Alfalfa Gene Editing Database
Alfalfa Gene Editing Database
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| MsG0880043384.01.T05 | XP_013444976.1 | 92.754 | 207 | 15 | 0 | 1 | 207 | 13 | 219 | 4.62E-139 | 405 |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MsG0880043384.01.T01 | A0A072TP79 | 81.556 | 347 | 25 | 2 | 1 | 308 | 9 | 355 | 0.0 | 563 |
| MsG0880043384.01.T02 | A0A072TP79 | 88.496 | 226 | 14 | 1 | 1 | 214 | 13 | 238 | 4.54e-141 | 410 |
| MsG0880043384.01.T03 | A0A072TP79 | 82.833 | 233 | 14 | 1 | 1 | 207 | 6 | 238 | 2.51e-133 | 390 |
| MsG0880043384.01.T05 | A0A072TP79 | 92.754 | 207 | 15 | 0 | 1 | 207 | 13 | 219 | 2.21e-139 | 405 |
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Co-expression Network
PPI
| Query id | Subject id | identity % | alignment length | mismatches | gap openings | q. start | q. end | s. start | s. end | e-value | bit score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MsG0880043384.01.T01 | MTR_8g033110 | 81.556 | 347 | 25 | 2 | 1 | 308 | 9 | 355 | 0.0 | 563 |
| MsG0880043384.01.T01 | MTR_8g033090 | 72.365 | 351 | 58 | 4 | 1 | 313 | 9 | 358 | 5.42e-174 | 488 |
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| MsG0880043384.01.T01 | MTR_8g033140 | 48.844 | 346 | 138 | 8 | 2 | 310 | 15 | 358 | 9.53e-97 | 292 |
| MsG0880043384.01.T01 | MTR_8g032980 | 47.606 | 355 | 126 | 7 | 1 | 303 | 10 | 356 | 1.32e-92 | 281 |
| MsG0880043384.01.T01 | MTR_8g046310 | 48.125 | 320 | 148 | 7 | 1 | 312 | 11 | 320 | 6.67e-84 | 258 |
| MsG0880043384.01.T01 | MTR_8g046200 | 43.417 | 357 | 139 | 10 | 2 | 305 | 12 | 358 | 1.64e-81 | 253 |
| MsG0880043384.01.T01 | MTR_8g046220 | 42.980 | 349 | 148 | 11 | 2 | 312 | 13 | 348 | 3.37e-77 | 241 |
| MsG0880043384.01.T01 | MTR_0129s0070 | 41.265 | 332 | 163 | 13 | 3 | 310 | 14 | 337 | 4.67e-64 | 207 |
Find 87 sgRNAs with CRISPR-Local
Find 104 sgRNAs with CRISPR-GE
CRISPR-Local
| sgRNA_sequence | on_target_score | Position | Region |
|---|---|---|---|
| AAACACACGTTTCATCCTAA+AGG | 0.536425 | 8:+23993770 | MsG0880043384.01.T01:CDS |
| AACATCTAAGCTGGTAAGCA+CGG | 0.556757 | 8:+23993581 | MsG0880043384.01.T04:CDS |
| AACTCGGTGTTAAAGAATCG+TGG | 0.592984 | 8:+23994574 | MsG0880043384.01.T01:CDS |
| AAGATACATCCTTGTGCATT+TGG | 0.321119 | 8:+23994056 | MsG0880043384.01.T01:CDS |
| AAGTCATCTTCATGAAATGG+AGG | 0.622042 | 8:-23993879 | None:intergenic |
| AATCAGGGCTTTGAAATAAA+AGG | 0.193972 | 8:-23993695 | None:intergenic |
| AATCGTTTGAGTGATTTGAG+AGG | 0.649890 | 8:-23993648 | None:intergenic |
| AATGACACAATATCATTAGA+TGG | 0.346210 | 8:-23994360 | None:intergenic |
| AATTACCTTCAAAGTCTAAA+GGG | 0.467719 | 8:-23994127 | None:intergenic |
| ACATGACTATAAATTTATCC+GGG | 0.552881 | 8:+23994094 | MsG0880043384.01.T01:CDS |
CRISPR-GE
| badsite warning | sgRNA_sequence | Strand | Position | Region | GC_content |
|---|---|---|---|---|---|
| AGGATTATGATCACATTGAT+TGG | + | Chr8:23994189-23994208 | MsG0880043384.01.T01:CDS | 30.0% | |
| ATGACACAAAAATTGTGTTG+TGG | + | Chr8:23993967-23993986 | MsG0880043384.01.T01:CDS | 30.0% | |
| CAATTACCTTCAAAGTCTAA+AGG | - | Chr8:23994131-23994150 | None:intergenic | 30.0% | |
| CGAAACATGTTCATAAAATC+AGG | - | Chr8:23993714-23993733 | None:intergenic | 30.0% | |
| TAATATGAATGACCCTTTCT+GGG | + | Chr8:23994225-23994244 | MsG0880043384.01.T01:intron | 30.0% | |
| TGATAAGGATAGCTATTTGT+GGG | + | Chr8:23994163-23994182 | MsG0880043384.01.T01:CDS | 30.0% | |
| TGCTTACATTTCCAATATTG+TGG | + | Chr8:23994518-23994537 | MsG0880043384.01.T01:CDS | 30.0% | |
| TTTCATATCTAAACACAACG+AGG | + | Chr8:23993740-23993759 | MsG0880043384.01.T01:CDS | 30.0% | |
| AAACACACGTTTCATCCTAA+AGG | + | Chr8:23993770-23993789 | MsG0880043384.01.T01:CDS | 35.0% | |
| AAGATACATCCTTGTGCATT+TGG | + | Chr8:23994056-23994075 | MsG0880043384.01.T01:CDS | 35.0% |
| Chromosome | Type | Strat | End | Strand | Name |
|---|---|---|---|---|---|
| Chr8 | gene | 23993573 | 23994647 | 23993573 | ID=MsG0880043384.01;Name=MsG0880043384.01 |
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| Chr8 | exon | 23993594 | 23994220 | 23993594 | ID=MsG0880043384.01.T01:exon:8775;Parent=MsG0880043384.01.T01 |
| Chr8 | exon | 23994297 | 23994439 | 23994297 | ID=MsG0880043384.01.T01:exon:8776;Parent=MsG0880043384.01.T01 |
| Chr8 | exon | 23994476 | 23994647 | 23994476 | ID=MsG0880043384.01.T01:exon:8777;Parent=MsG0880043384.01.T01 |
| Chr8 | CDS | 23993594 | 23994220 | 23993594 | ID=MsG0880043384.01.T01:cds;Parent=MsG0880043384.01.T01 |
| Chr8 | CDS | 23994297 | 23994439 | 23994297 | ID=MsG0880043384.01.T01:cds;Parent=MsG0880043384.01.T01 |
| Chr8 | CDS | 23994476 | 23994647 | 23994476 | ID=MsG0880043384.01.T01:cds;Parent=MsG0880043384.01.T01 |
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| Chr8 | CDS | 23993606 | 23994211 | 23993606 | ID=MsG0880043384.01.T02:cds;Parent=MsG0880043384.01.T02 |
| Chr8 | CDS | 23994247 | 23994330 | 23994247 | ID=MsG0880043384.01.T02:cds;Parent=MsG0880043384.01.T02 |
| Chr8 | mRNA | 23993585 | 23994330 | 23993585 | ID=MsG0880043384.01.T03;Parent=MsG0880043384.01;Name=MsG0880043384.01.T03;_AED=0.23;_eAED=0.27;_QI=0|0|0|1|0|0|2|0|222 |
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| Chr8 | exon | 23994221 | 23994330 | 23994221 | ID=MsG0880043384.01.T03:exon:8781;Parent=MsG0880043384.01.T03 |
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| Chr8 | CDS | 23994221 | 23994330 | 23994221 | ID=MsG0880043384.01.T03:cds;Parent=MsG0880043384.01.T03 |
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| Chr8 | mRNA | 23993720 | 23994232 | 23993720 | ID=MsG0880043384.01.T06;Parent=MsG0880043384.01;Name=MsG0880043384.01.T06;_AED=0.30;_eAED=0.30;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|170 |
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| Chr8 | mRNA | 23994297 | 23994647 | 23994297 | ID=MsG0880043384.01.T07;Parent=MsG0880043384.01;Name=MsG0880043384.01.T07;_AED=0.36;_eAED=0.37;_QI=0|-1|0|1|-1|0|1|0|116 |
| Chr8 | exon | 23994297 | 23994647 | 23994297 | ID=MsG0880043384.01.T07:exon:8785;Parent=MsG0880043384.01.T07 |
| Chr8 | CDS | 23994297 | 23994647 | 23994297 | ID=MsG0880043384.01.T07:cds;Parent=MsG0880043384.01.T07 |
| Gene Sequence |
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