AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035281.01

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MsG0680035281.01.T08 AT3G22940 22.981 322 197 13 25 331 6 291 1.03e-11 66.6
MsG0680035281.01.T08 AT3G23260 24.074 324 191 12 20 331 9 289 2.90e-11 65.1
MsG0680035281.01.T06 AT3G16210 27.746 173 88 8 12 177 1 143 1.85e-11 62.8

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATTTGAACATAAAGGATATT+TGG 0.187675 6:+101457241 MsG0680035281.01.T08:CDS
CGGTACATGTTCATGAAATT+AGG 0.192426 6:-101456633 None:intergenic
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GAGAACCTGTTGTTATATTA+TGG 0.240459 6:+101456877 MsG0680035281.01.T08:CDS
CAAAGATTTAAGAGGCAATT+TGG 0.243362 6:-101456562 None:intergenic
TATTATTATGTTCATGGATT+TGG 0.246010 6:+101456972 MsG0680035281.01.T08:CDS
TGGTGAGAGGTTTGAGAATA+AGG 0.252574 6:+101456758 MsG0680035281.01.T08:CDS
ACATGAAGATTTGGTAAATA+TGG 0.257075 6:-101456720 None:intergenic
TTCTCCAAGAGTTGCTTCTT+AGG 0.277918 6:-101457130 None:intergenic
TGGACTAAACTCTTCGTTAT+TGG 0.289203 6:+101457455 MsG0680035281.01.T08:CDS
GGACTAAACTCTTCGTTATT+GGG 0.306893 6:+101457456 MsG0680035281.01.T08:CDS
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AAGGAAAGTTCTCTTCCTAT+TGG 0.331493 6:+101457638 MsG0680035281.01.T08:CDS
TTGAAGAGCTTGGTCTTAAA+GGG 0.333229 6:+101457585 MsG0680035281.01.T08:CDS
ACCTTGTATTCCTCGGTAGC+TGG 0.336170 6:-101456903 None:intergenic
TAATCATTTATTTGTCCAAT+AGG 0.355839 6:-101457653 None:intergenic
AAATATAACACATGAAGATT+TGG 0.367469 6:-101456729 None:intergenic
CTTGGTCTTAAAGGGGAATT+CGG 0.368723 6:+101457593 MsG0680035281.01.T08:CDS
CACAGGTGACTCGGTAGGGC+TGG 0.387962 6:-101456934 None:intergenic
AAACGTTTCAAAGATTTAAG+AGG 0.393948 6:-101456570 None:intergenic
CTCTTGGAGAAAACTTGATC+TGG 0.406065 6:+101457142 MsG0680035281.01.T08:CDS
TTTCATATCCAGTACTTATG+AGG 0.414154 6:+101456662 MsG0680035281.01.T08:CDS
CAAGATGAATTTGAACATAA+AGG 0.418801 6:+101457233 MsG0680035281.01.T08:CDS
TCCTTGTGCTCATCACGGTT+GGG 0.421642 6:+101457169 MsG0680035281.01.T08:CDS
AAAAGGATGGTGAACTAGTC+AGG 0.424192 6:+101457540 MsG0680035281.01.T08:CDS
ACAGGTGACTCGGTAGGGCT+GGG 0.424325 6:-101456933 None:intergenic
AAGAGGCAATTTGGACAGAA+TGG 0.425116 6:-101456553 None:intergenic
GTTGTGTTATCCTCTTGAAA+TGG 0.425892 6:-101456801 None:intergenic
TTCCTTGTGCTCATCACGGT+TGG 0.427730 6:+101457168 MsG0680035281.01.T08:CDS
GACCAAGCTCTTCAATCACT+TGG 0.429184 6:-101457577 None:intergenic
CAAACAATGCCGTTAATAAC+CGG 0.442912 6:-101456840 None:intergenic
GGCATTGTTTGCCTCTATCA+AGG 0.454494 6:+101456852 MsG0680035281.01.T08:CDS
ACTCGGTAGGGCTGGGAGGA+AGG 0.462800 6:-101456926 None:intergenic
AACTCGGTGTGAAGGAGTCT+TGG 0.464473 6:+101457435 MsG0680035281.01.T08:CDS
GGATTCTGTTAGAGCTGAAA+AGG 0.466167 6:+101456497 MsG0680035281.01.T08:CDS
TATCATTCATATACAAGGGC+AGG 0.470305 6:-101457304 None:intergenic
TTAGTTGCGTACGTAAATCA+TGG 0.470841 6:+101456592 MsG0680035281.01.T08:CDS
ATAACCTAAGAAGCAACTCT+TGG 0.479393 6:+101457126 MsG0680035281.01.T08:CDS
ACATGAAGGGAGTGTGTCAC+TGG 0.481210 6:+101457207 MsG0680035281.01.T08:CDS
ATATCACCTTCAAAATCATC+AGG 0.489344 6:-101457056 None:intergenic
CTCATAAAGCACAGGTGACT+CGG 0.489757 6:-101456943 None:intergenic
AATATGGCAAAGTCTGTTGT+AGG 0.490868 6:-101456704 None:intergenic
GGGTTCCATAATATAACAAC+AGG 0.491869 6:-101456882 None:intergenic
CCTTGTATTCCTCGGTAGCT+GGG 0.492565 6:-101456902 None:intergenic
TTGTCAGATTGTCAATTACA+AGG 0.494312 6:+101457619 MsG0680035281.01.T08:CDS
ACTATCCTCCTCATAAGTAC+TGG 0.502475 6:-101456670 None:intergenic
AGAATAAGGTCAAATTAGAC+TGG 0.504619 6:+101456772 MsG0680035281.01.T08:CDS
CTGTCACGTGATAGCTTGAT+TGG 0.504857 6:-101457089 None:intergenic
CCCAGCTACCGAGGAATACA+AGG 0.507258 6:+101456902 MsG0680035281.01.T08:CDS
CGAGTCACCTGTGCTTTATG+AGG 0.517883 6:+101456944 MsG0680035281.01.T08:CDS
GATCTTCCTTGTGCTCATCA+CGG 0.532452 6:+101457164 MsG0680035281.01.T08:CDS
AAAACTATCATTCATATACA+AGG 0.532884 6:-101457309 None:intergenic
ATATCTATTCTGGGTGAACT+CGG 0.536420 6:+101457419 MsG0680035281.01.T08:CDS
CCTATCGGTGAGGGAAAGAA+TGG 0.541373 6:+101457500 MsG0680035281.01.T08:CDS
CCTTGCATTGAACATCCTAT+CGG 0.541653 6:+101457485 MsG0680035281.01.T08:CDS
AGCTATCACGTGACAGCATG+TGG 0.541682 6:+101457096 MsG0680035281.01.T08:CDS
GGATGTTCAATGCAAGGTAA+AGG 0.541782 6:-101457479 None:intergenic
TAAAGCACAGGTGACTCGGT+AGG 0.542714 6:-101456939 None:intergenic
CCATTCTTTCCCTCACCGAT+AGG 0.548203 6:-101457500 None:intergenic
ATCATTCATATACAAGGGCA+GGG 0.548779 6:-101457303 None:intergenic
AAAGCACAGGTGACTCGGTA+GGG 0.555178 6:-101456938 None:intergenic
AGGTGTCTATGTCTACATGA+AGG 0.556684 6:+101457193 MsG0680035281.01.T08:CDS
TGTGCTCATCACGGTTGGGT+AGG 0.562127 6:+101457173 MsG0680035281.01.T08:CDS
CAGGTTCTCGTCCTTGATAG+AGG 0.563392 6:-101456863 None:intergenic
ACCCAAGTGATTGAAGAGCT+TGG 0.565240 6:+101457575 MsG0680035281.01.T08:CDS
TCTGGGTGAACTCGGTGTGA+AGG 0.573641 6:+101457427 MsG0680035281.01.T08:CDS
TGAGAAGATGATGCAATCAA+CGG 0.577382 6:+101456476 None:intergenic
AGGAAGGACCTTGTATTCCT+CGG 0.585881 6:-101456910 None:intergenic
CCGATAGGATGTTCAATGCA+AGG 0.593249 6:-101457485 None:intergenic
GGTGTCTATGTCTACATGAA+GGG 0.593708 6:+101457194 MsG0680035281.01.T08:CDS
ATGGCAAAGTCTGTTGTAGG+AGG 0.595535 6:-101456701 None:intergenic
TGAAGAGCTTGGTCTTAAAG+GGG 0.598562 6:+101457586 MsG0680035281.01.T08:CDS
GGATTTGGTTATGACCATGT+TGG 0.598730 6:+101456987 MsG0680035281.01.T08:CDS
TAGACTTCCTCATAAAGCAC+AGG 0.600017 6:-101456951 None:intergenic
ACCAAGCTCTTCAATCACTT+GGG 0.604380 6:-101457576 None:intergenic
CATATCCAGTACTTATGAGG+AGG 0.606225 6:+101456665 MsG0680035281.01.T08:CDS
CTTTGTAGTCATCTCCAACA+TGG 0.626679 6:-101457001 None:intergenic
ATTGAACATCCTATCGGTGA+GGG 0.628057 6:+101457491 MsG0680035281.01.T08:CDS
TTATCCTCTTGAAATGGAGG+TGG 0.629378 6:-101456795 None:intergenic
AAACTATCATTCATATACAA+GGG 0.631033 6:-101457308 None:intergenic
ACCCAACCGTGATGAGCACA+AGG 0.633049 6:-101457170 None:intergenic
CTGGCCACCTCCATTTCAAG+AGG 0.635796 6:+101456791 MsG0680035281.01.T08:CDS
GTGTTATCCTCTTGAAATGG+AGG 0.637517 6:-101456798 None:intergenic
ATTATGGAACCCAGCTACCG+AGG 0.639079 6:+101456893 MsG0680035281.01.T08:CDS
TACTGGATATGAAATAATTG+CGG 0.640210 6:-101456653 None:intergenic
GGTGACTCGGTAGGGCTGGG+AGG 0.644676 6:-101456930 None:intergenic
TCATTCATATACAAGGGCAG+GGG 0.646601 6:-101457302 None:intergenic
CATTGAACATCCTATCGGTG+AGG 0.654869 6:+101457490 MsG0680035281.01.T08:CDS
GTCATTTGACTTAAGCAATG+AGG 0.658464 6:+101457265 MsG0680035281.01.T08:CDS
GCTATCACGTGACAGCATGT+GGG 0.672678 6:+101457097 MsG0680035281.01.T08:CDS
AGTTTGAGATTAAAGCAACG+TGG 0.776329 6:-101457373 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAACTATCATTCATATACA+AGG - Chr6:101457312-101457331 None:intergenic 20.0%
!! AAACTATCATTCATATACAA+GGG - Chr6:101457311-101457330 None:intergenic 20.0%
!! AAATATAACACATGAAGATT+TGG - Chr6:101456732-101456751 None:intergenic 20.0%
!! ATTTGAACATAAAGGATATT+TGG + Chr6:101457241-101457260 MsG0680035281.01.T08:CDS 20.0%
!! TAATCATTTATTTGTCCAAT+AGG - Chr6:101457656-101457675 None:intergenic 20.0%
!! TATTATTATGTTCATGGATT+TGG + Chr6:101456972-101456991 MsG0680035281.01.T08:CDS 20.0%
!!! AACACAACTATTCATATTTT+AGG + Chr6:101456816-101456835 MsG0680035281.01.T08:CDS 20.0%
! AAACGTTTCAAAGATTTAAG+AGG - Chr6:101456573-101456592 None:intergenic 25.0%
! CAAGATGAATTTGAACATAA+AGG + Chr6:101457233-101457252 MsG0680035281.01.T08:CDS 25.0%
! GAAGTCTATTATTATGTTCA+TGG + Chr6:101456966-101456985 MsG0680035281.01.T08:CDS 25.0%
! TACTGGATATGAAATAATTG+CGG - Chr6:101456656-101456675 None:intergenic 25.0%
! TGATCTATTCTTCAGAAAAA+AGG + Chr6:101457523-101457542 MsG0680035281.01.T08:CDS 25.0%
!! AACTTTTCACATATCTATTC+TGG + Chr6:101457409-101457428 MsG0680035281.01.T08:CDS 25.0%
!! ACATGAAGATTTGGTAAATA+TGG - Chr6:101456723-101456742 None:intergenic 25.0%
!! ACTTTTCACATATCTATTCT+GGG + Chr6:101457410-101457429 MsG0680035281.01.T08:CDS 25.0%
!! ATTTTTGTTGAGATACTTGA+TGG + Chr6:101457340-101457359 MsG0680035281.01.T08:CDS 25.0%
!!! AACTATTCATATTTTAGGTC+CGG + Chr6:101456821-101456840 MsG0680035281.01.T08:CDS 25.0%
!!! CATGTGTTATATTTGCTTTT+TGG + Chr6:101456738-101456757 MsG0680035281.01.T08:CDS 25.0%
AGAATAAGGTCAAATTAGAC+TGG + Chr6:101456772-101456791 MsG0680035281.01.T08:CDS 30.0%
ATATCACCTTCAAAATCATC+AGG - Chr6:101457059-101457078 None:intergenic 30.0%
CAAAGATTTAAGAGGCAATT+TGG - Chr6:101456565-101456584 None:intergenic 30.0%
CTATTCTTCAGAAAAAAGGA+TGG + Chr6:101457527-101457546 MsG0680035281.01.T08:CDS 30.0%
GAGAACCTGTTGTTATATTA+TGG + Chr6:101456877-101456896 MsG0680035281.01.T08:CDS 30.0%
TTGTCAGATTGTCAATTACA+AGG + Chr6:101457619-101457638 MsG0680035281.01.T08:CDS 30.0%
TTTCATATCCAGTACTTATG+AGG + Chr6:101456662-101456681 MsG0680035281.01.T08:CDS 30.0%
!! ATTTTAGGTCCGGTTATTAA+CGG + Chr6:101456831-101456850 MsG0680035281.01.T08:CDS 30.0%
!! GATTTTGAAGGTGATATTGA+TGG + Chr6:101457062-101457081 MsG0680035281.01.T08:CDS 30.0%
!!! TATATTTGCTTTTTGGTGAG+AGG + Chr6:101456745-101456764 MsG0680035281.01.T08:CDS 30.0%
AAGGAAAGTTCTCTTCCTAT+TGG + Chr6:101457638-101457657 MsG0680035281.01.T08:CDS 35.0%
AATATGGCAAAGTCTGTTGT+AGG - Chr6:101456707-101456726 None:intergenic 35.0%
ATAACCTAAGAAGCAACTCT+TGG + Chr6:101457126-101457145 MsG0680035281.01.T08:CDS 35.0%
ATATCTATTCTGGGTGAACT+CGG + Chr6:101457419-101457438 MsG0680035281.01.T08:CDS 35.0%
ATCATTCATATACAAGGGCA+GGG - Chr6:101457306-101457325 None:intergenic 35.0%
CAAACAATGCCGTTAATAAC+CGG - Chr6:101456843-101456862 None:intergenic 35.0%
CGGTACATGTTCATGAAATT+AGG - Chr6:101456636-101456655 None:intergenic 35.0%
GGACTAAACTCTTCGTTATT+GGG + Chr6:101457456-101457475 MsG0680035281.01.T08:CDS 35.0%
GGGTTCCATAATATAACAAC+AGG - Chr6:101456885-101456904 None:intergenic 35.0%
GTTGTGTTATCCTCTTGAAA+TGG - Chr6:101456804-101456823 None:intergenic 35.0%
TATCATTCATATACAAGGGC+AGG - Chr6:101457307-101457326 None:intergenic 35.0%
TGGACTAAACTCTTCGTTAT+TGG + Chr6:101457455-101457474 MsG0680035281.01.T08:CDS 35.0%
TTAGTTGCGTACGTAAATCA+TGG + Chr6:101456592-101456611 MsG0680035281.01.T08:CDS 35.0%
! AGTTTGAGATTAAAGCAACG+TGG - Chr6:101457376-101457395 None:intergenic 35.0%
! GATGTACCTGATGATTTTGA+AGG + Chr6:101457050-101457069 MsG0680035281.01.T08:CDS 35.0%
! GTCATTTGACTTAAGCAATG+AGG + Chr6:101457265-101457284 MsG0680035281.01.T08:CDS 35.0%
!! ATTGAAGAGCTTGGTCTTAA+AGG + Chr6:101457584-101457603 MsG0680035281.01.T08:CDS 35.0%
!! TTGAAGAGCTTGGTCTTAAA+GGG + Chr6:101457585-101457604 MsG0680035281.01.T08:CDS 35.0%
AAAAGGATGGTGAACTAGTC+AGG + Chr6:101457540-101457559 MsG0680035281.01.T08:CDS 40.0%
AAGAGGCAATTTGGACAGAA+TGG - Chr6:101456556-101456575 None:intergenic 40.0%
ACCAAGCTCTTCAATCACTT+GGG - Chr6:101457579-101457598 None:intergenic 40.0%
ACTATCCTCCTCATAAGTAC+TGG - Chr6:101456673-101456692 None:intergenic 40.0%
AGGTGTCTATGTCTACATGA+AGG + Chr6:101457193-101457212 MsG0680035281.01.T08:CDS 40.0%
ATTGAACATCCTATCGGTGA+GGG + Chr6:101457491-101457510 MsG0680035281.01.T08:CDS 40.0%
CATATCCAGTACTTATGAGG+AGG + Chr6:101456665-101456684 MsG0680035281.01.T08:CDS 40.0%
CCTTGCATTGAACATCCTAT+CGG + Chr6:101457485-101457504 MsG0680035281.01.T08:CDS 40.0%
CTCTTGGAGAAAACTTGATC+TGG + Chr6:101457142-101457161 MsG0680035281.01.T08:CDS 40.0%
CTTTGTAGTCATCTCCAACA+TGG - Chr6:101457004-101457023 None:intergenic 40.0%
GGATGTTCAATGCAAGGTAA+AGG - Chr6:101457482-101457501 None:intergenic 40.0%
GGATTCTGTTAGAGCTGAAA+AGG + Chr6:101456497-101456516 MsG0680035281.01.T08:CDS 40.0%
GGTGTCTATGTCTACATGAA+GGG + Chr6:101457194-101457213 MsG0680035281.01.T08:CDS 40.0%
GTGTTATCCTCTTGAAATGG+AGG - Chr6:101456801-101456820 None:intergenic 40.0%
TAGACTTCCTCATAAAGCAC+AGG - Chr6:101456954-101456973 None:intergenic 40.0%
TCATTCATATACAAGGGCAG+GGG - Chr6:101457305-101457324 None:intergenic 40.0%
TGGTGAGAGGTTTGAGAATA+AGG + Chr6:101456758-101456777 MsG0680035281.01.T08:CDS 40.0%
TTATCCTCTTGAAATGGAGG+TGG - Chr6:101456798-101456817 None:intergenic 40.0%
TTCTCCAAGAGTTGCTTCTT+AGG - Chr6:101457133-101457152 None:intergenic 40.0%
! GGATTTGGTTATGACCATGT+TGG + Chr6:101456987-101457006 MsG0680035281.01.T08:CDS 40.0%
!! CTTGGTCTTAAAGGGGAATT+CGG + Chr6:101457593-101457612 MsG0680035281.01.T08:CDS 40.0%
!! TGAAGAGCTTGGTCTTAAAG+GGG + Chr6:101457586-101457605 MsG0680035281.01.T08:CDS 40.0%
ACCCAAGTGATTGAAGAGCT+TGG + Chr6:101457575-101457594 MsG0680035281.01.T08:CDS 45.0%
AGGAAGGACCTTGTATTCCT+CGG - Chr6:101456913-101456932 None:intergenic 45.0%
ATGGCAAAGTCTGTTGTAGG+AGG - Chr6:101456704-101456723 None:intergenic 45.0%
CATTGAACATCCTATCGGTG+AGG + Chr6:101457490-101457509 MsG0680035281.01.T08:CDS 45.0%
CCGATAGGATGTTCAATGCA+AGG - Chr6:101457488-101457507 None:intergenic 45.0%
CTCATAAAGCACAGGTGACT+CGG - Chr6:101456946-101456965 None:intergenic 45.0%
CTGTCACGTGATAGCTTGAT+TGG - Chr6:101457092-101457111 None:intergenic 45.0%
GACCAAGCTCTTCAATCACT+TGG - Chr6:101457580-101457599 None:intergenic 45.0%
GATCTTCCTTGTGCTCATCA+CGG + Chr6:101457164-101457183 MsG0680035281.01.T08:CDS 45.0%
GGCATTGTTTGCCTCTATCA+AGG + Chr6:101456852-101456871 MsG0680035281.01.T08:CDS 45.0%
ACCTTGTATTCCTCGGTAGC+TGG - Chr6:101456906-101456925 None:intergenic 50.0%
AGCTATCACGTGACAGCATG+TGG + Chr6:101457096-101457115 MsG0680035281.01.T08:CDS 50.0%
ATTATGGAACCCAGCTACCG+AGG + Chr6:101456893-101456912 MsG0680035281.01.T08:CDS 50.0%
CAGGTTCTCGTCCTTGATAG+AGG - Chr6:101456866-101456885 None:intergenic 50.0%
CCATTCTTTCCCTCACCGAT+AGG - Chr6:101457503-101457522 None:intergenic 50.0%
CCTATCGGTGAGGGAAAGAA+TGG + Chr6:101457500-101457519 MsG0680035281.01.T08:CDS 50.0%
CCTTGTATTCCTCGGTAGCT+GGG - Chr6:101456905-101456924 None:intergenic 50.0%
CGAGTCACCTGTGCTTTATG+AGG + Chr6:101456944-101456963 MsG0680035281.01.T08:CDS 50.0%
GCTATCACGTGACAGCATGT+GGG + Chr6:101457097-101457116 MsG0680035281.01.T08:CDS 50.0%
TCCTTGTGCTCATCACGGTT+GGG + Chr6:101457169-101457188 MsG0680035281.01.T08:CDS 50.0%
TTCCTTGTGCTCATCACGGT+TGG + Chr6:101457168-101457187 MsG0680035281.01.T08:CDS 50.0%
! ACATGAAGGGAGTGTGTCAC+TGG + Chr6:101457207-101457226 MsG0680035281.01.T08:CDS 50.0%
!! AAAGCACAGGTGACTCGGTA+GGG - Chr6:101456941-101456960 None:intergenic 50.0%
!! AACTCGGTGTGAAGGAGTCT+TGG + Chr6:101457435-101457454 MsG0680035281.01.T08:CDS 50.0%
!! TAAAGCACAGGTGACTCGGT+AGG - Chr6:101456942-101456961 None:intergenic 50.0%
ACCCAACCGTGATGAGCACA+AGG - Chr6:101457173-101457192 None:intergenic 55.0%
CCCAGCTACCGAGGAATACA+AGG + Chr6:101456902-101456921 MsG0680035281.01.T08:CDS 55.0%
CTGGCCACCTCCATTTCAAG+AGG + Chr6:101456791-101456810 MsG0680035281.01.T08:CDS 55.0%
TGTGCTCATCACGGTTGGGT+AGG + Chr6:101457173-101457192 MsG0680035281.01.T08:CDS 55.0%
!! TCTGGGTGAACTCGGTGTGA+AGG + Chr6:101457427-101457446 MsG0680035281.01.T08:CDS 55.0%
!! ACAGGTGACTCGGTAGGGCT+GGG - Chr6:101456936-101456955 None:intergenic 60.0%
ACTCGGTAGGGCTGGGAGGA+AGG - Chr6:101456929-101456948 None:intergenic 65.0%
!! CACAGGTGACTCGGTAGGGC+TGG - Chr6:101456937-101456956 None:intergenic 65.0%
!! GGTGACTCGGTAGGGCTGGG+AGG - Chr6:101456933-101456952 None:intergenic 70.0%
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>MsG0680035281.01.T04

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>MsG0680035281.01.T02

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Protein sequence

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