AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880044248.01


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MsG0880044248.01.T01 AT5G20620 81.148 122 19 1 18 135 74 195 9.30e-62 194
MsG0880044248.01.T01 AT5G20620 81.148 122 19 1 18 135 150 271 9.30e-62 194
MsG0880044248.01.T01 AT5G20620 81.148 122 19 1 18 135 226 347 9.30e-62 194
MsG0880044248.01.T01 AT5G20620 82.353 119 17 1 21 135 1 119 4.64e-61 192
MsG0880044248.01.T01 AT5G20620 95.062 81 4 0 18 98 302 382 1.94e-47 157
MsG0880044248.01.T01 AT4G05320 81.148 122 19 1 18 135 74 195 5.34e-61 194
MsG0880044248.01.T01 AT4G05320 81.148 122 19 1 18 135 150 271 5.34e-61 194
MsG0880044248.01.T01 AT4G05320 81.148 122 19 1 18 135 226 347 5.34e-61 194
MsG0880044248.01.T01 AT4G05320 81.148 122 19 1 18 135 302 423 5.34e-61 194
MsG0880044248.01.T01 AT4G05320 82.353 119 17 1 21 135 1 119 2.61e-60 192
MsG0880044248.01.T01 AT4G05320 97.468 79 2 0 18 96 378 456 1.51e-46 156
MsG0880044248.01.T01 AT4G05320 81.148 122 19 1 18 135 74 195 5.34e-61 194
MsG0880044248.01.T01 AT4G05320 81.148 122 19 1 18 135 150 271 5.34e-61 194
MsG0880044248.01.T01 AT4G05320 81.148 122 19 1 18 135 226 347 5.34e-61 194
MsG0880044248.01.T01 AT4G05320 81.148 122 19 1 18 135 302 423 5.34e-61 194
MsG0880044248.01.T01 AT4G05320 82.353 119 17 1 21 135 1 119 2.61e-60 192
MsG0880044248.01.T01 AT4G05320 97.468 79 2 0 18 96 378 456 1.51e-46 156
MsG0880044248.01.T01 AT5G37640 77.869 122 23 1 18 135 76 197 1.10e-60 189
MsG0880044248.01.T01 AT5G37640 74.590 122 27 1 18 135 152 273 5.17e-55 175
MsG0880044248.01.T01 AT5G37640 68.067 119 34 1 21 135 3 121 7.50e-49 159
MsG0880044248.01.T01 AT5G37640 92.208 77 5 1 21 96 231 307 1.88e-40 137
MsG0880044248.01.T01 AT3G52590 97.436 78 2 0 21 98 1 78 2.62e-50 157
MsG0880044248.01.T01 AT2G36170 97.436 78 2 0 21 98 1 78 2.62e-50 157
MsG0880044248.01.T01 AT1G23410 98.701 77 1 0 21 97 1 77 8.24e-50 157
MsG0880044248.01.T01 AT2G47110 98.701 77 1 0 21 97 1 77 8.50e-50 157
MsG0880044248.01.T01 AT2G47110 98.701 77 1 0 21 97 1 77 8.50e-50 157
MsG0880044248.01.T01 AT3G62250 98.701 77 1 0 21 97 1 77 9.18e-50 156
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 68.504 127 31 2 18 135 76 202 3.71e-48 164
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 70.588 119 31 1 21 135 3 121 4.55e-48 163
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 58.209 134 43 3 18 140 466 597 7.97e-38 135
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 60.150 133 43 3 18 141 235 366 1.01e-37 135
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 56.349 126 44 2 21 135 393 518 6.20e-35 127
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 59.836 122 39 3 18 133 316 433 4.50e-34 125
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 76.923 78 18 0 17 94 548 625 1.18e-31 118
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 55.200 125 40 4 21 129 155 279 1.45e-31 118
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 68.504 127 31 2 18 135 76 202 3.71e-48 164
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 70.588 119 31 1 21 135 3 121 4.55e-48 163
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 58.209 134 43 3 18 140 466 597 7.97e-38 135
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 60.150 133 43 3 18 141 235 366 1.01e-37 135
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 56.349 126 44 2 21 135 393 518 6.20e-35 127
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 59.836 122 39 3 18 133 316 433 4.50e-34 125
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 76.923 78 18 0 17 94 548 625 1.18e-31 118
MsG0880044248.01.T01 AT3G09790 55.200 125 40 4 21 129 155 279 1.45e-31 118
MsG0880044248.01.T01 AT1G53930 75.342 73 18 0 21 93 86 158 3.43e-33 114
MsG0880044248.01.T01 AT1G53950 60.000 75 30 0 21 95 69 143 2.02e-25 94.4
MsG0880044248.01.T01 AT1G11980 53.846 78 36 0 21 98 1 78 2.56e-24 89.7
MsG0880044248.01.T01 AT1G53945 46.269 67 36 0 21 87 46 112 1.15e-12 60.8
MsG0880044248.01.T01 AT2G46500 35.955 89 56 1 27 114 40 128 1.31e-11 61.2
MsG0880044248.01.T01 AT2G46500 35.955 89 56 1 27 114 40 128 1.53e-11 61.2
MsG0880044248.01.T01 AT2G46500 35.955 89 56 1 27 114 40 128 1.53e-11 61.2
MsG0880044248.01.T01 AT4G12570 35.802 81 51 1 15 94 89 169 1.57e-11 61.2
MsG0880044248.01.T01 AT5G42220 35.556 90 50 1 3 92 14 95 2.83e-11 60.5
MsG0880044248.01.T01 AT5G42220 35.556 90 50 1 3 92 14 95 2.83e-11 60.5

Find 31 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 55 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATTAAAGTCAAGACTTTAAC+TGG 0.293945 8:+38381605 MsG0880044248.01.T01:CDS
TCACTTGGTCCTTAGGCTTA+GGG 0.312256 8:+38381571 MsG0880044248.01.T01:CDS
CATTGAGCCTACTGATACTA+AGG 0.346251 8:+38381646 MsG0880044248.01.T01:CDS
CAACACTTCACTTGGTCCTT+AGG 0.366586 8:+38381564 MsG0880044248.01.T01:CDS
TTCACTTGGTCCTTAGGCTT+AGG 0.378601 8:+38381570 MsG0880044248.01.T01:CDS
AAAATCAACCTCTGCTGGTC+AGG 0.378905 8:-38381482 None:intergenic
TAAAGTCTTGACTTTAATCA+TGG 0.437158 8:-38381600 None:intergenic
TGCTTCTTCTTCTTCTCCGA+GGG 0.469015 8:-38381133 None:intergenic
GGATAACCTAACCTGGATCT+TGG 0.470286 8:-38381251 None:intergenic
ATCTTCGTCAAAACTTTGAC+AGG 0.474522 8:+38381175 MsG0880044248.01.T01:CDS
GTTTCAAACCTCTGCTGCAC+GGG 0.483466 8:-38381698 None:intergenic
CACTTGGTCCTTAGGCTTAG+GGG 0.484691 8:+38381572 MsG0880044248.01.T01:CDS
GCTGGTAAGCAATTGGAAGA+TGG 0.499835 8:+38381506 MsG0880044248.01.T01:CDS
CAACGTCAAGGCCAAGATCC+AGG 0.500226 8:+38381240 MsG0880044248.01.T01:CDS
TGCTGATTACAACATACAAA+AGG 0.513784 8:+38381538 MsG0880044248.01.T01:CDS
ATCAACCTCTGCTGGTCAGG+AGG 0.535959 8:-38381479 None:intergenic
CTTGGCCTTGACGTTGTCGA+TGG 0.546175 8:-38381233 None:intergenic
TGGTTCCTCCCCTAAGCCTA+AGG 0.548756 8:-38381580 None:intergenic
CTGCTTCTTCTTCTTCTCCG+AGG 0.550901 8:-38381134 None:intergenic
GCATTCCACCCGTGCAGCAG+AGG 0.553624 8:+38381690 MsG0880044248.01.T01:CDS
TCAAACCTCTGCTGCACGGG+TGG 0.558322 8:-38381695 None:intergenic
AGAAGAAGAAGAAGCAGAAG+AGG 0.562397 8:+38381140 MsG0880044248.01.T01:CDS
AAAGGAATCAACACTTCACT+TGG 0.569456 8:+38381556 MsG0880044248.01.T01:CDS
TCAAGAAGAAAGAACTCCCT+CGG 0.576365 8:+38381117 MsG0880044248.01.T01:CDS
AGTTTCAAACCTCTGCTGCA+CGG 0.579664 8:-38381699 None:intergenic
TCAACCTCTGCTGGTCAGGA+GGG 0.599864 8:-38381478 None:intergenic
ACACGTTCCTTAGTATCAGT+AGG 0.639397 8:-38381653 None:intergenic
GTATCCCTCCTGACCAGCAG+AGG 0.659427 8:+38381474 MsG0880044248.01.T01:CDS
CGACACCATCGACAACGTCA+AGG 0.661901 8:+38381228 MsG0880044248.01.T01:CDS
AGGAAAGACTATCACTCTCG+AGG 0.680805 8:+38381195 MsG0880044248.01.T01:CDS
TTGGTCCTTAGGCTTAGGGG+AGG 0.681395 8:+38381575 MsG0880044248.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AATTTAAAAGTAGAAAAGAA+AGG - Chr8:38381280-38381299 None:intergenic 15.0%
!! ATTTAAAAGTAGAAAAGAAA+GGG - Chr8:38381279-38381298 None:intergenic 15.0%
!!! ACTTTTAAATTACTCAATTA+TGG + Chr8:38381289-38381308 MsG0880044248.01.T01:intron 15.0%
!! TTTAAAAGTAGAAAAGAAAG+GGG - Chr8:38381278-38381297 None:intergenic 20.0%
!!! ATTTTAAAACCTAGTAAACA+CGG - Chr8:38381355-38381374 None:intergenic 20.0%
! ATTAAAGTCAAGACTTTAAC+TGG + Chr8:38381605-38381624 MsG0880044248.01.T01:CDS 25.0%
! TAAAGTCTTGACTTTAATCA+TGG - Chr8:38381603-38381622 None:intergenic 25.0%
! TTAAAAGTAGAAAAGAAAGG+GGG - Chr8:38381277-38381296 None:intergenic 25.0%
!!! CATCATCACTGATTTTTTTA+GGG + Chr8:38381317-38381336 MsG0880044248.01.T01:intron 25.0%
!!! TCATCATCACTGATTTTTTT+AGG + Chr8:38381316-38381335 MsG0880044248.01.T01:intron 25.0%
TAAAAGTAGAAAAGAAAGGG+GGG - Chr8:38381276-38381295 None:intergenic 30.0%
! TGCTGATTACAACATACAAA+AGG + Chr8:38381538-38381557 MsG0880044248.01.T01:CDS 30.0%
!! GTACGAATCAATACTAGTTT+TGG + Chr8:38381392-38381411 MsG0880044248.01.T01:intron 30.0%
!!! ATACTAGTTTTGGTATACGA+TGG + Chr8:38381402-38381421 MsG0880044248.01.T01:intron 30.0%
AAAAGTAGAAAAGAAAGGGG+GGG - Chr8:38381275-38381294 None:intergenic 35.0%
AAACCTAGTAAACACGGAAT+TGG - Chr8:38381349-38381368 None:intergenic 35.0%
AAAGGAATCAACACTTCACT+TGG + Chr8:38381556-38381575 MsG0880044248.01.T01:CDS 35.0%
ATCTTCGTCAAAACTTTGAC+AGG + Chr8:38381175-38381194 MsG0880044248.01.T01:CDS 35.0%
GAACGTGTTGAAGAAAAAGA+GGG + Chr8:38381668-38381687 MsG0880044248.01.T01:CDS 35.0%
TATCCAATTCCGTGTTTACT+AGG + Chr8:38381343-38381362 MsG0880044248.01.T01:intron 35.0%
! GATTTTTGCTGGTAAGCAAT+TGG + Chr8:38381499-38381518 MsG0880044248.01.T01:CDS 35.0%
!!! TTGTGGTTTTAGGACAAAGA+AGG + Chr8:38381452-38381471 MsG0880044248.01.T01:intron 35.0%
ACACGTTCCTTAGTATCAGT+AGG - Chr8:38381656-38381675 None:intergenic 40.0%
AGAAGAAGAAGAAGCAGAAG+AGG + Chr8:38381140-38381159 MsG0880044248.01.T01:CDS 40.0%
CATTGAGCCTACTGATACTA+AGG + Chr8:38381646-38381665 MsG0880044248.01.T01:CDS 40.0%
GGAACGTGTTGAAGAAAAAG+AGG + Chr8:38381667-38381686 MsG0880044248.01.T01:CDS 40.0%
TCAAGAAGAAAGAACTCCCT+CGG + Chr8:38381117-38381136 MsG0880044248.01.T01:CDS 40.0%
!! TAACTGCTGCTTGTGGTTTT+AGG + Chr8:38381442-38381461 MsG0880044248.01.T01:intron 40.0%
AAAATCAACCTCTGCTGGTC+AGG - Chr8:38381485-38381504 None:intergenic 45.0%
AGGAAAGACTATCACTCTCG+AGG + Chr8:38381195-38381214 MsG0880044248.01.T01:CDS 45.0%
AGTTTCAAACCTCTGCTGCA+CGG - Chr8:38381702-38381721 None:intergenic 45.0%
CAACACTTCACTTGGTCCTT+AGG + Chr8:38381564-38381583 MsG0880044248.01.T01:CDS 45.0%
CAGCAAAAATCAACCTCTGC+TGG - Chr8:38381490-38381509 None:intergenic 45.0%
GCTGGTAAGCAATTGGAAGA+TGG + Chr8:38381506-38381525 MsG0880044248.01.T01:CDS 45.0%
GGATAACCTAACCTGGATCT+TGG - Chr8:38381254-38381273 None:intergenic 45.0%
TCACTTGGTCCTTAGGCTTA+GGG + Chr8:38381571-38381590 MsG0880044248.01.T01:CDS 45.0%
TGCTTCTTCTTCTTCTCCGA+GGG - Chr8:38381136-38381155 None:intergenic 45.0%
TTCACTTGGTCCTTAGGCTT+AGG + Chr8:38381570-38381589 MsG0880044248.01.T01:CDS 45.0%
!! CAGCAGAGGTTGATTTTTGC+TGG + Chr8:38381488-38381507 MsG0880044248.01.T01:CDS 45.0%
CACTTGGTCCTTAGGCTTAG+GGG + Chr8:38381572-38381591 MsG0880044248.01.T01:CDS 50.0%
CTGCTTCTTCTTCTTCTCCG+AGG - Chr8:38381137-38381156 None:intergenic 50.0%
GTTTCAAACCTCTGCTGCAC+GGG - Chr8:38381701-38381720 None:intergenic 50.0%
TCAAGGCCAAGATCCAGGTT+AGG + Chr8:38381245-38381264 MsG0880044248.01.T01:intron 50.0%
! GCGATTCTAACTGCTGCTTG+TGG + Chr8:38381435-38381454 MsG0880044248.01.T01:intron 50.0%
AAGGGGGGGATAACCTAACC+TGG - Chr8:38381261-38381280 None:intergenic 55.0%
ATCAACCTCTGCTGGTCAGG+AGG - Chr8:38381482-38381501 None:intergenic 55.0%
CAACGTCAAGGCCAAGATCC+AGG + Chr8:38381240-38381259 MsG0880044248.01.T01:CDS 55.0%
CGACACCATCGACAACGTCA+AGG + Chr8:38381228-38381247 MsG0880044248.01.T01:CDS 55.0%
TCAACCTCTGCTGGTCAGGA+GGG - Chr8:38381481-38381500 None:intergenic 55.0%
TGGTTCCTCCCCTAAGCCTA+AGG - Chr8:38381583-38381602 None:intergenic 55.0%
TTGGTCCTTAGGCTTAGGGG+AGG + Chr8:38381575-38381594 MsG0880044248.01.T01:CDS 55.0%
!! CTTGGCCTTGACGTTGTCGA+TGG - Chr8:38381236-38381255 None:intergenic 55.0%
GTATCCCTCCTGACCAGCAG+AGG + Chr8:38381474-38381493 MsG0880044248.01.T01:CDS 60.0%
TCAAACCTCTGCTGCACGGG+TGG - Chr8:38381698-38381717 None:intergenic 60.0%
GCATTCCACCCGTGCAGCAG+AGG + Chr8:38381690-38381709 MsG0880044248.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 38381109 38381736 38381109 ID=MsG0880044248.01;Name=MsG0880044248.01
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Chr8 exon 38381109 38381261 38381109 ID=MsG0880044248.01.T01:exon:2623;Parent=MsG0880044248.01.T01
Chr8 exon 38381464 38381736 38381464 ID=MsG0880044248.01.T01:exon:2622;Parent=MsG0880044248.01.T01
Chr8 CDS 38381109 38381261 38381109 ID=MsG0880044248.01.T01:cds;Parent=MsG0880044248.01.T01
Chr8 CDS 38381464 38381736 38381464 ID=MsG0880044248.01.T01:cds;Parent=MsG0880044248.01.T01
Gene Sequence

>MsG0880044248.01.T01

AATCAGAATCAAGAAGAAAGAACTCCCTCGGAGAAGAAGAAGAAGCAGAAGAGGAACAAGATGCAGATCTTCGTCAAAACTTTGACAGGAAAGACTATCACTCTCGAGGTTGAGAGTAGCGACACCATCGACAACGTCAAGGCCAAGATCCAGGACAAAGAAGGTATCCCTCCTGACCAGCAGAGGTTGATTTTTGCTGGTAAGCAATTGGAAGATGGTCGAACTCTTGCTGATTACAACATACAAAAGGAATCAACACTTCACTTGGTCCTTAGGCTTAGGGGAGGAACCATGATTAAAGTCAAGACTTTAACTGGTAAAGAAATTGAAATTGACATTGAGCCTACTGATACTAAGGAACGTGTTGAAGAAAAAGAGGGCATTCCACCCGTGCAGCAGAGGTTTGAAACTCTCTTTTTCTTATAA

Protein sequence

>MsG0880044248.01.T01

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