AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035808.01


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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 78 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 100 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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ATATGGATGGTGTGTGTCAT+TGG 0.414992 6:-112628193 MsG0680035808.01.T01:CDS
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ATAAAACCAAATTCATCAAC+TGG 0.430155 6:-112628368 MsG0680035808.01.T01:CDS
TATGCCGGTTGGACAATGTT+TGG 0.434378 6:-112628147 MsG0680035808.01.T01:CDS
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TTGAATGTGTTTGTAAATCA+TGG 0.449872 6:-112628844 MsG0680035808.01.T01:CDS
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CCTTACGTTGAGCGTCCTAT+CGG 0.505399 6:-112627903 MsG0680035808.01.T01:CDS
GAAAAGATAATGAAGTGGCT+TGG 0.506338 6:-112627848 MsG0680035808.01.T01:CDS
CATTATAGTCATTTGCAACA+TGG 0.508068 6:+112628414 None:intergenic
CCCTTTGTCCCCACTCCGAT+AGG 0.513186 6:+112627888 None:intergenic
CCGATAGGACGCTCAACGTA+AGG 0.516335 6:+112627903 None:intergenic
ATGATATGAGATCAATGCTA+TGG 0.518105 6:+112628013 None:intergenic
TTATCCAATTCTCAATGTGA+AGG 0.532349 6:-112628770 MsG0680035808.01.T01:CDS
ACCCAAATGATTGAGGTGCT+TGG 0.532373 6:-112627813 MsG0680035808.01.T01:CDS
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TGGATCAAACTCTTCATGGT+TGG 0.542872 6:-112627933 MsG0680035808.01.T01:CDS
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GATGAAGAAGAAGAAATCAA+TGG 0.550799 6:-112628963 MsG0680035808.01.T01:CDS
TAGCGCAAAGTGGATAAACT+TGG 0.560365 6:-112628051 MsG0680035808.01.T01:CDS
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GTTGAGCGTCCTATCGGAGT+GGG 0.567484 6:-112627897 MsG0680035808.01.T01:CDS
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TTGGTTATACAGCAAAGAGT+TGG 0.576664 6:-112627794 MsG0680035808.01.T01:CDS
AAAACAATCATCTACTTCTG+GGG 0.578361 6:+112628079 None:intergenic
AATATCATCGGATATATATG+TGG 0.584460 6:+112628913 None:intergenic
ATAACCAAATCCATGAAGAC+GGG 0.587059 6:+112628439 None:intergenic
TATAACCAAATCCATGAAGA+CGG 0.594593 6:+112628438 None:intergenic
CATCAGAAAAGATAATGAAG+TGG 0.598750 6:-112627853 MsG0680035808.01.T01:CDS
CTCCTCAGTTACATTAGTGA+CGG 0.598763 6:+112628487 None:intergenic
ACGGTTGATTCATCGTCACT+GGG 0.603092 6:+112628506 None:intergenic
AATGGAGAAGACAATATCAT+CGG 0.605115 6:+112628901 None:intergenic
TATTCTATGGAACGCAGAGA+GGG 0.606922 6:-112628227 MsG0680035808.01.T01:CDS
GGTTGCTGCGATGAATGAAA+AGG 0.613276 6:-112628942 MsG0680035808.01.T01:CDS
ACACACCATCCATATAGACT+CGG 0.614078 6:+112628201 None:intergenic
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AACTCGGTTTCAAAGAATCG+TGG 0.617879 6:-112627953 MsG0680035808.01.T01:CDS
AAACAATCATCTACTTCTGG+GGG 0.620086 6:+112628080 None:intergenic
GGAACCCGAGTCTATATGGA+TGG 0.634610 6:-112628206 MsG0680035808.01.T01:CDS
CGTTGAGCGTCCTATCGGAG+TGG 0.637751 6:-112627898 MsG0680035808.01.T01:CDS
CACACCATCCATATAGACTC+GGG 0.652998 6:+112628202 None:intergenic
AATTCATCAACTGGTTACGA+TGG 0.659945 6:-112628359 MsG0680035808.01.T01:CDS
GGACGCTCAACGTAAGGCAA+CGG 0.667318 6:+112627909 None:intergenic
AACCGTCACTAATGTAACTG+AGG 0.673930 6:-112628489 MsG0680035808.01.T01:CDS
GTTGATTCATCGTCACTGGG+TGG 0.685808 6:+112628509 None:intergenic
CTATCGGAGTGGGGACAAAG+GGG 0.689791 6:-112627887 MsG0680035808.01.T01:CDS
TCACTAATGTAACTGAGGAG+AGG 0.695184 6:-112628484 MsG0680035808.01.T01:CDS
TTGAGCGTCCTATCGGAGTG+GGG 0.697017 6:-112627896 MsG0680035808.01.T01:CDS
GTATTCTATGGAACGCAGAG+AGG 0.716570 6:-112628228 MsG0680035808.01.T01:CDS
AATTGGATAAGAAATTGTAG+CGG 0.721360 6:+112628783 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TATATGAATATGATAATTTT+GGG - Chr6:112628122-112628141 MsG0680035808.01.T01:CDS 10.0%
!! AATTATCATATTCATATAGA+TGG + Chr6:112628120-112628139 None:intergenic 15.0%
!! ACAATATAAAAAATATATGC+CGG - Chr6:112628537-112628556 MsG0680035808.01.T01:CDS 15.0%
!!! CTATATGAATATGATAATTT+TGG - Chr6:112628121-112628140 MsG0680035808.01.T01:CDS 15.0%
!! AGATATTAATTCACCAAAAT+GGG - Chr6:112628396-112628415 MsG0680035808.01.T01:CDS 20.0%
!! TTGTATGATAATAAATTACG+AGG - Chr6:112628936-112628955 MsG0680035808.01.T01:CDS 20.0%
!!! ACTTTTCATGTATCAATTTT+GGG - Chr6:112628721-112628740 MsG0680035808.01.T01:CDS 20.0%
!!! GATAACTCTTTTTATATTGT+TGG - Chr6:112628064-112628083 MsG0680035808.01.T01:CDS 20.0%
!!! TACTTTTCATGTATCAATTT+TGG - Chr6:112628720-112628739 MsG0680035808.01.T01:CDS 20.0%
!!! TCTTTTTATATTGTTGGTTT+TGG - Chr6:112628070-112628089 MsG0680035808.01.T01:CDS 20.0%
! AAAGAGTTATCTTCTTCAAA+TGG + Chr6:112628055-112628074 None:intergenic 25.0%
! AATATCATCGGATATATATG+TGG + Chr6:112627789-112627808 None:intergenic 25.0%
! AATTGGATAAGAAATTGTAG+CGG + Chr6:112627919-112627938 None:intergenic 25.0%
! ATAAAACCAAATTCATCAAC+TGG - Chr6:112628331-112628350 MsG0680035808.01.T01:CDS 25.0%
! CAAATGACTATAATGTCATT+CGG - Chr6:112628293-112628312 MsG0680035808.01.T01:CDS 25.0%
! GAGATATTAATTCACCAAAA+TGG - Chr6:112628395-112628414 MsG0680035808.01.T01:CDS 25.0%
! TATAAAAAATATATGCCGGT+TGG - Chr6:112628541-112628560 MsG0680035808.01.T01:CDS 25.0%
! TTGAATGTGTTTGTAAATCA+TGG - Chr6:112627855-112627874 MsG0680035808.01.T01:CDS 25.0%
!! TCAAAGAAATTGTTTCTCAT+CGG - Chr6:112628368-112628387 MsG0680035808.01.T01:CDS 25.0%
!!! GAAGTTTTGTATTCTTTTTC+TGG - Chr6:112627989-112628008 MsG0680035808.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTTGTATTCTTTTTCTGGT+GGG - Chr6:112627993-112628012 MsG0680035808.01.T01:CDS 25.0%
AAAACAATCATCTACTTCTG+GGG + Chr6:112628623-112628642 None:intergenic 30.0%
AAACGCTTGAAAGATTTAAG+AGG + Chr6:112627836-112627855 None:intergenic 30.0%
AATGGAGAAGACAATATCAT+CGG + Chr6:112627801-112627820 None:intergenic 30.0%
ATAGCCTAAAAAGTAATTCG+TGG - Chr6:112628425-112628444 MsG0680035808.01.T01:CDS 30.0%
ATGATATGAGATCAATGCTA+TGG + Chr6:112628689-112628708 None:intergenic 30.0%
CAAAACAATCATCTACTTCT+GGG + Chr6:112628624-112628643 None:intergenic 30.0%
CATCAGAAAAGATAATGAAG+TGG - Chr6:112628846-112628865 MsG0680035808.01.T01:CDS 30.0%
CATTATAGTCATTTGCAACA+TGG + Chr6:112628288-112628307 None:intergenic 30.0%
TATAACCAAATCCATGAAGA+CGG + Chr6:112628264-112628283 None:intergenic 30.0%
TCAAAACAATCATCTACTTC+TGG + Chr6:112628625-112628644 None:intergenic 30.0%
TTATCCAATTCTCAATGTGA+AGG - Chr6:112627929-112627948 MsG0680035808.01.T01:CDS 30.0%
! AGTTTTCAATTACAAAGAGC+AGG + Chr6:112627964-112627983 None:intergenic 30.0%
! GTTTTCAATTACAAAGAGCA+GGG + Chr6:112627963-112627982 None:intergenic 30.0%
! GTTTTGTATTCTTTTTCTGG+TGG - Chr6:112627992-112628011 MsG0680035808.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTCAATTACAAAGAGCAG+GGG + Chr6:112627962-112627981 None:intergenic 30.0%
!! AAGAGGTAATTTTGAGAGAA+TGG + Chr6:112627819-112627838 None:intergenic 30.0%
!! ATTTTGGGAAAATTGTACTG+TGG - Chr6:112628137-112628156 MsG0680035808.01.T01:CDS 30.0%
!!! GTTGGTTTTGGTAGTATTAA+TGG - Chr6:112628082-112628101 MsG0680035808.01.T01:CDS 30.0%
!!! TTCTCCACGAATTACTTTTT+AGG + Chr6:112628432-112628451 None:intergenic 30.0%
AAACAATCATCTACTTCTGG+GGG + Chr6:112628622-112628641 None:intergenic 35.0%
AATTCATCAACTGGTTACGA+TGG - Chr6:112628340-112628359 MsG0680035808.01.T01:CDS 35.0%
ATAACCAAATCCATGAAGAC+GGG + Chr6:112628263-112628282 None:intergenic 35.0%
GAAAAGATAATGAAGTGGCT+TGG - Chr6:112628851-112628870 MsG0680035808.01.T01:CDS 35.0%
TGGAAGAAGCTTGATTCTTT+GGG + Chr6:112628173-112628192 None:intergenic 35.0%
TGTTGACATGTCGTATTCTA+TGG - Chr6:112628459-112628478 MsG0680035808.01.T01:CDS 35.0%
TTGGTTATACAGCAAAGAGT+TGG - Chr6:112628905-112628924 MsG0680035808.01.T01:CDS 35.0%
TTTGAGTACCCAAATGATTG+AGG - Chr6:112628879-112628898 MsG0680035808.01.T01:CDS 35.0%
! AGGCTATATATCTCCCATTT+TGG + Chr6:112628412-112628431 None:intergenic 35.0%
! ATAAACTTGGCGGTGTTAAA+TGG - Chr6:112628661-112628680 MsG0680035808.01.T01:CDS 35.0%
! GAAATTGTTTCTCATCGGTT+TGG - Chr6:112628373-112628392 MsG0680035808.01.T01:CDS 35.0%
!! GTATCAATTTTGGGTCAACT+CGG - Chr6:112628730-112628749 MsG0680035808.01.T01:CDS 35.0%
!! TCGTAACCAGTTGATGAATT+TGG + Chr6:112628340-112628359 None:intergenic 35.0%
AACCAAGCACCTCAATCATT+TGG + Chr6:112628891-112628910 None:intergenic 40.0%
AACCGTCACTAATGTAACTG+AGG - Chr6:112628210-112628229 MsG0680035808.01.T01:CDS 40.0%
AACTCGGTTTCAAAGAATCG+TGG - Chr6:112628746-112628765 MsG0680035808.01.T01:CDS 40.0%
ACACACCATCCATATAGACT+CGG + Chr6:112628501-112628520 None:intergenic 40.0%
ACCAAGCACCTCAATCATTT+GGG + Chr6:112628890-112628909 None:intergenic 40.0%
AGCTTGATTCTTTGGGTAGT+TGG + Chr6:112628166-112628185 None:intergenic 40.0%
ATATGGATGGTGTGTGTCAT+TGG - Chr6:112628506-112628525 MsG0680035808.01.T01:CDS 40.0%
ATCGTGGATCAAACTCTTCA+TGG - Chr6:112628762-112628781 MsG0680035808.01.T01:CDS 40.0%
CTCCTCAGTTACATTAGTGA+CGG + Chr6:112628215-112628234 None:intergenic 40.0%
GATACCAAACATTGTCCAAC+CGG + Chr6:112628559-112628578 None:intergenic 40.0%
GCTTGATTCTTTGGGTAGTT+GGG + Chr6:112628165-112628184 None:intergenic 40.0%
GTGGAAGAAGCTTGATTCTT+TGG + Chr6:112628174-112628193 None:intergenic 40.0%
TAGCGCAAAGTGGATAAACT+TGG - Chr6:112628648-112628667 MsG0680035808.01.T01:CDS 40.0%
TATTCTATGGAACGCAGAGA+GGG - Chr6:112628472-112628491 MsG0680035808.01.T01:CDS 40.0%
TCACTAATGTAACTGAGGAG+AGG - Chr6:112628215-112628234 MsG0680035808.01.T01:CDS 40.0%
TGCACCTTCACATTGAGAAT+TGG + Chr6:112627936-112627955 None:intergenic 40.0%
TGGATCAAACTCTTCATGGT+TGG - Chr6:112628766-112628785 MsG0680035808.01.T01:CDS 40.0%
!! GGAAAGCATTGTTCCATTTG+AGG - Chr6:112628957-112628976 MsG0680035808.01.T01:CDS 40.0%
!! GTTTTGATGTTAGCGCAAAG+TGG - Chr6:112628638-112628657 MsG0680035808.01.T01:CDS 40.0%
!! TGTATTCTTTTTCTGGTGGG+AGG - Chr6:112627996-112628015 MsG0680035808.01.T01:CDS 40.0%
CACACCATCCATATAGACTC+GGG + Chr6:112628500-112628519 None:intergenic 45.0%
CGCAAAGTGGATAAACTTGG+CGG - Chr6:112628651-112628670 MsG0680035808.01.T01:CDS 45.0%
GAAGGACACTTCATTGCTCA+AGG + Chr6:112628587-112628606 None:intergenic 45.0%
GGTTGCTGCGATGAATGAAA+AGG - Chr6:112627757-112627776 MsG0680035808.01.T01:CDS 45.0%
GTATTCTATGGAACGCAGAG+AGG - Chr6:112628471-112628490 MsG0680035808.01.T01:CDS 45.0%
! ACCCAAATGATTGAGGTGCT+TGG - Chr6:112628886-112628905 MsG0680035808.01.T01:CDS 45.0%
! ACGGTTGATTCATCGTCACT+GGG + Chr6:112628196-112628215 None:intergenic 45.0%
! ATCATCTACTTCTGGGGGAA+TGG + Chr6:112628617-112628636 None:intergenic 45.0%
! TATGCCGGTTGGACAATGTT+TGG - Chr6:112628552-112628571 MsG0680035808.01.T01:CDS 45.0%
! TCATCTACTTCTGGGGGAAT+GGG + Chr6:112628616-112628635 None:intergenic 45.0%
AACGCCCGTCTTCATGGATT+TGG - Chr6:112628256-112628275 MsG0680035808.01.T01:CDS 50.0%
AGAGGGAACCCGAGTCTATA+TGG - Chr6:112628489-112628508 MsG0680035808.01.T01:CDS 50.0%
CCTTACGTTGAGCGTCCTAT+CGG - Chr6:112628796-112628815 MsG0680035808.01.T01:CDS 50.0%
GGAACCCGAGTCTATATGGA+TGG - Chr6:112628493-112628512 MsG0680035808.01.T01:CDS 50.0%
TTCGTTAACGCCCGTCTTCA+TGG - Chr6:112628250-112628269 MsG0680035808.01.T01:CDS 50.0%
! GACGGTTGATTCATCGTCAC+TGG + Chr6:112628197-112628216 None:intergenic 50.0%
! GTTGATTCATCGTCACTGGG+TGG + Chr6:112628193-112628212 None:intergenic 50.0%
CCGATAGGACGCTCAACGTA+AGG + Chr6:112628799-112628818 None:intergenic 55.0%
CCTATCGGAGTGGGGACAAA+GGG - Chr6:112628811-112628830 MsG0680035808.01.T01:CDS 55.0%
CTATCGGAGTGGGGACAAAG+GGG - Chr6:112628812-112628831 MsG0680035808.01.T01:CDS 55.0%
GGACGCTCAACGTAAGGCAA+CGG + Chr6:112628793-112628812 None:intergenic 55.0%
GTTGAGCGTCCTATCGGAGT+GGG - Chr6:112628802-112628821 MsG0680035808.01.T01:CDS 55.0%
TCCTATCGGAGTGGGGACAA+AGG - Chr6:112628810-112628829 MsG0680035808.01.T01:CDS 55.0%
TTGAGCGTCCTATCGGAGTG+GGG - Chr6:112628803-112628822 MsG0680035808.01.T01:CDS 55.0%
! TGGGGGAATGGGTGTTGTGA+AGG + Chr6:112628605-112628624 None:intergenic 55.0%
CCCTTTGTCCCCACTCCGAT+AGG + Chr6:112628814-112628833 None:intergenic 60.0%
CGTTGAGCGTCCTATCGGAG+TGG - Chr6:112628801-112628820 MsG0680035808.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 112627737 112628984 112627737 ID=MsG0680035808.01;Name=MsG0680035808.01
Chr6 mRNA 112627737 112628984 112627737 ID=MsG0680035808.01.T01;Parent=MsG0680035808.01;Name=MsG0680035808.01.T01;_AED=0.43;_eAED=0.43;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|415
Chr6 exon 112627737 112628984 112627737 ID=MsG0680035808.01.T01:exon:9617;Parent=MsG0680035808.01.T01
Chr6 CDS 112627737 112628984 112627737 ID=MsG0680035808.01.T01:cds;Parent=MsG0680035808.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680035808.01.T01

ATGAAGAAGAAGAAATCAATGGTTGCTGCGATGAATGAAAAGGTGAGCACCACATATATATCCGATGATATTGTCTTCTCCATTCTCTCAAAATTACCTCTTAAATCTTTCAAGCGTTTTGAATGTGTTTGTAAATCATGGTATCTTTTATCTGAAAATCATCACTTCATGAACATGTTCCGCTACAATTTCTTATCCAATTCTCAATGTGAAGGTGCATCTCCCCTGCTCTTTGTAATTGAAAACTATAAAGAAGTTTTGTATTCTTTTTCTGGTGGGAGGTTCGAGAATAAAATCAAATTAGATTTTTCAAATCCATTTGAAGAAGATAACTCTTTTTATATTGTTGGTTTTGGTAGTATTAATGGCACGCTTTGTCTCCATCTATATGAATATGATAATTTTGGGAAAATTGTACTGTGGAACCCAACTACCCAAAGAATCAAGCTTCTTCCACCCAGTGACGATGAATCAACCGTCACTAATGTAACTGAGGAGAGGTTTTTTGATATTTTCGTTAACGCCCGTCTTCATGGATTTGGTTATAACCATGTTGCAAATGACTATAATGTCATTCGGCATGTAAAAGTGTCTATAAAACCAAATTCATCAACTGGTTACGATGGTAACTTCAAAGAAATTGTTTCTCATCGGTTTGGAGATATTAATTCACCAAAATGGGAGATATATAGCCTAAAAAGTAATTCGTGGAGAAAACTTGATGTTGACATGTCGTATTCTATGGAACGCAGAGAGGGAACCCGAGTCTATATGGATGGTGTGTGTCATTGGTTGTATAAACAATATAAAAAATATATGCCGGTTGGACAATGTTTGGTATCATTTTCCTTGAGCAATGAAGTGTCCTTCACAACACCCATTCCCCCAGAAGTAGATGATTGTTTTGATGTTAGCGCAAAGTGGATAAACTTGGCGGTGTTAAATGGATCCATAGCATTGATCTCATATCATGTAAAGACGACTACTTTTCATGTATCAATTTTGGGTCAACTCGGTTTCAAAGAATCGTGGATCAAACTCTTCATGGTTGGACCGTTGCCTTACGTTGAGCGTCCTATCGGAGTGGGGACAAAGGGGAAAATATTCTTCATCAGAAAAGATAATGAAGTGGCTTGGTTTGATTTGAGTACCCAAATGATTGAGGTGCTTGGTTATACAGCAAAGAGTTGGCATTTTCTTTGTATGATAATAAATTACGAGGAAAGCATTGTTCCATTTGAGGAATAA

Protein sequence

>MsG0680035808.01.T01

MKKKKSMVAAMNEKVSTTYISDDIVFSILSKLPLKSFKRFECVCKSWYLLSENHHFMNMFRYNFLSNSQCEGASPLLFVIENYKEVLYSFSGGRFENKIKLDFSNPFEEDNSFYIVGFGSINGTLCLHLYEYDNFGKIVLWNPTTQRIKLLPPSDDESTVTNVTEERFFDIFVNARLHGFGYNHVANDYNVIRHVKVSIKPNSSTGYDGNFKEIVSHRFGDINSPKWEIYSLKSNSWRKLDVDMSYSMERREGTRVYMDGVCHWLYKQYKKYMPVGQCLVSFSLSNEVSFTTPIPPEVDDCFDVSAKWINLAVLNGSIALISYHVKTTTFHVSILGQLGFKESWIKLFMVGPLPYVERPIGVGTKGKIFFIRKDNEVAWFDLSTQMIEVLGYTAKSWHFLCMIINYEESIVPFEE*