AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039511.01


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MsG0780039511.01.T01 AT5G36220 25.940 266 162 8 21 256 132 392 2.98e-23 98.6
MsG0780039511.01.T01 AT3G26230 40.650 123 68 2 138 255 266 388 3.20e-23 98.6
MsG0780039511.01.T01 AT2G42250 26.641 259 161 6 21 251 133 390 3.74e-23 98.6
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MsG0780039511.01.T01 AT3G20080 27.407 270 165 6 16 256 130 397 4.49e-23 98.2
MsG0780039511.01.T01 AT5G05260 28.409 264 167 7 11 256 121 380 6.40e-23 97.8
MsG0780039511.01.T01 AT5G36220 34.307 137 85 2 120 256 115 246 8.59e-23 95.9
MsG0780039511.01.T01 AT4G13310 25.368 272 172 5 13 255 116 385 1.13e-22 96.3
MsG0780039511.01.T01 AT1G79370 37.405 131 82 0 126 256 293 423 2.46e-22 96.3
MsG0780039511.01.T01 AT3G26180 24.364 275 162 7 21 255 122 390 2.89e-22 95.9
MsG0780039511.01.T01 AT4G13290 26.199 271 157 7 16 255 120 378 2.90e-22 95.9
MsG0780039511.01.T01 AT1G50560 27.875 287 157 9 7 254 123 398 2.93e-22 95.9
MsG0780039511.01.T01 AT4G13310 25.651 269 169 5 16 255 119 385 3.19e-22 95.5
MsG0780039511.01.T01 AT1G13080 23.810 273 175 5 16 255 118 390 3.57e-22 95.5
MsG0780039511.01.T01 AT2G23220 25.564 266 163 7 21 256 141 401 3.65e-22 95.5
MsG0780039511.01.T01 AT5G35715 24.815 270 168 7 21 256 58 326 4.13e-22 95.1
MsG0780039511.01.T01 AT3G26830 26.523 279 165 7 13 255 112 386 5.66e-22 94.7
MsG0780039511.01.T01 AT3G48310 24.164 269 165 8 16 255 119 377 9.00e-22 94.4
MsG0780039511.01.T01 AT3G20080 27.099 262 160 6 24 256 1 260 1.15e-21 93.2
MsG0780039511.01.T01 AT3G20080 27.099 262 160 6 24 256 1 260 1.15e-21 93.2
MsG0780039511.01.T01 AT3G20080 27.099 262 160 6 24 256 1 260 1.15e-21 93.2
MsG0780039511.01.T01 AT3G20080 27.099 262 160 6 24 256 1 260 1.15e-21 93.2
MsG0780039511.01.T01 AT5G05260 27.365 296 161 9 11 256 121 412 1.46e-21 94.0
MsG0780039511.01.T01 AT5G04630 36.242 149 87 4 113 255 250 396 1.58e-21 93.6
MsG0780039511.01.T01 AT3G26160 40.336 119 70 1 138 255 272 390 1.85e-21 93.6
MsG0780039511.01.T01 AT3G26170 24.373 279 173 7 13 255 114 390 2.62e-21 93.2
MsG0780039511.01.T01 AT3G26180 36.885 122 73 2 138 255 135 256 3.33e-21 91.7
MsG0780039511.01.T01 AT1G13710 28.519 270 149 9 6 238 125 387 4.54e-21 92.4
MsG0780039511.01.T01 AT3G48290 23.755 261 176 6 16 255 120 378 4.60e-21 92.4
MsG0780039511.01.T01 AT1G74110 25.547 274 157 7 6 238 141 408 5.41e-21 92.4
MsG0780039511.01.T01 AT1G16400 25.912 274 163 6 23 256 141 414 7.00e-21 92.0
MsG0780039511.01.T01 AT2G46660 25.869 259 159 5 6 238 147 398 8.77e-21 91.7
MsG0780039511.01.T01 AT3G61880 26.996 263 155 6 6 238 143 398 1.74e-20 90.9
MsG0780039511.01.T01 AT1G58260 26.909 275 162 4 21 256 132 406 1.83e-20 90.9
MsG0780039511.01.T01 AT3G61880 26.996 263 155 6 6 238 143 398 1.87e-20 90.9
MsG0780039511.01.T01 AT1G13100 25.524 286 162 8 13 255 109 386 2.33e-20 90.1
MsG0780039511.01.T01 AT2G27010 35.135 148 93 3 110 256 227 372 2.38e-20 90.1
MsG0780039511.01.T01 AT3G20935 42.553 94 53 1 163 256 130 222 3.94e-20 88.6
MsG0780039511.01.T01 AT3G48300 22.727 264 175 5 16 255 116 374 7.06e-20 89.0
MsG0780039511.01.T01 AT3G48300 22.727 264 175 5 16 255 118 376 7.10e-20 89.0
MsG0780039511.01.T01 AT3G26150 36.975 119 74 1 138 255 272 390 8.09e-20 88.6
MsG0780039511.01.T01 AT4G13770 21.852 270 171 6 21 255 123 387 1.10e-19 88.2
MsG0780039511.01.T01 AT1G13080 42.857 91 51 1 166 255 182 272 1.66e-19 87.0
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MsG0780039511.01.T01 AT4G31500 22.263 274 179 5 13 255 114 384 2.70e-19 87.0
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MsG0780039511.01.T01 AT4G39950 32.847 137 91 1 121 256 326 462 3.86e-19 87.0
MsG0780039511.01.T01 AT3G48270 23.420 269 167 8 16 255 118 376 4.81e-19 86.7
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MsG0780039511.01.T01 AT2G12190 33.333 141 89 3 121 256 259 399 4.50e-15 74.7
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MsG0780039511.01.T01 AT5G61320 24.913 289 153 8 5 256 116 377 8.20e-15 73.9
MsG0780039511.01.T01 AT2G45560 39.744 78 46 1 14 90 123 200 1.67e-14 72.4
MsG0780039511.01.T01 AT3G26200 24.815 270 168 5 21 256 120 388 3.65e-14 72.0
MsG0780039511.01.T01 AT1G11600 32.759 116 78 0 140 255 281 396 5.79e-14 71.6
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MsG0780039511.01.T01 AT3G26190 24.535 269 170 4 21 256 120 388 1.12e-13 70.9
MsG0780039511.01.T01 AT4G20240 38.043 92 56 1 163 254 292 382 1.33e-13 70.1
MsG0780039511.01.T01 AT4G20240 20.849 259 179 3 21 254 125 382 1.40e-13 70.5
MsG0780039511.01.T01 AT1G11610 22.727 264 179 5 16 254 120 383 8.01e-13 68.2
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MsG0780039511.01.T01 AT1G11610 22.727 264 179 5 16 254 120 383 9.23e-13 68.2
MsG0780039511.01.T01 AT5G35917 25.532 282 146 8 21 256 138 401 1.63e-12 67.4
MsG0780039511.01.T01 AT3G44250 25.000 276 175 6 13 256 112 387 2.10e-12 67.0
MsG0780039511.01.T01 AT3G53300 25.556 270 166 6 21 256 120 388 2.72e-12 66.6
MsG0780039511.01.T01 AT3G48320 23.396 265 172 5 16 255 119 377 7.65e-12 65.1
MsG0780039511.01.T01 AT1G64900 33.333 138 90 2 121 256 256 393 6.45e-11 62.4

Find 41 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 127 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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TGGGAGTTGTTTGAGATTAT+TGG 0.259507 7:-65057496 MsG0780039511.01.T01:CDS
AAATGTTTGAAATTGAATTA+AGG 0.275921 7:+65057687 None:intergenic
CATTTGTGGGGTACCAATAA+TGG 0.327719 7:+65055376 None:intergenic
TGTTAGGATTTATTTGCTGC+TGG 0.331095 7:-65055592 MsG0780039511.01.T01:intron
CACACTTTCATCACATTTGT+GGG 0.377762 7:+65055363 None:intergenic
GGCTTCCAGCATTAGCTTTG+TGG 0.381110 7:-65057874 MsG0780039511.01.T01:CDS
GGAGATGTTTCATCTGCTTC+CGG 0.391908 7:-65057356 MsG0780039511.01.T01:intron
ACTACGTAACCCTAGCAATA+TGG 0.395078 7:-65055524 MsG0780039511.01.T01:CDS
GATTCACTTCTTAACAATGA+TGG 0.400501 7:-65057409 MsG0780039511.01.T01:CDS
ACAGAATTATCTAAAGCTAT+TGG 0.401723 7:-65055490 MsG0780039511.01.T01:CDS
TAGCTTTGTGGAAGAAACTT+AGG 0.404656 7:-65057862 MsG0780039511.01.T01:CDS
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CRISPR-GE

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ACACTTTCATCACATTTGTG+GGG + Chr7:65057877-65057896 None:intergenic 35.0%
ATCTGCAAACATGAGTATTC+CGG + Chr7:65056915-65056934 None:intergenic 35.0%
ATCTTTGCATACAATCGTTG+TGG + Chr7:65055710-65055729 None:intergenic 35.0%
ATGACGACTAGAGTTTGAAA+AGG - Chr7:65057201-65057220 MsG0780039511.01.T01:intron 35.0%
CAACTTCAAGCACAATTGAA+TGG - Chr7:65057677-65057696 MsG0780039511.01.T01:CDS 35.0%
CACACTTTCATCACATTTGT+GGG + Chr7:65057878-65057897 None:intergenic 35.0%
GCACATTCAATCAATGACAT+TGG + Chr7:65056950-65056969 None:intergenic 35.0%
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TACAGATAACACATGTAACC+CGG + Chr7:65056635-65056654 None:intergenic 35.0%
TCACACTTTCATCACATTTG+TGG + Chr7:65057879-65057898 None:intergenic 35.0%
TCATTACAAATTCTCATGGG+TGG - Chr7:65055343-65055362 MsG0780039511.01.T01:CDS 35.0%
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! CTTCTTTTTATCTATTGGGC+AGG + Chr7:65057174-65057193 None:intergenic 35.0%
! GAACATTCTGAGAGGTTTAT+CGG - Chr7:65055628-65055647 MsG0780039511.01.T01:intron 35.0%
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! GTTAGGATTTATTTGCTGCT+GGG - Chr7:65057647-65057666 MsG0780039511.01.T01:CDS 35.0%
! TAATAACCATTTGTTGGACG+GGG - Chr7:65057553-65057572 MsG0780039511.01.T01:intron 35.0%
! TGAAGCTTTTGATATTGGTG+AGG - Chr7:65055512-65055531 MsG0780039511.01.T01:CDS 35.0%
! TGGGAGTTGTTTGAGATTAT+TGG - Chr7:65055742-65055761 MsG0780039511.01.T01:intron 35.0%
! TGTTAGGATTTATTTGCTGC+TGG - Chr7:65057646-65057665 MsG0780039511.01.T01:CDS 35.0%
!! TAGCTTTGTGGAAGAAACTT+AGG - Chr7:65055376-65055395 MsG0780039511.01.T01:CDS 35.0%
!! TTGCTTTTGCCATATTGCTA+GGG + Chr7:65057726-65057745 None:intergenic 35.0%
!!! GAGACTAATTTTGAAACGGA+AGG + Chr7:65056252-65056271 None:intergenic 35.0%
!!! GAGGTTTTGGTTGAACTTTA+CGG + Chr7:65055971-65055990 None:intergenic 35.0%
AAGCACAATTGAATGGACCA+TGG - Chr7:65057684-65057703 MsG0780039511.01.T01:CDS 40.0%
AAGCAGATGAAACATCTCCT+TGG + Chr7:65055881-65055900 None:intergenic 40.0%
ACTACGTAACCCTAGCAATA+TGG - Chr7:65057714-65057733 MsG0780039511.01.T01:CDS 40.0%
AGAGGTTTATCGGAACTTTC+TGG - Chr7:65055638-65055657 MsG0780039511.01.T01:intron 40.0%
AGCAGATGAAACATCTCCTT+GGG + Chr7:65055880-65055899 None:intergenic 40.0%
ATCTATTGGGCAGGGATTTA+GGG + Chr7:65057165-65057184 None:intergenic 40.0%
ATTAGGAATGGAGCTAGAAG+GGG + Chr7:65056203-65056222 None:intergenic 40.0%
CAAACAACTCCCAAGATGAA+TGG + Chr7:65055735-65055754 None:intergenic 40.0%
CAAAGATGGCCATTCATCTT+GGG - Chr7:65055723-65055742 MsG0780039511.01.T01:intron 40.0%
CAACCAAAACCTCACTTTCA+CGG - Chr7:65055978-65055997 MsG0780039511.01.T01:intron 40.0%
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GTGTTTGAGAACATTCTGAG+AGG - Chr7:65055620-65055639 MsG0780039511.01.T01:intron 40.0%
TACAATCGTTGTGGGTCTAA+AGG + Chr7:65055701-65055720 None:intergenic 40.0%
TATCTATTGGGCAGGGATTT+AGG + Chr7:65057166-65057185 None:intergenic 40.0%
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! CATTTGTGGGGTACCAATAA+TGG + Chr7:65057865-65057884 None:intergenic 40.0%
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!! CTTGCTTTTGCCATATTGCT+AGG + Chr7:65057727-65057746 None:intergenic 40.0%
GCAAAGATGGCCATTCATCT+TGG - Chr7:65055722-65055741 MsG0780039511.01.T01:intron 45.0%
GGAGATGTTTCATCTGCTTC+CGG - Chr7:65055882-65055901 MsG0780039511.01.T01:intron 45.0%
GGGTCTAAAGGACGAAGAAT+CGG + Chr7:65055689-65055708 None:intergenic 45.0%
!! TTAAAAAAAATATATATGTA+GGG - Chr7:65056106-65056125 MsG0780039511.01.T01:intron 5.0%
CTCCTTGGGACTCAACTGAT+CGG + Chr7:65055866-65055885 None:intergenic 50.0%
GCATCCACCAGCTCCATTAT+TGG - Chr7:65057849-65057868 MsG0780039511.01.T01:CDS 50.0%
TTCCGATCAGTTGAGTCCCA+AGG - Chr7:65055861-65055880 MsG0780039511.01.T01:intron 50.0%
! AGCTGGTGGATGCAATCGAA+AGG + Chr7:65057842-65057861 None:intergenic 50.0%
! GGTACCAATAATGGAGCTGG+TGG + Chr7:65057856-65057875 None:intergenic 50.0%
! GTTACGTAGTAGCTCTGCCA+TGG + Chr7:65057704-65057723 None:intergenic 50.0%
! TCCTCTCAGCTCTTTTGAGC+TGG + Chr7:65056691-65056710 None:intergenic 50.0%
! TGGGGTACCAATAATGGAGC+TGG + Chr7:65057859-65057878 None:intergenic 50.0%
!! GGCTTCCAGCATTAGCTTTG+TGG - Chr7:65055364-65055383 MsG0780039511.01.T01:CDS 50.0%
AAGGGGACCAGCAGAAGTCA+CGG + Chr7:65056186-65056205 None:intergenic 55.0%
GCCAGCTCAAAAGAGCTGAG+AGG - Chr7:65056687-65056706 MsG0780039511.01.T01:intron 55.0%
TTAGGGCCCCGTCCAACAAA+TGG + Chr7:65057562-65057581 None:intergenic 55.0%
GAGGGAACCGTGACTTCTGC+TGG - Chr7:65056176-65056195 MsG0780039511.01.T01:intron 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
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Gene Sequence

>MsG0780039511.01.T01

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Protein sequence

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