AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580028186.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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MsG0580028186.01.T01 AT2G23160 25.000 248 155 10 11 232 2 244 8.11e-11 62.8
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Find 67 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 82 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AACTCTTTCTACTTTCTTTC+TGG 0.073703 5:+76289609 MsG0580028186.01.T01:CDS
ATAATCCTTGCCTTCTAAAA+AGG 0.163146 5:-76290102 None:intergenic
GCAAGACTGTAGTTGTATTT+TGG 0.175639 5:+76289742 MsG0580028186.01.T01:CDS
TTATCATCATTTACACAAAT+TGG 0.233862 5:-76289969 None:intergenic
AGACTATATATCTCCCAAAA+AGG 0.246484 5:-76289909 None:intergenic
GTTAACCTGCAAGTGTTAAA+TGG 0.254706 5:+76290137 MsG0580028186.01.T01:CDS
ATATCAATCTTGGGTGAAAT+TGG 0.259643 5:+76290206 MsG0580028186.01.T01:CDS
AAGAAAATCTTTCTTCCATT+TGG 0.259886 5:+76290419 MsG0580028186.01.T01:CDS
GTTTGATCAACTAGCTTGTT+TGG 0.292151 5:+76290328 MsG0580028186.01.T01:CDS
AACTGATTCCTGGAGGAAAA+TGG 0.293756 5:+76289935 MsG0580028186.01.T01:CDS
GATTTGGCTATGACCATGTT+AGG 0.313092 5:+76289838 MsG0580028186.01.T01:CDS
CCGACCCATTTAACACTTGC+AGG 0.314615 5:-76290142 None:intergenic
TGGGTTAGACTCTTTGATAT+TGG 0.328611 5:+76290242 MsG0580028186.01.T01:CDS
TCTCTTGTGTTTGTAAATCA+TGG 0.339802 5:+76289490 MsG0580028186.01.T01:CDS
AGAATCTATAATTCGACTAA+TGG 0.345900 5:-76289694 None:intergenic
CGAATTATAGATTCTGATAA+TGG 0.355000 5:+76289702 MsG0580028186.01.T01:CDS
CCTCCACAACATCCACATAT+TGG 0.367717 5:-76289878 None:intergenic
TCCTGTGGAGTTATGGATCA+TGG 0.373499 5:+76289816 MsG0580028186.01.T01:CDS
GATGATAATGTGTGCTTGAA+TGG 0.381312 5:+76289984 MsG0580028186.01.T01:CDS
ATGATAGAGTGGATGAGAAT+TGG 0.383442 5:-76289556 None:intergenic
TCCTGCTACTGAGGAAGTTA+AGG 0.402235 5:+76289767 MsG0580028186.01.T01:CDS
CCCTTCTTCCATACTATGAT+AGG 0.410956 5:-76290287 None:intergenic
AAATACAACTACAGTCTTGC+CGG 0.416642 5:-76289739 None:intergenic
TTATGCATCCTATCATAGTA+TGG 0.418016 5:+76290279 MsG0580028186.01.T01:CDS
GGAGTTATGGATCATGGATT+TGG 0.419838 5:+76289822 MsG0580028186.01.T01:CDS
GAAAGAAAGTAGAAAGAGTT+CGG 0.436825 5:-76289606 None:intergenic
GGTTCTTGTGTCATTTCACT+TGG 0.441633 5:+76290049 MsG0580028186.01.T01:CDS
AAATTGGCGTCGAGGAATCA+TGG 0.448593 5:+76290222 MsG0580028186.01.T01:CDS
ACCTTAACTTCCTCAGTAGC+AGG 0.463097 5:-76289768 None:intergenic
TGACAAATGGCTTCAACGAA+TGG 0.466860 5:+76289378 None:intergenic
GAATGGGATATGTCATTGGT+TGG 0.472417 5:+76290001 MsG0580028186.01.T01:CDS
GACAAATGGCTTCAACGAAT+GGG 0.484072 5:+76289379 None:intergenic
GCTTGAATGGGATATGTCAT+TGG 0.488022 5:+76289997 MsG0580028186.01.T01:CDS
TAATTGTCAATAACTCCAAA+TGG 0.490252 5:-76290434 None:intergenic
TTAACCTGCAAGTGTTAAAT+GGG 0.494388 5:+76290138 MsG0580028186.01.T01:CDS
TCTAACTACCGGAGTGATTG+AGG 0.497784 5:+76290352 MsG0580028186.01.T01:CDS
AATGGCATTCTTTGTATCAC+CGG 0.498939 5:+76289720 MsG0580028186.01.T01:CDS
GAAAGCTGTGAATCGAGAAA+TGG 0.515401 5:-76289672 None:intergenic
AGAAAATGATGACTATGATA+TGG 0.516653 5:+76290028 MsG0580028186.01.T01:CDS
TCCTATCATAGTATGGAAGA+AGG 0.517772 5:+76290286 MsG0580028186.01.T01:CDS
CTATAAGCTCATCCAATATG+TGG 0.518292 5:+76289866 MsG0580028186.01.T01:CDS
GGCTTCAACGAATGGGAAGA+AGG 0.526346 5:+76289386 MsG0580028186.01.T01:CDS
ACCGGAGTGATTGAGGAGAT+TGG 0.531596 5:+76290359 MsG0580028186.01.T01:CDS
ATGATAATGTGTGCTTGAAT+GGG 0.547598 5:+76289985 MsG0580028186.01.T01:CDS
AATGGGATATGTCATTGGTT+GGG 0.549037 5:+76290002 MsG0580028186.01.T01:CDS
GTTCTTGTGTCATTTCACTT+GGG 0.552412 5:+76290050 MsG0580028186.01.T01:CDS
CAGGAAAACTCAAGTTGAGA+AGG 0.562654 5:-76289798 None:intergenic
TCCATGATCCATAACTCCAC+AGG 0.569391 5:-76289817 None:intergenic
GTCATTTCACTTGGGCAATG+AGG 0.577377 5:+76290058 MsG0580028186.01.T01:CDS
CCTGCAAGTGTTAAATGGGT+CGG 0.577513 5:+76290142 MsG0580028186.01.T01:CDS
GCTTGTTTGGATCTAACTAC+CGG 0.579958 5:+76290341 MsG0580028186.01.T01:CDS
AATTGGCGTCGAGGAATCAT+GGG 0.582935 5:+76290223 MsG0580028186.01.T01:CDS
CCTATCATAGTATGGAAGAA+GGG 0.586500 5:+76290287 MsG0580028186.01.T01:CDS
CCAATATGTGGATGTTGTGG+AGG 0.594166 5:+76289878 MsG0580028186.01.T01:CDS
ATTTGGCTATGACCATGTTA+GGG 0.604720 5:+76289839 MsG0580028186.01.T01:CDS
AGAAAAGCATCATGATAGAG+TGG 0.605546 5:-76289567 None:intergenic
GAAAACTCAAGTTGAGAAGG+AGG 0.605994 5:-76289795 None:intergenic
CATCCAATATGTGGATGTTG+TGG 0.606660 5:+76289875 MsG0580028186.01.T01:CDS
GCTTATAGTCATCCCTAACA+TGG 0.607912 5:-76289851 None:intergenic
AAGCGCTTAATAGATTTGAG+AGG 0.611953 5:-76289468 None:intergenic
CTTGGGTGAAATTGGCGTCG+AGG 0.631758 5:+76290214 MsG0580028186.01.T01:CDS
ACCAATCTCCTCAATCACTC+CGG 0.637651 5:-76290360 None:intergenic
AGCTGTGAATCGAGAAATGG+AGG 0.646077 5:-76289669 None:intergenic
GGATGCATAATGCAAGACAA+AGG 0.661337 5:-76290266 None:intergenic
AATGGGAAGAAGGTTAGTAA+CGG 0.666220 5:+76289396 MsG0580028186.01.T01:CDS
TGTGAATCGAGAAATGGAGG+TGG 0.680125 5:-76289666 None:intergenic
CAATATGTGGATGTTGTGGA+GGG 0.697588 5:+76289879 MsG0580028186.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TTATCATCATTTACACAAAT+TGG - Chr5:76289972-76289991 None:intergenic 20.0%
!!! ATGAACATTTTGATGAAATT+AGG - Chr5:76289534-76289553 None:intergenic 20.0%
!!! TGAACATTTTGATGAAATTA+GGG - Chr5:76289533-76289552 None:intergenic 20.0%
! AAGAAAATCTTTCTTCCATT+TGG + Chr5:76290419-76290438 MsG0580028186.01.T01:CDS 25.0%
! AGAAAATGATGACTATGATA+TGG + Chr5:76290028-76290047 MsG0580028186.01.T01:CDS 25.0%
! AGAATCTATAATTCGACTAA+TGG - Chr5:76289697-76289716 None:intergenic 25.0%
! CGAATTATAGATTCTGATAA+TGG + Chr5:76289702-76289721 MsG0580028186.01.T01:CDS 25.0%
! TAATTGTCAATAACTCCAAA+TGG - Chr5:76290437-76290456 None:intergenic 25.0%
!! TCTTTTCACATATCAATCTT+GGG + Chr5:76290197-76290216 MsG0580028186.01.T01:CDS 25.0%
AACTCTTTCTACTTTCTTTC+TGG + Chr5:76289609-76289628 MsG0580028186.01.T01:CDS 30.0%
AGACTATATATCTCCCAAAA+AGG - Chr5:76289912-76289931 None:intergenic 30.0%
ATATCAATCTTGGGTGAAAT+TGG + Chr5:76290206-76290225 MsG0580028186.01.T01:CDS 30.0%
GAAAGAAAGTAGAAAGAGTT+CGG - Chr5:76289609-76289628 None:intergenic 30.0%
GACTATATATCTCCCAAAAA+GGG - Chr5:76289911-76289930 None:intergenic 30.0%
TCTCTTGTGTTTGTAAATCA+TGG + Chr5:76289490-76289509 MsG0580028186.01.T01:CDS 30.0%
TTAACCTGCAAGTGTTAAAT+GGG + Chr5:76290138-76290157 MsG0580028186.01.T01:CDS 30.0%
TTATGCATCCTATCATAGTA+TGG + Chr5:76290279-76290298 MsG0580028186.01.T01:CDS 30.0%
! ATAATCCTTGCCTTCTAAAA+AGG - Chr5:76290105-76290124 None:intergenic 30.0%
! ATAGTCTAAAAACTGATTCC+TGG + Chr5:76289925-76289944 MsG0580028186.01.T01:CDS 30.0%
! ATGATAATGTGTGCTTGAAT+GGG + Chr5:76289985-76290004 MsG0580028186.01.T01:CDS 30.0%
! GTCTTTTCACATATCAATCT+TGG + Chr5:76290196-76290215 MsG0580028186.01.T01:CDS 30.0%
! TAATCCTTGCCTTCTAAAAA+GGG - Chr5:76290104-76290123 None:intergenic 30.0%
AAATACAACTACAGTCTTGC+CGG - Chr5:76289742-76289761 None:intergenic 35.0%
AAGCGCTTAATAGATTTGAG+AGG - Chr5:76289471-76289490 None:intergenic 35.0%
AATGGCATTCTTTGTATCAC+CGG + Chr5:76289720-76289739 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
AATGGGAAGAAGGTTAGTAA+CGG + Chr5:76289396-76289415 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
ATGATAGAGTGGATGAGAAT+TGG - Chr5:76289559-76289578 None:intergenic 35.0%
ATTTGGCTATGACCATGTTA+GGG + Chr5:76289839-76289858 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
CCTATCATAGTATGGAAGAA+GGG + Chr5:76290287-76290306 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
CTATAAGCTCATCCAATATG+TGG + Chr5:76289866-76289885 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
GTTAACCTGCAAGTGTTAAA+TGG + Chr5:76290137-76290156 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
TCCTATCATAGTATGGAAGA+AGG + Chr5:76290286-76290305 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
! AATGGGATATGTCATTGGTT+GGG + Chr5:76290002-76290021 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
! ACACCTTTACCCTTTTTAGA+AGG + Chr5:76290092-76290111 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
! ATCAATATCCATTTTCCTCC+AGG - Chr5:76289946-76289965 None:intergenic 35.0%
! GATGATAATGTGTGCTTGAA+TGG + Chr5:76289984-76290003 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
! GCAAGACTGTAGTTGTATTT+TGG + Chr5:76289742-76289761 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
! TGGGTTAGACTCTTTGATAT+TGG + Chr5:76290242-76290261 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
! TTGCCTTCTAAAAAGGGTAA+AGG - Chr5:76290098-76290117 None:intergenic 35.0%
!! AGAAAAGCATCATGATAGAG+TGG - Chr5:76289570-76289589 None:intergenic 35.0%
!! GTTCTTGTGTCATTTCACTT+GGG + Chr5:76290050-76290069 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
!! GTTTGATCAACTAGCTTGTT+TGG + Chr5:76290328-76290347 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
!! TTTACCCTTTTTAGAAGGCA+AGG + Chr5:76290097-76290116 MsG0580028186.01.T01:CDS 35.0%
CAATATGTGGATGTTGTGGA+GGG + Chr5:76289879-76289898 MsG0580028186.01.T01:CDS 40.0%
CATCCAATATGTGGATGTTG+TGG + Chr5:76289875-76289894 MsG0580028186.01.T01:CDS 40.0%
CCCTTCTTCCATACTATGAT+AGG - Chr5:76290290-76290309 None:intergenic 40.0%
GAAAGCTGTGAATCGAGAAA+TGG - Chr5:76289675-76289694 None:intergenic 40.0%
GAATGGGATATGTCATTGGT+TGG + Chr5:76290001-76290020 MsG0580028186.01.T01:CDS 40.0%
GATTTGGCTATGACCATGTT+AGG + Chr5:76289838-76289857 MsG0580028186.01.T01:CDS 40.0%
GCTTATAGTCATCCCTAACA+TGG - Chr5:76289854-76289873 None:intergenic 40.0%
GCTTGAATGGGATATGTCAT+TGG + Chr5:76289997-76290016 MsG0580028186.01.T01:CDS 40.0%
GCTTGTTTGGATCTAACTAC+CGG + Chr5:76290341-76290360 MsG0580028186.01.T01:CDS 40.0%
GGAGTTATGGATCATGGATT+TGG + Chr5:76289822-76289841 MsG0580028186.01.T01:CDS 40.0%
GGATGCATAATGCAAGACAA+AGG - Chr5:76290269-76290288 None:intergenic 40.0%
! AACTGATTCCTGGAGGAAAA+TGG + Chr5:76289935-76289954 MsG0580028186.01.T01:CDS 40.0%
! GTCTAAAAACTGATTCCTGG+AGG + Chr5:76289928-76289947 MsG0580028186.01.T01:CDS 40.0%
! TCTCAACTTGAGTTTTCCTG+TGG + Chr5:76289801-76289820 MsG0580028186.01.T01:CDS 40.0%
! TGAGTTTTCCTGTGGAGTTA+TGG + Chr5:76289809-76289828 MsG0580028186.01.T01:CDS 40.0%
!! CAGGAAAACTCAAGTTGAGA+AGG - Chr5:76289801-76289820 None:intergenic 40.0%
!! GAAAACTCAAGTTGAGAAGG+AGG - Chr5:76289798-76289817 None:intergenic 40.0%
!! GGTTCTTGTGTCATTTCACT+TGG + Chr5:76290049-76290068 MsG0580028186.01.T01:CDS 40.0%
!!! ATTTTGGAATCCTGCTACTG+AGG + Chr5:76289758-76289777 MsG0580028186.01.T01:CDS 40.0%
ACCAATCTCCTCAATCACTC+CGG - Chr5:76290363-76290382 None:intergenic 45.0%
ACCTTAACTTCCTCAGTAGC+AGG - Chr5:76289771-76289790 None:intergenic 45.0%
AGCTGTGAATCGAGAAATGG+AGG - Chr5:76289672-76289691 None:intergenic 45.0%
CCAATATGTGGATGTTGTGG+AGG + Chr5:76289878-76289897 MsG0580028186.01.T01:CDS 45.0%
CCTCCACAACATCCACATAT+TGG - Chr5:76289881-76289900 None:intergenic 45.0%
CCTGCAAGTGTTAAATGGGT+CGG + Chr5:76290142-76290161 MsG0580028186.01.T01:CDS 45.0%
GTCATTTCACTTGGGCAATG+AGG + Chr5:76290058-76290077 MsG0580028186.01.T01:CDS 45.0%
TCCATGATCCATAACTCCAC+AGG - Chr5:76289820-76289839 None:intergenic 45.0%
TCCTGCTACTGAGGAAGTTA+AGG + Chr5:76289767-76289786 MsG0580028186.01.T01:CDS 45.0%
TCCTGTGGAGTTATGGATCA+TGG + Chr5:76289816-76289835 MsG0580028186.01.T01:CDS 45.0%
TCTAACTACCGGAGTGATTG+AGG + Chr5:76290352-76290371 MsG0580028186.01.T01:CDS 45.0%
TGTGAATCGAGAAATGGAGG+TGG - Chr5:76289669-76289688 None:intergenic 45.0%
! AAATTGGCGTCGAGGAATCA+TGG + Chr5:76290222-76290241 MsG0580028186.01.T01:CDS 45.0%
! AATTGGCGTCGAGGAATCAT+GGG + Chr5:76290223-76290242 MsG0580028186.01.T01:CDS 45.0%
ACCGGAGTGATTGAGGAGAT+TGG + Chr5:76290359-76290378 MsG0580028186.01.T01:CDS 50.0%
CCGACCCATTTAACACTTGC+AGG - Chr5:76290145-76290164 None:intergenic 50.0%
GGCTTCAACGAATGGGAAGA+AGG + Chr5:76289386-76289405 MsG0580028186.01.T01:CDS 50.0%
! GGAGGGTCATGACCCTTTTT+GGG + Chr5:76289896-76289915 MsG0580028186.01.T01:CDS 50.0%
! TGGAGGGTCATGACCCTTTT+TGG + Chr5:76289895-76289914 MsG0580028186.01.T01:CDS 50.0%
CTTGGGTGAAATTGGCGTCG+AGG + Chr5:76290214-76290233 MsG0580028186.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 76289384 76290457 76289384 ID=MsG0580028186.01;Name=MsG0580028186.01
Chr5 mRNA 76289384 76290457 76289384 ID=MsG0580028186.01.T01;Parent=MsG0580028186.01;Name=MsG0580028186.01.T01;_AED=0.18;_eAED=0.18;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|357
Chr5 exon 76289384 76290457 76289384 ID=MsG0580028186.01.T01:exon:24000;Parent=MsG0580028186.01.T01
Chr5 CDS 76289384 76290457 76289384 ID=MsG0580028186.01.T01:cds;Parent=MsG0580028186.01.T01
Gene Sequence

>MsG0580028186.01.T01

ATGGCTTCAACGAATGGGAAGAAGGTTAGTAACGGTAGTAACTTTGTTCATGATGACATTGCTTTGTGTATTCTTTCTAAACTTCCTCTCAAATCTATTAAGCGCTTCTCTTGTGTTTGTAAATCATGGTCTCTTTTATTTGAAAACCCTAATTTCATCAAAATGTTCATTTCCAATTCTCATCCACTCTATCATGATGCTTTTCTCATTTTAAATCAGTATCCGAACTCTTTCTACTTTCTTTCTGGTCACAAGTTTCAGAATAAACTCAAATTGAAATTTCCACCTCCATTTCTCGATTCACAGCTTTCCATTAGTCGAATTATAGATTCTGATAATGGCATTCTTTGTATCACCGGCAAGACTGTAGTTGTATTTTGGAATCCTGCTACTGAGGAAGTTAAGGTCATTCCTCCTTCTCAACTTGAGTTTTCCTGTGGAGTTATGGATCATGGATTTGGCTATGACCATGTTAGGGATGACTATAAGCTCATCCAATATGTGGATGTTGTGGAGGGTCATGACCCTTTTTGGGAGATATATAGTCTAAAAACTGATTCCTGGAGGAAAATGGATATTGATATGCCAATTTGTGTAAATGATGATAATGTGTGCTTGAATGGGATATGTCATTGGTTGGGTGAAGAAAATGATGACTATGATATGGTTCTTGTGTCATTTCACTTGGGCAATGAGGTGTGCTTTGTTACACCTTTACCCTTTTTAGAAGGCAAGGATTATGATTTTGATGATGTTAACCTGCAAGTGTTAAATGGGTCGGTTGCTGTGATATTTAATCATATAGAGACAAAGTCTTTTCACATATCAATCTTGGGTGAAATTGGCGTCGAGGAATCATGGGTTAGACTCTTTGATATTGGACCTTTGTCTTGCATTATGCATCCTATCATAGTATGGAAGAAGGGCAGTTTAATTGTTAGAAAGTTTGATCAACTAGCTTGTTTGGATCTAACTACCGGAGTGATTGAGGAGATTGGTGTTAAAGCAGAACATTTTTGCGACATTTTCATTTACAAGAAAATCTTTCTTCCATTTGGAGTTATTGACAATTAA
Protein sequence

>MsG0580028186.01.T01

MASTNGKKVSNGSNFVHDDIALCILSKLPLKSIKRFSCVCKSWSLLFENPNFIKMFISNSHPLYHDAFLILNQYPNSFYFLSGHKFQNKLKLKFPPPFLDSQLSISRIIDSDNGILCITGKTVVVFWNPATEEVKVIPPSQLEFSCGVMDHGFGYDHVRDDYKLIQYVDVVEGHDPFWEIYSLKTDSWRKMDIDMPICVNDDNVCLNGICHWLGEENDDYDMVLVSFHLGNEVCFVTPLPFLEGKDYDFDDVNLQVLNGSVAVIFNHIETKSFHISILGEIGVEESWVRLFDIGPLSCIMHPIIVWKKGSLIVRKFDQLACLDLTTGVIEEIGVKAEHFCDIFIYKKIFLPFGVIDN*