Alfalfa Gene Editing Database
Alfalfa Gene Editing Database
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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Co-expression Network
| Gene1 | Gene2 | correlation coefficient | p_value | FDR |
|---|---|---|---|---|
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| MsG0780038402.01.T01 | MTR_4g088155 | 54.936 | 466 | 200 | 3 | 1 | 463 | 4 | 462 | 0.0 | 561 |
| MsG0780038402.01.T01 | MTR_1g056640 | 41.703 | 458 | 239 | 7 | 27 | 460 | 39 | 492 | 2.16e-123 | 369 |
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| MsG0780038402.01.T01 | MTR_6g088885 | 39.565 | 460 | 261 | 9 | 4 | 458 | 7 | 454 | 4.05e-113 | 343 |
| MsG0780038402.01.T01 | MTR_4g069940 | 37.300 | 437 | 266 | 6 | 27 | 460 | 30 | 461 | 5.65e-103 | 315 |
| MsG0780038402.01.T01 | MTR_3g116510 | 36.876 | 461 | 271 | 9 | 4 | 458 | 8 | 454 | 4.79e-98 | 302 |
| Query id | Subject id | identity % | alignment length | mismatches | gap openings | q. start | q. end | s. start | s. end | e-value | bit score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MsG0780038402.01.T01 | AT3G07320 | 66.368 | 446 | 148 | 1 | 18 | 463 | 17 | 460 | 0.0 | 635 |
| MsG0780038402.01.T01 | AT3G23770 | 55.830 | 446 | 193 | 2 | 21 | 463 | 32 | 476 | 0.0 | 537 |
| MsG0780038402.01.T01 | AT4G14080 | 52.192 | 479 | 212 | 2 | 1 | 463 | 1 | 478 | 0.0 | 533 |
| MsG0780038402.01.T01 | AT4G26830 | 41.791 | 469 | 248 | 8 | 1 | 460 | 1 | 453 | 6.39e-128 | 379 |
| MsG0780038402.01.T01 | AT4G26830 | 42.222 | 450 | 236 | 7 | 20 | 460 | 23 | 457 | 3.90e-126 | 374 |
| MsG0780038402.01.T01 | AT5G55180 | 42.188 | 448 | 240 | 7 | 21 | 460 | 22 | 458 | 1.62e-124 | 370 |
| MsG0780038402.01.T01 | AT5G55180 | 42.045 | 440 | 236 | 7 | 21 | 452 | 22 | 450 | 2.95e-119 | 357 |
| MsG0780038402.01.T01 | AT2G05790 | 39.644 | 449 | 252 | 7 | 27 | 460 | 26 | 470 | 4.50e-116 | 349 |
| MsG0780038402.01.T01 | AT5G56590 | 39.091 | 440 | 259 | 6 | 21 | 458 | 21 | 453 | 1.73e-109 | 333 |
| MsG0780038402.01.T01 | AT4G29360 | 39.610 | 462 | 247 | 7 | 21 | 458 | 22 | 475 | 2.86e-106 | 326 |
Find 125 sgRNAs with CRISPR-Local
Find 167 sgRNAs with CRISPR-GE
CRISPR-Local
| sgRNA_sequence | on_target_score | Position | Region |
|---|---|---|---|
| AAAACCGGTTGTTGGGACAC+CGG | 0.571712 | 7:+45946047 | MsG0780038402.01.T01:CDS |
| AAACTCGGAAGAATTGAACC+CGG | 0.715518 | 7:-45946075 | None:intergenic |
| AACCGGGTCCAGGTACGGAG+CGG | 0.677668 | 7:+45946127 | MsG0780038402.01.T01:CDS |
| AACTTGGGTTTCCGGATGTT+CGG | 0.396533 | 7:+45945914 | MsG0780038402.01.T01:CDS |
| AAGCCACGTGGAGTTTGGTG+TGG | 0.644687 | 7:-45945524 | None:intergenic |
| AAGTTATTAAACCGATGCTT+AGG | 0.456379 | 7:+45945695 | MsG0780038402.01.T01:CDS |
| AATCCAAATTAACATTAACC+GGG | 0.666875 | 7:-45945783 | None:intergenic |
| AATGTTACGGTTAAGGATCC+GGG | 0.524550 | 7:+45945826 | MsG0780038402.01.T01:CDS |
| ACCAAACCCTCTCCGACCAA+TGG | 0.556784 | 7:+45945425 | MsG0780038402.01.T01:CDS |
| ACGGTTAAGGATCCGGGTTC+GGG | 0.304864 | 7:+45945832 | MsG0780038402.01.T01:CDS |
CRISPR-GE
| badsite warning | sgRNA_sequence | Strand | Position | Region | GC_content |
|---|---|---|---|---|---|
| AAGTTATTAAACCGATGCTT+AGG | + | Chr7:45945695-45945714 | MsG0780038402.01.T01:CDS | 30.0% | |
| CACGAATTTATTTGATCAGA+TGG | + | Chr7:45945864-45945883 | MsG0780038402.01.T01:CDS | 30.0% | |
| CTTAGTATTGTTCCACATAA+TGG | + | Chr7:45946714-45946733 | MsG0780038402.01.T01:intron | 30.0% | |
| GAATTTATTTGATCAGATGG+TGG | + | Chr7:45945867-45945886 | MsG0780038402.01.T01:CDS | 30.0% | |
| GACATTTAACATCCATTATG+TGG | - | Chr7:45946729-45946748 | None:intergenic | 30.0% | |
| GAGAATAATGAGCCATATAA+AGG | + | Chr7:45946246-45946265 | MsG0780038402.01.T01:CDS | 30.0% | |
| GGTTTATGAGATTGATCTTT+CGG | + | Chr7:45946182-45946201 | MsG0780038402.01.T01:CDS | 30.0% | |
| GTTTAGAGAGAGTAATGTTA+CGG | + | Chr7:45945813-45945832 | MsG0780038402.01.T01:CDS | 30.0% | |
| GTTTATGAGATTGATCTTTC+GGG | + | Chr7:45946183-45946202 | MsG0780038402.01.T01:CDS | 30.0% | |
| TGAAATGTTGTTGAGTAGAA+TGG | - | Chr7:45945055-45945074 | None:intergenic | 30.0% |
| Chromosome | Type | Strat | End | Strand | Name |
|---|---|---|---|---|---|
| Chr7 | gene | 45945024 | 45947028 | 45945024 | ID=MsG0780038402.01;Name=MsG0780038402.01 |
| Chr7 | mRNA | 45945024 | 45947028 | 45945024 | ID=MsG0780038402.01.T01;Parent=MsG0780038402.01;Name=MsG0780038402.01.T01;_AED=0.33;_eAED=0.34;_QI=0|0|0|1|0.5|0.33|3|0|463 |
| Chr7 | exon | 45945024 | 45945075 | 45945024 | ID=MsG0780038402.01.T01:exon:4226;Parent=MsG0780038402.01.T01 |
| Chr7 | exon | 45945209 | 45946510 | 45945209 | ID=MsG0780038402.01.T01:exon:4227;Parent=MsG0780038402.01.T01 |
| Chr7 | CDS | 45945024 | 45945075 | 45945024 | ID=MsG0780038402.01.T01:cds;Parent=MsG0780038402.01.T01 |
| Chr7 | CDS | 45945209 | 45946510 | 45945209 | ID=MsG0780038402.01.T01:cds;Parent=MsG0780038402.01.T01 |
| Chr7 | CDS | 45946991 | 45947028 | 45946991 | ID=MsG0780038402.01.T01:cds;Parent=MsG0780038402.01.T01 |
| Chr7 | mRNA | 45945220 | 45947028 | 45945220 | ID=MsG0780038402.01.T02;Parent=MsG0780038402.01;Name=MsG0780038402.01.T02;_AED=0.34;_eAED=0.34;_QI=0|0|0|1|1|1|2|0|442 |
| Chr7 | exon | 45945220 | 45946510 | 45945220 | ID=MsG0780038402.01.T02:exon:4229;Parent=MsG0780038402.01.T02 |
| Chr7 | CDS | 45945220 | 45946510 | 45945220 | ID=MsG0780038402.01.T02:cds;Parent=MsG0780038402.01.T02 |
| Chr7 | CDS | 45946991 | 45947028 | 45946991 | ID=MsG0780038402.01.T02:cds;Parent=MsG0780038402.01.T02 |
| Chr7 | mRNA | 45945388 | 45947028 | 45945388 | ID=MsG0780038402.01.T03;Parent=MsG0780038402.01;Name=MsG0780038402.01.T03;_AED=0.36;_eAED=0.36;_QI=0|0|0|1|1|1|2|0|386 |
| Chr7 | exon | 45945388 | 45946510 | 45945388 | ID=MsG0780038402.01.T03:exon:4230;Parent=MsG0780038402.01.T03 |
| Chr7 | CDS | 45945388 | 45946510 | 45945388 | ID=MsG0780038402.01.T03:cds;Parent=MsG0780038402.01.T03 |
| Chr7 | CDS | 45946991 | 45947028 | 45946991 | ID=MsG0780038402.01.T03:cds;Parent=MsG0780038402.01.T03 |
| Chr7 | mRNA | 45945184 | 45946563 | 45945184 | ID=MsG0780038402.01.T04;Parent=MsG0780038402.01;Name=MsG0780038402.01.T04;_AED=0.34;_eAED=0.34;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|459 |
| Chr7 | exon | 45945184 | 45946563 | 45945184 | ID=MsG0780038402.01.T04:exon:4231;Parent=MsG0780038402.01.T04 |
| Chr7 | CDS | 45945184 | 45946563 | 45945184 | ID=MsG0780038402.01.T04:cds;Parent=MsG0780038402.01.T04 |
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