AlfalfaGEDB | MsG0780036186.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780036186.01

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Find 75 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 95 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
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!	TTGATGCTTATTGTAAGAAA+GGG	-	Chr7:4405530-4405549	MsG0780036186.01.T01:CDS	25.0%
	AACTTAAACTCAAATCAAGC+TGG	+	Chr7:4405975-4405994	None:intergenic	30.0%
	ACGTGAAGTTGACAAATTAA+AGG	-	Chr7:4406179-4406198	MsG0780036186.01.T01:CDS	30.0%
	ATATTGTGTGTTAGGGTTTA+AGG	-	Chr7:4405417-4405436	MsG0780036186.01.T01:CDS	30.0%
	GAGTATGAATATTGTGTGTT+AGG	-	Chr7:4405409-4405428	MsG0780036186.01.T01:CDS	30.0%
	GATTGAAAAACAAATTGAGC+CGG	-	Chr7:4405798-4405817	MsG0780036186.01.T01:CDS	30.0%
	GTATGATAAGTTAAACCATC+CGG	+	Chr7:4405820-4405839	None:intergenic	30.0%
	TAATGCTTTGATTACGACAT+TGG	-	Chr7:4405729-4405748	MsG0780036186.01.T01:CDS	30.0%
	TCAACAACCAAATTTCTCAA+CGG	+	Chr7:4405697-4405716	None:intergenic	30.0%
	TTTATCATGAGATGGTTAAG+CGG	-	Chr7:4405470-4405489	MsG0780036186.01.T01:CDS	30.0%
!!	AGAAATTTGGTTGTTGATTC+TGG	-	Chr7:4405700-4405719	MsG0780036186.01.T01:CDS	30.0%
!!	ATAGTGTGAGTTTTGGTATT+AGG	-	Chr7:4405506-4405525	MsG0780036186.01.T01:CDS	30.0%
!!	CTTTAGATCTTTTGGTAACT+GGG	-	Chr7:4406040-4406059	MsG0780036186.01.T01:CDS	30.0%
!!	TGAGTTGTTTTATCATGAGA+TGG	-	Chr7:4405462-4405481	MsG0780036186.01.T01:CDS	30.0%
	ATACCAAAACTCACACTATC+CGG	+	Chr7:4405505-4405524	None:intergenic	35.0%
	ATAGGATTGATGAAGTCAAG+AGG	-	Chr7:4405847-4405866	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
	ATGCTTATTGTAAGAAAGGG+AGG	-	Chr7:4405533-4405552	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
	TAGGATTGATGAAGTCAAGA+GGG	-	Chr7:4405848-4405867	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
	TATTGTAAGAAAGGGAGGTT+TGG	-	Chr7:4405538-4405557	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
	TGAGATTCCGTTGAGAAATT+TGG	-	Chr7:4405687-4405706	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
	TGGAATTATCTTGTGGAGAA+AGG	-	Chr7:4405997-4406016	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
	TGTGTTAGGGTTTAAGGAAA+CGG	-	Chr7:4405423-4405442	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
	TTAGGTTTGTGGATAGGTTA+AGG	-	Chr7:4405376-4405395	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
	TTATCATGAGATGGTTAAGC+GGG	-	Chr7:4405471-4405490	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
	TTCTACAGCATTTCTAATGC+TGG	-	Chr7:4406137-4406156	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
	TTTATCAGAAGATGACTCAG+AGG	-	Chr7:4405890-4405909	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
!	GGAAATTTGTTCCGAAAACA+AGG	-	Chr7:4405911-4405930	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
!	TAGCGAAGTATCAATCTTTG+AGG	-	Chr7:4405222-4405241	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
!!	ACGATAACTACGTTGATTCA+TGG	-	Chr7:4405619-4405638	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
!!	GCTTTAGATCTTTTGGTAAC+TGG	-	Chr7:4406039-4406058	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
!!	GTTTTGTTAGGTTTGTGGAT+AGG	-	Chr7:4405370-4405389	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
!!	TGCTCATGCTTTAGATCTTT+TGG	-	Chr7:4406032-4406051	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
!!!	ATCACAACTGTCCTTGTTTT+CGG	+	Chr7:4405925-4405944	None:intergenic	35.0%
!!!	GAGTAGGAAGTTTTTTGTGT+CGG	-	Chr7:4405591-4405610	MsG0780036186.01.T01:CDS	35.0%
	GAAAAACAAATTGAGCCGGA+TGG	-	Chr7:4405802-4405821	MsG0780036186.01.T01:CDS	40.0%
	GGTAACTGGGTTATGTTCAA+GGG	-	Chr7:4406053-4406072	MsG0780036186.01.T01:intron	40.0%
	GTAACTGGGTTATGTTCAAG+GGG	-	Chr7:4406054-4406073	MsG0780036186.01.T01:intron	40.0%
	GTGTTAGGGTTTAAGGAAAC+GGG	-	Chr7:4405424-4405443	MsG0780036186.01.T01:CDS	40.0%
	TATCATGAGATGGTTAAGCG+GGG	-	Chr7:4405472-4405491	MsG0780036186.01.T01:CDS	40.0%
	TGGTAACTGGGTTATGTTCA+AGG	-	Chr7:4406052-4406071	MsG0780036186.01.T01:CDS	40.0%
	TGTATCTGCACTTTCGTTGA+TGG	-	Chr7:4405768-4405787	MsG0780036186.01.T01:CDS	40.0%
	TTGATGAAGTCAAGAGGGAT+TGG	-	Chr7:4405853-4405872	MsG0780036186.01.T01:CDS	40.0%
!	AGATCTAAAGCATGAGCATG+AGG	+	Chr7:4406030-4406049	None:intergenic	40.0%
!	ATCTTTGAGGAAACGCTTGA+TGG	-	Chr7:4405235-4405254	MsG0780036186.01.T01:CDS	40.0%
!	TACTGGTATTTCTGACTCCA+AGG	-	Chr7:4406260-4406279	MsG0780036186.01.T01:CDS	40.0%
!	TCTTTGAGGAAACGCTTGAT+GGG	-	Chr7:4405236-4405255	MsG0780036186.01.T01:CDS	40.0%
!!	AACTACGTTGATTCATGGAG+CGG	-	Chr7:4405624-4405643	MsG0780036186.01.T01:CDS	40.0%
	ACGAAACAAACGTTGGAGAG+AGG	-	Chr7:4406102-4406121	MsG0780036186.01.T01:intron	45.0%
	AGTGTCTTACCACCATCTAG+AGG	-	Chr7:4406231-4406250	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
	ATCATGAGATGGTTAAGCGG+GGG	-	Chr7:4405473-4405492	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
	ATGAAGTCAAGAGGGATTGG+AGG	-	Chr7:4405856-4405875	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
	CAGCATTTCTAATGCTGGAG+AGG	-	Chr7:4406142-4406161	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
	GGTTTGTGGATAGGTTAAGG+TGG	-	Chr7:4405379-4405398	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
	GTTGGTGCAGAATATGGGTA+AGG	-	Chr7:4405648-4405667	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
	TGGGTTATGTTCAAGGGGTT+TGG	-	Chr7:4406059-4406078	MsG0780036186.01.T01:intron	45.0%
	TTCGTGCACGAAACAAACGT+TGG	-	Chr7:4406095-4406114	MsG0780036186.01.T01:intron	45.0%
!	AAGCCGGATAGTGTGAGTTT+TGG	-	Chr7:4405499-4405518	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
!	GGAAACGGGTGATGTTACTT+CGG	-	Chr7:4405438-4405457	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
!!	AAACGCTTGATGGGTTTAGG+AGG	-	Chr7:4405245-4405264	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
!!	ACTACGTTGATTCATGGAGC+GGG	-	Chr7:4405625-4405644	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
!!	AGGAAACGCTTGATGGGTTT+AGG	-	Chr7:4405242-4405261	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
!!	AGGTTTGTTGGGAGAGAGTT+TGG	-	Chr7:4405278-4405297	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
!!	GGTTTGTTGGGAGAGAGTTT+GGG	-	Chr7:4405279-4405298	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
!!	TTTGAGGCTTTTGGAGGAGA+TGG	-	Chr7:4405567-4405586	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
!!	TTTTGGAGGAGATGGAGAGT+AGG	-	Chr7:4405575-4405594	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
!!!	GGTCGGTTTTGTTAGGTTTG+TGG	-	Chr7:4405365-4405384	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
!!!	TGATGCTTTGAGGCTTTTGG+AGG	-	Chr7:4405561-4405580	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
!!!	TGGTGATGCTTTGAGGCTTT+TGG	-	Chr7:4405558-4405577	MsG0780036186.01.T01:CDS	45.0%
	CCAGTAGCATGTCCTCTAGA+TGG	+	Chr7:4406246-4406265	None:intergenic	50.0%
	CCATCTAGAGGACATGCTAC+TGG	-	Chr7:4406243-4406262	MsG0780036186.01.T01:CDS	50.0%
	GTAGCATGTCCTCTAGATGG+TGG	+	Chr7:4406243-4406262	None:intergenic	50.0%
	TGCAGAATATGGGTAAGGCG+TGG	-	Chr7:4405653-4405672	MsG0780036186.01.T01:CDS	50.0%
!	GATGGAGGAGGAGGTTTGTT+GGG	-	Chr7:4405267-4405286	MsG0780036186.01.T01:CDS	50.0%
!!	CTACGTTGATTCATGGAGCG+GGG	-	Chr7:4405626-4405645	MsG0780036186.01.T01:CDS	50.0%
!!	GCTTGATGGGTTTAGGAGGA+TGG	-	Chr7:4405249-4405268	MsG0780036186.01.T01:CDS	50.0%
!!	GGAGGTTTGGTGATGCTTTG+AGG	-	Chr7:4405551-4405570	MsG0780036186.01.T01:CDS	50.0%
!!	TAAAAGCGTTTGCGACGCAG+AGG	-	Chr7:4405324-4405343	MsG0780036186.01.T01:CDS	50.0%
!!	TGATGGGTTTAGGAGGATGG+AGG	-	Chr7:4405252-4405271	MsG0780036186.01.T01:CDS	50.0%
	AAAGAAGGAGGCGAGTCGGT+CGG	-	Chr7:4405348-4405367	MsG0780036186.01.T01:CDS	55.0%
	AGGCAAAGAAGGAGGCGAGT+CGG	-	Chr7:4405344-4405363	MsG0780036186.01.T01:CDS	55.0%
	GGATGGAGGAGGAGGTTTGT+TGG	-	Chr7:4405266-4405285	MsG0780036186.01.T01:CDS	55.0%
	GGTTAAGCGGGGGTTTAAGC+CGG	-	Chr7:4405483-4405502	MsG0780036186.01.T01:CDS	55.0%
	GTTTAGGAGGATGGAGGAGG+AGG	-	Chr7:4405258-4405277	MsG0780036186.01.T01:CDS	55.0%
	TGGGTTTAGGAGGATGGAGG+AGG	-	Chr7:4405255-4405274	MsG0780036186.01.T01:CDS	55.0%
	TTGCGACGCAGAGGCAAAGA+AGG	-	Chr7:4405333-4405352	MsG0780036186.01.T01:CDS	55.0%
!	GTTGATTCATGGAGCGGGGT+TGG	-	Chr7:4405630-4405649	MsG0780036186.01.T01:CDS	55.0%
!!	AGCGGGGTTGGTGCAGAATA+TGG	-	Chr7:4405642-4405661	MsG0780036186.01.T01:CDS	55.0%
!!	GCGGGGTTGGTGCAGAATAT+GGG	-	Chr7:4405643-4405662	MsG0780036186.01.T01:CDS	55.0%
!!!	GCGAGTCGGTCGGTTTTGTT+AGG	-	Chr7:4405358-4405377	MsG0780036186.01.T01:CDS	55.0%
	CGACGCAGAGGCAAAGAAGG+AGG	-	Chr7:4405336-4405355	MsG0780036186.01.T01:CDS	60.0%

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Chr7	gene	4405209	4406293	4405209	ID=MsG0780036186.01;Name=MsG0780036186.01
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Gene Sequence

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Protein sequence

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