AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180005364.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 83 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 100 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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TCATCATACATGCCTTCAAA+AGG 0.493885 1:+90862970 None:intergenic
GGTTCAATAGAATGTTGAAT+GGG 0.497721 1:+90862805 None:intergenic
GCTTGTTTAGACTTGACTAC+CGG 0.505068 1:-90862703 MsG0180005364.01.T01:CDS
ATAGCGTGCAAGTGTTAAAT+GGG 0.505248 1:-90862939 MsG0180005364.01.T01:CDS
AGAAATTTATTGTTGCCAAA+CGG 0.507643 1:-90862653 MsG0180005364.01.T01:CDS
TTCCACATCCTATCGGAGCT+TGG 0.508866 1:-90862768 MsG0180005364.01.T01:CDS
TTGTTAAAATTAAATGGAGG+TGG 0.511878 1:+90863477 None:intergenic
TACATGCCTTCAAAAGGAAA+AGG 0.512305 1:+90862976 None:intergenic
GCTTGCATTCCACATCCTAT+CGG 0.522938 1:-90862775 MsG0180005364.01.T01:CDS
TGTGATATTAAAGGATGTAA+AGG 0.528588 1:-90862908 MsG0180005364.01.T01:CDS
AGGTTCAATAGAATGTTGAA+TGG 0.531633 1:+90862804 None:intergenic
TTCCAAGCTCCGATAGGATG+TGG 0.533321 1:+90862766 None:intergenic
ACCGGGGTGATTGAGGAGAT+TGG 0.539808 1:-90862685 MsG0180005364.01.T01:CDS
CTTGTTTAGACTTGACTACC+GGG 0.548943 1:-90862702 MsG0180005364.01.T01:CDS
TCAGCAGCCAGGAGACGAGC+TGG 0.549406 1:+90863108 None:intergenic
CCTTAACTTGATCAATCTCT+GGG 0.553357 1:+90863349 None:intergenic
AAACGCTTAATAGACTTGAC+AGG 0.556658 1:+90863702 None:intergenic
CCTATCGGAGCTTGGAAGGA+GGG 0.559387 1:-90862760 MsG0180005364.01.T01:CDS
CACCTCGTTGCTCAAGTCAA+AGG 0.560213 1:+90863011 None:intergenic
GCTTGGTGTTAAGGAATCCT+GGG 0.564741 1:-90862854 MsG0180005364.01.T01:CDS
ATCTCACTCCTAACCTTAGG+TGG 0.567784 1:+90863300 None:intergenic
GCTCACCCAAAATTGATACA+TGG 0.572113 1:+90862875 None:intergenic
AGACTATAAATCTCCCAGAA+AGG 0.573374 1:+90863168 None:intergenic
TGACTATAAAGTCATTCGAC+AGG 0.574420 1:-90863241 MsG0180005364.01.T01:CDS
ACATCCTATCGGAGCTTGGA+AGG 0.577585 1:-90862764 MsG0180005364.01.T01:CDS
ACGCATCACTATCAGCAGCC+AGG 0.584593 1:+90863097 None:intergenic
GTTCCCAAGAATCATCAGAA+AGG 0.586291 1:+90863550 None:intergenic
TCCTATCGGAGCTTGGAAGG+AGG 0.591168 1:-90862761 MsG0180005364.01.T01:CDS
TCTTGCTTCACAACATCCCA+AGG 0.591977 1:+90863192 None:intergenic
AACTGAGAAGAAGATGAAGA+AGG 0.593652 1:-90863781 MsG0180005364.01.T01:CDS
AATGAAGAAAGCAATGTCAT+CGG 0.598153 1:+90863737 None:intergenic
AACATTGAAGAGTCTAACCC+AGG 0.600955 1:+90862837 None:intergenic
CCCTCCTTCCAAGCTCCGAT+AGG 0.613118 1:+90862760 None:intergenic
AAGATGAAGAAGGTTAGTAG+TGG 0.613835 1:-90863771 MsG0180005364.01.T01:CDS
AATTTATTGTTGCCAAACGG+TGG 0.636691 1:-90862650 MsG0180005364.01.T01:CDS
AGACAAGCATCATCATAGAG+TGG 0.646769 1:+90863591 None:intergenic
ATATTGTTAAAATTAAATGG+AGG 0.649398 1:+90863474 None:intergenic
CTCCTTTGACTTGAGCAACG+AGG 0.650118 1:-90863013 MsG0180005364.01.T01:CDS
GGAAGCTCAACAATACCAGA+AGG 0.650451 1:+90863321 None:intergenic
ACCAATCTCCTCAATCACCC+CGG 0.678951 1:+90862684 None:intergenic
GTCTTAAAAGTGATTCCTGG+AGG 0.680214 1:-90863149 MsG0180005364.01.T01:CDS
TAGTGATGCGTACTTGAATG+GGG 0.689867 1:-90863085 MsG0180005364.01.T01:CDS
TTGTTTAGACTTGACTACCG+GGG 0.741363 1:-90862701 MsG0180005364.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TGTATATTGTTAAAATTAAA+TGG + Chr1:90862933-90862952 None:intergenic 10.0%
!! ATATTGTTAAAATTAAATGG+AGG + Chr1:90862930-90862949 None:intergenic 15.0%
!! CTAATTTCTTCAAAATGTTT+CGG - Chr1:90862763-90862782 MsG0180005364.01.T01:CDS 20.0%
!! TAGTAAAAGAAAAATCAACT+TGG - Chr1:90863364-90863383 MsG0180005364.01.T01:CDS 20.0%
!!! GAAACATTTTGAAGAAATTA+GGG + Chr1:90862764-90862783 None:intergenic 20.0%
!!! TTTTCTTTTACTATTTGCTT+CGG + Chr1:90863357-90863376 None:intergenic 20.0%
! AAACAAGCTAGTTCATAATT+TGG + Chr1:90863686-90863705 None:intergenic 25.0%
! AATGGAATTCTTTGTATATG+TGG - Chr1:90862990-90863009 MsG0180005364.01.T01:CDS 25.0%
! AGAAATTTATTGTTGCCAAA+CGG - Chr1:90863748-90863767 MsG0180005364.01.T01:CDS 25.0%
! GTGCTAAAAATACTATATTG+TGG - Chr1:90863027-90863046 MsG0180005364.01.T01:CDS 25.0%
! TACGTTTAATAATCATCCTT+GGG - Chr1:90863193-90863212 MsG0180005364.01.T01:CDS 25.0%
! TGTGATATTAAAGGATGTAA+AGG - Chr1:90863493-90863512 MsG0180005364.01.T01:CDS 25.0%
! TTACGTTTAATAATCATCCT+TGG - Chr1:90863192-90863211 MsG0180005364.01.T01:CDS 25.0%
! TTGTTAAAATTAAATGGAGG+TGG + Chr1:90862927-90862946 None:intergenic 25.0%
!! CGAACTGTTATTCATATTTT+AGG - Chr1:90862954-90862973 MsG0180005364.01.T01:CDS 25.0%
!! TCTTTCCATGTATCAATTTT+GGG - Chr1:90863521-90863540 MsG0180005364.01.T01:CDS 25.0%
!!! ACATTCTATTGAACCTTTTT+TGG - Chr1:90863604-90863623 MsG0180005364.01.T01:CDS 25.0%
!!! ACTGTTATTCATATTTTAGG+AGG - Chr1:90862957-90862976 MsG0180005364.01.T01:CDS 25.0%
!!! CGAAACATTTTGAAGAAATT+AGG + Chr1:90862765-90862784 None:intergenic 25.0%
!!! CTGTTATTCATATTTTAGGA+GGG - Chr1:90862958-90862977 MsG0180005364.01.T01:CDS 25.0%
AAGAAAAACCTTCTTCCATT+TGG - Chr1:90863779-90863798 MsG0180005364.01.T01:CDS 30.0%
AATGAAGAAAGCAATGTCAT+CGG + Chr1:90862667-90862686 None:intergenic 30.0%
AGGTTCAATAGAATGTTGAA+TGG + Chr1:90863600-90863619 None:intergenic 30.0%
ATAGAATGTTGAATGGGAAA+AGG + Chr1:90863593-90863612 None:intergenic 30.0%
GGTTCAATAGAATGTTGAAT+GGG + Chr1:90863599-90863618 None:intergenic 30.0%
TAGAATGTTGAATGGGAAAA+GGG + Chr1:90863592-90863611 None:intergenic 30.0%
! ATAGTCTTAAAAGTGATTCC+TGG - Chr1:90863249-90863268 MsG0180005364.01.T01:CDS 30.0%
! ATTACACCTTTTCCTTTTGA+AGG - Chr1:90863419-90863438 MsG0180005364.01.T01:CDS 30.0%
! GTCTTTCCATGTATCAATTT+TGG - Chr1:90863520-90863539 MsG0180005364.01.T01:CDS 30.0%
!! ATATGTGGCATTGATCATTA+TGG - Chr1:90863005-90863024 MsG0180005364.01.T01:CDS 30.0%
!!! TGGGAACTTTATTTTCTTTC+TGG - Chr1:90862867-90862886 MsG0180005364.01.T01:CDS 30.0%
AAACGCTTAATAGACTTGAC+AGG + Chr1:90862702-90862721 None:intergenic 35.0%
AACTGAGAAGAAGATGAAGA+AGG - Chr1:90862620-90862639 MsG0180005364.01.T01:CDS 35.0%
AAGATGAAGAAGGTTAGTAG+TGG - Chr1:90862630-90862649 MsG0180005364.01.T01:CDS 35.0%
AATCATCAGAAAGGAGATAC+TGG + Chr1:90862845-90862864 None:intergenic 35.0%
AATTTATTGTTGCCAAACGG+TGG - Chr1:90863751-90863770 MsG0180005364.01.T01:CDS 35.0%
AGACTATAAATCTCCCAGAA+AGG + Chr1:90863236-90863255 None:intergenic 35.0%
ATAGCGTGCAAGTGTTAAAT+GGG - Chr1:90863462-90863481 MsG0180005364.01.T01:CDS 35.0%
ATAGTGATGCGTACTTGAAT+GGG - Chr1:90863315-90863334 MsG0180005364.01.T01:CDS 35.0%
ATCTCCTTTCTGATGATTCT+TGG - Chr1:90862847-90862866 MsG0180005364.01.T01:CDS 35.0%
ATCTTCTTCTCAGTTGTTGA+TGG + Chr1:90862615-90862634 None:intergenic 35.0%
GAGATTAAGCTTCATGGATT+CGG - Chr1:90863119-90863138 MsG0180005364.01.T01:CDS 35.0%
GTCTGTTGCTGTGATATTAA+AGG - Chr1:90863484-90863503 MsG0180005364.01.T01:CDS 35.0%
TAATTGTCTGCAACTCCAAA+TGG + Chr1:90863797-90863816 None:intergenic 35.0%
TACATGCCTTCAAAAGGAAA+AGG + Chr1:90863428-90863447 None:intergenic 35.0%
TATAGCGTGCAAGTGTTAAA+TGG - Chr1:90863461-90863480 MsG0180005364.01.T01:CDS 35.0%
TCATCATACATGCCTTCAAA+AGG + Chr1:90863434-90863453 None:intergenic 35.0%
TCTCCTTTCTGATGATTCTT+GGG - Chr1:90862848-90862867 MsG0180005364.01.T01:CDS 35.0%
TGACTATAAAGTCATTCGAC+AGG - Chr1:90863160-90863179 MsG0180005364.01.T01:CDS 35.0%
TTAATCTCACTCCTAACCTT+AGG + Chr1:90863107-90863126 None:intergenic 35.0%
TTTCATGTGTTCGCAAATCA+TGG - Chr1:90862721-90862740 MsG0180005364.01.T01:CDS 35.0%
! ACCTTAACTTGATCAATCTC+TGG + Chr1:90863056-90863075 None:intergenic 35.0%
! CCTTAACTTGATCAATCTCT+GGG + Chr1:90863055-90863074 None:intergenic 35.0%
! GATTCGGTTATGATCATGTT+AGG - Chr1:90863135-90863154 MsG0180005364.01.T01:CDS 35.0%
! GTCAAAATCAATTTTCCTCC+AGG + Chr1:90863270-90863289 None:intergenic 35.0%
! TTTTCTTGTAAACCACCGTT+TGG + Chr1:90863766-90863785 None:intergenic 35.0%
!! GAAGGCATGTATGATGATTT+TGG - Chr1:90863437-90863456 MsG0180005364.01.T01:CDS 35.0%
AACATTGAAGAGTCTAACCC+AGG + Chr1:90863567-90863586 None:intergenic 40.0%
ACTTGAATGGGGTTTGTCAT+TGG - Chr1:90863327-90863346 MsG0180005364.01.T01:CDS 40.0%
AGACAAGCATCATCATAGAG+TGG + Chr1:90862813-90862832 None:intergenic 40.0%
AGGAGTGAGATTAAGCTTCA+TGG - Chr1:90863113-90863132 MsG0180005364.01.T01:CDS 40.0%
CAAGTTAAGGTCATTCCTTC+TGG - Chr1:90863065-90863084 MsG0180005364.01.T01:CDS 40.0%
CCCAGAGATTGATCAAGTTA+AGG - Chr1:90863052-90863071 MsG0180005364.01.T01:CDS 40.0%
CTTGTTTAGACTTGACTACC+GGG - Chr1:90863699-90863718 MsG0180005364.01.T01:CDS 40.0%
GATAGTGATGCGTACTTGAA+TGG - Chr1:90863314-90863333 MsG0180005364.01.T01:CDS 40.0%
GCTCACCCAAAATTGATACA+TGG + Chr1:90863529-90863548 None:intergenic 40.0%
GCTTGTTTAGACTTGACTAC+CGG - Chr1:90863698-90863717 MsG0180005364.01.T01:CDS 40.0%
GTCTTAAAAGTGATTCCTGG+AGG - Chr1:90863252-90863271 MsG0180005364.01.T01:CDS 40.0%
GTTCCCAAGAATCATCAGAA+AGG + Chr1:90862854-90862873 None:intergenic 40.0%
TAGTGATGCGTACTTGAATG+GGG - Chr1:90863316-90863335 MsG0180005364.01.T01:CDS 40.0%
TATTGTTGAGCTTCCACCTA+AGG - Chr1:90863088-90863107 MsG0180005364.01.T01:CDS 40.0%
TGTGGAATGCAAGCCAAAAA+AGG + Chr1:90863620-90863639 None:intergenic 40.0%
TTAGGAGGGTCTTCTGTTAA+TGG - Chr1:90862972-90862991 MsG0180005364.01.T01:CDS 40.0%
TTGTTTAGACTTGACTACCG+GGG - Chr1:90863700-90863719 MsG0180005364.01.T01:CDS 40.0%
!! GTATCAATTTTGGGTGAGCT+TGG - Chr1:90863530-90863549 MsG0180005364.01.T01:CDS 40.0%
ATCTCACTCCTAACCTTAGG+TGG + Chr1:90863104-90863123 None:intergenic 45.0%
CTGCAACTCCAAATGGAAGA+AGG + Chr1:90863790-90863809 None:intergenic 45.0%
GCTTGCATTCCACATCCTAT+CGG - Chr1:90863626-90863645 MsG0180005364.01.T01:CDS 45.0%
GGAAGCTCAACAATACCAGA+AGG + Chr1:90863083-90863102 None:intergenic 45.0%
TCTTGCTTCACAACATCCCA+AGG + Chr1:90863212-90863231 None:intergenic 45.0%
TGTGAAGCAAGAGCCTTTCT+GGG - Chr1:90863220-90863239 MsG0180005364.01.T01:CDS 45.0%
TTGAGCTTCCACCTAAGGTT+AGG - Chr1:90863093-90863112 MsG0180005364.01.T01:CDS 45.0%
TTGTGAAGCAAGAGCCTTTC+TGG - Chr1:90863219-90863238 MsG0180005364.01.T01:CDS 45.0%
!! AGCTTGGTGTTAAGGAATCC+TGG - Chr1:90863546-90863565 MsG0180005364.01.T01:CDS 45.0%
!! GCTTGGTGTTAAGGAATCCT+GGG - Chr1:90863547-90863566 MsG0180005364.01.T01:CDS 45.0%
!! TTTGGGTGAGCTTGGTGTTA+AGG - Chr1:90863538-90863557 MsG0180005364.01.T01:CDS 45.0%
ACATCCTATCGGAGCTTGGA+AGG - Chr1:90863637-90863656 MsG0180005364.01.T01:CDS 50.0%
ACCAATCTCCTCAATCACCC+CGG + Chr1:90863720-90863739 None:intergenic 50.0%
CACCTCGTTGCTCAAGTCAA+AGG + Chr1:90863393-90863412 None:intergenic 50.0%
TTCCAAGCTCCGATAGGATG+TGG + Chr1:90863638-90863657 None:intergenic 50.0%
TTCCACATCCTATCGGAGCT+TGG - Chr1:90863633-90863652 MsG0180005364.01.T01:CDS 50.0%
!! CTCCTTTGACTTGAGCAACG+AGG - Chr1:90863388-90863407 MsG0180005364.01.T01:CDS 50.0%
ACCGGGGTGATTGAGGAGAT+TGG - Chr1:90863716-90863735 MsG0180005364.01.T01:CDS 55.0%
ACGCATCACTATCAGCAGCC+AGG + Chr1:90863307-90863326 None:intergenic 55.0%
CCTATCGGAGCTTGGAAGGA+GGG - Chr1:90863641-90863660 MsG0180005364.01.T01:CDS 55.0%
CTTGACTACCGGGGTGATTG+AGG - Chr1:90863709-90863728 MsG0180005364.01.T01:CDS 55.0%
TCCTATCGGAGCTTGGAAGG+AGG - Chr1:90863640-90863659 MsG0180005364.01.T01:CDS 55.0%
CCCTCCTTCCAAGCTCCGAT+AGG + Chr1:90863644-90863663 None:intergenic 60.0%
TGACATGCCAGCTCGTCTCC+TGG - Chr1:90863286-90863305 MsG0180005364.01.T01:CDS 60.0%
TCAGCAGCCAGGAGACGAGC+TGG + Chr1:90863296-90863315 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 90862606 90863817 90862606 ID=MsG0180005364.01;Name=MsG0180005364.01
Chr1 mRNA 90862606 90863817 90862606 ID=MsG0180005364.01.T01;Parent=MsG0180005364.01;Name=MsG0180005364.01.T01;_AED=0.48;_eAED=0.48;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|403
Chr1 exon 90862606 90863817 90862606 ID=MsG0180005364.01.T01:exon:48103;Parent=MsG0180005364.01.T01
Chr1 CDS 90862606 90863817 90862606 ID=MsG0180005364.01.T01:cds;Parent=MsG0180005364.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180005364.01.T01

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Protein sequence

>MsG0180005364.01.T01

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