AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene060572


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Find 55 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGGTGTCTTTCATGGTGTTT+TGG 0.222197 8.4:-15998220 MS.gene060572:CDS
TCAGCTGGTCACTAATTATA+AGG 0.227109 8.4:-15998382 MS.gene060572:CDS
TTGTGTTGCTGCCTGTTTCT+TGG 0.249820 8.4:-15997981 MS.gene060572:intron
CCTCCACCCATATTGCTTCA+TGG 0.250608 8.4:+15996408 None:intergenic
GACGATTTGAACTTCAAATA+AGG 0.256081 8.4:+16002034 None:intergenic
GGTTATTATGGTGTCTTTCA+TGG 0.282164 8.4:-15998228 MS.gene060572:CDS
ACAGAACCCATGAAGCAATA+TGG 0.282977 8.4:-15996415 MS.gene060572:intron
GACGATTTGAGCTTCAAATA+AGG 0.283369 8.4:+15997271 None:intergenic
GCCCAAGAAGAAGGCTTTAC+AGG 0.319163 8.4:-15996206 MS.gene060572:CDS
TCTCTTGCTAAGCAGATAAA+AGG 0.331937 8.4:-15997250 MS.gene060572:CDS
TAAAGACGTGGCTACTGATA+TGG 0.336744 8.4:-15996173 MS.gene060572:CDS
CACCTGTAAAGCCTTCTTCT+TGG 0.343749 8.4:+15996204 None:intergenic
CAATAAAAGTGAAGTTTCTA+AGG 0.344824 8.4:-16000271 MS.gene060572:CDS
ACCTGTAAAGCCTTCTTCTT+GGG 0.378324 8.4:+15996205 None:intergenic
CTCCACCCATATTGCTTCAT+GGG 0.379695 8.4:+15996409 None:intergenic
TGGAAATAAGTATTGGAGTT+GGG 0.380170 8.4:-15998335 MS.gene060572:CDS
GGTGTTGCGTTGGGTTATTA+TGG 0.401377 8.4:-15998240 MS.gene060572:CDS
CAGCTGGTCACTAATTATAA+GGG 0.407857 8.4:-15998381 MS.gene060572:CDS
ACAAGCCTCAGCTTGCAATA+TGG 0.420185 8.4:+15996229 None:intergenic
GAAATAAGTGGGAACAAGAA+TGG 0.424242 8.4:-15996136 MS.gene060572:CDS
AAACCACCTCACCAAGAAAC+AGG 0.437621 8.4:+15997970 None:intergenic
TTGGAAATAAGTATTGGAGT+TGG 0.458846 8.4:-15998336 MS.gene060572:CDS
CAGAACCCATGAAGCAATAT+GGG 0.461375 8.4:-15996414 MS.gene060572:CDS
CAAAACACGGGCAGCGACGC+CGG 0.480452 8.4:+15998035 None:intergenic
TAGCGTCAAATGAGGCTCCT+TGG 0.483811 8.4:+16003206 None:intergenic
AAATAAGTGGGAACAAGAAT+GGG 0.494120 8.4:-15996135 MS.gene060572:CDS
CCACTTATTTCATCAGCACA+TGG 0.507439 8.4:+15996148 None:intergenic
GAGGCTTGTGCCCAAGAAGA+AGG 0.509438 8.4:-15996215 MS.gene060572:CDS
TTAATCAGAATTTGCTATGG+AGG 0.515628 8.4:-15996903 MS.gene060572:intron
CGGTGATCTCAAAGGAAACT+CGG 0.527356 8.4:+15998298 None:intergenic
CAATATGGGTGGAGGAAGAT+CGG 0.530798 8.4:-15996400 MS.gene060572:CDS
CGGCTCTGCTTGTATTCGTA+AGG 0.538594 8.4:-15996380 MS.gene060572:intron
GTGGCTCGAAAGAGCGGTGG+TGG 0.542825 8.4:-15998187 MS.gene060572:intron
TAATCAGAATTTGCTATGGA+GGG 0.547304 8.4:-15996902 MS.gene060572:intron
ACATTAATCAGAATTTGCTA+TGG 0.552470 8.4:-15996906 MS.gene060572:intron
CACTTATTTCATCAGCACAT+GGG 0.576309 8.4:+15996149 None:intergenic
CCATGAAGCAATATGGGTGG+AGG 0.579809 8.4:-15996408 MS.gene060572:CDS
CAACAAACGTGAAGTTTCCA+AGG 0.586927 8.4:-16003223 MS.gene060572:CDS
AGATCACCGAAGTGACTATG+AGG 0.594467 8.4:-15998284 MS.gene060572:CDS
CAACACAAACAAAGATCTAG+AGG 0.594744 8.4:+15997996 None:intergenic
CCATGTGCTGATGAAATAAG+TGG 0.598345 8.4:-15996148 MS.gene060572:CDS
ATAATTAGTGACCAGCTGAA+AGG 0.606048 8.4:+15998386 None:intergenic
TGAGTGGTGGCTCGAAAGAG+CGG 0.606187 8.4:-15998193 MS.gene060572:CDS
AGTCACTTCGGTGATCTCAA+AGG 0.608362 8.4:+15998290 None:intergenic
ACGAACCCGACAACAAAACA+CGG 0.610903 8.4:+15998022 None:intergenic
TGCATCCATATTGCAAGCTG+AGG 0.613147 8.4:-15996234 MS.gene060572:CDS
GGAAGTCCTCATAGTCACTT+CGG 0.614884 8.4:+15998278 None:intergenic
CCACAGGAAATAGTTATCGA+TGG 0.631128 8.4:-15996265 MS.gene060572:intron
AACCCATGAAGCAATATGGG+TGG 0.634395 8.4:-15996411 MS.gene060572:CDS
AAGTGGGAACAAGAATGGGA+TGG 0.644108 8.4:-15996131 MS.gene060572:CDS
CGAACCCGACAACAAAACAC+GGG 0.648484 8.4:+15998023 None:intergenic
ATAAGGGTGATTACCACACA+CGG 0.704662 8.4:-15998365 MS.gene060572:CDS
CATGTGCTGATGAAATAAGT+GGG 0.706681 8.4:-15996147 MS.gene060572:CDS
GTGGTGGCTCGAAAGAGCGG+TGG 0.716537 8.4:-15998190 MS.gene060572:CDS
GGTGAATATTGATAAAGACG+TGG 0.753863 8.4:-15996185 MS.gene060572:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr8.4 gene 15996126 16003265 15996126 ID=MS.gene060572
chr8.4 mRNA 15996126 16003265 15996126 ID=MS.gene060572.t1;Parent=MS.gene060572
chr8.4 exon 16003172 16003265 16003172 ID=MS.gene060572.t1.exon1;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 CDS 16003172 16003265 16003172 ID=cds.MS.gene060572.t1;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 exon 16002008 16002106 16002008 ID=MS.gene060572.t1.exon2;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 CDS 16002008 16002106 16002008 ID=cds.MS.gene060572.t1;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 exon 16000220 16000321 16000220 ID=MS.gene060572.t1.exon3;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 CDS 16000220 16000321 16000220 ID=cds.MS.gene060572.t1;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 exon 15998188 15998408 15998188 ID=MS.gene060572.t1.exon4;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 CDS 15998188 15998408 15998188 ID=cds.MS.gene060572.t1;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 exon 15997982 15998058 15997982 ID=MS.gene060572.t1.exon5;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 CDS 15997982 15998058 15997982 ID=cds.MS.gene060572.t1;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 exon 15997245 15997312 15997245 ID=MS.gene060572.t1.exon6;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 CDS 15997245 15997312 15997245 ID=cds.MS.gene060572.t1;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 exon 15996810 15996917 15996810 ID=MS.gene060572.t1.exon7;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 CDS 15996810 15996917 15996810 ID=cds.MS.gene060572.t1;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 exon 15996381 15996433 15996381 ID=MS.gene060572.t1.exon8;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 CDS 15996381 15996433 15996381 ID=cds.MS.gene060572.t1;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 exon 15996126 15996281 15996126 ID=MS.gene060572.t1.exon9;Parent=MS.gene060572.t1
chr8.4 CDS 15996126 15996281 15996126 ID=cds.MS.gene060572.t1;Parent=MS.gene060572.t1
Gene Sequence

>MS.gene060572

ATGAAGCGTCTCTCAGAAAACAACAAACGTGAAGTTTCCAAGGAGCCTCATTTGACGCTAAAATCATCACTTGCTAAGATGAAAAAAGGAGAAAGTAAGTTTTATTCAATGCCATAATGTTGTAATAATACGTTCTTTGCCTACGAAGGATGGACACCTCTGGCATTAATCGTGCCAGGTTTCCGTCACCCGTACGACGCGTGTCAGACACGTGTTCCAATATAATTTTTTTTTTCCGACACACTTTTACACTTCTATTGGGCTTAAAAATGTGTCGAAGTAGTGATGTTTAATGAAGGAGTTGAAGACATTAAATTCAATAACATCATTTTTAACTTTTCAGTATAGTAGGTGGATGAATGGGGTGAAAAATTGTTATATGTTGTTTAAAAACTTTTTTGTAGTGTACCCAATTGTCAATTCAGATGTACATATATATTTTAGTGTTCAATTTAGATATTTTATGATAATAACGTTTGTATTTTAGTGTTCAAGCATTGGCTAGCATGTATTTTCTTTTTAACATCAACCTTTGAATCTAAGGAAGAATTGAAATTGATGAGAGAATATAATAAATTGACTTAAAAGTAAGATATTGAAAAATGAATGCCCACATTAAGATTTTGATGAATAATTATTGGCCTTTGGATTAAAGAAAAGAACGCTTAAGATTTGGTGTCAAAGAAAAGAACGCTTAAGATTTTGACGAATCCTTTAGATTTTTGTAGTTAAATTAATGTGAGTTTCATTGTTCTTTGCACGGTGTCGGAGTCCGTATCGACTAATGTGTCAGATGTCTGTGTCACGTCAGGTGTCTGTGTCGGAGTATGTGTTCTAAGTTCTTTGCACTGAAATTAATTTGGGCTAGCATGCACTTGTTTCATCAGTTATTTAGATTTTGACTTTAAAATCATGTGAAGATACAATTCGTTTTGTTTTCCTATTTTATGAAAATGCAACCTCTTGATTGAGTGTTAATATGCCCATATATGGGTTATGTTTATTTTGCTATGGTTGCCCATACTTGTGAAAATGCAACCTCTATTTTTTTCTATGCTGTCTTCTATGTTGTTTTTGGCTGCTGTGCATCTTTTTTATTTTCAGCCGTATTAATATTATCTCACCCTTTTGTTTCTTATTTGATCAAAACATTAAACAGAATTGGCTGAGCATCACTCAAAAAACAGCAAAAATGAAGTTTTTAAGAAGCCTTATTTGAAGTTCAAATCGTCTCTTGCTAAGCAGAAAAAAGGAGAAAGTAAGTTTTACTCAATGCTGTAATATGCACTTCTTTCATCTGTTATGATTTAGATTTTGACTTTAAAATCATTTGAAGCTACGATTTGTTTTGCTTTCTTGTTTTATGAAAATGCAATCTCTTGATAGAGTGTTAATATGCACAAAAGTTGGTTGTGTTTGTTTTACTATTGTTGCCTTACTTGTGAAATATAGACCATTTTATTCTCTGTGTTTGTATTTGTTTGATTTTCAGCCTCTTTACTGTTACGCGCGACATCTTTCTTTGCCTTGTTTAAGATATTTTCCTTCTTATTCGAATCTTCTCGGATTGTTTTTTATTTTATATAGATTTTGTGAAATTGAAGTTCTTGTCATGTTATCTGTTCCTTTCTCAATTCTATTTGTGATAGTTCAATTTGTTCTTAGATTTTTGGGGATTAGGGTTTAAAATCTTTGAATTGTGGTTTTTTTTTTTTATATAGATTTTGTGAAATTGAACTTGTCATGTCATTTTATACTCCATGACACTGCCTTTTTTAATAATAGTTGATAGTTCAATCTGTTCTGAAATTTTGGAGTATCAGGGTTTCAAACCTTTGAATTGGTGAAATTGGTTTATTTTTTAGATATTATGTGAAATTGAGTGTTTGTCGTCTAATTTTAATCTCGACAGGATACTTATTTTTGTTGCTTTTTCAACTATGGGTTATAATTCAATCTGTTCTGAATTTTTTGTGATTAAGATTTAAATCATTGGGGCTATTAAGTACTAATTATTATTATTAAGTTTTACTCGATGTTGTGATATTGTATTAATATGTTTTTGCTGTGAAAATAGTTCGAGTTAATATGCACTTCACACATGCTCATAATTTGGTTATGTACTTATGTTTATCTTGCTTATGTTGCCTTATTTGGGAAATTCATCCCATTTCATAAGACCATGTGGGGTGGGAATAGGCCGGGCCGAGCCGGGCTTTGCTTAAATAGGCAAGGCCTAGTTGAAAAAACTAAAGCCTAAGCCTGACCTATTGGCCTGTCAAAGGCTTTTTTTAAGCTTCTTTTAAGCCGCCTAGCTTTTTAAAAGTCAGGCCTGGTCTATTAGCCTGTTTAAAAGCCTAATAAGTATGTGTATTCGTTGAAATCAGAGAGTAATACTAAGAGCTTTGTAACAATTTGGAAATCCTAAGTTGCAAAAATATAAATAAATTGTGGTATTTAAAATTTGAAGGAACAAAAAATTTATTAATATAATGAAGTATGTGTAGTTGTACCGAAAAAAAAAAAGTATGTGTAGTTACACATATGGGCCGGCCTGGTAGGCCTAGTAGGCTTCTCTATAAGCCTTAGCCCTCGTCTATTGAATAAACGAGCTAGATCGAGCCGAGCTTTAAGTAGGCCGGGCCATAGACCCCTGACGAGCGGCCTGGCCTATTCCCACCCTACATGTGATAGACACATTATTTCTGCTCTCCTATTTTATGAAATTGCTAGCTCTTGATTGAGGGTTAATATGCACATAAGTTGGTTATGTTTATCTTGCTATTGTTGCTAGACTAGACAAATTCATCCCATTTCATTCTCTATTATTTTCTTTGCTTTCGTTTGTGGCTGTTTGGCTGTTGCATTTATTTTCCTTTTAAGTTTCAGCTGTATTAAATTAATCTCACCCTTACGTTTCTTATTTGATCAAAACATTCAACAGAATTTGCTATGAAGCGTCTCTCAGAAAACAATAAAAGTGAAGTTTCTAAGGAGCCTCATTTGATGCTAAAATCATCACTTGCTAAGATGAAAAAAGGAGAAAGTAAGTTTTACTCAATGCCATAATGTTGTAATAAAACGCTCTTTGCCTACGAAGGTTGGTCACCTCTGGCATTAATCGTGCCAGGTTTCTGACTCCCGTACGACGCGTGTCAGACGTGTTCCAATATAATTTTTTTTCCTACACACTTTTACACTTCTATTGGGCTTAAAAATGTGTCGAGGTAGTGATGTTTAATGAAGGAGTTGAAGACATTAAATTCAATAACATTATTTTTAACTTTTCACTATAGTAGTTGTATGAATGAGGTGAAAAATTGTTATATTTTGTTTAAAAACTTTTTTGTAGTGTACCCAATTGCTCAATTTAGATCTTTTATAAAAATAATGTTTGTATTTTATTTGAAATTTAAATTATTTATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGACAAGATCCATTGACACCAGGTGTCAACGGATTCGTTGACACCAAATCTTAAGCGTTCATTTTCTTTAAACCAAAAGGCCAATAATTATTCATCAAAATCTTAATGTGGGCATTCGTCGTTCAATCTTTTCCTGTCCTAAAATTTTCTTGTTTCCTAATAGAGATCCATCTTCTTCTCAAATGAGACGTCCTGCGCTATTATCTTACAAAAGGATTGTTTCATGGTTGTTAAATTGTTTTATGTTTATCCTTCACTTGAATTAAGCATTGGCTAGCTTGTATTTTTTTTTTTTTTGTTTTAACATAAACCTTTGAATCAAAGTTTCACACATCGTGTGCCACAATTTAACAACCTATCTATTTTAATGGTATTTTTTTTTCGAAAAAAATAAATTAATCAATCATGAAATCTCTACCGCTAAAAATGGAAAATGATAGAAACAAACATGGTGTTAAAGGGAAGAAACGGAAGAAAAACAAGTGGTTGGAAACAAGATGATTTAGAGAAGAATTGAAATTGATAAGAGAGAATATAATAAATTGACTTAAAAGTGAGATATTGAAAAATGAATGCCCGCATTAAGATTTTGATGAATAATTATTGGCCTTTAGATTAAAGAAAAGAACGCTTAAGATTTGGTGTCAATGAATCTGTTGACACATGGTAGTCAGAATTGTGTTGAGTCGTAAAATCATATGAGTATGATTTTGTATAATCATGTATATCCGACCTTAAAATCATAAAACCGTAAGATCTACATTCATCCAATCGATCCTGCGGCGATTCCAGTCGTAACATAACAGTATAACTCGTGACAATTCCCTCTATGGTTGGAGATGAGTTACTGTTCGCAGGTTATAGTTTTAGAAAAAAACATACTCTAGAAAATTTTGTCTCTGACCTCTCTCGGTATACACGTTGCCCTCTCCCTCCTAATCCAACCTACCTCCGCCTCATTGTAAATGCGGATGCTGGGTGGTGCAAGGATTTTGGCTTAGCCGTCCGCATCACTCCCGACCCTTTTCCATGGTTGGCTGGTTCGTGGTGTTGATTTTTAGCACTTTCGTGGTGGTTGGCAGTGGTCTTTGGAGGATTTCGTGGTGGTGTTGGTGGTGGTTTCGTAGTGGTTTTAATGGTGCTGGGCGGATAGATTGTGGAGGTAGATCTGGATTCAAATTTCGATCCGAATCCGGATCTGGATTCAGATCCGTCGGTGGCTGAAAGGGTTTTTTAGTGTGCTAGTGATGCGTCTGTTTGCAGTGGTCCTTTTGAAAGGCTTTATTTTAATGTGTTGTGGTGTTTAGTGTGGCATTGTTGCTCTTCTTTTGAGTTCGGCTCACTTCTTGTTACTTATATGGTTTTGCTTGCTTGTGAGACTACTCTTTGTACTCATATGTTGTTTTGTATAGCCTTTCAGCTGGTCACTAATTATAAGGGTGATTACCACACACGGAGCTTTTTGGAAATAAGTATTGGAGTTGGGAGCTTATTTTTCATCCGAGTTTCCTTTGAGATCACCGAAGTGACTATGAGGACTTCCAAACGAGACATT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Protein sequence

>MS.gene060572.t1

MKRLSENNKREVSKEPHLTLKSSLAKMKKGEKLAEHHSKNSKNEVFKKPYLKFKSSLAKQKKGEKFAMKRLSENNKSEVSKEPHLMLKSSLAKMKKGETFQLVTNYKGDYHTRSFLEISIGVGSLFFIRVSFEITEVTMRTSKRDIFGVALGYYGVFHGVLGVEWWLERAVVTGVAARVLLSGSSSSRSLFVLLPVSCKNEVVKPYLKLKSSLAKQIKGEKFAMEGCSKNIKNEVPKEQKVGSTIGEPLTEKLKKEEPMKQYGWRKIGSACIRKEIVIDGHLLHPYCKLRLVPKKKALQVNIDKDVATDMDPCADEISGNKNGMA