AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180002510.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 58 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 66 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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ATAGTCTAAGGCGTAACTCT+TGG 0.443452 1:+39524435 MsG0180002510.01.T01:CDS
ATAAGAAAGTGCCACTGAAA+TGG 0.443642 1:+39524111 MsG0180002510.01.T01:CDS
TTGATATGCGAAGGTGTTAT+CGG 0.446878 1:+39524471 MsG0180002510.01.T01:CDS
GACTATATATGTCCCAATAA+GGG 0.454193 1:-39524418 None:intergenic
ACTTGAATGGGGTGTGCCAT+TGG 0.455990 1:+39524516 MsG0180002510.01.T01:CDS
ATATTTAAGTCCTCGGTGGC+AGG 0.483445 1:-39524248 None:intergenic
AGGAACAATATTTAAGTCCT+CGG 0.498294 1:-39524255 None:intergenic
AAGATGGATATATAGACGCT+TGG 0.515506 1:+39524634 MsG0180002510.01.T01:CDS
TATTTCAATGCAGCACCGCC+CGG 0.532355 1:+39524395 MsG0180002510.01.T01:CDS
ATCATTCAACTATTGTATTG+TGG 0.538822 1:+39524222 MsG0180002510.01.T01:CDS
ACAATACAATAGTTGAATGA+TGG 0.539296 1:-39524220 None:intergenic
ATTCACTATGTTGAGTACAT+TGG 0.539315 1:+39524368 MsG0180002510.01.T01:CDS
ATATATGTCCCAATAAGGGC+CGG 0.542312 1:-39524414 None:intergenic
AGGTGTTATCGGAGGTCGAA+AGG 0.549537 1:+39524482 MsG0180002510.01.T01:CDS
ATACAACTTCCACTCACCAT+TGG 0.551122 1:-39524066 None:intergenic
AACAAATAGTGAATCATATG+TGG 0.551986 1:+39524547 MsG0180002510.01.T01:CDS
TCGGAGGTCGAAAGGTGTCT+GGG 0.552745 1:+39524490 MsG0180002510.01.T01:CDS
TGATATATGTTAAGAAGTAC+CGG 0.553877 1:-39524702 None:intergenic
AAAATACTTGGCCATTTCAG+TGG 0.557682 1:-39524122 None:intergenic
AACTTCATGTTGATATGCGA+AGG 0.566287 1:+39524462 MsG0180002510.01.T01:CDS
AACCGATTTACAGATTTCAA+AGG 0.575833 1:-39523909 None:intergenic
CTTAAATTATGCAAATCTAA+GGG 0.577346 1:-39524614 None:intergenic
ATATCTCAAAATGGTTTAGG+AGG 0.582599 1:-39524043 None:intergenic
TATATGTCCCAATAAGGGCC+GGG 0.595848 1:-39524413 None:intergenic
TAGCATAACCTAAAATATCA+CGG 0.602554 1:-39524175 None:intergenic
TGTCTGGGTTTACTTGAATG+GGG 0.605786 1:+39524505 MsG0180002510.01.T01:CDS
TTACTTGTGTATGCAAATCG+TGG 0.610316 1:+39523931 MsG0180002510.01.T01:CDS
TTGAGATATCCAATGGTGAG+TGG 0.611732 1:+39524057 MsG0180002510.01.T01:CDS
TATCACGGAGACAATAGTAA+TGG 0.612914 1:-39524160 None:intergenic
ATATCAAGCTATGCAACGAC+CGG 0.621924 1:+39524683 MsG0180002510.01.T01:CDS
CAAATCTAAGGGTAAGAACG+TGG 0.638378 1:-39524603 None:intergenic
AACAATATTTAAGTCCTCGG+TGG 0.671744 1:-39524252 None:intergenic
ATTGTGGAATCCTGCCACCG+AGG 0.690338 1:+39524238 MsG0180002510.01.T01:CDS
ATATGCGAAGGTGTTATCGG+AGG 0.699910 1:+39524474 MsG0180002510.01.T01:CDS
ATGTCCCAATAAGGGCCGGG+CGG 0.762358 1:-39524410 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! GAACATGTTTATAAAAAATA+TGG + Chr1:39523983-39524002 MsG0180002510.01.T01:CDS 15.0%
!!! ATAACTGATTTTATTATTCA+TGG + Chr1:39524308-39524327 MsG0180002510.01.T01:CDS 15.0%
!! ATGAATTCATCATTAAATCT+TGG - Chr1:39524290-39524309 None:intergenic 20.0%
!! CTTAAATTATGCAAATCTAA+GGG - Chr1:39524617-39524636 None:intergenic 20.0%
!! TAGATTTGCATAATTTAAGA+TGG + Chr1:39524618-39524637 MsG0180002510.01.T01:CDS 20.0%
!! TCTTAAATTATGCAAATCTA+AGG - Chr1:39524618-39524637 None:intergenic 20.0%
!!! GATTTTATTATTCATGGATT+TGG + Chr1:39524314-39524333 MsG0180002510.01.T01:CDS 20.0%
!!! TAGTTTTGGTTAAAAATACT+TGG - Chr1:39524137-39524156 None:intergenic 20.0%
! AACAAATAGTGAATCATATG+TGG + Chr1:39524547-39524566 MsG0180002510.01.T01:CDS 25.0%
! ACAATACAATAGTTGAATGA+TGG - Chr1:39524223-39524242 None:intergenic 25.0%
! ATCATTCAACTATTGTATTG+TGG + Chr1:39524222-39524241 MsG0180002510.01.T01:CDS 25.0%
! TAGCATAACCTAAAATATCA+CGG - Chr1:39524178-39524197 None:intergenic 25.0%
!! AATAGTAATGGTTGTAGTTT+TGG - Chr1:39524151-39524170 None:intergenic 25.0%
!!! ATTTTAGGTTATGCTATTGA+TGG + Chr1:39524182-39524201 MsG0180002510.01.T01:CDS 25.0%
!!! TACCTTTGAAATCTGTAAAT+CGG + Chr1:39523907-39523926 MsG0180002510.01.T01:CDS 25.0%
AGACTATATATGTCCCAATA+AGG - Chr1:39524422-39524441 None:intergenic 30.0%
AGGAACAATATTTAAGTCCT+CGG - Chr1:39524258-39524277 None:intergenic 30.0%
ATATCTCAAAATGGTTTAGG+AGG - Chr1:39524046-39524065 None:intergenic 30.0%
ATTCACTATGTTGAGTACAT+TGG + Chr1:39524368-39524387 MsG0180002510.01.T01:CDS 30.0%
ATTGGGACATATATAGTCTA+AGG + Chr1:39524423-39524442 MsG0180002510.01.T01:CDS 30.0%
GACTATATATGTCCCAATAA+GGG - Chr1:39524421-39524440 None:intergenic 30.0%
TGGATATCTCAAAATGGTTT+AGG - Chr1:39524049-39524068 None:intergenic 30.0%
! AACCGATTTACAGATTTCAA+AGG - Chr1:39523912-39523931 None:intergenic 30.0%
! TATTGTCTCCGTGATATTTT+AGG + Chr1:39524167-39524186 MsG0180002510.01.T01:CDS 30.0%
!! TTAAATCTTGGCTTGTTCTT+AGG - Chr1:39524278-39524297 None:intergenic 30.0%
!!! AACCATTTTGAGATATCCAA+TGG + Chr1:39524050-39524069 MsG0180002510.01.T01:CDS 30.0%
!!! CAAAGGTAGTTTTGACAAAA+TGG - Chr1:39523895-39523914 None:intergenic 30.0%
AAAATACTTGGCCATTTCAG+TGG - Chr1:39524125-39524144 None:intergenic 35.0%
AACAATATTTAAGTCCTCGG+TGG - Chr1:39524255-39524274 None:intergenic 35.0%
AACTTCATGTTGATATGCGA+AGG + Chr1:39524462-39524481 MsG0180002510.01.T01:CDS 35.0%
AAGATGGATATATAGACGCT+TGG + Chr1:39524634-39524653 MsG0180002510.01.T01:CDS 35.0%
AGACGCTTGGATCTATTAAA+TGG + Chr1:39524647-39524666 MsG0180002510.01.T01:CDS 35.0%
CACCATTGGATATCTCAAAA+TGG - Chr1:39524055-39524074 None:intergenic 35.0%
TATCACGGAGACAATAGTAA+TGG - Chr1:39524163-39524182 None:intergenic 35.0%
TGGAAGTTGTATTCACTTTC+TGG + Chr1:39524077-39524096 MsG0180002510.01.T01:CDS 35.0%
TTACTTGTGTATGCAAATCG+TGG + Chr1:39523931-39523950 MsG0180002510.01.T01:CDS 35.0%
!! ATAAGAAAGTGCCACTGAAA+TGG + Chr1:39524111-39524130 MsG0180002510.01.T01:CDS 35.0%
!! TTGATATGCGAAGGTGTTAT+CGG + Chr1:39524471-39524490 MsG0180002510.01.T01:CDS 35.0%
AAGGGTAAGAACGTGGTAAT+AGG - Chr1:39524599-39524618 None:intergenic 40.0%
ATACAACTTCCACTCACCAT+TGG - Chr1:39524069-39524088 None:intergenic 40.0%
ATATATGTCCCAATAAGGGC+CGG - Chr1:39524417-39524436 None:intergenic 40.0%
ATATCAAGCTATGCAACGAC+CGG + Chr1:39524683-39524702 MsG0180002510.01.T01:CDS 40.0%
CAAATCTAAGGGTAAGAACG+TGG - Chr1:39524606-39524625 None:intergenic 40.0%
GTGTCTGGGTTTACTTGAAT+GGG + Chr1:39524504-39524523 MsG0180002510.01.T01:CDS 40.0%
TGTCTGGGTTTACTTGAATG+GGG + Chr1:39524505-39524524 MsG0180002510.01.T01:CDS 40.0%
TTGAGATATCCAATGGTGAG+TGG + Chr1:39524057-39524076 MsG0180002510.01.T01:CDS 40.0%
! ATAGTCTAAGGCGTAACTCT+TGG + Chr1:39524435-39524454 MsG0180002510.01.T01:CDS 40.0%
ATATTTAAGTCCTCGGTGGC+AGG - Chr1:39524251-39524270 None:intergenic 45.0%
GGTGTCTGGGTTTACTTGAA+TGG + Chr1:39524503-39524522 MsG0180002510.01.T01:CDS 45.0%
TATATGTCCCAATAAGGGCC+GGG - Chr1:39524416-39524435 None:intergenic 45.0%
!! ATATGCGAAGGTGTTATCGG+AGG + Chr1:39524474-39524493 MsG0180002510.01.T01:CDS 45.0%
ACTTGAATGGGGTGTGCCAT+TGG + Chr1:39524516-39524535 MsG0180002510.01.T01:CDS 50.0%
TATTTCAATGCAGCACCGCC+CGG + Chr1:39524395-39524414 MsG0180002510.01.T01:CDS 50.0%
! AGGTGTTATCGGAGGTCGAA+AGG + Chr1:39524482-39524501 MsG0180002510.01.T01:CDS 50.0%
! TATTTGTTGCCCCCCACCAA+TGG - Chr1:39524535-39524554 None:intergenic 50.0%
ATTGTGGAATCCTGCCACCG+AGG + Chr1:39524238-39524257 MsG0180002510.01.T01:CDS 55.0%
! AATGGGGTGTGCCATTGGTG+GGG + Chr1:39524521-39524540 MsG0180002510.01.T01:CDS 55.0%
! GAATGGGGTGTGCCATTGGT+GGG + Chr1:39524520-39524539 MsG0180002510.01.T01:CDS 55.0%
! TGAATGGGGTGTGCCATTGG+TGG + Chr1:39524519-39524538 MsG0180002510.01.T01:CDS 55.0%
!! ATCGGAGGTCGAAAGGTGTC+TGG + Chr1:39524489-39524508 MsG0180002510.01.T01:CDS 55.0%
!! TCGGAGGTCGAAAGGTGTCT+GGG + Chr1:39524490-39524509 MsG0180002510.01.T01:CDS 55.0%
ATGTCCCAATAAGGGCCGGG+CGG - Chr1:39524413-39524432 None:intergenic 60.0%
! ATGGGGTGTGCCATTGGTGG+GGG + Chr1:39524522-39524541 MsG0180002510.01.T01:CDS 60.0%
AGCACCGCCCGGCCCTTATT+GGG + Chr1:39524406-39524425 MsG0180002510.01.T01:CDS 65.0%
! TGGGGTGTGCCATTGGTGGG+GGG + Chr1:39524523-39524542 MsG0180002510.01.T01:CDS 65.0%
CAGCACCGCCCGGCCCTTAT+TGG + Chr1:39524405-39524424 MsG0180002510.01.T01:CDS 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 39523885 39524715 39523885 ID=MsG0180002510.01;Name=MsG0180002510.01
Chr1 mRNA 39523885 39524715 39523885 ID=MsG0180002510.01.T01;Parent=MsG0180002510.01;Name=MsG0180002510.01.T01;_AED=0.15;_eAED=0.15;_QI=0|-1|0|1|-1|0|1|0|276
Chr1 exon 39523885 39524715 39523885 ID=MsG0180002510.01.T01:exon:8084;Parent=MsG0180002510.01.T01
Chr1 CDS 39523885 39524715 39523885 ID=MsG0180002510.01.T01:cds;Parent=MsG0180002510.01.T01
Chr1 mRNA 39523987 39524715 39523987 ID=MsG0180002510.01.T02;Parent=MsG0180002510.01;Name=MsG0180002510.01.T02;_AED=0.20;_eAED=0.20;_QI=0|-1|0|1|-1|0|1|0|242
Chr1 exon 39523987 39524715 39523987 ID=MsG0180002510.01.T02:exon:8085;Parent=MsG0180002510.01.T02
Chr1 CDS 39523987 39524715 39523987 ID=MsG0180002510.01.T02:cds;Parent=MsG0180002510.01.T02
Gene Sequence

>MsG0180002510.01.T02

ATGTTTATAAAAAATATGGCTTTGAAATATCATTCATTGAACGACGAATCGTGTCTCCTCCTAAACCATTTTGAGATATCCAATGGTGAGTGGAAGTTGTATTCACTTTCTGGTGAGAGATTTGATAAGAAAGTGCCACTGAAATGGCCAAGTATTTTTAACCAAAACTACAACCATTACTATTGTCTCCGTGATATTTTAGGTTATGCTATTGATGGCACTCTTTGTATCGACCATCATTCAACTATTGTATTGTGGAATCCTGCCACCGAGGACTTAAATATTGTTCCTAAGAACAAGCCAAGATTTAATGATGAATTCATAACTGATTTTATTATTCATGGATTTGGTTATGATCAAATTAAAGATGACTATAAAATCATTCACTATGTTGAGTACATTGGACATTATTTCAATGCAGCACCGCCCGGCCCTTATTGGGACATATATAGTCTAAGGCGTAACTCTTGGAAAAAACTTCATGTTGATATGCGAAGGTGTTATCGGAGGTCGAAAGGTGTCTGGGTTTACTTGAATGGGGTGTGCCATTGGTGGGGGGCAACAAATAGTGAATCATATGTGGTATCATTTAACTTGAGCAATGAAGTACCTATTACCACGTTCTTACCCTTAGATTTGCATAATTTAAGATGGATATATAGACGCTTGGATCTATTAAATGGACATGTTACTATGATATCAAGCTATGCAACGACCGGTACTTCTTAA

>MsG0180002510.01.T01

ATGTTCTCCATTTTGTCAAAACTACCTTTGAAATCTGTAAATCGGTTTACTTGTGTATGCAAATCGTGGACTCTTTTGTTTGAAAACTCTTATTTCATGAACATGTTTATAAAAAATATGGCTTTGAAATATCATTCATTGAACGACGAATCGTGTCTCCTCCTAAACCATTTTGAGATATCCAATGGTGAGTGGAAGTTGTATTCACTTTCTGGTGAGAGATTTGATAAGAAAGTGCCACTGAAATGGCCAAGTATTTTTAACCAAAACTACAACCATTACTATTGTCTCCGTGATATTTTAGGTTATGCTATTGATGGCACTCTTTGTATCGACCATCATTCAACTATTGTATTGTGGAATCCTGCCACCGAGGACTTAAATATTGTTCCTAAGAACAAGCCAAGATTTAATGATGAATTCATAACTGATTTTATTATTCATGGATTTGGTTATGATCAAATTAAAGATGACTATAAAATCATTCACTATGTTGAGTACATTGGACATTATTTCAATGCAGCACCGCCCGGCCCTTATTGGGACATATATAGTCTAAGGCGTAACTCTTGGAAAAAACTTCATGTTGATATGCGAAGGTGTTATCGGAGGTCGAAAGGTGTCTGGGTTTACTTGAATGGGGTGTGCCATTGGTGGGGGGCAACAAATAGTGAATCATATGTGGTATCATTTAACTTGAGCAATGAAGTACCTATTACCACGTTCTTACCCTTAGATTTGCATAATTTAAGATGGATATATAGACGCTTGGATCTATTAAATGGACATGTTACTATGATATCAAGCTATGCAACGACCGGTACTTCTTAA
Protein sequence

>MsG0180002510.01.T02

MFIKNMALKYHSLNDESCLLLNHFEISNGEWKLYSLSGERFDKKVPLKWPSIFNQNYNHYYCLRDILGYAIDGTLCIDHHSTIVLWNPATEDLNIVPKNKPRFNDEFITDFIIHGFGYDQIKDDYKIIHYVEYIGHYFNAAPPGPYWDIYSLRRNSWKKLHVDMRRCYRRSKGVWVYLNGVCHWWGATNSESYVVSFNLSNEVPITTFLPLDLHNLRWIYRRLDLLNGHVTMISSYATTGTS*

>MsG0180002510.01.T01

MFSILSKLPLKSVNRFTCVCKSWTLLFENSYFMNMFIKNMALKYHSLNDESCLLLNHFEISNGEWKLYSLSGERFDKKVPLKWPSIFNQNYNHYYCLRDILGYAIDGTLCIDHHSTIVLWNPATEDLNIVPKNKPRFNDEFITDFIIHGFGYDQIKDDYKIIHYVEYIGHYFNAAPPGPYWDIYSLRRNSWKKLHVDMRRCYRRSKGVWVYLNGVCHWWGATNSESYVVSFNLSNEVPITTFLPLDLHNLRWIYRRLDLLNGHVTMISSYATTGTS*