AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035827.01

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MsG0680035827.01.T11 MTR_2g065840 43.293 164 78 5 10 167 231 385 4.50e-32 118
MsG0680035827.01.T11 MTR_5g074850 48.611 144 64 5 12 152 269 405 7.59e-32 120
MsG0680035827.01.T11 MTR_8g033000 43.529 170 71 4 9 165 200 357 7.83e-32 117
MsG0680035827.01.T11 MTR_5g091140 47.619 147 70 4 9 150 252 396 1.74e-31 117
MsG0680035827.01.T11 MTR_7g017120 44.805 154 83 2 16 168 111 263 2.47e-31 114
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MsG0680035827.01.T11 MTR_8g046200 39.241 158 86 3 11 167 270 418 4.33e-29 110
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MsG0680035827.01.T11 MTR_5g086780 52.475 101 48 0 47 147 128 228 3.71e-27 102
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MsG0680035827.01.T11 MTR_4g016000 42.063 126 52 2 3 124 85 193 4.54e-27 101
MsG0680035827.01.T11 MTR_8g046220 38.125 160 84 4 11 167 255 402 6.27e-27 105
MsG0680035827.01.T11 MTR_8g033090 45.455 143 68 3 35 168 268 409 9.51e-27 104
MsG0680035827.01.T11 MTR_8g018110 40.000 160 79 3 9 168 252 394 4.50e-26 102
MsG0680035827.01.T11 MTR_5g097540 47.967 123 54 3 9 129 119 233 2.75e-25 99.0
MsG0680035827.01.T11 MTR_8g039500 40.580 138 71 4 7 139 214 345 5.92e-23 93.6
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MsG0680035827.01.T11 MTR_8g013000 51.695 118 47 4 16 129 242 353 9.79e-23 93.6
MsG0680035827.01.T11 MTR_8g033110 36.994 173 91 5 6 168 248 412 1.87e-22 92.8
MsG0680035827.01.T11 MTR_1g053510 37.500 160 87 3 9 166 253 401 2.85e-22 92.4
MsG0680035827.01.T11 MTR_1g007430 52.632 95 45 0 35 129 230 324 2.90e-21 88.6
MsG0680035827.01.T11 MTR_1g050312 47.500 120 51 5 35 147 157 271 3.61e-21 87.8
MsG0680035827.01.T11 MTR_5g098950 47.009 117 32 3 13 129 188 274 1.59e-20 85.9
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MsG0680035827.01.T11 MTR_3g097190 44.928 69 34 1 91 159 28 92 2.01e-13 65.1
MsG0680035827.01.T11 MTR_1g050305 46.914 81 38 3 72 147 21 101 3.30e-13 63.9
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0680035827.01.T05 AT3G06240 23.774 265 162 13 1 258 167 398 8.82e-12 65.5
MsG0680035827.01.T03 AT3G06240 23.636 275 166 13 13 280 161 398 2.18e-11 64.7
MsG0680035827.01.T02 AT3G06240 23.774 265 164 13 27 280 161 398 2.22e-11 64.3

Find 70 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 87 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AATTATCATATTCAATTTGA+TGG 0.246335 6:-112905032 None:intergenic
CTGGAAGGAGCTTGATTGTT+TGG 0.254479 6:-112905086 None:intergenic
TACTACCACAAATACGAAAA+TGG 0.278076 6:-112904990 None:intergenic
CAAATTGAATATGATAATTA+TGG 0.283750 6:+112905036 MsG0680035827.01.T01:CDS
TTTGTTACATCTCGTCTTCA+TGG 0.305544 6:+112905165 MsG0680035827.01.T01:CDS
AGCTTGATTGTTTGGGTAGT+TGG 0.311291 6:-112905078 None:intergenic
ACATCTCGTCTTCATGGATT+TGG 0.316865 6:+112905171 MsG0680035827.01.T01:CDS
CGTATTTGTGGTAGTATTGA+TGG 0.323053 6:+112904997 MsG0680035827.01.T01:CDS
ATAAACTTGGTGGTGTTAAA+TGG 0.330868 6:+112905576 MsG0680035827.01.T01:CDS
TCAGTACAGTTCTCAGAAAA+AGG 0.334315 6:-112905387 None:intergenic
CCCTTTGTTCCCACTCTGAT+AGG 0.335853 6:-112905726 None:intergenic
ATCATCAACGTCCGAGGGTA+TGG 0.353864 6:-112905529 None:intergenic
TAACCCCATTGGACCATGTT+TGG 0.370370 6:+112905467 MsG0680035827.01.T01:CDS
ATAGTTTCTTCAAAGTCATC+AGG 0.378949 6:-112905273 None:intergenic
GCTTGATTGTTTGGGTAGTT+GGG 0.397771 6:-112905077 None:intergenic
ACATGGATGGTGTGTGTCAT+TGG 0.405799 6:+112905424 MsG0680035827.01.T01:CDS
TGGAAGGAGCTTGATTGTTT+GGG 0.407490 6:-112905085 None:intergenic
ATCATGGATCAAACTCTTCA+TGG 0.413723 6:+112905677 MsG0680035827.01.T01:CDS
GATACCAAACATGGTCCAAT+GGG 0.422744 6:-112905471 None:intergenic
GAAACTATAAATCACCGGTT+TGG 0.436135 6:+112905288 MsG0680035827.01.T01:CDS
AAAACTACTTATTCCTCAAT+GGG 0.457989 6:-112905879 None:intergenic
CCTATCAGAGTGGGAACAAA+GGG 0.478419 6:+112905726 MsG0680035827.01.T01:CDS
AACTCGGTTTCAAAGAATCA+TGG 0.482989 6:+112905661 MsG0680035827.01.T01:CDS
GTATTTGTGGTAGTATTGAT+GGG 0.491725 6:+112904998 MsG0680035827.01.T01:CDS
TTTGAGTAAGCAAATGATTG+AGG 0.492954 6:+112905794 MsG0680035827.01.T01:CDS
ATGATATGAAATCAATGCTA+TGG 0.501479 6:-112905601 None:intergenic
TAAACTTGGTGGTGTTAAAT+GGG 0.508589 6:+112905577 MsG0680035827.01.T01:CDS
GGAAAACATTCTTCCCATTG+AGG 0.514056 6:+112905866 MsG0680035827.01.T01:CDS
TTGTAGAATAATAAATTACA+AGG 0.518948 6:+112905845 MsG0680035827.01.T01:CDS
TAAATGACTATAATGTCATT+CGG 0.523197 6:+112905208 MsG0680035827.01.T01:CDS
ACACACCATCCATGTAGACT+TGG 0.524740 6:-112905416 None:intergenic
GAAAACTCATCCTCACTGGC+TGG 0.529832 6:-112905105 None:intergenic
TTGAATATGATAATTATGGC+AGG 0.532157 6:+112905040 MsG0680035827.01.T01:CDS
CTAAAACAATATCTCCAAAC+CGG 0.532474 6:-112905302 None:intergenic
TGAAGGCACCCAAGTCTACA+TGG 0.532959 6:+112905407 MsG0680035827.01.T01:CDS
TCATCAACGTCCGAGGGTAT+GGG 0.534366 6:-112905528 None:intergenic
TTGAAGAAACTATAAATCAC+CGG 0.536429 6:+112905283 MsG0680035827.01.T01:CDS
CATTATAGTCATTTATAACA+TGG 0.538144 6:-112905200 None:intergenic
AAGCAAATGATTGAGGAGCT+TGG 0.542661 6:+112905801 MsG0680035827.01.T01:CDS
TGGATCAAACTCTTCATGGT+TGG 0.542872 6:+112905681 MsG0680035827.01.T01:CDS
AAGAATACAAAGCTCTTTGG+TGG 0.542994 6:-112904917 None:intergenic
TTCGCCACAAATTACTCCTT+AGG 0.545277 6:-112905347 None:intergenic
TGATACCAAACATGGTCCAA+TGG 0.547277 6:-112905472 None:intergenic
CGAGGGTATGGGTGTTGTGA+AGG 0.551165 6:-112905517 None:intergenic
ATAGCCTAAGGAGTAATTTG+TGG 0.554286 6:+112905343 MsG0680035827.01.T01:CDS
ACTCATCCTCACTGGCTGGA+AGG 0.559744 6:-112905101 None:intergenic
TATGGGAGATATATAGCCTA+AGG 0.565591 6:+112905331 MsG0680035827.01.T01:CDS
GATAGAAAACTCATCCTCAC+TGG 0.566266 6:-112905109 None:intergenic
AAACATGAAGATAACCCCAT+TGG 0.569915 6:+112905456 MsG0680035827.01.T01:CDS
TCCTATCAGAGTGGGAACAA+AGG 0.572461 6:+112905725 MsG0680035827.01.T01:CDS
GGTGTTCAATAACAAAGAGT+AGG 0.579164 6:-112904896 None:intergenic
GGACGCTCAACGCAAGGCAA+AGG 0.583083 6:-112905705 None:intergenic
CTTCACAACACCCATACCCT+CGG 0.593514 6:+112905518 MsG0680035827.01.T01:CDS
CTGATAGGACGCTCAACGCA+AGG 0.598438 6:-112905711 None:intergenic
AAAACAATCATCAACGTCCG+AGG 0.599660 6:-112905535 None:intergenic
AGGCTATATATCTCCCATAG+AGG 0.613908 6:-112905327 None:intergenic
GGCACCCAAGTCTACATGGA+TGG 0.616293 6:+112905411 MsG0680035827.01.T01:CDS
TAGTTTCTTCAAAGTCATCA+GGG 0.616325 6:-112905272 None:intergenic
TGATTTCATATCATGAAGAG+AGG 0.618122 6:+112905610 MsG0680035827.01.T01:CDS
CACACCATCCATGTAGACTT+GGG 0.623796 6:-112905415 None:intergenic
TGGAGCAGAGTGGATAAACT+TGG 0.634004 6:+112905563 MsG0680035827.01.T01:CDS
GTTGAGCGTCCTATCAGAGT+GGG 0.651096 6:+112905717 MsG0680035827.01.T01:CDS
CGTTGAGCGTCCTATCAGAG+TGG 0.652342 6:+112905716 MsG0680035827.01.T01:CDS
CAAGCTCCTTCCAGCCAGTG+AGG 0.652381 6:+112905095 MsG0680035827.01.T01:CDS
AAGTAAAATGATACCAAACA+TGG 0.663221 6:-112905480 None:intergenic
AAACAATCATCAACGTCCGA+GGG 0.664566 6:-112905534 None:intergenic
TATCAGAGTGGGAACAAAGG+GGG 0.685847 6:+112905728 MsG0680035827.01.T01:CDS
AGCAGAGTGGATAAACTTGG+TGG 0.694682 6:+112905566 MsG0680035827.01.T01:CDS
CTATCAGAGTGGGAACAAAG+GGG 0.734216 6:+112905727 MsG0680035827.01.T01:CDS
ATACCAAACATGGTCCAATG+GGG 0.744613 6:-112905470 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AATTATCATATTCAATTTGA+TGG - Chr6:112905035-112905054 None:intergenic 15.0%
!! CAAATTGAATATGATAATTA+TGG + Chr6:112905036-112905055 MsG0680035827.01.T01:CDS 15.0%
!! TTGTAGAATAATAAATTACA+AGG + Chr6:112905845-112905864 MsG0680035827.01.T01:CDS 15.0%
!! AAAAAGATAAAGAAATAGCT+TGG + Chr6:112905766-112905785 MsG0680035827.01.T01:CDS 20.0%
!! CATTATAGTCATTTATAACA+TGG - Chr6:112905203-112905222 None:intergenic 20.0%
!! TAAATGACTATAATGTCATT+CGG + Chr6:112905208-112905227 MsG0680035827.01.T01:CDS 20.0%
!!! ACTTTTCATGTATCAATTTT+GGG + Chr6:112905636-112905655 MsG0680035827.01.T01:CDS 20.0%
!!! TACTTTTCATGTATCAATTT+TGG + Chr6:112905635-112905654 MsG0680035827.01.T01:CDS 20.0%
! AAAAAGAATACAAAGCTCTT+TGG - Chr6:112904923-112904942 None:intergenic 25.0%
! AAGTAAAATGATACCAAACA+TGG - Chr6:112905483-112905502 None:intergenic 25.0%
! ATGATATGAAATCAATGCTA+TGG - Chr6:112905604-112905623 None:intergenic 25.0%
! TTGAAGAAACTATAAATCAC+CGG + Chr6:112905283-112905302 MsG0680035827.01.T01:CDS 25.0%
! TTGAATATGATAATTATGGC+AGG + Chr6:112905040-112905059 MsG0680035827.01.T01:CDS 25.0%
!! AATAGAACCAAAACCATTTT+TGG + Chr6:112905245-112905264 MsG0680035827.01.T01:intron 25.0%
!! TATAACCATTTTCGTATTTG+TGG + Chr6:112904985-112905004 MsG0680035827.01.T01:CDS 25.0%
ATAGTTTCTTCAAAGTCATC+AGG - Chr6:112905276-112905295 None:intergenic 30.0%
CTAAAACAATATCTCCAAAC+CGG - Chr6:112905305-112905324 None:intergenic 30.0%
TACTACCACAAATACGAAAA+TGG - Chr6:112904993-112905012 None:intergenic 30.0%
TAGTTTCTTCAAAGTCATCA+GGG - Chr6:112905275-112905294 None:intergenic 30.0%
TGATTTCATATCATGAAGAG+AGG + Chr6:112905610-112905629 MsG0680035827.01.T01:CDS 30.0%
TTTGAGTAAGCAAATGATTG+AGG + Chr6:112905794-112905813 MsG0680035827.01.T01:CDS 30.0%
! ATCATTTTACTTGAGCAATG+AGG + Chr6:112905491-112905510 MsG0680035827.01.T01:CDS 30.0%
!! AGAGCTTTGTATTCTTTTTC+TGG + Chr6:112904924-112904943 MsG0680035827.01.T02:CDS 30.0%
!! ATAAACTTGGTGGTGTTAAA+TGG + Chr6:112905576-112905595 MsG0680035827.01.T01:CDS 30.0%
!! GGTTTGGAGATATTGTTTTA+GGG + Chr6:112905304-112905323 MsG0680035827.01.T01:CDS 30.0%
!! GTATTTGTGGTAGTATTGAT+GGG + Chr6:112904998-112905017 MsG0680035827.01.T01:CDS 30.0%
!! TAAACTTGGTGGTGTTAAAT+GGG + Chr6:112905577-112905596 MsG0680035827.01.T01:CDS 30.0%
!!! GTTGATGATTGTTTTGATGT+TGG + Chr6:112905543-112905562 MsG0680035827.01.T01:CDS 30.0%
AAACATGAAGATAACCCCAT+TGG + Chr6:112905456-112905475 MsG0680035827.01.T01:CDS 35.0%
AACTCGGTTTCAAAGAATCA+TGG + Chr6:112905661-112905680 MsG0680035827.01.T01:CDS 35.0%
AAGAATACAAAGCTCTTTGG+TGG - Chr6:112904920-112904939 None:intergenic 35.0%
ATAGCCTAAGGAGTAATTTG+TGG + Chr6:112905343-112905362 MsG0680035827.01.T01:CDS 35.0%
ATCATGGATCAAACTCTTCA+TGG + Chr6:112905677-112905696 MsG0680035827.01.T01:CDS 35.0%
GGTGTTCAATAACAAAGAGT+AGG - Chr6:112904899-112904918 None:intergenic 35.0%
TATGGGAGATATATAGCCTA+AGG + Chr6:112905331-112905350 MsG0680035827.01.T01:CDS 35.0%
TCAGTACAGTTCTCAGAAAA+AGG - Chr6:112905390-112905409 None:intergenic 35.0%
TTTGTTACATCTCGTCTTCA+TGG + Chr6:112905165-112905184 MsG0680035827.01.T01:CDS 35.0%
! CGTATTTGTGGTAGTATTGA+TGG + Chr6:112904997-112905016 MsG0680035827.01.T01:CDS 35.0%
! GAAACTATAAATCACCGGTT+TGG + Chr6:112905288-112905307 MsG0680035827.01.T01:CDS 35.0%
!! CGGTTTGGAGATATTGTTTT+AGG + Chr6:112905303-112905322 MsG0680035827.01.T01:CDS 35.0%
!! GTATCAATTTTGGGTCAACT+CGG + Chr6:112905645-112905664 MsG0680035827.01.T01:CDS 35.0%
!! TTTTCTGAGAACTGTACTGA+AGG + Chr6:112905390-112905409 MsG0680035827.01.T01:CDS 35.0%
!!! ATATTGTTTTAGGGCCTCTA+TGG + Chr6:112905313-112905332 MsG0680035827.01.T01:CDS 35.0%
!!! TATTGTTTTAGGGCCTCTAT+GGG + Chr6:112905314-112905333 MsG0680035827.01.T01:CDS 35.0%
AAAACAATCATCAACGTCCG+AGG - Chr6:112905538-112905557 None:intergenic 40.0%
AAACAATCATCAACGTCCGA+GGG - Chr6:112905537-112905556 None:intergenic 40.0%
AAGCAAATGATTGAGGAGCT+TGG + Chr6:112905801-112905820 MsG0680035827.01.T01:CDS 40.0%
ACATCTCGTCTTCATGGATT+TGG + Chr6:112905171-112905190 MsG0680035827.01.T01:CDS 40.0%
AGCTTGATTGTTTGGGTAGT+TGG - Chr6:112905081-112905100 None:intergenic 40.0%
AGGCTATATATCTCCCATAG+AGG - Chr6:112905330-112905349 None:intergenic 40.0%
ATACCAAACATGGTCCAATG+GGG - Chr6:112905473-112905492 None:intergenic 40.0%
GATACCAAACATGGTCCAAT+GGG - Chr6:112905474-112905493 None:intergenic 40.0%
GATAGAAAACTCATCCTCAC+TGG - Chr6:112905112-112905131 None:intergenic 40.0%
GCTTGATTGTTTGGGTAGTT+GGG - Chr6:112905080-112905099 None:intergenic 40.0%
GGAAAACATTCTTCCCATTG+AGG + Chr6:112905866-112905885 MsG0680035827.01.T01:CDS 40.0%
TCATCAGGGTAGTCCAAAAA+TGG - Chr6:112905261-112905280 None:intergenic 40.0%
TGATACCAAACATGGTCCAA+TGG - Chr6:112905475-112905494 None:intergenic 40.0%
TGGAAGGAGCTTGATTGTTT+GGG - Chr6:112905088-112905107 None:intergenic 40.0%
TGGATCAAACTCTTCATGGT+TGG + Chr6:112905681-112905700 MsG0680035827.01.T01:CDS 40.0%
TTCGCCACAAATTACTCCTT+AGG - Chr6:112905350-112905369 None:intergenic 40.0%
! GGGTAGTCCAAAAATGGTTT+TGG - Chr6:112905255-112905274 None:intergenic 40.0%
ACACACCATCCATGTAGACT+TGG - Chr6:112905419-112905438 None:intergenic 45.0%
ACATGGATGGTGTGTGTCAT+TGG + Chr6:112905424-112905443 MsG0680035827.01.T01:CDS 45.0%
AGCAGAGTGGATAAACTTGG+TGG + Chr6:112905566-112905585 MsG0680035827.01.T01:CDS 45.0%
CACACCATCCATGTAGACTT+GGG - Chr6:112905418-112905437 None:intergenic 45.0%
CCTATCAGAGTGGGAACAAA+GGG + Chr6:112905726-112905745 MsG0680035827.01.T01:CDS 45.0%
CTATCAGAGTGGGAACAAAG+GGG + Chr6:112905727-112905746 MsG0680035827.01.T01:CDS 45.0%
CTGGAAGGAGCTTGATTGTT+TGG - Chr6:112905089-112905108 None:intergenic 45.0%
TAACCCCATTGGACCATGTT+TGG + Chr6:112905467-112905486 MsG0680035827.01.T01:CDS 45.0%
TATCAGAGTGGGAACAAAGG+GGG + Chr6:112905728-112905747 MsG0680035827.01.T01:CDS 45.0%
TCCTATCAGAGTGGGAACAA+AGG + Chr6:112905725-112905744 MsG0680035827.01.T01:CDS 45.0%
TGGAGCAGAGTGGATAAACT+TGG + Chr6:112905563-112905582 MsG0680035827.01.T01:CDS 45.0%
!! GTTTTGATGTTGGAGCAGAG+TGG + Chr6:112905553-112905572 MsG0680035827.01.T01:CDS 45.0%
ATCATCAACGTCCGAGGGTA+TGG - Chr6:112905532-112905551 None:intergenic 50.0%
CCCTTTGTTCCCACTCTGAT+AGG - Chr6:112905729-112905748 None:intergenic 50.0%
CTTCACAACACCCATACCCT+CGG + Chr6:112905518-112905537 MsG0680035827.01.T01:CDS 50.0%
GAAAACTCATCCTCACTGGC+TGG - Chr6:112905108-112905127 None:intergenic 50.0%
GTTGAGCGTCCTATCAGAGT+GGG + Chr6:112905717-112905736 MsG0680035827.01.T01:CDS 50.0%
! TCATCAACGTCCGAGGGTAT+GGG - Chr6:112905531-112905550 None:intergenic 50.0%
!! TGAAGGCACCCAAGTCTACA+TGG + Chr6:112905407-112905426 MsG0680035827.01.T01:CDS 50.0%
CGTTGAGCGTCCTATCAGAG+TGG + Chr6:112905716-112905735 MsG0680035827.01.T01:CDS 55.0%
CTGATAGGACGCTCAACGCA+AGG - Chr6:112905714-112905733 None:intergenic 55.0%
GGCACCCAAGTCTACATGGA+TGG + Chr6:112905411-112905430 MsG0680035827.01.T01:CDS 55.0%
! ACTCATCCTCACTGGCTGGA+AGG - Chr6:112905104-112905123 None:intergenic 55.0%
! CGAGGGTATGGGTGTTGTGA+AGG - Chr6:112905520-112905539 None:intergenic 55.0%
CAAGCTCCTTCCAGCCAGTG+AGG + Chr6:112905095-112905114 MsG0680035827.01.T01:CDS 60.0%
GGACGCTCAACGCAAGGCAA+AGG - Chr6:112905708-112905727 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 112904886 112905893 112904886 ID=MsG0680035827.01;Name=MsG0680035827.01
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Chr6 mRNA 112905384 112905893 112905384 ID=MsG0680035827.01.T07;Parent=MsG0680035827.01;Name=MsG0680035827.01.T07;_AED=0.32;_eAED=0.32;_QI=0|0|0|1|0|0|2|0|152
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