AlfalfaGEDB | MsG0880043030.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880043030.01

KEGG: -
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PFAM: PF01535 PF13041

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Protein Kinases:

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MsG0880043030.01.T01	AT2G17140	27.919	197	129	5	233	417	216	411	1.10e-12	70.9
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MsG0880043030.01.T01	AT3G13150	26.486	185	127	3	244	420	132	315	1.17e-12	70.1
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MsG0880043030.01.T01	AT5G18475	23.077	182	132	3	236	410	270	450	1.22e-11	67.0
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MsG0880043030.01.T01	AT3G09060	20.264	227	171	3	188	405	134	359	9.46e-11	64.3

Find 71 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 143 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
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GAATCATTACTTCTTCTCCA+TGG	0.524910	8:+17898773	None:intergenic
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ATATCAGGTTACTCCTTCAA+GGG	0.576166	8:-17899304	MsG0880043030.01.T01:CDS
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AATTGAGCACTACTGTTGCA+TGG	0.610835	8:-17898605	MsG0880043030.01.T01:CDS
CTATGCTTGTACATCACTGG+TGG	0.622093	8:-17899416	MsG0880043030.01.T01:CDS
ATCATCATGCAATTCCAACA+TGG	0.627375	8:+17898814	None:intergenic
TGTTGGAATTGCATGATGAT+GGG	0.635320	8:-17898811	MsG0880043030.01.T01:CDS
TAACACCTGATTTAGTGACA+TGG	0.658893	8:-17899231	MsG0880043030.01.T01:CDS
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CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
!!	AATTAGGTTTCTTTAAATTA+GGG	-	Chr8:17899395-17899414	MsG0880043030.01.T01:CDS	15.0%
!!	ATGATTAAAACACCTAAAAA+TGG	-	Chr8:17898411-17898430	MsG0880043030.01.T01:CDS	20.0%
!!	CACAAAAAATCTTCTTTATA+AGG	+	Chr8:17898831-17898850	None:intergenic	20.0%
!!	GAATTAGGTTTCTTTAAATT+AGG	-	Chr8:17899394-17899413	MsG0880043030.01.T01:CDS	20.0%
!!	TTCAATGAACTATATAGTAA+AGG	-	Chr8:17898606-17898625	MsG0880043030.01.T01:CDS	20.0%
!!!	CTTATAAAGAAGATTTTTTG+TGG	-	Chr8:17898829-17898848	MsG0880043030.01.T01:CDS	20.0%
!	AAAACTACCAAAATCTCAAA+TGG	+	Chr8:17898588-17898607	None:intergenic	25.0%
!	AAACTACCAAAATCTCAAAT+GGG	+	Chr8:17898587-17898606	None:intergenic	25.0%
!	AGCAATAAAGATATTCTTTG+TGG	-	Chr8:17898497-17898516	MsG0880043030.01.T01:CDS	25.0%
!	ATTAAACGGACATTATAACT+TGG	-	Chr8:17899242-17899261	MsG0880043030.01.T01:CDS	25.0%
!	CATTTGACTGAAAATCTTTA+GGG	+	Chr8:17899822-17899841	None:intergenic	25.0%
!	GCAATAAAGATATTCTTTGT+GGG	-	Chr8:17898498-17898517	MsG0880043030.01.T01:CDS	25.0%
!	TAAATTAGGGAAGAAATTCA+TGG	-	Chr8:17899408-17899427	MsG0880043030.01.T01:CDS	25.0%
!	TCAATTTGTATGAGAAATGT+TGG	-	Chr8:17898769-17898788	MsG0880043030.01.T01:CDS	25.0%
!	TTATAATGTCCGTTTAATTC+CGG	+	Chr8:17899240-17899259	None:intergenic	25.0%
!	TTTGTGGAATACTATAGTTA+TGG	-	Chr8:17898845-17898864	MsG0880043030.01.T01:CDS	25.0%
!!	AACTTGGAATTCAATTTTGT+CGG	-	Chr8:17899258-17899277	MsG0880043030.01.T01:CDS	25.0%
!!	ATGAGAAACTATTTGGAATT+TGG	-	Chr8:17898462-17898481	MsG0880043030.01.T01:CDS	25.0%
!!	TTGGAAGAAATTATCTTTTG+TGG	-	Chr8:17898523-17898542	MsG0880043030.01.T01:CDS	25.0%
!!!	AAGTTAAAAGCTTTGAATGA+AGG	-	Chr8:17898979-17898998	MsG0880043030.01.T01:intron	25.0%
!!!	AGTTAAAAGCTTTGAATGAA+GGG	-	Chr8:17898980-17898999	MsG0880043030.01.T01:intron	25.0%
!!!	CATTTGGTTCAATAGTTTTA+CGG	+	Chr8:17899616-17899635	None:intergenic	25.0%
	AAAACTATTGAACCAAATGG+TGG	-	Chr8:17899617-17899636	MsG0880043030.01.T01:intron	30.0%
	AACCATGATGAGAAACTATT+TGG	-	Chr8:17898455-17898474	MsG0880043030.01.T01:CDS	30.0%
	ACATAGTTAGCAGAATTACT+TGG	+	Chr8:17900468-17900487	None:intergenic	30.0%
	ATGCTTGTTTGATCAAGAAA+GGG	-	Chr8:17898712-17898731	MsG0880043030.01.T01:CDS	30.0%
	CATTGCTTTAGTATGAAACT+AGG	-	Chr8:17899935-17899954	MsG0880043030.01.T01:intron	30.0%
	CGTAAAACTATTGAACCAAA+TGG	-	Chr8:17899614-17899633	MsG0880043030.01.T01:intron	30.0%
	CTATAGTTATGGCAAATTTG+AGG	-	Chr8:17898856-17898875	MsG0880043030.01.T01:CDS	30.0%
	GCATTTGACTGAAAATCTTT+AGG	+	Chr8:17899823-17899842	None:intergenic	30.0%
	TTAGTATGAAACTAGGATTG+TGG	-	Chr8:17899942-17899961	MsG0880043030.01.T01:intron	30.0%
	TTCCAAATAGTTTCTCATCA+TGG	+	Chr8:17898460-17898479	None:intergenic	30.0%
!	AAGATATTCTTTGTGGGTTT+TGG	-	Chr8:17898504-17898523	MsG0880043030.01.T01:CDS	30.0%
!	ACTTGGAATTCAATTTTGTC+GGG	-	Chr8:17899259-17899278	MsG0880043030.01.T01:CDS	30.0%
!	CAAGCAAATTTTCAGAACAA+AGG	+	Chr8:17898658-17898677	None:intergenic	30.0%
!	CTTGAGGAATTTGAAAGTTT+TGG	-	Chr8:17898555-17898574	MsG0880043030.01.T01:CDS	30.0%
!	TCTAGAGTACATGCTAATAA+TGG	+	Chr8:17899066-17899085	None:intergenic	30.0%
!	TTCTCAAAACGAGAAGTATA+TGG	-	Chr8:17899793-17899812	MsG0880043030.01.T01:CDS	30.0%
!!	AAGGGAATTTTTGTTTGGTT+TGG	-	Chr8:17898683-17898702	MsG0880043030.01.T01:CDS	30.0%
!!	CTTTGTTCTGAAAATTTGCT+TGG	-	Chr8:17898656-17898675	MsG0880043030.01.T01:CDS	30.0%
!!	GAAAATTTGCTTGGCTTTAA+GGG	-	Chr8:17898665-17898684	MsG0880043030.01.T01:CDS	30.0%
!!	TGAAAATTTGCTTGGCTTTA+AGG	-	Chr8:17898664-17898683	MsG0880043030.01.T01:CDS	30.0%
!!!	AAATGGTTCTCACTAGTTTT+CGG	-	Chr8:17899305-17899324	MsG0880043030.01.T01:CDS	30.0%
!!!	ATTTTTAGTTATGCTGTCGA+TGG	-	Chr8:17899167-17899186	MsG0880043030.01.T01:intron	30.0%
!!!	GCTTTAAGGGAATTTTTGTT+TGG	-	Chr8:17898678-17898697	MsG0880043030.01.T01:CDS	30.0%
	AAAACAAAAACGTTTGCGCT+TGG	-	Chr8:17899544-17899563	MsG0880043030.01.T01:intron	35.0%
	AACAGTAGTGCTCAATTGTT+GGG	+	Chr8:17900272-17900291	None:intergenic	35.0%
	AAGAGAAAACACTTCCATGT+TGG	-	Chr8:17900052-17900071	MsG0880043030.01.T01:CDS	35.0%
	ATAGTCGTAACTTATCGTCT+TGG	-	Chr8:17899135-17899154	MsG0880043030.01.T01:intron	35.0%
	ATATCAGGTTACTCCTTCAA+GGG	-	Chr8:17899576-17899595	MsG0880043030.01.T01:intron	35.0%
	ATCATCATGCAATTCCAACA+TGG	+	Chr8:17900069-17900088	None:intergenic	35.0%
	ATGTTGGAATTGCATGATGA+TGG	-	Chr8:17900068-17900087	MsG0880043030.01.T01:CDS	35.0%
	ATTGACATGTATAGTGAAGC+AGG	-	Chr8:17899991-17900010	MsG0880043030.01.T01:intron	35.0%
	CATGCTTGTTTGATCAAGAA+AGG	-	Chr8:17898711-17898730	MsG0880043030.01.T01:CDS	35.0%
	CTACAAGCGGTTATTGAATT+AGG	-	Chr8:17899379-17899398	MsG0880043030.01.T01:CDS	35.0%
	GAATCATTACTTCTTCTCCA+TGG	+	Chr8:17900110-17900129	None:intergenic	35.0%
	TAACACCTGATTTAGTGACA+TGG	-	Chr8:17899649-17899668	MsG0880043030.01.T01:intron	35.0%
	TAACTTATCGTCTTGGAACT+CGG	-	Chr8:17899142-17899161	MsG0880043030.01.T01:intron	35.0%
	TGTTGGAATTGCATGATGAT+GGG	-	Chr8:17900069-17900088	MsG0880043030.01.T01:CDS	35.0%
!	AAATGGTAGCTTTGCTACAA+TGG	-	Chr8:17898428-17898447	MsG0880043030.01.T01:CDS	35.0%
!	AAGCTTTGACTATCATCCAT+CGG	-	Chr8:17899711-17899730	MsG0880043030.01.T01:intron	35.0%
!	TTTGTGGAACTCTTTTCTTG+AGG	-	Chr8:17898539-17898558	MsG0880043030.01.T01:CDS	35.0%
!!	GAGGAATTTGAAAGTTTTGG+AGG	-	Chr8:17898558-17898577	MsG0880043030.01.T01:CDS	35.0%
!!	GTAGCAAAGCTACCATTTTT+AGG	+	Chr8:17898426-17898445	None:intergenic	35.0%
!!	GTTTCTGGTTATTCAATGCA+AGG	-	Chr8:17899681-17899700	MsG0880043030.01.T01:intron	35.0%
!!	TAGATTCAAACTTGCTAGAG+CGG	-	Chr8:17899091-17899110	MsG0880043030.01.T01:intron	35.0%
	AATGAAGGGAAACAGCTTCA+TGG	-	Chr8:17898994-17899013	MsG0880043030.01.T01:intron	40.0%
	AATTGAGCACTACTGTTGCA+TGG	-	Chr8:17900275-17900294	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
	ACAAAGTAAGCTGCAAATCG+TGG	+	Chr8:17899873-17899892	None:intergenic	40.0%
	AGTAACTAGTGCTCTACAAG+CGG	-	Chr8:17899366-17899385	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
	ATACTAGCATCCGGCTTAAT+TGG	+	Chr8:17900360-17900379	None:intergenic	40.0%
	ATGAAGGGAAACAGCTTCAT+GGG	-	Chr8:17898995-17899014	MsG0880043030.01.T01:intron	40.0%
	CAACAGTAGTGCTCAATTGT+TGG	+	Chr8:17900273-17900292	None:intergenic	40.0%
	CCTGATTTAGTGACATGGAA+CGG	-	Chr8:17899654-17899673	MsG0880043030.01.T01:intron	40.0%
	CGAAACTATGCCAATTAAGC+CGG	-	Chr8:17900347-17900366	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
	CTAGTTACTGAGCATGAATC+TGG	+	Chr8:17899355-17899374	None:intergenic	40.0%
	CTTGGACTGCTTTGATATCT+GGG	-	Chr8:17899768-17899787	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
	GATATCAGGTTACTCCTTCA+AGG	-	Chr8:17899575-17899594	MsG0880043030.01.T01:intron	40.0%
	GCATTGGATACTATCAGCAA+AGG	-	Chr8:17899203-17899222	MsG0880043030.01.T01:intron	40.0%
	GCTTGGAATTCGTTGATATC+AGG	-	Chr8:17899561-17899580	MsG0880043030.01.T01:intron	40.0%
	GGATACTATCAGCAAAGGAA+TGG	-	Chr8:17899208-17899227	MsG0880043030.01.T01:intron	40.0%
	GTAGACCTTCTTGGAAAATC+CGG	-	Chr8:17900297-17900316	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
	TAAGCCGGATGCTAGTATTT+GGG	-	Chr8:17900362-17900381	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
	TCACCTTTCTTCAACAGAGA+TGG	+	Chr8:17899908-17899927	None:intergenic	40.0%
	TCTATCTGGCTGCAAGAATT+CGG	-	Chr8:17900188-17900207	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
	TCTTCGGGGATCATTTGAAA+TGG	-	Chr8:17899288-17899307	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
	TCTTGGACTGCTTTGATATC+TGG	-	Chr8:17899767-17899786	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
	TGATTGCTTAGAAACAGCTC+AGG	-	Chr8:17899503-17899522	MsG0880043030.01.T01:intron	40.0%
	TGGCTGTTTGAATGATGCAT+TGG	-	Chr8:17899187-17899206	MsG0880043030.01.T01:intron	40.0%
	TGTCTATGCTTGTACATCAC+TGG	-	Chr8:17899461-17899480	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
	TTAAGCCGGATGCTAGTATT+TGG	-	Chr8:17900361-17900380	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
	TTATCCCTTCTTCCACCATT+TGG	+	Chr8:17899632-17899651	None:intergenic	40.0%
	TTTAGTGACATGGAACGGTT+TGG	-	Chr8:17899659-17899678	MsG0880043030.01.T01:intron	40.0%
	TTTCGGAGTCTGCATAGTTT+AGG	-	Chr8:17899322-17899341	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
!	AATTCGGGTTTAGTCGATGA+AGG	-	Chr8:17900204-17900223	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
!	ATGATGGGATATGCCATTCA+TGG	-	Chr8:17900084-17900103	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
!	GAAAACCGGATTTTCCAAGA+AGG	+	Chr8:17900305-17900324	None:intergenic	40.0%
!	TGAACCAAATGGTGGAAGAA+GGG	-	Chr8:17899625-17899644	MsG0880043030.01.T01:intron	40.0%
!	TGGAGTGTTCCGGAATTAAA+CGG	-	Chr8:17899228-17899247	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
!	TTGAACCAAATGGTGGAAGA+AGG	-	Chr8:17899624-17899643	MsG0880043030.01.T01:intron	40.0%
!	TTTTGTCGGGCTATCTTCTT+CGG	-	Chr8:17899272-17899291	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
!!	AGCAAGGAAGCTTTTCAAGA+TGG	-	Chr8:17900440-17900459	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
!!	AGGTGACCCATTTGAGATTT+TGG	-	Chr8:17898578-17898597	MsG0880043030.01.T01:CDS	40.0%
!!	CATGGGTATGCTTTGAGATT+TGG	-	Chr8:17899012-17899031	MsG0880043030.01.T01:intron	40.0%
!!!	CGTTTTTGTTTTTCGCACGA+TGG	+	Chr8:17899536-17899555	None:intergenic	40.0%
	AAGCCGGATGCTAGTATTTG+GGG	-	Chr8:17900363-17900382	MsG0880043030.01.T01:CDS	45.0%
	AGCTTACTTTGTGCATGTGC+AGG	-	Chr8:17899881-17899900	MsG0880043030.01.T01:intron	45.0%
	ATCCATCGGATCAAGAGTTC+CGG	-	Chr8:17899725-17899744	MsG0880043030.01.T01:intron	45.0%
	CAAAGCTTCGTCGAGAAAAC+CGG	+	Chr8:17900319-17900338	None:intergenic	45.0%
	CAAATTTGAGGAGTGAGAGG+TGG	-	Chr8:17898868-17898887	MsG0880043030.01.T01:CDS	45.0%
	CACCACATTAGGAGTGATTC+CGG	+	Chr8:17899747-17899766	None:intergenic	45.0%
	CCGTTCCATGTCACTAAATC+AGG	+	Chr8:17899657-17899676	None:intergenic	45.0%
	CTATCTGGCTGCAAGAATTC+GGG	-	Chr8:17900189-17900208	MsG0880043030.01.T01:CDS	45.0%
	CTATGCTTGTACATCACTGG+TGG	-	Chr8:17899464-17899483	MsG0880043030.01.T01:CDS	45.0%
	CTGCAAATCGTGGTTGAGTT+AGG	+	Chr8:17899863-17899882	None:intergenic	45.0%
	GGTCCATCTCTGTTGAAGAA+AGG	-	Chr8:17899902-17899921	MsG0880043030.01.T01:intron	45.0%
	GTCAAGATGTTGCAAGCATG+TGG	-	Chr8:17898956-17898975	MsG0880043030.01.T01:intron	45.0%
	GTTTCTGCTAAAGCCACTGT+TGG	-	Chr8:17898926-17898945	MsG0880043030.01.T01:intron	45.0%
	TACTCCTTCAAGGGACAGTT+TGG	-	Chr8:17899585-17899604	MsG0880043030.01.T01:intron	45.0%
	TCACTCCTAATGTGGTGTCT+TGG	-	Chr8:17899750-17899769	MsG0880043030.01.T01:CDS	45.0%
	TGCTTGCAACATCTTGACAG+TGG	+	Chr8:17898954-17898973	None:intergenic	45.0%
	TGGCAAATTTGAGGAGTGAG+AGG	-	Chr8:17898865-17898884	MsG0880043030.01.T01:CDS	45.0%
	TGTTGCATGGTAGACCTTCT+TGG	-	Chr8:17900288-17900307	MsG0880043030.01.T01:CDS	45.0%
	TTCACCAAACTGTCCCTTGA+AGG	+	Chr8:17899592-17899611	None:intergenic	45.0%
	TTCCGGAATCACTCCTAATG+TGG	-	Chr8:17899742-17899761	MsG0880043030.01.T01:CDS	45.0%
	TTCTTCTCCATGGCCATGAA+TGG	+	Chr8:17900100-17900119	None:intergenic	45.0%
	TTTGTCGGGCTATCTTCTTC+GGG	-	Chr8:17899273-17899292	MsG0880043030.01.T01:CDS	45.0%
!	AGCAAAGGAATGGAGTGTTC+CGG	-	Chr8:17899218-17899237	MsG0880043030.01.T01:intron	45.0%
!	GGTAGCTTTGCTACAATGGA+TGG	-	Chr8:17898432-17898451	MsG0880043030.01.T01:CDS	45.0%
!!	ACATGGAACGGTTTGGTTTC+TGG	-	Chr8:17899666-17899685	MsG0880043030.01.T01:intron	45.0%
!!	TAGAGCGGTTTTCGATTCGA+TGG	-	Chr8:17899106-17899125	MsG0880043030.01.T01:intron	45.0%
	ACCTGACGCGATAACGTTCA+CGG	-	Chr8:17900161-17900180	MsG0880043030.01.T01:CDS	50.0%
	ACGTTCACGGCTCTTCTATC+TGG	-	Chr8:17900174-17900193	MsG0880043030.01.T01:CDS	50.0%
	AGCTAGCTGAGATTGCAGCA+AGG	-	Chr8:17900424-17900443	MsG0880043030.01.T01:CDS	50.0%
	CGGGTTTAGTCGATGAAGGA+TGG	-	Chr8:17900208-17900227	MsG0880043030.01.T01:CDS	50.0%
	GCACCCCAAATACTAGCATC+CGG	+	Chr8:17900369-17900388	None:intergenic	50.0%
	GCAGTCCAAGACACCACATT+AGG	+	Chr8:17899758-17899777	None:intergenic	50.0%
	GGATATGCCATTCATGGCCA+TGG	-	Chr8:17900090-17900109	MsG0880043030.01.T01:CDS	50.0%
	TTCCGGAACTCTTGATCCGA+TGG	+	Chr8:17899730-17899749	None:intergenic	50.0%
	TTGTCGGGCTATCTTCTTCG+GGG	-	Chr8:17899274-17899293	MsG0880043030.01.T01:CDS	50.0%
!!	AGCGGTTTTCGATTCGATGG+AGG	-	Chr8:17899109-17899128	MsG0880043030.01.T01:intron	50.0%
!	CTTGACAGTGGTGCCAACAG+TGG	+	Chr8:17898942-17898961	None:intergenic	55.0%
	GCCGTGAACGTTATCGCGTC+AGG	+	Chr8:17900165-17900184	None:intergenic	60.0%

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Chr8	gene	17898411	17900491	17898411	ID=MsG0880043030.01;Name=MsG0880043030.01
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