AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180003674.01

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Find 96 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 104 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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ATACTCCGAAAATTGATGTT+TGG 0.354044 1:-66451646 MsG0180003674.01.T01:CDS
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AGTTTGTAATCATCGGTTAA+TGG 0.363899 1:+66452007 None:intergenic
TGAGTTGAATGCGGGTGGTT+AGG 0.372417 1:+66452239 None:intergenic
TAGGGATAATGCGATGTTTA+CGG 0.374647 1:+66452110 None:intergenic
ATTTCGAGGTTGAACGGAAT+CGG 0.380874 1:+66452380 None:intergenic
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CAACTCAATCTTCCTTTCAA+AGG 0.432425 1:-66452223 MsG0180003674.01.T01:CDS
GGTTCAGAAGGAGCAGGAAT+AGG 0.432683 1:+66452076 None:intergenic
GGTGAAGGTTGATGAAGCTT+TGG 0.435140 1:+66452335 None:intergenic
AACAACTTCATCTCTCTGTT+CGG 0.435535 1:-66452196 MsG0180003674.01.T01:CDS
TTGTTGAGAATTCTCTTCAC+TGG 0.446412 1:-66451844 MsG0180003674.01.T01:CDS
TCTCTGTTCGGTTCATGTAA+TGG 0.447138 1:-66452184 MsG0180003674.01.T01:CDS
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AAGCCCCTATGGATGGTGTT+AGG 0.457905 1:+66452055 None:intergenic
CGGTAACAGAGAGAGGATTC+CGG 0.460052 1:+66452417 None:intergenic
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CTTCTCTGCATCTTCTCCGA+CGG 0.472947 1:-66452160 MsG0180003674.01.T01:CDS
GAACAGAGAGATGAAGTTGT+TGG 0.477806 1:+66452198 None:intergenic
TCAGCATAGTACAGAGTGTA+AGG 0.479755 1:+66451881 None:intergenic
TCTGTACTATGCTGAAACAA+TGG 0.482849 1:-66451873 MsG0180003674.01.T01:CDS
ATCACCTTCTTTCCCTAGGA+AGG 0.491937 1:-66451384 MsG0180003674.01.T01:CDS
GTGAAGGTTGATGAAGCTTT+GGG 0.496003 1:+66452336 None:intergenic
AGCACAGGATCGATGCAATT+GGG 0.496781 1:-66451289 MsG0180003674.01.T01:CDS
TTGTATCACCTTCTTTCCCT+AGG 0.502967 1:-66451388 MsG0180003674.01.T01:CDS
TGTGAGAAGTTTGTAATCAT+CGG 0.506090 1:+66452000 None:intergenic
AAGACTTCCAACACAAATCA+TGG 0.510714 1:+66451409 None:intergenic
TTCTCCTTCCTAGGGAAAGA+AGG 0.511418 1:+66451380 None:intergenic
TCAGCTCGAAAACAAACTCA+TGG 0.512083 1:-66451922 MsG0180003674.01.T01:CDS
CGTGAACGCAAAAGCCCCTA+TGG 0.515901 1:+66452044 None:intergenic
AAGGATCAAGGATCGATTGA+GGG 0.516700 1:+66452303 None:intergenic
CCATCACTCGAATAATCTAA+AGG 0.521290 1:+66451533 None:intergenic
TAGCGATTGAAATGATTTCG+AGG 0.525395 1:+66452366 None:intergenic
CCTTTAGATTATTCGAGTGA+TGG 0.527064 1:-66451533 MsG0180003674.01.T01:CDS
TGAACCTAACACCATCCATA+GGG 0.527665 1:-66452059 MsG0180003674.01.T01:CDS
CTGAACCTAACACCATCCAT+AGG 0.531134 1:-66452060 MsG0180003674.01.T01:CDS
GAAGGATCAAGGATCGATTG+AGG 0.531494 1:+66452302 None:intergenic
AGTACCTTCTCTTGCTTGTG+CGG 0.534456 1:+66451357 None:intergenic
TCCAATGGCGGATCTTCCGC+CGG 0.534565 1:-66452449 None:intergenic
TCAGCGCAATGCGGAAGCAC+AGG 0.536861 1:-66451304 MsG0180003674.01.T01:CDS
GGAGTTGTCTCGAAGGATCA+AGG 0.536977 1:+66452291 None:intergenic
CTTCCGCCGGAGATGCTCAC+CGG 0.537741 1:-66452436 MsG0180003674.01.T01:CDS
ATCGTGTTTCACTCTACCGT+TGG 0.538782 1:-66451567 MsG0180003674.01.T01:CDS
GAAATGATTTCGAGGTTGAA+CGG 0.541846 1:+66452374 None:intergenic
AATATGGATGTAGAGATAGT+TGG 0.550990 1:-66451613 MsG0180003674.01.T01:CDS
TTGTGCGGTTCTCCTTCCTA+GGG 0.559614 1:+66451372 None:intergenic
AGGAAGATTGAGTTGAATGC+GGG 0.564362 1:+66452231 None:intergenic
TCCGGCGGAAGATCCGCCAT+TGG 0.571223 1:+66452448 None:intergenic
GATCAAGCCATGATTTGTGT+TGG 0.574345 1:-66451416 MsG0180003674.01.T01:CDS
AAGATTGAGTTGAATGCGGG+TGG 0.577826 1:+66452234 None:intergenic
GTGTTAGGTTCAGAAGGAGC+AGG 0.583480 1:+66452070 None:intergenic
AACGCAAAAGCCCCTATGGA+TGG 0.588613 1:+66452048 None:intergenic
AAGTTGTTGGAGCCTTTGAA+AGG 0.589157 1:+66452211 None:intergenic
TGGATGGTGTTAGGTTCAGA+AGG 0.598741 1:+66452064 None:intergenic
CCAGAAAGCGATTTCCCCGT+CGG 0.600005 1:+66452144 None:intergenic
AGAGATTGGAGTTGTCTCGA+AGG 0.604275 1:+66452284 None:intergenic
ACAATAACATGAGGTTTCAA+CGG 0.604579 1:+66451800 None:intergenic
AGAACCGCACAAGCAAGAGA+AGG 0.613318 1:-66451361 MsG0180003674.01.T01:CDS
ATTGTGCCGGTAACAGAGAG+AGG 0.632303 1:+66452410 None:intergenic
TGTACTATGCTGAAACAATG+GGG 0.644311 1:-66451871 MsG0180003674.01.T01:CDS
TTGATGTTGAGGTTCTCGGA+GGG 0.650800 1:-66451694 MsG0180003674.01.T01:CDS
AAAGGCCTCAAAGATTCCAA+CGG 0.653350 1:+66451551 None:intergenic
AAGGAAGATTGAGTTGAATG+CGG 0.663849 1:+66452230 None:intergenic
AAGTATGGTTCTGTTGCAAG+TGG 0.665157 1:-66451510 MsG0180003674.01.T01:CDS
TTAAATGCGACAATAACATG+AGG 0.673403 1:+66451791 None:intergenic
AATCGGATGAGAGATTGTGC+CGG 0.686335 1:+66452397 None:intergenic
ATTCCGGTGAGCATCTCCGG+CGG 0.687407 1:+66452433 None:intergenic
GAACCTAACACCATCCATAG+GGG 0.692634 1:-66452058 MsG0180003674.01.T01:CDS
ATTGATGTTGAGGTTCTCGG+AGG 0.696320 1:-66451695 MsG0180003674.01.T01:CDS
GTACTATGCTGAAACAATGG+GGG 0.698177 1:-66451870 MsG0180003674.01.T01:CDS
TCTCTGCATCTTCTCCGACG+GGG 0.702061 1:-66452158 MsG0180003674.01.T01:CDS
TTAGGGATATCAGCGCAATG+CGG 0.806586 1:-66451313 MsG0180003674.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATTGATTATCAATTCTGTTA+GGG - Chr1:66452398-66452417 MsG0180003674.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATTGATTATCAATTCTGTT+AGG - Chr1:66452397-66452416 MsG0180003674.01.T01:CDS 20.0%
!!! GAGTTTTAAAATTGATGTTG+AGG - Chr1:66452023-66452042 MsG0180003674.01.T01:CDS 25.0%
AAAATTGATGTTGAGGTTCT+CGG - Chr1:66452030-66452049 MsG0180003674.01.T01:CDS 30.0%
AATATGGATGTAGAGATAGT+TGG - Chr1:66452115-66452134 MsG0180003674.01.T01:CDS 30.0%
ACAATAACATGAGGTTTCAA+CGG + Chr1:66451931-66451950 None:intergenic 30.0%
ATACTCCGAAAATTGATGTT+TGG - Chr1:66452082-66452101 MsG0180003674.01.T01:CDS 30.0%
GAATAGGAATAAGGAGATTA+GGG + Chr1:66451639-66451658 None:intergenic 30.0%
TACTCCGAAAATTGATGTTT+GGG - Chr1:66452083-66452102 MsG0180003674.01.T01:CDS 30.0%
TGTGAGAAGTTTGTAATCAT+CGG + Chr1:66451731-66451750 None:intergenic 30.0%
TGTTCAAGGAATTCCTAATT+TGG - Chr1:66452290-66452309 MsG0180003674.01.T01:CDS 30.0%
TTAAATGCGACAATAACATG+AGG + Chr1:66451940-66451959 None:intergenic 30.0%
TTAACATCTTCACCTATTTC+AGG + Chr1:66451997-66452016 None:intergenic 30.0%
! AGTTTGTAATCATCGGTTAA+TGG + Chr1:66451724-66451743 None:intergenic 30.0%
! ATCACCCAAACATCAATTTT+CGG + Chr1:66452090-66452109 None:intergenic 30.0%
! TTGGTGTAAACTTTTTACTG+TGG - Chr1:66452134-66452153 MsG0180003674.01.T01:CDS 30.0%
!! ATCGTTGATTTGATAGAGAT+TGG + Chr1:66451461-66451480 None:intergenic 30.0%
AACAACTTCATCTCTCTGTT+CGG - Chr1:66451532-66451551 MsG0180003674.01.T01:CDS 35.0%
AAGACTTCCAACACAAATCA+TGG + Chr1:66452322-66452341 None:intergenic 35.0%
ATCATGGCTTGATCCAAATT+AGG + Chr1:66452306-66452325 None:intergenic 35.0%
ATGCGATGTTTACGGATATT+AGG + Chr1:66451613-66451632 None:intergenic 35.0%
CAACTCAATCTTCCTTTCAA+AGG - Chr1:66451505-66451524 MsG0180003674.01.T01:CDS 35.0%
CCATCACTCGAATAATCTAA+AGG + Chr1:66452198-66452217 None:intergenic 35.0%
CCTTTAGATTATTCGAGTGA+TGG - Chr1:66452195-66452214 MsG0180003674.01.T01:CDS 35.0%
CTGTACTATGCTGAAACAAT+GGG - Chr1:66451856-66451875 MsG0180003674.01.T01:CDS 35.0%
GAAATGATTTCGAGGTTGAA+CGG + Chr1:66451357-66451376 None:intergenic 35.0%
GAACAAGTTAGTTGTGTTCA+AGG - Chr1:66452276-66452295 MsG0180003674.01.T01:CDS 35.0%
GGAATAGGAATAAGGAGATT+AGG + Chr1:66451640-66451659 None:intergenic 35.0%
GTTTGGGTGATGAAAGAATA+TGG - Chr1:66452099-66452118 MsG0180003674.01.T01:CDS 35.0%
TAGCGATTGAAATGATTTCG+AGG + Chr1:66451365-66451384 None:intergenic 35.0%
TAGGGATAATGCGATGTTTA+CGG + Chr1:66451621-66451640 None:intergenic 35.0%
TCTGTACTATGCTGAAACAA+TGG - Chr1:66451855-66451874 MsG0180003674.01.T01:CDS 35.0%
TCTTCACCTATTTCAGGAAA+AGG + Chr1:66451991-66452010 None:intergenic 35.0%
TGCGATGTTTACGGATATTA+GGG + Chr1:66451612-66451631 None:intergenic 35.0%
TGTACTATGCTGAAACAATG+GGG - Chr1:66451857-66451876 MsG0180003674.01.T01:CDS 35.0%
TTGTTGAGAATTCTCTTCAC+TGG - Chr1:66451884-66451903 MsG0180003674.01.T01:CDS 35.0%
! GTGTAAACTTTTTACTGTGG+CGG - Chr1:66452137-66452156 MsG0180003674.01.T01:CDS 35.0%
! TTATTCGAGTGATGGAAGTA+TGG - Chr1:66452203-66452222 MsG0180003674.01.T01:CDS 35.0%
!! AAGGAAGATTGAGTTGAATG+CGG + Chr1:66451501-66451520 None:intergenic 35.0%
AAAGGCCTCAAAGATTCCAA+CGG + Chr1:66452180-66452199 None:intergenic 40.0%
AAGGAGCAGGAATAGGAATA+AGG + Chr1:66451648-66451667 None:intergenic 40.0%
AAGGATCAAGGATCGATTGA+GGG + Chr1:66451428-66451447 None:intergenic 40.0%
AAGTTGTTGGAGCCTTTGAA+AGG + Chr1:66451520-66451539 None:intergenic 40.0%
ATTTCGAGGTTGAACGGAAT+CGG + Chr1:66451351-66451370 None:intergenic 40.0%
CAGCGAAAATCTCAAGTGTT+AGG + Chr1:66451963-66451982 None:intergenic 40.0%
GAACAGAGAGATGAAGTTGT+TGG + Chr1:66451533-66451552 None:intergenic 40.0%
GTACTATGCTGAAACAATGG+GGG - Chr1:66451858-66451877 MsG0180003674.01.T01:CDS 40.0%
TACAGAGTGTAAGGCATAGT+AGG + Chr1:66451841-66451860 None:intergenic 40.0%
TCAGCATAGTACAGAGTGTA+AGG + Chr1:66451850-66451869 None:intergenic 40.0%
TCAGCTCGAAAACAAACTCA+TGG - Chr1:66451806-66451825 MsG0180003674.01.T01:CDS 40.0%
TCTCTGTTCGGTTCATGTAA+TGG - Chr1:66451544-66451563 MsG0180003674.01.T01:CDS 40.0%
TGAACCTAACACCATCCATA+GGG - Chr1:66451669-66451688 MsG0180003674.01.T01:CDS 40.0%
TTGTATCACCTTCTTTCCCT+AGG - Chr1:66452340-66452359 MsG0180003674.01.T01:CDS 40.0%
! AACACTTGAGATTTTCGCTG+AGG - Chr1:66451963-66451982 MsG0180003674.01.T01:CDS 40.0%
! AAGTATGGTTCTGTTGCAAG+TGG - Chr1:66452218-66452237 MsG0180003674.01.T01:CDS 40.0%
! ATCGATTGAGGGAGTTTTTG+AGG + Chr1:66451417-66451436 None:intergenic 40.0%
! GAGGTTCCTTTTCCTGAAAT+AGG - Chr1:66451982-66452001 MsG0180003674.01.T01:CDS 40.0%
! GATCAAGCCATGATTTGTGT+TGG - Chr1:66452312-66452331 MsG0180003674.01.T01:CDS 40.0%
! TGGATCATGAGAAGCTGTTT+TGG - Chr1:66452238-66452257 MsG0180003674.01.T01:CDS 40.0%
!! AGGAAGATTGAGTTGAATGC+GGG + Chr1:66451500-66451519 None:intergenic 40.0%
!! GTGAAGGTTGATGAAGCTTT+GGG + Chr1:66451395-66451414 None:intergenic 40.0%
AAGCACAGGATCGATGCAAT+TGG - Chr1:66452438-66452457 MsG0180003674.01.T01:CDS 45.0%
AATCGGATGAGAGATTGTGC+CGG + Chr1:66451334-66451353 None:intergenic 45.0%
AGAGATTGGAGTTGTCTCGA+AGG + Chr1:66451447-66451466 None:intergenic 45.0%
AGCACAGGATCGATGCAATT+GGG - Chr1:66452439-66452458 MsG0180003674.01.T01:CDS 45.0%
AGTACCTTCTCTTGCTTGTG+CGG + Chr1:66452374-66452393 None:intergenic 45.0%
ATCACCTTCTTTCCCTAGGA+AGG - Chr1:66452344-66452363 MsG0180003674.01.T01:CDS 45.0%
ATCGTGTTTCACTCTACCGT+TGG - Chr1:66452161-66452180 MsG0180003674.01.T01:CDS 45.0%
ATTGATGTTGAGGTTCTCGG+AGG - Chr1:66452033-66452052 MsG0180003674.01.T01:CDS 45.0%
CTCTACCGTTGGAATCTTTG+AGG - Chr1:66452172-66452191 MsG0180003674.01.T01:CDS 45.0%
CTGAACCTAACACCATCCAT+AGG - Chr1:66451668-66451687 MsG0180003674.01.T01:CDS 45.0%
GAACCTAACACCATCCATAG+GGG - Chr1:66451670-66451689 MsG0180003674.01.T01:CDS 45.0%
GAAGGATCAAGGATCGATTG+AGG + Chr1:66451429-66451448 None:intergenic 45.0%
TTAGGGATATCAGCGCAATG+CGG - Chr1:66452415-66452434 MsG0180003674.01.T01:CDS 45.0%
TTCTCCTTCCTAGGGAAAGA+AGG + Chr1:66452351-66452370 None:intergenic 45.0%
TTGATGTTGAGGTTCTCGGA+GGG - Chr1:66452034-66452053 MsG0180003674.01.T01:CDS 45.0%
! TGGATGGTGTTAGGTTCAGA+AGG + Chr1:66451667-66451686 None:intergenic 45.0%
!! AAGATTGAGTTGAATGCGGG+TGG + Chr1:66451497-66451516 None:intergenic 45.0%
!! GGTGAAGGTTGATGAAGCTT+TGG + Chr1:66451396-66451415 None:intergenic 45.0%
!!! TGAGGGAGTTTTTGAGGTGA+AGG + Chr1:66451411-66451430 None:intergenic 45.0%
AACGCAAAAGCCCCTATGGA+TGG + Chr1:66451683-66451702 None:intergenic 50.0%
AAGCCCCTATGGATGGTGTT+AGG + Chr1:66451676-66451695 None:intergenic 50.0%
AGAACCGCACAAGCAAGAGA+AGG - Chr1:66452367-66452386 MsG0180003674.01.T01:CDS 50.0%
CGGAATCCTCTCTCTGTTAC+CGG - Chr1:66451312-66451331 MsG0180003674.01.T01:CDS 50.0%
CGGTAACAGAGAGAGGATTC+CGG + Chr1:66451314-66451333 None:intergenic 50.0%
CTTCTCTGCATCTTCTCCGA+CGG - Chr1:66451568-66451587 MsG0180003674.01.T01:CDS 50.0%
GGAGTTGTCTCGAAGGATCA+AGG + Chr1:66451440-66451459 None:intergenic 50.0%
GGTTCAGAAGGAGCAGGAAT+AGG + Chr1:66451655-66451674 None:intergenic 50.0%
GTGTTAGGTTCAGAAGGAGC+AGG + Chr1:66451661-66451680 None:intergenic 50.0%
TTCTCTGCATCTTCTCCGAC+GGG - Chr1:66451569-66451588 MsG0180003674.01.T01:CDS 50.0%
TTGTGCGGTTCTCCTTCCTA+GGG + Chr1:66452359-66452378 None:intergenic 50.0%
! ATTGTGCCGGTAACAGAGAG+AGG + Chr1:66451321-66451340 None:intergenic 50.0%
! CATAGGGGCTTTTGCGTTCA+CGG - Chr1:66451685-66451704 MsG0180003674.01.T01:CDS 50.0%
! TGAGTTGAATGCGGGTGGTT+AGG + Chr1:66451492-66451511 None:intergenic 50.0%
AGGATTCCGGTGAGCATCTC+CGG + Chr1:66451301-66451320 None:intergenic 55.0%
CCAGAAAGCGATTTCCCCGT+CGG + Chr1:66451587-66451606 None:intergenic 55.0%
CGTGAACGCAAAAGCCCCTA+TGG + Chr1:66451687-66451706 None:intergenic 55.0%
CTTGTGCGGTTCTCCTTCCT+AGG + Chr1:66452360-66452379 None:intergenic 55.0%
TCTCTGCATCTTCTCCGACG+GGG - Chr1:66451570-66451589 MsG0180003674.01.T01:CDS 55.0%
! GGCTTTTGCGTTCACGGCTT+CGG - Chr1:66451691-66451710 MsG0180003674.01.T01:CDS 55.0%
ATTCCGGTGAGCATCTCCGG+CGG + Chr1:66451298-66451317 None:intergenic 60.0%
CCGACGGGGAAATCGCTTTC+TGG - Chr1:66451584-66451603 MsG0180003674.01.T01:CDS 60.0%
! TCAGCGCAATGCGGAAGCAC+AGG - Chr1:66452424-66452443 MsG0180003674.01.T01:CDS 60.0%
CTTCCGCCGGAGATGCTCAC+CGG - Chr1:66451292-66451311 MsG0180003674.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 66451283 66452467 66451283 ID=MsG0180003674.01;Name=MsG0180003674.01
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