AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480019367.01

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CRISPR-Local

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GATGATACGTCTTATCTTCA+TGG 0.270927 4:+19137211 MsG0480019367.01.T05:CDS
TGCCATTATAATCATCTTGA+TGG 0.288489 4:-19137069 None:intergenic
ACGTCTTATCTTCATGGATT+TGG 0.312452 4:+19137217 MsG0480019367.01.T05:CDS
TCATTACATGCCAAAGAATA+AGG 0.316600 4:-19137391 None:intergenic
ATATGACTTTAGACCCATTC+TGG 0.318046 4:+19137314 MsG0480019367.01.T05:CDS
CTCGTAAAGGATTTAGAACT+TGG 0.347759 4:+19136914 MsG0480019367.01.T05:CDS
TTTGGGTGGATACGGTATAA+AGG 0.367110 4:+19137657 MsG0480019367.01.T05:CDS
AAGGAAAACATTCTTCCAAT+TGG 0.381630 4:+19137868 MsG0480019367.01.T05:CDS
AGCTTGATTGCATGGGTAGA+TGG 0.382240 4:-19137109 None:intergenic
CTCCATCAAGATGATTATAA+TGG 0.388263 4:+19137067 MsG0480019367.01.T05:CDS
TAAACTTGGTGGTGCTAAAC+GGG 0.396935 4:+19137581 MsG0480019367.01.T05:CDS
TAATTACTTATTCCTCCAAT+TGG 0.398301 4:-19137883 None:intergenic
ATTTGTTATGTATCTATTAG+TGG 0.406356 4:+19137271 MsG0480019367.01.T05:CDS
ATCATCCAAGTATGAAGGTA+TGG 0.415793 4:-19137533 None:intergenic
CGCGTGGACCAAACTCTTCA+TGG 0.417830 4:+19137681 MsG0480019367.01.T05:CDS
ATAAACTTGGTGGTGCTAAA+CGG 0.428466 4:+19137580 MsG0480019367.01.T05:CDS
AAATTGAAACCGTTTGCAAA+TGG 0.435166 4:-19137004 None:intergenic
ACATGGATGGCGTGTGTCAT+TGG 0.436741 4:+19137428 MsG0480019367.01.T05:CDS
CGGTCCCACCATGAAGAGTT+TGG 0.445960 4:-19137689 None:intergenic
GAGGACTCAACTAACTCATA+TGG 0.449930 4:-19137145 None:intergenic
AACACCCATACCTTCATACT+TGG 0.451810 4:+19137528 MsG0480019367.01.T05:CDS
AGCTATATATCTTCCAGAAT+GGG 0.467629 4:-19137327 None:intergenic
TTCTCAAATCCATTTGCAAA+CGG 0.468241 4:+19136995 MsG0480019367.01.T05:CDS
TCAAGCATTGTGGATAAACT+TGG 0.471830 4:+19137567 MsG0480019367.01.T05:CDS
AGAGATGCCCCATCGTAATA+CGG 0.472526 4:-19136890 None:intergenic
ATCGATAACATCTTCGATAG+AGG 0.477119 4:-19137164 None:intergenic
TAGTCACTCTGATCCATGTT+TGG 0.489781 4:+19137471 MsG0480019367.01.T05:CDS
AAGCTATATATCTTCCAGAA+TGG 0.498348 4:-19137328 None:intergenic
AGTGGTGAACACCCTGGTTA+CGG 0.499709 4:+19137289 MsG0480019367.01.T05:CDS
TTTAAGTACTCAAATGATTG+TGG 0.516782 4:+19137798 MsG0480019367.01.T05:CDS
GAAAACATTCTTCCAATTGG+AGG 0.522686 4:+19137871 MsG0480019367.01.T05:CDS
CTCAACTAACTCATATGGAG+TGG 0.523541 4:-19137140 None:intergenic
AAACAATCATCCAAGTATGA+AGG 0.527178 4:-19137538 None:intergenic
CCTTTCATCCCCACTCCGAT+AGG 0.532161 4:-19137730 None:intergenic
GAGATGCCCCATCGTAATAC+GGG 0.532919 4:-19136889 None:intergenic
CCTATCGGAGTGGGGATGAA+AGG 0.539074 4:+19137730 MsG0480019367.01.T05:CDS
ATTGAGCGTCCTATCGGAGT+GGG 0.539754 4:+19137721 MsG0480019367.01.T05:CDS
TCTTGCATTGAGCGTCCTAT+CGG 0.541384 4:+19137715 MsG0480019367.01.T05:CDS
ACCGATGCCCGTATTACGAT+GGG 0.543460 4:+19136882 MsG0480019367.01.T05:CDS
TATTCTTTGGCATGTAATGA+CGG 0.552169 4:+19137394 MsG0480019367.01.T05:CDS
CACCGATGCCCGTATTACGA+TGG 0.553166 4:+19136881 MsG0480019367.01.T05:CDS
TGGGGCATCTCTGCTCGTAA+AGG 0.553186 4:+19136901 MsG0480019367.01.T05:CDS
CCCCATCGTAATACGGGCAT+CGG 0.554337 4:-19136883 None:intergenic
AGATGTTATCGATGATGTTG+AGG 0.567411 4:+19137174 MsG0480019367.01.T05:CDS
AAAGTCATATCTCCGTAACC+AGG 0.571543 4:-19137301 None:intergenic
ATAATGGCAAAACTCTATTG+TGG 0.573210 4:+19137083 MsG0480019367.01.T05:CDS
TGACGGCACTCAAGTCTACA+TGG 0.573911 4:+19137411 MsG0480019367.01.T05:CDS
GCTTGATTGCATGGGTAGAT+GGG 0.575006 4:-19137108 None:intergenic
TCATCCAAGTATGAAGGTAT+GGG 0.578907 4:-19137532 None:intergenic
GGACGCTCAATGCAAGATAA+CGG 0.587405 4:-19137709 None:intergenic
GAGGAATGAGCTTGATTGCA+TGG 0.588077 4:-19137117 None:intergenic
AAGAAGTGAATTCTATTGAA+CGG 0.597256 4:+19137833 MsG0480019367.01.T05:CDS
GGCACTCAAGTCTACATGGA+TGG 0.601535 4:+19137415 MsG0480019367.01.T05:CDS
TGAACGGATAGTAATGTACA+AGG 0.611914 4:+19137849 MsG0480019367.01.T05:CDS
TGGACCAAACTCTTCATGGT+GGG 0.616199 4:+19137685 MsG0480019367.01.T05:CDS
CATTGAGCGTCCTATCGGAG+TGG 0.620645 4:+19137720 MsG0480019367.01.T05:CDS
TCAACTAACTCATATGGAGT+GGG 0.620769 4:-19137139 None:intergenic
AAATAAAATGATACCAAACA+TGG 0.621201 4:-19137484 None:intergenic
ACTAACTCATATGGAGTGGG+AGG 0.628635 4:-19137136 None:intergenic
ATGATATGAGATCAACGCAA+TGG 0.636154 4:-19137605 None:intergenic
ATAGCTTAAGAACTAACTCG+TGG 0.639486 4:+19137344 MsG0480019367.01.T05:CDS
TCTATTAGTGGTGAACACCC+TGG 0.639576 4:+19137283 MsG0480019367.01.T05:CDS
AGGAATGAGCTTGATTGCAT+GGG 0.653934 4:-19137116 None:intergenic
GATCTCATATCATGAAGAGA+CGG 0.658740 4:+19137615 MsG0480019367.01.T05:CDS
GCTTAAGAACTAACTCGTGG+AGG 0.659342 4:+19137347 MsG0480019367.01.T05:CDS
TTGAGCGTCCTATCGGAGTG+GGG 0.661522 4:+19137722 MsG0480019367.01.T05:CDS
AAGTCATATCTCCGTAACCA+GGG 0.664857 4:-19137300 None:intergenic
AGCATTGTGGATAAACTTGG+TGG 0.665699 4:+19137570 MsG0480019367.01.T05:CDS
GTGGACCAAACTCTTCATGG+TGG 0.686583 4:+19137684 MsG0480019367.01.T05:CDS
GATACGGTATAAAGGACGCG+TGG 0.723958 4:+19137665 MsG0480019367.01.T05:CDS
CCGATGCCCGTATTACGATG+GGG 0.734754 4:+19136883 MsG0480019367.01.T05:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AAATTTTCACATATCAATTT+TGG + Chr4:19137639-19137658 MsG0480019367.01.T05:CDS 15.0%
!!! AATTTTCACATATCAATTTT+GGG + Chr4:19137640-19137659 MsG0480019367.01.T05:CDS 15.0%
!! AAATAAAATGATACCAAACA+TGG - Chr4:19137487-19137506 None:intergenic 20.0%
!!! AATTTTCGTATTTTTGGTTT+TGG + Chr4:19137022-19137041 MsG0480019367.01.T05:CDS 20.0%
!!! ATTTGTTATGTATCTATTAG+TGG + Chr4:19137271-19137290 MsG0480019367.01.T05:CDS 20.0%
!!! GAAGTTTTCTATTCTATTTA+TGG + Chr4:19136941-19136960 MsG0480019367.01.T05:CDS 20.0%
! AAGAAGTGAATTCTATTGAA+CGG + Chr4:19137833-19137852 MsG0480019367.01.T05:CDS 25.0%
! TAATTACTTATTCCTCCAAT+TGG - Chr4:19137886-19137905 None:intergenic 25.0%
! TTTAAGTACTCAAATGATTG+TGG + Chr4:19137798-19137817 MsG0480019367.01.T05:CDS 25.0%
!! GGTTTCAATTTTCGTATTTT+TGG + Chr4:19137016-19137035 MsG0480019367.01.T05:CDS 25.0%
!!! ATCATTTTATTTGAGCAATG+AGG + Chr4:19137495-19137514 MsG0480019367.01.T05:CDS 25.0%
!!! TTTGGTTTTGGTAGTATTAA+TGG + Chr4:19137034-19137053 MsG0480019367.01.T05:CDS 25.0%
AAACAATCATCCAAGTATGA+AGG - Chr4:19137541-19137560 None:intergenic 30.0%
AAATTGAAACCGTTTGCAAA+TGG - Chr4:19137007-19137026 None:intergenic 30.0%
AAGCTATATATCTTCCAGAA+TGG - Chr4:19137331-19137350 None:intergenic 30.0%
AAGGAAAACATTCTTCCAAT+TGG + Chr4:19137868-19137887 MsG0480019367.01.T05:CDS 30.0%
AGCTATATATCTTCCAGAAT+GGG - Chr4:19137330-19137349 None:intergenic 30.0%
ATAATGGCAAAACTCTATTG+TGG + Chr4:19137083-19137102 MsG0480019367.01.T05:CDS 30.0%
CTCCATCAAGATGATTATAA+TGG + Chr4:19137067-19137086 MsG0480019367.01.T05:CDS 30.0%
TATTCTTTGGCATGTAATGA+CGG + Chr4:19137394-19137413 MsG0480019367.01.T05:CDS 30.0%
TCATTACATGCCAAAGAATA+AGG - Chr4:19137394-19137413 None:intergenic 30.0%
TGCCATTATAATCATCTTGA+TGG - Chr4:19137072-19137091 None:intergenic 30.0%
TTCTCAAATCCATTTGCAAA+CGG + Chr4:19136995-19137014 MsG0480019367.01.T05:CDS 30.0%
! TTTCACATATCAATTTTGGG+TGG + Chr4:19137643-19137662 MsG0480019367.01.T05:CDS 30.0%
!! ATATCAATTTTGGGTGGATA+CGG + Chr4:19137649-19137668 MsG0480019367.01.T05:CDS 30.0%
!! TTTTGACATGCCTTATTCTT+TGG + Chr4:19137381-19137400 MsG0480019367.01.T05:CDS 30.0%
ACGTCTTATCTTCATGGATT+TGG + Chr4:19137217-19137236 MsG0480019367.01.T05:CDS 35.0%
AGATGTTATCGATGATGTTG+AGG + Chr4:19137174-19137193 MsG0480019367.01.T05:CDS 35.0%
ATAGCTTAAGAACTAACTCG+TGG + Chr4:19137344-19137363 MsG0480019367.01.T05:CDS 35.0%
ATATGACTTTAGACCCATTC+TGG + Chr4:19137314-19137333 MsG0480019367.01.T05:CDS 35.0%
ATCATCCAAGTATGAAGGTA+TGG - Chr4:19137536-19137555 None:intergenic 35.0%
ATCGATAACATCTTCGATAG+AGG - Chr4:19137167-19137186 None:intergenic 35.0%
ATGATATGAGATCAACGCAA+TGG - Chr4:19137608-19137627 None:intergenic 35.0%
GAAAACATTCTTCCAATTGG+AGG + Chr4:19137871-19137890 MsG0480019367.01.T05:CDS 35.0%
GATCTCATATCATGAAGAGA+CGG + Chr4:19137615-19137634 MsG0480019367.01.T05:CDS 35.0%
GATGATACGTCTTATCTTCA+TGG + Chr4:19137211-19137230 MsG0480019367.01.T05:CDS 35.0%
TCAACTAACTCATATGGAGT+GGG - Chr4:19137142-19137161 None:intergenic 35.0%
TGAACGGATAGTAATGTACA+AGG + Chr4:19137849-19137868 MsG0480019367.01.T05:CDS 35.0%
! CTCGTAAAGGATTTAGAACT+TGG + Chr4:19136914-19136933 MsG0480019367.01.T05:CDS 35.0%
! TCAAGCATTGTGGATAAACT+TGG + Chr4:19137567-19137586 MsG0480019367.01.T05:CDS 35.0%
! TCATCCAAGTATGAAGGTAT+GGG - Chr4:19137535-19137554 None:intergenic 35.0%
!! ATAAACTTGGTGGTGCTAAA+CGG + Chr4:19137580-19137599 MsG0480019367.01.T05:CDS 35.0%
!! GTTTCGATTTTCAAGCATTG+TGG + Chr4:19137557-19137576 MsG0480019367.01.T05:CDS 35.0%
AAAGTCATATCTCCGTAACC+AGG - Chr4:19137304-19137323 None:intergenic 40.0%
AACACCCATACCTTCATACT+TGG + Chr4:19137528-19137547 MsG0480019367.01.T05:CDS 40.0%
AAGTCATATCTCCGTAACCA+GGG - Chr4:19137303-19137322 None:intergenic 40.0%
AGCATTGTGGATAAACTTGG+TGG + Chr4:19137570-19137589 MsG0480019367.01.T05:CDS 40.0%
AGGAATGAGCTTGATTGCAT+GGG - Chr4:19137119-19137138 None:intergenic 40.0%
CTCAACTAACTCATATGGAG+TGG - Chr4:19137143-19137162 None:intergenic 40.0%
GAGGACTCAACTAACTCATA+TGG - Chr4:19137148-19137167 None:intergenic 40.0%
TAGTCACTCTGATCCATGTT+TGG + Chr4:19137471-19137490 MsG0480019367.01.T05:CDS 40.0%
TTTGGGTGGATACGGTATAA+AGG + Chr4:19137657-19137676 MsG0480019367.01.T05:CDS 40.0%
!! TAAACTTGGTGGTGCTAAAC+GGG + Chr4:19137581-19137600 MsG0480019367.01.T05:CDS 40.0%
ACTAACTCATATGGAGTGGG+AGG - Chr4:19137139-19137158 None:intergenic 45.0%
AGAGATGCCCCATCGTAATA+CGG - Chr4:19136893-19136912 None:intergenic 45.0%
AGCTTGATTGCATGGGTAGA+TGG - Chr4:19137112-19137131 None:intergenic 45.0%
GAGGAATGAGCTTGATTGCA+TGG - Chr4:19137120-19137139 None:intergenic 45.0%
GCTTAAGAACTAACTCGTGG+AGG + Chr4:19137347-19137366 MsG0480019367.01.T05:CDS 45.0%
GCTTGATTGCATGGGTAGAT+GGG - Chr4:19137111-19137130 None:intergenic 45.0%
GGACGCTCAATGCAAGATAA+CGG - Chr4:19137712-19137731 None:intergenic 45.0%
TCTATTAGTGGTGAACACCC+TGG + Chr4:19137283-19137302 MsG0480019367.01.T05:CDS 45.0%
TCTTGCATTGAGCGTCCTAT+CGG + Chr4:19137715-19137734 MsG0480019367.01.T05:CDS 45.0%
TGGACCAAACTCTTCATGGT+GGG + Chr4:19137685-19137704 MsG0480019367.01.T05:CDS 45.0%
ACATGGATGGCGTGTGTCAT+TGG + Chr4:19137428-19137447 MsG0480019367.01.T05:CDS 50.0%
ACCGATGCCCGTATTACGAT+GGG + Chr4:19136882-19136901 MsG0480019367.01.T05:CDS 50.0%
AGTGGTGAACACCCTGGTTA+CGG + Chr4:19137289-19137308 MsG0480019367.01.T05:CDS 50.0%
ATTGAGCGTCCTATCGGAGT+GGG + Chr4:19137721-19137740 MsG0480019367.01.T05:CDS 50.0%
GAGATGCCCCATCGTAATAC+GGG - Chr4:19136892-19136911 None:intergenic 50.0%
GATACGGTATAAAGGACGCG+TGG + Chr4:19137665-19137684 MsG0480019367.01.T05:CDS 50.0%
GGCACTCAAGTCTACATGGA+TGG + Chr4:19137415-19137434 MsG0480019367.01.T05:CDS 50.0%
GTGGACCAAACTCTTCATGG+TGG + Chr4:19137684-19137703 MsG0480019367.01.T05:CDS 50.0%
TGACGGCACTCAAGTCTACA+TGG + Chr4:19137411-19137430 MsG0480019367.01.T05:CDS 50.0%
CACCGATGCCCGTATTACGA+TGG + Chr4:19136881-19136900 MsG0480019367.01.T05:CDS 55.0%
CATTGAGCGTCCTATCGGAG+TGG + Chr4:19137720-19137739 MsG0480019367.01.T05:CDS 55.0%
CCCCATCGTAATACGGGCAT+CGG - Chr4:19136886-19136905 None:intergenic 55.0%
CCGATGCCCGTATTACGATG+GGG + Chr4:19136883-19136902 MsG0480019367.01.T05:CDS 55.0%
CCTATCGGAGTGGGGATGAA+AGG + Chr4:19137730-19137749 MsG0480019367.01.T05:CDS 55.0%
CCTTTCATCCCCACTCCGAT+AGG - Chr4:19137733-19137752 None:intergenic 55.0%
CGCGTGGACCAAACTCTTCA+TGG + Chr4:19137681-19137700 MsG0480019367.01.T05:CDS 55.0%
CGGTCCCACCATGAAGAGTT+TGG - Chr4:19137692-19137711 None:intergenic 55.0%
TTGAGCGTCCTATCGGAGTG+GGG + Chr4:19137722-19137741 MsG0480019367.01.T05:CDS 55.0%
! TGGGGCATCTCTGCTCGTAA+AGG + Chr4:19136901-19136920 MsG0480019367.01.T05:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
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