AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035300.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 71 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 81 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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CTTCCCATTGGAGGAATAAA+TGG 0.213852 6:-101730713 MsG0680035300.01.T01:CDS
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TTTGAGAACAAAGTCAAGTT+AGG 0.352146 6:-101731595 MsG0680035300.01.T01:CDS
TGAAGATCATCTAATGGATA+TGG 0.352748 6:+101731646 None:intergenic
GGACTAAACTCTTCATTCTT+GGG 0.353699 6:-101730907 MsG0680035300.01.T01:CDS
CCTATTGGTGTGGGAAATAA+TGG 0.362129 6:-101730863 MsG0680035300.01.T01:CDS
ATTTGAGATGAGACACTTGA+TGG 0.363689 6:-101731023 MsG0680035300.01.T01:CDS
CCATTATTTCCCACACCAAT+AGG 0.367174 6:+101730863 None:intergenic
ACCTTAAATTCGTCAATAGT+TGG 0.373639 6:+101731463 None:intergenic
ATAGCCTAAGAAGTAATTCT+TGG 0.375771 6:-101731249 MsG0680035300.01.T01:CDS
TTATCATGAAGAACGTCATT+TGG 0.382296 6:-101731122 MsG0680035300.01.T01:CDS
AACACTTGAAGATCATCTAA+TGG 0.409897 6:+101731640 None:intergenic
AGGCTATATGCGTTGTTGTC+AGG 0.411390 6:-101730759 MsG0680035300.01.T01:CDS
GTTGTACAGATGTTGTATTA+TGG 0.412437 6:-101731489 MsG0680035300.01.T01:CDS
CCGTGCTACAAATGACTATA+AGG 0.422547 6:-101731359 MsG0680035300.01.T01:CDS
GAGATGATGACGAACTGGTT+TGG 0.427092 6:-101730823 MsG0680035300.01.T01:CDS
GATCTCATATTATGACAAAT+CGG 0.446199 6:-101730978 MsG0680035300.01.T01:CDS
CAGAAGAGATGATGACGAAC+TGG 0.451171 6:-101730828 MsG0680035300.01.T01:CDS
TTTGGGTGAACTTGGTGTAA+AGG 0.452252 6:-101730936 MsG0680035300.01.T01:CDS
TTATTCCTCCAATGGGAAGA+TGG 0.453988 6:+101730717 None:intergenic
GGATGATCAACGCCAGGAAA+AGG 0.457144 6:+101730884 None:intergenic
CAACCATTTATTCCTCCAAT+GGG 0.468436 6:+101730710 None:intergenic
AACTTGGTGTAAAGGAGTCT+TGG 0.469001 6:-101730928 MsG0680035300.01.T01:CDS
ACCTTGGGCTCTAACTCAGC+AGG 0.475042 6:+101731427 None:intergenic
ATATTGGGTTCCGTTATTAA+CGG 0.480710 6:-101731532 MsG0680035300.01.T01:CDS
TCAACCATTTATTCCTCCAA+TGG 0.487741 6:+101730709 None:intergenic
AGCAAACTCATAACGTACCT+TGG 0.489901 6:+101731411 None:intergenic
ACTTGAATGGAGTGTGTCAT+TGG 0.506463 6:-101731168 MsG0680035300.01.T01:CDS
GATATGGCAGAGTCTGTTGT+AGG 0.510237 6:+101731662 None:intergenic
GCAAACTCATAACGTACCTT+GGG 0.511326 6:+101731412 None:intergenic
TGTGCTATGTATGCTTATGC+AGG 0.513777 6:-101731202 MsG0680035300.01.T01:CDS
GGTGTCTATGTGTACTTGAA+TGG 0.516915 6:-101731181 MsG0680035300.01.T01:CDS
GCCTAAGAAGTAATTCTTGG+AGG 0.523826 6:-101731246 MsG0680035300.01.T01:CDS
ACAATTATCAATAAAAGTTG+AGG 0.524428 6:+101731054 None:intergenic
TTACGCTCTTTAAAAGGAGG+TGG 0.527362 6:+101731568 None:intergenic
ACAAACAATTCCGTTAATAA+CGG 0.528249 6:+101731522 None:intergenic
AAGGAAAGCCATCTTCCCAT+TGG 0.528252 6:-101730725 MsG0680035300.01.T01:CDS
ATGGAGGAGCTTGGTATCAA+AGG 0.530729 6:-101730779 MsG0680035300.01.T01:CDS
TTGTCAGGTAGTCATTTACA+AGG 0.545536 6:-101730744 MsG0680035300.01.T01:CDS
CAATTATCAATAAAAGTTGA+GGG 0.549740 6:+101731055 None:intergenic
TGTATTTGCTTTCTGGTGAG+AGG 0.553262 6:-101731618 MsG0680035300.01.T01:CDS
ACTCAGAAGATGGAGGAGCT+TGG 0.556213 6:-101730788 MsG0680035300.01.T01:CDS
CCCTGCTGAGTTAGAGCCCA+AGG 0.557534 6:-101731428 MsG0680035300.01.T01:CDS
TAACTTGAGAACTCAGAAGA+TGG 0.557931 6:-101730798 MsG0680035300.01.T01:CDS
GGTGTCATTTGACTTAAGCA+AGG 0.581015 6:-101731101 MsG0680035300.01.T01:CDS
CGTTGATCATCCTATTGGTG+TGG 0.582518 6:-101730873 MsG0680035300.01.T01:CDS
ATACAACATCTGTACAACTA+CGG 0.583718 6:+101731494 None:intergenic
GAAAGCCATCTTCCCATTGG+AGG 0.587800 6:-101730722 MsG0680035300.01.T01:CDS
GCGTGTCACGTGAGGACGTG+TGG 0.592332 6:-101731279 MsG0680035300.01.T01:CDS
CCAATAGGATGATCAACGCC+AGG 0.592602 6:+101730878 None:intergenic
CCTTATAGTCATTTGTAGCA+CGG 0.600374 6:+101731359 None:intergenic
ATGGCAGAGTCTGTTGTAGG+AGG 0.603888 6:+101731665 None:intergenic
TTATTACTGCGTGTCACGTG+AGG 0.631971 6:-101731287 MsG0680035300.01.T01:CDS
TTTCATATCTGATGCTTACG+AGG 0.632612 6:-101731704 MsG0680035300.01.T01:CDS
GTTGATCATCCTATTGGTGT+GGG 0.651852 6:-101730872 MsG0680035300.01.T01:CDS
CCTTGGGCTCTAACTCAGCA+GGG 0.655854 6:+101731428 None:intergenic
CTTGAGAACTCAGAAGATGG+AGG 0.659533 6:-101730795 MsG0680035300.01.T01:CDS
GTACATTATGGTGACTCTGA+AGG 0.681114 6:-101731325 MsG0680035300.01.T01:CDS
GCATAAGCATACATAGCACA+AGG 0.683967 6:+101731205 None:intergenic
CGTGTCACGTGAGGACGTGT+GGG 0.684217 6:-101731278 MsG0680035300.01.T01:CDS
GTCATTTGACTTAAGCAAGG+AGG 0.684952 6:-101731098 MsG0680035300.01.T01:CDS
TCTGATGCTTACGAGGACGA+TGG 0.691804 6:-101731697 MsG0680035300.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ACAATTATCAATAAAAGTTG+AGG + Chr6:101731376-101731395 None:intergenic 20.0%
!! CAATTATCAATAAAAGTTGA+GGG + Chr6:101731375-101731394 None:intergenic 20.0%
!!! AAAAACTCTGGTTTTATATT+GGG - Chr6:101730880-101730899 MsG0680035300.01.T01:CDS 20.0%
!!! ACATTTCACATATCAATTTT+GGG - Chr6:101731474-101731493 MsG0680035300.01.T01:CDS 20.0%
!!! TAAAAACTCTGGTTTTATAT+TGG - Chr6:101730879-101730898 MsG0680035300.01.T01:CDS 20.0%
!!! TACATTTCACATATCAATTT+TGG - Chr6:101731473-101731492 MsG0680035300.01.T01:CDS 20.0%
! ACAAACAATTCCGTTAATAA+CGG + Chr6:101730908-101730927 None:intergenic 25.0%
! GATCTCATATTATGACAAAT+CGG - Chr6:101731449-101731468 MsG0680035300.01.T01:CDS 25.0%
AACACTTGAAGATCATCTAA+TGG + Chr6:101730790-101730809 None:intergenic 30.0%
ACCTTAAATTCGTCAATAGT+TGG + Chr6:101730967-101730986 None:intergenic 30.0%
ATACAACATCTGTACAACTA+CGG + Chr6:101730936-101730955 None:intergenic 30.0%
ATAGCCTAAGAAGTAATTCT+TGG - Chr6:101731178-101731197 MsG0680035300.01.T01:CDS 30.0%
ATATTGGGTTCCGTTATTAA+CGG - Chr6:101730895-101730914 MsG0680035300.01.T01:CDS 30.0%
GTTGTACAGATGTTGTATTA+TGG - Chr6:101730938-101730957 MsG0680035300.01.T01:CDS 30.0%
TCCAACTATTGACGAATTTA+AGG - Chr6:101730963-101730982 MsG0680035300.01.T01:CDS 30.0%
TTATCATGAAGAACGTCATT+TGG - Chr6:101731305-101731324 MsG0680035300.01.T01:CDS 30.0%
TTTGAGAACAAAGTCAAGTT+AGG - Chr6:101730832-101730851 MsG0680035300.01.T01:CDS 30.0%
! GAGTTTTTACGCTCTTTAAA+AGG + Chr6:101730868-101730887 None:intergenic 30.0%
! TGAAGATCATCTAATGGATA+TGG + Chr6:101730784-101730803 None:intergenic 30.0%
! TTTAAAGAGCGTAAAAACTC+TGG - Chr6:101730868-101730887 MsG0680035300.01.T01:CDS 30.0%
!! ATATCAATTTTGGGTGAACT+TGG - Chr6:101731483-101731502 MsG0680035300.01.T01:CDS 30.0%
!! TTTTTACGCTCTTTAAAAGG+AGG + Chr6:101730865-101730884 None:intergenic 30.0%
CAACCATTTATTCCTCCAAT+GGG + Chr6:101731720-101731739 None:intergenic 35.0%
CAATATACGCTTCATGGATT+TGG - Chr6:101731039-101731058 MsG0680035300.01.T01:CDS 35.0%
CCTTATAGTCATTTGTAGCA+CGG + Chr6:101731071-101731090 None:intergenic 35.0%
GGACTAAACTCTTCATTCTT+GGG - Chr6:101731520-101731539 MsG0680035300.01.T01:CDS 35.0%
GTCATTCGATGTGTACATTA+TGG - Chr6:101731090-101731109 MsG0680035300.01.T01:CDS 35.0%
TAACTTGAGAACTCAGAAGA+TGG - Chr6:101731629-101731648 MsG0680035300.01.T01:CDS 35.0%
TCAACCATTTATTCCTCCAA+TGG + Chr6:101731721-101731740 None:intergenic 35.0%
TCCTCCAAGAATTACTTCTT+AGG + Chr6:101731185-101731204 None:intergenic 35.0%
TGGACTAAACTCTTCATTCT+TGG - Chr6:101731519-101731538 MsG0680035300.01.T01:CDS 35.0%
TTCTTGGAGGAAACTTGATT+TGG - Chr6:101731194-101731213 MsG0680035300.01.T01:CDS 35.0%
TTGTCAGGTAGTCATTTACA+AGG - Chr6:101731683-101731702 MsG0680035300.01.T01:CDS 35.0%
TTTCATATCTGATGCTTACG+AGG - Chr6:101730723-101730742 MsG0680035300.01.T01:CDS 35.0%
TTTGCTCAATATACGCTTCA+TGG - Chr6:101731033-101731052 MsG0680035300.01.T01:CDS 35.0%
! ATTTGAGATGAGACACTTGA+TGG - Chr6:101731404-101731423 MsG0680035300.01.T01:CDS 35.0%
! CAAGTGTTGTATTTGCTTTC+TGG - Chr6:101730802-101730821 MsG0680035300.01.T01:CDS 35.0%
ACTTGAATGGAGTGTGTCAT+TGG - Chr6:101731259-101731278 MsG0680035300.01.T01:CDS 40.0%
AGCAAACTCATAACGTACCT+TGG + Chr6:101731019-101731038 None:intergenic 40.0%
CCATTATTTCCCACACCAAT+AGG + Chr6:101731567-101731586 None:intergenic 40.0%
CCGTGCTACAAATGACTATA+AGG - Chr6:101731068-101731087 MsG0680035300.01.T01:CDS 40.0%
CCTATTGGTGTGGGAAATAA+TGG - Chr6:101731564-101731583 MsG0680035300.01.T01:CDS 40.0%
CTTCCCATTGGAGGAATAAA+TGG - Chr6:101731714-101731733 MsG0680035300.01.T01:CDS 40.0%
GCAAACTCATAACGTACCTT+GGG + Chr6:101731018-101731037 None:intergenic 40.0%
GCATAAGCATACATAGCACA+AGG + Chr6:101731225-101731244 None:intergenic 40.0%
GCCTAAGAAGTAATTCTTGG+AGG - Chr6:101731181-101731200 MsG0680035300.01.T01:CDS 40.0%
GGTGTCTATGTGTACTTGAA+TGG - Chr6:101731246-101731265 MsG0680035300.01.T01:CDS 40.0%
GTACATTATGGTGACTCTGA+AGG - Chr6:101731102-101731121 MsG0680035300.01.T01:CDS 40.0%
GTTGATCATCCTATTGGTGT+GGG - Chr6:101731555-101731574 MsG0680035300.01.T01:CDS 40.0%
TGTGCTATGTATGCTTATGC+AGG - Chr6:101731225-101731244 MsG0680035300.01.T01:CDS 40.0%
TTATTCCTCCAATGGGAAGA+TGG + Chr6:101731713-101731732 None:intergenic 40.0%
! GTCATTTGACTTAAGCAAGG+AGG - Chr6:101731329-101731348 MsG0680035300.01.T01:CDS 40.0%
! TGTATTTGCTTTCTGGTGAG+AGG - Chr6:101730809-101730828 MsG0680035300.01.T01:CDS 40.0%
! TTACGCTCTTTAAAAGGAGG+TGG + Chr6:101730862-101730881 None:intergenic 40.0%
!! AACTTGGTGTAAAGGAGTCT+TGG - Chr6:101731499-101731518 MsG0680035300.01.T01:CDS 40.0%
!! GGTGTCATTTGACTTAAGCA+AGG - Chr6:101731326-101731345 MsG0680035300.01.T01:CDS 40.0%
!! TTTGGGTGAACTTGGTGTAA+AGG - Chr6:101731491-101731510 MsG0680035300.01.T01:CDS 40.0%
AAGGAAAGCCATCTTCCCAT+TGG - Chr6:101731702-101731721 MsG0680035300.01.T01:CDS 45.0%
AGGCTATATGCGTTGTTGTC+AGG - Chr6:101731668-101731687 MsG0680035300.01.T01:CDS 45.0%
ATGGAGGAGCTTGGTATCAA+AGG - Chr6:101731648-101731667 MsG0680035300.01.T01:CDS 45.0%
CGTTGATCATCCTATTGGTG+TGG - Chr6:101731554-101731573 MsG0680035300.01.T01:CDS 45.0%
CTTGAGAACTCAGAAGATGG+AGG - Chr6:101731632-101731651 MsG0680035300.01.T01:CDS 45.0%
GATATGGCAGAGTCTGTTGT+AGG + Chr6:101730768-101730787 None:intergenic 45.0%
TTATTACTGCGTGTCACGTG+AGG - Chr6:101731140-101731159 MsG0680035300.01.T01:CDS 45.0%
! CAGAAGAGATGATGACGAAC+TGG - Chr6:101731599-101731618 MsG0680035300.01.T01:CDS 45.0%
! GAGATGATGACGAACTGGTT+TGG - Chr6:101731604-101731623 MsG0680035300.01.T01:CDS 45.0%
! TCTAACTCAGCAGGGCTTTT+AGG + Chr6:101730994-101731013 None:intergenic 45.0%
! TTCATTCTTGGGCCTTTTCC+TGG - Chr6:101731531-101731550 MsG0680035300.01.T01:CDS 45.0%
ACTCAGAAGATGGAGGAGCT+TGG - Chr6:101731639-101731658 MsG0680035300.01.T01:CDS 50.0%
ATGGCAGAGTCTGTTGTAGG+AGG + Chr6:101730765-101730784 None:intergenic 50.0%
CCAATAGGATGATCAACGCC+AGG + Chr6:101731552-101731571 None:intergenic 50.0%
GAAAGCCATCTTCCCATTGG+AGG - Chr6:101731705-101731724 MsG0680035300.01.T01:CDS 50.0%
GGATGATCAACGCCAGGAAA+AGG + Chr6:101731546-101731565 None:intergenic 50.0%
TCTGATGCTTACGAGGACGA+TGG - Chr6:101730730-101730749 MsG0680035300.01.T01:CDS 50.0%
!! ACTCAGCAGGGCTTTTAGGA+AGG + Chr6:101730990-101731009 None:intergenic 50.0%
!! CCTGGCGTTGATCATCCTAT+TGG - Chr6:101731549-101731568 MsG0680035300.01.T01:CDS 50.0%
! ACCTTGGGCTCTAACTCAGC+AGG + Chr6:101731003-101731022 None:intergenic 55.0%
! CCTTGGGCTCTAACTCAGCA+GGG + Chr6:101731002-101731021 None:intergenic 55.0%
CCCTGCTGAGTTAGAGCCCA+AGG - Chr6:101730999-101731018 MsG0680035300.01.T01:CDS 60.0%
CGTGTCACGTGAGGACGTGT+GGG - Chr6:101731149-101731168 MsG0680035300.01.T01:CDS 60.0%
GCGTGTCACGTGAGGACGTG+TGG - Chr6:101731148-101731167 MsG0680035300.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 101730709 101731740 101730709 ID=MsG0680035300.01;Name=MsG0680035300.01
Chr6 mRNA 101730709 101731740 101730709 ID=MsG0680035300.01.T01;Parent=MsG0680035300.01;Name=MsG0680035300.01.T01;_AED=0.40;_eAED=0.40;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|343
Chr6 exon 101730709 101731740 101730709 ID=MsG0680035300.01.T01:exon:10777;Parent=MsG0680035300.01.T01
Chr6 CDS 101730709 101731740 101730709 ID=MsG0680035300.01.T01:cds;Parent=MsG0680035300.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680035300.01.T01

ATGTATCGCAATAGTTTCATATCTGATGCTTACGAGGACGATGGTTCATGTCTCCTCCTACAACAGACTCTGCCATATCCATTAGATGATCTTCAAGTGTTGTATTTGCTTTCTGGTGAGAGGTTTGAGAACAAAGTCAAGTTAGGTTCGCCACCTCCTTTTAAAGAGCGTAAAAACTCTGGTTTTATATTGGGTTCCGTTATTAACGGAATTGTTTGTCTTTACCGTAGTTGTACAGATGTTGTATTATGGAATCCAACTATTGACGAATTTAAGGTCCTTCCTAAAAGCCCTGCTGAGTTAGAGCCCAAGGTACGTTATGAGTTTGCTCAATATACGCTTCATGGATTTGGTTATGACCGTGCTACAAATGACTATAAGGTCATTCGATGTGTACATTATGGTGACTCTGAAGGTGATGATGAAGATGATTATTACTGCGTGTCACGTGAGGACGTGTGGGAGATATATAGCCTAAGAAGTAATTCTTGGAGGAAACTTGATTTGGATATGCCTTGTGCTATGTATGCTTATGCAGGTGTCTATGTGTACTTGAATGGAGTGTGTCATTGGTGCAATGAAGATGATTATAATTCTTATCATGAAGAACGTCATTTGGTGTCATTTGACTTAAGCAAGGAGGTGTTTTGTAAAACACGCATGCCCTCAACTTTTATTGATAATTGTGATTCTAGATTTGAGATGAGACACTTGATGGTATTAAATGACAACATTGCTTTGATCTCATATTATGACAAATCGGCTACATTTCACATATCAATTTTGGGTGAACTTGGTGTAAAGGAGTCTTGGACTAAACTCTTCATTCTTGGGCCTTTTCCTGGCGTTGATCATCCTATTGGTGTGGGAAATAATGGTGATTTATTCTTCAGAAGAGATGATGACGAACTGGTTTGGCTTAACTTGAGAACTCAGAAGATGGAGGAGCTTGGTATCAAAGGCTATATGCGTTGTTGTCAGGTAGTCATTTACAAGGAAAGCCATCTTCCCATTGGAGGAATAAATGGTTGA
Protein sequence

>MsG0680035300.01.T01

MYRNSFISDAYEDDGSCLLLQQTLPYPLDDLQVLYLLSGERFENKVKLGSPPPFKERKNSGFILGSVINGIVCLYRSCTDVVLWNPTIDEFKVLPKSPAELEPKVRYEFAQYTLHGFGYDRATNDYKVIRCVHYGDSEGDDEDDYYCVSREDVWEIYSLRSNSWRKLDLDMPCAMYAYAGVYVYLNGVCHWCNEDDYNSYHEERHLVSFDLSKEVFCKTRMPSTFIDNCDSRFEMRHLMVLNDNIALISYYDKSATFHISILGELGVKESWTKLFILGPFPGVDHPIGVGNNGDLFFRRDDDELVWLNLRTQKMEELGIKGYMRCCQVVIYKESHLPIGGING*