AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035093.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 93 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 99 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CAAAGATTTAAGAGGCAATT+TGG 0.243362 6:+98718032 None:intergenic
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TGGTGAGAGGTTTGAGAATA+AGG 0.252574 6:-98717848 MsG0680035093.01.T01:intron
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CAATCAATTATTTGTCCAAT+AGG 0.309832 6:+98716956 None:intergenic
GAAGTCTATTATTATGTTCA+TGG 0.330358 6:-98717640 MsG0680035093.01.T01:CDS
TTGATGAGCTTGGTCTTAAA+GGG 0.348234 6:-98717024 MsG0680035093.01.T01:CDS
CATTCGATACGTAGAATATC+TGG 0.348565 6:-98717581 MsG0680035093.01.T01:CDS
CTTGCATTGAGCATCCTATT+GGG 0.349190 6:-98717123 MsG0680035093.01.T01:CDS
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CCATTCTTTCCCTCCCCAAT+AGG 0.373274 6:+98717109 None:intergenic
AGAATAAGGTCAAATTAGAT+TGG 0.382141 6:-98717834 MsG0680035093.01.T01:CDS
AACCGTTTCAAAGATTTAAG+AGG 0.387329 6:+98718024 None:intergenic
ATGGAAAGCTCTCATCCTAT+TGG 0.388934 6:-98716971 MsG0680035093.01.T01:CDS
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GAAAAGATGGCGAACTAGTC+AGG 0.403509 6:-98717069 MsG0680035093.01.T01:CDS
CTCTTGGAGAAAACTTGATC+TGG 0.406065 6:-98717467 MsG0680035093.01.T01:CDS
TACAGGTGATTCGGTAGGGC+TGG 0.409560 6:+98717672 None:intergenic
TTTCATATCCAGTACTTATG+AGG 0.414154 6:-98717932 MsG0680035093.01.T01:intron
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AACTCAGTGTAAAAGAATCT+TGG 0.418144 6:-98717174 MsG0680035093.01.T01:CDS
GCTATATTATCCTCTTGAAA+TGG 0.423700 6:+98717805 None:intergenic
CAAGATGAATTTGAGCATAA+AGG 0.425621 6:-98717376 MsG0680035093.01.T01:CDS
CAAACAATGTCGTTAATAAC+CGG 0.435142 6:+98717766 None:intergenic
ACACTATCATTCATATATAA+GGG 0.438600 6:+98717301 None:intergenic
GCCTCGTGCTCATCCCGGTC+TGG 0.438915 6:-98717440 MsG0680035093.01.T01:CDS
TTGTCAGATTGTCAATTACA+TGG 0.447861 6:-98716990 MsG0680035093.01.T01:CDS
ACAGGTGATTCGGTAGGGCT+GGG 0.467353 6:+98717673 None:intergenic
TGCCTCTTAAATCTTTGAAA+CGG 0.468477 6:-98718026 MsG0680035093.01.T01:CDS
GGATTCTGTTACAGCTGAAA+AGG 0.473199 6:-98718097 MsG0680035093.01.T01:CDS
TACTGGATATGAAATAATTA+CGG 0.474142 6:+98717941 None:intergenic
TTATTCTTCAAAAGAAAAGA+TGG 0.475381 6:-98717082 MsG0680035093.01.T01:CDS
TATCATTCATATATAAGGGC+AGG 0.477098 6:+98717305 None:intergenic
CGAATCACCTGTAATTTATG+AGG 0.479599 6:-98717662 MsG0680035093.01.T01:CDS
ACAACCTAAGGAGCAACTCT+TGG 0.484785 6:-98717483 MsG0680035093.01.T01:CDS
CACATAGACACCTACCAGAC+CGG 0.486675 6:+98717426 None:intergenic
ACATCATCTTCAAAATCATC+AGG 0.487619 6:+98717553 None:intergenic
CCTATTGGGGAGGGAAAGAA+TGG 0.494866 6:-98717109 MsG0680035093.01.T01:CDS
ACCATCCTCCTCATAAGTAC+TGG 0.495470 6:+98717895 None:intergenic
ACCATCCTCCTCATAAGTAC+TGG 0.495470 6:+98717924 None:intergenic
ATTCGGTAGGGCTGGGAGGA+AGG 0.496321 6:+98717680 None:intergenic
CCTCGTATTCCTCGGTAGCT+AGG 0.499517 6:+98717704 None:intergenic
GGCTGTTACGTGACGACATG+TGG 0.500937 6:-98717513 MsG0680035093.01.T01:intron
AGGTTCCATAATAAAACAAC+AGG 0.501977 6:+98717724 None:intergenic
GATCTGCCTCGTGCTCATCC+CGG 0.508356 6:-98717445 MsG0680035093.01.T01:CDS
GACCAAGCTCATCAATCACT+TGG 0.511162 6:+98717032 None:intergenic
CGTGCTCATCCCGGTCTGGT+AGG 0.513766 6:-98717436 MsG0680035093.01.T01:CDS
TTAGTTGCGTACGTAAATCA+TGG 0.520564 6:-98718002 MsG0680035093.01.T01:intron
GTTCATATCCAGTACTTATG+AGG 0.526376 6:-98717903 MsG0680035093.01.T01:intron
ACATGAAGGGAGTATGTCAT+TGG 0.529904 6:-98717402 MsG0680035093.01.T01:CDS
GGATGCTCAATGCAAGGTAA+AGG 0.538828 6:+98717130 None:intergenic
TAAATTACAGGTGATTCGGT+AGG 0.539184 6:+98717667 None:intergenic
ATCATTCATATATAAGGGCA+GGG 0.541747 6:+98717306 None:intergenic
ACCCAAGTGATTGATGAGCT+TGG 0.542502 6:-98717034 MsG0680035093.01.T01:CDS
ATGTGGAAGGTGAGCCAACC+AGG 0.545017 6:-98717534 MsG0680035093.01.T01:intron
TGAGAAGATGATGAAATCAA+CGG 0.548700 6:-98718118 None:intergenic
TGTGGGAGATATACAACCTA+AGG 0.560620 6:-98717495 MsG0680035093.01.T01:CDS
CATGTCGTCACGTAACAGCC+TGG 0.567570 6:+98717516 None:intergenic
CTTTGTAGTCATCTCTAACA+TGG 0.576554 6:+98717605 None:intergenic
CATTGAGCATCCTATTGGGG+AGG 0.588534 6:-98717119 MsG0680035093.01.T01:CDS
AAATTACAGGTGATTCGGTA+GGG 0.590342 6:+98717668 None:intergenic
TTATCCTCTTGAAATGGAGG+TGG 0.590509 6:+98717811 None:intergenic
TTGCATTGAGCATCCTATTG+GGG 0.593605 6:-98717122 MsG0680035093.01.T01:CDS
AGGAAGGACCTCGTATTCCT+CGG 0.597229 6:+98717696 None:intergenic
ACCAGACCGGGATGAGCACG+AGG 0.603201 6:+98717439 None:intergenic
ATTGAGCATCCTATTGGGGA+GGG 0.605160 6:-98717118 MsG0680035093.01.T01:CDS
ACATAGACACCTACCAGACC+GGG 0.605471 6:+98717427 None:intergenic
CATATCCAGTACTTATGAGG+AGG 0.606225 6:-98717929 MsG0680035093.01.T01:intron
ATATTATCCTCTTGAAATGG+AGG 0.607088 6:+98717808 None:intergenic
GGTGTCTATGTGTACATGAA+GGG 0.612468 6:-98717415 MsG0680035093.01.T01:CDS
TTGGCCACCTCCATTTCAAG+AGG 0.613437 6:-98717815 MsG0680035093.01.T01:CDS
TGATGAGCTTGGTCTTAAAG+GGG 0.613881 6:-98717023 MsG0680035093.01.T01:CDS
CCAATAGGATGCTCAATGCA+AGG 0.615123 6:+98717124 None:intergenic
TCGTCACGTAACAGCCTGGT+TGG 0.618292 6:+98717520 None:intergenic
ATTATGGAACCTAGCTACCG+AGG 0.621059 6:-98717713 MsG0680035093.01.T01:CDS
TCATTCATATATAAGGGCAG+GGG 0.621757 6:+98717307 None:intergenic
TCCAGTACTTATGAGGAGGA+TGG 0.622047 6:-98717896 MsG0680035093.01.T01:intron
TCCAGTACTTATGAGGAGGA+TGG 0.622047 6:-98717925 MsG0680035093.01.T01:intron
ACCAAGCTCATCAATCACTT+GGG 0.627038 6:+98717033 None:intergenic
AGGTGTCTATGTGTACATGA+AGG 0.636554 6:-98717416 MsG0680035093.01.T01:CDS
CATATCCAGTACTTATGAGG+AGG 0.636787 6:-98717900 MsG0680035093.01.T01:intron
GGTGATTCGGTAGGGCTGGG+AGG 0.639739 6:+98717676 None:intergenic
CCTAGCTACCGAGGAATACG+AGG 0.643393 6:-98717704 MsG0680035093.01.T01:CDS
GTCATTTGACTTAAGCAATG+AGG 0.658464 6:-98717344 MsG0680035093.01.T01:CDS
GCTGTTACGTGACGACATGT+GGG 0.673974 6:-98717512 MsG0680035093.01.T01:intron
AGTTCGAGATCAAAGCAATG+TGG 0.751685 6:+98717236 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AATATAGCTATTCATATTTT+AGG - Chr6:98717276-98717295 MsG0680035093.01.T01:CDS 15.0%
!! AACACTATCATTCATATATA+AGG + Chr6:98717769-98717788 None:intergenic 20.0%
!! ACACTATCATTCATATATAA+GGG + Chr6:98717768-98717787 None:intergenic 20.0%
!! TACTGGATATGAAATAATTA+CGG + Chr6:98717128-98717147 None:intergenic 20.0%
!! TATTATTATGTTCATGGATT+TGG - Chr6:98717432-98717451 MsG0680035093.01.T01:CDS 20.0%
!! TTATTCTTCAAAAGAAAAGA+TGG - Chr6:98717984-98718003 MsG0680035093.01.T01:intron 20.0%
!!! ACTTTTCACATATCTATTTT+GGG - Chr6:98717867-98717886 MsG0680035093.01.T01:intron 20.0%
!!! CATGTGTTATATTTTCTTTA+TGG - Chr6:98717198-98717217 MsG0680035093.01.T01:CDS 20.0%
!!! TACTTTTCACATATCTATTT+TGG - Chr6:98717866-98717885 MsG0680035093.01.T01:intron 20.0%
! AGAATAAGGTCAAATTAGAT+TGG - Chr6:98717232-98717251 MsG0680035093.01.T01:CDS 25.0%
! ATTTGAGCATAAAGGATATT+TGG - Chr6:98717698-98717717 MsG0680035093.01.T01:CDS 25.0%
! CAATCAATTATTTGTCCAAT+AGG + Chr6:98718113-98718132 None:intergenic 25.0%
! GAAGTCTATTATTATGTTCA+TGG - Chr6:98717426-98717445 MsG0680035093.01.T01:CDS 25.0%
! GGACTAAACTCTTTATTATT+GGG - Chr6:98717913-98717932 MsG0680035093.01.T01:intron 25.0%
! TGGACTAAACTCTTTATTAT+TGG - Chr6:98717912-98717931 MsG0680035093.01.T01:intron 25.0%
!! ATTTTTGTTGAGATACTTGA+TGG - Chr6:98717797-98717816 MsG0680035093.01.T01:CDS 25.0%
!! TATATTTTCTTTATGGTGAG+AGG - Chr6:98717205-98717224 MsG0680035093.01.T01:CDS 25.0%
AACCGTTTCAAAGATTTAAG+AGG + Chr6:98717045-98717064 None:intergenic 30.0%
AACTCAGTGTAAAAGAATCT+TGG - Chr6:98717892-98717911 MsG0680035093.01.T01:intron 30.0%
ACATCATCTTCAAAATCATC+AGG + Chr6:98717516-98717535 None:intergenic 30.0%
AGGTTCCATAATAAAACAAC+AGG + Chr6:98717345-98717364 None:intergenic 30.0%
ATATTATCCTCTTGAAATGG+AGG + Chr6:98717261-98717280 None:intergenic 30.0%
ATCATTCATATATAAGGGCA+GGG + Chr6:98717763-98717782 None:intergenic 30.0%
CAAACAATGTCGTTAATAAC+CGG + Chr6:98717303-98717322 None:intergenic 30.0%
CAAAGATTTAAGAGGCAATT+TGG + Chr6:98717037-98717056 None:intergenic 30.0%
CAAGATGAATTTGAGCATAA+AGG - Chr6:98717690-98717709 MsG0680035093.01.T01:CDS 30.0%
CTCATAAATTACAGGTGATT+CGG + Chr6:98717406-98717425 None:intergenic 30.0%
GCTATATTATCCTCTTGAAA+TGG + Chr6:98717264-98717283 None:intergenic 30.0%
TAGACTTCCTCATAAATTAC+AGG + Chr6:98717414-98717433 None:intergenic 30.0%
TATCATTCATATATAAGGGC+AGG + Chr6:98717764-98717783 None:intergenic 30.0%
TTGTCAGATTGTCAATTACA+TGG - Chr6:98718076-98718095 MsG0680035093.01.T01:CDS 30.0%
TTTCATATCCAGTACTTATG+AGG - Chr6:98717134-98717153 MsG0680035093.01.T01:CDS 30.0%
! TGCCTCTTAAATCTTTGAAA+CGG - Chr6:98717040-98717059 MsG0680035093.01.T01:CDS 30.0%
!! AGCTATTCATATTTTAGGTC+CGG - Chr6:98717281-98717300 MsG0680035093.01.T01:CDS 30.0%
!! TGATGATTTTGAAGATGATG+TGG - Chr6:98717515-98717534 MsG0680035093.01.T01:intron 30.0%
!!! GAGAACCTGTTGTTTTATTA+TGG - Chr6:98717337-98717356 MsG0680035093.01.T01:CDS 30.0%
AAGAGGCAATTTGGACAAAA+TGG + Chr6:98717028-98717047 None:intergenic 35.0%
CATTCGATACGTAGAATATC+TGG - Chr6:98717485-98717504 MsG0680035093.01.T01:CDS 35.0%
CGAATCACCTGTAATTTATG+AGG - Chr6:98717404-98717423 MsG0680035093.01.T01:CDS 35.0%
CTTTGTAGTCATCTCTAACA+TGG + Chr6:98717464-98717483 None:intergenic 35.0%
GTTCATATCCAGTACTTATG+AGG - Chr6:98717163-98717182 MsG0680035093.01.T01:CDS 35.0%
TCATTCATATATAAGGGCAG+GGG + Chr6:98717762-98717781 None:intergenic 35.0%
TTAGTTGCGTACGTAAATCA+TGG - Chr6:98717064-98717083 MsG0680035093.01.T01:CDS 35.0%
! GTCATTTGACTTAAGCAATG+AGG - Chr6:98717722-98717741 MsG0680035093.01.T01:CDS 35.0%
!! AAATTACAGGTGATTCGGTA+GGG + Chr6:98717401-98717420 None:intergenic 35.0%
!! ATTGATGAGCTTGGTCTTAA+AGG - Chr6:98718041-98718060 MsG0680035093.01.T01:CDS 35.0%
!! GATTTTGAAGATGATGTGGA+AGG - Chr6:98717519-98717538 MsG0680035093.01.T01:intron 35.0%
!! TAAATTACAGGTGATTCGGT+AGG + Chr6:98717402-98717421 None:intergenic 35.0%
!! TTGATGAGCTTGGTCTTAAA+GGG - Chr6:98718042-98718061 MsG0680035093.01.T01:CDS 35.0%
ACCAAGCTCATCAATCACTT+GGG + Chr6:98718036-98718055 None:intergenic 40.0%
AGGTGTCTATGTGTACATGA+AGG - Chr6:98717650-98717669 MsG0680035093.01.T01:CDS 40.0%
AGTTCGAGATCAAAGCAATG+TGG + Chr6:98717833-98717852 None:intergenic 40.0%
ATGGAAAGCTCTCATCCTAT+TGG - Chr6:98718095-98718114 MsG0680035093.01.T01:CDS 40.0%
CATATCCAGTACTTATGAGG+AGG - Chr6:98717137-98717156 MsG0680035093.01.T01:CDS 40.0%
CGGTACATGTTCGTGAAATT+AGG + Chr6:98717108-98717127 None:intergenic 40.0%
CTCTTGGAGAAAACTTGATC+TGG - Chr6:98717599-98717618 MsG0680035093.01.T01:CDS 40.0%
CTTGCATTGAGCATCCTATT+GGG - Chr6:98717943-98717962 MsG0680035093.01.T01:intron 40.0%
GGATTCTGTTACAGCTGAAA+AGG - Chr6:98716969-98716988 MsG0680035093.01.T01:CDS 40.0%
GGTGTCTATGTGTACATGAA+GGG - Chr6:98717651-98717670 MsG0680035093.01.T01:CDS 40.0%
TGGTGAGAGGTTTGAGAATA+AGG - Chr6:98717218-98717237 MsG0680035093.01.T01:CDS 40.0%
TGTGGGAGATATACAACCTA+AGG - Chr6:98717571-98717590 MsG0680035093.01.T01:intron 40.0%
TTATCCTCTTGAAATGGAGG+TGG + Chr6:98717258-98717277 None:intergenic 40.0%
TTGCATTGAGCATCCTATTG+GGG - Chr6:98717944-98717963 MsG0680035093.01.T01:intron 40.0%
! ACATGAAGGGAGTATGTCAT+TGG - Chr6:98717664-98717683 MsG0680035093.01.T01:CDS 40.0%
!! TGATGAGCTTGGTCTTAAAG+GGG - Chr6:98718043-98718062 MsG0680035093.01.T01:CDS 40.0%
ACAACCTAAGGAGCAACTCT+TGG - Chr6:98717583-98717602 MsG0680035093.01.T01:CDS 45.0%
ACCATCCTCCTCATAAGTAC+TGG + Chr6:98717145-98717164 None:intergenic 45.0%
ACCCAAGTGATTGATGAGCT+TGG - Chr6:98718032-98718051 MsG0680035093.01.T01:CDS 45.0%
ATTATGGAACCTAGCTACCG+AGG - Chr6:98717353-98717372 MsG0680035093.01.T01:CDS 45.0%
ATTGAGCATCCTATTGGGGA+GGG - Chr6:98717948-98717967 MsG0680035093.01.T01:intron 45.0%
CCAATAGGATGCTCAATGCA+AGG + Chr6:98717945-98717964 None:intergenic 45.0%
CCTTGCATTGAGCATCCTAT+TGG - Chr6:98717942-98717961 MsG0680035093.01.T01:intron 45.0%
GAAAAGATGGCGAACTAGTC+AGG - Chr6:98717997-98718016 MsG0680035093.01.T01:intron 45.0%
GACCAAGCTCATCAATCACT+TGG + Chr6:98718037-98718056 None:intergenic 45.0%
GGATGCTCAATGCAAGGTAA+AGG + Chr6:98717939-98717958 None:intergenic 45.0%
TCCAGTACTTATGAGGAGGA+TGG - Chr6:98717141-98717160 MsG0680035093.01.T01:CDS 45.0%
TTCTCCAAGAGTTGCTCCTT+AGG + Chr6:98717590-98717609 None:intergenic 45.0%
ACATAGACACCTACCAGACC+GGG + Chr6:98717642-98717661 None:intergenic 50.0%
AGGAAGGACCTCGTATTCCT+CGG + Chr6:98717373-98717392 None:intergenic 50.0%
CACATAGACACCTACCAGAC+CGG + Chr6:98717643-98717662 None:intergenic 50.0%
CATTGAGCATCCTATTGGGG+AGG - Chr6:98717947-98717966 MsG0680035093.01.T01:intron 50.0%
CCATTCTTTCCCTCCCCAAT+AGG + Chr6:98717960-98717979 None:intergenic 50.0%
CCTATTGGGGAGGGAAAGAA+TGG - Chr6:98717957-98717976 MsG0680035093.01.T01:intron 50.0%
GCTGTTACGTGACGACATGT+GGG - Chr6:98717554-98717573 MsG0680035093.01.T01:intron 50.0%
TTGGCCACCTCCATTTCAAG+AGG - Chr6:98717251-98717270 MsG0680035093.01.T01:CDS 50.0%
ATGTGGAAGGTGAGCCAACC+AGG - Chr6:98717532-98717551 MsG0680035093.01.T01:intron 55.0%
CATGTCGTCACGTAACAGCC+TGG + Chr6:98717553-98717572 None:intergenic 55.0%
CCTAGCTACCGAGGAATACG+AGG - Chr6:98717362-98717381 MsG0680035093.01.T01:CDS 55.0%
CCTCGTATTCCTCGGTAGCT+AGG + Chr6:98717365-98717384 None:intergenic 55.0%
GGCTGTTACGTGACGACATG+TGG - Chr6:98717553-98717572 MsG0680035093.01.T01:intron 55.0%
TCGTCACGTAACAGCCTGGT+TGG + Chr6:98717549-98717568 None:intergenic 55.0%
!! ACAGGTGATTCGGTAGGGCT+GGG + Chr6:98717396-98717415 None:intergenic 55.0%
!! TACAGGTGATTCGGTAGGGC+TGG + Chr6:98717397-98717416 None:intergenic 55.0%
ATTCGGTAGGGCTGGGAGGA+AGG + Chr6:98717389-98717408 None:intergenic 60.0%
GATCTGCCTCGTGCTCATCC+CGG - Chr6:98717621-98717640 MsG0680035093.01.T01:CDS 60.0%
ACCAGACCGGGATGAGCACG+AGG + Chr6:98717630-98717649 None:intergenic 65.0%
CGTGCTCATCCCGGTCTGGT+AGG - Chr6:98717630-98717649 MsG0680035093.01.T01:CDS 65.0%
!! GGTGATTCGGTAGGGCTGGG+AGG + Chr6:98717393-98717412 None:intergenic 65.0%
GCCTCGTGCTCATCCCGGTC+TGG - Chr6:98717626-98717645 MsG0680035093.01.T01:CDS 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 98716955 98718133 98716955 ID=MsG0680035093.01;Name=MsG0680035093.01
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Chr6 exon 98716955 98717530 98716955 ID=MsG0680035093.01.T01:exon:14050;Parent=MsG0680035093.01.T01
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Chr6 exon 98718017 98718133 98718017 ID=MsG0680035093.01.T01:exon:14048;Parent=MsG0680035093.01.T01
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