AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680034126.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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MsG0680034126.01.T03 AT5G62660 26.087 322 180 14 22 332 44 318 3.18e-12 68.2
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Find 70 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 85 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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TATGTGAGTGTTCATGGATT+TGG 0.356758 6:-81325653 MsG0680034126.01.T03:CDS
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AATCGCTTCAAAGATTTAAG+AGG 0.387042 6:+81326076 None:intergenic
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CCTTCCATTGAGTACCCAAT+TGG 0.404616 6:-81325149 MsG0680034126.01.T03:CDS
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GAAGATCTTGGTGTTAAAGA+AGG 0.425062 6:-81325050 MsG0680034126.01.T03:CDS
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TTGTGTTAAGCATGACTATA+AGG 0.447594 6:-81325624 MsG0680034126.01.T03:CDS
TGAGACTTAGTCGGACTTCG+AGG 0.449585 6:+81325689 None:intergenic
ATATTTATGGAGACACTTGA+TGG 0.454494 6:-81325294 MsG0680034126.01.T03:CDS
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TTGGATGCGTCCGCAAATCA+TGG 0.467331 6:-81326054 MsG0680034126.01.T03:CDS
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TAAAATCTCAAACAGGGAGC+AGG 0.480700 6:+81325829 None:intergenic
ACACATATGATTGAAGATCT+TGG 0.481552 6:-81325062 MsG0680034126.01.T03:CDS
GCTATACCATCAGACATAGA+TGG 0.491101 6:-81325332 MsG0680034126.01.T03:CDS
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AAGATCTTGGTGTTAAAGAA+GGG 0.501942 6:-81325049 MsG0680034126.01.T03:CDS
AATGACACATATCCAGTGCT+TGG 0.501984 6:+81325563 None:intergenic
CAAGTTATATATCTCCCAGT+AGG 0.506273 6:+81325520 None:intergenic
TCCATGTACACTCTAGCATC+AGG 0.513111 6:+81325443 None:intergenic
AAGTCCGACTAAGTCTCAAC+GGG 0.515353 6:-81325684 MsG0680034126.01.T03:CDS
ACATGGATGGAGTGTGTCAT+TGG 0.519917 6:-81325427 MsG0680034126.01.T03:CDS
TACCCAATTGGAGTGGCAAA+GGG 0.519935 6:-81325137 MsG0680034126.01.T03:CDS
GCCTTTCTCCTTCTACGACA+GGG 0.524530 6:-81325950 MsG0680034126.01.T03:CDS
CACTCCAATTGGGTACTCAA+TGG 0.525070 6:+81325145 None:intergenic
TATTTATTACACCGATCGAT+TGG 0.528896 6:+81324984 None:intergenic
ATGATATGTGACCAGGGCAA+TGG 0.529166 6:+81325259 None:intergenic
TCCTGATGCTAGAGTGTACA+TGG 0.535303 6:-81325444 MsG0680034126.01.T03:CDS
AAGGCATCACGGCGATGAGA+AGG 0.537293 6:+81325968 None:intergenic
TTTGATCGTGACGAATGAAA+AGG 0.542815 6:-81326149 MsG0680034126.01.T03:CDS
GTACCCAATTGGAGTGGCAA+AGG 0.543363 6:-81325138 MsG0680034126.01.T03:CDS
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TCCAACTACGGATGAATCAA+AGG 0.552814 6:-81325717 MsG0680034126.01.T03:CDS
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CCTTTCTCCTTCTACGACAG+GGG 0.572556 6:-81325949 MsG0680034126.01.T03:CDS
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AAGTTATATATCTCCCAGTA+GGG 0.587663 6:+81325521 None:intergenic
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ATAAGAGGGACCATGATTTG+CGG 0.589302 6:+81326044 None:intergenic
TTTACTGTGGAATCCAACTA+CGG 0.590221 6:-81325729 MsG0680034126.01.T03:CDS
CTCTTTATGATATGTGACCA+GGG 0.591383 6:+81325253 None:intergenic
AGATCTTGGTGTTAAAGAAG+GGG 0.592095 6:-81325048 MsG0680034126.01.T03:CDS
GTTAAACGAATCCATTGCCC+TGG 0.594701 6:-81325270 MsG0680034126.01.T03:CDS
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AGAGTACCATCTATGTCTGA+TGG 0.615970 6:+81325326 None:intergenic
GAAGTCCGACTAAGTCTCAA+CGG 0.623260 6:-81325685 MsG0680034126.01.T03:CDS
CATATTTAAAATCTCAAACA+GGG 0.631877 6:+81325823 None:intergenic
GATGCTAGAGTGTACATGGA+TGG 0.632412 6:-81325440 MsG0680034126.01.T03:CDS
TCAACCCGTTGAGACTTAGT+CGG 0.642882 6:+81325680 None:intergenic
CATTGAGTACCCAATTGGAG+TGG 0.646922 6:-81325144 MsG0680034126.01.T03:CDS
TATGTCTGATGGTATAGCTG+TGG 0.682361 6:+81325337 None:intergenic
GTAGAAGGAGAAAGGCATCA+CGG 0.702602 6:+81325957 None:intergenic

CRISPR-GE

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!! CTCTTGTTAAAGAATATTTA+TGG - Chr6:81325845-81325864 MsG0680034126.01.T03:CDS 20.0%
!! CTTTGGATAAAAAATAACTA+CGG + Chr6:81325162-81325181 None:intergenic 20.0%
!!! AATAAGTGTTTTCAAATAAG+AGG + Chr6:81325126-81325145 None:intergenic 20.0%
!!! ACTTTTAGCATATCAATTTT+AGG - Chr6:81325928-81325947 MsG0680034126.01.T03:CDS 20.0%
!!! AGGGAAAATTATTTTTCAAA+AGG - Chr6:81326034-81326053 MsG0680034126.01.T03:CDS 20.0%
!!! ATAAGTGTTTTCAAATAAGA+GGG + Chr6:81325125-81325144 None:intergenic 20.0%
!!! CATATTTAAAATCTCAAACA+GGG + Chr6:81325332-81325351 None:intergenic 20.0%
!!! CTGTTTGAGATTTTAAATAT+GGG - Chr6:81325331-81325350 MsG0680034126.01.T03:CDS 20.0%
!!! TTTTAATATGCTAGTTTACA+AGG - Chr6:81326134-81326153 MsG0680034126.01.T03:CDS 20.0%
! AAACACTTATTTCATGAACA+TGG - Chr6:81325135-81325154 MsG0680034126.01.T03:CDS 25.0%
! AGGATAGATAAAGAATTAGT+TGG - Chr6:81326054-81326073 MsG0680034126.01.T03:CDS 25.0%
! ATAACTTGAGAAGTAATTCT+TGG - Chr6:81325647-81325666 MsG0680034126.01.T03:CDS 25.0%
!! AAAATTTTCTTCCAATCGAT+CGG - Chr6:81326157-81326176 MsG0680034126.01.T03:CDS 25.0%
!! CCATATTTAAAATCTCAAAC+AGG + Chr6:81325333-81325352 None:intergenic 25.0%
!! TTTATACAAGAGTTTTACTG+TGG - Chr6:81325410-81325429 MsG0680034126.01.T03:CDS 25.0%
!!! CCTGTTTGAGATTTTAAATA+TGG - Chr6:81325330-81325349 MsG0680034126.01.T03:CDS 25.0%
!!! TTTGAGATTTTAAATATGGG+TGG - Chr6:81325334-81325353 MsG0680034126.01.T03:CDS 25.0%
AAGTTATATATCTCCCAGTA+GGG + Chr6:81325634-81325653 None:intergenic 30.0%
AATCGCTTCAAAGATTTAAG+AGG + Chr6:81325079-81325098 None:intergenic 30.0%
ACACATATGATTGAAGATCT+TGG - Chr6:81326090-81326109 MsG0680034126.01.T03:CDS 30.0%
ATATTTATGGAGACACTTGA+TGG - Chr6:81325858-81325877 MsG0680034126.01.T03:CDS 30.0%
CCAAATTTCGCATAGAAAAT+CGG + Chr6:81325567-81325586 None:intergenic 30.0%
TATTTATTACACCGATCGAT+TGG + Chr6:81326171-81326190 None:intergenic 30.0%
TTGTGTTAAGCATGACTATA+AGG - Chr6:81325528-81325547 MsG0680034126.01.T03:CDS 30.0%
! TGTATTCTCTTTTAGATGAG+AGG - Chr6:81325245-81325264 MsG0680034126.01.T03:CDS 30.0%
!! AAGATCTTGGTGTTAAAGAA+GGG - Chr6:81326103-81326122 MsG0680034126.01.T03:CDS 30.0%
!! CTTAAATCTTTGAAGCGATT+TGG - Chr6:81325079-81325098 MsG0680034126.01.T03:CDS 30.0%
!!! GTTTTTTTCGTGATAACGAT+CGG - Chr6:81325383-81325402 MsG0680034126.01.T03:CDS 30.0%
AGAGAATACAACGTGATTGT+TGG + Chr6:81325235-81325254 None:intergenic 35.0%
AGATGAGAGGATTGAGAATA+TGG - Chr6:81325258-81325277 MsG0680034126.01.T03:CDS 35.0%
ATATATCTTTCGAACCCTAC+TGG - Chr6:81325617-81325636 MsG0680034126.01.T03:CDS 35.0%
CAAGTTATATATCTCCCAGT+AGG + Chr6:81325635-81325654 None:intergenic 35.0%
CTCTTTATGATATGTGACCA+GGG + Chr6:81325902-81325921 None:intergenic 35.0%
TATATCTTTCGAACCCTACT+GGG - Chr6:81325618-81325637 MsG0680034126.01.T03:CDS 35.0%
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TCTCTTTATGATATGTGACC+AGG + Chr6:81325903-81325922 None:intergenic 35.0%
TTTACTGTGGAATCCAACTA+CGG - Chr6:81325423-81325442 MsG0680034126.01.T03:CDS 35.0%
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! CCGATTTTCTATGCGAAATT+TGG - Chr6:81325564-81325583 MsG0680034126.01.T03:CDS 35.0%
! GTTTCAGTTTGCTCTTGAAA+TGG + Chr6:81325304-81325323 None:intergenic 35.0%
! GTTTGCTCTTGAAATGGATT+TGG + Chr6:81325298-81325317 None:intergenic 35.0%
! TTTTCATTCGTCACGATCAA+AGG + Chr6:81325004-81325023 None:intergenic 35.0%
!! AGATCTTGGTGTTAAAGAAG+GGG - Chr6:81326104-81326123 MsG0680034126.01.T03:CDS 35.0%
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!! TCAGGAGTACTGTAAAATGT+AGG + Chr6:81325694-81325713 None:intergenic 35.0%
AATGACACATATCCAGTGCT+TGG + Chr6:81325592-81325611 None:intergenic 40.0%
ACCTTTGATTCATCCGTAGT+TGG + Chr6:81325439-81325458 None:intergenic 40.0%
ATAAGAGGGACCATGATTTG+CGG + Chr6:81325111-81325130 None:intergenic 40.0%
GATGTGTATGTGAGTGTTCA+TGG - Chr6:81325493-81325512 MsG0680034126.01.T03:CDS 40.0%
GCTATACCATCAGACATAGA+TGG - Chr6:81325820-81325839 MsG0680034126.01.T03:CDS 40.0%
TAAAATCTCAAACAGGGAGC+AGG + Chr6:81325326-81325345 None:intergenic 40.0%
TATGTCTGATGGTATAGCTG+TGG + Chr6:81325818-81325837 None:intergenic 40.0%
TCACGATCAAAGGTTTCTTC+TGG + Chr6:81324994-81325013 None:intergenic 40.0%
TCCAACTACGGATGAATCAA+AGG - Chr6:81325435-81325454 MsG0680034126.01.T03:CDS 40.0%
! AGAGTACCATCTATGTCTGA+TGG + Chr6:81325829-81325848 None:intergenic 40.0%
AAGTCCGACTAAGTCTCAAC+GGG - Chr6:81325468-81325487 MsG0680034126.01.T03:CDS 45.0%
ACATGGATGGAGTGTGTCAT+TGG - Chr6:81325725-81325744 MsG0680034126.01.T03:CDS 45.0%
ATGATATGTGACCAGGGCAA+TGG + Chr6:81325896-81325915 None:intergenic 45.0%
CACTCCAATTGGGTACTCAA+TGG + Chr6:81326010-81326029 None:intergenic 45.0%
CATTGAGTACCCAATTGGAG+TGG - Chr6:81326008-81326027 MsG0680034126.01.T03:CDS 45.0%
CCAATTGGGTACTCAATGGA+AGG + Chr6:81326006-81326025 None:intergenic 45.0%
CCTTCCATTGAGTACCCAAT+TGG - Chr6:81326003-81326022 MsG0680034126.01.T03:CDS 45.0%
GAAGTCCGACTAAGTCTCAA+CGG - Chr6:81325467-81325486 MsG0680034126.01.T03:CDS 45.0%
GATGCTAGAGTGTACATGGA+TGG - Chr6:81325712-81325731 MsG0680034126.01.T03:CDS 45.0%
GTTAAACGAATCCATTGCCC+TGG - Chr6:81325882-81325901 MsG0680034126.01.T03:CDS 45.0%
TACCCAATTGGAGTGGCAAA+GGG - Chr6:81326015-81326034 MsG0680034126.01.T03:CDS 45.0%
TCAACCCGTTGAGACTTAGT+CGG + Chr6:81325475-81325494 None:intergenic 45.0%
TCCATGTACACTCTAGCATC+AGG + Chr6:81325712-81325731 None:intergenic 45.0%
TCCTGATGCTAGAGTGTACA+TGG - Chr6:81325708-81325727 MsG0680034126.01.T03:CDS 45.0%
TTCCCTTTGCCACTCCAATT+GGG + Chr6:81326020-81326039 None:intergenic 45.0%
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!! GTAGAAGGAGAAAGGCATCA+CGG + Chr6:81325198-81325217 None:intergenic 45.0%
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TGCCTTTCTCCTTCTACGAC+AGG - Chr6:81325201-81325220 MsG0680034126.01.T03:CDS 50.0%
TTGGATGCGTCCGCAAATCA+TGG - Chr6:81325098-81325117 MsG0680034126.01.T03:CDS 50.0%
! CGAAATTTGGCTCCAAGCAC+TGG - Chr6:81325577-81325596 MsG0680034126.01.T03:CDS 50.0%
ACGGCGATGAGAAGGGTCTT+TGG + Chr6:81325179-81325198 None:intergenic 55.0%
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CCCCTGTCGTAGAAGGAGAA+AGG + Chr6:81325206-81325225 None:intergenic 55.0%
! AAGGCATCACGGCGATGAGA+AGG + Chr6:81325187-81325206 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 81324983 81326191 81324983 ID=MsG0680034126.01;Name=MsG0680034126.01
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Gene Sequence

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ATGCGAAATTTGGCTCCAAGCACTGGATATGTGTCATTGAAAGATATATCTTTCGAACCCTACTGGGAGATATATAACTTGAGAAGTAATTCTTGGAGAAAACTTGATGTCATTATGCCTACATTTTACAGTACTCCTGATGCTAGAGTGTACATGGATGGAGTGTGTCATTGGTTATCTATAGACTTCGAATTTGAATCATATTTAGTGTCGTTTGACTTAAGCAATGAGACGTTCTTTACCACAGCTATACCATCAGACATAGATGGTACTCTTGTTAAAGAATATTTATGGAGACACTTGATGGTGTTAAACGAATCCATTGCCCTGGTCACATATCATAAAGAGAAGACTACTTTTAGCATATCAATTTTAGGTGAATTAAATGTGAAAGAATCATGGATCAAACTCTTCATTGTTGAATTTTTGCCTTCCATTGAGTACCCAATTGGAGTGGCAAAGGGAAAATTATTTTTCAAAAGGATAGATAAAGAATTAGTTGGATTTGACTTGACTACACATATGATTGAAGATCTTGGTGTTAAAGAAGGGGACTGTAGTTTTAATATGCTAGTTTACAAGGAAAATTTTCTTCCAATCGATCGGTGTAATAAATAA

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ATGGGTGGTATTAATGAAGTTATATGTTTTCGTTGTTTTTTTCGTGATAACGATCGGAAAATTTATACAAGAGTTTTACTGTGGAATCCAACTACGGATGAATCAAAGGTCATTCCTCGAAGTCCGACTAAGTCTCAACGGGTTGATGTGTATGTGAGTGTTCATGGATTTGGTTATGATTGTGTTAAGCATGACTATAAGGTGCTTCAACATATCCGATTTTCTATGCGAAATTTGGCTCCAAGCACTGGATCCTACTGGGAGATATATAACTTGAGAAGTAATTCTTGGAGAAAACTTGATGTCATTATGCCTACATTTTACAGTACTCCTGATGCTAGAGTGTACATGGATGGAGTGTGTCATTGGTTATCTATAGACTTCGAATTTGAATCATATTTAGTGTCGTTTGACTTAAGCAATGAGACGTTCTTTACCACAGCTATACCATCAGACATAGATGGTACTCTTGTTAAAGAATATTTATGGAGACACTTGATGGTGTTAAACGAATCCATTGCCCTGGTCACATATCATAAAGAGAAGACTACTTTTAGCATATCAATTTTAGGTGAATTAAATGTGAAAGAATCATGGATCAAACTCTTCATTGTTGAATTTTTGCCTTCCATTGAGTACCCAATTGGAGTGGCAAAGGGAAAATTATTTTTCAAAAGGATAGATAAAGAATTAGTTGGATTTGACTTGACTACACATATGATTGAAGATCTTGGTGTTAAAGAAGGGGACTGTAGTTTTAATATGCTAGTTTACAAGGAAAATTTTCTTCCAATCGATCGGTGTAATAAATAA

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ATGGTCCGTAGTTATTTTTTATCCAAAGACCCTTCTCATCGCCGTGATGCCTTTCTCCTTCTACGACAGGGGTGTTTACCAACAATCACGTTGTATTCTCTTTTAGATGAGAGGATTGAGAATATGGTCAAGCTAAATATTCCAAATCCATTTCAAGAGCAAACTGAAACCTGCTCCCTGTTTGAGATTTTAAATATGGGTGGTATTAATGAAGTTATATGTTTTCGTTGTTTTTTTCGTGATAACGATCGGAAAATTTATACAAGAGTTTTACTGTGGAATCCAACTACGGATGAATCAAAGGTCATTCCTCGAAGTCCGACTAAGTCTCAACGGGTTGATGTGTATGTGAGTGTTCATGGATTTGGTTATGATTGTGTTAAGCATGACTATAAGGTGCTTCAACATATCCGATTTTCTATGCGAAATTTGGCTCCAAGCACTGGATATGTGTCATTGAAAGATATATCTTTCGAACCCTACTGGGAGATATATAACTTGAGAAGTAATTCTTGGAGAAAACTTGATGTCATTATGCCTACATTTTACAGTACTCCTGATGCTAGAGTGTACATGGATGGAGTGTGTCATTGGTTATCTATAGACTTCGAATTTGAATCATATTTAGTGTCGTTTGACTTAAGCAATGAGACGTTCTTTACCACAGCTATACCATCAGACATAGATGGTACTCTTGTTAAAGAATATTTATGGAGACACTTGATGGTGTTAAACGAATCCATTGCCCTGGTCACATATCATAAAGAGAAGACTACTTTTAGCATATCAATTTTAGGTGAATTAAATGTGAAAGAATCATGGATCAAACTCTTCATTGTTGAATTTTTGCCTTCCATTGAGTACCCAATTGGAGTGGCAAAGGGAAAATTATTTTTCAAAAGGATAGATAAAGAATTAGTTGGATTTGACTTGACTACACATATGATTGAAGATCTTGGTGTTAAAGAAGGGGACTGTAGTTTTAATATGCTAGTTTACAAGGAAAATTTTCTTCCAATCGATCGGTGTAATAAATAA

>MsG0680034126.01.T01

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Protein sequence

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