AlfalfaGEDB | MS.gene34554

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene34554

KEGG: -
GO: GO:0003674 GO:0005488 GO:0005515
PFAM: PF00612.30 PF13178.9

Nr:

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MS.gene34554.t1	XP_013443349.1	95.8	354	15	0	17	370	103	456	3.70E-166	594.3

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Swissprot:

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No data available in table

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Trembl:

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MS.gene34554.t1	A0A072TIL7	95.8	354	15	0	17	370	103	456	2.7e-166	594.3

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
MS.gene049171	MS.gene34554	0.826403	2.77E-54	-1.69E-46
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MS.gene049656	MS.gene34554	0.810768	9.78E-51	-1.69E-46

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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MS.gene34554.t1	MTR_0019s0070	94.837	368	19	0	3	370	89	456	0.0	712
MS.gene34554.t1	MTR_1g101330	67.292	373	93	11	3	370	93	441	1.16e-152	437
MS.gene34554.t1	MTR_4g102840	38.810	353	185	8	33	370	90	426	5.63e-58	194
MS.gene34554.t1	MTR_1g103070	34.954	329	134	11	21	335	124	386	2.01e-33	129
MS.gene34554.t1	MTR_8g102400	34.202	307	133	13	33	322	114	368	9.42e-28	113
MS.gene34554.t1	MTR_8g024540	31.680	363	167	12	33	328	129	477	1.38e-27	114
MS.gene34554.t1	MTR_8g014580	35.333	300	146	9	28	325	123	376	2.70e-27	112
MS.gene34554.t1	MTR_7g114870	44.094	127	58	3	33	158	108	222	1.11e-19	89.7
MS.gene34554.t1	MTR_1g095740	52.439	82	38	1	26	107	137	217	2.36e-18	86.7
MS.gene34554.t1	MTR_0047s0040	42.424	99	46	2	20	109	92	188	3.91e-17	82.8

Showing 1 to 10 of 29 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene34554.t1	AT5G07240	44.037	327	92	14	25	337	100	349	1.53e-54	184
MS.gene34554.t1	AT5G07240	44.037	327	92	14	25	337	146	395	3.40e-54	185
MS.gene34554.t1	AT5G62070	47.319	317	94	12	25	337	111	358	4.39e-53	181
MS.gene34554.t1	AT4G23060	35.519	366	176	14	23	370	160	483	5.86e-36	137
MS.gene34554.t1	AT3G16490	33.837	331	126	9	3	325	90	335	3.23e-28	114
MS.gene34554.t1	AT1G01110	32.749	342	159	11	33	320	123	447	5.28e-28	115
MS.gene34554.t1	AT4G00820	31.481	378	138	16	20	320	120	453	1.71e-23	102
MS.gene34554.t1	AT3G49260	59.740	77	31	0	23	99	112	188	3.51e-20	92.0
MS.gene34554.t1	AT3G49260	59.740	77	31	0	23	99	112	188	3.51e-20	92.0
MS.gene34554.t1	AT3G49260	59.740	77	31	0	23	99	112	188	3.51e-20	92.0

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Find 83 sgRNAs with CRISPR-Local

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CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAATGCCTGTGGACTACTCT+CGG	0.594597	6.3:+53453038	None:intergenic
AAATTCTTGAAGTAGATACT+TGG	0.490960	6.3:-53453254	MS.gene34554:CDS
AAATTGCAAGCTTTGGTGAG+AGG	0.564599	6.3:-53454781	MS.gene34554:CDS
AAATTGGTTAGACAGTTGGA+TGG	0.594225	6.3:-53453346	MS.gene34554:CDS
AACACATGGAGCCAAACCGG+CGG	0.614080	6.3:-53453318	MS.gene34554:CDS
AACCGCCGAGAGTAGTCCAC+AGG	0.576504	6.3:-53453043	MS.gene34554:CDS
AACCGTCTCCGACCAGTCGT+CGG	0.595592	6.3:+53459282	None:intergenic
AACTTAGAAAGAGCCCGGTT+AGG	0.536800	6.3:-53453372	MS.gene34554:CDS
AAGATTCAGTCGGCTTTCCG+AGG	0.566154	6.3:-53459234	MS.gene34554:CDS
AATCATGAATACCTTGAGGA+TGG	0.574647	6.3:+53453607	None:intergenic

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr6.3	gene	53452717	53461879	53452717	ID=MS.gene34554
chr6.3	mRNA	53452717	53461879	53452717	ID=MS.gene34554.t1;Parent=MS.gene34554
chr6.3	exon	53461872	53461879	53461872	ID=MS.gene34554.t1.exon1;Parent=MS.gene34554.t1
chr6.3	CDS	53461872	53461879	53461872	ID=cds.MS.gene34554.t1;Parent=MS.gene34554.t1
chr6.3	exon	53459227	53459353	53459227	ID=MS.gene34554.t1.exon2;Parent=MS.gene34554.t1
chr6.3	CDS	53459227	53459353	53459227	ID=cds.MS.gene34554.t1;Parent=MS.gene34554.t1
chr6.3	exon	53454642	53454839	53454642	ID=MS.gene34554.t1.exon3;Parent=MS.gene34554.t1
chr6.3	CDS	53454642	53454839	53454642	ID=cds.MS.gene34554.t1;Parent=MS.gene34554.t1
chr6.3	exon	53453619	53453687	53453619	ID=MS.gene34554.t1.exon4;Parent=MS.gene34554.t1
chr6.3	CDS	53453619	53453687	53453619	ID=cds.MS.gene34554.t1;Parent=MS.gene34554.t1
chr6.3	exon	53452717	53453427	53452717	ID=MS.gene34554.t1.exon5;Parent=MS.gene34554.t1
chr6.3	CDS	53452717	53453427	53452717	ID=cds.MS.gene34554.t1;Parent=MS.gene34554.t1

Gene Sequence

>MS.gene34554

ATGGGAAGGTGGGGATGGTAGGAGTATTAACTTATGGAATCACAAGTAGTTAAATGAGGAGACAAGGCTTTAAAATTTTATTTATTCCATGTCACAAGGCCTTAAAGAGAGGGAGGGAGGTGCTTTTTTTCTTTTTTCTTTTAAGGAGGGAGGTGTGCTTATTAATTATTAATGGATGAAAACGGTTCATTCTTGAATTGTGGTATAAGCTGTTTTGCAAAAGAGAAATGATATTTTGAACAACCACTTTTAAACAACTTTTGTGACAACTTTCTCTCTCATACTCACATTATACTTTTATTCTCTCTTCCTTTTTCTCTTTCTATTGTTATTGTCCAATAAGAAGAGAGAAAAAAAGGTTGTCATTAAAGTTGTTTGATTTTAGTTGTCAAAATATCACTCCTCTTTGCAAAACTTCGTAATTTGATGTCCCTGTTGATTTATTCCCACACATCTTGTTGAGGAATATAGATGGAAAGGAGCTTTCTATTATTGATGCGACACTAATATTTAGTATTTACATACAAAATTTTGGTTCTATACTGGATTGCCACGATTTTCTGTTTAAGTATTAGGATTGGTGCAATCACAAGAGATTTGGATAATATGCATAAGGTTGTAAGTTCAAACCTTGTTCTTTTCATTGTTCTTTTCATTGTACCACAATAAAATACAAATTTGATACGATGGATCCAGATATATTGTACGGGGGATTGAATTTTTTTTATGGGTCATCTAACAAGTGTTTTTAGAACTGTCAAGGATTAAAAAAAGAAAGAAATAATGTATTAAGTTTTATGTAAAAAAAATTATTTTTTACAGTTTTAATGTATTGAATATATCGTTCTCAGTTCTCACAATAAAATTTTCACTTTAAACTTATTAACAAGTGTTTTAGAGTATCTACAATGGAGAAATTTATTTTTAAATACTTAAATGAGTTTCACAAGTACACATCATTTATTTATAATTTATAATAAGCACTCAATCTCCAACCCAACACCTCGTACAAATTTTTAAAACGGAACTTACTAATCATCTATCAATAACTCTATATCATTACATTTGATTTTTTTAATATTAAAAATGTGTGGGACCCATTGAAAAATAAGATGCTCATCATTTGAGACCTTCAATCTCATTAAGCACTCAATTTTTTTTTTTTTTTTTATCACAATGGTGGTATCTAATAGATACCAAGTTATATGGAGTAAGACCTTATCTTTGTGGATGATCTTAAAGACATTTGTTAATATTTTTCATTTTTTAATAATATATAGTATGCAATATTAAATCACAATGACATTAATTTATCAAGAGCATAAAATAAAACAATGAAAAAAAATGTATGATAATAGATACATATTATTCAAGTACATCTAAAAGTTTTACATTGCTTCTGGATCAAGGTTAGACAACACCCACACTACTCAATTCAATGAGACATATTTTGTGAAAGATAAAATCGTAAAAAACCACATTTTAAGAGTTTACCTCCTTTATTTAGACTCAACCCCGATTTATATCACCACATATTTATTTAGTTAACACATTTACACATGTTTGTAATGTAATTTTTTCTCATATTTAATGATGTATTAGGTTTTTTTCTACTTTATTCGTTAATATATAAGTACATCAGTTCATTTTAGCTCAACTTACCTATGTTAAAATTGTTAGATTAAAATTGAACATCGTAATTAACTTAAGGGAAATGTTAACCAATGCCCCCGGAACACTGGTTAAGGAATTATATAAAAAAAATATTGTATTGGAAATTATGTATTCCACTTTTTGAAAGTTAAAAAAGTGTTTTTTTTCAATGCAAAACTTGACTTTTCTTTCTATTTTTATTTCCTTAACTAGTATCCCGGGGAGCACTGGTTAACAAGACCCTTAACTTAAATTCAAACTCAAAATCTCTCACTCATACGCAAGTTTTCAAGTGATTATTATCGTTTCCTTTATCTAAAATAATTTACCTAAATGAAAGACTATTTTTACCAAGATTAACATTTTTCACTCTATTTATTGATTACCAATAGCGCGTGGAGAAGAGATACATTGAATAGTGCGTGACCATGAAATAAATAAACCATTGAACATATTCCAAAATTCTTCCACAAAATCACAAACTCCTCAATTTAAGTGTTTCATCATCTTCTTCTTCTTCCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAACTTCATAAACCTTCCCTCATTACCCTCTCCCACCCAATGACACAAACCTCACCATGAACTTTCTCCGACGACTCTTCGGCGGCAAAAAACACCGTAATCCACCACCAGAACCACCCACCACCAACAAAAAAGACAAAAGAACATGGAGTTTCACAAAGAACAACACAAGACAAAAAACCAACAAAAATTCTGACCCTTCAACTTCTTCTTTCTCTGATAACTATGATGCTAATAAACATGCCATTGCTGTTGCTGCTGCTACTGCCGCCGTTGCTGAAGCTGCACTCGCTGCTGCTCATGCTGCCGCTGAGGTTGTTAGACTAACAAGTAATACGGCTGGTGGAAATTCTGCTGGAGGACCTCGGACTCCGACGACTGGTCGGAGACGGTTGTCGGAAGAAATTGATGCTGCCGTGAAGATTCAGTCGGCTTTCCGAGGTTATTTGGTATGTAACAATTTTTGTTTCCTTGAAATATTATTCACAGTTAAAATTACCAACATAGTAAAAATGTTACTTCCTCCGATTCTTTTTATGAGAAATAAAATAGTCAATAAAATTGATGTATTTGGTCGATATTATGAACAAAATACATATGATGGTATAATATTGCTCTTGCTTCTATTGAGCTCCATTTAGCGAGCAATAAAATTGGTCTACCTTAGTTGTTTCGGATATCGAGTTTAAAAAAAAAATTGGATTTTCATATTAAAAAATGAAAAGAGTAGACAAAAAGATGTGAGGTTTTATTTTTTAACAGAATTTGAAGGATTTTGTTCCATTAAAAAAAAAAAATTGAAGGATGTTCCATTAAAGAATTGAATTGTTGATTTTAGGTGATGGAGGTAGTTATAGTTATTAATTGGCCATTATTGTTCTTTTAATTGAGTATATACTAGCATATAAAGTGATGAAAATTTAAAGAGTGACTATTGGTTTTTCGTATCAAGAATAATTTTGGAGTAATGTTTGTGTGGTCACAGCTGCATATTTAAATAGTTTAGACATACTCATAAAAAAGTTAGAAATAATAAATACAATATATTGTTTATATTTTTATTTTTATTGAAAATATTGATTGATTCATATTTTGTGAGTGTGTAAATGGAATTTATTGTTTCCACATCACTGTACTTGTTTGACACTTGATTTCTCTGCTTGCTTTCTGCCCATTCTATTTTTCTAGTTGAAAATTGGAATAATAGAATTTTTTAATATTTTTTTGGAAGAATTTTTCAATTCTTTATACTAGTACAGTACTATTGCTTTGTAATTTTCAACACCGGTTCTCTTTTCTTTTTTACTCAACTATCCATATTAGATTAACATGCTCTTTTGACAACACCAATTCTTTGTCTCCTTCAAAATGAAATTCATTGACTTAACATCCTCTTTATTTGGTATTCTCACCATTTCATCTATTTGGAGAGATATAGACACAAAAAAATCTCGAAAAACTAAAAAGTAATTAATGATGGTGGGACCCACTTAATAGTGGGACACACTATCTATTTTACTGTGTCTATCTCTCTCCAAATTGCATACTCCATAAAATTCATTAAATAAGTATTCCCTCCGGTCACTATTATAAGCAAAATGTCACTTTTTAGATTCATTCAATAAATGATGTATGTAGTCTATATGTAGACCAAATACATCATTTATTAAATGAACCTAAAAAATCAACTTTTGCTTATAATAGTGACCGGAGGGAGTTCCAGTTTAGACTATGGAGTACAGTGTTTTAGGTTCCATTTCCACCGACAACTTTGCCTTAGAATAGTGTCATTTGGACGTTTAAATTTATTATTTAGCCATACTTAGTTTTTTATTCTTTTTCAAGCTCCAAAATTTTGATTTTGACACATCGAACAAAGACGAGATGTGTGTTTGCACTTGTTAGAACTTAGGACCATTAGTTTTTGGTGCGTGTATGTATCATTTTCAATAGATATATCATGTGATAATTTTTTGTATTATGATATTAAATTTTTGTTAATTGAGAGTTTTTTTTTTTTTTTTAGGGAAGTTAATTGAGAGATTTATAATTATAAGTATGTCATTGATATTTATCTTATGTTAAATTTTATAGGATTCATAAAAATTACTATGTGTATACATTTAACCTTTTTTACTACTGCTATGGTAGTCAGTGCCCTCGGTATTCCTATCACGTGCTGGCTGCAATTTTTGTGTTACGTCACTTTTGTGTTTTGAAATTCGTTCTGTTAAGTATCAGTCATACATTTCATTAAGGGTATCATTAGTTAGGTTTATCTCACAATACTTTCCTTTAATAGGTAGATCTAGTATGTTCTAAAAACCCAACTCTCAAGTCTGAATATTTAACAATAATAGTAATAACAAGAGTATCATTTATATTATTTATTTAGATATATGTTGGTCTATGAGGCTTAAAATGTTGTTTATTTAACTAAACTAAATAGAATTTCCAAAATCATTGGACTTGTTTGTTTAAAAAAAAAAATACTTGGTCAAATAAGTTTGATATAGGCTAGGTCATTGACCTTTGTCAGAAGGTGTAACTTATTTTGATCACGGAGAGTTACTTCGCTCCTCAACTATTTCTAAAATCCCAACCCACTCTGGATGTACATTTTCAGATGGACAAATTCCACCATATTTCTCTCCACCAGAGTGGAGCATCCGATGAAAACCGATTTTAGCCGTTAAAAATGGTATATCCGGACGGAATTGGAGTTGTCAAAATAGTTGGGGGTGCTAAAAGCAATTATATTAATTAATTACTACGTCTTTAGTTGTTACACAATGT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Protein sequence

>MS.gene34554.t1

MGRLTSNTAGGNSAGGPRTPTTGRRRLSEEIDAAVKIQSAFRGYLARRALRALKALVKLQALVRGHIVRKQTADMLRRMQTLVRLQSRARASRVHISDNMHSFKSSLSRYPVPDDYEHPLRVYSTKFDGSSILKRCSSNANFRDMNLERARLGSNWLDSWMEENTWSQTGGASSKNVNDDEKSDKILEVDTWKPHLKSQHSTSTSFQHHYSSSDYNNENFMVHESPSKRSSIAYNPSLSSMKHQKGKEEEVASSRTAESSPQAFLASSRLESGSRRGPFTPTKSESSWGFFNAYSGYPSYMANTQSSRAKVRSQSAPRQRLEFERYGSSTRSIQGLWESGSNSEIDSDFRSKVYPATSSLNRIGSSTNLR