGCTGACAAGAAGTCAA+AGG + Chr5:108465279-108465298 MsG0580030221.01.T04:CDS 45.0%
CGCCCTAGTTTCATGTTTCA+TGG + Chr5:108465790-108465809 MsG0580030221.01.T04:CDS 45.0%
CTATGTCTGAGCGAAAACAG+GGG - Chr5:108465517-108465536 None:intergenic 45.0%
GACTATCACTGTGATCGGAA+CGG - Chr5:108465468-108465487 None:intergenic 45.0%
GTGTCATCCTCTTGAAATGG+AGG - Chr5:108465616-108465635 None:intergenic 45.0%
GTTCGTTATGAACTACCTCC+CGG + Chr5:108465988-108466007 MsG0580030221.01.T04:CDS 45.0%
TCATCCTCTTGAAATGGAGG+TGG - Chr5:108465613-108465632 None:intergenic 45.0%
TGGAATGACCGTGAATTCTG+TGG - Chr5:108465737-108465756 None:intergenic 45.0%
!! AAACTAGGGCGTTGATAAGG+TGG - Chr5:108465781-108465800 None:intergenic 45.0%
ACCGTGAATTCTGTGGTCGA+TGG - Chr5:108465730-108465749 None:intergenic 50.0%
ACTCCATCTGTGTACACTCC+GGG - Chr5:108466009-108466028 None:intergenic 50.0%
CACTCCATCTGTGTACACTC+CGG - Chr5:108466010-108466029 None:intergenic 50.0%
CCCATCGACCACAGAATTCA+CGG + Chr5:108465726-108465745 MsG0580030221.01.T04:CDS 50.0%
CCCATTGGAGTTGGGAAGAA+GGG + Chr5:108466314-108466333 MsG0580030221.01.T04:CDS 50.0%
CCCTTCTTCCCAACTCCAAT+GGG - Chr5:108466317-108466336 None:intergenic 50.0%
CCGTGAATTCTGTGGTCGAT+GGG - Chr5:108465729-108465748 None:intergenic 50.0%
TCCCATTGGAGTTGGGAAGA+AGG + Chr5:108466313-108466332 MsG0580030221.01.T04:CDS 50.0%
TTGGATGCGTCCGTAAAGCA+TGG + Chr5:108465380-108465399 MsG0580030221.01.T04:CDS 50.0%
! CAGATGGAGTGTGTCATTGG+TGG + Chr5:108466019-108466038 MsG0580030221.01.T04:CDS 50.0%
GCCCTTCTTCCCAACTCCAA+TGG - Chr5:108466318-108466337 None:intergenic 55.0%
CCATCTGTGTACACTCCGGG+AGG - Chr5:108466006-108466025 None:intergenic 60.0%
CCTCCCGGAGTGTACACAGA+TGG + Chr5:108466003-108466022 MsG0580030221.01.T04:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 108465262 108466377 108465262 ID=MsG0580030221.01;Name=MsG0580030221.01
Chr5 mRNA 108465262 108466377 108465262 ID=MsG0580030221.01.T01;Parent=MsG0580030221.01;Name=MsG0580030221.01.T01;_AED=0.23;_eAED=0.23;_QI=0|0|0|1|0|0|3|0|227
Chr5 exon 108465262 108465530 108465262 ID=MsG0580030221.01.T01:exon:17781;Parent=MsG0580030221.01.T01
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Chr5 exon 108466157 108466377 108466157 ID=MsG0580030221.01.T01:exon:17783;Parent=MsG0580030221.01.T01
Chr5 CDS 108465262 108465530 108465262 ID=MsG0580030221.01.T01:cds;Parent=MsG0580030221.01.T01
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Chr5 CDS 108466157 108466377 108466157 ID=MsG0580030221.01.T01:cds;Parent=MsG0580030221.01.T01
Chr5 mRNA 108465262 108466377 108465262 ID=MsG0580030221.01.T02;Parent=MsG0580030221.01;Name=MsG0580030221.01.T02;_AED=0.09;_eAED=0.09;_QI=0|0|0|1|0|0|2|0|342
Chr5 exon 108465262 108466042 108465262 ID=MsG0580030221.01.T02:exon:17784;Parent=MsG0580030221.01.T02
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Gene Sequence

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