AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene056373


Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MS.gene056373.t1 MTR_4g067140 91.111 135 12 0 45 179 111 245 2.19e-86 259
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MS.gene056373.t1 AT3G59390 65.672 134 43 1 58 188 123 256 1.40e-56 182
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Find 39 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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TTGTAAGGAAACACATTAAT+TGG 0.224395 4.1:+34146541 None:intergenic
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TCTCGTTGTTGTCCTCAAAC+TGG 0.336976 4.1:-34151981 MS.gene056373:CDS
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TAGACAGCTTCCTCGTCTTA+TGG 0.369522 4.1:+34163556 None:intergenic
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CTCGTTGTTGTCCTCAAACT+GGG 0.497265 4.1:-34151980 MS.gene056373:CDS
CAATCTATACTTTCTTGTGA+TGG 0.499244 4.1:-34146800 MS.gene056373:CDS
AGTGTATTTGACTACTGTGC+TGG 0.523981 4.1:-34151136 MS.gene056373:CDS
GGAGGTTGCTTGGCAAGTGT+TGG 0.527938 4.1:-34147955 MS.gene056373:CDS
GCGTCATAAACAACTTCAGC+AGG 0.537785 4.1:+34147922 None:intergenic
ATGGTTCGCATCAGCACACA+AGG 0.588855 4.1:-34146781 MS.gene056373:CDS
AATTCAGTTTGCAAGTCAAG+AGG 0.592476 4.1:-34148395 MS.gene056373:CDS
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AAATACATGAGCTGCAAGGG+AGG 0.623821 4.1:-34147973 MS.gene056373:CDS
TTTACCTCCCAGCAACAACA+TGG 0.629793 4.1:+34148527 None:intergenic
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CTTCCTCGTCTTATGGACGC+TGG 0.639294 4.1:+34163563 None:intergenic
ATAGCACTCTCACAGAAGCA+AGG 0.642158 4.1:-34148561 MS.gene056373:CDS
TCCAGAATCATGTTTATACA+CGG 0.645067 4.1:-34146828 MS.gene056373:CDS
TGGACGGGCTGGTATCGAAG+TGG 0.653349 4.1:-34146459 MS.gene056373:CDS
GACTTACCAGAAGAATTGGA+CGG 0.659170 4.1:+34149850 None:intergenic
TCGGCATAGTTCTGAGAGTG+TGG 0.674151 4.1:-34151107 MS.gene056373:intron
ACGGTAGAGAAAAGCAATGG+TGG 0.678929 4.1:+34149869 None:intergenic
ATGTGTCCCAAATAAACTTG+TGG 0.680538 4.1:-34148366 MS.gene056373:CDS
GCATCCATGTTGTTGCTGGG+AGG 0.683613 4.1:-34148531 MS.gene056373:intron
TGGACGGTAGAGAAAAGCAA+TGG 0.695543 4.1:+34149866 None:intergenic
TTGCCAGCGTCCATAAGACG+AGG 0.706417 4.1:-34163566 MS.gene056373:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr4.1 gene 34146444 34163628 34146444 ID=MS.gene056373
chr4.1 mRNA 34146444 34163628 34146444 ID=MS.gene056373.t1;Parent=MS.gene056373
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chr4.1 exon 34147916 34148002 34147916 ID=MS.gene056373.t1.exon7;Parent=MS.gene056373.t1
chr4.1 CDS 34147916 34148002 34147916 ID=cds.MS.gene056373.t1;Parent=MS.gene056373.t1
chr4.1 exon 34146746 34146852 34146746 ID=MS.gene056373.t1.exon8;Parent=MS.gene056373.t1
chr4.1 CDS 34146746 34146852 34146746 ID=cds.MS.gene056373.t1;Parent=MS.gene056373.t1
chr4.1 exon 34146444 34146574 34146444 ID=MS.gene056373.t1.exon9;Parent=MS.gene056373.t1
chr4.1 CDS 34146444 34146574 34146444 ID=cds.MS.gene056373.t1;Parent=MS.gene056373.t1
Gene Sequence

>MS.gene056373

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