AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0080049018.01


Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0080049018.01.T01 MTR_4g032805 96.296 270 9 1 1 270 1 269 0.0 541
MsG0080049018.01.T01 MTR_2g097690 50.000 62 29 1 131 192 77 136 5.05e-12 63.9
MsG0080049018.01.T01 MTR_5g022180 37.500 88 52 2 109 195 53 138 1.12e-11 62.0
MsG0080049018.01.T01 MTR_2g097690 50.000 64 30 1 129 192 75 136 2.51e-11 62.8
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0080049018.01.T01 AT4G09350 55.118 254 103 3 17 269 3 246 2.87e-96 283
MsG0080049018.01.T01 AT5G59610 49.231 65 31 1 127 191 71 133 3.79e-11 62.4
MsG0080049018.01.T01 AT5G59610 49.231 65 31 1 127 191 71 133 9.35e-11 61.2
MsG0080049018.01.T01 AT5G59610 49.231 65 31 1 127 191 71 133 9.35e-11 61.2
MsG0080049018.01.T01 AT5G59610 49.231 65 31 1 127 191 71 133 9.99e-11 61.2
MsG0080049018.01.T01 AT5G59610 49.231 65 31 1 127 191 71 133 9.99e-11 61.2

Find 3 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 203 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GAGCAATTGTCAACTTAATT+AGG 0.220661 contig610end:+14516 MsG0080049018.01.T01:intergenic
ATTGTCAACTTAATTAGGTA+TGG 0.432310 contig610end:+14521 MsG0080049018.01.T01:intergenic
TTTCAGCGTGAGTTAACGCT+CGG 0.580272 contig610end:+14454 MsG0080049018.01.T01:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAATTGAAAATAAAATTAG+AGG - contig610end:14184-14203 MsG0080049018.01.T01:intron 10.0%
!!! AATTATTTTGTAATATTTGT+GGG - contig610end:11430-11449 MsG0080049018.01.T01:intron 10.0%
!!! TAATTATTTTGTAATATTTG+TGG - contig610end:11429-11448 MsG0080049018.01.T01:intron 10.0%
!! AAAAAAAAATTCATAACACT+TGG - contig610end:14448-14467 MsG0080049018.01.T01:exon 15.0%
!! AAAAAAAATTCATAACACTT+GGG - contig610end:14449-14468 MsG0080049018.01.T01:exon 15.0%
!! ATTAAAAATACAACGATTAT+AGG - contig610end:11476-11495 MsG0080049018.01.T01:intron 15.0%
!! CTTATTTGTAAATTGTAATA+TGG - contig610end:11350-11369 MsG0080049018.01.T01:intron 15.0%
!! GTTAAGATAAAAATATCAAA+GGG - contig610end:13726-13745 MsG0080049018.01.T01:intron 15.0%
!! TAATTAGGTAATTTCATATT+GGG + contig610end:10861-10880 MsG0080049018.01.T01:intergenic 15.0%
!! TTAATTAGGTAATTTCATAT+TGG + contig610end:10862-10881 MsG0080049018.01.T01:intergenic 15.0%
!! TTTGGTATGAAATTTATAAT+TGG - contig610end:12290-12309 MsG0080049018.01.T01:intron 15.0%
!!! TAAGAAGAATAAGATTTTTT+AGG - contig610end:13060-13079 MsG0080049018.01.T01:intron 15.0%
!!! TAGTTTAAAATTGAATTTCA+AGG + contig610end:13414-13433 MsG0080049018.01.T01:intergenic 15.0%
!!! TTATTTTCAATTTTTCTTGT+TGG + contig610end:14178-14197 MsG0080049018.01.T01:intergenic 15.0%
!! AAAAAAATGTATTTGGTTGA+AGG + contig610end:12201-12220 MsG0080049018.01.T01:intergenic 20.0%
!! AAAAAAATTCATAACACTTG+GGG - contig610end:14450-14469 MsG0080049018.01.T01:exon 20.0%
!! AAAATATCATAACAGAACAT+GGG - contig610end:12906-12925 MsG0080049018.01.T01:intron 20.0%
!! AAATATATGTCCACATATAT+TGG - contig610end:12805-12824 MsG0080049018.01.T01:intron 20.0%
!! ATAGCTTATTACTTATTACT+TGG - contig610end:11929-11948 MsG0080049018.01.T01:exon 20.0%
!! ATTAATCAAATTAGCAATTG+TGG - contig610end:11857-11876 MsG0080049018.01.T01:intron 20.0%
!! GGTTAAGATAAAAATATCAA+AGG - contig610end:13725-13744 MsG0080049018.01.T01:intron 20.0%
!! TAACTATATTCCAATATATG+TGG + contig610end:12818-12837 MsG0080049018.01.T01:intergenic 20.0%
!! TGATCATAATACTCTTTATT+TGG - contig610end:12083-12102 MsG0080049018.01.T01:exon 20.0%
!! TTGCTAATTTGATTAATTAC+AGG + contig610end:11854-11873 MsG0080049018.01.T01:intergenic 20.0%
!!! AAATAGTTATGGTTAGATTT+TGG + contig610end:12954-12973 MsG0080049018.01.T01:intergenic 20.0%
!!! ATGTTTTTAATTATCACATG+TGG - contig610end:12554-12573 MsG0080049018.01.T01:intron 20.0%
!!! GGTCTATATACTTTTATTTT+TGG + contig610end:11789-11808 MsG0080049018.01.T01:intergenic 20.0%
!!! GTTCTGCATTTTATTTAATT+TGG - contig610end:12398-12417 MsG0080049018.01.T01:intron 20.0%
!!! TAATTTCATGAATTTTTCTG+AGG + contig610end:14075-14094 MsG0080049018.01.T01:intergenic 20.0%
!!! TCAATTAAGTTTGAAACAAT+TGG - contig610end:10800-10819 MsG0080049016.01.T01:CDS 20.0%
!!! TCTTATTCTTCTTATTGTTT+TGG + contig610end:13054-13073 MsG0080049016.01.T01:intergenic 20.0%
! AAATATCATAACAGAACATG+GGG - contig610end:12907-12926 MsG0080049018.01.T01:intron 25.0%
! AATCAATTAGAATCTGTATC+TGG - contig610end:14392-14411 MsG0080049018.01.T01:intron 25.0%
! ACTAGAAGTTAGTATATGTT+TGG - contig610end:13430-13449 MsG0080049018.01.T01:intron 25.0%
! ACTTCCCTTATACTTTAATA+GGG - contig610end:10834-10853 MsG0080049016.01.T01:CDS 25.0%
! ATAACTTCCAAACATAAAAG+GGG + contig610end:12589-12608 MsG0080049016.01.T01:intergenic 25.0%
! ATGTGATGCTATAGAATTAA+AGG - contig610end:14425-14444 MsG0080049018.01.T01:intron 25.0%
! CAAAATATCATAACAGAACA+TGG - contig610end:12905-12924 MsG0080049018.01.T01:intron 25.0%
! CTGTTTAAATATTGACAAGT+TGG + contig610end:11810-11829 MsG0080049016.01.T01:intergenic 25.0%
! GAAATTACCTAATTAAGCTT+TGG - contig610end:10866-10885 MsG0080049016.01.T01:CDS 25.0%
! GATAACTTCCAAACATAAAA+GGG + contig610end:12590-12609 MsG0080049018.01.T01:intergenic 25.0%
! GTTGAAAACAGAAATCAAAT+AGG + contig610end:14477-14496 MsG0080049018.01.T01:intergenic 25.0%
! TACTTCCCTTATACTTTAAT+AGG - contig610end:10833-10852 MsG0080049016.01.T01:CDS 25.0%
! TGATAACTTCCAAACATAAA+AGG + contig610end:12591-12610 MsG0080049018.01.T01:intergenic 25.0%
! TGGAAGAAAAGAAATAGTTA+TGG + contig610end:12965-12984 MsG0080049018.01.T01:intergenic 25.0%
! TTGTTACACTAGATTAACAA+TGG + contig610end:12682-12701 MsG0080049018.01.T01:intergenic 25.0%
! TTTCATTTAGCAGTACAAAT+AGG + contig610end:11177-11196 MsG0080049018.01.T01:intergenic 25.0%
! TTTCTTGTGTTTGAATTATC+TGG - contig610end:12422-12441 MsG0080049018.01.T01:intron 25.0%
!! AATTTTCACGTTGTTACAAA+AGG + contig610end:13520-13539 MsG0080049018.01.T01:intergenic 25.0%
!! AGGGAATGAACAATTTTAAA+AGG - contig610end:10764-10783 MsG0080049018.01.T01:exon 25.0%
!! ATGTACAATTTAAAAGCGTA+TGG - contig610end:11323-11342 MsG0080049018.01.T01:intron 25.0%
!! CGATGGTTTTTATAAAATCA+CGG + contig610end:13545-13564 MsG0080049018.01.T01:intergenic 25.0%
!! GGCAAAATTTAGTTTACAAT+CGG + contig610end:13393-13412 MsG0080049018.01.T01:intergenic 25.0%
!! TGGTGTTTTATAGTTTTTGT+AGG + contig610end:13344-13363 MsG0080049018.01.T01:intergenic 25.0%
!! TGTTCTGTTATGATATTTTG+TGG + contig610end:12905-12924 MsG0080049018.01.T01:intergenic 25.0%
!!! AGTAACATTGTATTTTGAAG+AGG + contig610end:12020-12039 MsG0080049018.01.T01:intergenic 25.0%
!!! GGGAATGAACAATTTTAAAA+GGG - contig610end:10765-10784 MsG0080049018.01.T01:exon 25.0%
!!! TTTTTAATTATCACATGTGG+TGG - contig610end:12557-12576 MsG0080049018.01.T01:intron 25.0%
AAAATTAGAGGATCCATATG+AGG - contig610end:14196-14215 MsG0080049018.01.T01:intron 30.0%
AAAGCAGAAGATTCTATGAT+TGG - contig610end:14126-14145 MsG0080049017.01.T01:CDS 30.0%
AATAGTAGAATTTGTGGAGA+AGG + contig610end:13011-13030 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
AATCTCACCAAAGCTTAATT+AGG + contig610end:10876-10895 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
AATTATTTCCTTGCATCAAC+TGG - contig610end:11300-11319 MsG0080049018.01.T01:intron 30.0%
AATTTGTCCAAAATAGTCAC+TGG + contig610end:12272-12291 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
ACTGTATCATAGCAATATTG+AGG + contig610end:11051-11070 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
AGGCTAAAACAACTATTAGT+CGG - contig610end:13653-13672 MsG0080049018.01.T01:intron 30.0%
ATGAAAACAAGCAGATTCTT+AGG - contig610end:13951-13970 MsG0080049018.01.T01:intron 30.0%
CCTGAGCAAAAAAATGTATT+TGG + contig610end:12208-12227 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
CTACTATTCAATCCAATCTT+AGG - contig610end:13023-13042 MsG0080049018.01.T01:intron 30.0%
CTGTATCATAGCAATATTGA+GGG + contig610end:11050-11069 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
CTTCCCTTATACTTTAATAG+GGG - contig610end:10835-10854 MsG0080049016.01.T01:CDS 30.0%
GACATAATAGAAAATCGAAG+TGG + contig610end:13371-13390 MsG0080049016.01.T01:intergenic 30.0%
GAGCAATTGTCAACTTAATT+AGG + contig610end:10644-10663 MsG0080049016.01.T01:intergenic 30.0%
GGATTGAATAGTAGAATTTG+TGG + contig610end:13017-13036 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
TCACATCACAAGATATTCAA+AGG + contig610end:11245-11264 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
TCAGCTAAAGTTGAATAGTT+TGG - contig610end:13601-13620 MsG0080049018.01.T01:intron 30.0%
TTCATTCCCTTAATAATGTC+CGG + contig610end:10754-10773 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
TTGTGGTTCACAATAAATCT+GGG + contig610end:12888-12907 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
TTTGTGGTTCACAATAAATC+TGG + contig610end:12889-12908 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
! AATACTCTTTATTTGGCACT+AGG - contig610end:12090-12109 MsG0080049018.01.T01:exon 30.0%
! ACATAATCGGTACATGTTTT+GGG - contig610end:13704-13723 MsG0080049018.01.T01:intron 30.0%
! TAGAAAATCGAAGTGGTTTT+TGG + contig610end:13364-13383 MsG0080049016.01.T01:intergenic 30.0%
! TCTACAACTTTTTGACATCA+GGG - contig610end:12044-12063 MsG0080049018.01.T01:exon 30.0%
! TTTGTGCATAGACATTTTTC+AGG + contig610end:11020-11039 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
! TTTTAAGCGTGTCTACATTA+TGG - contig610end:12634-12653 MsG0080049018.01.T01:intron 30.0%
! TTTTTGACCAGTGACTATTT+TGG - contig610end:12262-12281 MsG0080049018.01.T01:intron 30.0%
!! CTAGTGTTTTTCAACAAAAG+AGG - contig610end:12458-12477 MsG0080049018.01.T01:intron 30.0%
!! CTTGTTAATTTGCAGCTTAT+AGG + contig610end:11740-11759 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
!! CTTTTTCATGAAACAATCTC+TGG + contig610end:13885-13904 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
!! GTGACTATTTTGGACAAATT+TGG - contig610end:12272-12291 MsG0080049018.01.T01:intron 30.0%
!! GTTTTGGTATTTCCTAAGAT+TGG + contig610end:13038-13057 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
!! TTTGATACCAATTGTTTTGC+AGG - contig610end:11961-11980 MsG0080049018.01.T01:exon 30.0%
!!! AATACATTTTTTTGCTCAGG+AGG - contig610end:12208-12227 MsG0080049018.01.T01:exon 30.0%
!!! ACAAAGATGTTGACTTTTAG+AGG + contig610end:12121-12140 MsG0080049018.01.T01:intergenic 30.0%
!!! CCAAATACATTTTTTTGCTC+AGG - contig610end:12205-12224 MsG0080049018.01.T01:exon 30.0%
!!! TGTTTGGATTAGCTTTTACA+AGG - contig610end:13446-13465 MsG0080049018.01.T01:intron 30.0%
AAAAACCATCGCTAAACCAA+AGG - contig610end:13554-13573 MsG0080049018.01.T01:intron 35.0%
AAGCAATCAAAGTAGCTTTC+AGG - contig610end:13997-14016 MsG0080049017.01.T01:CDS 35.0%
AATTGTTGCATTGCATCAAC+TGG - contig610end:11123-11142 MsG0080049018.01.T01:CDS 35.0%
ACTTACTTGTTTATGATCCC+AGG - contig610end:10973-10992 MsG0080049016.01.T01:CDS 35.0%
AGCTTTCAGGAAACTATCAA+AGG - contig610end:14010-14029 MsG0080049017.01.T01:CDS 35.0%
AGGTGTTTATCACCTGTATA+TGG + contig610end:11090-11109 MsG0080049018.01.T01:intergenic 35.0%
AGTTGACACAAGAATCCATT+GGG - contig610end:13169-13188 MsG0080049018.01.T01:intron 35.0%
ATGTCAGAGTTTGATCGAAA+AGG + contig610end:13688-13707 MsG0080049018.01.T01:intergenic 35.0%
ATTTGCTTTCAACCAACAGA+AGG + contig610end:12524-12543 MsG0080049018.01.T01:intergenic 35.0%
CAACAACCGATAACTTAATC+AGG - contig610end:12167-12186 MsG0080049018.01.T01:exon 35.0%
CATTCGCCTGATTAAGTTAT+CGG + contig610end:12176-12195 MsG0080049018.01.T01:intergenic 35.0%
CGATCAAACTCTGACATAAT+CGG - contig610end:13691-13710 MsG0080049018.01.T01:intron 35.0%
GGTGTTTATCACCTGTATAT+GGG + contig610end:11089-11108 MsG0080049018.01.T01:intergenic 35.0%
TACGACTTGAGTTCAATTGT+TGG - contig610end:13625-13644 MsG0080049018.01.T01:intron 35.0%
TGTGTACTTTATGAAGCAGA+TGG - contig610end:11147-11166 MsG0080049018.01.T01:CDS 35.0%
TTAAGCTTCAATCCTTCTGT+TGG - contig610end:12509-12528 MsG0080049018.01.T01:intron 35.0%
TTATCAGCCTGCAAAACAAT+TGG + contig610end:11971-11990 MsG0080049018.01.T01:intergenic 35.0%
TTATGAACCTGTTCCAGATA+TGG - contig610end:14232-14251 MsG0080049018.01.T01:intron 35.0%
TTCTTCAATGCTACCTCATA+TGG + contig610end:14212-14231 MsG0080049018.01.T01:intergenic 35.0%
TTTGGTTGACATTAGCTGTT+TGG + contig610end:11771-11790 MsG0080049018.01.T01:intergenic 35.0%
! AATGATGATGAAGGTTGGAT+TGG - contig610end:13194-13213 MsG0080049018.01.T01:intron 35.0%
! ATCTTTGTTGTGTACGTGAA+TGG + contig610end:11391-11410 MsG0080049016.01.T01:intergenic 35.0%
! ATGCTTCTTTTCTGATCGTT+AGG - contig610end:12355-12374 MsG0080049018.01.T01:intron 35.0%
! CTGATTAAGTTATCGGTTGT+TGG + contig610end:12169-12188 MsG0080049016.01.T01:intergenic 35.0%
! GACATAATCGGTACATGTTT+TGG - contig610end:13703-13722 MsG0080049018.01.T01:intron 35.0%
! GAGAAACCTAAGAAGCTTTT+GGG - contig610end:13251-13270 MsG0080049018.01.T01:intron 35.0%
! GAGTTCAATTGTTGGCTAAA+AGG - contig610end:13633-13652 MsG0080049018.01.T01:intron 35.0%
! GCTTAATCCCCTTTTATGTT+TGG - contig610end:12579-12598 MsG0080049018.01.T01:intron 35.0%
! GTCTACAACTTTTTGACATC+AGG - contig610end:12043-12062 MsG0080049018.01.T01:exon 35.0%
! TATATGACTTGCCCATATAC+AGG - contig610end:11075-11094 MsG0080049018.01.T01:CDS 35.0%
! TGACAAGAGTTGCTGATTAA+TGG - contig610end:13919-13938 MsG0080049018.01.T01:intron 35.0%
! TTCACAATAAATCTGGGACA+TGG + contig610end:12882-12901 MsG0080049018.01.T01:intergenic 35.0%
! TTTCAGGATTTTCACGTCTA+CGG + contig610end:13485-13504 MsG0080049018.01.T01:intergenic 35.0%
!!! AAGGTTGCTTTTGTAGTTTC+AGG + contig610end:13501-13520 MsG0080049018.01.T01:intergenic 35.0%
!!! GCTGATTTGCTCAATTTTCA+AGG - contig610end:13284-13303 MsG0080049018.01.T01:intron 35.0%
!!! TTTCTGAGGCTGTTTTTAGA+GGG + contig610end:14061-14080 MsG0080049018.01.T01:intergenic 35.0%
!!! TTTTCTGAGGCTGTTTTTAG+AGG + contig610end:14062-14081 MsG0080049018.01.T01:intergenic 35.0%
AACTTAGTCTCACAAGCACA+AGG + contig610end:12738-12757 MsG0080049017.01.T01:intergenic 40.0%
ACTTACGCCGGACATTATTA+AGG - contig610end:10744-10763 MsG0080049018.01.T01:exon 40.0%
AGTTACACTTAGTGCTCCTT+TGG + contig610end:13573-13592 MsG0080049018.01.T01:intergenic 40.0%
ATATGGTTGATCGTCTTGGT+GGG - contig610end:14249-14268 MsG0080049018.01.T01:intron 40.0%
ATTGCTTCTACATCAGCTTC+TGG + contig610end:13984-14003 MsG0080049018.01.T01:intergenic 40.0%
CAAACTGTAGTGAGAGTTTG+AGG + contig610end:13096-13115 MsG0080049018.01.T01:intergenic 40.0%
CGATAACTTAATCAGGCGAA+TGG - contig610end:12174-12193 MsG0080049018.01.T01:exon 40.0%
CTCCTAAAAGAATTGCACCT+GGG + contig610end:10993-11012 MsG0080049018.01.T01:intergenic 40.0%
CTTACGCCGGACATTATTAA+GGG - contig610end:10745-10764 MsG0080049018.01.T01:exon 40.0%
CTTCATCATCATTCTCCCAA+TGG + contig610end:13187-13206 MsG0080049018.01.T01:intergenic 40.0%
GAGTTGACACAAGAATCCAT+TGG - contig610end:13168-13187 MsG0080049018.01.T01:intron 40.0%
GCAAGTTCATGCTTCTACTA+AGG - contig610end:13115-13134 MsG0080049018.01.T01:intron 40.0%
GGGCCCCTATTAAAGTATAA+GGG + contig610end:10841-10860 MsG0080049018.01.T01:intergenic 40.0%
TCTTCACCCAAAAGCTTCTT+AGG + contig610end:13260-13279 MsG0080049018.01.T01:intergenic 40.0%
TGGGCCCCTATTAAAGTATA+AGG + contig610end:10842-10861 MsG0080049017.01.T01:intergenic 40.0%
TTTGAATTATCTGGCGTGAC+AGG - contig610end:12431-12450 MsG0080049018.01.T01:intron 40.0%
! ACTCTTTATTTGGCACTAGG+AGG - contig610end:12093-12112 MsG0080049018.01.T01:exon 40.0%
! ATCCCAGGTGCAATTCTTTT+AGG - contig610end:10988-11007 MsG0080049016.01.T01:CDS 40.0%
! CATTGGGAGAATGATGATGA+AGG - contig610end:13185-13204 MsG0080049018.01.T01:intron 40.0%
! CTTCTACCTTAGTTCTTCTG+TGG - contig610end:12708-12727 MsG0080049018.01.T01:intron 40.0%
! CTTCTTTTCTGATCGTTAGG+TGG - contig610end:12358-12377 MsG0080049018.01.T01:intron 40.0%
! GGAGAAACCTAAGAAGCTTT+TGG - contig610end:13250-13269 MsG0080049018.01.T01:intron 40.0%
! GTGCTTGTGAGACTAAGTTT+TGG - contig610end:12739-12758 MsG0080049018.01.T01:intron 40.0%
! TAACGCTCGGCTTTTTAGAT+CGG + contig610end:10693-10712 MsG0080049018.01.T01:intergenic 40.0%
! TTCAGGATTTTCACGTCTAC+GGG + contig610end:13484-13503 MsG0080049018.01.T01:intergenic 40.0%
! TTGTACATCCAGTTGATGCA+AGG + contig610end:11311-11330 MsG0080049018.01.T01:intergenic 40.0%
! TTTCTTTTCTTCCACCCTCA+TGG - contig610end:12971-12990 MsG0080049018.01.T01:intron 40.0%
!! TGCATTGGTTTGTTGCTGTT+TGG + contig610end:13228-13247 MsG0080049018.01.T01:intergenic 40.0%
!!! GGTTAGATTTTGGAATGCTC+AGG + contig610end:12944-12963 MsG0080049018.01.T01:intergenic 40.0%
!!! TTTTTTTGCTCAGGAGGATG+CGG - contig610end:12214-12233 MsG0080049018.01.T01:exon 40.0%
AACAATTGCATGCTGGATCG+AGG + contig610end:11110-11129 MsG0080049017.01.T01:intergenic 45.0%
AAGCGTGAGTTAACTTACGC+CGG - contig610end:10732-10751 MsG0080049018.01.T01:exon 45.0%
ACAGCAACAAACCAATGCAG+AGG - contig610end:13229-13248 MsG0080049018.01.T01:intron 45.0%
ACTTGCAACCTCTTGAGCAA+GGG + contig610end:14153-14172 MsG0080049016.01.T01:intergenic 45.0%
ATGTGATCCTTTACTCGAGC+TGG + contig610end:12337-12356 MsG0080049018.01.T01:intergenic 45.0%
ATTCTTGTGTCAACTCCAGG+TGG + contig610end:13164-13183 MsG0080049018.01.T01:intergenic 45.0%
CCAAGACGATCAACCATATC+TGG + contig610end:14248-14267 MsG0080049018.01.T01:intergenic 45.0%
CCAGATATGGTTGATCGTCT+TGG - contig610end:14245-14264 MsG0080049018.01.T01:intron 45.0%
CCTCCTAAAAGAATTGCACC+TGG + contig610end:10994-11013 MsG0080049018.01.T01:intergenic 45.0%
CTTAGGTTTCTCCTCTGCAT+TGG + contig610end:13243-13262 MsG0080049018.01.T01:intergenic 45.0%
GATATGGTTGATCGTCTTGG+TGG - contig610end:14248-14267 MsG0080049018.01.T01:intron 45.0%
GCAATGCAACAATTGCATGC+TGG + contig610end:11117-11136 MsG0080049018.01.T01:intergenic 45.0%
TATAGCACAAGCGCTCATCA+TGG + contig610end:11716-11735 MsG0080049018.01.T01:intergenic 45.0%
TGGATTCTTGTGTCAACTCC+AGG + contig610end:13167-13186 MsG0080049017.01.T01:intergenic 45.0%
TTTCAGCGTGAGTTAACGCT+CGG + contig610end:10706-10725 MsG0080049018.01.T01:intergenic 45.0%
! CCAGGTGCAATTCTTTTAGG+AGG - contig610end:10991-11010 MsG0080049016.01.T01:CDS 45.0%
! CGATCAACCATATCTGGAAC+AGG + contig610end:14242-14261 MsG0080049016.01.T01:intergenic 45.0%
! GATGATGAAGGTTGGATTGG+AGG - contig610end:13197-13216 MsG0080049018.01.T01:intron 45.0%
! GGGAGAATGATGATGAAGGT+TGG - contig610end:13189-13208 MsG0080049018.01.T01:intron 45.0%
! TGCAGGCTGATAATGACATG+TGG - contig610end:11978-11997 MsG0080049018.01.T01:exon 45.0%
! TGTTGCTGTTGAAGCCATGA+GGG + contig610end:12988-13007 MsG0080049018.01.T01:intergenic 45.0%
!! AACTCCAGGTGGTGCTTTTT+GGG + contig610end:13153-13172 MsG0080049018.01.T01:intergenic 45.0%
!!! ATAGTTTTAAATAATTATAA+GGG + contig610end:11273-11292 MsG0080049018.01.T01:intergenic 5.0%
!!! TATAGTTTTAAATAATTATA+AGG + contig610end:11274-11293 MsG0080049018.01.T01:intergenic 5.0%
!!! TTATAATTATTTAAAACTAT+AGG - contig610end:11273-11292 MsG0080049018.01.T01:intron 5.0%
!!! TTTAATATTTCATTATTTTT+TGG - contig610end:11520-11539 MsG0080049018.01.T01:intron 5.0%
AGAGGGAGTGAAGTTGTGTC+TGG + contig610end:14044-14063 MsG0080049016.01.T01:intergenic 50.0%
AGCTACACCAGCTCGAGTAA+AGG - contig610end:12327-12346 MsG0080049018.01.T01:intron 50.0%
GACTTGCAACCTCTTGAGCA+AGG + contig610end:14154-14173 MsG0080049016.01.T01:intergenic 50.0%
GCTTCTACTAAGGACTCTCC+AGG - contig610end:13125-13144 MsG0080049018.01.T01:intron 50.0%
TGATTGGACCCTTGCTCAAG+AGG - contig610end:14142-14161 MsG0080049017.01.T01:CDS 50.0%
! CAACTCCAGGTGGTGCTTTT+TGG + contig610end:13154-13173 MsG0080049018.01.T01:intergenic 50.0%
! GGAGTGCCACAGAAGAACTA+AGG + contig610end:12717-12736 MsG0080049018.01.T01:intergenic 50.0%
! GTGCTCCTTTGGTTTAGCGA+TGG + contig610end:13562-13581 MsG0080049018.01.T01:intergenic 50.0%
! GTGTTGCTGTTGAAGCCATG+AGG + contig610end:12989-13008 MsG0080049018.01.T01:intergenic 50.0%
!! ACTCCAGGTGGTGCTTTTTG+GGG + contig610end:13152-13171 MsG0080049018.01.T01:intergenic 50.0%
TGCTGTTGAAGCCATGAGGG+TGG + contig610end:12985-13004 MsG0080049017.01.T01:intergenic 55.0%
AGGAGGATGCGGCTCACAAG+AGG - contig610end:12225-12244 MsG0080049018.01.T01:exon 60.0%
!! GGACCCCAAAAAGCACCACC+TGG - contig610end:13146-13165 MsG0080049018.01.T01:intron 60.0%
!!! GGTGGTGCTTTTTGGGGTCC+TGG + contig610end:13146-13165 MsG0080049018.01.T01:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
contig610end gene 10638 14541 10638 ID=MsG0080049018.01;
contig610end mRNA 10638 14541 10638 ID=MsG0080049018.01.T01;Parent=MsG0080049018.01
contig610end exon 10638 11214 10638 ID=MsG0080049018.01.T01.exon;Parent=MsG0080049018.01.T01
contig610end CDS 10797 11214 10797 ID=MsG0080049018.01.T01.cds;Parent=MsG0080049018.01.T01
contig610end CDS 11861 12255 11861 ID=MsG0080049018.01.T01.cds;Parent=MsG0080049018.01.T01
contig610end exon 11861 12258 11861 ID=MsG0080049018.01.T01.exon;Parent=MsG0080049018.01.T01
contig610end exon 14444 14541 14444 ID=MsG0080049018.01.T01.exon;Parent=MsG0080049018.01.T01
Gene Sequence

>MsG0080049018.01.T01

ATGGGGCATGTATTGAACCTGAGCATTCCAAAATCTAACCATAACTATTTCTTTTCTTCCACCCTCATGGCTTCAACAGCAACACCTTCTCCACAAATTCTACTATTCAATCCAATCTTAGGAAATACCAAAACAATAAGAAGAATAAGATTTTTTAGGATAACAACAACCTCAAACTCTCACTACAGTTTGCAAGTTCATGCTTCTACTAAGGACTCTCCAGGACCCCAAAAAGCACCACCTGGAGTTGACACAAGAATCCATTGGGAGAATGATGATGAAGGTTGGATTGGAGGTAGCACCAAACAGCAACAAACCAATGCAGAGGAGAAACCTAAGAAGCTTTTGGGTGAAGATTTTGCTGATTTGCTCAATTTTCAAGGTTCTCATTATGAATTCTTAGGAATATCACCAGAAGCTGATGTAGAAGCAATCAAAGTAGCTTTCAGGAAACTATCAAAGGAGTATCATCCAGACACAACTTCACTCCCTCTAAAAACAGCCTCAGAAAAATTCATGAAATTAAAAGAAGTTTACACTGTTCTGAGCAATGAAGAAAGCAGAAGATTCTATGATTGGACCCTTGCTCAAGAGGTTGCAAGTCGCCAACAAGAAAAATTGAAAATAAAATTAGAGGATCCATATGAGGTAGCATTGAAGAATTATGAACCTGTTCCAGATATGGTTGATCGTCTTGGTGGGAAGAATATGAAGCTTAGTGATCAAGCTGTTTCAGCTATTACTATTGATATTTTTATCATTATTTTTGCTATATGTTGTATCACTTATGTAGTTTTCTTTAAAGAATACTGA

Protein sequence

>MsG0080049018.01.T01

MGHVLNLSIPKSNHNYFFSSTLMASTATPSPQILLFNPILGNTKTIRRIRFFRITTTSNSHYSLQVHASTKDSPGPQKAPPGVDTRIHWENDDEGWIGGSTKQQQTNAEEKPKKLLGEDFADLLNFQGSHYEFLGISPEADVEAIKVAFRKLSKEYHPDTTSLPLKTASEKFMKLKEVYTVLSNEESRRFYDWTLAQEVASRQQEKLKIKLEDPYEVALKNYEPVPDMVDRLGGKNMKLSDQAVSAITIDIFIIIFAICCITYVVFFKEY*