AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180002808.01


Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0180002808.01.T01 MTR_1g053130 98.540 137 2 0 1 137 148 284 2.73e-98 284
MsG0180002808.01.T01 MTR_2g055990 59.701 134 47 2 4 137 133 259 6.04e-53 167
MsG0180002808.01.T01 MTR_4g112370 58.955 134 49 2 4 137 133 260 3.34e-52 166
MsG0180002808.01.T01 MTR_2g054380 59.124 137 46 3 3 137 142 270 1.81e-50 162
MsG0180002808.01.T01 MTR_3g094830 50.725 138 58 3 1 137 131 259 6.54e-42 139
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MsG0180002808.01.T01 MTR_8g040680 45.652 138 64 3 1 137 130 257 1.41e-36 125
MsG0180002808.01.T01 MTR_3g101300 47.552 143 58 5 1 136 103 235 1.96e-34 120
MsG0180002808.01.T01 MTR_7g064810 50.735 136 56 2 1 136 98 222 2.67e-34 119
MsG0180002808.01.T01 MTR_3g086740 44.203 138 66 3 1 136 114 242 1.06e-28 105
MsG0180002808.01.T01 MTR_8g089865 42.963 135 64 5 6 136 95 220 4.98e-23 90.1
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0180002808.01.T01 AT2G41660 68.750 144 31 5 1 137 161 297 2.81e-60 187
MsG0180002808.01.T01 AT3G25640 57.042 142 48 4 3 137 158 293 1.65e-49 160
MsG0180002808.01.T01 AT3G25640 57.042 142 48 4 3 137 132 267 2.00e-49 159
MsG0180002808.01.T01 AT5G23100 54.902 153 50 2 4 137 125 277 9.06e-46 150
MsG0180002808.01.T01 AT4G39610 48.201 139 67 2 1 137 129 264 1.91e-41 139
MsG0180002808.01.T01 AT2G21990 48.905 137 61 2 1 137 125 252 2.74e-39 132
MsG0180002808.01.T01 AT2G37880 50.714 140 56 3 1 136 114 244 1.08e-38 131
MsG0180002808.01.T01 AT5G06990 49.306 144 59 2 1 137 125 261 1.13e-38 131
MsG0180002808.01.T01 AT1G21050 51.111 135 53 3 3 136 122 244 4.04e-34 119
MsG0180002808.01.T01 AT1G21050 51.111 135 53 3 3 136 158 280 6.58e-34 119
MsG0180002808.01.T01 AT1G76610 48.529 136 50 2 1 136 110 225 4.10e-33 116
MsG0180002808.01.T01 AT5G42680 47.101 138 61 4 1 136 109 236 4.15e-33 116
MsG0180002808.01.T01 AT5G42680 47.101 138 61 4 1 136 109 236 4.15e-33 116
MsG0180002808.01.T01 AT5G65340 38.686 137 78 3 1 136 118 249 4.22e-23 91.3
MsG0180002808.01.T01 AT2G22460 39.850 133 69 2 3 135 120 241 8.86e-21 84.7

Find 41 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 43 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CTTGTAAAAGAGATGTCTTC+TGG 0.298609 1:+45591698 MsG0180002808.01.T01:CDS
GGCTCTTTCATGAGCCTGAC+TGG 0.371570 1:+45591792 MsG0180002808.01.T01:CDS
TTGTCAGCGGAGGCCGAGTC+AGG 0.375470 1:+45591771 MsG0180002808.01.T01:CDS
CAGAGCGTCTCCGTTGGTGC+TGG 0.435029 1:+45591899 MsG0180002808.01.T01:CDS
TTGGAAGACGGTGGTGGTTG+CGG 0.438301 1:+45591935 MsG0180002808.01.T01:CDS
TGGTGGTTGCGGCGGGTCAG+AGG 0.446824 1:+45591946 MsG0180002808.01.T01:CDS
GCACGTGCGGGGAACTAGAT+TGG 0.451437 1:+45591858 MsG0180002808.01.T01:CDS
AGGCCGTTGATGATGTCTTC+CGG 0.456923 1:-45591745 None:intergenic
ATGCAGTTTCACGCACGTGC+GGG 0.466193 1:+45591846 MsG0180002808.01.T01:CDS
GGTGGTTGCGGCGGGTCAGA+GGG 0.468321 1:+45591947 MsG0180002808.01.T01:CDS
AAGACGGTGGTGGTTGCGGC+GGG 0.471799 1:+45591939 MsG0180002808.01.T01:CDS
GAAGACGGTGGTGGTTGCGG+CGG 0.486828 1:+45591938 MsG0180002808.01.T01:CDS
TACGCATAGCACTCGAGTGC+CGG 0.487980 1:+45591726 MsG0180002808.01.T01:CDS
TTGCAGTACATGGTCCAGTC+AGG 0.492282 1:-45591806 None:intergenic
CTAAGTTTGAACGAGTCGTT+GGG 0.492538 1:+45591990 MsG0180002808.01.T01:CDS
CTTCCTCCCATTGCAGTACA+TGG 0.493168 1:-45591816 None:intergenic
GCTAAGTTTGAACGAGTCGT+TGG 0.511081 1:+45591989 MsG0180002808.01.T01:CDS
TGCTGGAGTGATTCCGATGT+TGG 0.513577 1:+45591916 MsG0180002808.01.T01:CDS
TCAGGTCCTCCATTACCATC+AGG 0.516962 1:-45592046 None:intergenic
ACTGGACCATGTACTGCAAT+GGG 0.535229 1:+45591810 MsG0180002808.01.T01:CDS
ATGCTGAATCCTGATGGTAA+TGG 0.566859 1:+45592037 MsG0180002808.01.T01:CDS
CGGAATCACTCCAGCACCAA+CGG 0.569655 1:-45591909 None:intergenic
TGTAGAATGCTTCTGAATCA+CGG 0.573910 1:-45592015 None:intergenic
ACGGCCTCTGTTGTCAGCGG+AGG 0.578305 1:+45591761 MsG0180002808.01.T01:CDS
TTCTACATGCTGAATCCTGA+TGG 0.590177 1:+45592031 MsG0180002808.01.T01:CDS
TATGCAGTTTCACGCACGTG+CGG 0.590250 1:+45591845 MsG0180002808.01.T01:CDS
TCGGCCTCCGCTGACAACAG+AGG 0.592808 1:-45591765 None:intergenic
TGCAGTTTCACGCACGTGCG+GGG 0.592948 1:+45591847 MsG0180002808.01.T01:CDS
ACCGTGCAGAGCGTCTCCGT+TGG 0.607691 1:+45591893 MsG0180002808.01.T01:CDS
GACTGGACCATGTACTGCAA+TGG 0.613670 1:+45591809 MsG0180002808.01.T01:CDS
CCACCACCGTCTTCCAACAT+CGG 0.616834 1:-45591929 None:intergenic
CCGATGTTGGAAGACGGTGG+TGG 0.631582 1:+45591929 MsG0180002808.01.T01:CDS
TACTGCAATGGGAGGAAGTG+TGG 0.640689 1:+45591821 MsG0180002808.01.T01:CDS
GCTCATGAAAGAGCCTGACT+CGG 0.647791 1:-45591784 None:intergenic
ACCAACGGAGACGCTCTGCA+CGG 0.656538 1:-45591894 None:intergenic
CTGAATCCTGATGGTAATGG+AGG 0.668681 1:+45592040 MsG0180002808.01.T01:CDS
GTGCCGGAAGACATCATCAA+CGG 0.668697 1:+45591742 MsG0180002808.01.T01:CDS
TCAACGGCCTCTGTTGTCAG+CGG 0.673768 1:+45591758 MsG0180002808.01.T01:CDS
GTGATTCCGATGTTGGAAGA+CGG 0.682336 1:+45591923 MsG0180002808.01.T01:CDS
GGACCATGTACTGCAATGGG+AGG 0.687352 1:+45591813 MsG0180002808.01.T01:CDS
ATTCCGATGTTGGAAGACGG+TGG 0.749157 1:+45591926 MsG0180002808.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AATAGAAAAATACTAAGTTC+AGG - Chr1:45592067-45592086 None:intergenic 20.0%
CTTGTAAAAGAGATGTCTTC+TGG + Chr1:45591698-45591717 MsG0180002808.01.T01:CDS 35.0%
TGTAGAATGCTTCTGAATCA+CGG - Chr1:45592018-45592037 None:intergenic 35.0%
! CTCTTTTACAAGTGAAGAAG+TGG - Chr1:45591690-45591709 None:intergenic 35.0%
ATGCTGAATCCTGATGGTAA+TGG + Chr1:45592037-45592056 MsG0180002808.01.T01:CDS 40.0%
CTAAGTTTGAACGAGTCGTT+GGG + Chr1:45591990-45592009 MsG0180002808.01.T01:CDS 40.0%
TTCTACATGCTGAATCCTGA+TGG + Chr1:45592031-45592050 MsG0180002808.01.T01:CDS 40.0%
ACTGGACCATGTACTGCAAT+GGG + Chr1:45591810-45591829 MsG0180002808.01.T01:CDS 45.0%
GCTAAGTTTGAACGAGTCGT+TGG + Chr1:45591989-45592008 MsG0180002808.01.T01:CDS 45.0%
GTGATTCCGATGTTGGAAGA+CGG + Chr1:45591923-45591942 MsG0180002808.01.T01:CDS 45.0%
!! CTGAATCCTGATGGTAATGG+AGG + Chr1:45592040-45592059 MsG0180002808.01.T01:CDS 45.0%
ATTCCGATGTTGGAAGACGG+TGG + Chr1:45591926-45591945 MsG0180002808.01.T01:CDS 50.0%
CTTCCTCCCATTGCAGTACA+TGG - Chr1:45591819-45591838 None:intergenic 50.0%
GACTGGACCATGTACTGCAA+TGG + Chr1:45591809-45591828 MsG0180002808.01.T01:CDS 50.0%
GCTCATGAAAGAGCCTGACT+CGG - Chr1:45591787-45591806 None:intergenic 50.0%
GTGCCGGAAGACATCATCAA+CGG + Chr1:45591742-45591761 MsG0180002808.01.T01:CDS 50.0%
TACTGCAATGGGAGGAAGTG+TGG + Chr1:45591821-45591840 MsG0180002808.01.T01:CDS 50.0%
TATGCAGTTTCACGCACGTG+CGG + Chr1:45591845-45591864 MsG0180002808.01.T01:CDS 50.0%
TCAGGTCCTCCATTACCATC+AGG - Chr1:45592049-45592068 None:intergenic 50.0%
TGCTGGAGTGATTCCGATGT+TGG + Chr1:45591916-45591935 MsG0180002808.01.T01:CDS 50.0%
TTGCAGTACATGGTCCAGTC+AGG - Chr1:45591809-45591828 None:intergenic 50.0%
!! AGGCCGTTGATGATGTCTTC+CGG - Chr1:45591748-45591767 None:intergenic 50.0%
ATGCAGTTTCACGCACGTGC+GGG + Chr1:45591846-45591865 MsG0180002808.01.T01:CDS 55.0%
CCACCACCGTCTTCCAACAT+CGG - Chr1:45591932-45591951 None:intergenic 55.0%
CGGAATCACTCCAGCACCAA+CGG - Chr1:45591912-45591931 None:intergenic 55.0%
GGACCATGTACTGCAATGGG+AGG + Chr1:45591813-45591832 MsG0180002808.01.T01:CDS 55.0%
GGCTCTTTCATGAGCCTGAC+TGG + Chr1:45591792-45591811 MsG0180002808.01.T01:CDS 55.0%
TACGCATAGCACTCGAGTGC+CGG + Chr1:45591726-45591745 MsG0180002808.01.T01:CDS 55.0%
TCAACGGCCTCTGTTGTCAG+CGG + Chr1:45591758-45591777 MsG0180002808.01.T01:CDS 55.0%
! TTGGAAGACGGTGGTGGTTG+CGG + Chr1:45591935-45591954 MsG0180002808.01.T01:CDS 55.0%
ACCAACGGAGACGCTCTGCA+CGG - Chr1:45591897-45591916 None:intergenic 60.0%
CCGATGTTGGAAGACGGTGG+TGG + Chr1:45591929-45591948 MsG0180002808.01.T01:CDS 60.0%
GCACGTGCGGGGAACTAGAT+TGG + Chr1:45591858-45591877 MsG0180002808.01.T01:CDS 60.0%
TGCAGTTTCACGCACGTGCG+GGG + Chr1:45591847-45591866 MsG0180002808.01.T01:CDS 60.0%
ACGGCCTCTGTTGTCAGCGG+AGG + Chr1:45591761-45591780 MsG0180002808.01.T01:CDS 65.0%
TCGGCCTCCGCTGACAACAG+AGG - Chr1:45591768-45591787 None:intergenic 65.0%
TTGTCAGCGGAGGCCGAGTC+AGG + Chr1:45591771-45591790 MsG0180002808.01.T01:CDS 65.0%
! AAGACGGTGGTGGTTGCGGC+GGG + Chr1:45591939-45591958 MsG0180002808.01.T01:CDS 65.0%
! ACCGTGCAGAGCGTCTCCGT+TGG + Chr1:45591893-45591912 MsG0180002808.01.T01:CDS 65.0%
! CAGAGCGTCTCCGTTGGTGC+TGG + Chr1:45591899-45591918 MsG0180002808.01.T01:CDS 65.0%
! GAAGACGGTGGTGGTTGCGG+CGG + Chr1:45591938-45591957 MsG0180002808.01.T01:CDS 65.0%
GGTGGTTGCGGCGGGTCAGA+GGG + Chr1:45591947-45591966 MsG0180002808.01.T01:CDS 70.0%
TGGTGGTTGCGGCGGGTCAG+AGG + Chr1:45591946-45591965 MsG0180002808.01.T01:CDS 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 45591683 45592096 45591683 ID=MsG0180002808.01;Name=MsG0180002808.01
Chr1 mRNA 45591683 45592096 45591683 ID=MsG0180002808.01.T01;Parent=MsG0180002808.01;Name=MsG0180002808.01.T01;_AED=0.46;_eAED=0.46;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|137
Chr1 exon 45591683 45592096 45591683 ID=MsG0180002808.01.T01:exon:7075;Parent=MsG0180002808.01.T01
Chr1 CDS 45591683 45592096 45591683 ID=MsG0180002808.01.T01:cds;Parent=MsG0180002808.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180002808.01.T01

ATGTCCACTTCTTCACTTGTAAAAGAGATGTCTTCTGGACTCGTACGCATAGCACTCGAGTGCCGGAAGACATCATCAACGGCCTCTGTTGTCAGCGGAGGCCGAGTCAGGCTCTTTCATGAGCCTGACTGGACCATGTACTGCAATGGGAGGAAGTGTGGCTATGCAGTTTCACGCACGTGCGGGGAACTAGATTGGCACGTGCTGAACACCGTGCAGAGCGTCTCCGTTGGTGCTGGAGTGATTCCGATGTTGGAAGACGGTGGTGGTTGCGGCGGGTCAGAGGGTGAGTTGATGTATATGAGAGCTAAGTTTGAACGAGTCGTTGGGAGCCGTGATTCAGAAGCATTCTACATGCTGAATCCTGATGGTAATGGAGGACCTGAACTTAGTATTTTTCTATTGAGAATATGA

Protein sequence

>MsG0180002808.01.T01

MSTSSLVKEMSSGLVRIALECRKTSSTASVVSGGRVRLFHEPDWTMYCNGRKCGYAVSRTCGELDWHVLNTVQSVSVGAGVIPMLEDGGGCGGSEGELMYMRAKFERVVGSRDSEAFYMLNPDGNGGPELSIFLLRI*