AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180002929.01


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MsG0180002929.01.T01 AT5G24960 32.353 476 298 10 69 533 34 496 1.35e-76 250
MsG0180002929.01.T01 AT3G48290 29.307 505 306 11 59 530 26 512 4.55e-76 249
MsG0180002929.01.T01 AT1G66540 34.336 399 235 8 151 539 1 382 1.07e-74 242
MsG0180002929.01.T01 AT1G13090 32.432 444 282 7 69 503 29 463 2.30e-74 244
MsG0180002929.01.T01 AT1G74110 31.749 526 309 17 40 534 30 536 6.59e-74 244
MsG0180002929.01.T01 AT2G45580 35.511 352 215 5 191 534 7 354 3.01e-73 237
MsG0180002929.01.T01 AT4G13310 35.544 377 232 5 55 427 19 388 7.76e-73 237
MsG0180002929.01.T01 AT3G26830 31.447 477 305 9 41 506 1 466 9.41e-73 240
MsG0180002929.01.T01 AT3G44250 32.495 477 295 12 69 530 29 493 1.87e-72 239
MsG0180002929.01.T01 AT3G20935 36.782 348 186 9 222 541 1 342 9.83e-72 233
MsG0180002929.01.T01 AT3G53280 31.447 477 301 11 69 531 29 493 1.39e-70 234
MsG0180002929.01.T01 AT1G13710 31.084 489 296 13 63 534 48 512 1.61e-69 232
MsG0180002929.01.T01 AT1G33730 34.048 373 230 7 166 529 1 366 3.52e-69 227
MsG0180002929.01.T01 AT1G33730 34.048 373 230 7 166 529 1 366 3.52e-69 227
MsG0180002929.01.T01 AT1G33720 33.073 384 235 8 163 534 2 375 8.66e-69 226
MsG0180002929.01.T01 AT1G33720 33.073 384 235 8 163 534 2 375 8.66e-69 226
MsG0180002929.01.T01 AT1G33720 33.073 384 235 8 163 534 2 375 8.66e-69 226
MsG0180002929.01.T01 AT1G13100 32.037 437 275 11 78 503 38 463 9.05e-69 229
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MsG0180002929.01.T01 AT3G61880 30.818 477 303 12 70 534 68 529 2.64e-67 228
MsG0180002929.01.T01 AT4G20240 32.161 398 259 5 69 464 34 422 1.13e-66 223
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MsG0180002929.01.T01 AT1G13080 36.919 344 195 11 205 535 50 384 7.24e-66 219
MsG0180002929.01.T01 AT5G09970 29.752 484 315 13 61 530 59 531 9.32e-64 218
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MsG0180002929.01.T01 AT1G01190 29.605 456 284 12 61 503 73 504 1.33e-61 212
MsG0180002929.01.T01 AT2G45580 34.225 374 239 3 59 427 29 400 1.68e-61 208
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MsG0180002929.01.T01 AT4G39950 29.046 482 319 10 45 510 73 547 5.50e-61 211
MsG0180002929.01.T01 AT1G79370 30.435 529 323 14 41 536 18 534 7.24e-61 210
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MsG0180002929.01.T01 AT2G22330 28.916 498 323 13 37 510 42 532 1.06e-60 210
MsG0180002929.01.T01 AT4G20240 32.500 360 235 3 69 427 34 386 3.49e-59 201
MsG0180002929.01.T01 AT5G35715 30.000 440 290 9 103 531 1 433 7.03e-58 199
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MsG0180002929.01.T01 AT5G05260 27.733 494 296 13 64 535 36 490 1.99e-53 189
MsG0180002929.01.T01 AT3G61040 30.163 368 245 4 68 431 33 392 3.96e-53 185
MsG0180002929.01.T01 AT3G10560 28.964 473 308 11 48 503 19 480 2.50e-52 186
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MsG0180002929.01.T01 AT4G20235 27.536 138 85 4 370 505 206 330 2.82e-11 65.5
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MsG0180002929.01.T01 AT5G45340 25.333 450 283 13 43 486 15 417 1.40e-23 103
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MsG0180002929.01.T01 AT2G45970 26.067 445 280 17 106 521 73 497 1.12e-22 102
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MsG0180002929.01.T01 AT2G29090 23.884 448 295 11 69 508 50 459 1.47e-22 101
MsG0180002929.01.T01 AT1G13090 27.473 273 184 4 69 334 29 294 1.73e-22 98.6
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MsG0180002929.01.T01 AT2G45510 25.935 401 269 11 152 534 118 508 1.80e-22 101
MsG0180002929.01.T01 AT3G14640 23.414 457 314 14 61 506 79 510 2.33e-22 101
MsG0180002929.01.T01 AT4G00360 26.150 413 277 12 106 498 73 477 2.91e-22 100
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MsG0180002929.01.T01 AT5G24910 22.124 452 304 16 77 506 81 506 3.16e-22 100
MsG0180002929.01.T01 AT1G73340 23.566 488 315 17 30 503 10 453 5.68e-22 99.8
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MsG0180002929.01.T01 AT1G19630 24.648 426 284 13 54 470 21 418 1.12e-21 98.2
MsG0180002929.01.T01 AT1G65340 28.958 259 166 9 257 505 226 476 1.58e-21 98.2
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MsG0180002929.01.T01 AT1G55940 24.895 474 300 21 34 486 10 448 3.58e-21 97.4
MsG0180002929.01.T01 AT1G63710 24.409 508 331 18 41 521 13 494 4.65e-21 97.1
MsG0180002929.01.T01 AT4G27710 24.709 429 285 11 92 506 87 491 6.88e-21 96.7
MsG0180002929.01.T01 AT1G13140 24.541 436 257 15 105 511 85 477 8.68e-21 96.3
MsG0180002929.01.T01 AT2G26170 27.230 213 152 3 296 506 199 410 1.00e-20 95.5
MsG0180002929.01.T01 AT5G23190 25.405 370 236 14 190 534 186 540 1.71e-20 95.5
MsG0180002929.01.T01 AT1G01600 25.182 413 283 10 106 498 73 479 1.89e-20 95.5
MsG0180002929.01.T01 AT4G32170 29.583 240 155 7 257 487 224 458 2.47e-20 94.7
MsG0180002929.01.T01 AT1G24540 21.915 470 322 14 67 505 38 493 4.53e-20 94.0
MsG0180002929.01.T01 AT4G39490 26.027 292 190 9 256 527 224 509 7.46e-20 93.2
MsG0180002929.01.T01 AT2G23180 23.951 405 281 13 152 536 117 514 9.38e-20 92.8
MsG0180002929.01.T01 AT5G52400 23.409 440 300 17 77 506 81 493 1.03e-19 92.8
MsG0180002929.01.T01 AT3G44970 22.822 482 302 18 65 525 32 464 1.80e-19 92.0
MsG0180002929.01.T01 AT3G26125 22.947 475 316 13 95 534 73 532 2.30e-19 92.0
MsG0180002929.01.T01 AT4G39480 26.820 261 170 7 258 501 226 482 2.44e-19 91.7
MsG0180002929.01.T01 AT5G52320 27.237 257 172 8 257 505 226 475 3.47e-19 91.3
MsG0180002929.01.T01 AT5G08250 23.162 544 354 20 26 534 26 540 3.57e-19 91.3
MsG0180002929.01.T01 AT5G52320 27.237 257 172 8 257 505 226 475 3.91e-19 90.9
MsG0180002929.01.T01 AT5G08250 23.541 497 325 17 73 534 2 478 4.43e-19 90.9
MsG0180002929.01.T01 AT1G13150 23.750 480 325 16 60 511 30 496 6.85e-19 90.5
MsG0180002929.01.T01 AT5G48000 24.256 437 280 15 65 486 32 432 1.33e-18 89.4
MsG0180002929.01.T01 AT5G48000 24.256 437 280 15 65 486 32 432 1.33e-18 89.4
MsG0180002929.01.T01 AT5G48000 24.256 437 280 15 65 486 32 432 1.33e-18 89.4
MsG0180002929.01.T01 AT5G48000 24.256 437 280 15 65 486 32 432 1.33e-18 89.4
MsG0180002929.01.T01 AT5G48000 24.256 437 280 15 65 486 32 432 1.33e-18 89.4
MsG0180002929.01.T01 AT5G48000 24.256 437 280 15 65 486 32 432 1.33e-18 89.4
MsG0180002929.01.T01 AT3G14610 23.866 419 295 13 94 506 86 486 1.72e-18 89.0
MsG0180002929.01.T01 AT3G14620 26.625 323 213 11 190 506 185 489 1.74e-18 89.0
MsG0180002929.01.T01 AT5G48000 24.256 437 280 15 65 486 73 473 1.99e-18 89.0
MsG0180002929.01.T01 AT1G34540 22.936 436 287 16 108 521 72 480 2.01e-18 88.6
MsG0180002929.01.T01 AT3G14630 23.702 443 286 16 83 506 73 482 2.04e-18 89.0
MsG0180002929.01.T01 AT3G14630 23.702 443 286 16 83 506 128 537 3.18e-18 88.6
MsG0180002929.01.T01 AT3G53305 35.714 154 80 5 383 524 183 329 3.38e-18 86.7
MsG0180002929.01.T01 AT1G57750 27.014 211 139 5 258 462 226 427 4.08e-18 87.4
MsG0180002929.01.T01 AT2G32440 21.460 452 311 16 47 486 23 442 5.62e-18 87.4
MsG0180002929.01.T01 AT2G32440 21.460 452 311 16 47 486 23 442 5.62e-18 87.4
MsG0180002929.01.T01 AT5G58860 22.927 410 266 12 152 534 122 508 1.40e-17 86.3
MsG0180002929.01.T01 AT2G21910 26.562 256 179 6 258 505 225 479 1.54e-17 85.9
MsG0180002929.01.T01 AT3G14650 23.810 315 227 9 193 506 184 486 1.82e-17 85.9
MsG0180002929.01.T01 AT3G30180 23.616 271 188 5 264 531 210 464 1.96e-17 85.5
MsG0180002929.01.T01 AT3G14680 23.810 315 227 8 193 506 184 486 2.14e-17 85.5
MsG0180002929.01.T01 AT3G56630 28.287 251 161 9 269 507 229 472 7.22e-17 84.0
MsG0180002929.01.T01 AT5G35920 32.414 145 95 3 394 536 6 149 1.25e-16 77.8
MsG0180002929.01.T01 AT4G39500 23.780 328 204 9 168 487 182 471 1.29e-16 83.2
MsG0180002929.01.T01 AT4G39500 23.121 346 220 9 168 505 132 439 1.69e-16 82.8
MsG0180002929.01.T01 AT2G29090 26.295 251 162 5 264 508 131 364 2.66e-16 81.3
MsG0180002929.01.T01 AT1G78490 23.202 431 284 15 69 486 36 432 3.35e-16 81.6
MsG0180002929.01.T01 AT3G48520 22.292 480 333 16 43 501 8 468 5.08e-16 81.3
MsG0180002929.01.T01 AT5G38970 24.096 249 171 6 264 508 210 444 5.61e-16 80.9
MsG0180002929.01.T01 AT5G38970 24.096 249 171 6 264 508 129 363 5.69e-16 80.5
MsG0180002929.01.T01 AT5G38970 24.096 249 171 6 264 508 129 363 5.69e-16 80.5
MsG0180002929.01.T01 AT3G13730 24.671 304 202 8 213 512 194 474 6.77e-16 80.9
MsG0180002929.01.T01 AT5G05690 25.824 182 129 2 325 503 144 322 9.28e-16 79.3
MsG0180002929.01.T01 AT5G02900 25.641 273 185 9 268 527 205 472 1.17e-15 80.1
MsG0180002929.01.T01 AT5G05690 25.824 182 129 2 325 503 263 441 1.83e-15 79.3
MsG0180002929.01.T01 AT2G46950 22.248 436 297 10 87 508 139 546 1.89e-15 79.7
MsG0180002929.01.T01 AT2G46960 22.467 454 316 12 58 501 58 485 3.04e-15 79.0
MsG0180002929.01.T01 AT3G30290 28.634 227 145 7 263 486 145 357 4.45e-15 77.8
MsG0180002929.01.T01 AT1G69500 22.921 445 264 15 115 504 73 493 6.47e-15 77.8
MsG0180002929.01.T01 AT5G14400 25.984 254 142 8 276 526 137 347 1.04e-14 76.3
MsG0180002929.01.T01 AT5G63450 21.589 491 345 14 33 501 57 529 1.13e-14 77.4
MsG0180002929.01.T01 AT5G14400 25.984 254 142 8 276 526 191 401 1.16e-14 76.6
MsG0180002929.01.T01 AT1G11680 22.707 458 300 15 56 494 28 450 1.20e-14 77.0
MsG0180002929.01.T01 AT5G38450 23.820 445 296 15 77 508 78 492 1.36e-14 77.0
MsG0180002929.01.T01 AT5G63450 21.926 488 341 15 36 501 2 471 1.69e-14 76.6
MsG0180002929.01.T01 AT3G14660 22.112 303 224 6 205 506 49 340 2.41e-14 75.1
MsG0180002929.01.T01 AT2G42850 26.050 238 159 6 292 522 250 477 3.61e-14 75.5
MsG0180002929.01.T01 AT3G14690 21.270 315 235 7 193 506 219 521 3.94e-14 75.5
MsG0180002929.01.T01 AT1G12740 21.294 479 314 18 69 525 32 469 4.57e-14 75.1
MsG0180002929.01.T01 AT3G13730 25.180 278 181 8 213 486 194 448 5.54e-14 74.7
MsG0180002929.01.T01 AT3G14690 21.270 315 235 7 193 506 184 486 6.79e-14 74.7
MsG0180002929.01.T01 AT4G36380 24.335 263 183 6 269 527 257 507 1.70e-13 73.6
MsG0180002929.01.T01 AT4G15396 22.650 468 291 18 44 486 7 428 2.80e-13 72.4
MsG0180002929.01.T01 AT3G50660 25.758 198 132 3 324 508 295 490 5.38e-13 72.0
MsG0180002929.01.T01 AT4G15396 22.650 468 291 18 44 486 7 428 5.72e-13 71.6
MsG0180002929.01.T01 AT5G36110 24.812 266 178 6 245 504 199 448 1.49e-12 70.5
MsG0180002929.01.T01 AT1G78490 22.556 399 266 13 69 454 36 404 2.74e-12 69.3
MsG0180002929.01.T01 AT5G14400 27.103 214 121 7 276 486 191 372 4.24e-12 68.6
MsG0180002929.01.T01 AT3G61035 25.455 275 170 11 77 339 51 302 2.99e-11 65.5

Find 141 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 214 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TCCGAAAGTTGCATCGTTTA+TGG 0.147850 1:-53234518 MsG0180002929.01.T01:CDS
AGAAACTCCTTTGCGATATC+TGG 0.173395 1:+53236691 None:intergenic
CTGAGAGTTATGTGTTTATA+TGG 0.204261 1:-53233995 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR
GATAAACAACCCGCATTTAA+TGG 0.213270 1:-53234687 MsG0180002929.01.T01:CDS
GTTCTTCTTTCTAGTTAGTA+TGG 0.235991 1:+53236876 None:intergenic
AAAGTGATGTTGAAGAAATT+AGG 0.244788 1:-53236348 MsG0180002929.01.T01:CDS
TTGCAAGAATTTGGATTTAC+AGG 0.246432 1:-53236263 MsG0180002929.01.T01:CDS
CACAAACACTTGATCTTATA+TGG 0.250989 1:-53233646 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR
ATATGGTGGTTTAACTAGTT+TGG 0.262572 1:+53236996 None:intergenic
TCTAACAGTGGTTTACAATT+TGG 0.268786 1:-53237095 MsG0180002929.01.T01:five_prime_UTR
CAATGATACAATGTTTCTAT+TGG 0.280031 1:-53234268 MsG0180002929.01.T01:CDS
GAAAGCTTTGACATTCTCTT+TGG 0.285497 1:+53236066 None:intergenic
AAAATTAAAAGAAAACTATA+TGG 0.307124 1:+53236979 None:intergenic
ATTTACAGGGAATACATAAA+AGG 0.311476 1:-53236249 MsG0180002929.01.T01:CDS
TTGAGTATTGCGTGCAAGTA+TGG 0.322410 1:+53234590 None:intergenic
AGCTTTCAATTTAAAATTGT+TGG 0.327219 1:-53234080 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR
GGTGAGGTACTTCAGAAATA+AGG 0.332312 1:+53236797 None:intergenic
TCGTATTCTTTGAGTTGTTT+TGG 0.333676 1:-53233770 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR
ATACTATTAAAACGAGGAAT+AGG 0.342476 1:+53234164 None:intergenic
GGATTTGTGTTTGCACCTTA+TGG 0.350825 1:-53236595 MsG0180002929.01.T01:CDS
TCAATTTAAAATTGTTGGTC+AGG 0.353595 1:-53234075 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR
GCGTGCAAGTATGGAAGTTT+TGG 0.357023 1:+53234599 None:intergenic
ATCATTGCAGCAAGATTTGT+TGG 0.358958 1:+53234284 None:intergenic
ACTCAAAGAATACGACTATA+AGG 0.358997 1:+53233778 None:intergenic
TTGTGCATGTCAGAGCTTCT+TGG 0.362183 1:-53236547 MsG0180002929.01.T01:CDS
ATTTGTTGATTTGTGGTCAA+TGG 0.366294 1:-53234468 MsG0180002929.01.T01:CDS
AGGAAGGTGCTCATCATGAT+AGG 0.368926 1:-53236147 MsG0180002929.01.T01:CDS
TTGCAGGACATGTTTATTGC+AGG 0.372892 1:-53234755 MsG0180002929.01.T01:intron
GCAGTTCAGCAAATAGAATA+TGG 0.373575 1:-53236625 MsG0180002929.01.T01:CDS
TTCTCCACCTTAGTTCTCAA+TGG 0.375713 1:-53234107 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR
ACCATAAACGATGCAACTTT+CGG 0.380895 1:+53234517 None:intergenic
CTATCAGCGTGGTACCTTGC+TGG 0.383591 1:-53233672 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR
AAGTGATGTTGAAGAAATTA+GGG 0.383643 1:-53236347 MsG0180002929.01.T01:CDS
CACAAACTTTCAAAACACTA+TGG 0.388364 1:-53236766 MsG0180002929.01.T01:CDS
AATTTGCAATATATGCCATT+TGG 0.389763 1:-53234356 MsG0180002929.01.T01:CDS
TAAACTTATTACAAGGTATA+CGG 0.395914 1:+53233700 None:intergenic
CATAACAATGGAGTGGGCTT+TGG 0.395983 1:-53234717 MsG0180002929.01.T01:CDS
AATACGACTATAAGGCTGTT+TGG 0.398369 1:+53233786 None:intergenic
CAAATAGAATATGGCTCAAA+GGG 0.400938 1:-53236616 MsG0180002929.01.T01:CDS
GTTGGAGAAGAAAGTTTCAT+TGG 0.402121 1:+53236663 None:intergenic
CAATATATGCCATTTGGAAC+TGG 0.403393 1:-53234350 MsG0180002929.01.T01:CDS
CATCCTTGCTATAATGTTGT+TGG 0.407416 1:+53236399 None:intergenic
GTGTTTATATGGGTCCGTTT+CGG 0.412038 1:-53233984 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR
ACAAATAAAATTGTCTTCGC+TGG 0.422840 1:+53234485 None:intergenic
GAGGGCAATAAAGGAGCATC+AGG 0.423117 1:-53236188 MsG0180002929.01.T01:CDS
GATGCTTCTTTAACTATAAG+TGG 0.424559 1:+53234539 None:intergenic
TGTTTCTATTGGAAGGTTAG+TGG 0.429607 1:-53234257 MsG0180002929.01.T01:CDS
TATTGGAAGGTTAGTGGTGA+TGG 0.429752 1:-53234251 MsG0180002929.01.T01:CDS
CATTCATGTACATAAGATTA+CGG 0.430525 1:-53237047 MsG0180002929.01.T01:exon
GCTGGCAAGGCCGTTGATAT+CGG 0.433348 1:-53236442 MsG0180002929.01.T01:CDS
TCATTTACAAAAGAAATAAG+AGG 0.434715 1:-53234031 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR
CAAAGCCCACTCCATTGTTA+TGG 0.437052 1:+53234718 None:intergenic
TTGCACCTTATGGTGACTAT+TGG 0.438786 1:-53236585 MsG0180002929.01.T01:CDS
TAAAGGAGCATCAGGAGAAA+AGG 0.442837 1:-53236180 MsG0180002929.01.T01:CDS
CCTCCAGCCTTACCTATCAT+TGG 0.448242 1:-53236829 MsG0180002929.01.T01:CDS
AATGTTGGAGAGGGCAATAA+AGG 0.458019 1:-53236197 MsG0180002929.01.T01:CDS
TGAGAGTTATGTGTTTATAT+GGG 0.458970 1:-53233994 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR
AGGTGAAGGTGTCCAATGAT+AGG 0.459835 1:+53236817 None:intergenic
TACTATTAAAACGAGGAATA+GGG 0.460006 1:+53234165 None:intergenic
AACCGGCTTTGACCCTTCCT+AGG 0.463953 1:-53234208 MsG0180002929.01.T01:CDS
CAATGACTCTTGCTGCATCA+AGG 0.466916 1:+53236498 None:intergenic
TTTGTTGATTTGTGGTCAAT+GGG 0.469904 1:-53234467 MsG0180002929.01.T01:CDS
GTAGCCAAACAAAGAAAAGT+TGG 0.473500 1:+53236920 None:intergenic
AGTCAACATGGAAGAGAAAC+CGG 0.478724 1:-53234225 MsG0180002929.01.T01:CDS
TTGATTTGTGGTCAATGGGT+AGG 0.479887 1:-53234463 MsG0180002929.01.T01:CDS
TTAACTATAAGTGGTACTGT+AGG 0.481791 1:+53234548 None:intergenic
TAAAAGGCTTAAAGTGGCTA+TGG 0.483992 1:-53236233 MsG0180002929.01.T01:CDS
TTGAAAGTTTGTGAAAACTT+TGG 0.486908 1:+53236776 None:intergenic
TGCCATTTGGAACTGGAAGA+AGG 0.489125 1:-53234343 MsG0180002929.01.T01:CDS
GATACAATGTTTCTATTGGA+AGG 0.493152 1:-53234264 MsG0180002929.01.T01:CDS
TGCAGCATTTGCAAAACGGT+TGG 0.499620 1:+53236645 None:intergenic
TGATTTGTGGTCAATGGGTA+GGG 0.508029 1:-53234462 MsG0180002929.01.T01:CDS
CTTATGTACATGAATGCCTA+TGG 0.512821 1:+53237054 None:intergenic
GCCCTTCTTCCAGTTCCAAA+TGG 0.516275 1:+53234341 None:intergenic
AATGACTCTTGCTGCATCAA+GGG 0.517097 1:+53236499 None:intergenic
GCAAATAGAATATGGCTCAA+AGG 0.517140 1:-53236617 MsG0180002929.01.T01:CDS
TTGCTTTCTCCATTAAATGC+GGG 0.518417 1:+53234678 None:intergenic
GGAGAGGTTTGACATAATGT+TGG 0.519191 1:-53236212 MsG0180002929.01.T01:CDS
GGTCAGGAGTTTGAATTCAA+AGG 0.520467 1:-53234059 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR
CCTTCACTCATAAACCTCTC+CGG 0.526169 1:+53234404 None:intergenic
CATATAAACACATAACTCTC+AGG 0.531242 1:+53233996 None:intergenic
ACTGGAAGAAGGGCTTGCCC+TGG 0.533975 1:-53234332 MsG0180002929.01.T01:CDS
TTGCAGAAGAAAGGAGAAGC+TGG 0.534659 1:-53236460 MsG0180002929.01.T01:CDS
AACTTCCAATAGTCACCATA+AGG 0.535140 1:+53236580 None:intergenic
CTTGCTTTCTCCATTAAATG+CGG 0.538261 1:+53234677 None:intergenic
ACCGGCTTTGACCCTTCCTA+GGG 0.543055 1:-53234207 MsG0180002929.01.T01:CDS
TGTCCAATGATAGGTAAGGC+TGG 0.546155 1:+53236826 None:intergenic
TGATGCAGCAAGAGTCATTG+AGG 0.551647 1:-53236495 MsG0180002929.01.T01:CDS
TCTAATTAAGAAAACAGTTG+AGG 0.551878 1:-53234137 MsG0180002929.01.T01:exon
GCCATTTGGAACTGGAAGAA+GGG 0.552147 1:-53234342 MsG0180002929.01.T01:CDS
ATAGGTAAGGCTGGAGGAGA+CGG 0.554107 1:+53236835 None:intergenic
CCGGAGAGGTTTATGAGTGA+AGG 0.554704 1:-53234404 MsG0180002929.01.T01:CDS
TGAAGTGCTAATGAAGCACC+AGG 0.555751 1:+53234314 None:intergenic
GCTGCAACCATTGAGAACTA+AGG 0.557077 1:+53234100 None:intergenic
AATACATAAAAGGCTTAAAG+TGG 0.557551 1:-53236239 MsG0180002929.01.T01:CDS
GAGGAGACGGTGGAGTAAGA+TGG 0.559672 1:+53236848 None:intergenic
TCTCCGGCTTGAACTCGAGT+GGG 0.560835 1:+53234420 None:intergenic
TCAAAGGATGAGCCCTAGGA+AGG 0.563695 1:+53234195 None:intergenic
ATCTGCCATAACAATGGAGT+GGG 0.567280 1:-53234723 MsG0180002929.01.T01:CDS
GAAGAAAGGAGAAGCTGGCA+AGG 0.567604 1:-53236455 MsG0180002929.01.T01:CDS
ATTAAAAGAAAACTATATGG+TGG 0.569054 1:+53236982 None:intergenic
TGCAAGAATTTGGATTTACA+GGG 0.571297 1:-53236262 MsG0180002929.01.T01:CDS
GGAAGGTGCTCATCATGATA+GGG 0.571724 1:-53236146 MsG0180002929.01.T01:CDS
GAACTGCAGCATTTGCAAAA+CGG 0.574689 1:+53236641 None:intergenic
TAACTATAAGTGGTACTGTA+GGG 0.574888 1:+53234549 None:intergenic
GTTTGACATAATGTTGGAGA+GGG 0.582838 1:-53236206 MsG0180002929.01.T01:CDS
GCCCTAGGAAGGGTCAAAGC+CGG 0.582874 1:+53234206 None:intergenic
CGGAGAGGTTTATGAGTGAA+GGG 0.584090 1:-53234403 MsG0180002929.01.T01:CDS
GGCTTAAAGTGGCTATGGAG+AGG 0.593382 1:-53236228 MsG0180002929.01.T01:CDS
ACTCTTGCTGCATCAAGGGA+AGG 0.596284 1:+53236503 None:intergenic
AAAGAAATAAGAGGATGAAG+TGG 0.599150 1:-53234022 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR
CTATATATAAGTAGTGCCAT+AGG 0.600082 1:-53237070 MsG0180002929.01.T01:five_prime_UTR
CACTCGAGTTCAAGCCGGAG+AGG 0.600700 1:-53234418 MsG0180002929.01.T01:CDS
CACATCAAAGGATGAGCCCT+AGG 0.605385 1:+53234191 None:intergenic
CTCTCCGGCTTGAACTCGAG+TGG 0.605939 1:+53234419 None:intergenic
AAACCCACTCGAGTTCAAGC+CGG 0.608054 1:-53234423 MsG0180002929.01.T01:CDS
GGGTAGGGATCCCAAACTGT+GGG 0.610850 1:-53234447 MsG0180002929.01.T01:CDS
GAGCTCGCCGCCGATATCAA+CGG 0.611120 1:+53236432 None:intergenic
AAGTGTTTGTGATGCCAGCA+AGG 0.616929 1:+53233658 None:intergenic
GCAACCATTGAGAACTAAGG+TGG 0.621902 1:+53234103 None:intergenic
GGAATAGGGACACACATCAA+AGG 0.625271 1:+53234179 None:intergenic
GTACTTCAGAAATAAGGTGA+AGG 0.626091 1:+53236803 None:intergenic
AGTGACATAAACTTATTACA+AGG 0.629048 1:+53233693 None:intergenic
GGAGCATCAGGAGAAAAGGA+AGG 0.629817 1:-53236176 MsG0180002929.01.T01:CDS
AAGGTGTCCAATGATAGGTA+AGG 0.636083 1:+53236822 None:intergenic
AGACACATCTGCCATAACAA+TGG 0.637873 1:-53234729 MsG0180002929.01.T01:CDS
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GGCAAGGCCGTTGATATCGG+CGG 0.639097 1:-53236439 MsG0180002929.01.T01:CDS
TGGTGATGGAACAGTCAACA+TGG 0.639325 1:-53234237 MsG0180002929.01.T01:CDS
GGTAAGGCTGGAGGAGACGG+TGG 0.639861 1:+53236838 None:intergenic
CAAAGGATGAGCCCTAGGAA+GGG 0.649348 1:+53234196 None:intergenic
TCACCAACAACATTATAGCA+AGG 0.656507 1:-53236402 MsG0180002929.01.T01:CDS
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TGGGTAGGGATCCCAAACTG+TGG 0.661460 1:-53234448 MsG0180002929.01.T01:CDS
GAATGTCAAAGCTTTCATTG+TGG 0.680085 1:-53236059 MsG0180002929.01.T01:intron
AGTTTGTGAAAACTTTGGTG+AGG 0.691643 1:+53236781 None:intergenic
CCAATGATAGGTAAGGCTGG+AGG 0.723193 1:+53236829 None:intergenic
AGTTTATGTCACTATCAGCG+TGG 0.739285 1:-53233683 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR
GAAGGAATACTATTAAAACG+AGG 0.775700 1:+53234158 None:intergenic
GAAGTGCTAATGAAGCACCA+GGG 0.787113 1:+53234315 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! ATTTTATAAAATTATATTTT+CGG - Chr1:53235281-53235300 MsG0180002929.01.T01:intron 0.0%
!! AAAATTAAAAGAAAACTATA+TGG + Chr1:53233710-53233729 None:intergenic 10.0%
!! TTAAAAATATATCTATCAAA+TGG - Chr1:53234853-53234872 MsG0180002929.01.T01:intron 10.0%
!!! TTTTATAAAATCTATAACAA+CGG + Chr1:53235272-53235291 None:intergenic 10.0%
!!! TTTTTTTTTCTAATTAACAA+AGG + Chr1:53234762-53234781 None:intergenic 10.0%
!!! ATTTTTTTTTTAAACTTGGA+CGG - Chr1:53235701-53235720 MsG0180002929.01.T01:intron 15.0%
!!! CATTCATTAAATAATTTTTG+TGG + Chr1:53235092-53235111 None:intergenic 15.0%
!! AAAATACAATTAATCCGTAT+AGG + Chr1:53235878-53235897 None:intergenic 20.0%
!! ACTAAGATTATAAGATTTCA+TGG + Chr1:53235665-53235684 None:intergenic 20.0%
!! ATCTTATAATCTTAGTTGTT+TGG - Chr1:53235669-53235688 MsG0180002929.01.T01:intron 20.0%
!! ATTAAAAGAAAACTATATGG+TGG + Chr1:53233707-53233726 None:intergenic 20.0%
!! CATTATTATAAACAAAACTC+TGG - Chr1:53235020-53235039 MsG0180002929.01.T01:intron 20.0%
!! GTTTATGCAAATATATTCTT+TGG + Chr1:53235148-53235167 None:intergenic 20.0%
!! TAAAAATAAATCAACCGAAA+CGG + Chr1:53236719-53236738 None:intergenic 20.0%
!! TAAACTTATTACAAGGTATA+CGG + Chr1:53236989-53237008 None:intergenic 20.0%
!! TCATTTACAAAAGAAATAAG+AGG - Chr1:53236655-53236674 MsG0180002929.01.T01:CDS 20.0%
!!! AGCTTTCAATTTAAAATTGT+TGG - Chr1:53236606-53236625 MsG0180002929.01.T01:CDS 20.0%
!!! CAATTTTATTTGTTGATTTG+TGG - Chr1:53236211-53236230 MsG0180002929.01.T01:CDS 20.0%
!!! GAGATTATAATTTTAGTCTA+TGG - Chr1:53235905-53235924 MsG0180002929.01.T01:intron 20.0%
!!! GTTTTGTTTATAATAATGAC+CGG + Chr1:53235018-53235037 None:intergenic 20.0%
!!! TTAATGTGTCAGATTTTATT+TGG - Chr1:53234398-53234417 MsG0180002929.01.T01:CDS 20.0%
! AAAGTGATGTTGAAGAAATT+AGG - Chr1:53234338-53234357 MsG0180002929.01.T01:CDS 25.0%
! AAGTGATGTTGAAGAAATTA+GGG - Chr1:53234339-53234358 MsG0180002929.01.T01:CDS 25.0%
! AATACATAAAAGGCTTAAAG+TGG - Chr1:53234447-53234466 MsG0180002929.01.T01:CDS 25.0%
! AATTTGCAATATATGCCATT+TGG - Chr1:53236330-53236349 MsG0180002929.01.T01:CDS 25.0%
! AGTGACATAAACTTATTACA+AGG + Chr1:53236996-53237015 None:intergenic 25.0%
! ATACTATTAAAACGAGGAAT+AGG + Chr1:53236525-53236544 None:intergenic 25.0%
! ATTTACAGGGAATACATAAA+AGG - Chr1:53234437-53234456 MsG0180002929.01.T01:CDS 25.0%
! CATTCATGTACATAAGATTA+CGG - Chr1:53233639-53233658 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
! GAATAATGCATCATATATCA+AGG - Chr1:53235779-53235798 MsG0180002929.01.T01:intron 25.0%
! GATTATATTCAATTTGCAAG+TGG - Chr1:53235238-53235257 MsG0180002929.01.T01:intron 25.0%
! TACTATTAAAACGAGGAATA+GGG + Chr1:53236524-53236543 None:intergenic 25.0%
! TCTAATTAAGAAAACAGTTG+AGG - Chr1:53236549-53236568 MsG0180002929.01.T01:CDS 25.0%
! TGAGAGTTATGTGTTTATAT+GGG - Chr1:53236692-53236711 MsG0180002929.01.T01:CDS 25.0%
! TTGAAAGTTTGTGAAAACTT+TGG + Chr1:53233913-53233932 None:intergenic 25.0%
! TTTGTATTGGAAAACTTGAT+AGG + Chr1:53234905-53234924 None:intergenic 25.0%
!! AATTTTTGTGGTCTATAGTA+CGG + Chr1:53235080-53235099 None:intergenic 25.0%
!! ACTTCAACAAATAAGTTTTG+TGG + Chr1:53235314-53235333 None:intergenic 25.0%
!! ATATCCAACTTTTCTTTGTT+TGG - Chr1:53233762-53233781 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
!! CAACTGTTTTCTTAATTAGA+AGG + Chr1:53236549-53236568 None:intergenic 25.0%
!! CAAGAAGAACAATTTTGTAT+TGG + Chr1:53234918-53234937 None:intergenic 25.0%
!! CAATGATACAATGTTTCTAT+TGG - Chr1:53236418-53236437 MsG0180002929.01.T01:CDS 25.0%
!! GGATATACTTGATATTTTGT+TGG - Chr1:53234561-53234580 MsG0180002929.01.T01:CDS 25.0%
!! TCAATTTAAAATTGTTGGTC+AGG - Chr1:53236611-53236630 MsG0180002929.01.T01:CDS 25.0%
!! TTAAAACTTTTGCAGAAGAA+AGG - Chr1:53234217-53234236 MsG0180002929.01.T01:CDS 25.0%
!!! AGGGAATAAGTTTGATTTTA+AGG - Chr1:53236302-53236321 MsG0180002929.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATTTGTTTTGCTTTAAGCTA+TGG - Chr1:53237084-53237103 MsG0180002929.01.T01:five_prime_UTR 25.0%
!!! CTATGTTGGAAGTTTTTTTT+TGG + Chr1:53235830-53235849 None:intergenic 25.0%
!!! GGGAATAAGTTTGATTTTAA+GGG - Chr1:53236303-53236322 MsG0180002929.01.T01:CDS 25.0%
!!! TATTTGGTTTTGCAAGAATT+TGG - Chr1:53234414-53234433 MsG0180002929.01.T01:CDS 25.0%
AAAGAAATAAGAGGATGAAG+TGG - Chr1:53236664-53236683 MsG0180002929.01.T01:CDS 30.0%
AAAGTGAACTTCATAATCGT+CGG - Chr1:53235172-53235191 MsG0180002929.01.T01:intron 30.0%
ACAAATAAAATTGTCTTCGC+TGG + Chr1:53236204-53236223 None:intergenic 30.0%
ACTCAAAGAATACGACTATA+AGG + Chr1:53236911-53236930 None:intergenic 30.0%
ATATGGTGGTTTAACTAGTT+TGG + Chr1:53233693-53233712 None:intergenic 30.0%
CAAATAGAATATGGCTCAAA+GGG - Chr1:53234070-53234089 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
CACAAACACTTGATCTTATA+TGG - Chr1:53237040-53237059 MsG0180002929.01.T01:CDS 30.0%
CACAAACTTTCAAAACACTA+TGG - Chr1:53233920-53233939 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
CATATAAACACATAACTCTC+AGG + Chr1:53236693-53236712 None:intergenic 30.0%
CCAAGAAAAAGTTGCATTAT+TGG + Chr1:53233947-53233966 None:intergenic 30.0%
CTATATATAAGTAGTGCCAT+AGG - Chr1:53233616-53233635 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
CTGAGAGTTATGTGTTTATA+TGG - Chr1:53236691-53236710 MsG0180002929.01.T01:CDS 30.0%
GAAGGAATACTATTAAAACG+AGG + Chr1:53236531-53236550 None:intergenic 30.0%
GATGCTTCTTTAACTATAAG+TGG + Chr1:53236150-53236169 None:intergenic 30.0%
GATTATGAAGTTCACTTTGT+TGG + Chr1:53235170-53235189 None:intergenic 30.0%
TAACTATAAGTGGTACTGTA+GGG + Chr1:53236140-53236159 None:intergenic 30.0%
TCTAATTAACAAAGGACTTC+TGG + Chr1:53234754-53234773 None:intergenic 30.0%
TGCAAGAATTTGGATTTACA+GGG - Chr1:53234424-53234443 MsG0180002929.01.T01:CDS 30.0%
TTAACTATAAGTGGTACTGT+AGG + Chr1:53236141-53236160 None:intergenic 30.0%
TTGCAAGAATTTGGATTTAC+AGG - Chr1:53234423-53234442 MsG0180002929.01.T01:CDS 30.0%
! AATTTTGAACGACTTTTTGC+AGG + Chr1:53235490-53235509 None:intergenic 30.0%
! GATACAATGTTTCTATTGGA+AGG - Chr1:53236422-53236441 MsG0180002929.01.T01:CDS 30.0%
! TATTTTGTTGGACATACTTG+AGG - Chr1:53234573-53234592 MsG0180002929.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTAGTCTATGGTTTTTGC+AGG - Chr1:53235915-53235934 MsG0180002929.01.T01:intron 30.0%
!! ATTTGTTGATTTGTGGTCAA+TGG - Chr1:53236218-53236237 MsG0180002929.01.T01:CDS 30.0%
!! CCAATAATGCAACTTTTTCT+TGG - Chr1:53233944-53233963 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
!! GTCTTTCTGTGTTTTATTGA+TGG - Chr1:53234800-53234819 MsG0180002929.01.T01:intron 30.0%
!! GTTCTTCTTTCTAGTTAGTA+TGG + Chr1:53233813-53233832 None:intergenic 30.0%
!! TTTGTTGATTTGTGGTCAAT+GGG - Chr1:53236219-53236238 MsG0180002929.01.T01:CDS 30.0%
!!! GTTTTTTTTTGGTGATATCC+AGG + Chr1:53235819-53235838 None:intergenic 30.0%
!!! TCGTATTCTTTGAGTTGTTT+TGG - Chr1:53236916-53236935 MsG0180002929.01.T01:CDS 30.0%
!!! TTTTTGGGATCTTGTGTTTT+GGG - Chr1:53236954-53236973 MsG0180002929.01.T01:CDS 30.0%
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AAAAGGAAGGAAAAAGAGGA+AGG - Chr1:53234523-53234542 MsG0180002929.01.T01:CDS 35.0%
AAAGGACTTCTGGACATAAA+TGG + Chr1:53234744-53234763 None:intergenic 35.0%
AACTTCCAATAGTCACCATA+AGG + Chr1:53234109-53234128 None:intergenic 35.0%
AATACGACTATAAGGCTGTT+TGG + Chr1:53236903-53236922 None:intergenic 35.0%
ACCATAAACGATGCAACTTT+CGG + Chr1:53236172-53236191 None:intergenic 35.0%
AGTTTGTGAAAACTTTGGTG+AGG + Chr1:53233908-53233927 None:intergenic 35.0%
ATCATTGCAGCAAGATTTGT+TGG + Chr1:53236405-53236424 None:intergenic 35.0%
ATGCATCATATATCAAGGTC+TGG - Chr1:53235784-53235803 MsG0180002929.01.T01:intron 35.0%
ATTGGAGCAACTAACCTATA+CGG - Chr1:53235861-53235880 MsG0180002929.01.T01:intron 35.0%
CTTATGTACATGAATGCCTA+TGG + Chr1:53233635-53233654 None:intergenic 35.0%
CTTGCTTTCTCCATTAAATG+CGG + Chr1:53236012-53236031 None:intergenic 35.0%
GAATGTCAAAGCTTTCATTG+TGG - Chr1:53234627-53234646 MsG0180002929.01.T01:CDS 35.0%
GATAAACAACCCGCATTTAA+TGG - Chr1:53235999-53236018 MsG0180002929.01.T01:intron 35.0%
GCAAATAGAATATGGCTCAA+AGG - Chr1:53234069-53234088 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
GCAGTTCAGCAAATAGAATA+TGG - Chr1:53234061-53234080 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
GTACTTCAGAAATAAGGTGA+AGG + Chr1:53233886-53233905 None:intergenic 35.0%
GTAGCCAAACAAAGAAAAGT+TGG + Chr1:53233769-53233788 None:intergenic 35.0%
GTTGGAGAAGAAAGTTTCAT+TGG + Chr1:53234026-53234045 None:intergenic 35.0%
GTTTGACATAATGTTGGAGA+GGG - Chr1:53234480-53234499 MsG0180002929.01.T01:CDS 35.0%
TAAAAGGCTTAAAGTGGCTA+TGG - Chr1:53234453-53234472 MsG0180002929.01.T01:CDS 35.0%
TCACCAACAACATTATAGCA+AGG - Chr1:53234284-53234303 MsG0180002929.01.T01:CDS 35.0%
TGCATCATATATCAAGGTCT+GGG - Chr1:53235785-53235804 MsG0180002929.01.T01:intron 35.0%
TTGCTTTCTCCATTAAATGC+GGG + Chr1:53236011-53236030 None:intergenic 35.0%
TTGTATGTACTTACACTCTC+CGG - Chr1:53234996-53235015 MsG0180002929.01.T01:intron 35.0%
! CAATATATGCCATTTGGAAC+TGG - Chr1:53236336-53236355 MsG0180002929.01.T01:CDS 35.0%
! CATCCTTGCTATAATGTTGT+TGG + Chr1:53234290-53234309 None:intergenic 35.0%
! GAAAGCTTTGACATTCTCTT+TGG + Chr1:53234623-53234642 None:intergenic 35.0%
! TGTTTCTATTGGAAGGTTAG+TGG - Chr1:53236429-53236448 MsG0180002929.01.T01:CDS 35.0%
!!! AAAGACATTTTAGAGCTTGG+AGG - Chr1:53234370-53234389 MsG0180002929.01.T01:CDS 35.0%
!!! AAGACATTTTAGAGCTTGGA+GGG - Chr1:53234371-53234390 MsG0180002929.01.T01:CDS 35.0%
!!! CATGGGTCTTTGGATTTTTT+GGG - Chr1:53236939-53236958 MsG0180002929.01.T01:CDS 35.0%
!!! CTGAAAGACATTTTAGAGCT+TGG - Chr1:53234367-53234386 MsG0180002929.01.T01:CDS 35.0%
!!! TCTTTGAGTTGTTTTGGCAT+GGG - Chr1:53236922-53236941 MsG0180002929.01.T01:CDS 35.0%
!!! TTCTTTGAGTTGTTTTGGCA+TGG - Chr1:53236921-53236940 MsG0180002929.01.T01:CDS 35.0%
AACATAGCAACAACCGACAT+TGG - Chr1:53235843-53235862 MsG0180002929.01.T01:intron 40.0%
AATGACTCTTGCTGCATCAA+GGG + Chr1:53234190-53234209 None:intergenic 40.0%
AATGTTGGAGAGGGCAATAA+AGG - Chr1:53234489-53234508 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
AGAAACTCCTTTGCGATATC+TGG + Chr1:53233998-53234017 None:intergenic 40.0%
AGACACATCTGCCATAACAA+TGG - Chr1:53235957-53235976 MsG0180002929.01.T01:intron 40.0%
AGTCAACATGGAAGAGAAAC+CGG - Chr1:53236461-53236480 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
AGTTTATGTCACTATCAGCG+TGG - Chr1:53237003-53237022 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
ATCTGCCATAACAATGGAGT+GGG - Chr1:53235963-53235982 MsG0180002929.01.T01:intron 40.0%
GAACTGCAGCATTTGCAAAA+CGG + Chr1:53234048-53234067 None:intergenic 40.0%
GCATCATATATCAAGGTCTG+GGG - Chr1:53235786-53235805 MsG0180002929.01.T01:intron 40.0%
GGAGAAAAGGAAGGAAAAAG+AGG - Chr1:53234519-53234538 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
GGAGAGGTTTGACATAATGT+TGG - Chr1:53234474-53234493 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
GGATTTGTGTTTGCACCTTA+TGG - Chr1:53234091-53234110 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
GGTCAGGAGTTTGAATTCAA+AGG - Chr1:53236627-53236646 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
GGTTTGACATAATGTTGGAG+AGG - Chr1:53234479-53234498 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
GTGTTTATATGGGTCCGTTT+CGG - Chr1:53236702-53236721 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
TATTGGAAGGTTAGTGGTGA+TGG - Chr1:53236435-53236454 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
TCCGAAAGTTGCATCGTTTA+TGG - Chr1:53236168-53236187 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
TTCAAGTCCAGATATCGCAA+AGG - Chr1:53233988-53234007 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
TTGCACCTTATGGTGACTAT+TGG - Chr1:53234101-53234120 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
TTGCAGGACATGTTTATTGC+AGG - Chr1:53235931-53235950 MsG0180002929.01.T01:intron 40.0%
! AAGGTGTCCAATGATAGGTA+AGG + Chr1:53233867-53233886 None:intergenic 40.0%
! AATGTCGGTTGTTGCTATGT+TGG + Chr1:53235844-53235863 None:intergenic 40.0%
! GGTGAGGTACTTCAGAAATA+AGG + Chr1:53233892-53233911 None:intergenic 40.0%
! TAGGTTAGTTGCTCCAATGT+CGG + Chr1:53235859-53235878 None:intergenic 40.0%
! TGATTTGTGGTCAATGGGTA+GGG - Chr1:53236224-53236243 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
! TTCTCCACCTTAGTTCTCAA+TGG - Chr1:53236579-53236598 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
! TTGAGTATTGCGTGCAAGTA+TGG + Chr1:53236099-53236118 None:intergenic 40.0%
!! TAAAGGAGCATCAGGAGAAA+AGG - Chr1:53234506-53234525 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
!! TTGATTTGTGGTCAATGGGT+AGG - Chr1:53236223-53236242 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
!!! ATCTTGTGTTTTGGGTTGGT+AGG - Chr1:53236962-53236981 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
!!! GCATGGGTCTTTGGATTTTT+TGG - Chr1:53236938-53236957 MsG0180002929.01.T01:CDS 40.0%
AAGTGTTTGTGATGCCAGCA+AGG + Chr1:53237031-53237050 None:intergenic 45.0%
CAAAGCCCACTCCATTGTTA+TGG + Chr1:53235971-53235990 None:intergenic 45.0%
CAATGACTCTTGCTGCATCA+AGG + Chr1:53234191-53234210 None:intergenic 45.0%
CATCTGCCATAACAATGGAG+TGG - Chr1:53235962-53235981 MsG0180002929.01.T01:intron 45.0%
CCTTCACTCATAAACCTCTC+CGG + Chr1:53236285-53236304 None:intergenic 45.0%
CGGAGAGGTTTATGAGTGAA+GGG - Chr1:53236283-53236302 MsG0180002929.01.T01:CDS 45.0%
GCAACCATTGAGAACTAAGG+TGG + Chr1:53236586-53236605 None:intergenic 45.0%
GCTGCAACCATTGAGAACTA+AGG + Chr1:53236589-53236608 None:intergenic 45.0%
GGAATAGGGACACACATCAA+AGG + Chr1:53236510-53236529 None:intergenic 45.0%
TGATGCAGCAAGAGTCATTG+AGG - Chr1:53234191-53234210 MsG0180002929.01.T01:CDS 45.0%
TGCAGCATTTGCAAAACGGT+TGG + Chr1:53234044-53234063 None:intergenic 45.0%
TGTCCAATGATAGGTAAGGC+TGG + Chr1:53233863-53233882 None:intergenic 45.0%
TTGCAGAAGAAAGGAGAAGC+TGG - Chr1:53234226-53234245 MsG0180002929.01.T01:CDS 45.0%
TTGTGCATGTCAGAGCTTCT+TGG - Chr1:53234139-53234158 MsG0180002929.01.T01:exon 45.0%
! CATAACAATGGAGTGGGCTT+TGG - Chr1:53235969-53235988 MsG0180002929.01.T01:intron 45.0%
! GAAGTGCTAATGAAGCACCA+GGG + Chr1:53236374-53236393 None:intergenic 45.0%
! GCCATTTGGAACTGGAAGAA+GGG - Chr1:53236344-53236363 MsG0180002929.01.T01:CDS 45.0%
! GCGTGCAAGTATGGAAGTTT+TGG + Chr1:53236090-53236109 None:intergenic 45.0%
! TGAAGTGCTAATGAAGCACC+AGG + Chr1:53236375-53236394 None:intergenic 45.0%
! TGCCATTTGGAACTGGAAGA+AGG - Chr1:53236343-53236362 MsG0180002929.01.T01:CDS 45.0%
!! AGGAAGGTGCTCATCATGAT+AGG - Chr1:53234539-53234558 MsG0180002929.01.T01:CDS 45.0%
!! AGGTGAAGGTGTCCAATGAT+AGG + Chr1:53233872-53233891 None:intergenic 45.0%
!! AGTGGGTTTTCCCACAGTTT+GGG + Chr1:53236252-53236271 None:intergenic 45.0%
!! GGAAGGTGCTCATCATGATA+GGG - Chr1:53234540-53234559 MsG0180002929.01.T01:CDS 45.0%
!! TGGGATCTTGTGTTTTGGGT+TGG - Chr1:53236958-53236977 MsG0180002929.01.T01:CDS 45.0%
!! TGGTGATGGAACAGTCAACA+TGG - Chr1:53236449-53236468 MsG0180002929.01.T01:CDS 45.0%
!!! GTTGTTTTGGCATGGGTCTT+TGG - Chr1:53236929-53236948 MsG0180002929.01.T01:CDS 45.0%
!! TACAAAAAATAAATAATTAA+TGG + Chr1:53234981-53235000 None:intergenic 5.0%
!!! AATTTTAAAATTTTTAAGTA+TGG - Chr1:53233724-53233743 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR 5.0%
!!! TAATATTTTTTTTTTAAACT+TGG - Chr1:53235697-53235716 MsG0180002929.01.T01:intron 5.0%
!!! TTTAATTTTGTTTATAATAA+TGG - Chr1:53235122-53235141 MsG0180002929.01.T01:intron 5.0%
AAACCCACTCGAGTTCAAGC+CGG - Chr1:53236263-53236282 MsG0180002929.01.T01:CDS 50.0%
ACCAACTGAGCTAAGCTCAC+TGG + Chr1:53235757-53235776 None:intergenic 50.0%
ACTCTTGCTGCATCAAGGGA+AGG + Chr1:53234186-53234205 None:intergenic 50.0%
ATAGGTAAGGCTGGAGGAGA+CGG + Chr1:53233854-53233873 None:intergenic 50.0%
CAAAGGATGAGCCCTAGGAA+GGG + Chr1:53236493-53236512 None:intergenic 50.0%
CACATCAAAGGATGAGCCCT+AGG + Chr1:53236498-53236517 None:intergenic 50.0%
CCAACTGAGCTAAGCTCACT+GGG + Chr1:53235756-53235775 None:intergenic 50.0%
CCAATGATAGGTAAGGCTGG+AGG + Chr1:53233860-53233879 None:intergenic 50.0%
CCGGAGAGGTTTATGAGTGA+AGG - Chr1:53236282-53236301 MsG0180002929.01.T01:CDS 50.0%
CCTCCAGCCTTACCTATCAT+TGG - Chr1:53233857-53233876 MsG0180002929.01.T01:three_prime_UTR 50.0%
GAAGAAAGGAGAAGCTGGCA+AGG - Chr1:53234231-53234250 MsG0180002929.01.T01:CDS 50.0%
GCCCTTCTTCCAGTTCCAAA+TGG + Chr1:53236348-53236367 None:intergenic 50.0%
GGCTTAAAGTGGCTATGGAG+AGG - Chr1:53234458-53234477 MsG0180002929.01.T01:CDS 50.0%
TCAAAGGATGAGCCCTAGGA+AGG + Chr1:53236494-53236513 None:intergenic 50.0%
! GGAGCATCAGGAGAAAAGGA+AGG - Chr1:53234510-53234529 MsG0180002929.01.T01:CDS 50.0%
!! GAGGGCAATAAAGGAGCATC+AGG - Chr1:53234498-53234517 MsG0180002929.01.T01:CDS 50.0%
!! GAGTGGGTTTTCCCACAGTT+TGG + Chr1:53236253-53236272 None:intergenic 50.0%
CCCAGTGAGCTTAGCTCAGT+TGG - Chr1:53235753-53235772 MsG0180002929.01.T01:intron 55.0%
CTATCAGCGTGGTACCTTGC+TGG - Chr1:53237014-53237033 MsG0180002929.01.T01:CDS 55.0%
GAGGAGACGGTGGAGTAAGA+TGG + Chr1:53233841-53233860 None:intergenic 55.0%
GCTGGCAAGGCCGTTGATAT+CGG - Chr1:53234244-53234263 MsG0180002929.01.T01:CDS 55.0%
GGGTAGGGATCCCAAACTGT+GGG - Chr1:53236239-53236258 MsG0180002929.01.T01:CDS 55.0%
TGGGTAGGGATCCCAAACTG+TGG - Chr1:53236238-53236257 MsG0180002929.01.T01:CDS 55.0%
! AACCGGCTTTGACCCTTCCT+AGG - Chr1:53236478-53236497 MsG0180002929.01.T01:CDS 55.0%
! AAGGTCTGGGGTTCGAAACC+TGG - Chr1:53235798-53235817 MsG0180002929.01.T01:intron 55.0%
! ACCGGCTTTGACCCTTCCTA+GGG - Chr1:53236479-53236498 MsG0180002929.01.T01:CDS 55.0%
! TCTCCGGCTTGAACTCGAGT+GGG + Chr1:53236269-53236288 None:intergenic 55.0%
ACTGGAAGAAGGGCTTGCCC+TGG - Chr1:53236354-53236373 MsG0180002929.01.T01:CDS 60.0%
CACTCGAGTTCAAGCCGGAG+AGG - Chr1:53236268-53236287 MsG0180002929.01.T01:CDS 60.0%
GAGCTCGCCGCCGATATCAA+CGG + Chr1:53234257-53234276 None:intergenic 60.0%
GCCCTAGGAAGGGTCAAAGC+CGG + Chr1:53236483-53236502 None:intergenic 60.0%
GGCAAGGCCGTTGATATCGG+CGG - Chr1:53234247-53234266 MsG0180002929.01.T01:CDS 60.0%
! CTCTCCGGCTTGAACTCGAG+TGG + Chr1:53236270-53236289 None:intergenic 60.0%
GGTAAGGCTGGAGGAGACGG+TGG + Chr1:53233851-53233870 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 53233594 53237114 53233594 ID=MsG0180002929.01;Name=MsG0180002929.01
Chr1 mRNA 53233594 53237114 53233594 ID=MsG0180002929.01.T01;Parent=MsG0180002929.01;Name=MsG0180002929.01.T01;_AED=0.18;_eAED=0.18;_QI=50|1|1|1|1|1|2|557|541
Chr1 exon 53233594 53234771 53233594 ID=MsG0180002929.01.T01:exon:47607;Parent=MsG0180002929.01.T01
Chr1 exon 53236060 53237114 53236060 ID=MsG0180002929.01.T01:exon:47606;Parent=MsG0180002929.01.T01
Chr1 five_prime_UTR 53237065 53237114 53237065 ID=MsG0180002929.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0180002929.01.T01
Chr1 CDS 53236060 53237064 53236060 ID=MsG0180002929.01.T01:cds;Parent=MsG0180002929.01.T01
Chr1 CDS 53234151 53234771 53234151 ID=MsG0180002929.01.T01:cds;Parent=MsG0180002929.01.T01
Chr1 three_prime_UTR 53233594 53234150 53233594 ID=MsG0180002929.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0180002929.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180002929.01.T01

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Protein sequence

>MsG0180002929.01.T01

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