AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680034127.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0680034127.01.T02 AT3G16210 23.214 336 190 14 15 343 1 275 1.25e-11 66.2
MsG0680034127.01.T02 AT3G22350 23.513 353 210 12 22 365 7 308 1.49e-11 65.9

Find 71 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 88 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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GTTTCCTCTTGAAATGGATT+TGG 0.264474 6:-81334734 None:intergenic
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GGATAGATAATGAATTAGTT+TGG 0.294496 6:+81335506 MsG0680034127.01.T02:CDS
ATATAACTTTCAAACCCTTC+TGG 0.316651 6:+81335074 MsG0680034127.01.T02:CDS
TCATCTTCGTGGTAATGATT+TGG 0.317489 6:+81334823 MsG0680034127.01.T02:CDS
TCACAATCAAAGATTTCTTC+TGG 0.337326 6:-81334433 None:intergenic
TGGATTTGGAAAATCTAGTT+TGG 0.344982 6:-81334720 None:intergenic
TTTCCCTTTGCGACTCCAAT+TGG 0.345369 6:-81335469 None:intergenic
CATGCGAGTGTTCATGGATT+TGG 0.367382 6:+81334959 MsG0680034127.01.T02:CDS
ATGGCGATGAGAAGGGTCTT+TGG 0.382079 6:-81334618 None:intergenic
GTTTCAGTTTCCTCTTGAAA+TGG 0.383428 6:-81334740 None:intergenic
AATCGCTTCAAAGATTTAAG+AGG 0.387042 6:-81334518 None:intergenic
TGGATCAAACTCTTCATTGT+TGG 0.390360 6:+81335424 MsG0680034127.01.T02:CDS
TATAACTTTCAAACCCTTCT+GGG 0.396363 6:+81335075 MsG0680034127.01.T02:CDS
CAGCTGTCGTAGAAGGATAA+AGG 0.397883 6:-81334645 None:intergenic
GTTTAAACAGCTGTCGTAGA+AGG 0.408967 6:-81334652 None:intergenic
CCTTCCATCGAGTACCCAAT+TGG 0.414530 6:+81335454 MsG0680034127.01.T02:CDS
ACCTTTAATTCATCCGTAGT+TGG 0.422165 6:-81334875 None:intergenic
ACGCTATAGCATGAGGAGTA+TGG 0.430092 6:-81335159 None:intergenic
GGAGACTTGGTTGGACTTCG+AGG 0.434297 6:-81334902 None:intergenic
ATATTTATGGAGACGCTTGA+TGG 0.437905 6:+81335309 MsG0680034127.01.T02:CDS
TTGTGTTAAGCATGACTATA+AGG 0.447594 6:+81334988 MsG0680034127.01.T02:CDS
AAAGGAGAATACAACGTGAT+TGG 0.451540 6:-81334674 None:intergenic
ACTGTGCATGCGAGTGTTCA+TGG 0.452409 6:+81334953 MsG0680034127.01.T02:CDS
TTTGATTGTGACCAATGAAA+AGG 0.454831 6:+81334445 MsG0680034127.01.T02:CDS
TTGGATGCGTCCGCAAATCA+TGG 0.467331 6:+81334540 MsG0680034127.01.T02:CDS
TTCCCTTTGCGACTCCAATT+GGG 0.475177 6:-81335468 None:intergenic
TCTCTTCGTGATATGTGACC+AGG 0.477410 6:-81335351 None:intergenic
TGTGTTCGTTGTCATCTTCG+TGG 0.480297 6:+81334812 MsG0680034127.01.T02:CDS
ACACTCGCATGCACAGTAAC+CGG 0.481689 6:-81334947 None:intergenic
TCCTCATGCTATAGCGTACA+TGG 0.487116 6:+81335165 MsG0680034127.01.T02:CDS
TTCTCAATCCTCTCGTCTAA+AGG 0.488157 6:-81334692 None:intergenic
ATGTACCGGATATGTGTCAT+TGG 0.489168 6:+81335048 MsG0680034127.01.T02:CDS
AGTCGGACTTCGAGGAGACT+TGG 0.492989 6:-81334915 None:intergenic
AATTAAATGTGAAAGAATCA+TGG 0.497265 6:+81335404 MsG0680034127.01.T02:CDS
ACATGGATGGAGTGTGTCAT+TGG 0.521099 6:+81335182 MsG0680034127.01.T02:CDS
TACCCAATTGGAGTCGCAAA+GGG 0.522375 6:+81335466 MsG0680034127.01.T02:CDS
TAAGTTATATATCTCCCAGA+AGG 0.523092 6:-81335089 None:intergenic
TATTTATTACACCGATCGAT+TGG 0.528896 6:-81335619 None:intergenic
ATCTCCCAATGACACATATC+CGG 0.533043 6:-81335053 None:intergenic
AAGTCCGACTAAAACTCAAC+CGG 0.539413 6:+81334928 MsG0680034127.01.T02:CDS
TGTACCGGATATGTGTCATT+GGG 0.543877 6:+81335049 MsG0680034127.01.T02:CDS
AAGGCATCATGGCGATGAGA+AGG 0.544448 6:-81334626 None:intergenic
GTGATATGTGACCAGGGCAA+TGG 0.544944 6:-81335344 None:intergenic
CGACGTTCGTTTCCATGTAC+CGG 0.550986 6:+81335034 MsG0680034127.01.T02:CDS
GGACTTCGAGGAGACTTGGT+TGG 0.553329 6:-81334911 None:intergenic
AATGACACATATCCGGTACA+TGG 0.564465 6:-81335046 None:intergenic
CATGCTATAGCGTACATGGA+TGG 0.565770 6:+81335169 MsG0680034127.01.T02:CDS
TGAGGAGTATGGTAAAATGT+AGG 0.568519 6:-81335148 None:intergenic
AAGTTATATATCTCCCAGAA+GGG 0.582245 6:-81335088 None:intergenic
TGTATTCTCCTTTAGACGAG+AGG 0.587868 6:+81334684 MsG0680034127.01.T02:CDS
AAACACTTATTTCATGAACA+TGG 0.588115 6:+81334577 MsG0680034127.01.T02:CDS
TTATAATATGCTAGTTTACA+GGG 0.588275 6:+81335585 MsG0680034127.01.T02:CDS
TTTACTATGGAATCCAACTA+CGG 0.588597 6:+81334862 MsG0680034127.01.T02:CDS
ATAAGAGGGACCATGATTTG+CGG 0.589302 6:-81334550 None:intergenic
AAACCACAATCTATGTCTGA+TGG 0.593450 6:-81335277 None:intergenic
CCAATTGGGTACTCGATGGA+AGG 0.593563 6:-81335454 None:intergenic
GTTAAACGAATCCATTGCCC+TGG 0.594701 6:+81335333 MsG0680034127.01.T02:CDS
CTTTGGATAAACAATAACTA+CGG 0.597828 6:-81334601 None:intergenic
GTACCCAATTGGAGTCGCAA+AGG 0.601121 6:+81335465 MsG0680034127.01.T02:CDS
AGGCATCATGGCGATGAGAA+GGG 0.608859 6:-81334625 None:intergenic
ATACCATCAGACATAGATTG+TGG 0.611446 6:+81335274 MsG0680034127.01.T02:CDS
CTCTTCGTGATATGTGACCA+GGG 0.634551 6:-81335350 None:intergenic
GTAGAAGGATAAAGGCATCA+TGG 0.637972 6:-81334637 None:intergenic
GACTCCAATTGGGTACTCGA+TGG 0.638447 6:-81335458 None:intergenic
TCCATGTACGCTATAGCATG+AGG 0.659180 6:-81335166 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! ACTTTTAACATATCAATTTT+AGG + Chr6:81335379-81335398 MsG0680034127.01.T02:CDS 15.0%
!!! CAGTTTGAAATTTTAAATAT+GGG + Chr6:81334770-81334789 MsG0680034127.01.T02:CDS 15.0%
!!! TCAGTTTGAAATTTTAAATA+TGG + Chr6:81334769-81334788 MsG0680034127.01.T02:CDS 15.0%
!! AATTAAATGTGAAAGAATCA+TGG + Chr6:81335404-81335423 MsG0680034127.01.T02:CDS 20.0%
!! ATAACTTAAGAAGTAATTCT+TGG + Chr6:81335104-81335123 MsG0680034127.01.T02:CDS 20.0%
!!! AATAAGTGTTTTCAAATAAG+AGG - Chr6:81334568-81334587 None:intergenic 20.0%
!!! ACACATATGATTGAAAATTT+TGG + Chr6:81335541-81335560 MsG0680034127.01.T02:CDS 20.0%
!!! ATAAGTGTTTTCAAATAAGA+GGG - Chr6:81334567-81334586 None:intergenic 20.0%
!!! TTATAATATGCTAGTTTACA+GGG + Chr6:81335585-81335604 MsG0680034127.01.T02:CDS 20.0%
!!! TTTGAAATTTTAAATATGGG+TGG + Chr6:81334773-81334792 MsG0680034127.01.T02:CDS 20.0%
! AAACACTTATTTCATGAACA+TGG + Chr6:81334577-81334596 MsG0680034127.01.T02:CDS 25.0%
! CTTTGGATAAACAATAACTA+CGG - Chr6:81334604-81334623 None:intergenic 25.0%
! GGATAGATAATGAATTAGTT+TGG + Chr6:81335506-81335525 MsG0680034127.01.T02:CDS 25.0%
!! AAAATTTTCTTCCAATCGAT+CGG + Chr6:81335608-81335627 MsG0680034127.01.T02:CDS 25.0%
!! AGTATACAAGAGTTTTACTA+TGG + Chr6:81334849-81334868 MsG0680034127.01.T02:CDS 25.0%
!! GTTATAATATGCTAGTTTAC+AGG + Chr6:81335584-81335603 MsG0680034127.01.T02:CDS 25.0%
!!! AGGGAAAATTATTTTTCGAA+AGG + Chr6:81335485-81335504 MsG0680034127.01.T02:CDS 25.0%
!!! GTTTTGATGAAGGATATTTA+TGG + Chr6:81335296-81335315 MsG0680034127.01.T02:CDS 25.0%
AAGTTATATATCTCCCAGAA+GGG - Chr6:81335091-81335110 None:intergenic 30.0%
AATCGCTTCAAAGATTTAAG+AGG - Chr6:81334521-81334540 None:intergenic 30.0%
ATATAACTTTCAAACCCTTC+TGG + Chr6:81335074-81335093 MsG0680034127.01.T02:CDS 30.0%
TAAGTTATATATCTCCCAGA+AGG - Chr6:81335092-81335111 None:intergenic 30.0%
TATAACTTTCAAACCCTTCT+GGG + Chr6:81335075-81335094 MsG0680034127.01.T02:CDS 30.0%
TATTTATTACACCGATCGAT+TGG - Chr6:81335622-81335641 None:intergenic 30.0%
TCACAATCAAAGATTTCTTC+TGG - Chr6:81334436-81334455 None:intergenic 30.0%
TGGATTTGGAAAATCTAGTT+TGG - Chr6:81334723-81334742 None:intergenic 30.0%
TTGTGTTAAGCATGACTATA+AGG + Chr6:81334988-81335007 MsG0680034127.01.T02:CDS 30.0%
TTTACTATGGAATCCAACTA+CGG + Chr6:81334862-81334881 MsG0680034127.01.T02:CDS 30.0%
TTTGATTGTGACCAATGAAA+AGG + Chr6:81334445-81334464 MsG0680034127.01.T02:CDS 30.0%
! GTAGTTGTTTACCTTTTCAT+TGG - Chr6:81334459-81334478 None:intergenic 30.0%
! TTTTCCAAATCCATTTCAAG+AGG + Chr6:81334730-81334749 MsG0680034127.01.T02:CDS 30.0%
!! CTTAAATCTTTGAAGCGATT+TGG + Chr6:81334521-81334540 MsG0680034127.01.T02:CDS 30.0%
!!! AAATTTTGGTGCTGAAAAAG+AGG + Chr6:81335555-81335574 MsG0680034127.01.T02:CDS 30.0%
!!! AATTTTGGTGCTGAAAAAGA+GGG + Chr6:81335556-81335575 MsG0680034127.01.T02:CDS 30.0%
!!! ATAGATTGTGGTTTTGATGA+AGG + Chr6:81335286-81335305 MsG0680034127.01.T02:CDS 30.0%
AAACCACAATCTATGTCTGA+TGG - Chr6:81335280-81335299 None:intergenic 35.0%
AAAGGAGAATACAACGTGAT+TGG - Chr6:81334677-81334696 None:intergenic 35.0%
ACCTTTAATTCATCCGTAGT+TGG - Chr6:81334878-81334897 None:intergenic 35.0%
ATACCATCAGACATAGATTG+TGG + Chr6:81335274-81335293 MsG0680034127.01.T02:CDS 35.0%
ATATTTATGGAGACGCTTGA+TGG + Chr6:81335309-81335328 MsG0680034127.01.T02:CDS 35.0%
GTTTCAGTTTCCTCTTGAAA+TGG - Chr6:81334743-81334762 None:intergenic 35.0%
TCCAACTACGGATGAATTAA+AGG + Chr6:81334874-81334893 MsG0680034127.01.T02:CDS 35.0%
TGGATCAAACTCTTCATTGT+TGG + Chr6:81335424-81335443 MsG0680034127.01.T02:CDS 35.0%
! GTTTCCTCTTGAAATGGATT+TGG - Chr6:81334737-81334756 None:intergenic 35.0%
! TCATCTTCGTGGTAATGATT+TGG + Chr6:81334823-81334842 MsG0680034127.01.T02:CDS 35.0%
! TGAGGAGTATGGTAAAATGT+AGG - Chr6:81335151-81335170 None:intergenic 35.0%
AAGTCCGACTAAAACTCAAC+CGG + Chr6:81334928-81334947 MsG0680034127.01.T02:CDS 40.0%
AATGACACATATCCGGTACA+TGG - Chr6:81335049-81335068 None:intergenic 40.0%
AGACGAGAGGATTGAGAATA+TGG + Chr6:81334697-81334716 MsG0680034127.01.T02:CDS 40.0%
ATAAGAGGGACCATGATTTG+CGG - Chr6:81334553-81334572 None:intergenic 40.0%
ATCTCCCAATGACACATATC+CGG - Chr6:81335056-81335075 None:intergenic 40.0%
ATGTACCGGATATGTGTCAT+TGG + Chr6:81335048-81335067 MsG0680034127.01.T02:CDS 40.0%
GTTTAAACAGCTGTCGTAGA+AGG - Chr6:81334655-81334674 None:intergenic 40.0%
TGTATTCTCCTTTAGACGAG+AGG + Chr6:81334684-81334703 MsG0680034127.01.T02:CDS 40.0%
TTCTCAATCCTCTCGTCTAA+AGG - Chr6:81334695-81334714 None:intergenic 40.0%
! TGTACCGGATATGTGTCATT+GGG + Chr6:81335049-81335068 MsG0680034127.01.T02:CDS 40.0%
!! GTAACCGGTTGAGTTTTAGT+CGG - Chr6:81334935-81334954 None:intergenic 40.0%
!! GTAGAAGGATAAAGGCATCA+TGG - Chr6:81334640-81334659 None:intergenic 40.0%
ACATGGATGGAGTGTGTCAT+TGG + Chr6:81335182-81335201 MsG0680034127.01.T02:CDS 45.0%
ACGCTATAGCATGAGGAGTA+TGG - Chr6:81335162-81335181 None:intergenic 45.0%
CAGCTGTCGTAGAAGGATAA+AGG - Chr6:81334648-81334667 None:intergenic 45.0%
CATGCGAGTGTTCATGGATT+TGG + Chr6:81334959-81334978 MsG0680034127.01.T02:CDS 45.0%
CATGCTATAGCGTACATGGA+TGG + Chr6:81335169-81335188 MsG0680034127.01.T02:CDS 45.0%
CTCTTCGTGATATGTGACCA+GGG - Chr6:81335353-81335372 None:intergenic 45.0%
GTTAAACGAATCCATTGCCC+TGG + Chr6:81335333-81335352 MsG0680034127.01.T02:CDS 45.0%
TACCCAATTGGAGTCGCAAA+GGG + Chr6:81335466-81335485 MsG0680034127.01.T02:CDS 45.0%
TCCATGTACGCTATAGCATG+AGG - Chr6:81335169-81335188 None:intergenic 45.0%
TCCTCATGCTATAGCGTACA+TGG + Chr6:81335165-81335184 MsG0680034127.01.T02:CDS 45.0%
TCTCTTCGTGATATGTGACC+AGG - Chr6:81335354-81335373 None:intergenic 45.0%
TGTGTTCGTTGTCATCTTCG+TGG + Chr6:81334812-81334831 MsG0680034127.01.T02:CDS 45.0%
TTCCCTTTGCGACTCCAATT+GGG - Chr6:81335471-81335490 None:intergenic 45.0%
TTTCCCTTTGCGACTCCAAT+TGG - Chr6:81335472-81335491 None:intergenic 45.0%
!! TGAGTTTTAGTCGGACTTCG+AGG - Chr6:81334926-81334945 None:intergenic 45.0%
ACACTCGCATGCACAGTAAC+CGG - Chr6:81334950-81334969 None:intergenic 50.0%
ACTGTGCATGCGAGTGTTCA+TGG + Chr6:81334953-81334972 MsG0680034127.01.T02:CDS 50.0%
AGGCATCATGGCGATGAGAA+GGG - Chr6:81334628-81334647 None:intergenic 50.0%
ATGGCGATGAGAAGGGTCTT+TGG - Chr6:81334621-81334640 None:intergenic 50.0%
CCAATTGGGTACTCGATGGA+AGG - Chr6:81335457-81335476 None:intergenic 50.0%
CCTTCCATCGAGTACCCAAT+TGG + Chr6:81335454-81335473 MsG0680034127.01.T02:CDS 50.0%
CGACGTTCGTTTCCATGTAC+CGG + Chr6:81335034-81335053 MsG0680034127.01.T02:CDS 50.0%
GACTCCAATTGGGTACTCGA+TGG - Chr6:81335461-81335480 None:intergenic 50.0%
GTACCCAATTGGAGTCGCAA+AGG + Chr6:81335465-81335484 MsG0680034127.01.T02:CDS 50.0%
GTGATATGTGACCAGGGCAA+TGG - Chr6:81335347-81335366 None:intergenic 50.0%
TTGGATGCGTCCGCAAATCA+TGG + Chr6:81334540-81334559 MsG0680034127.01.T02:CDS 50.0%
! AAGGCATCATGGCGATGAGA+AGG - Chr6:81334629-81334648 None:intergenic 50.0%
AGTCGGACTTCGAGGAGACT+TGG - Chr6:81334918-81334937 None:intergenic 55.0%
! GGACTTCGAGGAGACTTGGT+TGG - Chr6:81334914-81334933 None:intergenic 55.0%
! GGAGACTTGGTTGGACTTCG+AGG - Chr6:81334905-81334924 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 81334425 81335642 81334425 ID=MsG0680034127.01;Name=MsG0680034127.01
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>MsG0680034127.01.T02

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>MsG0680034127.01.T01

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>MsG0680034127.01.T05

ATGGATGGAGTGTGTCATTGGTTATCTATAGATTTTGAATCATATTTAGTGTCGTTTGACTTAAGCAATGAGACGTTCTTTACTACAGCTATACCATCAGACATAGATTGTGGTTTTGATGAAGGATATTTATGGAGACGCTTGATGGTGTTAAACGAATCCATTGCCCTGGTCACATATCACGAAGAGAAGACTACTTTTAACATATCAATTTTAGGTGAATTAAATGTGAAAGAATCATGGATCAAACTCTTCATTGTTGGATTTTTACCTTCCATCGAGTACCCAATTGGAGTCGCAAAGGGAAAATTATTTTTCGAAAGGATAGATAATGAATTAGTTTGGATTGACTTAACTACACATATGATTGAAAATTTTGGTGCTGAAAAAGAGGGCTGTAGTTATAATATGCTAGTTTACAGGGAAAATTTTCTTCCAATCGATCGGTGTAATAAATAA

>MsG0680034127.01.T03

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