AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035815.01

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MsG0680035815.01.T03 MTR_3g097190 57.407 54 23 0 84 137 28 81 9.86e-15 68.6
MsG0680035815.01.T03 MTR_1g050305 46.988 83 39 2 65 142 21 103 1.40e-14 67.4
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 74 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 81 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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TGGTTGTGTCAGAAGGATTA+TGG 0.288305 6:-112706781 MsG0680035815.01.T01:CDS
CAAATATTTCGAACCCTTAT+GGG 0.294700 6:-112706911 MsG0680035815.01.T01:CDS
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TTAACTACCTATTCCTCAAT+TGG 0.356598 6:+112706325 None:intergenic
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TCATCTAAATCTGAGGGAAT+AGG 0.420191 6:+112706679 None:intergenic
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AAAGAACGCTTAACATCATC+CGG 0.438507 6:+112707051 None:intergenic
ATATCAATTATGGGTGAGAT+TGG 0.452163 6:-112706562 MsG0680035815.01.T01:CDS
CAACCTCCTTCCTCCAAGTT+CGG 0.457803 6:-112707088 MsG0680035815.01.T01:CDS
ACATATGAATCAACCGAACT+TGG 0.458686 6:+112707075 None:intergenic
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TTCGGTTGATTCATATGTCC+CGG 0.475432 6:-112707070 MsG0680035815.01.T01:CDS
TCCTCCACGAGTTACTTCTT+AGG 0.477396 6:+112706878 None:intergenic
CCCTTAGTACCCACTCCAAT+AGG 0.479670 6:+112706481 None:intergenic
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ATACCAAACTAGGTTGAAAT+GGG 0.489308 6:+112706737 None:intergenic
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TAAAACAAATTGGAGAAACT+TGG 0.503450 6:-112706644 MsG0680035815.01.T01:CDS
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ATCTTGCTCCATCAATGTTG+TGG 0.546797 6:-112707150 MsG0680035815.01.T01:CDS
TTAATACTACCAAAACCAAA+AGG 0.547369 6:+112707180 None:intergenic
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AAGTAAAACGATACCAAACT+AGG 0.554028 6:+112706727 None:intergenic
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CCCTCACTATAGTCGAAAGA+AGG 0.561528 6:+112706835 None:intergenic
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GGTTGTATTTCTGAGTAGAT+GGG 0.564822 6:+112707106 None:intergenic
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AAACAATCATCTAAATCTGA+GGG 0.570681 6:+112706673 None:intergenic
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ACCAAGCTCCTCAATCATCT+GGG 0.581417 6:+112706405 None:intergenic
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ATGATATGAGATCAATGTGA+TGG 0.586395 6:+112706606 None:intergenic
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CCTTCTTTCGACTATAGTGA+GGG 0.590875 6:-112706835 MsG0680035815.01.T01:CDS
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GTTGAGCATCCTATTGGAGT+GGG 0.602632 6:-112706490 MsG0680035815.01.T01:CDS
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GGATGCTCAACACAAGGCAA+TGG 0.626040 6:+112706502 None:intergenic
GCCTAAGAAGTAACTCGTGG+AGG 0.632578 6:-112706879 MsG0680035815.01.T01:CDS
CAACCGAACTTGGAGGAAGG+AGG 0.641110 6:+112707085 None:intergenic
AATCAACCGAACTTGGAGGA+AGG 0.642090 6:+112707082 None:intergenic
ATAGCCTAAGAAGTAACTCG+TGG 0.647029 6:-112706882 MsG0680035815.01.T01:CDS
CTATTGGAGTGGGTACTAAG+GGG 0.647258 6:-112706480 MsG0680035815.01.T01:CDS
TATTGGAGTGGGTACTAAGG+GGG 0.647638 6:-112706479 MsG0680035815.01.T01:CDS
TCACTATAGTCGAAAGAAGG+CGG 0.647958 6:+112706838 None:intergenic
AAGAACGCTTAACATCATCC+GGG 0.666045 6:+112707052 None:intergenic
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TCCATGAAGATAAGACACAA+AGG 0.680230 6:+112707026 None:intergenic
TAATTTATTATCCTACAACG+AGG 0.733834 6:+112706364 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! ATTTTTCACATATCAATTAT+GGG - Chr6:112706993-112707012 MsG0680035815.01.T01:intron 15.0%
!!! TATTTTTCACATATCAATTA+TGG - Chr6:112706992-112707011 MsG0680035815.01.T01:intron 15.0%
!! TTGTAGGATAATAAATTACA+AGG - Chr6:112707205-112707224 MsG0680035815.01.T01:CDS 20.0%
!!! GTTTTGATGTTAAAACAAAT+TGG - Chr6:112706910-112706929 MsG0680035815.01.T01:CDS 20.0%
! AAAACAATCATCTAAATCTG+AGG + Chr6:112706895-112706914 None:intergenic 25.0%
! AAAACCAAAAGGATGAAAAT+AGG + Chr6:112706376-112706395 None:intergenic 25.0%
! AAACAATCATCTAAATCTGA+GGG + Chr6:112706894-112706913 None:intergenic 25.0%
! TAAAACAAATTGGAGAAACT+TGG - Chr6:112706920-112706939 MsG0680035815.01.T01:CDS 25.0%
! TAATTTATTATCCTACAACG+AGG + Chr6:112707203-112707222 None:intergenic 25.0%
! TTAATACTACCAAAACCAAA+AGG + Chr6:112706387-112706406 None:intergenic 25.0%
!! AAAACCTATTTTCATCCTTT+TGG - Chr6:112706369-112706388 MsG0680035815.01.T01:CDS 25.0%
!!! AAATAGGTTTTGACATCAAA+TGG + Chr6:112706360-112706379 None:intergenic 25.0%
!!! TATTTTCATCCTTTTGGTTT+TGG - Chr6:112706375-112706394 MsG0680035815.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTGGTTTTGGTAGTATTAA+TGG - Chr6:112706387-112706406 MsG0680035815.01.T01:CDS 25.0%
AAGTAAAACGATACCAAACT+AGG + Chr6:112706840-112706859 None:intergenic 30.0%
ACAAATATTTCGAACCCTTA+TGG - Chr6:112706652-112706671 MsG0680035815.01.T01:CDS 30.0%
ATATCAATTATGGGTGAGAT+TGG - Chr6:112707002-112707021 MsG0680035815.01.T01:CDS 30.0%
ATGATATGAGATCAATGTGA+TGG + Chr6:112706961-112706980 None:intergenic 30.0%
CAAATATTTCGAACCCTTAT+GGG - Chr6:112706653-112706672 MsG0680035815.01.T01:CDS 30.0%
GAAATGTTAAAGAAGTAGCT+TGG - Chr6:112707123-112707142 MsG0680035815.01.T01:CDS 30.0%
! ATACCAAACTAGGTTGAAAT+GGG + Chr6:112706830-112706849 None:intergenic 30.0%
AAAGAACGCTTAACATCATC+CGG + Chr6:112706516-112706535 None:intergenic 35.0%
ACATATGAATCAACCGAACT+TGG + Chr6:112706492-112706511 None:intergenic 35.0%
ACCTTTGTGTCTTATCTTCA+TGG - Chr6:112706537-112706556 MsG0680035815.01.T01:CDS 35.0%
AGAAACTTGGCAGTGTTAAA+TGG - Chr6:112706933-112706952 MsG0680035815.01.T01:CDS 35.0%
AGGCTATATATCTCCCATAA+GGG + Chr6:112706669-112706688 None:intergenic 35.0%
GAAACTTGGCAGTGTTAAAT+GGG - Chr6:112706934-112706953 MsG0680035815.01.T01:CDS 35.0%
GGAAATCATTCTTCCAATTG+AGG - Chr6:112707226-112707245 MsG0680035815.01.T01:CDS 35.0%
GTCAGAAGGATTATGGATAT+TGG - Chr6:112706790-112706809 MsG0680035815.01.T01:CDS 35.0%
GTGGTTACGAACATGTATTA+TGG - Chr6:112706433-112706452 MsG0680035815.01.T01:CDS 35.0%
GTGTCTTATCTTCATGGATT+TGG - Chr6:112706543-112706562 MsG0680035815.01.T01:CDS 35.0%
GTTCGAAATATTTGTTTCCC+AGG + Chr6:112706647-112706666 None:intergenic 35.0%
TAGGCTATATATCTCCCATA+AGG + Chr6:112706670-112706689 None:intergenic 35.0%
TATCCCATTTCAACCTAGTT+TGG - Chr6:112706824-112706843 MsG0680035815.01.T01:CDS 35.0%
TCATCTAAATCTGAGGGAAT+AGG + Chr6:112706888-112706907 None:intergenic 35.0%
TCCATGAAGATAAGACACAA+AGG + Chr6:112706541-112706560 None:intergenic 35.0%
! AGGTGTTATGAAGAACACTT+CGG + Chr6:112706868-112706887 None:intergenic 35.0%
! AGGTTGTATTTCTGAGTAGA+TGG + Chr6:112706462-112706481 None:intergenic 35.0%
! GATACCAAACTAGGTTGAAA+TGG + Chr6:112706831-112706850 None:intergenic 35.0%
! GGTTGTATTTCTGAGTAGAT+GGG + Chr6:112706461-112706480 None:intergenic 35.0%
AAGAACGCTTAACATCATCC+GGG + Chr6:112706515-112706534 None:intergenic 40.0%
ATAGCCTAAGAAGTAACTCG+TGG - Chr6:112706682-112706701 MsG0680035815.01.T01:CDS 40.0%
ATCTTGCTCCATCAATGTTG+TGG - Chr6:112706414-112706433 MsG0680035815.01.T01:CDS 40.0%
CCTTCTTTCGACTATAGTGA+GGG - Chr6:112706729-112706748 MsG0680035815.01.T01:CDS 40.0%
GTTCGTAACCACAACATTGA+TGG + Chr6:112706425-112706444 None:intergenic 40.0%
TATGAATCAACCGAACTTGG+AGG + Chr6:112706489-112706508 None:intergenic 40.0%
TCACTATAGTCGAAAGAAGG+CGG + Chr6:112706729-112706748 None:intergenic 40.0%
TGCACCAATCTCTTCACTAT+TGG - Chr6:112707038-112707057 MsG0680035815.01.T01:CDS 40.0%
TGGTCCAATAGTGAAGAGAT+TGG + Chr6:112707045-112707064 None:intergenic 40.0%
TGGTTGTGTCAGAAGGATTA+TGG - Chr6:112706783-112706802 MsG0680035815.01.T01:CDS 40.0%
TTTGAGTACCCAGATGATTG+AGG - Chr6:112707151-112707170 MsG0680035815.01.T01:CDS 40.0%
! TTCGGTTGATTCATATGTCC+CGG - Chr6:112706494-112706513 MsG0680035815.01.T01:CDS 40.0%
AACCAAGCTCCTCAATCATC+TGG + Chr6:112707163-112707182 None:intergenic 45.0%
AATCAACCGAACTTGGAGGA+AGG + Chr6:112706485-112706504 None:intergenic 45.0%
ACCAAGCTCCTCAATCATCT+GGG + Chr6:112707162-112707181 None:intergenic 45.0%
CCAATAGGATGCTCAACACA+AGG + Chr6:112707071-112707090 None:intergenic 45.0%
CCCTCACTATAGTCGAAAGA+AGG + Chr6:112706732-112706751 None:intergenic 45.0%
CCTATTGGAGTGGGTACTAA+GGG - Chr6:112707083-112707102 MsG0680035815.01.T01:CDS 45.0%
CCTTGTGTTGAGCATCCTAT+TGG - Chr6:112707068-112707087 MsG0680035815.01.T01:CDS 45.0%
CTATTGGAGTGGGTACTAAG+GGG - Chr6:112707084-112707103 MsG0680035815.01.T01:CDS 45.0%
GCCTTCTTTCGACTATAGTG+AGG - Chr6:112706728-112706747 MsG0680035815.01.T01:CDS 45.0%
GTTGAGCATCCTATTGGAGT+GGG - Chr6:112707074-112707093 MsG0680035815.01.T01:CDS 45.0%
TATGGGTGAGATTGGTGTGA+AGG - Chr6:112707010-112707029 MsG0680035815.01.T01:CDS 45.0%
TATTGGAGTGGGTACTAAGG+GGG - Chr6:112707085-112707104 MsG0680035815.01.T01:CDS 45.0%
TCATGGATGGAGTGTGTCAT+TGG - Chr6:112706763-112706782 MsG0680035815.01.T01:CDS 45.0%
TCCTATTGGAGTGGGTACTA+AGG - Chr6:112707082-112707101 MsG0680035815.01.T01:CDS 45.0%
TCCTCCACGAGTTACTTCTT+AGG + Chr6:112706689-112706708 None:intergenic 45.0%
TGTTGAGCATCCTATTGGAG+TGG - Chr6:112707073-112707092 MsG0680035815.01.T01:CDS 45.0%
! CACAGAGTTTTCCTCGTTGT+AGG - Chr6:112707189-112707208 MsG0680035815.01.T01:CDS 45.0%
! GTGTCATTGGTTGTGTCAGA+AGG - Chr6:112706776-112706795 MsG0680035815.01.T01:CDS 45.0%
!! CAGTGCTGACTGTTAAGATC+TGG + Chr6:112706618-112706637 None:intergenic 45.0%
ACCCAGATGATTGAGGAGCT+TGG - Chr6:112707158-112707177 MsG0680035815.01.T01:CDS 50.0%
CAACCTCCTTCCTCCAAGTT+CGG - Chr6:112706476-112706495 MsG0680035815.01.T01:CDS 50.0%
CCCTTAGTACCCACTCCAAT+AGG + Chr6:112707086-112707105 None:intergenic 50.0%
GCCTAAGAAGTAACTCGTGG+AGG - Chr6:112706685-112706704 MsG0680035815.01.T01:CDS 50.0%
GGAGCTCATGTCTTCATGGA+TGG - Chr6:112706750-112706769 MsG0680035815.01.T01:CDS 50.0%
GGATGCTCAACACAAGGCAA+TGG + Chr6:112707065-112707084 None:intergenic 50.0%
TGAGGGAGCTCATGTCTTCA+TGG - Chr6:112706746-112706765 MsG0680035815.01.T01:CDS 50.0%
AGTCAGCACTGCAGATGCCT+GGG - Chr6:112706627-112706646 MsG0680035815.01.T01:CDS 55.0%
CAACCGAACTTGGAGGAAGG+AGG + Chr6:112706482-112706501 None:intergenic 55.0%
CAGTCAGCACTGCAGATGCC+TGG - Chr6:112706626-112706645 MsG0680035815.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 112706333 112707253 112706333 ID=MsG0680035815.01;Name=MsG0680035815.01
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Chr6 CDS 112706333 112706967 112706333 ID=MsG0680035815.01.T01:cds;Parent=MsG0680035815.01.T01
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Chr6 CDS 112706333 112706744 112706333 ID=MsG0680035815.01.T02:cds;Parent=MsG0680035815.01.T02
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Gene Sequence

>MsG0680035815.01.T02

ATGCCGCCTTCTTTCGACTATAGTGAGGGAGCTCATGTCTTCATGGATGGAGTGTGTCATTGGTTGTGTCAGAAGGATTATGGATATTGTTTGGTATCGTTTTACTTGAGCACCGAAGTGTTCTTCATAACACCTATTCCCTCAGATTTAGATGATTGTTTTGATGTTAAAACAAATTGGAGAAACTTGGCAGTGTTAAATGGGTCCATCACATTGATCTCATATCATGAAAAAACGACTATTTTTCACATATCAATTATGGGTGAGATTGGTGTGAAGGAATCATGCACCAATCTCTTCACTATTGGACCATTGCCTTGTGTTGAGCATCCTATTGGAGTGGGTACTAAGGGGGAAATATTCTTCATAAGAAATGTTAAAGAAGTAGCTTGGTTTGATTTGAGTACCCAGATGATTGAGGAGCTTGGTTATGAAGCACAGAGTTTTCCTCGTTGTAGGATAATAAATTACAAGGAAATCATTCTTCCAATTGAGGAATAG

>MsG0680035815.01.T01

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>MsG0680035815.01.T04

ATGGGTGAGATTGGTGTGAAGGAATCATGCACCAATCTCTTCACTATTGGACCATTGCCTTGTGTTGAGCATCCTATTGGAGTGGGTACTAAGGGGGAAATATTCTTCATAAGAAATGTTAAAGAAGTAGCTTGGTTTGATTTGAGTACCCAGATGATTGAGGAGCTTGGTTATGAAGCACAGAGTTTTCCTCGTTGTAGGATAATAAATTACAAGGAAATCATTCTTCCAATTGAGGAATAG

>MsG0680035815.01.T03

ATGCCGCCTTCTTTCGACTATAGTGAGGGAGCTCATGTCTTCATGGATGGAGTGTGTCATTGGTTGTGTCAGAAGCCTAGTTTGGTATCGTTTTACTTGAGCACCGAAGTGTTCTTCATAACACCTATTCCCTCAGATTTAGATGATTGTTTTGATGTTAAAACAAATTGGAGAAACTTGGCAGTGTTAAATGGGTCCATCACATTGATCTCATATCATGAAAAAACGACTATTTTTCACATATCAATTATGGGTGAGATTGGTGTGAAGGAATCATGCACCAATCTCTTCACTATTGGACCATTGCCTTGTGTTGAGCATCCTATTGGAGTGGGTACTAAGGGGGAAATATTCTTCATAAGAAATGTTAAAGAAGTAGCTTGGTTTGATTTGAGTACCCAGATGATTGAGGAGCTTGGTTATGAAGCACAGAGTTTTCCTCGTTGTAGGATAATAAATTACAAGGAAATCATTCTTCCAATTGAGGAATAG
Protein sequence

>MsG0680035815.01.T02

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>MsG0680035815.01.T01

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>MsG0680035815.01.T04

MGEIGVKESCTNLFTIGPLPCVEHPIGVGTKGEIFFIRNVKEVAWFDLSTQMIEELGYEAQSFPRCRIINYKEIILPIEE*

>MsG0680035815.01.T03

MPPSFDYSEGAHVFMDGVCHWLCQKPSLVSFYLSTEVFFITPIPSDLDDCFDVKTNWRNLAVLNGSITLISYHEKTTIFHISIMGEIGVKESCTNLFTIGPLPCVEHPIGVGTKGEIFFIRNVKEVAWFDLSTQMIEELGYEAQSFPRCRIINYKEIILPIEE*