AlfalfaGEDB | MsG0780038402.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038402.01

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MsG0780038402.01.T05	AT2G30933	43.038	79	44	1	357	435	82	159	1.23e-13	68.9
MsG0780038402.01.T05	AT2G30933	43.038	79	44	1	357	435	82	159	3.64e-13	69.3
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MsG0780038402.01.T05	AT1G29380	41.250	80	46	1	357	436	148	226	2.12e-12	67.0
MsG0780038402.01.T05	AT5G61130	39.286	84	50	1	352	435	16	98	3.78e-12	65.9
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Find 125 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 167 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CGGATATTTATCGCGGAAAC+GGG	0.349889	7:+45945934	MsG0780038402.01.T01:CDS
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GGTGGTGACGTTGATCAAAT+TGG	0.426102	7:+45945967	MsG0780038402.01.T01:CDS
CACGAATTTATTTGATCAGA+TGG	0.427692	7:+45945864	MsG0780038402.01.T01:CDS
ATGTTTGTGATGAGTTCGTT+TGG	0.429565	7:-45945394	None:intergenic
TGTTGGGACACCGGCTAGAC+CGG	0.437582	7:+45946056	MsG0780038402.01.T01:CDS
TTGGGTTGTTGTATCCGAAC+GGG	0.438048	7:+45946154	MsG0780038402.01.T01:CDS
TGAAATGTTGTTGAGTAGAA+TGG	0.438583	7:-45945052	None:intergenic
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TGGGTAATAAGGTAGAATGT+TGG	0.457811	7:-45945455	None:intergenic
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CTATGCGTTTAGTTCTTACT+GGG	0.467912	7:+45946419	MsG0780038402.01.T01:CDS
AGAATAATGAGCCATATAAA+GGG	0.469941	7:+45946247	MsG0780038402.01.T01:CDS
TGTTTGTGATGAGTTCGTTT+GGG	0.471998	7:-45945393	None:intergenic
GTTGACGTATGCTTGCTCGC+TGG	0.474350	7:+45946323	MsG0780038402.01.T01:CDS
GAATGTTGGATTTGATCCAT+TGG	0.484368	7:-45945441	None:intergenic
GGAGCAATGTGACAGCGTTA+GGG	0.486437	7:+45946295	MsG0780038402.01.T01:CDS
GTTTAGAGAGAGTAATGTTA+CGG	0.488551	7:+45945813	MsG0780038402.01.T01:CDS
GGGGAACCGGACTTGTGATC+CGG	0.488719	7:+45946344	MsG0780038402.01.T01:CDS
CTAGCCGGTGTCCCAACAAC+CGG	0.490810	7:-45946051	None:intergenic
AGATGATTTCGTTTCCTACA+AGG	0.491896	7:-45945498	None:intergenic
TTATATGGCTCATTATTCTC+CGG	0.491934	7:-45946243	None:intergenic
TGATCAACGTCACCACCATT+AGG	0.494810	7:-45945961	None:intergenic
GTAGAATGGAGAAGAGAAAG+AGG	0.501465	7:-45945038	None:intergenic
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TTTGGGTTGTTGTATCCGAA+CGG	0.509076	7:+45946153	MsG0780038402.01.T01:CDS
ATTTGGTGTGTGGCGGTGCG+TGG	0.510143	7:+45946273	MsG0780038402.01.T01:CDS
GAGAATATTAAACCGGGTCC+AGG	0.511434	7:+45946117	MsG0780038402.01.T01:CDS
GCGATAAATATCCGAACATC+CGG	0.517870	7:-45945925	None:intergenic
AGGTAACGGATTAGGGTTTG+TGG	0.521382	7:-45945475	None:intergenic
CGTTTCCTACAAGGAGGTAA+CGG	0.524275	7:-45945489	None:intergenic
AATGTTACGGTTAAGGATCC+GGG	0.524550	7:+45945826	MsG0780038402.01.T01:CDS
ATTTGATCAGATGGTGGATG+CGG	0.528077	7:+45945873	MsG0780038402.01.T01:CDS
GTTGTATCCGAACGGGTCTA+GGG	0.530355	7:+45946161	MsG0780038402.01.T01:CDS
GTTTCCAGCACTTCCTCCAC+CGG	0.531728	7:+45946224	MsG0780038402.01.T01:CDS
AGAATTGAACCCGGTCTAGC+CGG	0.532603	7:-45946066	None:intergenic
GGCTCATTATTCTCCGGTGG+AGG	0.534146	7:-45946237	None:intergenic
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GCTCAGTTTAAGAAGATTGG+AGG	0.537876	7:+45946441	MsG0780038402.01.T01:CDS
GGTAACGGATTAGGGTTTGT+GGG	0.538137	7:-45945474	None:intergenic
GGTATCTGCTACGGTCAACT+AGG	0.539406	7:+45945235	MsG0780038402.01.T01:CDS
TGTTTGATTCTACGCATCGC+AGG	0.546557	7:-45945556	None:intergenic
TGCCGCTCCGTACCTGGACC+CGG	0.546698	7:-45946129	None:intergenic
TATTTATCGCGGAAACGGGT+TGG	0.547640	7:+45945938	MsG0780038402.01.T01:CDS
GTTGGGACACCGGCTAGACC+GGG	0.550859	7:+45946057	MsG0780038402.01.T01:CDS
TATTAAACCGGGTCCAGGTA+CGG	0.551795	7:+45946122	MsG0780038402.01.T01:CDS
TCATAAACCCTAGACCCGTT+CGG	0.553729	7:-45946168	None:intergenic
ACCAAACCCTCTCCGACCAA+TGG	0.556784	7:+45945425	MsG0780038402.01.T01:CDS
TTCTTATTAATATACTTCAC+AGG	0.558945	7:+45945187	MsG0780038402.01.T01:intron
GTTGGATTTGATCCATTGGT+CGG	0.560158	7:-45945437	None:intergenic
ACTTGTGATCCGGTTCAACC+CGG	0.561213	7:+45946354	MsG0780038402.01.T01:CDS
GTGTAAACCAAACCCGAACC+CGG	0.563598	7:-45945844	None:intergenic
TTTGGTGTGTGGCGGTGCGT+GGG	0.564836	7:+45946274	MsG0780038402.01.T01:CDS
GTTTGATTCTACGCATCGCA+GGG	0.568728	7:-45945555	None:intergenic
AAAACCGGTTGTTGGGACAC+CGG	0.571712	7:+45946047	MsG0780038402.01.T01:CDS
GTTGAACCGGATCACAAGTC+CGG	0.573766	7:-45946350	None:intergenic
AGTTGACCGTAGCAGATACC+TGG	0.573857	7:-45945232	None:intergenic
CGAAACGCAGCGTTTGAAGG+CGG	0.576064	7:-45945655	None:intergenic
GAATTTATTTGATCAGATGG+TGG	0.590125	7:+45945867	MsG0780038402.01.T01:CDS
TTCGGGGAAGACACCGGAGT+CGG	0.590570	7:+45946200	MsG0780038402.01.T01:CDS
TGATCTTTCGGGGAAGACAC+CGG	0.599336	7:+45946194	MsG0780038402.01.T01:CDS
CTTGTGATCCGGTTCAACCC+GGG	0.606763	7:+45946355	MsG0780038402.01.T01:CDS
TCACAACCAGGTATCTGCTA+CGG	0.612160	7:+45945226	MsG0780038402.01.T01:CDS
ATTTGATCCATTGGTCGGAG+AGG	0.616370	7:-45945432	None:intergenic
TATGGCTCATTATTCTCCGG+TGG	0.617117	7:-45946240	None:intergenic
GAGCAATGTGACAGCGTTAG+GGG	0.621930	7:+45946296	MsG0780038402.01.T01:CDS
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CRISPR-GE

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	GGTATCTGCTACGGTCAACT+AGG	+	Chr7:45945235-45945254	MsG0780038402.01.T01:CDS	50.0%
	GTGTAAACCAAACCCGAACC+CGG	-	Chr7:45945847-45945866	None:intergenic	50.0%
	GTTGAACCGGATCACAAGTC+CGG	-	Chr7:45946353-45946372	None:intergenic	50.0%
	GTTGTATCCGAACGGGTCTA+GGG	+	Chr7:45946161-45946180	MsG0780038402.01.T01:CDS	50.0%
	TACGGTTAAGGATCCGGGTT+CGG	+	Chr7:45945831-45945850	MsG0780038402.01.T01:CDS	50.0%
	TGATCTTTCGGGGAAGACAC+CGG	+	Chr7:45946194-45946213	MsG0780038402.01.T01:CDS	50.0%
	TGTTGTATCCGAACGGGTCT+AGG	+	Chr7:45946160-45946179	MsG0780038402.01.T01:CDS	50.0%
	TTGACGTATGCTTGCTCGCT+GGG	+	Chr7:45946324-45946343	MsG0780038402.01.T01:CDS	50.0%
!!	AGGGAAGATTTGGTGTGTGG+CGG	+	Chr7:45946266-45946285	MsG0780038402.01.T01:CDS	50.0%
!!!	CACTTTTTCCCGGGTTGAAC+CGG	-	Chr7:45946366-45946385	None:intergenic	50.0%
	ACCAAACCCTCTCCGACCAA+TGG	+	Chr7:45945425-45945444	MsG0780038402.01.T01:CDS	55.0%
	ACGGTTAAGGATCCGGGTTC+GGG	+	Chr7:45945832-45945851	MsG0780038402.01.T01:CDS	55.0%
	CAATGTGACAGCGTTAGGGG+AGG	+	Chr7:45946299-45946318	MsG0780038402.01.T01:CDS	55.0%
	CATCCACACCAAACTCCACG+TGG	+	Chr7:45945521-45945540	MsG0780038402.01.T01:CDS	55.0%
	CGAAACGCAGCGTTTGAAGG+CGG	-	Chr7:45945658-45945677	None:intergenic	55.0%
	CTTGTGATCCGGTTCAACCC+GGG	+	Chr7:45946355-45946374	MsG0780038402.01.T01:CDS	55.0%
	GGCTCATTATTCTCCGGTGG+AGG	-	Chr7:45946240-45946259	None:intergenic	55.0%
	GGGAGCAATGTGACAGCGTT+AGG	+	Chr7:45946294-45946313	MsG0780038402.01.T01:CDS	55.0%
	GTTGACGTATGCTTGCTCGC+TGG	+	Chr7:45946323-45946342	MsG0780038402.01.T01:CDS	55.0%
	GTTTCCAGCACTTCCTCCAC+CGG	+	Chr7:45946224-45946243	MsG0780038402.01.T01:CDS	55.0%
	TCCATTGGTCGGAGAGGGTT+TGG	-	Chr7:45945429-45945448	None:intergenic	55.0%
	TGACGTATGCTTGCTCGCTG+GGG	+	Chr7:45946325-45946344	MsG0780038402.01.T01:CDS	55.0%
!	AAGCCACGTGGAGTTTGGTG+TGG	-	Chr7:45945527-45945546	None:intergenic	55.0%
!	AGTGCTGGAAACTCCGACTC+CGG	-	Chr7:45946216-45946235	None:intergenic	55.0%
!	CAGGTACGGAGCGGCATTTT+GGG	+	Chr7:45946136-45946155	MsG0780038402.01.T01:CDS	55.0%
!	TAAGGATCCGGGTTCGGGTT+TGG	+	Chr7:45945837-45945856	MsG0780038402.01.T01:CDS	55.0%
!	TTTTCCTTGGAGCTCCGACC+CGG	+	Chr7:45945765-45945784	MsG0780038402.01.T01:CDS	55.0%
!!	GAAACGGGTTGGCCTAATGG+TGG	+	Chr7:45945949-45945968	MsG0780038402.01.T01:CDS	55.0%
	AGGGACGAGATGAAGCCACG+TGG	-	Chr7:45945539-45945558	None:intergenic	60.0%
	ATGCTTGCTCGCTGGGGAAC+CGG	+	Chr7:45946331-45946350	MsG0780038402.01.T01:CDS	60.0%
	CCAAAATGCCGCTCCGTACC+TGG	-	Chr7:45946138-45946157	None:intergenic	60.0%
	CTAGCCGGTGTCCCAACAAC+CGG	-	Chr7:45946054-45946073	None:intergenic	60.0%
	GGGGAACCGGACTTGTGATC+CGG	+	Chr7:45946344-45946363	MsG0780038402.01.T01:CDS	60.0%
	TTAACCGGGTCGGAGCTCCA+AGG	-	Chr7:45945772-45945791	None:intergenic	60.0%
	TTCGGGGAAGACACCGGAGT+CGG	+	Chr7:45946200-45946219	MsG0780038402.01.T01:CDS	60.0%
!	CCAGGTACGGAGCGGCATTT+TGG	+	Chr7:45946135-45946154	MsG0780038402.01.T01:CDS	60.0%
!	TGTTGGGACACCGGCTAGAC+CGG	+	Chr7:45946056-45946075	MsG0780038402.01.T01:CDS	60.0%
!	TTCTCCGGTGGAGGAAGTGC+TGG	-	Chr7:45946231-45946250	None:intergenic	60.0%
!	TTTGGTGTGTGGCGGTGCGT+GGG	+	Chr7:45946274-45946293	MsG0780038402.01.T01:CDS	60.0%
!!	ATTTGGTGTGTGGCGGTGCG+TGG	+	Chr7:45946273-45946292	MsG0780038402.01.T01:CDS	60.0%
!!	GCGGAAACGGGTTGGCCTAA+TGG	+	Chr7:45945946-45945965	MsG0780038402.01.T01:CDS	60.0%
	AACCGGGTCCAGGTACGGAG+CGG	+	Chr7:45946127-45946146	MsG0780038402.01.T01:CDS	65.0%
!	GTTGGGACACCGGCTAGACC+GGG	+	Chr7:45946057-45946076	MsG0780038402.01.T01:CDS	65.0%
	TGCCGCTCCGTACCTGGACC+CGG	-	Chr7:45946132-45946151	None:intergenic	70.0%

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Gene Sequence

>MsG0780038402.01.T03

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>MsG0780038402.01.T08

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>MsG0780038402.01.T01

ATGGCTTTGTTTCTCCTCTTTCTCTTCTCCATTCTACTCAACAACATTTCAAGTAGCTCAGCTTTTTCATCACAACCAGGTATCTGCTACGGTCAACTAGGAAACAACCTACCAAATCCTTCAAAATCACTATCCTTAATCAAATCCTTAAACGCAAAGCGCATCAAAATCTATGACACAAACCCACAAATCCTAACAACCTTAAAAAACACAAACATCCAAATCTCAATCATGCTCCCAAACGAACTCATCACAAACATCTCATCAAACCAAACCCTCTCCGACCAATGGATCAAATCCAACATTCTACCTTATTACCCACAAACCCTAATCCGTTACCTCCTTGTAGGAAACGAAATCATCTCATCCACACCAAACTCCACGTGGCTTCATCTCGTCCCTGCGATGCGTAGAATCAAACACTCTTTGAAAAAATTCAGAATCAAAAGAATCAAAGTTGGTACTTCTTCTGCTATGGATGTTCTAGAAACTTCTTTTCCGCCTTCAAACGCTGCGTTTCGTAAAGATATAGCGGTTCAAGTTATTAAACCGATGCTTAGGTTTTTAAACCGGACTAAATCTTTTTTCTTTTTAGATGTTTATCCGTTTTTTCCTTGGAGCTCCGACCCGGTTAATGTTAATTTGGATTATGCTTTGTTTAGAGAGAGTAATGTTACGGTTAAGGATCCGGGTTCGGGTTTGGTTTACACGAATTTATTTGATCAGATGGTGGATGCGGTTTATTTTGCGATGGAGAAACTTGGGTTTCCGGATGTTCGGATATTTATCGCGGAAACGGGTTGGCCTAATGGTGGTGACGTTGATCAAATTGGTGCTAATGTTTTTAATGCTGCTACTTATAATCGTAATTTTGTTAAAAAAGTTATGAAAAAACCGGTTGTTGGGACACCGGCTAGACCGGGTTCAATTCTTCCGAGTTTTTTATTTGCTTTGTTTAATGAGAATATTAAACCGGGTCCAGGTACGGAGCGGCATTTTGGGTTGTTGTATCCGAACGGGTCTAGGGTTTATGAGATTGATCTTTCGGGGAAGACACCGGAGTCGGAGTTTCCAGCACTTCCTCCACCGGAGAATAATGAGCCATATAAAGGGAAGATTTGGTGTGTGGCGGTGCGTGGGAGCAATGTGACAGCGTTAGGGGAGGCGTTGACGTATGCTTGCTCGCTGGGGAACCGGACTTGTGATCCGGTTCAACCCGGGAAAAAGTGTTTTAAACCCGATTCAGTTTTTTGGCATGCTAGCTATGCGTTTAGTTCTTACTGGGCTCAGTTTAAGAAGATTGGAGGAACTTGTTACTTTAATGGGCTTGCTACTCAAACTGCAAAGGATCCAAGTTATGGATCTTGCAAGTTTCCAAGTGTGACACTTTGA

>MsG0780038402.01.T09

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Protein sequence

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