AlfalfaGEDB | MsG0180005572.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180005572.01

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Find 78 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 88 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CACACCCATGACTCGATCTT+TGG	0.295796	1:-93502644	None:intergenic
ATAAACTCAAATCGTTTCTA+TGG	0.301077	1:+93501979	MsG0180005572.01.T01:CDS
TTGAGATCAAAGAGGCCTTT+AGG	0.311869	1:-93502153	None:intergenic
TAAGAATTGTAGACTATAAG+AGG	0.338987	1:-93501650	None:intergenic
GTGAAGGTGGTTGAAACTAT+TGG	0.348580	1:-93502010	None:intergenic
CCTGTGTAGTTGCATACATT+TGG	0.367247	1:-93501826	None:intergenic
AGATTGGTGTGAGGGGTTGA+TGG	0.382190	1:-93501698	None:intergenic
TTGGTGAGTCTTGGATTTAG+TGG	0.390018	1:-93501727	None:intergenic
TATCAGTGGAATGAAAAGTT+TGG	0.390473	1:+93502446	MsG0180005572.01.T01:CDS
GATTTAGTGGTGGTGGAGAT+TGG	0.390923	1:-93501714	None:intergenic
CCATGCTTGGAGTGCTATGT+AGG	0.392840	1:-93501752	None:intergenic
ATCAGAGATTTGTGATAAGT+TGG	0.398165	1:+93502578	MsG0180005572.01.T01:CDS
CCTTACATCAATACCGTTGC+TGG	0.399537	1:+93501877	MsG0180005572.01.T01:CDS
CTGTGTAGTTGCATACATTT+GGG	0.405022	1:-93501825	None:intergenic
TGACAAGGAGGTGGCGGTGG+CGG	0.416211	1:-93502726	None:intergenic
GGCTGACAAGGAGGTGGCGG+TGG	0.418495	1:-93502729	None:intergenic
ATGTAGGCTTTGGTGAGTCT+TGG	0.423770	1:-93501736	None:intergenic
TGAATGTGTGTTTCCATGCT+TGG	0.424616	1:-93501765	None:intergenic
ATAAACCATGCAAACATAGA+AGG	0.429188	1:+93501907	MsG0180005572.01.T01:CDS
TTTCAAGGAAATATTCCTAA+AGG	0.431638	1:+93502138	MsG0180005572.01.T01:CDS
GGCTGTTTACCTAATGATAT+AGG	0.439016	1:+93502357	MsG0180005572.01.T01:CDS
TGAAGGTGGTTGAAACTATT+GGG	0.439754	1:-93502009	None:intergenic
AGTCTTGGATTTAGTGGTGG+TGG	0.446244	1:-93501721	None:intergenic
AGAAACGATTTGAGTTTATG+TGG	0.450122	1:-93501975	None:intergenic
CCTGTTCATTGTACTGGTGC+TGG	0.450262	1:+93502684	MsG0180005572.01.T01:CDS
GGAGGAGGCGGTTAAGGTGG+TGG	0.456116	1:-93502750	None:intergenic
CAAATTCTCAGGAACATTCC+CGG	0.460606	1:+93502062	MsG0180005572.01.T01:CDS
TTGGAGTGCTATGTAGGCTT+TGG	0.460862	1:-93501746	None:intergenic
GTTAAAAGACCAAGTTGCTC+TGG	0.470747	1:-93501937	None:intergenic
ATCAGTAACAACAAATTCTC+AGG	0.476348	1:+93502051	MsG0180005572.01.T01:CDS
GGTGGTGGAGATTGGTGTGA+GGG	0.488099	1:-93501706	None:intergenic
CCAGCAACGGTATTGATGTA+AGG	0.490076	1:-93501877	None:intergenic
CCAGCACCAGTACAATGAAC+AGG	0.495567	1:-93502684	None:intergenic
ATTTGGGCCATACCAGTTTG+AGG	0.500354	1:-93501809	None:intergenic
GGAATGCAAAGAACAACCTC+CGG	0.508162	1:-93502081	None:intergenic
GGTGGCTGACAAGGAGGTGG+CGG	0.513686	1:-93502732	None:intergenic
TACGTTAAATTCTTCCACCT+TGG	0.517071	1:-93502531	None:intergenic
ATGAACCTTCTATGTTTGCA+TGG	0.519212	1:-93501912	None:intergenic
GGTTAAGGTGGTGGCTGACA+AGG	0.520754	1:-93502741	None:intergenic
TATTCATATAATTATTTCAG+TGG	0.523917	1:+93502552	MsG0180005572.01.T01:CDS
GGCAATCTACATATACTCTC+AGG	0.528647	1:-93502510	None:intergenic
TGGTGGTGGAGATTGGTGTG+AGG	0.528975	1:-93501707	None:intergenic
GAACATCCTGTTCATTGTAC+TGG	0.530212	1:+93502678	MsG0180005572.01.T01:CDS
GATCTTTGGAAATGTCTATG+AGG	0.545860	1:-93502630	None:intergenic
GTGGTGGAGATTGGTGTGAG+GGG	0.550043	1:-93501705	None:intergenic
GGAGGAGGAGGCGGTTAAGG+TGG	0.550597	1:-93502753	None:intergenic
ATGACGAACAGCGGAATGAA+AGG	0.551145	1:+93502336	MsG0180005572.01.T01:CDS
AACACCACCTCAAACTGGTA+TGG	0.554516	1:+93501802	MsG0180005572.01.T01:CDS
GCGAACACAACAACAGAAGC+TGG	0.557247	1:-93502243	None:intergenic
GAATGCAAAGAACAACCTCC+GGG	0.557394	1:-93502080	None:intergenic
GGTTCATTACCAGAGCAACT+TGG	0.560737	1:+93501928	MsG0180005572.01.T01:CDS
TGTTACTGATGTCTAGCTCA+TGG	0.565706	1:-93502038	None:intergenic
TTCATGTTCGCAACACTCGA+TGG	0.566478	1:-93502291	None:intergenic
CCTACATAGCACTCCAAGCA+TGG	0.567008	1:+93501752	MsG0180005572.01.T01:CDS
GGTGGTGGCTGACAAGGAGG+TGG	0.577376	1:-93502735	None:intergenic
TGATGTCTAGCTCATGGAGA+AGG	0.585115	1:-93502032	None:intergenic
GTGAGTCTTGGATTTAGTGG+TGG	0.586992	1:-93501724	None:intergenic
ATTTCCAAAGATCGAGTCAT+GGG	0.589398	1:+93502640	MsG0180005572.01.T01:CDS
GGATATGAGAATGACAATGA+AGG	0.594464	1:-93501677	None:intergenic
CATTTCCAAAGATCGAGTCA+TGG	0.597412	1:+93502639	MsG0180005572.01.T01:CDS
TGGGCCATACCAGTTTGAGG+TGG	0.600281	1:-93501806	None:intergenic
AGAGTATATGTAGATTGCCA+AGG	0.618681	1:+93502514	MsG0180005572.01.T01:CDS
CTAGCTCATGGAGAAGGTGA+AGG	0.626163	1:-93502026	None:intergenic
ATCGAGTGTTGCGAACATGA+AGG	0.634631	1:+93502293	MsG0180005572.01.T01:CDS
TAAGGTGGTGGCTGACAAGG+AGG	0.636726	1:-93502738	None:intergenic
GTATATGTAGATTGCCAAGG+TGG	0.643770	1:+93502517	MsG0180005572.01.T01:CDS
TTCGCGAACAATGATATACA+AGG	0.647405	1:+93502261	MsG0180005572.01.T01:CDS
ATGTAAGGATCATCTAGTGA+CGG	0.649993	1:-93501862	None:intergenic
CATCAAGTTTGAGATCAAAG+AGG	0.656650	1:-93502161	None:intergenic
GTTTATGTCTATACCAGCAA+CGG	0.657368	1:-93501890	None:intergenic
GCTCATGGAGAAGGTGAAGG+TGG	0.658349	1:-93502023	None:intergenic
AAGTTTGGAGCAGTTGAATG+TGG	0.660295	1:+93502461	MsG0180005572.01.T01:CDS
CCAAATGTATGCAACTACAC+AGG	0.666055	1:+93501826	MsG0180005572.01.T01:CDS
GAATTGCCTGAAAGTATCAG+TGG	0.669147	1:+93502432	MsG0180005572.01.T01:CDS
GAGATAATTATGACGAACAG+CGG	0.690985	1:+93502327	MsG0180005572.01.T01:CDS
ATTCTCAGGAACATTCCCGG+AGG	0.771036	1:+93502065	MsG0180005572.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
!!	TATTCATATAATTATTTCAG+TGG	+	Chr1:93502552-93502571	MsG0180005572.01.T01:CDS	15.0%
!!!	ATAAGATACAACAATTTTCA+AGG	+	Chr1:93502123-93502142	MsG0180005572.01.T01:CDS	20.0%
!!!	ATGTCTAAGTATTTTAATGA+AGG	-	Chr1:93502105-93502124	None:intergenic	20.0%
!!!	TCTAATTTTCCTATATCATT+AGG	-	Chr1:93502369-93502388	None:intergenic	20.0%
!	ATAAACTCAAATCGTTTCTA+TGG	+	Chr1:93501979-93501998	MsG0180005572.01.T01:CDS	25.0%
!	TAAGAATTGTAGACTATAAG+AGG	-	Chr1:93501653-93501672	None:intergenic	25.0%
!	TTTCAAGGAAATATTCCTAA+AGG	+	Chr1:93502138-93502157	MsG0180005572.01.T01:CDS	25.0%
!!	TTGTGATAAGTTGGATAATA+AGG	+	Chr1:93502587-93502606	MsG0180005572.01.T01:CDS	25.0%
!!	TTTTCCTTACCAGAAAATTT+CGG	+	Chr1:93502213-93502232	MsG0180005572.01.T01:CDS	25.0%
!!!	GTTAGTTTTAATGAGTTTGT+TGG	+	Chr1:93502408-93502427	MsG0180005572.01.T01:CDS	25.0%
	ATAAACCATGCAAACATAGA+AGG	+	Chr1:93501907-93501926	MsG0180005572.01.T01:CDS	30.0%
	ATCAGAGATTTGTGATAAGT+TGG	+	Chr1:93502578-93502597	MsG0180005572.01.T01:CDS	30.0%
	ATCAGTAACAACAAATTCTC+AGG	+	Chr1:93502051-93502070	MsG0180005572.01.T01:CDS	30.0%
	TATCAGTGGAATGAAAAGTT+TGG	+	Chr1:93502446-93502465	MsG0180005572.01.T01:CDS	30.0%
!	AGAAACGATTTGAGTTTATG+TGG	-	Chr1:93501978-93501997	None:intergenic	30.0%
!	GTGGCACATAATAAATTTTC+TGG	+	Chr1:93502480-93502499	MsG0180005572.01.T01:CDS	30.0%
	AGAGTATATGTAGATTGCCA+AGG	+	Chr1:93502514-93502533	MsG0180005572.01.T01:CDS	35.0%
	ATGAACCTTCTATGTTTGCA+TGG	-	Chr1:93501915-93501934	None:intergenic	35.0%
	ATGTAAGGATCATCTAGTGA+CGG	-	Chr1:93501865-93501884	None:intergenic	35.0%
	ATTTCCAAAGATCGAGTCAT+GGG	+	Chr1:93502640-93502659	MsG0180005572.01.T01:CDS	35.0%
	CTGTGTAGTTGCATACATTT+GGG	-	Chr1:93501828-93501847	None:intergenic	35.0%
	GAGATAATTATGACGAACAG+CGG	+	Chr1:93502327-93502346	MsG0180005572.01.T01:CDS	35.0%
	GGATATGAGAATGACAATGA+AGG	-	Chr1:93501680-93501699	None:intergenic	35.0%
	GGCTGTTTACCTAATGATAT+AGG	+	Chr1:93502357-93502376	MsG0180005572.01.T01:CDS	35.0%
	GTTTATGTCTATACCAGCAA+CGG	-	Chr1:93501893-93501912	None:intergenic	35.0%
	TACGTTAAATTCTTCCACCT+TGG	-	Chr1:93502534-93502553	None:intergenic	35.0%
	TGAAGGTGGTTGAAACTATT+GGG	-	Chr1:93502012-93502031	None:intergenic	35.0%
	TTCATTCCACTGATACTTTC+AGG	-	Chr1:93502441-93502460	None:intergenic	35.0%
	TTCGCGAACAATGATATACA+AGG	+	Chr1:93502261-93502280	MsG0180005572.01.T01:CDS	35.0%
!	CATCAAGTTTGAGATCAAAG+AGG	-	Chr1:93502164-93502183	None:intergenic	35.0%
!	GATCTTTGGAAATGTCTATG+AGG	-	Chr1:93502633-93502652	None:intergenic	35.0%
!!	ACTTGGTCTTTTAACAGACT+TGG	+	Chr1:93501945-93501964	MsG0180005572.01.T01:CDS	35.0%
!!	GTTTCCGAAATTTTCTGGTA+AGG	-	Chr1:93502220-93502239	None:intergenic	35.0%
!!!	AGTTTGAGGTGGTGTTTTTT+GGG	-	Chr1:93501798-93501817	None:intergenic	35.0%
	CAAAAAACACCACCTCAAAC+TGG	+	Chr1:93501797-93501816	MsG0180005572.01.T01:CDS	40.0%
	CAAATTCTCAGGAACATTCC+CGG	+	Chr1:93502062-93502081	MsG0180005572.01.T01:CDS	40.0%
	CATTTCCAAAGATCGAGTCA+TGG	+	Chr1:93502639-93502658	MsG0180005572.01.T01:CDS	40.0%
	CCAAATGTATGCAACTACAC+AGG	+	Chr1:93501826-93501845	MsG0180005572.01.T01:CDS	40.0%
	CCTGTGTAGTTGCATACATT+TGG	-	Chr1:93501829-93501848	None:intergenic	40.0%
	GAACATCCTGTTCATTGTAC+TGG	+	Chr1:93502678-93502697	MsG0180005572.01.T01:CDS	40.0%
	GGCAATCTACATATACTCTC+AGG	-	Chr1:93502513-93502532	None:intergenic	40.0%
	GTATATGTAGATTGCCAAGG+TGG	+	Chr1:93502517-93502536	MsG0180005572.01.T01:CDS	40.0%
	GTGAAGGTGGTTGAAACTAT+TGG	-	Chr1:93502013-93502032	None:intergenic	40.0%
	GTTAAAAGACCAAGTTGCTC+TGG	-	Chr1:93501940-93501959	None:intergenic	40.0%
	TGAATGTGTGTTTCCATGCT+TGG	-	Chr1:93501768-93501787	None:intergenic	40.0%
	TTGAGATCAAAGAGGCCTTT+AGG	-	Chr1:93502156-93502175	None:intergenic	40.0%
	TTGGTGAGTCTTGGATTTAG+TGG	-	Chr1:93501730-93501749	None:intergenic	40.0%
!	AAGTTTGGAGCAGTTGAATG+TGG	+	Chr1:93502461-93502480	MsG0180005572.01.T01:CDS	40.0%
!	GGCATGTTTCCGAAATTTTC+TGG	-	Chr1:93502225-93502244	None:intergenic	40.0%
!	TGTTACTGATGTCTAGCTCA+TGG	-	Chr1:93502041-93502060	None:intergenic	40.0%
!!	GAATTGCCTGAAAGTATCAG+TGG	+	Chr1:93502432-93502451	MsG0180005572.01.T01:CDS	40.0%
!!!	CAGTTTGAGGTGGTGTTTTT+TGG	-	Chr1:93501799-93501818	None:intergenic	40.0%
	AACACCACCTCAAACTGGTA+TGG	+	Chr1:93501802-93501821	MsG0180005572.01.T01:CDS	45.0%
	AGTCTTGGATTTAGTGGTGG+TGG	-	Chr1:93501724-93501743	None:intergenic	45.0%
	ATGACGAACAGCGGAATGAA+AGG	+	Chr1:93502336-93502355	MsG0180005572.01.T01:CDS	45.0%
	ATTTGGGCCATACCAGTTTG+AGG	-	Chr1:93501812-93501831	None:intergenic	45.0%
	CCTTACATCAATACCGTTGC+TGG	+	Chr1:93501877-93501896	MsG0180005572.01.T01:CDS	45.0%
	GAATGCAAAGAACAACCTCC+GGG	-	Chr1:93502083-93502102	None:intergenic	45.0%
	GGAATGCAAAGAACAACCTC+CGG	-	Chr1:93502084-93502103	None:intergenic	45.0%
	GGTTCATTACCAGAGCAACT+TGG	+	Chr1:93501928-93501947	MsG0180005572.01.T01:CDS	45.0%
	GTGAGTCTTGGATTTAGTGG+TGG	-	Chr1:93501727-93501746	None:intergenic	45.0%
	TTCATGTTCGCAACACTCGA+TGG	-	Chr1:93502294-93502313	None:intergenic	45.0%
!	ATCGAGTGTTGCGAACATGA+AGG	+	Chr1:93502293-93502312	MsG0180005572.01.T01:CDS	45.0%
!	ATGTAGGCTTTGGTGAGTCT+TGG	-	Chr1:93501739-93501758	None:intergenic	45.0%
!	TGATGTCTAGCTCATGGAGA+AGG	-	Chr1:93502035-93502054	None:intergenic	45.0%
!	TTGGAGTGCTATGTAGGCTT+TGG	-	Chr1:93501749-93501768	None:intergenic	45.0%
!!	CCAGCAACGGTATTGATGTA+AGG	-	Chr1:93501880-93501899	None:intergenic	45.0%
!!	GATTTAGTGGTGGTGGAGAT+TGG	-	Chr1:93501717-93501736	None:intergenic	45.0%
	AGATTGGTGTGAGGGGTTGA+TGG	-	Chr1:93501701-93501720	None:intergenic	50.0%
	ATTCTCAGGAACATTCCCGG+AGG	+	Chr1:93502065-93502084	MsG0180005572.01.T01:CDS	50.0%
	CACACCCATGACTCGATCTT+TGG	-	Chr1:93502647-93502666	None:intergenic	50.0%
	CCAGCACCAGTACAATGAAC+AGG	-	Chr1:93502687-93502706	None:intergenic	50.0%
	CCTACATAGCACTCCAAGCA+TGG	+	Chr1:93501752-93501771	MsG0180005572.01.T01:CDS	50.0%
	CTAGCTCATGGAGAAGGTGA+AGG	-	Chr1:93502029-93502048	None:intergenic	50.0%
	GCGAACACAACAACAGAAGC+TGG	-	Chr1:93502246-93502265	None:intergenic	50.0%
!	CCATGCTTGGAGTGCTATGT+AGG	-	Chr1:93501755-93501774	None:intergenic	50.0%
!	CCTGTTCATTGTACTGGTGC+TGG	+	Chr1:93502684-93502703	MsG0180005572.01.T01:CDS	50.0%
!!!	GGTGGTGTTTTTTGGGTCTG+AGG	-	Chr1:93501791-93501810	None:intergenic	50.0%
	GCTCATGGAGAAGGTGAAGG+TGG	-	Chr1:93502026-93502045	None:intergenic	55.0%
	TGGGCCATACCAGTTTGAGG+TGG	-	Chr1:93501809-93501828	None:intergenic	55.0%
!	GTGGTGGAGATTGGTGTGAG+GGG	-	Chr1:93501708-93501727	None:intergenic	55.0%
!	TAAGGTGGTGGCTGACAAGG+AGG	-	Chr1:93502741-93502760	None:intergenic	55.0%
!!	GGTGGTGGAGATTGGTGTGA+GGG	-	Chr1:93501709-93501728	None:intergenic	55.0%
!!	TGGTGGTGGAGATTGGTGTG+AGG	-	Chr1:93501710-93501729	None:intergenic	55.0%
	GGTGGCTGACAAGGAGGTGG+CGG	-	Chr1:93502735-93502754	None:intergenic	65.0%
!	GGTGGTGGCTGACAAGGAGG+TGG	-	Chr1:93502738-93502757	None:intergenic	65.0%
!	TGACAAGGAGGTGGCGGTGG+CGG	-	Chr1:93502729-93502748	None:intergenic	65.0%
!	GGCTGACAAGGAGGTGGCGG+TGG	-	Chr1:93502732-93502751	None:intergenic	70.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
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Gene Sequence

>MsG0180005572.01.T01

ATGGAATCCTCTTATAGTCTACAATTCTTAATTTCCTTCATTGTCATTCTCATATCCATCAACCCCTCACACCAATCTCCACCACCACTAAATCCAAGACTCACCAAAGCCTACATAGCACTCCAAGCATGGAAACACACATTCACCTCAGACCCAAAAAACACCACCTCAAACTGGTATGGCCCAAATGTATGCAACTACACAGGTATCTTTTGTGCACCGTCACTAGATGATCCTTACATCAATACCGTTGCTGGTATAGACATAAACCATGCAAACATAGAAGGTTCATTACCAGAGCAACTTGGTCTTTTAACAGACTTGGCTCTTATCCACATAAACTCAAATCGTTTCTATGGTTCACTACCCAATAGTTTCAACCACCTTCACCTTCTCCATGAGCTAGACATCAGTAACAACAAATTCTCAGGAACATTCCCGGAGGTTGTTCTTTGCATTCCTTCATTAAAATACTTAGACATAAGATACAACAATTTTCAAGGAAATATTCCTAAAGGCCTCTTTGATCTCAAACTTGATGCACTTTTCATCAACAACAACAAATTCAAATTTTCCTTACCAGAAAATTTCGGAAACATGCCAGCTTCTGTTGTTGTGTTCGCGAACAATGATATACAAGGTTGTATTCCATCGAGTGTTGCGAACATGAAGGATACAATCAACGAGATAATTATGACGAACAGCGGAATGAAAGGCTGTTTACCTAATGATATAGGAAAATTAGATAAAGTGACAGTGTTTGATGTTAGTTTTAATGAGTTTGTTGGTGAATTGCCTGAAAGTATCAGTGGAATGAAAAGTTTGGAGCAGTTGAATGTGGCACATAATAAATTTTCTGGAGTTATTCCTGAGAGTATATGTAGATTGCCAAGGTGGAAGAATTTAACGTATTCATATAATTATTTCAGTGGTGAATCAGAGATTTGTGATAAGTTGGATAATAAGGATGATACAAAGAATTGTATTCCTCATAGACATTTCCAAAGATCGAGTCATGGGTGTGATGCTTTTTATGAACATCCTGTTCATTGTACTGGTGCTGGTTGTTCTTTTGTAACTCTACCGCCACCGCCACCTCCTTGTCAGCCACCACCTTAA

Protein sequence

>MsG0180005572.01.T01

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