AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene049861


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Find 54 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GGTTATGAATAGAGGGTATT+TGG 0.185250 4.4:+44048421 MS.gene049861:CDS
GCTTATGTTGTGACGGATAA+AGG 0.213333 4.4:+44048386 MS.gene049861:CDS
TTAGTCATTGGTGTGCTTAT+TGG 0.213548 4.4:+44048350 MS.gene049861:CDS
GGAAGATTAGTTCTTGTATA+AGG 0.219711 4.4:+44048507 MS.gene049861:CDS
TATTATTTGCAGGATTATTC+TGG 0.249913 4.4:+44048446 MS.gene049861:CDS
AGTGGCTAGTGATGAGTATT+GGG 0.307047 4.4:+44048484 MS.gene049861:CDS
AAGAAAACTCAATCCTATTC+AGG 0.328328 4.4:+44048601 MS.gene049861:CDS
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GTCATCCTTGCTTCACCATA+AGG 0.359601 4.4:-44058837 None:intergenic
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CTTATGTTGTGACGGATAAA+GGG 0.405211 4.4:+44048387 MS.gene049861:CDS
ATATAAGAACATACCTGAAT+AGG 0.413679 4.4:-44048614 None:intergenic
GTAACACGCCCCTGCAAAAC+CGG 0.415261 4.4:-44048285 None:intergenic
ATCATGGTTGTTTCATTAGC+CGG 0.418747 4.4:+44048266 None:intergenic
CCATTTGTTGCAGTCAGGGT+TGG 0.429976 4.4:-44058631 None:intergenic
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TCTTCCATTTGTTGCAGTCA+GGG 0.435866 4.4:-44058635 None:intergenic
AATCATAACAAAGTTGTTGT+TGG 0.436839 4.4:-44058662 None:intergenic
CGGATAAAGGGTCTGGAAGA+AGG 0.448561 4.4:+44048399 MS.gene049861:CDS
TTCTAAAGCTTGTAGGAAGT+TGG 0.451166 4.4:+44048532 MS.gene049861:CDS
GATTGTGATTCTTGCAAAGC+TGG 0.451997 4.4:+44058681 MS.gene049861:CDS
TAAGGGATTCTAAAGCTTGT+AGG 0.452393 4.4:+44048525 MS.gene049861:CDS
CCAACCCTGACTGCAACAAA+TGG 0.453278 4.4:+44058631 MS.gene049861:CDS
GAGTGGCTAGTGATGAGTAT+TGG 0.454709 4.4:+44048483 MS.gene049861:CDS
ATGGATAATGATGAACCTTA+TGG 0.465091 4.4:+44058822 MS.gene049861:CDS
GGAAGAAGGGTTATGAATAG+AGG 0.468654 4.4:+44048413 MS.gene049861:CDS
AACGAGACAGTATGGATTCA+AGG 0.469950 4.4:+44058588 MS.gene049861:CDS
TTGGTAGTCTCAAGAAGAGT+TGG 0.481632 4.4:+44058709 MS.gene049861:CDS
GTTGTGACGGATAAAGGGTC+TGG 0.489336 4.4:+44048392 MS.gene049861:CDS
AAGAACATATCAGCAGTCTC+AGG 0.515949 4.4:-44048575 None:intergenic
GCAGGATTATTCTGGATGGT+TGG 0.520396 4.4:+44048454 MS.gene049861:CDS
AATATTTGCTTATGTTGTGA+CGG 0.520715 4.4:+44048379 MS.gene049861:CDS
TACAAATAGCCACAATCTGT+TGG 0.528871 4.4:-44058561 None:intergenic
GTAGTCTCAAGAAGAGTTGG+AGG 0.530350 4.4:+44058712 MS.gene049861:CDS
TGCAAGCCTCCAACAGATTG+TGG 0.538217 4.4:+44058552 MS.gene049861:CDS
GGATAAAGGGTCTGGAAGAA+GGG 0.556945 4.4:+44048400 MS.gene049861:CDS
ACAGTATGGATTCAAGGAGC+AGG 0.564050 4.4:+44058594 MS.gene049861:CDS
AAATAGCCACAATCTGTTGG+AGG 0.571113 4.4:-44058558 None:intergenic
GTGGCTAGTGATGAGTATTG+GGG 0.574200 4.4:+44048485 MS.gene049861:CDS
GAAGAAGGGTTATGAATAGA+GGG 0.576688 4.4:+44048414 MS.gene049861:CDS
ATTTGCAGGATTATTCTGGA+TGG 0.577351 4.4:+44048450 MS.gene049861:CDS
AAGCTTGTAGGAAGTTGGCT+AGG 0.591037 4.4:+44048537 MS.gene049861:CDS
AATTAAAGATGAAAAGCACT+AGG 0.600562 4.4:-44058870 None:intergenic
TGGATGGTTGGAAGAGAGAG+TGG 0.623713 4.4:+44048466 MS.gene049861:CDS
CAAGGAGCAGGATCACTAGT+GGG 0.627646 4.4:+44058606 MS.gene049861:CDS
TGGCTAGTGATGAGTATTGG+GGG 0.638689 4.4:+44048486 MS.gene049861:CDS
CAACTATGTAAACAATGACA+AGG 0.640187 4.4:-44058770 None:intergenic
TCAAGGAGCAGGATCACTAG+TGG 0.640470 4.4:+44058605 MS.gene049861:CDS
ATGAACCTTATGGTGAAGCA+AGG 0.655059 4.4:+44058832 MS.gene049861:CDS
AACGTAACAAGAAAGTGTTA+CGG 0.663996 4.4:-44048307 None:intergenic
TGACTAAGAACATGACAACA+AGG 0.676649 4.4:-44048334 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr4.4 gene 44048269 44058890 44048269 ID=MS.gene049861
chr4.4 mRNA 44048269 44058890 44048269 ID=MS.gene049861.t1;Parent=MS.gene049861
chr4.4 exon 44048269 44048622 44048269 ID=MS.gene049861.t1.exon1;Parent=MS.gene049861.t1
chr4.4 CDS 44048269 44048622 44048269 ID=cds.MS.gene049861.t1;Parent=MS.gene049861.t1
chr4.4 exon 44058543 44058890 44058543 ID=MS.gene049861.t1.exon2;Parent=MS.gene049861.t1
chr4.4 CDS 44058543 44058890 44058543 ID=cds.MS.gene049861.t1;Parent=MS.gene049861.t1
Gene Sequence

>MS.gene049861

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