AlfalfaGEDB | MsG0180004428.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180004428.01

KEGG: -
GO: GO:0004672 GO:0005515 GO:0005524 GO:0006468
PFAM: PF00069 PF02037 PF08263 PF13855

Nr:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mis matches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MsG0180004428.01.T01	XP_039684943.1	89.786	1077	109	1	836	1911	23	1099	0	1927

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Swissprot:

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MsG0180004428.01.T01	Q9LVP0	59.669	1086	409	12	839	1911	26	1095	0	1207

Showing 1 to 1 of 1 entries

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Trembl:

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MsG0180004428.01.T01	A0A396JQN0	89.786	1077	109	1	836	1911	23	1099	0.0	1927

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

Showing 0 to 0 of 0 entries

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
MsG0080047989.01	MsG0180004428.01	0.809502	1.833156e-50	1.078125e-47
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Showing 1 to 10 of 415 entries

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PPI

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MsG0180004428.01.T01	MTR_1g079520	83.751	1077	141	3	836	1911	23	1066	0.0	1776
MsG0180004428.01.T01	MTR_1g047670	58.473	1074	418	12	839	1895	31	1093	0.0	1176
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MsG0180004428.01.T01	MTR_1g079525	97.143	105	3	0	731	835	780	884	4.07e-55	209
MsG0180004428.01.T01	MTR_1g079525	84.000	75	11	1	595	668	718	792	3.59e-35	147
MsG0180004428.01.T01	MTR_2g070020	51.152	1085	507	12	840	1912	32	1105	0.0	981
MsG0180004428.01.T01	MTR_7g059285	38.282	1071	590	13	861	1899	50	1081	0.0	658
MsG0180004428.01.T01	MTR_1g039220	39.079	1021	589	11	887	1891	128	1131	0.0	640
MsG0180004428.01.T01	MTR_1g039220	39.383	551	330	2	956	1503	98	647	4.71e-96	338
MsG0180004428.01.T01	MTR_1g039220	37.048	332	207	2	1173	1503	77	407	4.81e-52	202

Showing 1 to 10 of 1,442 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MsG0180004428.01.T01	AT5G63930	59.669	1086	409	12	839	1911	26	1095	0.0	1207
MsG0180004428.01.T01	AT2G33170	56.920	1091	436	13	837	1901	30	1112	0.0	1166
MsG0180004428.01.T01	AT2G33170	56.920	1091	436	13	837	1901	30	1112	0.0	1166
MsG0180004428.01.T01	AT5G63930	59.962	1039	388	11	885	1911	9	1031	0.0	1155
MsG0180004428.01.T01	AT5G63930	40.076	262	156	1	883	1143	367	628	3.15e-36	150
MsG0180004428.01.T01	AT1G17230	50.984	1067	503	8	835	1891	19	1075	0.0	994
MsG0180004428.01.T01	AT1G17230	50.984	1067	503	8	835	1891	19	1075	0.0	993
MsG0180004428.01.T01	AT3G04260	63.827	716	150	9	60	668	101	814	0.0	882
MsG0180004428.01.T01	AT3G04260	75.248	101	25	0	729	829	800	900	2.53e-41	166
MsG0180004428.01.T01	AT1G17230	50.260	961	460	6	835	1785	19	971	0.0	875

Showing 1 to 10 of 1,182 entries

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Find 454 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 933 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAACGGTGGGTGCCTCGAAG+TGG	0.614402	1:-77790070	MsG0180004428.01.T01:CDS
AAACGTCGCTTCTTAGGAGA+AGG	0.535168	1:-77789472	MsG0180004428.01.T01:CDS
AAACTTCATCAGTAGCCCTG+AGG	0.756054	1:+77794106	None:intergenic
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AAATACGTTATTGGGAAAGG+TGG	0.587986	1:-77783756	MsG0180004428.01.T01:CDS
AAATCCGTGTCTGCAGTTGT+TGG	0.484182	1:-77783276	MsG0180004428.01.T01:CDS
AAATCTTTCTACAGTTGAGT+TGG	0.481210	1:-77784708	MsG0180004428.01.T01:CDS
AAATGTGATGTATACAGTTA+TGG	0.456955	1:-77782347	MsG0180004428.01.T01:CDS
AACAGATACGTTGAAGAAGG+TGG	0.612521	1:-77790109	MsG0180004428.01.T01:intron
AACCGCTTAACTCCTCGAAC+CGG	0.523138	1:-77795660	MsG0180004428.01.T01:CDS

Showing 1 to 10 of 454 entries

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CRISPR-GE

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sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
AAACACAATTTACCATCACA+GGG	+	Chr1:77786788-77786807	None:intergenic	30.0%
AAACTGTTGAATTAGGCAAA+AGG	+	Chr1:77790712-77790731	None:intergenic	30.0%
AAAGAAAAAGAAGACACCAA+GGG	+	Chr1:77788130-77788149	None:intergenic	30.0%
AAAGAACTAAAAGTTGGCTA+TGG	-	Chr1:77789219-77789238	MsG0180004428.01.T01:intron	30.0%
AAAGACTGAAGCATGTAAAA+GGG	+	Chr1:77783763-77783782	None:intergenic	30.0%
AAATCTTTCTACAGTTGAGT+TGG	-	Chr1:77792537-77792556	MsG0180004428.01.T01:intron	30.0%
AAATGGAGATGCAGATATTT+AGG	-	Chr1:77783522-77783541	MsG0180004428.01.T01:CDS	30.0%
AAGGAAATGATCATATCTTG+TGG	+	Chr1:77786142-77786161	None:intergenic	30.0%
AATAAGATTCCCAAGTTTAG+AGG	+	Chr1:77793025-77793044	None:intergenic	30.0%
AATGCTTGTGAATGAATTGA+AGG	-	Chr1:77787447-77787466	MsG0180004428.01.T01:intron	30.0%

Showing 1 to 10 of 933 entries

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr1	gene	77781519	77795748	77781519	ID=MsG0180004428.01;Name=MsG0180004428.01
Chr1	mRNA	77781519	77795748	77781519	ID=MsG0180004428.01.T01;Parent=MsG0180004428.01;Name=MsG0180004428.01.T01;_AED=0.37;_eAED=0.40;_QI=0\|0.56\|0.52\|1\|1\|1\|17\|497\|1912
Chr1	exon	77781519	77782398	77781519	ID=MsG0180004428.01.T01:exon:15014;Parent=MsG0180004428.01.T01
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Chr1	exon	77787223	77787402	77787223	ID=MsG0180004428.01.T01:exon:15012;Parent=MsG0180004428.01.T01
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Chr1	CDS	77789327	77789560	77789327	ID=MsG0180004428.01.T01:cds;Parent=MsG0180004428.01.T01
Chr1	CDS	77788713	77788920	77788713	ID=MsG0180004428.01.T01:cds;Parent=MsG0180004428.01.T01
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Chr1	CDS	77787552	77787685	77787552	ID=MsG0180004428.01.T01:cds;Parent=MsG0180004428.01.T01
Chr1	CDS	77787223	77787402	77787223	ID=MsG0180004428.01.T01:cds;Parent=MsG0180004428.01.T01
Chr1	CDS	77783253	77786104	77783253	ID=MsG0180004428.01.T01:cds;Parent=MsG0180004428.01.T01
Chr1	CDS	77782016	77782398	77782016	ID=MsG0180004428.01.T01:cds;Parent=MsG0180004428.01.T01
Chr1	three_prime_UTR	77781519	77782015	77781519	ID=MsG0180004428.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0180004428.01.T01

Gene Sequence

>MsG0180004428.01.T01

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Protein sequence

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