AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380016718.01


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MsG0380016718.01.T01 AT3G60966 48.077 52 27 0 76 127 62 113 4.73e-11 57.0
MsG0380016718.01.T01 AT2G40830 42.623 61 31 2 72 132 186 242 4.94e-11 59.3
MsG0380016718.01.T01 AT2G40830 42.623 61 31 2 72 132 186 242 4.94e-11 59.3
MsG0380016718.01.T01 AT2G40830 42.623 61 31 2 72 132 186 242 4.94e-11 59.3
MsG0380016718.01.T01 AT2G40830 42.623 61 31 2 72 132 186 242 4.94e-11 59.3
MsG0380016718.01.T01 AT4G26580 37.037 81 46 2 45 121 254 333 5.54e-11 58.9
MsG0380016718.01.T01 AT4G26580 37.037 81 46 2 45 121 254 333 5.54e-11 58.9
MsG0380016718.01.T01 AT2G37580 44.898 49 27 0 73 121 139 187 7.07e-11 58.2

Find 27 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 29 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AATTTGTCTTGGGGAGTTTA+TGG 0.182982 3:-87020546 MsG0380016718.01.T01:CDS
AAGATCCCTGTAGCTGTTTA+TGG 0.200756 3:-87020611 MsG0380016718.01.T01:CDS
CCTGTAGCTGTTTATGGTTC+TGG 0.227112 3:-87020605 MsG0380016718.01.T01:CDS
TGGAATCCATGGTTACATTT+TGG 0.242603 3:+87020500 None:intergenic
CAGATTGTCCAATTTGTCTT+GGG 0.338119 3:-87020556 MsG0380016718.01.T01:CDS
ATAAACTCCCCAAGACAAAT+TGG 0.339075 3:+87020548 None:intergenic
CACAAACATGGTGTTTATCT+TGG 0.362685 3:-87020783 None:intergenic
CCAGAACCATAAACAGCTAC+AGG 0.434615 3:+87020605 None:intergenic
ACAGATTGTCCAATTTGTCT+TGG 0.451845 3:-87020557 MsG0380016718.01.T01:CDS
GTATTCTAAGATGTAGCAAC+AGG 0.460663 3:-87020706 MsG0380016718.01.T01:CDS
AAACGAGCCATAGCTTCATC+TGG 0.480687 3:+87020668 None:intergenic
ATGTAAAATGCATAGATACT+TGG 0.483275 3:-87020478 MsG0380016718.01.T01:CDS
TAGGACTCAACTCAATTGTA+AGG 0.500887 3:-87020730 MsG0380016718.01.T01:CDS
TGTCTTGGGGAGTTTATGGA+TGG 0.502903 3:-87020542 MsG0380016718.01.T01:CDS
TATGGCTCGTTTAGCATCAA+AGG 0.508862 3:-87020657 MsG0380016718.01.T01:CDS
ATGGCTCGTTTAGCATCAAA+GGG 0.522422 3:-87020656 MsG0380016718.01.T01:CDS
GATGCAGCTCCACAACTAGC+TGG 0.522938 3:+87020404 None:intergenic
ATTGAATATCCAGCTAGTTG+TGG 0.529078 3:-87020413 MsG0380016718.01.T01:CDS
TGAGACACCAGATGAAGCTA+TGG 0.537024 3:-87020675 MsG0380016718.01.T01:CDS
AGATTGTCCAATTTGTCTTG+GGG 0.572119 3:-87020555 MsG0380016718.01.T01:CDS
AGACTGTCTACAAGTAGGAC+AGG 0.572813 3:+87020439 None:intergenic
GTAGCTGTTTATGGTTCTGG+AGG 0.576795 3:-87020602 MsG0380016718.01.T01:CDS
GTTCTACCAAAATGTAACCA+TGG 0.617307 3:-87020506 MsG0380016718.01.T01:CDS
ATCAAAGACTGTCTACAAGT+AGG 0.624964 3:+87020434 None:intergenic
AAGACAAATTGGACAATCTG+TGG 0.626962 3:+87020559 None:intergenic
CTGTCTACAAGTAGGACAGG+AGG 0.639395 3:+87020442 None:intergenic
CAGAACCATAAACAGCTACA+GGG 0.647630 3:+87020606 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
! ATGTAAAATGCATAGATACT+TGG - Chr3:87020692-87020711 MsG0380016718.01.T01:CDS 25.0%
!! AAGTATCTATGCATTTTACA+TGG + Chr3:87020693-87020712 None:intergenic 25.0%
AAGACAAATTGGACAATCTG+TGG + Chr3:87020614-87020633 None:intergenic 35.0%
AATTTGTCTTGGGGAGTTTA+TGG - Chr3:87020624-87020643 MsG0380016718.01.T01:CDS 35.0%
ACAGATTGTCCAATTTGTCT+TGG - Chr3:87020613-87020632 MsG0380016718.01.T01:CDS 35.0%
AGATTGTCCAATTTGTCTTG+GGG - Chr3:87020615-87020634 MsG0380016718.01.T01:CDS 35.0%
ATAAACTCCCCAAGACAAAT+TGG + Chr3:87020625-87020644 None:intergenic 35.0%
ATCAAAGACTGTCTACAAGT+AGG + Chr3:87020739-87020758 None:intergenic 35.0%
ATTGAATATCCAGCTAGTTG+TGG - Chr3:87020757-87020776 MsG0380016718.01.T01:CDS 35.0%
CAGATTGTCCAATTTGTCTT+GGG - Chr3:87020614-87020633 MsG0380016718.01.T01:CDS 35.0%
GTTCTACCAAAATGTAACCA+TGG - Chr3:87020664-87020683 MsG0380016718.01.T01:CDS 35.0%
TAGGACTCAACTCAATTGTA+AGG - Chr3:87020440-87020459 MsG0380016718.01.T01:CDS 35.0%
! TGCATTTTACATGGAATCCA+TGG + Chr3:87020684-87020703 None:intergenic 35.0%
! TGGAATCCATGGTTACATTT+TGG + Chr3:87020673-87020692 None:intergenic 35.0%
!! GTATTCTAAGATGTAGCAAC+AGG - Chr3:87020464-87020483 MsG0380016718.01.T01:CDS 35.0%
!!! TGTGCACTTATTTTTGCACT+AGG - Chr3:87020421-87020440 MsG0380016718.01.T01:CDS 35.0%
AAGATCCCTGTAGCTGTTTA+TGG - Chr3:87020559-87020578 MsG0380016718.01.T01:CDS 40.0%
ATGGCTCGTTTAGCATCAAA+GGG - Chr3:87020514-87020533 MsG0380016718.01.T01:CDS 40.0%
CAGAACCATAAACAGCTACA+GGG + Chr3:87020567-87020586 None:intergenic 40.0%
TATGGCTCGTTTAGCATCAA+AGG - Chr3:87020513-87020532 MsG0380016718.01.T01:CDS 40.0%
AAACGAGCCATAGCTTCATC+TGG + Chr3:87020505-87020524 None:intergenic 45.0%
AGACTGTCTACAAGTAGGAC+AGG + Chr3:87020734-87020753 None:intergenic 45.0%
CCAGAACCATAAACAGCTAC+AGG + Chr3:87020568-87020587 None:intergenic 45.0%
CCTGTAGCTGTTTATGGTTC+TGG - Chr3:87020565-87020584 MsG0380016718.01.T01:CDS 45.0%
TGAGACACCAGATGAAGCTA+TGG - Chr3:87020495-87020514 MsG0380016718.01.T01:CDS 45.0%
TGTCTTGGGGAGTTTATGGA+TGG - Chr3:87020628-87020647 MsG0380016718.01.T01:CDS 45.0%
!! GTAGCTGTTTATGGTTCTGG+AGG - Chr3:87020568-87020587 MsG0380016718.01.T01:CDS 45.0%
CTGTCTACAAGTAGGACAGG+AGG + Chr3:87020731-87020750 None:intergenic 50.0%
GATGCAGCTCCACAACTAGC+TGG + Chr3:87020769-87020788 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr3 gene 87020394 87020798 87020394 ID=MsG0380016718.01;Name=MsG0380016718.01
Chr3 mRNA 87020394 87020798 87020394 ID=MsG0380016718.01.T01;Parent=MsG0380016718.01;Name=MsG0380016718.01.T01;_AED=0.41;_eAED=0.41;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|134
Chr3 exon 87020394 87020798 87020394 ID=MsG0380016718.01.T01:exon:22049;Parent=MsG0380016718.01.T01
Chr3 CDS 87020394 87020798 87020394 ID=MsG0380016718.01.T01:cds;Parent=MsG0380016718.01.T01
Gene Sequence

>MsG0380016718.01.T01

ATGGTGTTTATCTTGGCAGCTTTACTTTGTGCACTTATTTTTGCACTAGGACTCAACTCAATTGTAAGGTGTATTCTAAGATGTAGCAACAGGTTTGCTTTTGAGACACCAGATGAAGCTATGGCTCGTTTAGCATCAAAGGGTTTAAAGAAAAGTGCATTGCGTAAGATCCCTGTAGCTGTTTATGGTTCTGGAGGTAGTAGTACTAGTTTTACAGCCACAGATTGTCCAATTTGTCTTGGGGAGTTTATGGATGGAGAGAAAGTTAGAGTTCTACCAAAATGTAACCATGGATTCCATGTAAAATGCATAGATACTTGGTTGCTTTCACACTCCTCCTGTCCTACTTGTAGACAGTCTTTGATTGAATATCCAGCTAGTTGTGGAGCTGCATCTGTTCTGTGA

Protein sequence

>MsG0380016718.01.T01

MVFILAALLCALIFALGLNSIVRCILRCSNRFAFETPDEAMARLASKGLKKSALRKIPVAVYGSGGSSTSFTATDCPICLGEFMDGEKVRVLPKCNHGFHVKCIDTWLLSHSSCPTCRQSLIEYPASCGAASVL*